1C6QA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6qA00
1EPYA 1L30A 1CV5A 1C6QA 4EPIA 3SB7A 1T97A 1L12A 1L15A 3CDQA 3DN1A 262LA 167LA 1L34A 3C7YA 1L53A 1ZURA 3DN2A 146LA 125LA 3NY8A 3OE0A 1P56A 2OTZX 4PJZA 3JR6A 236LA 229LA 3PDSA 2RBSA 104LA 2OU0X 127LA 4W51A 1L68A 4EKQA 243LA 3HT9A 1LGUA 1QTZA 3V2WA 2LCBA 4W55A 1I6SA 1P3NA 107LA 1LWGA 3D4SA 182LA 1P46A 1LWKA 1OYUA 1L94A 1QS5A 165LA 220LA 4GBRB 142LA 3DMXA 1L89A 1CU6A 1T8GA 109LA 1P6YA 1L35A 198LA 158LA 3GUKA 1D9WA 120LA 1SX2A 1L50A 1L59A 3HTGA 4ARJA 1PQDA 1C6AA 3HUQA 1L08A 181LA 240LA 4EKRA 256LA 201LA 251LA 261LA 4DJHA 1DYCA 3FA0A 3UONA 172LA 2B75A 1DYBA 1L74A 3HT8A 143LA 1D2WA 149LA 1P37A 1TLAA 1G0QA 199LA 1L87A 1SSWA 1XJUA 3FADA 138LA 2RH1A 1L51A 1C60A 1CU2A 1P7SA 2B73A 3C83A 166LA 118LA 1L98A 1QT5A 1L58A 248LA 3DN8A 1T6HA 1LYIA 2B74A 1NHBA 1L84A 4E97A 1L31A 5I14A 1G1WA 260LA 3DMZA 1L07A 1CX7A 1ZYTA 186LA 4W54A 1LPYA 2RBQA 152LA 245LA 3DN3A 4I7JA 3GULA 1DYEA 3SB6A 1JTNA 1CU3A 230LA 1L44A 1QS9A 1PQIA 1L28A 4ARLA 3HU9A 2RB1X 1OV5A 1CUPA 1L75A 1LW9A 3NYAA 1LYGA 1CV1A 3PBLA 1L71A 1LGXA 3HDEA 3HTFA 2B6YA 103LA 3FI5A 3HT6A 177LA 2RBRA 2O4WA 258LA 164LA 1D3MA 1L00A 110LA 1G0KA 1L46A 4S0WA 1L11A 1LI3A 210LA 3SBBC 3OE6A 1L72A 4W57A 1L42A 234LA 1C65A 4W53A 151LA 1QSBA 214LA 3GUNA 1CVKA 1KNIA 1L10A 3RUNA 1C6IA 1L86A 1QT6A 1L92A 253LA 1K28A 1D3JA 1QT4A 1G0JA 1L05A 1L16A 1C63A 6LZMA 1G0PA 254LA 1LI6A 1L77A 1T8FA 209LA 2RBOA 162LA 1L95A 257LA 3HUKA 4EKSA 4ARPA 3HTDA 4W52A 112LA 123LA 2B6WA 1L54A 1L09A 1C6HA 155LA 126LA 3HH4A 4AQNA 1C6GA 1L32A 3HWLA 176LA 1D2YA 1OV7A 225LA 1QT7A 145LA 259LA 1KY0A 2RAYX 2CUUA 113LA 1DYFA 3C7ZA 213LA 157LA 1L91A 4I7RA 1LLHA 1XEPA 189LA 2RB2X 4W58A 3C7WA 217LA 3C80A 1LYHA 4I7PA 1QT8A 2LC9A 1C6KA 2B6XA 1P36A 2LZMA 114LA 1CTWA 1L82A 4ZPUA 4EJ4A 2A4TA 4YXCA 1L48A 3HH5A 2RB0X 3CDRA 4PK0A 1QUGA 242LA 1L49A 1L79A 1WTHA 160LA 171LA 1C67A 180LA 3GUJA 3HT7A 4ARMA 163LA 1OWZA 4W56A 192LA 1C68A 2OE4X 3CDTA 1L69A 1G07A 1LI2A 4I7QA 1L14A 2HUMA 3CDOA 1KS3A 219LA 2NTGA 3LZMA 4ARMB 