1C6PA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6pA00
1SWYA 141LA 110LA 1L69A 2RAZX 169LA 1P56A 2OE7X 1L74A 4W52A 1L65A 258LA 1LGXA 1DYCA 3NY9A 1L18A 4I7LA 1L79A 1L96A 3GUIA 1L63A 3HT9A 2F47A 1SX7A 205LA 201LA 1C6IA 196LA 213LA 1L29A 159LA 1L04A 182LA 1L37A 209LA 1PQIA 177LA 2RBQA 2HUMA 4DJHA 4ARPA 1L07A 1L61A 2B70A 162LA 4S0WA 3DMVA 1L46A 199LA 2LC9A 2B6YA 1QT5A 1L90A 115LA 3C7ZA 4W57A 1L23A 3DMZA 2B72A 250LA 1C6KA 4I7MA 4ARQA 1OWZA 1CU6A 3C8SA 1C6TA 2HULA 3DN0A 1L14A 1C60A 107LA 130LA 118LA 1L97A 1P64A 3HDEA 1L36A 2B6WA 1CV1A 1QT3A 2NTGA 3HH4A 175LA 1JTNA 3NY8A 211LA 2OTZX 1L52A 1SWZA 1QT4A 171LA 4OO9A 4W54A 4EKRA 4ARJA 147LA 184LA 2B73A 4IAPA 2RH1A 2O4WA 223LA 3HT6A 1L99A 3CDOA 5LZMA 3ODUA 1L87A 3OE0A 1L95A 2RB1X 1P6YA 1P3NA 4EKQA 3G3VA 261LA 1P36A 3GUPA 1G0LA 3HH5A 3K2RA 1CUQA 1L00A 1G06A 1L55A 1KW5A 217LA 3V2YA 3DKEX 2ANVA 168LA 150LA 1L42A 3SBAA 237LA 158LA 151LA 1C65A 188LA 1C6GA 243LA 218LA 119LA 228LA 4AQNA 2F2QA 3UONA 1L09A 227LA 1QTZA 1L93A 4W58A 1G0PA 4ARQB 7LZMA 3PDSA 235LA 4PK0A 3C82A 1C6BA 1JTMA 1L57A 191LA 120LA 6LZMA 1L45A 155LA 257LA 1QTCA 1L0JA 1L53A 1L98A 186LA 1L76A 1OWYA 2CUUA 1C6LA 1CV4A 232LA 142LA 1L22A 1L44A 2RB0X 2LZMA 2RBRA 1L25A 206LA 145LA 1G0GA 1QS9A 1L33A 4ZPUA 2B6ZA 2A4TA 260LA 1DYAA 181LA 3HH3A 103LA 122LA 1L88A 1L39A 1L08A 3V2WA 2RBNA 3DN2A 4E97A 1L85A 1KS3A 1C6JA 4GBRB 245LA 3CDVA 1L15A 242LA 1L32A 3DN8A 1P46A 3GUKA 189LA 4I7TA 1L81A 1L64A 3F9LA 2B6XA 2OEAX 226LA 4I7RA 1KY1A 1SSYA 1C6NA 249LA 1ZURA 1G1WA 1L38A 3PBLA 4I7KA 233LA 4I7NA 3DN6A 3EMLA 1CTWA 200LA 1OVKA 4DAJA 174LA 1LYJA 239LA 1L91A 1C6AA 259LA 3DN3A 247LA 2B74A 1L43A 234LA 3FA0A 1G0KA 1L19A 216LA 1D3MA 1T8GA 1L60A 4W56A 1DYGA 1QT8A 3DNAA 220LA 224LA 3C80A 176LA 1QSQA 1L71A 1CU3A 173LA 1XJTA 251LA 1L40A 2O7AA 183LA 4LDEA 180LA 3HDFA 1L56A 256LA 1L13A 1C69A 