1C6QA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6qA00
1C6AA 1G0KA 1L51A 1OVKA 190LA 1T8AA 1QTVA 3HU9A 171LA 235LA 3ODUA 168LA 118LA 3HUAA 162LA 1C6IA 1L71A 1L72A 1L0KA 1CV1A 131LA 220LA 4W52A 1L23A 2RBOA 1LW9A 1L96A 1C6CA 188LA 1OVHA 1LYDA 4LDEA 231LA 139LA 198LA 160LA 1KW7A 1P5CA 2RAYX 3L64A 1D2YA 233LA 1LYHA 3DNAA 1C6NA 1DYAA 232LA 1L13A 212LA 3RUNA 2Q9EA 3K2RA 1CU3A 145LA 1L59A 3LZMA 3F8VA 1L98A 4EKRA 3DKEX 1L61A 1LYFA 1SX2A 1L99A 3OE6A 3F9LA 1LGWA 1QUGA 173LA 1L10A 1C6PA 1C6FA 256LA 3PDSA 221LA 1L11A 4IAPA 3CDQA 1L64A 3G3XA 1XJUA 1QT4A 1ZWNA 227LA 1QUDA 1QTZA 2ANXA 3NY9A 1L85A 1C6LA 1JTMA 1QS5A 2RAZX 1C6KA 137LA 1L02A 218LA 1L47A 1QSQA 169LA 1L28A 2NTGA 1ZYTA 4EPIA 4ARMB 2B6WA 1LI6A 1L44A 1G06A 3C81A 4EPFA 2F32A 2B6ZA 3FA0A 138LA 2RB2X 115LA 1CTWA 216LA 4W56A 1LPYA 2B6XA 4GBRB 1LLHA 2B6TA 4I7LA 1L54A 3EMLA 1L90A 1L67A 4ZPUA 1C6GA 1LGUA 119LA 3FI5A 3HWLA 4W53A 148LE 129LA 1XJTA 1LI3A 1L53A 140LA 2B70A 3GULA 1L03A 1L40A 128LA 3OE8A 1G0QA 1L20A 211LA 1L17A 1L38A 187LA 3DMVA 1L82A 1G0MA 1L0JA 2OTZX 4DAJA 239LA 174LA 1C63A 1L25A 3C7YA 2F47A 3D4SA 2OEAX 1LYJA 1L35A 1KY1A 4I7TA 1OWYA 1G0PA 3HT8A 175LA 1P3NA 4EKSA 3HU8A 230LA 1L75A 1C6MA 3GUKA 3SB7A 3SBBC 2O79A 2ANVA 189LA 1L43A 4E97A 4ARMA 1C69A 4W59A 1QTBA 1P7SA 2LCBA 1KNIA 1P6YA 1C6BA 1L12A 1QS9A 1P37A 3QAKA 177LA 1G0JA 1L04A 242LA 240LA 4W57A 3DMXA 3SB5A 158LA 146LA 1L77A 1C6DA 1G1WA 2RBSA 1C6QA 3FADA 5I14A 3V2WA 4EKPA 2NTHA 165LA 1L41A 1LYEA 3GUMA 1L46A 2QARC 4PJZA 151LA 4ARLA 4I7PA 3GUPA 1L15A 1PQMA 1L33A 1JQUA 1C6HA 1C67A 1P36A 1QT3A 1L16A 4YXCA 142LA 3HH5A 3C7ZA 2B6YA 4I7QA 3HTBA 2OTYX 236LA 3GUOA 4LDOA 257LA 4W55A 1L63A 182LA 4ARJA 2B75A 1P2RA 1T6HA 1L83A 3C80A 1L84A 1DYGA 197LA 248LA 1CV3A 1I6SA 1G0LA 3HTDA 4I7OA 244LA 1C62A 4DKLA 104LA 1DYEA 1L55A 2CUUA 3NY8A 243LA 161LA 1CVKA 122LA 1QUHA 1P64A 3PBLA 1CX7A 4I7KA 1QUOA 4YXAC 222LA 1L89A 3SN6R 1QSBA 1LYGA 3GUNA 3HT7A 2O7AA 143LA 3DN4A 3HDFA 225LA 2RBRA 1L50A 1G0GA 3HT9A 7LZMA 1C65A 1L29A 1L91A 1KY0A 1L60A 238LA 245LA 4ARQB 4PK0A 3OE9A 246LA 