1C6JA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6jA00
3OE9A 1L70A 1C6NA 4LDOA 1QTHA 2OTYX 3GUPA 1P64A 2B73A 1ZYTA 3OE0A 4W59A 197LA 3CDVA 195LA 150LA 2B74A 180LA 213LA 1CU0A 3OE6A 174LA 1PQJA 1L01A 1T6HA 3DMZA 1XEPA 235LA 190LA 171LA 1LI6A 224LA 1L61A 1L66A 142LA 4GRVA 2B6ZA 238LA 233LA 1L06A 1D2YA 1C6JA 1L07A 1L58A 143LA 1QSQA 4ZPUA 1LYJA 205LA 1KW5A 1L26A 1C6PA 210LA 1L89A 2RBOA 248LA 4ARLA 1LYFA 1B6IA 125LA 1JTMA 1L99A 3OE8A 4EKPA 1L30A 1C6LA 102LA 4EJ4A 1L53A 1C64A 1L21A 236LA 3SN6R 1C6AA 148LE 5LZMA 1CU5A 3SB5A 1L82A 4OO9A 3SB8A 1CUQA 104LA 2LZMA 1C6CA 3HH4A 4I7SA 4YXAC 5I14A 192LA 1LWKA 1L81A 2ANXA 1L91A 1QT4A 1L15A 160LA 4I7PA 245LA 1P46A 2OEAX 120LA 1QTCA 1L51A 1L38A 1KS3A 237LA 1L95A 3HT9A 163LA 1L14A 189LA 1L42A 2RB0X 229LA 1L67A 1LWGA 1DYCA 2Z6BA 3V2WA 206LA 1L41A 1G0GA 1G1WA 1CTWA 2CUUA 131LA 1L94A 1OV7A 227LA 3LZMA 231LA 1L75A 3G3WA 4I7QA 3CDOA 2A4TA 4W57A 247LA 2RB2X 246LA 1T97A 4EKRA 3PDSA 2OU9A 1L83A 1OVHA 2HUMA 1P5CA 3HWLA 3G3VA 3HTBA 107LA 173LA 1LPYA 2RAYX 1EPYA 1QT7A 1L87A 4EKSA 3DN6A 1G0QA 2RBRA 3NY9A 156LA 2OU8A 1L46A 234LA 1QT6A 4I7JA 3DNAA 1L39A 3HTGA 1C69A 1CX7A 214LA 3GUIA 1L49A 1CV6A 1LYHA 1L20A 184LA 1LI3A 260LA 3GUMA 4LDLA 1QSBA 1L48A 4E97A 1L25A 4I7OA 1L36A 1QS5A 2O79A 115LA 1CU6A 2IGCA 1L92A 141LA 113LA 1L28A 2F2QA 2O4WA 164LA 149LA 3RZEA 187LA 1PQDA 3CDTA 4I7TA 3HH3A 1C6DA 1L93A 1G06A 3HU9A 1QUGA 257LA 3C82A 2Q9EA 199LA 161LA 2RBNA 1C6MA 1DYGA 1L04A 4W52A 3D4SA 1SSWA 1I6SA 119LA 1CUPA 2B75A 1G0JA 172LA 1L34A 3FADA 1CV5A 1SX2A 1L54A 1D3NA 1QUHA 1L47A 3F9LA 4PJZA 4I7NA 2QARC 3VW7A 1CV0A 1C62A 1L10A 175LA 1L86A 2RBQA 170LA 3SBBC 4IAPA 200LA 3RUNA 1P36A 1ZWNA 3G3XA 2OE9X 1L57A 1LGUA 4W53A 1CX6A 4W51A 3HT7A 157LA 1TLAA 3L64A 1L45A 4I7MA 1L77A 2B6XA 185LA 1SSYA 2QB0B 1ZURA 254LA 1L73A 3FA0A 3HDEA 165LA 2RBSA 114LA 4DJHA 3DMVA 3ODUA 222LA 1L65A 139LA 3HH6A 3DN4A 2OE4X 3V2YA 1QT8A 1L79A 1P6YA 1L09A 2LC9A 3C7WA 2NTHA 1CV4A 127LA 249LA 146LA 1D9WA 1C6TA 3GUKA 1C65A 3HUKA 1L00A 1C60A 3HH5A 201LA 1C6FA 1QTBA 3QAKA 6LZMA 256LA 