1C6YA

Alternate binding site for the p1-p3 group of a class of potent hiv-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in 80's loop.
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPVVTIKIGGQLMEALIDTGADDTVLEEMDLPGRWKPKIIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (PROTEASE)
publication title An alternate binding site for the P1-P3 group of a class of potent HIV-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in the 80s loop of the protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.24.-:
pdb deposition date 1999-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1c6yA00
3S7LA 2PSUA 5P3EA 3FNUA 3PSYA 3SA8A 5P6BA 4EXHA 1EC0A 4LXKA 1MTBA 3SO9A 4J1FA 1BAIA 4FL8A 5HD0A 4A6BA 1FMBA 5DR1A 1LEEA 1DMPA 5P5HA 5OZ9A 3MSJA 4EQJA 3PJ6A 5OZCA 2O40A 3LZVA 1TW7A 5P2CA 2QZLA 5P2OA 4Y58A 4LP9A 2WF1A 3UDPA 3ZOVA 4OBZA 5P2RA 5P3BA 4Y6MA 5AHAA 4GJCA 1B11A 4J55A 3I6OA 1APUE 4Y4AA 5DGWA 5P3HA 5P2ZA 4B1EA 5P19A 5P70A 2F3FA 2QD8A 1QRPE 1LYWB 3H5BA 3VCMA 3CICA 2O4SA 4A4QA 3AIDA 3KMXA 2G1SA 3CMSA 4BFDA 2BQVA 1FQ4A 2WHHA 3BGBA 4GJBA 4YA8A 5P6EA 5P6HA 5P27A 1Z8CA 2G69A 2AZ9A 2FMBA 2J9JA 2UPJA 1YTGA 3Q4BA 1J71A 1UPJA 1HPOA 4HDBA 3SABA 1EPPE 5P4MA 6APRE 5P4VA 4Y4ZA 1FQ7A 1TCWA 2BKTA 5P0RA 1TSUA 3O9EA 2B7FA 3QIHA 1HVKA 3JVWA 3HVGA 2I4DA 2IL2A 4IVSA 3WB4A 5P7LA 1LF2A 3L58A 3MSLA 1K6PA 2AZBA 4CKUA 2AQUA 1XDHA 1E80E 3INDA 1ODYA 2R43A 2BPXA 2IENA 1APWE 3SQFA 1A30A 2QHZA 4I0HA 3U71A 4Y44A 5P3VA 1D4IA 5P0PA 1HTRB 5P34A 5HDUA 1LF3A 4Y47A 5OZZA 4J17A 4Y3RA 5P7UA 5OYZA 3HW1A 4RRSA 4TRZA 4J0ZA 5P32A 1NSOA 3PLLA 5P5NA 3S56A 4Y54A 1XL5A 3QAAA 3ZL7A 5P4LA 4GJAA 9HVPA 1CZIE 5OZMA 1EEDP 2ZJLA 4Y45A 5P46A 2UXZA 4EJDA 1HVCA 4H1EA 3O9BA 3OXCA 4FE6A 3EKVA 3ZMGA 3TL9A 4BEKA 2VIJA 3BXRA 2A4FA 5P3NA 2BJUA 4Y3AA 4HDFA 2R5QA 2AOJA 1ZAPA 