1C6TA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6tA00
3HT9A 1C62A 192LA 4EKSA 4GBRB 1L46A 3NY9A 1L68A 3HT7A 111LA 1SSWA 127LA 1L56A 1L42A 1L97A 1L45A 1CUPA 218LA 1WTHA 109LA 3DMXA 1XJUA 1L70A 1QS9A 4EKQA 1KS3A 3HH5A 1L09A 3HTGA 1L27A 3HWLA 1CV6A 1C63A 1L29A 1C64A 1L33A 110LA 2LCBA 3G3VA 2O79A 1LGXA 1KY0A 2HUMA 234LA 212LA 3PBLA 1C6NA 4YX7C 1XEPA 1LYHA 6LZMA 216LA 1SWZA 229LA 2Q9EA 158LA 123LA 3HUKA 1L37A 4EJ4A 1L31A 195LA 1L61A 2B75A 1L01A 1C6MA 213LA 2B74A 1QT8A 1L23A 4PJZA 2RAZX 174LA 1L50A 261LA 1SX2A 1CTWA 1LW9A 2B6XA 165LA 220LA 166LA 1L43A 4EXMA 3DMZA 3V2YA 1L24A 4I7OA 1G1WA 244LA 2CUUA 1C6EA 1L22A 1L21A 1C6QA 2RBQA 1SWYA 1ZURA 4I7TA 4S0WA 118LA 1QTBA 1L62A 3HH6A 1OWZA 1L03A 1L25A 2LC9A 4DAJA 1L48A 145LA 246LA 4ZPUA 4W58A 231LA 185LA 3GUOA 3FI5A 3SBBC 3L64A 167LA 2OU9A 1D9WA 1L81A 2B72A 4EPFA 1OVKA 219LA 3HT6A 157LA 1L95A 1P64A 3DN0A 1NHBA 198LA 1L64A 1L69A 1KY1A 176LA 1L18A 1L71A 1L84A 1L00A 1C6AA 222LA 247LA 3DMVA 4AQNA 223LA 1JQUA 1C6JA 1T8GA 1KW7A 1P37A 1L04A 3DN4A 4W56A 1L94A 181LA 1C60A 1CV3A 2RB0X 228LA 1CX6A 1CV4A 4ARLA 2QARC 1C65A 7LZMA 1OVJA 4W57A 3HUQA 3OE6A 3HTDA 2F47A 1L59A 1OV7A 235LA 144LA 1CU6A 2O7AA 1DYDA 1QTVA 2NTHA 210LA 180LA 1L02A 1L85A 1G07A 1L92A 1P7SA 3HTBA 119LA 3VW7A 1L77A 4I7JA 4DKLA 102LA 1QTZA 187LA 1QT3A 146LA 1LYDA 1G0GA 1C68A 255LA 2OTYX 3C7WA 3DKEX 3DN6A 3RUNA 1OYUA 1DYFA 1C66A 1P3NA 201LA 2OTZX 2B7XA 1QUDA 3GUIA 196LA 3FA0A 3SB6A 120LA 260LA 233LA 1L57A 1PQDA 1C6PA 4W52A 4I7NA 125LA 1PQOA 257LA 1QT5A 249LA 3NYAA 1L0JA 3C7ZA 1L54A 1L96A 108LA 1L16A 1LLHA 236LA 2RBPA 1L32A 3HTFA 2B6TA 2RBRA 1LYJA 1QTHA 3V2WA 4I7SA 4I7RA 1L28A 4W59A 1LWGA 104LA 3G3WA 1G0QA 139LA 3C8RA 4ARQA 1L34A 130LA 1QSQA 243LA 2ANXA 4EPIA 1DYAA 162LA 1L52A 1L89A 184LA 152LA 1L14A 2QB0B 1CX7A 2RBNA 1L63A 1LYFA 1P5CA 4W51A 3SB5A 1L20A 4EKRA 2A4TA 1L38A 4YXAC 140LA 1G0MA 1LPYA 1L55A 3DN2A 1C61A 1L51A 3HDEA 1L11A 103LA 2HUKA 3K2RA 3SB8A 1T8AA 1CV1A 3OE8A 1CU2A 168LA 191LA 1KW5A 253LA 3GUJA 3CDTA 3C8SA 1QTDA 258LA 1C6IA 143LA 1C6DA 1QT7A 3F8VA 