220LA 1QTVA 1L72A 3C80A 3HTFA 4W58A 2B7XA 1QTDA 1KY0A 3HT8A 259LA 4YXCA 1KY1A 223LA 1QUOA 3NY8A 4ARQA 3DN8A 243LA 4YX7C 228LA 4ARJA 158LA 191LA 3HTDA 1L60A 2B6TA 3HU8A 2F47A 155LA 1L24A 1L98A 2OE7X 1L59A 2HULA 1XJUA 188LA 3CDRA 1L35A 109LA 2O7AA 147LA 1DYFA 225LA 3C8SA 1L69A 1LGWA 2L78A 2LCBA 250LA 3GUNA 130LA 128LA 1C66A 1G0LA 4DAJA 1L97A 1OWZA 3F8VA 1L43A 1LLHA 1P56A 1LI2A 1L71A 1C6HA 212LA 138LA 4I7LA 1C6QA 1G0KA 1L08A 1P3NA 1QT3A 4EPIA 1C68A 211LA 3SBAA 1CVKA 1G07A 1L29A 2OTZX 1LYDA 1DYAA 151LA 3DN2A 1L03A 3C7ZA 255LA 3C8QA 2B72A 1NHBA 2RBPA 166LA 1DYBA 4EKQA 122LA 1C6KA 196LA 239LA 3DKEX 4LDEA 1T8AA 3HDFA 3SB9A 1L18A 1L17A 1G0MA 1L64A 1C67A 3CDQA 4LZMA 1JTNA 241LA 1L88A 4AQNA 2RH1A 217LA 240LA 183LA 4ARQB 3FI5A 1QUDA 1CV1A 3C81A 3C83A 168LA 144LA 3SB6A 1L02A 1QS9A 1D3FA 3NYAA 2B6WA 4GBRB 1L22A 1SWZA 1K28A 1D3JA 2ANVA 198LA 1L33A 3DN3A 1OWYA 1QT5A 4ARMB 176LA 1L31A 242LA 3L2XA 169LA 1L55A 3HUQA 1L23A 3PBLA 1P2RA 182LA 1CU3A 262LA 3DMXA 186LA 1OYUA 1L63A 1L11A 261LA 1LGXA 1P37A 232LA 221LA 216LA 251LA 1T8FA 230LA 1C6IA 1L40A 1L68A 2B70A 2OU0X 4K5YA 1KNIA 1SX7A 1CV3A 3HUAA 1LYIA 1L0KA 1C61A 1C6BA 110LA 1L85A 177LA 218LA 1L37A 137LA 1L44A 1G1VA 1C63A 159LA 2NTGA 1PQMA 4W56A 181LA 3GUOA 1CU2A 3EMLA 1L96A 126LA 1PQOA 178LA 4EPFA 1L76A 123LA 1G0PA 1QTZA 162LA 1L56A 4I7KA 2Q9DA 4DKLA 140LA 1L74A 1L80A 252LA 1D3MA 3C7YA 1KW7A 111LA 1L27A 2RAZX 145LA 3DN0A 3K2RA 4EXMA 1L12A 3C8RA 1L52A 3JR6A 4ARMA 1C6EA 1P7SA 209LA 1SWYA 4W55A 2F32A 226LA 7LZMA 1LYGA 3GULA 1OV5A 4W54A 103LA 1L90A 1P2LA 108LA 3HT6A 1OVKA 253LA 3SB7A 3GUJA 167LA 2RB1X 1WTHA 112LA 1LYEA 118LA 1D2WA 1L05A 2B6YA 258LA 1L0JA 1L19A 1DYEA 1L16A 215LA 219LA 4S0WA 4PK0A 1T8GA 1L62A 1L50A 1C6GA 1DYDA 244LA 129LA 1L13A 4I7RA 1JQUA 1PQKA 4ARPA 1XJTA 1PQIA 1OVJA 152LA 3UONA 3DN1A 1L84A 1LW9A 2HUKA 1L32A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KIPC 1L70A 2BQOA 1IP5A 1B7SA 2MEEA 3OE0A 4W59A 4OOOA 4R0FA 4DD3A 213LA 1L01A 1GFVA 1XEPA 235LA 4J0LA 1JWRA 5APFA 4KPMA 5E4PA 4GRVA 2B6ZA 1FN5A 1H87A 233LA 1IX0A 