2R5PA 3NXNA 4B78A 3ZPUA 5P7QA 5P84A 1AAQA 1ME6A 3KM4A 1IVPA 5P0OA 3ST5A 4J0VA 5SY2A 4EPJA 2BPVA 4B0QA 2G1NA 3U6AA 2G26A 4GIDA 1FFIC 2OHMA 2B8LA 5JG1A 4KE0A 2IKUA 4Z4XA 2BPWA 3TTPA 5P8GA 4PHVA 1MT8A 5P3ZA 4EYRA 5P39A 5DR7A 1OD1A 1QBRA 5P6RA 4QJ7A 4OD9A 2Q64A 3PHVA 5JFPA 1MSNA 4DQGA 2WF2A 5P0KA 1KJGA 5P28A 5P71A 4KUPA 4F76A 3FNSA 4X2LA 3K5GA 4Y5EA 4B00A 4I11A 4Y5BA 3PWMA 1APTE 5P52A 5P1AA 3APRE 3MSKA 3T7XA 3VYEA 3NU9A 4Y3LA 3UQPA 2ZHTA 4Y51A 3NDTA 4FAFA 5P0AA 4Y4DA 2PK6A 5P0NA 5P5EA 1ZP8A 1EC2A 1XE5A 5P4CA 3GGAA 2WKZA 3OQFA 3QI1A 4Y50A 5OZVA 3VEUA 2AVQA 3OUDA 3ZKQA 4I0JA 1VIKA 5P7BA 3GGXA 2Z4OA 2HB3A 2A1EA 5EZZA 5F01A 4WY6A 3DOXA 3OAGA 4JP9A 5P56A 5P1DA 3M9FA 4YCYA 5P1SA 3EKWA 3EC0A 5P47A 4NPUA 5IVRA 4NKKA 1AM5A 2QMGA 1SMEA 2CEMA 5C9BA 2QNNA 3FSMA 2QNPA 3GI6A 3IN4A 4J1EA 4RGHA 4Y57A 4YBIA 2I4XA 2PH6A 4DV9A 5P55A 3OUBA 3OU3A 3KDCA 5P3JA 5P3FA 2ER9E 5P2VA 5P05A 1BILA 1NPAA 3OU4B 5P1OA 2PYNA 2IGYA 5AH6A 5KQXA 4YCKA 3R2FA 5P57A 5P1KA 5P4WA 5P2NA 3ZKIA 5P4TA 4I0GA 2HAHA 1HSGA 3O9DA 3NDWA 3NLSA 2NXDA 4Y4BA 4K8SA 4FLGA 3LPKA 2QZWA 4D89A 4ZSMA 4GJ8A 5OZSA 1D4KA 4NJUA 5OZGA 4MC2A 2BPZA 5OZIA 5HE4A 3TOHA 3MXDA 2RMPA 2XYFA 5P09A 4F73A 1T7KA 4H3FA 4Y4GA 3EM4A 5P73A 1WKRA 2OHQA 5P6QA 3BUHA 5DR4A 1TZSA 1MT9A 4Q1YA 5P6CA 3QROA 3KN0A 4ZPGA 4EJKA 3Q5HA 5P82A 3S43A 4HEGA 5P43A 2OHTA 5P2QA 2OHPA 2ER0E 3Q3TA 2WF4A 3NYGA 5KR0A 5P5MA 5HDXA 4AMTA 4DQBA 5IVQA 4U7QA 4L6BA 1BIMA 4Y3SA 5P8LA 4FSLA 4MC1A 5HCTA 4M8YA 3UDYA 5KQFA 3JVYA 2R38A 5OZJA 1T7IA 2G27A 3SPKA 2FLEA 5P44A 1MIQA 3HAUA 4Y53A 3L59A 3L3AA 3SFCA 1EPRE 1LYAA 1BBSA 3L5FA 3O9IA 3ZPSA 1G35A 4CPXA 1MSMA 3KT5A 4Y5PA 5P83A 4WTUA 1QBUA 5OZYA 3SA4A 3O9CA 5P7ZA 3OY4A 3RTMA 5OZFA 4Y9WA 4Y3WA 5P7FA 3NWQA 5OYTA 4I8WA 1SIVA 2HB4A 4DPFA 3KFSA 5OZ3A 5HDVA 4YDGA 1Z1HA 1K1UA 1HTFA 3OOZA 3K5CA 1CMSA 3Q6YA 