1NHBA 2B75A 3OE8A 1C64A 3HTFA 3HTGA 3L64A 236LA 160LA 1T6HA 1C6FA 2RBSA 4K5YA 231LA 1L05A 1QUGA 4EPIA 1L24A 1L48A 1T97A 3NYAA 222LA 139LA 148LE 1L41A 2NTHA 1G0JA 254LA 170LA 212LA 1LI2A 161LA 1D2YA 126LA 1G0QA 3HWLA 1L06A 2QB0B 3HU8A 127LA 1OVJA 3L2XA 2B6TA 3HT7A 1C63A 1C6PA 3SB6A 1CV5A 2OU8A 1PQKA 1DYDA 4W59A 1L80A 1L68A 1L84A 1C6QA 1L62A 3G3WA 230LA 1LYDA 149LA 3GUOA 4EKPA 1L03A 3C7WA 1I6SA 2Z6BA 1G0MA 3SB7A 1DYFA 215LA 252LA 253LA 5I14A 1L34A 3SB5A 1C62A 3QAKA 1D2WA 1LPYA 138LA 1C6HA 1C61A 1L28A 1L89A 112LA 1C66A 3FI5A 1P7SA 1CX6A 246LA 3OE6A 164LA 4LDOA 3C81A 1L20A 4EPFA 1T8AA 221LA 1L17A 2RAYX 4ARLA 1WTHA 4LZMA 2OE4X 1PQOA 1C68A 3GUMA 156LA 1L54A 1D3JA 1CX7A 4EJ4A 1CV6A 3CDRA 1QT6A 1B6IA 1LI6A 1L73A 1L92A 113LA 3CDTA 4LDLA 3SB8A 1CU0A 1L49A 3OE9A 4YX7C 1L27A 4I7QA 137LA 111LA 255LA 3C8QA 4YXCA 1L01A 1CV0A 240LA 4W53A 1CUPA 3F8VA 262LA 129LA 238LA 2OE9X 3HTBA 1D3NA 4W55A 1ZYTA 1C6CA 109LA 1LYHA 4ARMA 2Q9EA 3HT8A 1P2LA 1T8FA 4I7PA 195LA 102LA 131LA 1OV5A 1LYIA 1QTVA 1LGUA 1LYGA 1LWKA 1CV3A 1L30A 1D9WA 1LGWA 165LA 185LA 4EKSA 3C83A 123LA 1KY0A 3C7YA 3HTDA 1SX2A 1L51A 1L10A 3G3XA 2RB2X 114LA 1JQUA 1LLHA 3LZMA 214LA 2QARC 1G07A 1QUHA 2HUKA 1SSWA 4I7SA 172LA 1L16A 128LA 1L31A 1OVHA 1QUOA 125LA 210LA 3HU9A 166LA 1CU2A 3DMXA 1C6DA 2Q9DA 2OU9A 3GUJA 108LA 1LW9A 3HUKA 163LA 1XJUA 3FADA 2B7XA 4DKLA 1L35A 144LA 2RBOA 4I7JA 1K28A 1G1VA 1C67A 3SBBC 167LA 1C6MA 1L12A 1KW7A 1ZWNA 3VW7A 219LA 1L75A 1QSBA 198LA 225LA 4PJZA 1L83A 1L66A 2LCBA 1PQDA 1QUDA 3SN6R 4ARMB 1QS5A 1L86A 3C8RA 248LA 140LA 1LWGA 1L0KA 1DYEA 1QT7A 3JR6A 2L78A 3RZEA 4W51A 1L58A 1L50A 3CDQA 1OV7A 152LA 1L77A 4GRVA 1L70A 3DN1A 1L02A 1L72A 3DN4A 1XEPA 1C6EA 1D3FA 1LYFA 1QTDA 2OU0X 178LA 4EXMA 104LA 1QTBA 1EPYA 2F32A 157LA 3HUAA 1L26A 1L59A 3HH6A 3SB9A 1P2RA 143LA 1P5CA 1QTHA 2RBPA 1L94A 2O79A 1KNIA 1L11A 190LA 3GUNA 