239LA 3FADA 149LA 1D2YA 2B70A 251LA 4I7QA 1P46A 1L72A 1C67A 1SSYA 197LA 3QAKA 3RZEA 221LA 250LA 262LA 227LA 172LA 1LGWA 114LA 1DYBA 2NTGA 3PDSA 170LA 199LA 3UONA 4ARMA 5I14A 112LA 1CV5A 4LDOA 242LA 3OE9A 1L60A 3DN3A 1L86A 1QT4A 2LZMA 215LA 1QTCA 1G0KA 4PK0A 1D3MA 151LA 1G06A 1L06A 1CVKA 1I6SA 205LA 2OE4X 248LA 3GULA 4LDLA 1P56A 1L41A 1C6TA 1LYGA 3G3XA 188LA 4OO9A 1L35A 122LA 1L80A 1L66A 3CDOA 164LA 3HH4A 1D3JA 182LA 1L40A 3DN1A 1P2LA 1L49A 1ZWNA 3F9LA 4LZMA 148LE 189LA 1PQKA 175LA 2RBOA 217LA 1QUHA 1DYEA 1L74A 1QT6A 1C6KA 3HUAA 1L39A 1QS5A 1LYEA 1L73A 3HU9A 142LA 3CDRA 183LA 3GUPA 4I7MA 115LA 1L44A 3C7YA 2OU0X 3SB7A 1L82A 2RH1A 1L79A 2HULA 1CU3A 1L05A 1XJTA 4I7PA 2Z6BA 1C6LA 4YXCA 254LA 1D2WA 1C6HA 1L58A 186LA 4I7LA 3SN6R 1DYGA 4IAPA 1CUQA 2OEAX 2RAYX 3GUKA 1ZYTA 1C6BA 178LA 161LA 1P2RA 3EMLA 252LA 1LI6A 1LYIA 3C8QA 1L87A 1L99A 3C82A 3CDVA 1L12A 1L88A 107LA 1TLAA 3JR6A 5LZMA 240LA 3OE0A 1OWYA 163LA 1P6YA 1G1VA 1L30A 1OV5A 1L76A 256LA 4ARQB 3ODUA 1L15A 3DNAA 1L98A 3D4SA 238LA 3CDQA 3GUMA 1DYCA 2RBSA 159LA 1L90A 206LA 4W55A 1L07A 200LA 173LA 3C80A 1QUGA 2F2QA 1CV0A 1B6IA 1EPYA 3HH3A 3SB9A 138LA 1PQIA 1CU5A 1T97A 2OE9X 2O4WA 1QSBA 1C6FA 171LA 1L13A 2IGCA 1D3NA 209LA 232LA 2F32A 1K28A 1L17A 1L65A 4LDEA 2L78A 113LA 2RB1X 177LA 230LA 1G0PA 1L83A 1L10A 1L53A 3DN8A 1JTMA 4EKPA 1OVHA 2OU8A 1CU0A 2B6YA 150LA 1LI2A 4E97A 3HT8A 160LA 214LA 1L36A 4GRVA 4ARMB 1L0KA 169LA 4K5YA 3HDFA 1QUOA 3HU8A 1PQJA 1G0JA 3GUNA 1PQMA 2B6WA 2B6ZA 259LA 2RB2X 1T6HA 1C6GA 1L67A 1L75A 3SBAA 2ANVA 226LA 129LA 1L47A 1L08A 3C83A 1D3FA 2Q9DA 1LWKA 237LA 241LA 2B73A 3L2XA 128LA 1KNIA 4ARPA 1T8FA 1LI3A 3LZMA 4W54A 126LA 137LA 211LA 147LA 1L93A 156LA 1JTNA 1SX7A 4I7KA 1LGUA 190LA 245LA 1L91A 131LA 224LA 3C81A 1C69A 1L26A 2OE7X 4W53A 1C6CA 1P36A 3NY8A 4DJHA 155LA 225LA 1G0LA 4ARJA 141LA 1L19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HT9A 3G3AB 3WULA 1L46A 2D4KA 1IVMA 127LA 1L45A 1WTHA 109LA 2YBHA 1L70A 3A8ZA 4X3BA 4QDNA 3TXKA 3G3VA 4IJ4A 2O79A 5E4PA 2BLXA 2HUMA 4AGAA 212LA 1C6NA 1XEPA 1LYHA 