5P5RA 3HLOA 1LZQA 4H3GA 5P35A 3S54A 3INHA 2ZJHA 2QI4A 1G6LA 4LXMA 1KJFA 3LIQA 2RENA 3LNKA 1HEGE 3KYRA 2Q15A 5P4AA 2EWYA 5AH7A 5P2AA 1D4JA 3LIZA 3CYWA 3TOFA 5P7PA 1MRXA 4GJ6A 5DQ4A 4DJQA 5P5JA 1F34A 4I0DA 3SKGA 4LL3A 4IVTA 4B77A 1FG8C 4ZIPA 1QBSA 1HVRA 1HPXA 3URJA 1B6MA 2ANLA 3O9AA 4Y5GA 3G70A 3LPIA 2OHNA 2XFIA 1TSQA 4M8XA 1SDUA 3UDQA 4NJVA 5P8NA 3SLZA 2JE4A 4COEA 3DJKA 5P2FA 3S7MA 4FS4A 3WZ6A 1FQ5A 4TRYA 5P8MA 5OZEA 1LS5A 5P8UA 2NMZA 1KJ7A 1JLDA 1HEFE 4I0ZA 5P5BA 3OU1A 5P15A 3DK1A 1TQFA 3S8IA 3IN3A 4ZSQA 5P40A 5P23A 4YOBA 1BV9A 3QPJA 3NU5A 4EJ8A 2V00A 5P45A 4Y4EA 4FM8A 3TPJA 4Y3XA 4Y4JA 5P7RA 2VNNA 4DJYA 5P7AA 4QJ8A 4CPTA 3INFA 4S1GA 1ODWA 3O9GA 1C6ZA 4ER1E 4GMIA 5P4BA 5P8FA 3KF0A 1D4LA 3LZSA 5P8VA 4FSEA 3VSXA 5P5KA 4Y35A 2B60A 4J1HA 4I1CA 3R0YA 5P5DA 3OHHA 3OUAA 3T3CA 5P2KA 3MXEA 3RSVA 1HHPA 4CPRA 1YTJA 4DQHA 3MWSA 2I0AA 5P5IA 3T11A 3U7SA 3EM6A 4D88A 1VIJA 1XN3A 1HIHA 3OTSA 4Y5KA 2J9KA 1LYWA 1W5VA 5P1MA 3OQDA 4DJVA 3HD8A 3BVAA 5P6YA 4J54A 1OEWA 5P2JA 3F9QA 1QS8A 1QDMA 5P0BA 2WEBA 2F81A 1FMUA 4TVGA 1SDTA 3TOGA 5HDZA 1BDQA 4ZEAA 3KT2A 1BXQA 5OZTA 5P3PA 4B05A 1EC1A 2WF0A 1T7JA 5P7KA 2CENA 4YD7A 1DW6C 5AHBA 3CKRA 2H6SA 5C9DA 3EBZA 3LIXA 4QJAA 5P06A 4R95A 1BDRA 2HC0A 2O4NA 2QU2A 1A9MA 4K4PA 4Y3YA 2PWRA 3L5EA 3PVKA 3INEA 5P2SA 5P0IA 1RPIA 7UPJA 5OZ7A 5P6NA 4PZWA 3GI0A 3SM1A 1K2BA 4JPEA 1FFFC 3IXKA 5P8KA 2PWCA 2AOCA 5P3SA 1M43A 5P03A 4Y3GA 5P1FA 4XKXA 5OYQA 4RCEA 2WL0A 2PC0A 1BDLA 3L5BA 1FG6C 4HE9A 2R3TA 2ASIA 3D1ZA 3JW2A 1MPPA 1B5FA 5P80A 5ENMA 1K6CA 1MTRA 3OOTA 3QBFA 5P6OA 5P7CA 3UHLA 3QS1A 2O4LA 5BRYA 4XX3A 4D85A 5OZUA 3NU4A 2JXRA 3IXJA 2WEAA 5P5OA 3G6ZA 5P6WA 4LBTA 2VA6A 2V13A 5UPJA 3BGCA 4Y5AA 1B5FB 3AUPA 3T7PA 1LV1A 2QNQA 3O9LB 1T3RA 5OZKA 4B1DA 3ZPTA 3TKWA 5I70A 1XE6A 5P3IA 1PFZA 3SACA 1ER8E 5OZLA 3O9HA 3UQXA 1ZTZA 