197LA 1OYUA 1P37A 146LA 241LA 4YXAC 1CU5A 2IGCA 2OTYX 1DYBA 1L67A 244LA 1TLAA 1L47A 3D4SA 1CVKA 1PQJA 2ANXA 3GULA 187LA 1L21A 1L82A 1PQMA 229LA 1LYEA 4I7OA 3HUQA 192LA 1LI3A 3RUNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SWYA 1ZMYL 3D3DA 1FLUA 1LGXA 4AGAA 2YSSC 5LYMA 1CJ8A 5C6LA 132LA 4Z46A 3P66A 4XJFA 2MEBA 1L96A 1RFPA 3GUIA 2YBIA 1JTPL 4WLYA 4HTNA 213LA 1L29A 159LA 4ANRA 3WPJA 182LA 209LA 2D91A 177LA 2RBQA 4DJHA 4ARPA 1L61A 3T36A 1ZV5L 1L46A 3AB6A 1QTEA 2LC9A 5LINA 1QT5A 1L90A 4NGZA 5HMJA 4J7VA 4ZFPA 1LMOA 2B72A 4I7MA 1CNSA 2A7FA 4ARQA 3RU5A 1OWZA 1GE4A 3W6FA 1JUGA 1LMAA 130LA 1FBIX 4LYBA 1QT3A 2Z39A 1EQ4A 4RLNA 1IC4Y 1JTNA 3CQLA 3NY8A 5B59A 1SWZA 3WUMA 1QT4A 171LA 2H9JA 4OO9A 1IP1A 4B4JA 4DQ5A 1QUTA 2XQOA 1L99A 5LZMA 1CKHA 3B0KA 3ODUA 3WVXA 5KKJA 3RT5X 2W1MA 1GF0A 3B6LA 1G0LA 3WU7A 1EQEA 1YAOA 2XBRA 1G06A 4Z98A 5B07A 3V2YA 1KW5A 217LA 1NQIA 168LA 1OP9B 1L42A 2HEBA 4OOTA 1QDTA 1ZVHL 2BQBA 4H9HA 4NFVA 1LJIA 1IO5A 4NSJA 237LA 151LA 188LA 243LA 4B4EA 4XADA 2C8OA 4B0DA 1GB6A 4HP0A 1KIRC 1TEWA 1QTZA 3LYZA 4W58A 5DN4A 4PK0A 4C3WA 5LA5A 1C6BA 5AMYA 1L57A 191LA 6LZMA 3A34A 4BAPA 1GF9A 1L45A 1JSEA 186LA 2RB0X 4FDYA 2LZ2A 2LZMA 4TTDA 2LYMA 4ETAA 4C5FA 2HEEA 208LA 2BQHA 1DYAA 3TXGA 4GN3A 4LYZA 4DQ7A 4GBRB 245LA 4G4CA 3CDVA 242LA 1P46A 1LZ6A 189LA 1HFXA 1L81A 3F9LA 2B6XA 1J1OY 4NGOA 1HERA 4CGEA 1HSWA 5C6IA 3TMWA 1G1WA 233LA 4PRUA 1OVKA 174LA 1JPOA 1C6AA 3WUAA 5I4XA 4LT1A 3WYHA 1D3MA 1T8GA 4DD3A 4N0JA 1PZYA 3N9AA 3DNAA 1DPWA 1QSQA 4W94A 2FBDA 1GE3A 183LA 3RW8A 256LA 1NHBA 1D0KA 5J7CA 5LIOA 2D4JA 2MEDA 236LA 2ZNWY 4BS7A 1C6FA 2RBSA 1NDMC 3D9AC 1YILA 133LA 1JJ0A 2XBSA 4GCBA 4PJ2C 1GFVA 1IC7Y 1F0WA 5F14A 3W6EA 6LYTA 139LA 1L41A 2NTHA 1OUDA 2MECA 1TBYA 3HWLA 4H1PA 1L06A 1GBYA 2H5ZA 2HECA 3SB6A 1DYDA 4NHTA 1L80A 1L84A 4LYMA 1LHJA 1T6VL 149LA 1L03A 1A2YC 1J1XY 1JJ1A 