1C6JA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6jA00
6LZMA 233LA 1CU3A 1CUPA 3F9LA 1L23A 1G0MA 211LA 1PQJA 1L00A 1QTDA 1L87A 1LYIA 1QSBA 1G0GA 1C68A 1L74A 2RBNA 1C6TA 1L41A 1C6LA 2OU8A 107LA 1PQDA 3SBBC 1C6BA 3DN6A 2RBPA 1T8FA 7LZMA 3NY8A 1CV4A 177LA 4I7LA 1L77A 3HU8A 4EXMA 3JR6A 1T6HA 175LA 236LA 1L55A 1P2RA 3HH4A 2OU0X 237LA 3CDVA 1CV1A 163LA 1CU6A 227LA 1SX2A 1C6GA 1QS9A 242LA 3HDEA 3HUQA 226LA 1L73A 1ZWNA 181LA 110LA 1L42A 2Z6BA 4ARQB 2RB2X 4YXAC 104LA 3GUJA 213LA 3SB5A 172LA 1DYFA 4W56A 3FI5A 1G1VA 253LA 137LA 4LZMA 1G0LA 2A4TA 1KY1A 180LA 1QTZA 4ARMA 1SWZA 3NYAA 2OE4X 5I14A 4W58A 3PDSA 1C6CA 258LA 1C6HA 1L67A 1L01A 170LA 2O79A 130LA 4PK0A 4E97A 4DAJA 1L57A 3F8VA 1L22A 2B73A 1L86A 1OVHA 3C83A 115LA 1PQOA 1PQKA 1L60A 259LA 4I7QA 248LA 218LA 2RBRA 1L66A 3QAKA 4K5YA 1C64A 1T97A 238LA 200LA 2OTYX 4YXCA 250LA 1L81A 1QUHA 1L79A 1QUGA 1LI6A 1L48A 1PQIA 1L40A 244LA 1L89A 1G0KA 2HUKA 3HH3A 151LA 1XJUA 5LZMA 1L04A 171LA 1L38A 1L51A 1P6YA 1OV5A 2RAYX 4EPIA 1L98A 120LA 1LGXA 4I7KA 119LA 1L93A 225LA 1L09A 3OE8A 1PQMA 220LA 4S0WA 224LA 3DMZA 223LA 235LA 229LA 1L68A 2RB0X 2B74A 216LA 1L19A 1LWKA 1L65A 1C67A 1L64A 4DJHA 1L37A 198LA 160LA 1L82A 1QTBA 2F32A 1L61A 2OEAX 1L24A 1LI3A 1L33A 148LE 1QT7A 173LA 1CTWA 3C8QA 1C62A 1WTHA 1C6QA 3DN0A 1QSQA 1L27A 1DYBA 3DKEX 2F47A 1L11A 1C69A 3CDTA 3G3VA 1P37A 1C61A 1I6SA 1L90A 1L95A 4LDLA 3K2RA 3HUKA 3DN4A 1TLAA 2B6TA 1OWZA 1C6FA 2O4WA 3RZEA 127LA 159LA 147LA 1CU2A 1CX7A 1L50A 1L20A 3GUNA 4I7PA 195LA 1G0JA 1L99A 1QT6A 4DKLA 1D2YA 114LA 113LA 1L12A 1L29A 1C65A 1L91A 188LA 3SB9A 149LA 3DN3A 4IAPA 1D2WA 189LA 1CX6A 1SSYA 138LA 1QTHA 4ARPA 2Q9EA 112LA 1T8GA 1L97A 2B6ZA 3CDQA 123LA 1L69A 3FA0A 3HU9A 1JQUA 234LA 4LDEA 1LW9A 1L76A 252LA 3GULA 230LA 232LA 3NY9A 103LA 1DYAA 1L63A 3FADA 4I7RA 4PJZA 1C6NA 3SB8A 167LA 4I7OA 1KS3A 1KW5A 4EJ4A 1L56A 2Q9DA 3DMXA 125LA 1P36A 1D3MA 219LA 1JTNA 1L15A 187LA 2OU9A 221LA 3OE0A 157LA 1P5CA 2RBOA 1CV6A 131LA 222LA 1EPYA 254LA 1ZYTA 1L30A 3DN1A 1D3NA 1DYCA 1L05A 2RB1X 1G06A 4EPFA 1L47A 3L2XA 