3C8RA 185LA 222LA 215LA 4YX7C 1DYDA 1L0KA 1OVKA 1L03A 173LA 3DKEX 238LA 3GUOA 3GUIA 2OTYX 1D3NA 1L47A 3DN0A 3SN6R 147LA 200LA 1C61A 1G0GA 1L40A 1LYDA 141LA 190LA 1L19A 1L52A 122LA 1QT3A 1LYJA 170LA 4K5YA 1L70A 131LA 1DYGA 4I7KA 227LA 250LA 115LA 4GRVA 2Q9DA 1OWYA 1SWZA 2L78A 3SB8A 1LGWA 3HUAA 1JTMA 1CU0A 1PQOA 221LA 188LA 1G06A 1CV3A 1QTVA 247LA 148LE 1L02A 1L55A 1LYFA 3EMLA 1C6CA 1L65A 108LA 1B6IA 2Z6BA 5LZMA 1C6LA 255LA 1OVJA 1KW7A 1L36A 1L62A 1C64A 1KY1A 139LA 4I7OA 1LYEA 4LDEA 1L96A 187LA 1CV6A 1L57A 1DYAA 2O7AA 3DMVA 119LA 1C6PA 1G0LA 1ZWNA 3F9LA 3G3VA 150LA 1L26A 3QAKA 1L43A 2OEAX 205LA 3C8SA 3NY9A 102LA 1D3FA 1QTCA 2QB0B 3OE8A 2F47A 1PQMA 2RBNA 1L06A 2Q9EA 1L39A 2OE7X 218LA 1L20A 1L17A 3SB9A 3DNAA 184LA 2QARC 4I7LA 1C69A 233LA 1QTHA 174LA 1CUQA 1CV4A 1G1VA 1SWYA 246LA 3G3WA 1L01A 1L13A 235LA 3ODUA 128LA 191LA 1L99A 1L81A 228LA 2B70A 3DN6A 4I7NA 249LA 2B7XA 2B72A 2F32A 3HU8A 4LZMA 161LA 1QSQA 1CU5A 3G3XA 1L63A 3SBAA 4IAPA 211LA 4DKLA 1L29A 4OO9A 1C6NA 3GUPA 4EPFA 1PQKA 1CV0A 2F2QA 1JQUA 216LA 3V2YA 1L85A 1L21A 1C6FA 232LA 195LA 3L64A 196LA 3F8VA 3RZEA 2HULA 1L83A 1C66A 3C82A 2HUKA 212LA 4I7SA 2OU8A 169LA 1L67A 2IGCA 4ARQA 1L60A 1L76A 2ANXA 1L18A 4EKPA 129LA 2B6ZA 1P2LA 1QTDA 1L45A 1OVHA 1SX7A 168LA 197LA 1L41A 1L04A 223LA 1SSYA 4ARQB 3C81A 1L33A 1L37A 206LA 2OU9A 3L2XA 226LA 111LA 3DN4A 1C62A 140LA 1L0JA 2B6TA 1L27A 3C8QA 4LDLA 1KW5A 1L73A 239LA 159LA 1P64A 4LDOA 1C6BA 3HH6A 4EXMA 1XJTA 1L56A 1CX6A 3VW7A 3HDFA 1L64A 252LA 237LA 1P2RA 2NTHA 3CDVA 144LA 1L61A 1C6MA 1C6DA 1P5CA 4YXAC 1L80A 4I7TA 1L66A 137LA 156LA 1C6EA 1QTBA 244LA 130LA 1L93A 1T8AA 3SB5A 1L23A 4I7MA 2OE9X 1L38A 2RBPA 3K2RA 224LA 1C6JA 183LA 3GUMA 2RAZX 2O79A 3OE9A 241LA 3HH3A 1C6TA 1QUDA 1L90A 1QUOA 1QUHA 7LZMA 1L24A 1L25A 1PQJA 4W59A 4DAJA 3HTBA 175LA 1L88A 178LA 1G0MA 1L97A 231LA 1L22A 2ANVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SB7A 1L12A 5KXKA 1QDTA 4NGJA 1L34A 1YKXX 3DN2A 3W6DA 1NQIA 2C8OA 1B5ZA 1IWVA 1JTPL 1WQMA 1HEPA 4G49A 2H5ZA 236LA 1GXXA 1ZV5L 1I56A 3CT1A 