208LA 2XBRA 4WM6A 4CFOA 1FLWA 158LA 123LA 2XJWA 4EJ4A 195LA 7LYZA 2W1YA 1L61A 1WVUA 4NSGA 213LA 1QT8A 4PJZA 1SX2A 4NGVA 1HMKA 4DC4A 2B6XA 1OQMA 1L43A 1RCMA 3ATNA 3DMZA 1JKBA 2W1MA 1XGTC 4TTDA 1L24A 1G1WA 2N5ZA 1HENA 3EBAB 3WUMA 118LA 1QTBA 5I5QA 5LIOA 2I25L 5DN4A 4HJYA 1UUZC 246LA 2RSCA 4W58A 1WQQA 1HC0A 185LA 1BWHA 3AZ6A 3SBBC 4YEOA 1HEQA 219LA 2XTHA 1GF9A 1P64A 1NHBA 3DN0A 198LA 1B5ZA 3RU5A 222LA 1YAMA 2HTXA 247LA 3DMVA 1RFPA 223LA 4C5FA 1JQUA 1KW7A 4KT3A 4II8A 3DN4A 1L94A 2RB0X 1BB7A 1REMA 1CV4A 5APDA 3W6AA 2QARC 1LSEA 1IC4Y 1LHMA 4NEBA 3RT5X 5F14A 1WTMA 1GBWA 1TBYA 2DKVA 1QTVA 2B5ZA 4N0JA 5LVGA 2F4AA 210LA 4WLXA 1L02A 1L85A 3A93A 1P7SA 1VEDA 4DD9A 3TMUA 1QT3A 1LYDA 1V7TA 255LA 1D0MA 1OUCA 1KIRC 1HEPA 4NGWA 1LPIA 1IWWA 1BB3A 1HNLA 5B59A 3W6DA 233LA 1C6PA 4RW2A 4I7NA 1PQOA 3NYAA 1JISA 1L0JA 3C7ZA 3CSZA 1L54A 5ILFA 108LA 5F81A 1LLHA 236LA 2ZNWY 1VFBC 1L28A 104LA 2A7DA 1LZ9A 2W1LA 243LA 5D5FA 1UC0A 4MCKA 1D0LA 4XADA 152LA 3P64A 1IP5A 1HEWA 1A2YC 1AM7A 4YXAC 140LA 1IR8A 1G0MA 1XEJA 1L51A 1L11A 2HUKA 5KXOA 1T8AA 1CV1A 3WYHA 3WPJA 4DD0A 3C8SA 1QTDA 1YKXX 1GBXA 143LA 1CJ9A 2DQEY 4G4BA 3WL2A 4XJHA 1L72A 197LA 221LA 250LA 1GE3A 262LA 1LGWA 1GEVA 1EQ5A 3AW7A 1IY4A 5I14A 3OE9A 4N1CC 3WPKA 1L86A 4Z98A 1QTCA 3A95A 1D3MA 4DQ7A 1L06A 205LA 2YBNA 1LHJA 2ZIJA 1C6TA 3G3XA 4OO9A 2BQEA 1GDXA 1L66A 3CDOA 4J1AA 1LZ6A 182LA 4E3UA 1JWRA 1VDQA 1ZWNA 2CJLA 1FKVA 3F9LA 4ETCA 1QSAA 4WL6A 4Z41A 1L74A 1C6KA 4B4IA 1L39A 1LYEA 183LA 1B5YA 3C7YA 2OU0X 1F6RA 3N9AA 2BQAA 3EXDA 4NGLA 4DDBA 4WOAA 1C6HA 3SN6R 1GFAA 3GUKA 5I54A 178LA 161LA 1P2RA 1GAYA 252LA 4WLDA 1B5XA 2Z38A 1FLQA 193LA 1RJCB 3C82A 1LSCA 1BVXA 107LA 1KXWA 1TLAA 3JR6A 4NGKA 4DQ5A 4LGKA 4CGEA 4OWAA 1NQIA 154LA 1G1VA 5KXSA 1L76A 1KXXA 4R6CA 3DNAA 159LA 3P4ZA 3TXFA 1IORA 3A3RX 1ALCA 4GCCA 1IOSA 1CV0A 1IP4A 2EKSC 3HH3A 3SB9A 5LVHA 2IGCA 209LA 2BQGA 4GN5C 232LA 4TX7A 2F32A 5LA8A 1O23A 1WQPA 4HV1A 4N5RA 177LA 4NHSA 2RB1X 4W94A 1IP7A 1L10A 1DPXA 1L53A 1XEIA 2B6YA 1GDWA 3A94A 150LA 1LI2A 1LZEA 1NMMA 4FDYA 160LA 5FDJA 4ARMB 1D6QA 3LZ2A 