1CKDA

T43v mutant human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRAVNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of intra- and intermolecular hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme(,).
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ckdA00
4H9CA 2IFFY 1LYYA 1IR9A 1NDGC 153LA 1NMMA 1LMPA 1TAYA 2EIZC 4TX7A 5F16A 5B1FA 3TXIA 2F4GA 4LZTA 3WU9A 1LOZA 3LYTA 5D5FA 2A7FA 1LJEA 2D4JA 3CSZA 1UIEA 4NG8A 1LYOA 5M1YA 1QDTA 5IELA 4ETCA 3RZ4A 3LZTA 1KXWA 4WLDA 1LMOA 7LYZA 1REYA 2D4IA 3EO5A 2D4KA 4GN4A 4HPEA 5D5CA 2Z39A 1CJ9A 4NHPA 5LVHA 4NGKA 1VDPA 4NGZA 4WLXA 1VDTA 1I20A 2I26L 4WM5A 1H6MA 1GE0A 1OUGA 1GE2A 4ETEA 4DD1A 2LYMA 1F10A 2HUBA 5IDDA 1PZYA 1DZBX 1IWTA 1REMA 1LZRA 1XGUC 5ILCA 1GB7A 1O23A 1VFBC 5DL9A 1LSYA 1LZEA 135LA 3AZ7A 5E9RA 2DQAA 2B5ZA 5DN5A 4FJRA 1LSZA 5I4XA 2MEGA 1IVMA 2YBNA 1Z55A 1LZCA 1B5WA 3E3DA 4NSGA 1NDMC 4O34A 5FELA 1HNLA 1YIKA 2GV0A 1C45A 1B7NA 5DLAA 4L41A 1JPOA 3TMXA 4IATA 1BB4A 3CT0A 2DKVA 1BWHA 5I4WA 3AZ5A 1NQIA 3EMSA 1YKXX 4XJHA 3TXJA 5FSTA 1G7IC 1GF6A 1HFZA 1IIZA 1B7SA 1YL1X 4NGYA 4RLNA 1D0LA 2BQKA 4PGJB 1HENA 6LYZA 1C7PA 1ZVHL 1GF9A 1UICA 1B0DA 4EOFA 2DBTA 4LT1A 4QDNA 1FKVA 1JUGA 1AM7A 4DDCA 1B2KA 4G4CA 4NHQA 3TMUA 1NF5A 4LYZA 1DKKA 4ETBA 4XJBA 1XEIA 5APEA 5ILFA 4E3UA 5I54A 1DPXA 1GB0A 1UCOA 2XBRA 2FYDA 4NGOA 2BLXA 1LHMA 1KIRC 4H9EA 5HMJA 4H90A 4H9AA 4J1BA 1I1ZA 3WUMA 4H8ZA 5EBHA 3WUNA 1B7MA 1GBOA 4B4JA 5E4PA 1GBXA 3A67Y 3M3UA 4TTDA 5LYMA 2ZIJA 1YAQA 1LJJA 4PJ2C 1B7OA 3RNXA 3WULA 3WXTA 3W3EA 5KXSA 3WVYA 4NHIA 2HEBA 4N0JA 2BQHA 2PC2A 4DT3A 3J4GA 4U3XB 3WU8A 2Q0MX 1YILA 4B1AA 1GB3A 1GXV2 2LYZA 1JJ0A 1LJGA 2DQCY 4GLVA 1GD6A 6LYTA 3AGHA 2HEEA 5FDJA 4NSJA 1IWZA 1JWRA 4BADA 1JTPL 1LMTA 1FLYA 1VATA 1IORA 1LAAA 1UIGA 1IP5A 2ZYCA 4I0CA 1IOSA 1CKFA 3HBHA 1D6QA 1GFGA 1HEMA 4HJVA 4N1CC 1LJHA 4WO6A 1IOQA 