228LA 4I7SA 3CDTA 3NYAA 1L24A 1PQJA 1CV4A 1OVJA 141LA 4K5YA 1C6TA 214LA 1QTHA 2RBNA 176LA 114LA 2QB0B 1C60A 3C83A 125LA 1SWYA 241LA 111LA 1L09A 3RZEA 3CDRA 3GUJA 2Q9DA 3OE0A 1L21A 3UONA 1L76A 1SX7A 4S0WA 157LA 1PQIA 3C8SA 1D2WA 144LA 170LA 4LZMA 3HH3A 215LA 1DYBA 1LI2A 259LA 191LA 1L88A 1LYIA 3G3VA 1L32A 1L01A 107LA 2A4TA 1OV5A 4GRVA 150LA 172LA 1L81A 1XEPA 1WTHA 1D3JA 1L34A 3HUQA 2F2QA 2OE9X 4W51A 4OO9A 1PQOA 1C6EA 3G3WA 1OWZA 1CV0A 1D3NA 152LA 1OV7A 1CU6A 2OE7X 258LA 1L36A 3C7WA 1SWZA 217LA 4I7JA 3DN1A 4ARPA 262LA 1L18A 2B72A 2RBQA 2OU0X 1L30A 1SSYA 3CDOA 2OE4X 4EJ4A 1QT5A 2RB0X 1C61A 181LA 1OYUA 1QTDA 1L22A 159LA 1PQDA 3HTGA 1QT7A 1L97A 1C68A 2RBPA 1CUQA 3HH4A 213LA 3C8RA 123LA 1L68A 1L92A 3SBAA 2HULA 1L57A 1L87A 226LA 1SSWA 1L00A 247LA 126LA 2HUMA 3SB6A 3C8QA 184LA 1L80A 155LA 110LA 163LA 1B6IA 260LA 2Z6BA 1L70A 1EPYA 1L74A 1NHBA 3SB9A 3VW7A 1L14A 1CV6A 178LA 2B74A 4EKQA 1DYFA 3CDVA 1TLAA 4I7MA 1D9WA 1L26A 4W58A 1DYCA 1L07A 1L39A 1C64A 1QTCA 4DJHA 3DN8A 1L73A 1L69A 1CU5A 1T97A 199LA 2IGCA 3HDEA 1L19A 1L52A 1L58A 1L31A 234LA 1K28A 3HT6A 1L42A 206LA 1CUPA 1L65A 1LWKA 3DN6A 180LA 223LA 1LWGA 1PQKA 1L94A 1T8FA 185LA 112LA 3SB8A 186LA 3DMZA 250LA 1L08A 149LA 3GUIA 1L86A 1L45A 147LA 164LA 224LA 4I7NA 1D3FA 183LA 1KW5A 2RH1A 4EXMA 201LA 3HH6A 195LA 1L48A 2OU9A 2LZMA 1QT8A 2LC9A 255LA 1L06A 1C6JA 113LA 1KS3A 1L56A 252LA 253LA 103LA 1QT6A 6LZMA 1L62A 1JTNA 3DN2A 4YX7C 4W54A 1L49A 261LA 254LA 1CU2A 109LA 108LA 1C66A 1L05A 3L2XA 1P2LA 5LZMA 4LDLA 192LA 1CU0A 1CX6A 1L93A 1LGXA 229LA 1T8GA 3V2YA 200LA 1L27A 3DN3A 3HUKA 1G1VA 209LA 167LA 2B7XA 205LA 2HUKA 120LA 1G07A 4ARQA 1P46A 156LA 2O4WA 249LA 4AQNA 219LA 1L79A 3DN0A 102LA 2B73A 196LA 210LA 251LA 3HTFA 1CV5A 1DYDA 2OU8A 2RB1X 166LA 130LA 1D3MA 237LA 2L78A 3JR6A 127LA 1L37A 1L95A 3C82A 1L66A 1ZURA 4I7RA 1P56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQHY 2BQOA 1D9UA 2MECA 190LA 3HU9A 235LA 1WTMA 3HUAA 3K3TA 1C6IA 4NIJA 1L72A 3QNGA 131LA 1YL1X 3M18B 1LJEA 1B5ZA 1W08A 3P66A 3L64A 1KIPC 1XGRC 3DNAA 5LVKA 2D4JA 