4Z22A 4PEPA 1ZLFA 4NJSA 1RL8A 1PPME 5OZBA 5OZ5A 1HTEA 3VLBA 5HU1A 5P12A 2BBBA 5P4YA 4CMSA 1PSOE 3ER3E 3WZ7A 1WBKA 1C6XA 3BUFA 5P2DA 3QP0A 4JECA 5DPZA 1GNNA 3FIVA 3PBDA 4ZSPA 4ZSRA 5P1IA 5P8BA 2SAMA 5C9FA 2ZJKA 1W5YA 3LHGA 4YD3A 5P5PA 4R5NA 3OQKA 5OYVA 3SA6A 4QJ9A 3I25A 3VFBA 5P3XA 5P7HA 5P1HA 3NDXA 3VG1A 3S85A 5HE7A 2AZ8A 4FM7A 5P0YA 5P4HA 1HVSA 5P8EA 1GVUA 2AIDA 1FF0C 2VIEA 3B80A 5P14A 3VLAA 5P5VA 1CPIA 3VV6A 2CEJA 5DQ5A 5P8QA 3TPLA 4J5JA 2RSPA 1SGUA 3D3TA 4DJPA 5P6TA 4AUCA 5OZ4A 3OHFA 3T7QA 4Y3PA 5P0UA 1NPVA 4ZLSA 3GI5A 4OBKA 3PGIA 2AVMA 2QMFA 2G24A 4K4QA 2IEOA 5P3AA 2G1RA 2IGXA 2QI6A 4TVHA 3KFPA 1W50A 3ECGA 2FXDA 4DJUA 4H3JA 2QI7A 3ER5E 1XS7D 5COKA 3VYFA 4Y3HA 1M0BA 4FRJA 5P1CA 5P36A 1OEXA 5P64A 1HVLA 3LIYA 4I0FA 3LPJA 5P62A 4YDFA 3OGQA 5P6DA 5P0XA 4J1IA 4CPWA 2APRA 1A94A 2AVOA 4DQCA 5P77A 2QZXA 3EL5A 4MC6A 2QD7A 7HVPA 4Y56A 3OU4A 3VF5A 2PSGA 4Y38A 4HDPA 3ZKNA 3UQRA 1QBTA 5P4JA 3D20A 5OZXA 3UDMA 1EBKC 5P3KA 3I8WA 1HSHA 3HAWA 5P2TA 2FNSA 4DQFA 2I1AA 5P7XA 4RVIA 2PYMA 1A8KA 3PMUA 5P67A 3HVPA 4HZTA 4ER4E 2HS2A 3VF3A 5OZ8A 4J1CA 5P22A 3IA9A 4EP2A 2OHSA 4RROA 4OC6B 1B6PA 3PCWA 1AXAA 5P5AA 2IDWA 5P08A 4DJRA 1A8GA 2I4UA 3UDKA 4I0EA 3HZCA 3N3IA 2HPEA 1BV7A 5P6FA 5OZNA 5P1VA 5P1EA 1C6YA 1KJ4A 5P5GA 3IXOA 3KA2A 4H3IA 2G20A 5P5QA 5P87A 5P8DA 3OXVA 1AJXA 3VV8A 3EKXA 5P50A 5P4KA 5AH8A 5P8SA 5P0JA 4Y3EA 5P11A 3UQUA 5P1PA 5OYSA 2R9BA 1KJHA 2Z54A 3UFLA 2XFKA 2Q55A 5P26A 2OHRA 3PEPA 3UF3A 3NU3A 2QMPA 4QJ6A 3VFAA 1HVIA 1EBWA 2PH8A 1DPJA 5SY3A 5P5ZA 2WEZA 5P2IA 5P3DA 1ZPKA 3OADA 5P0LA 5P8OA 5IE1A 5P3YA 4LC7A 5SXNA 5I3XA 5P4UA 3K5FA 3SAAA 3DUYA 3OUCA 1N49A 2QHYA 2V11C 4AA9A 4KE1A 1HBVA 3DV1A 5P8HA 1W5WA 3OADB 2QK5A 2B42A 3DCKA 4X7IA 4Y3FA 5P4FA 4AZYA 2QHCA 5P3UA 5P4GA 4TRWA 3LZUA 1W6IA 5P0TA 6FIVA 2NNKA 1FMXA 5P68A 4LXAA 1EPNE 3KDBA 5P1WA 