1IO5A 4Z46A 3CT5A 1OUDA 1B7PA 1CJ8A 3HFMY 3P64A 4H1PA 1JJ1A 1LSBA 2BQMA 4H9BA 4ZIXA 2BAAA 4WLTA 1XFPL 1CKGA 2D91A 3A34A 3SP3A 1NHEA 3J6KA 1DI5A 3IJUA 5KXTA 1OUIA 3TXGA 1JITA 1JKAA 4WOAA 1GXXA 3F6ZA 2MEDA 1QSAA 4RW2A 4WL7A 1GDXA 154LA 1I56A 1LZ8A 2Y8PA 2ZQ4A 1C10A 1WQRA 1LMQA 1RJCB 1F0WA 2H9KA 2MEHA 1IR7A 3A90A 4HSFA 5DN4A 3M18B 4KPMA 1LMNA 1OUHA 1JKBA 1RCMA 3A91A 4OW1A 4R6CA 2DQDY 2MEBA 4MR1A 4XJIA 1YROA 1LCNA 1LSFA 4N5RA 2NWDX 3AGIA 3P68A 4HJZA 3WXUA 4XENA 1BB5A 4LFXA 2H9JA 1B7QA 1LHLA 3CB7A 1UIBA 1OUFA 2Z12A 4G9SA 3P65A 4N1EI 1HF4A 4TWSA 5KXNA 5I4YA 5KXKA 1GEVA 4NG1A 4Z3MA 3B0OA 1LZYA 1CKCA 1BHZA 4R0FA 2HTXA 1LHJA 1JSFA 5LXWA 1LPIA 4CGEA 1HEPA 1LSDA 1FLWA 2ZWBA 4XJGA 5KXYA 1JTTL 1WVVA 4B49A 4H9IA 2BQEA 1VEDA 3T36A 132LA 3HBEX 4NIJA 4YENA 5A3EA 5LYTA 1HEQA 1H87A 1LKSA 1SLYA 4CHXA 3KAMA 1LHKA 4B4EA 1GFJA 1HEOA 8LYZA 1HERA 1LHIA 2ZNXY 1ZV5L 1UACY 5LVKA 3AW7A 1XSFA 2DQHY 1IP6A 2BQFA 5APDA 4OOTA 1VAUA 5A3ZA 1JIYA 1EQEA 1GHLA 4GN5C 4H9FA 4M6DA 3RW8A 1LSCA 1RE2A 1V7TA 3G3BB 3W6EA 3ZEKA 1LZAA 4WG1A 3LZ2A 5APCA 1J1XY 1LSMA 2X0AA 4C3WA 1KIQC 2BLYA 3LN2A 1INUA 4WMGA 5LINA 5DM9A 2DQFC 2I25L 5C6LA 4HJYA 1GE3A 5B06A 1B7RA 1ZVYB 1CKHA 5F9XA 1TCYA 1FLQA 2CDSA 1JTOL 2W1MA 4DYGA 5KXOA 5LVJA 4MCKA 2F30A 1HMKA 4UWVA 3A3RX 4NY5A 1WQOA 3ZVQB 1XEJA 2LZ2A 5L9JA 4NEBA 1BGIA 1LYZA 1HELA 1LKRA 2LYOA 1XGPC 2MEFA 5F9UA 1E8LA 3WU7A 1QUTA 2HECA 1LSAA 1GB2A 5HQ1A 1HSWA 1WVUA 3ATOA 5FEKA 4NSHA 4N9RA 4YEMA 1W08A 3A8ZA 1IOCA 4N8ZA 5B07A 2EKSC 1JJ3A 4PRQA 3WW5A 3EBAB 1D6PA 1LJKA 1LZGA 5JENB 1GBZA 3QNGA 4II8A 2EQLA 2LZTA 2I6ZA 3ATNA 4XYYA 5KXZA 4RW1A 4HP0A 4KXIA 4GCEA 1F6SA 1T6VL 4H92A 1LSPA 4OWBA 1GB8A 4NWEA 3A96A 1CJ7A 1G7LC 4WL6A 4XJFA 4G4HA 1TBYA 5LVIA 4AXTA 2FBDA 4LYTA 1CJ6A 4J0LA 4KL7A 4TUNA 1LZ1A 4NGWA 1BVXA 1FKQA 1GE4A 2MECA 4ML7A 1MELL 4J1AA 1GFKA 4NGVA 2YBJA 4I8SA 1REZA 