1L68A 5L3HA 243LA 3HT9A 1LGUA 2LCBA 3GXKA 1I6SA 1GDWA 2C8PA 1P46A 2BQDA 2Z18A 3WH1A 2F4GA 1GB5A 1FKQA 2BQNA 4UWVA 142LA 1JKDA 3DMXA 5B07A 4YOPA 4DDBA 1TEWA 1CU6A 3B0IA 4HSFA 5KXXA 3P4ZA 1D9WA 3ZEKA 1SX2A 3HUQA 4CFOA 1LMTA 5KJ9A 256LA 5KY1A 3LZTA 1HELA 1GF4A 1G0QA 1DI4A 1LJ3A 1LSFA 1CU2A 3C83A 1NF5A 166LA 3LYOA 118LA 1L98A 1LJ4A 1YKYX 1CNSA 4WLYA 1KXXA 4M4OA 1T6HA 3WUAA 2D4JA 1L84A 1H87A 4LFPA 4D9ZA 1D0KA 4WLDA 1G1WA 1JJ3A 4NSGA 1C46A 4N8ZA 1ZYTA 2RBQA 3DN3A 1QS9A 1PQIA 1LMPA 3WXUA 1CUPA 1L75A 1LJFA 4M6DA 2Z37A 1LW9A 1LYGA 1D0MA 3PBLA 1UUZC 1WTMA 2WARA 2I25L 1VDTA 1HNLA 4BS7A 110LA 2H9KA 1G0KA 3SBBC 1LZ5A 1L42A 1GFEA 234LA 1C65A 3WMKA 1QSBA 5I5QA 1IWUA 1C6IA 1LYOA 3F6ZA 4H1PA 2G4NA 3AGIA 3P68A 1L05A 3W6BA 3AGHA 4OOOA 254LA 1GFTA 1MELL 1L77A 4Z98A 4ANRA 1LSGA 4EKSA 3HTDA 1YAMA 1AZFA 1L09A 155LA 2BQMA 126LA 1GBWA 3AW6A 5F9XA 3W3EA 3HWLA 132LA 3AGGG 176LA 1D2YA 145LA 2CUUA 2GV0A 1DYFA 4I7RA 1L91A 1LLHA 4W58A 1HMKA 4NSJA 1LYHA 1LJKA 114LA 1CTWA 4EJ4A 5I4YA 3HH5A 4XADA 3CDRA 4PK0A 1WTHA 4TSBA 160LA 208LA 4NGIA 180LA 4DD9A 3HT7A 4ARMA 2MEHA 4WG7A 4PGJB 1TDYA 1B7RA 4W56A 192LA 1REYA 3VWOA 3A91A 1L69A 1G07A 2EPEA 4I7QA 1L14A 3CDOA 1IY3A 1A4VA 4HV2A 3CSQA 185LA 222LA 215LA 4YX7C 1JPOA 1L0KA 1L03A 4H9EA 4NIJA 1LTMA 3DKEX 3SN6R 147LA 1V7SA 1DKKA 3WPKA 1L40A 3M3UA 1L70A 5LINA 131LA 1GWDA 227LA 1EQEA 4WM4A 2FBDA 2W1XA 4GRVA 1C43A 5LAGA 4DD0A 1B5VA 1YAOA 1LGWA 1OUIA 2Z2EA 1YANA 1G06A 221LA 1L02A 1L55A 1GF8A 3ZVQA 4J7VA 4PPOA 2Z6BA 1WQOA 2EIZC 2Z19A 1WQRA 2YDGA 1LYEA 5F9UA 1L96A 5M1YA 1L57A 6LYZA 2O7AA 4NHPA 3LHMA 3D3DA 3IWRA 3QAKA 5APFA 3B0OA 3C8SA 5KXRA 4TSCA 3A90A 1UCOA 1QTCA 2QB0B 5KXOA 2YBLA 1L06A 2Q9EA 218LA 1GFAA 1L20A 1HFZA 3RZ4A 1GE0A 3SB9A 184LA 2QARC 4DC4A 5LVHA 233LA 1QTHA 174LA 3A8ZA 3G3WA 1CV4A 2HEAA 2HEFA 1L01A 4HJZA 1GPQC 4HJVA 1BB6A 1BB3A 1WVVA 228LA 3TMXA 4LGKA 1CKGA 249LA 4XYYA 1CU5A 1GEVA 1L63A 4H9IA 3SBAA 4ETBA 4OO9A 2FYDA 2ZNWY 2BQCA 2F2QA 3J4GA 216LA 1L21A 4B0DA 1C6FA 4QY9A 3L64A 5FSTA 3W6FA 2ZIKA 1B5XA 5APDA 1LOZA 2HULA 1IR8A 2BPUA 4I7SA 