210LA 4EKQA 1L35A 161LA 1P46A 143LA 1C63A 199LA 1L92A 1D3JA 228LA 1QS5A 1LGWA 4I7TA 122LA 164LA 1OV7A 3ODUA 1L25A 3SN6R 4I7JA 1LGUA 1L06A 1K28A 1C6MA 176LA 141LA 1P3NA 1L96A 3HH5A 1L53A 209LA 2OE9X 197LA 1L32A 2LCBA 3GUOA 1CU5A 1D9WA 1G0PA 129LA 1KNIA 2OE7X 2RBSA 126LA 1L13A 4W55A 3C82A 3C80A 4W52A 4AQNA 1LYJA 146LA 1G1WA 1LWGA 118LA 3UONA 1CU0A 192LA 1L08A 1L03A 1L18A 1QUOA 2B7XA 2LZMA 3HTDA 1XEPA 1B6IA 3OE6A 1L94A 3DNAA 2B70A 1L83A 217LA 215LA 243LA 4YX7C 1DYDA 1L39A 2L78A 206LA 257LA 3CDRA 3EMLA 102LA 241LA 1L02A 3HT7A 3DN2A 1C6PA 1SSWA 1CVKA 158LA 111LA 2ANXA 1L71A 156LA 1L45A 3CDOA 2B75A 1L84A 4W57A 2LC9A 1L36A 1L72A 1G0QA 1L31A 1DYGA 2NTGA 140LA 184LA 128LA 1L34A 1SWYA 166LA 1LYGA 1G07A 214LA 183LA 1LI2A 162LA 2RAZX 1JTMA 3GUPA 1L0JA 1QUDA 196LA 3HT8A 1L26A 168LA 2B6YA 2HUMA 240LA 3OE9A 1QT8A 201LA 262LA 191LA 1L16A 1ZURA 2IGCA 1L21A 1P7SA 3L64A 1L70A 144LA 2OTZX 3DN8A 1DYEA 1L62A 1OWYA 1P56A 2RBQA 261LA 247LA 165LA 1OVJA 1CV5A 1L44A 3C8SA 3HH6A 186LA 3C7WA 145LA 3HT9A 1SX7A 3RUNA 1L10A 3HTBA 3LZMA 185LA 1LLHA 1T8AA 1C6DA 2B6WA 3D4SA 1L54A 255LA 1LYFA 1L58A 1L88A 169LA 109LA 4W51A 1D3FA 1P2LA 3DMVA 251LA 1L43A 3V2WA 2O7AA 4W54A 1NHBA 1CV3A 2HULA 3SB6A 1LYDA 246LA 3HUAA 3GUKA 1C66A 4ARJA 3HTGA 2CUUA 3HT6A 3C7YA 1LPYA 1L75A 174LA 4GBRB 4ZPUA 4I7NA 1LYEA 205LA 1C6AA 239LA 4W59A 1KW7A 3GUMA 3VW7A 1P64A 1C6JA 3C8RA 1L59A 3C81A 1OVKA 3C7ZA 142LA 3G3WA 2B72A 245LA 2NTHA 3PBLA 4LDOA 1KY0A 1LYHA 1QTVA 1L14A 231LA 1OYUA 1C6IA 3HWLA 256LA 1L85A 1XJTA 4EKRA 3SBAA 152LA 1CUQA 3HDFA 108LA 1L46A 4I7SA 249LA 1L28A 2QARC 150LA 4EKSA 1L52A 212LA 4ARLA 3V2YA 1QTCA 1L0KA 178LA 1C6EA 1QT3A 182LA 1QT5A 3SB7A 4GRVA 1QT4A 1C60A 4EKPA 1L80A 3HTFA 2RH1A 2ANVA 155LA 190LA 4ARMB 139LA 260LA 1L49A 4I7MA 4OO9A 2QB0B 4W53A 2F2QA 3G3XA 1C6KA 2B6XA 1CV0A 1L17A 4ARQA 3GUIA 1L07A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSPA 233LA 1LSGA 3WW6A 3A6BY 4WLTA 1SQ2L 1PQJA 1GE3A 2BAAA 4HP0A 1QTDA 2MEIA 1YIKA 3GXKA 1WQQA 1G0GA 1BB7A 2RSCA 1FBIX 2RBNA 5E4PA 1IWWA 3A3QA 2OU8A 4ZIXA 5I4XA 