4GCCA 2BQIA 3K3TA 2YBLA 1FLUA 3BKHA 3WPJA 1QIOA 4DD9A 5LVGA 1YKZX 4LT0A 1BQLY 2WARA 1NKHA 3VWOA 4HTKA 1D0KA 4UWNA 1YL0X 4TSCA 4GCDA 1C43A 5F14A 3CT1A 1AT6A 2RSCA 1B9OA 2Z38A 3CQLA 2VB1A 1IWWA 3LYOA 1B5ZA 1GAZA 1EQ5A 2ZQ3A 3N9AA 1VDQA 4QGZA 3WUAA 4DDAA 1LZDA 1MLCE 4H9HA 5I5QA 3WL2A 4CFOA 3FE0A 1YAOA 4DDBA 3TMVA 1LMCA 1SQ2L 3A3QA 3ULRA 5B05A 1G7HC 4NHSA 1GFHA 1G7JC 1LZ6A 1EL1A 4W96A 1DKJA 3HBDA 2HEFA 3N9CA 194LA 2FBBA 1LZTA 3P4ZA 5KXWA 1NBYC 2ZIKA 3RT5X 1C08C 1YAMA 3RU5A 3W6FA 3B0IA 3D3DA 4CJ2A 1OUJA 1GFEA 2Z2FA 4H91A 4GCBA 2C8OA 2YBIA 4XJDA 1WTNA 1YANA 1GFTA 1ZMYL 5C6JA 1QTEA 4QY9A 5HLLA 3WH1A 1IWVA 4YEOA 4QEQA 5LAGA 5KJ9A 1IC5Y 2W1YA 3WPKA 1GEZA 1GWDA 2LHMA 1TEWA 4LYCA 1IX0A 3W6DA 1RI8B 1XGQC 4G4BA 1IOTA 1LSGA 1LSEA 2W1XA 1OQMA 5KXXA 4PHIA 1DI4A 1C46A 5HNLA 1YAPA 2Z18A 2CWIA 5L3IA 2CGIA 1B5XA 1B5UA 2MEEA 3BKVA 1GB9A 207LA 4NGLA 1LSNA 3AW6A 4A7DA 1AT5A 1GF0A 1IWXA 2BQGA 1LZNA 4GLAA 1GFAA 4HV2A 1LJFA 1BB3A 1G7MC 1XGTC 3B72A 4OWHA 2BQAA 4X3BA 1GDWA 4MSTA 3WVXA 5LIOA 4NSIA 1LMAA 1IC7Y 4FDYA 4OWCA 1GF3A 4PRUA 3GXKA 4Z41A 1IR8A 1A4VA 3TXBA 4DC4A 4W94A 1LZ4A 2MEIA 3TXKA 3OJPA 5II3A 3IWRA 4WM2A 1OP9B 1YKYX 2N5ZA 3TMWA 1WQNA 4ET8A 5B59A 1UIAA 2BQBA 1OUCA 1QTKA 1LHHA 1UC0A 4LYOA 1IEEA 3A6CY 3P66A 1GBWA 4OWAA 3IJVA 1OUAA 2YBMA 5LA8A 4GN3A 3WPLA 3G3AB 133LA 3AB6A 1FDLY 1AZFA 1LJNA 1JEFA 3A93A 4H93A 4DD3A 4WM1A 3WMKA 1JHLA 1GFRA 1HEWA 5KXLA 1WTMA 4HPIA 2XTHA 1CNSA 4BAPA 4NWHA 4HTNA 4NGJA 1IP3A 3LYZA 3W6AA 2BPUA 4PPOA 1GFUA 1B5VA 4P2EA 4WM6A 4AGAA 5KXMA 1J1OY 1V7SA 4ETAA 1AKIA 4WM4A 5B1GA 5K7OA 4NGIA 3CSQA 5LAFA 1QDRA 4DWXA 3AZ4A 2BQDA 2A7DA 4WG7A 1JISA 1QUSA 1LJIA 4BS7A 3A94A 5I53A 1LZ5A 2F4AA 1GB6A 4WM3A 1BVKC 1IY4A 2CJLA 1DI3A 4BAFA 1QSWA 1HHLA 1IP7A 4WLYA 4IJ4A 5APFA 2G4PA 1XEKA 2YBHA 1GPQC 4YM8A 1UIDA 5LA5A 1P2CC 4DD2A 1YQVY 1GF5A 3CSRA 2DQGY 4B4IA 5KKJA 