4DUSA 3EKYA 1XL2A 1IDAA 5P89A 5E5JA 3NSHA 4GJDA 1YM4A 2B8VA 5P48A 1DP5A 1IZDA 4J0YA 5P1RA 5P0FA 1UH7A 2OF0A 4J1KA 1TCXA 3TLHA 5OYRA 5ER1E 1F7AA 2OAHA 4FRSA 2IQGA 5BS4A 2ER6E 4CPQA 1E5OE 2Q54A 4B70A 2V10C 4Y4TA 5P2UA 5P78A 4EXGA 4FAEA 3KDDA 2ZDZA 3QRVA 5P6AA 4APEA 5P0VA 3PI0A 4J0TA 3QRSA 5P4IA 1LYBB 3BHEA 4EHCA 4ZE6A 4YD5A 5P6MA 5KOQA 5P65A 4OBFA 2FGVA 5P16A 3D1XA 5P1JA 1UH9A 3SA3A 2BB9A 1B6JA 4K9HA 2FS4A 1T6GA 4Q1NA 3VYDA 5P1UA 5P5UA 1PPKE 4RRNA 5OZQA 5P6SA 5P0EA 3A2OA 5F00A 1MEUA 1HPSA 1YX9A 5P88A 3IVIA 1EPLE 2QAKA 5CLMA 2V16C 3VV7A 1ZJ7A 5P8PA 5TOLA 2F80A 5HE5A 2QI3A 1BXOA 5P00A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S7L A;  2PSU A;  5P3E A;  3FNU A;  3PSY A;  3SA8 A;  5P6B A;  4EXH A;  1EC0 A;  4LXK A;  1MTB A;  3SO9 A;  4J1F A;  1BAI A;  4FL8 A;  5HD0 A;  4A6B A;  1FMB A;  5DR1 A;  1LEE A;  1DMP A;  5P5H A;  5OZ9 A;  3MSJ A;  4EQJ A;  3PJ6 A;  5OZC A;  2O40 A;  3LZV A;  1TW7 A;  5P2C A;  2QZL A;  5P2O A;  4Y58 A;  4LP9 A;  2WF1 A;  3UDP A;  3ZOV A;  4OBZ A;  5P2R A;  5P3B A;  4Y6M A;  5AHA A;  4GJC A;  1B11 A;  4J55 A;  3I6O A;  1APU E;  4Y4A A;  5DGW A;  5P3H A;  5P2Z A;  4B1E A;  5P19 A;  5P70 A;  2F3F A;  2QD8 A;  1QRP E;  1LYW B;  3H5B A;  3VCM A;  3CIC A;  2O4S A;  4A4Q A;  3AID A;  3KMX A;  2G1S A;  3CMS A;  4BFD A;  2BQV A;  1FQ4 A;  2WHH A;  3BGB A;  4GJB A;  4YA8 A;  5P6E A;  5P6H A;  5P27 A;  1Z8C A;  2G69 A;  2AZ9 A;  2FMB A;  2J9J A;  2UPJ A;  1YTG A;  3Q4B A;  1J71 A;  1UPJ A;  1HPO A;  4HDB A;  3SAB A;  1EPP E;  5P4M A;  6APR E;  5P4V A;  4Y4Z A;  1FQ7 A;  1TCW A;  2BKT A;  5P0R A;  1TSU A;  3O9E A;  2B7F A;  3QIH A;  1HVK A;  3JVW A;  3HVG A;  2I4D A;  2IL2 A;  4IVS A;  3WB4 A;  5P7L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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