169LA 1LMQA 1LZAA 4H8XA 1NBYC 5LAFA 4HPEA 3W6FA 259LA 1B7OA 5I4XA 3CB7A 1L67A 4GN4A 2ANVA 226LA 1L08A 3C83A 1LWKA 2BQKA 1BWJA 3L2XA 3ZVQB 128LA 1KNIA 4G49A 1VDSA 5K7OA 1JKCA 2HEEA 1B2KA 5DN5A 4U3XB 4LT2A 147LA 1REYA 1JEFA 1LZTA 3CQLA 1D6PA 2Y8PA 1NHEA 1SX7A 1UIHA 1LGUA 1OUBA 2DQDY 245LA 2OE7X 1P2CC 4DQJA 111LA 4TSBA 3D3DA 4B4EA 4XJFA 192LA 1YAQA 2H9KA 3A6BY 3EMSA 1L56A 1L42A 1L97A 1LZBA 4ZFPA 5IHGA 218LA 3W6CA 3DMXA 2BAAA 3A67Y 1QS9A 4EKQA 1OUHA 3HTGA 4J7VA 1GFEA 1PZYA 1CV6A 1C63A 1L29A 1C64A 110LA 1DKKA 3E3DA 2ZWBA 4YX7C 216LA 3HUKA 5DM9A 1G7LC 1L23A 1I56A 174LA 1L50A 3LHMA 1CTWA 3HBEX 4B1AA 165LA 4OWEA 4EXMA 4B4JA 3KAMA 2DBTA 1L21A 1LMTA 1SWYA 2RBQA 1JJ0A 3WU8A 4I7TA 3W6BA 3HH6A 6LYZA 5HNLA 2LC9A 4KPMA 4WO6A 5I4YA 4WM3A 4ZPUA 1LHLA 231LA 4LT1A 4XJBA 3FI5A 1HSXA 1JSEA 4OOOA 134LA 5KY1A 3ATOA 3AB6A 4IATA 3A34A 1LHHA 157LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HT9 A;  3G3A B;  3WUL A;  1L46 A;  2D4K A;  1IVM A;  127L A;  1L45 A;  1WTH A;  109L A;  2YBH A;  1L70 A;  3A8Z A;  4X3B A;  4QDN A;  3TXK A;  3G3V A;  4IJ4 A;  2O79 A;  5E4P A;  2BLX A;  2HUM A;  4AGA A;  212L A;  1C6N A;  1XEP A;  1LYH A;  208L A;  2XBR A;  4WM6 A;  4CFO A;  1FLW A;  158L A;  123L A;  2XJW A;  4EJ4 A;  195L A;  7LYZ A;  2W1Y A;  1L61 A;  1WVU A;  4NSG A;  213L A;  1QT8 A;  4PJZ A;  1SX2 A;  4NGV A;  1HMK A;  4DC4 A;  2B6X A;  1OQM A;  1L43 A;  1RCM A;  3ATN A;  3DMZ A;  1JKB A;  2W1M A;  1XGT C;  4TTD A;  1L24 A;  1G1W A;  2N5Z A;  1HEN A;  3EBA B;  3WUM A;  118L A;  1QTB A;  5I5Q A;  5LIO A;  2I25 L;  5DN4 A;  4HJY A;  1UUZ C;  246L A;  2RSC A;  4W58 A;  1WQQ A;  1HC0 A;  185L A;  1BWH A;  3AZ6 A;  3SBB C;  4YEO A;  1HEQ A;  219L A;  2XTH A;  1GF9 A;  1P64 A;  1NHB A;  3DN0 A;  198L A;  1B5Z A;  3RU5 A;  222L A;  1YAM A;  2HTX A;  247L A;  3DMV A;  1RFP A;  223L A;  4C5F A;  1JQU A;  1KW7 A;  4KT3 A;  4II8 A;  3DN4 A;  1L94 A;  2RB0 X;  1BB7 A;  1REM A;  1CV4 A;  5APD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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