2G4QA 3SB5A 1C62A 1B7QA 1CJ7A 1LPYA 1GFHA 1O23A 1C6HA 1L89A 112LA 2BQKA 3FI5A 1LHKA 1P7SA 1YL0X 1LMCA 246LA 1HHLA 4P2EA 5KXKA 2D4IA 3AZ7A 4OOOA 2RAYX 4NGIA 1WTHA 4LZMA 5FDJA 1PQOA 156LA 1L54A 1YKYX 1CX7A 3W6AA 1WQQA 3A8ZA 1LMQA 3LYMA 4KXIA 4WM6A 1JKAA 1GFJA 255LA 193LA 3C8QA 2HEAA 240LA 1OUJA 5FSTA 4TSCA 1V7SA 4I8SA 4LFXA 129LA 2YVBA 2X0AA 4W55A 4YEMA 1C6CA 4I7PA 2AUBA 2F30A 1LYIA 3VWOA 1L30A 1D9WA 2C8PA 6LYZA 5DLAA 5LVHA 1LPIA 3G3AB 3P65A 4NG8A 2F4GA 1REMA 4LFPA 1JQUA 5B06A 3LZMA 3CT1A 4WO6A 4L41A 2HUKA 4I7SA 172LA 1BB3A 4BAFA 4DDAA 3G3BB 210LA 166LA 4XJBA 3GUJA 5A3ZA 3FADA 1VFBC 2B7XA 1L35A 2RBOA 4H91A 4I7JA 4KT3A 1L12A 5KXXA 1KW7A 2ZQ4A 1DI5A 4OWEA 4LT0A 4OWCA 1UA6Y 1GD6A 1PQDA 3SN6R 5B05A 4LYCA 1L86A 2NWDX 3WMKA 1FKQA 1GXXA 3EO5A 1LOZA 1LMNA 4PPOA 3RZEA 1IP6A 1LJEA 1LHHA 3BKVA 4H93A 1BGIA 3CDQA 1OV7A 4H9AA 1JSFA 3DN1A 1B0DA 1GB2A 1L72A 4NGKA 1IORA 1B7PA 4HTKA 1D3FA 1LYFA 178LA 1LKSA 2HU3A 4EXMA 2F32A 1L59A 2RBPA 1L94A 5L3IA 1H6MA 4YOPA 1J1PY 1OUIA 2BLXA 1P37A 2W1LA 241LA 3A91A 5I4YA 1CU5A 4R0FA 1L67A 1IEEA 4N1EI 1B2KA 244LA 1GBOA 1LSFA 1C46A 4NSIA 4IASA 4EOFA 1L21A 1LYEA 1Z55A 1YANA 1LI3A 4N1CC 110LA 2OE7X 4W52A 5A3EA 3WU8A 3W3EA 1W08A 3MGWA 1IR8A 1SX7A 2Q0MX 201LA 1BB6A 1C6IA 196LA 5KKIA 1L04A 5HLLA 1GDWA 2HTXA 4LYTA 5T3FA 2HUMA 4KPMA 1L07A 2ZWBA 1DPXA 3DMVA 1LTMA 115LA 3C7ZA 1OUBA 1DQJC 3DMZA 5F81A 1LYYA 4DYGA 1C6TA 1L14A 5FHWA 107LA 1L97A 4U3XB 3HH4A 4I0CA 5L3HA 2I25L 4PGJB 4W54A 5HQ1A 1IWXA 1F6RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SWY A;  1ZMY L;  3D3D A;  1FLU A;  1LGX A;  4AGA A;  2YSS C;  5LYM A;  1CJ8 A;  5C6L A;  132L A;  4Z46 A;  3P66 A;  4XJF A;  2MEB A;  1L96 A;  1RFP A;  3GUI A;  2YBI A;  1JTP L;  4WLY A;  4HTN A;  213L A;  1L29 A;  159L A;  4ANR A;  3WPJ A;  182L A;  209L A;  2D91 A;  177L A;  2RBQ A;  4DJH A;  4ARP A;  1L61 A;  3T36 