1L13A 212LA 5LXWA 5HQ1A 1CU3A 4LYMA 3WW6A 2HEBA 3F8VA 4GN3A 1L98A 4EKRA 3DKEX 1L61A 3F9LA 4W96A 5F16A 1GE1A 1OUBA 2BQLA 221LA 4ETEA 1L64A 3G3XA 1IWTA 3B6LA 4LT2A 1QUDA 1QTZA 5M1YA 2ANXA 5DLAA 3NY9A 1L85A 2RAZX 1LCNA 1QS5A 4H92A 137LA 1TEWA 4B4EA 1L28A 1ZYTA 4G4HA 3RT5X 1DI3A 3WUMA 1G06A 4EPFA 4G4BA 1V7TA 2RB2X 2IHLA 3WU8A 4WM5A 5FDJA 1IP7A 1LGUA 3HWLA 1LI3A 1HELA 3A93A 3GULA 1YKXX 1A4VA 2I25L 2ZQ4A 4GCDA 3ATOA 4CJ2A 1L0JA 5KXMA 193LA 239LA 4N8ZA 2F47A 1LYJA 2CJLA 2DQDY 1OP9B 3TXBA 1L75A 1B7SA 1VDPA 5LYZA 3HBEX 1ZVHL 2ANVA 1NDGC 1LZ5A 1BQLY 4ARMA 1FDLY 1QTBA 4NSIA 4WG1A 2LCBA 1P6YA 1KIRC 1L04A 3TXKA 4W57A 4RLMA 3DMXA 1GFUA 1LZSA 2RBSA 1C6QA 4DQ7A 2CWIA 1REXA 165LA 2F4AA 1UBZA 3OK0A 3CSQA 4PJZA 5FCPA 1KXXA 1BB6A 3AGIA 2B6YA 2YBLA 3HTBA 1GB2A 1YAPA 4W55A 4DD1A 1YKZX 4ARJA 2B75A 1GF9A 1V7SA 1P2RA 1T6HA 4WM2A 3C80A 1L84A 1DYGA 1LZBA 1LMOA 197LA 1JTPL 1G7JC 1LKSA 1QTKA 3HTDA 1C62A 1DYEA 3NY8A 1MLCE 1LJHA 1P64A 1CX7A 1B7MA 1LMPA 1HF4A 3HDFA 1GB6A 5II3A 2RBRA 1L50A 1GFKA 1REYA 5KKIA 3HT9A 1LSPA 1KIQC 1KY0A 1GBSA 2BQCA 5E4PA 3CDTA 3NYAA 3P68A 3TXIA 4DD0A 1UICA 1IWWA 2MEDA 141LA 1TBYA 3MGWA 2RBNA 176LA 3A90A 1CJ9A 4DYGA 2QB0B 1AT5A 1SWYA 3RZEA 1IP2A 3WL2A 4G4CA 1G7IC 1CKFA 4LYTA 3OE0A 4CFOA 3RW8A 1IOCA 3W6FA 1L76A 4ETDA 3WPLA 2X0AA 1NDMC 3C8SA 1XFPL 1D2WA 170LA 2CGIA 3A34A 1GE0A 1HEPA 3HFMY 215LA 4LZMA 1IP3A 1TDYA 1L88A 1LYIA 1DXJA 107LA 150LA 172LA 1WTHA 4O34A 1D3JA 2F2QA 3G3WA 1IO5A 1D3NA 1UUZC 3B0KA 1C43A 1D0KA 1IC5Y 1SWZA 3C7WA 4I7JA 1GB7A 2RBQA 3BKVA 4LFXA 1SSYA 4EJ4A 1GXV2 1JITA 1QTDA 1QUSA 4LYOA 159LA 5C6LA 5I4YA 2RBPA 1XGQC 1LMQA 1RFPA 1FLQA 4H93A 123LA 1IC4Y 4ETCA 1L92A 1L57A 1L87A 226LA 3EBAB 1SSWA 3AYQA 2HUMA 3AJNA 155LA 1GBOA 260LA 2XQOA 1L74A 1NKHA 1LHLA 178LA 4EKQA 3CDVA 1WVVA 1GE2A 3WXUA 4HTQA 4WG7A 4UWNA 1LHMA 4NGOA 4UWVA 199LA 1CNSA 2Z39A 3B72A 4BAPA 4E3UA 3CQLA 1K28A 206LA 4PRQA 1F0WA 1A2YC 1LWGA 1IR9A 3A3RX 1GF0A 1LJ3A 3SB8A 1IOQA 4GCEA 4AXTA 2HECA 5I54A 2BQJA 147LA 1UCOA 164LA 183LA 4G49A 2YSSC 1QT8A 1L06A 4BAFA 1L56A 252LA 4HPIA 103LA 1HEOA 1LZNA 