2YBMA 4OWCA 3W3EA 1GDWA 5LAFA 3HU8A 2FYDA 3AB6A 1PS5A 175LA 1NMMA 236LA 3P64A 1XFPL 4DYGA 3HH4A 4M6DA 1YAOA 163LA 4WM3A 4HTNA 1SX2A 1C6GA 1VAUA 2XTHA 4LYZA 1HELA 1GF6A 1L73A 1ZWNA 5ILCA 181LA 110LA 2Z6BA 4ARQB 5KXZA 4YXAC 4QGZA 213LA 1KIRC 5KXKA 172LA 5FEKA 1G1VA 1G7MC 4XJDA 2F30A 1IWYA 3T36A 1FLUA 2A4TA 4PGJB 4WM5A 1SWZA 4YENA 3D9AC 4W58A 4AGAA 3PDSA 1C6HA 1L67A 4TSCA 4ET9A 4J1BA 3F8VA 1OVHA 3TXIA 1DQJC 1L66A 3QAKA 1C64A 1T97A 1C45A 1QUGA 3TXBA 4WLYA 4J0LA 1G0KA 3EXDA 4Z3MA 5LZMA 3RT5X 4QDNA 3BKVA 2RAYX 1BVXA 1OV5A 1L98A 2Z2EA 1L93A 3AZ7A 3WPKA 3OE8A 3RNXA 4HJVA 5EBHA 2Q0MX 2RB0X 2MEHA 216LA 4DJHA 1B7OA 160LA 1QTBA 4H9EA 1L24A 1L33A 4E3UA 3C8QA 4W94A 1WTHA 1IIZA 5C6JA 1FKQA 4N1EI 2FBDA 3CDTA 4XJGA 3B6LA 2DQDY 3AZ5A 2I6ZA 4LYMA 3K2RA 1LMCA 1OWZA 1C6FA 1BHZA 4H94A 3K3TA 1L99A 2C8PA 1C65A 4NEBA 1GFRA 2G4QA 149LA 189LA 1D6QA 1W08A 4ARPA 4OWEA 112LA 1GF0A 3LHMA 1BGIA 1FLQA 4QY9A 1B7SA 3WXUA 1QQYA 2HU3A 1LSNA 1DYAA 1YAQA 4XJHA 3WUMA 1KW5A 2MEAA 2Q9DA 3DMXA 2CJLA 1NQIA 1YQVY 3OE0A 221LA 157LA 2RBOA 1EPYA 4OW1A 1D3NA 1F6RA 1IOSA 134LA 1G06A 5A3ZA 2ZQ3A 3ZVQB 161LA 2FYCA 1P46A 1NBYC 143LA 4DD9A 5IHGA 4RDSA 3HBDA 4I7JA 4UWVA 2ZQ4A 2MECA 1L96A 1L53A 209LA 4UWNA 4NHQA 5F9XA 3GUOA 3B0OA 1C10A 1D9WA 2OE7X 1L13A 3C82A 4HTQA 146LA 1JTPL 5FCPA 3WU8A 192LA 2LZMA 1L08A 4D9ZA 1LAAA 1XEPA 1WTMA 2B70A 1NHEA 217LA 1F0WA 1DYDA 1GF8A 3CDRA 5D5FA 3AGIA 241LA 1L02A 4OOTA 1C6PA 4DQ7A 5LINA 156LA 1L45A 2B75A 2VB1A 1L84A 2LC9A 5LVHA 1B2KA 1XGTC 5I5QA 2RAZX 1JTMA 3GUPA 1G7JC 1L26A 4H92A 2MEBA 1LTMA 1UIGA 3QNGA 2MEEA 1GFKA 201LA 1LZCA 2IGCA 1FLYA 3L64A 1NF5A 2OTZX 3G3BB 4UWUA 2D4JA 2HEEA 1GFHA 165LA 1OVJA 3G3AB 1LZNA 3HH6A 186LA 1C43A 2WARA 1FDLY 3HTBA 185LA 4N9RA 255LA 4R6CA 1QUTA 1L88A 1YL1X 1ZVHL 4ETEA 1D3FA 1IP6A 4WL6A 246LA 5KJ9A 1IOCA 4XJBA 1FKVA 2CUUA 5II3A 1BB4A 2F4AA 135LA 3GUMA 3W6FA 1LKSA 1XEIA 1B7NA 1OVKA 4NFVA 2XJWA 2F2NA 1OYUA 4WO6A 1IEEA 1D9UA 2YSSC 2HTXA 2G4NA 1IVMA 108LA 5LA8A 1ZVYB 4H8ZA 2QARC 4DQ5A 1BWHA 1GB8A 150LA 4EKSA 2W1MA 3KAMA 4GN5C 1L0KA 3N9AA 4CJ2A 1J1OY 4GCFA 