5F9XA 1C6JA 1VDPA 3W6AA 1WQPA 4LT1A 3AW6A 1C6PA 1HFXA 1L89A 5C6LA 5B1FA 2BQHA 125LA 1C43A 1LJKA 2Z37A 1L30A 4LYCA 148LE 4HTKA 4N8ZA 4OWCA 5LZMA 1QIOA 2C8OA 5B07A 1CUQA 2ZNWY 5T3FA 2LZMA 1C6CA 4LZTA 3HH4A 4YXAC 5M1YA 5I14A 1EQ4A 1LWKA 1QT4A 160LA 4I7PA 5IHGA 1L38A 1GBOA 237LA 3J6KA 3P65A 1L14A 189LA 229LA 1L67A 1MELL 1NDMC 3FI7A 3SP3A 4XJDA 206LA 2HEBA 1LYYA 1JJ1A 2CUUA 1L94A 2Z18A 1LSGA 1YAOA 1VAUA 231LA 2B5ZA 3G3WA 4I7QA 1YAPA 3CDOA 2BQJA 247LA 5IELA 6LYZA 1BB4A 4NHIA 3HWLA 2HUMA 3HTBA 1OUDA 5B06A 2RAYX 4H90A 4GN4A 3NY9A 4WMGA 1QQYA 2FBDA 3DNAA 1L39A 1L49A 2MEFA 1CV6A 1L20A 1WQNA 2DQIY 4NSIA 1L36A 1QS5A 2O79A 115LA 2G4PA 4NSGA 141LA 1TEWA 1IO5A 5DL9A 149LA 3TXJA 1GEVA 4NGZA 2BLYA 4I7TA 1RFPA 1L93A 3HU9A 257LA 2Q9EA 3WU9A 161LA 1QTKA 1QUSA 1DYGA 4WM4A 3B72A 1L04A 4W52A 1FLYA 1D0KA 5KXMA 119LA 6LYTA 1JEFA 1LJHA 1JPOA 1HFZA 1CV5A 5APDA 1SX2A 3AGHA 2QARC 1CV0A 4LT2A 1D9UA 1L10A 5ILCA 1L86A 5KXPA 4H1PA 170LA 3SBBC 4IAPA 1XGRC 2A7FA 1P36A 4WLTA 3G3XA 1P2CC 1L57A 2RSCA 1LGUA 4W53A 4WLXA 157LA 3L64A 4I7MA 3IJUA 4M6DA 1GFGA 1SSYA 3FE0A 254LA 1IP7A 1L73A 3FA0A 4ZEEA 1HSXA 4DJHA 3DMVA 1GFAA 3ODUA 2MEAA 1GWDA 3E3DA 1HEPA 127LA 1C6TA 4DC4A 1LZDA 1UUZC 4N0JA 1REMA 1C6FA 1GB6A 4QDNA 3C80A 1QTVA 4W58A 1ALCA 4IATA 3HT8A 2YBNA 4MSTA 4ARQA 3DN8A 228LA 1C45A 5DLAA 1NHEA 3M18B 1LZ9A 4H93A 4NHSA 5HMVA 3HU8A 4G4HA 1ZV5L 1L24A 4IASA 4HV1A 1C10A 147LA 4G4BA 4XN6A 1GFKA 1IC7Y 1NKHA 3C8SA 1L69A 1LGWA 5LA5A 3CT0A 1SLYA 5LVGA 130LA 5F16A 1G0LA 1LLHA 4GN5C 212LA 4AGAA 4I7LA 1G0KA 5I4WA 1QT3A 1QDRA 4NGKA 4EPIA 1RI8B 3SBAA 1CVKA 8LYZA 5HNLA 4J1AA 2N5ZA 4NY5A 1L03A 2HU3A 3C7ZA 2MEHA 1NHBA 4NHTA 1LJFA 3ZVQB 1JUGA 4LDEA 1A4VA 1T8AA 1LHJA 3HDFA 5FEKA 3SB9A 5KXTA 4ZIXA 1C67A 1LJ4A 3WULA 4DD7A 4NEBA 183LA 4ARQB 3FI5A 1CV1A 3OJPA 4R6CA 2ZYCA 1WQQA 4TX7A 1DZBX 3N9AA 1L22A 3CSQA 4DD0A 2LHMA 2Q0MX 1L33A 1OWYA 1YQVY 3L2XA 4RDSA 1IC5Y 1BGIA 1L23A 4YOPA 4NIJA 4XJGA 2LYOA 2W1YA 5L3HA 1DXJA 1OYUA 1LGXA 221LA 216LA 1YAQA 2OU0X 4H9HA 1GF5A 4XYYA 4N1EI 3KAMA 4I8SA 1GE4A 3HUAA 4WLYA 1LSEA 1IP1A 1UIFA 1LZ6A 