A;  1ZV5 L;  1L46 A;  3AB6 A;  1QTE A;  2LC9 A;  5LIN A;  1QT5 A;  1L90 A;  4NGZ A;  5HMJ A;  4J7V A;  4ZFP A;  1LMO A;  2B72 A;  4I7M A;  1CNS A;  2A7F A;  4ARQ A;  3RU5 A;  1OWZ A;  1GE4 A;  3W6F A;  1JUG A;  1LMA A;  130L A;  1FBI X;  4LYB A;  1QT3 A;  2Z39 A;  1EQ4 A;  4RLN A;  1IC4 Y;  1JTN A;  3CQL A;  3NY8 A;  5B59 A;  1SWZ A;  3WUM A;  1QT4 A;  171L A;  2H9J A;  4OO9 A;  1IP1 A;  4B4J A;  4DQ5 A;  1QUT A;  2XQO A;  1L99 A;  5LZM A;  1CKH A;  3B0K A;  3ODU A;  3WVX A;  5KKJ A;  3RT5 X;  2W1M A;  1GF0 A;  3B6L A;  1G0L A;  3WU7 A;  1EQE A;  1YAO A;  2XBR A;  1G06 A;  4Z98 A;  5B07 A;  3V2Y A;  1KW5 A;  217L A;  1NQI A;  168L A;  1OP9 B;  1L42 A;  2HEB A;  4OOT A;  1QDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1SWY A;  1ZMY L;  3D3D A;  1FLU A;  1LGX A;  4AGA A;  2YSS C;  5LYM A;  1CJ8 A;  5C6L A;  132L A;  4Z46 A;  3P66 A;  4XJF A;  2MEB A;  1L96 A;  1RFP A;  3GUI A;  2YBI A;  1JTP L;  4WLY A;  4HTN A;  213L A;  1L29 A;  159L A;  4ANR A;  3WPJ A;  182L A;  209L A;  2D91 A;  177L A;  2RBQ A;  4DJH A;  4ARP A;  1L61 A;  3T36 A;  1ZV5 L;  1L46 A;  3AB6 A;  1QTE A;  2LC9 A;  5LIN A;  1QT5 A;  1L90 A;  4NGZ A;  5HMJ A;  4J7V A;  4ZFP A;  1LMO A;  2B72 A;  4I7M A;  1CNS A;  2A7F A;  4ARQ A;  3RU5 A;  1OWZ A;  1GE4 A;  3W6F A;  1JUG A;  1LMA A;  130L A;  1FBI X;  4LYB A;  1QT3 A;  2Z39 A;  1EQ4 A;  4RLN A;  1IC4 Y;  1JTN A;  3CQL A;  3NY8 A;  5B59 A;  1SWZ A;  3WUM A;  1QT4 A;  171L A;  2H9J A;  4OO9 A;  1IP1 A;  4B4J A;  4DQ5 A;  1QUT A;  2XQO A;  1L99 A;  5LZM A;  1CKH A;  3B0K A;  3ODU A;  3WVX A;  5KKJ A;  3RT5 X;  2W1M A;  1GF0 A;  3B6L A;  1G0L A;  3WU7 A;  1EQE A;  1YAO A;  2XBR A;  1G06 A;  4Z98 A;  5B07 A;  3V2Y A;  1KW5 A;  217L A;  1NQI A;  168L A;  1OP9 B;  1L42 A;  2HEB A;  4OOT A;  1QDT A; 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