1C6EA 1QT3A 1QT5A 3W6DA 3AJNA 5DL9A 1GB2A 1YKXX 4H8YA 155LA 1LSFA 1V7SA 3AYQA 4J7VA 4G4HA 3AW7A 4OO9A 3G3XA 4ARQA 1CKFA 4GCEA 5KXOA 132LA 3P66A 211LA 3WH1A 1Z55A 1L00A 1L87A 2F4GA 1IY4A 4LYCA 1W6ZA 1WTNA 1PQDA 2DQJY 2N5ZA 4LFXA 1HFXA 2RBPA 3DN6A 7LZMA 3NY8A 1YANA 4DDCA 1LHMA 4DT3A 1PZYA 3QY4A 1L55A 4FDYA 1G7LC 1CV1A 3LYMA 227LA 4H90A 4OWHA 1QS9A 5LAGA 1L42A 104LA 3MGWA 1GEVA 3SB5A 2MEFA 1HEQA 3FI5A 1LSBA 1GE4A 5C6IA 1LKRA 3WU7A 5LYMA 4TTDA 1QTZA 3NYAA 1JJ1A 2OE4X 5I14A 1QIOA 1C6CA 1BWIA 258LA 2YBNA 2O79A 5LYTA 1UA6Y 1L57A 1L86A 115LA 1HMLA 1LHIA 1PQOA 1PQKA 1JJ0A 2ZIKA 2YDGA 200LA 5F81A 3A3RX 5HMVA 1L79A 1HC0A 1LZAA 244LA 1L89A 3W6EA 4A7DA 4DDAA 1LZ1A 2HUKA 1LYSA 151LA 2BQAA 5KXRA 171LA 1DI4A 4ANRA 1FLWA 5B06A 1LGXA 2BQBA 1G7IC 5APFA 1IP3A 1L68A 2B74A 1L19A 1LWKA 1C67A 1QTEA 5F9UA 1L61A 2B5ZA 1UUZC 1CTWA 1C62A 1IWTA 4NGVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSP A;  233L A;  1LSG A;  3WW6 A;  3A6B Y;  4WLT A;  1SQ2 L;  1PQJ A;  1GE3 A;  2BAA A;  4HP0 A;  1QTD A;  2MEI A;  1YIK A;  3GXK A;  1WQQ A;  1G0G A;  1BB7 A;  2RSC A;  1FBI X;  2RBN A;  5E4P A;  1IWW A;  3A3Q A;  2OU8 A;  4ZIX A;  5I4X A;  2YBM A;  4OWC A;  3W3E A;  1GDW A;  5LAF A;  3HU8 A;  2FYD A;  3AB6 A;  1PS5 A;  175L A;  1NMM A;  236L A;  3P64 A;  1XFP L;  4DYG A;  3HH4 A;  4M6D A;  1YAO A;  163L A;  4WM3 A;  4HTN A;  1SX2 A;  1C6G A;  1VAU A;  2XTH A;  4LYZ A;  1HEL A;  1GF6 A;  1L73 A;  1ZWN A;  5ILC A;  181L A;  110L A;  2Z6B A;  4ARQ B;  5KXZ A;  4YXA C;  4QGZ A;  213L A;  1KIR C;  5KXK A;  172L A;  5FEK A;  1G1V A;  1G7M C;  4XJD A;  2F30 A;  1IWY A;  3T36 A;  1FLU A;  2A4T A;  4PGJ B;  4WM5 A;  1SWZ A;  4YEN A;  3D9A C;  4W58 A;  4AGA A;  3PDS A;  1C6H A;  1L67 A;  4TSC A;  4ET9 A;  4J1B A;  3F8V A;  1OVH A;  3TXI A;  1DQJ C;  1L66 A;  3QAK A;  1C64 A;  1T97 A;  1C45 A;  1QUG A;  3TXB A;  4WLY A;  4J0L A;  1G0K A;  3EXD A;  4Z3M A;  5LZM A;  3RT5 X;  4QDN A;  3BKV A;  2RAY X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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