4YX7C 2A7FA 1L49A 2HEEA 109LA 108LA 1JISA 4CHXA 2B5ZA 5LVJA 3TMUA 3EMSA 4DDBA 4N1EI 205LA 4H9AA 1GFTA 1HEQA 2D6BA 1IWYA 1LZ1A 1VDSA 4AQNA 1GF4A 4QGZA 2B73A 5LIOA 1JJ0A 4H94A 3HTFA 2MEAA 1DYDA 2OU8A 2BQBA 3A8ZA 4R6CA 3WVYA 4YEOA 1GAYA 2W1LA 1D3MA 237LA 127LA 1L37A 4QY9A 1L66A 1ZURA 2BQMA 3A94A 1C6AA 1HNLA 1QTVA 171LA 1GEVA 118LA 1YAQA 2IFFY 5LINA 1L71A 3ZVQB 1VFBC 1CV1A 2RBOA 3ZEKA 1C6CA 2EQLA 188LA 1OVHA 5B1GA 1LZAA 5LVIA 3LZTA 160LA 1KW7A 5F9UA 1LYHA 1DYAA 1UIEA 2Q9EA 3RUNA 2F2NA 145LA 4Z98A 4BS7A 1SX2A 1LGWA 1UIBA 4B0DA 173LA 1C6FA 3PDSA 3A96A 1XEJA 1L11A 4IAPA 5HNLA 4H9IA 4M4OA 1LHKA 1XJUA 1QT4A 1ZWNA 1UC0A 1HSXA 1LZCA 3G3BB 1NBZC 2BQIA 5ILFA 1NMMA 3F6ZA 1L47A 1QSQA 169LA 1CJ6A 4XJDA 4IJ4A 2G4QA 4PHIA 4ETBA 1XSFA 4IATA 1IWXA 1GB5A 4W56A 1CJ8A 1OQMA 4I7LA 3EMLA 4ZPUA 1C6GA 2YBIA 119LA 148LE 129LA 3GXRA 1GB0A 1HERA 5T3FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DQH Y;  2BQO A;  1D9U A;  2MEC A;  190L A;  3HU9 A;  235L A;  1WTM A;  3HUA A;  3K3T A;  1C6I A;  4NIJ A;  1L72 A;  3QNG A;  131L A;  1YL1 X;  3M18 B;  1LJE A;  1B5Z A;  1W08 A;  3P66 A;  3L64 A;  1KIP C;  1XGR C;  3DNA A;  5LVK A;  2D4J A;  1L13 A;  212L A;  5LXW A;  5HQ1 A;  1CU3 A;  4LYM A;  3WW6 A;  2HEB A;  3F8V A;  4GN3 A;  1L98 A;  4EKR A;  3DKE X;  1L61 A;  3F9L A;  4W96 A;  5F16 A;  1GE1 A;  1OUB A;  2BQL A;  221L A;  4ETE A;  1L64 A;  3G3X A;  1IWT A;  3B6L A;  4LT2 A;  1QUD A;  1QTZ A;  5M1Y A;  2ANX A;  5DLA A;  3NY9 A;  1L85 A;  2RAZ X;  1LCN A;  1QS5 A;  4H92 A;  137L A;  1TEW A;  4B4E A;  1L28 A;  1ZYT A;  4G4H A;  3RT5 X;  1DI3 A;  3WUM A;  1G06 A;  4EPF A;  4G4B A;  1V7T A;  2RB2 X;  2IHL A;  3WU8 A;  4WM5 A;  5FDJ A;  1IP7 A;  1LGU A;  3HWL A;  1LI3 A;  1HEL A;  3A93 A;  3GUL A;  1YKX X;  1A4V A;  2I25 L;  2ZQ4 A;  4GCD A;  3ATO A;  4CJ2 A;  1L0J A;  5KXM A;  193L A;  239L A;  4N8Z A;  2F47 A;  1LYJ A;  2CJL A;  2DQD Y;  1OP9 B;  3TXB A;  1L75 A;  1B7S A;  1VDP A;  5LYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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