169LA 3B6LA 6LYTA 2ANXA 5APCA 2B6ZA 1P2LA 1L45A 2MECA 4MR1A 1SX7A 2XBRA 1MLCE 1GE4A 1IP5A 5I4WA 5D5CA 8LYZA 4ARQB 1H6MA 1L37A 206LA 2MEEA 226LA 111LA 3DN4A 4J1AA 1L0JA 3C8QA 1QSAA 1IR7A 1IR9A 2CWIA 1C08C 1CX6A 5C6IA 3VW7A 237LA 3A95A 1LZ8A 4CGEA 2NTHA 3CDVA 4N1EI 1XGPC 3QE8A 4XN6A 5FCPA 4YXAC 1HHLA 1C6EA 1OQMA 1L93A 4BAFA 4WOAA 224LA 1C6JA 3TXFA 1YL0X 3HH3A 1QUHA 1L24A 1PQJA 4DAJA 4UWNA 2EKSC 1L22A 2ANVA 1EPYA 1L30A 4EPIA 1T97A 2MEFA 1HEOA 2HEDA 1W6ZA 262LA 4R6CA 1GAYA 1L53A 1ZURA 146LA 1LJHA 3EBAB 1IP4A 2YSSC 1LJNA 229LA 3PDSA 134LA 2OU0X 4NGOA 2F30A 2LZTA 1QTZA 5HMVA 2MEDA 4W55A 1F10A 2DQIY 4LYZA 4NFVA 1C7PA 1DKJA 1LWKA 2HEBA 3QNGA 1QS5A 165LA 5APEA 5J7CA 3LYZA 1B5YA 1B7OA 1T8GA 4H9CA 1GE3A 2FYCA 3AB6A 120LA 1CKCA 5HNLA 1ALCA 1C6AA 5A3EA 1GFRA 1GBSA 1L08A 4LZTA 3ATNA 1LAAA 2Z38A 1DYCA 3UONA 1A2YC 3B72A 2B75A 1O23A 2CGIA 2Z2FA 1P37A 1TLAA 1XGQC 1ZVHL 1SSWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SB7 A;  1L12 A;  5KXK A;  1QDT A;  4NGJ A;  1L34 A;  1YKX X;  3DN2 A;  3W6D A;  1NQI A;  2C8O A;  1B5Z A;  1IWV A;  1JTP L;  1WQM A;  1HEP A;  4G49 A;  2H5Z A;  236L A;  1GXX A;  1ZV5 L;  1I56 A;  3CT1 A;  1L68 A;  5L3H A;  243L A;  3HT9 A;  1LGU A;  2LCB A;  3GXK A;  1I6S A;  1GDW A;  2C8P A;  1P46 A;  2BQD A;  2Z18 A;  3WH1 A;  2F4G A;  1GB5 A;  1FKQ A;  2BQN A;  4UWV A;  142L A;  1JKD A;  3DMX A;  5B07 A;  4YOP A;  4DDB A;  1TEW A;  1CU6 A;  3B0I A;  4HSF A;  5KXX A;  3P4Z A;  1D9W A;  3ZEK A;  1SX2 A;  3HUQ A;  4CFO A;  1LMT A;  5KJ9 A;  256L A;  5KY1 A;  3LZT A;  1HEL A;  1GF4 A;  1G0Q A;  1DI4 A;  1LJ3 A;  1LSF A;  1CU2 A;  3C83 A;  1NF5 A;  166L A;  3LYO A;  118L A;  1L98 A;  1LJ4 A;  1YKY X;  1CNS A;  4WLY A;  1KXX A;  4M4O A;  1T6H A;  3WUA A;  2D4J A;  1L84 A;  1H87 A;  4LFP A;  4D9Z A;  1D0K A;  4WLD A;  1G1W A;  1JJ3 A;  4NSG A;  1C46 A;  4N8Z A;  1ZYT A;  2RBQ A;  3DN3 A;  1QS9 A;  1PQI A;  1LMP A;  3WXU A;  1CUP A;  1L75 A;  1LJF A;  4M6D A;  2Z37 A;  1LW9 A;  1LYG A;  1D0M A; 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