1C61A 1C6BA 1L37A 1G7HC 1LMAA 1C63A 4W56A 1GB8A 1CU2A 3ATNA 2BQLA 1LZ4A 126LA 178LA 1LSCA 4EPFA 1BB5A 1QTZA 4EOFA 1TBYA 2Q9DA 140LA 1AT5A 1LHIA 1LAAA 4J7VA 2DQEY 1IWWA 1TDYA 5KXWA 1GB3A 4H92A 3C8RA 1L52A 3JR6A 4ARMA 4DD9A 2YBHA 4QY9A 2F32A 2BQFA 3AYQA 7LZMA 134LA 3GULA 1IP2A 1D6QA 3HT6A 4CFOA 2HUBA 3GXRA 3QY4A 1LYEA 4KT3A 1D2WA 1GXXA 4C5FA 215LA 1L50A 244LA 1DYDA 4H8XA 4I7RA 4ARPA 1JQUA 4KXIA 1OVJA 1LKRA 3G3AB 2YSSC 3OE9A 4LDOA 1QTHA 1LJ3A 1XSFA 2YDGA 5D5FA 5LVIA 1ZYTA 3K3TA 4ANRA 4OW1A 1CU0A 1PQJA 1OP9B 3VWOA 171LA 4G4CA 1LI6A 4XJIA 1L06A 4GCBA 2W1MA 1L07A 5L3IA 4ZPUA 1LYJA 205LA 1GD6A 2DQJY 1KW5A 210LA 1QSAA 2RBOA 248LA 3LN2A 2ZNXY 4YENA 2Z2EA 1G7JC 1L99A 4B4IA 1A2YC 1C6LA 2MEGA 4TSBA 1LOZA 236LA 3SN6R 1DPXA 1C6AA 1QTEA 1LZTA 1LZCA 4DYGA 1CU5A 5KKJA 1UICA 3SB5A 5LVJA 4H9BA 1G7LC 1IR8A 4HTQA 192LA 1V7TA 1L81A 3TXIA 193LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KIP C;  1L70 A;  2BQO A;  1IP5 A;  1B7S A;  2MEE A;  3OE0 A;  4W59 A;  4OOO A;  4R0F A;  4DD3 A;  213L A;  1L01 A;  1GFV A;  1XEP A;  235L A;  4J0L A;  1JWR A;  5APF A;  4KPM A;  5E4P A;  4GRV A;  2B6Z A;  1FN5 A;  1H87 A;  233L A;  1IX0 A;  5F9X A;  1C6J A;  1VDP A;  3W6A A;  1WQP A;  4LT1 A;  3AW6 A;  1C6P A;  1HFX A;  1L89 A;  5C6L A;  5B1F A;  2BQH A;  125L A;  1C43 A;  1LJK A;  2Z37 A;  1L30 A;  4LYC A;  148L E;  4HTK A;  4N8Z A;  4OWC A;  5LZM A;  1QIO A;  2C8O A;  5B07 A;  1CUQ A;  2ZNW Y;  5T3F A;  2LZM A;  1C6C A;  4LZT A;  3HH4 A;  4YXA C;  5M1Y A;  5I14 A;  1EQ4 A;  1LWK A;  1QT4 A;  160L A;  4I7P A;  5IHG A;  1L38 A;  1GBO A;  237L A;  3J6K A;  3P65 A;  1L14 A;  189L A;  229L A;  1L67 A;  1MEL L;  1NDM C;  3FI7 A;  3SP3 A;  4XJD A;  206L A;  2HEB A;  1LYY A;  1JJ1 A;  2CUU A;  1L94 A;  2Z18 A;  1LSG A;  1YAO A;  1VAU A;  231L A;  2B5Z A;  3G3W A;  4I7Q A;  1YAP A;  3CDO A;  2BQJ A;  247L A;  5IEL A;  6LYZ A;  1BB4 A;  4NHI A;  3HWL A;  2HUM A;  3HTB A;  1OUD A;  5B06 A;  2RAY X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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