1GAYA 2EPEA 1IWUA 2DQEY 1TDYA 1A2YC 3MGWA 4LT2A 2F2NA 1OUEA 1HFXA 1B5YA 1GF7A 1UUZC 4ETDA 1D0MA 4UWUA 2YVBA 1LTMA 3ZVQA 4RDSA 3QE8A 4IASA 2BQCA 2FYCA 1KXYA 2Z2EA 1F6RA 193LA 4KT3A 1GB5A 4LT3A 3AJNA 4ZEEA 1LYSA 2MEAA 1LJ3A 1UIHA 2HU1A 2Z19A 1GF8A 4NHTA 2BQOA 4RLMA 1VDSA 1PS5A 1W6ZA 4DD0A 1GF4A 1WQPA 1DQJC 4D9ZA 208LA 3LYMA 1IP1A 1IC4Y 4OOOA 3LHMA 4J7VA 4NFVA 3AZ6A 4WO9A 2BQNA 1LZ9A 5FCPA 1ALCA 2XJWA 5FHWA 2HEAA 3OK0A 5HMVA 5KY1A 1HSXA 4ANRA 1LZBA 1DPWA 1IWYA 1CKDA 3QY4A 1UBZA 4TSBA 1IP2A 4M4OA 2DQIY 1XGRC 1BB6A 1HFYA 2W1LA 5LYZA 1J1PY 5IHGA 1LJ4A 5KXRA 3WW6A 5F81A 4XADA 5C6IA 4XN6A 1WQMA 3A95A 5AMYA 1N4FA 2G4NA 3TXEA 5J7CA 1BWIA 3AYQA 4LGKA 3TXDA 2YDGA 3B6LA 3FI7A 2BQJA 5KXPA 1JKCA 4ET9A 1BB7A 2AUBA 4G49A 4OWEA 2Z37A 1B7LA 1OUBA 1QQYA 1WQQA 1GBSA 3B0KA 4LYBA 4CFPA 134LA 1FN5A 1DXJA 9LYZA 2BQLA 1T3PA 4H8YA 1FBIX 1IP4A 1KXXA 3EXDA 1JSEA 2H5ZA 2ZNWY 1GBYA 3T6UA 3GXRA 4GCFA 3D9AC 4LYMA 2IHLA 5T3FA 4DD7A 4YOPA 1GFVA 1UIFA 2DQJY 4Z98A 2ZILA 5KKIA 1EQ4A 1HMLA 2HEDA 3TXHA 4B0DA 5L3HA 5HNCA 2YSSC 4C5FA 1NWGA 3WYHA 1UA6Y 1KIPC 3TXFA 3W6BA 2ZYPA 2G4QA 1REXA 3AGGG 1HC0A 1JKDA 1D9UA 1GE1A 2XBSA 3A6BY 3W6CA 2HU3A 1IY3A 2C8PA 2D6BA 3A92A 3N9EA 4H94A 4H8XA 4HV1A 4HTQA 1RFPA 4LFPA 4YF2A 4EMNA 4ZFPA 1NBZC 1BWJA 1LZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NDGC 252LA 1NMMA 2EIZC 142LA 3WU9A 3TXIA 4OO9A 4ARLA 2A7FA 3CSZA 3F9LA 4NG8A 1LYOA 4EXMA 5M1YA 3LZTA 1L97A 4WLDA 1G0MA 172LA 3CDTA 1REYA 2D4IA 3EO5A 4GN4A 4HPEA 5D5CA 1D9WA 1LLHA 2I26L 1GE0A 2LYMA 2HUBA 1DZBX 1XGUC 1O23A 224LA 5DL9A 244LA 237LA 1L56A 2YBNA 1LZCA 4ARPA 4NSGA 1NDMC 166LA 1P5CA 3UONA 4EPIA 2DKVA 1BWHA 3AZ5A 3EMSA 1C69A 4ARJA 1D3JA 1GF6A 1HFZA 3FADA 1L05A 3RZEA 1ZVHL 3HTFA 4DDCA 1FKVA 1B2KA 4G4CA 3TMUA 220LA 260LA 5ILFA 1GB0A 4DQ7A 2NTGA 3WUMA 1B7MA 3VW7A 4EKPA 3NY8A 139LA 4PJ2C 3WVYA 184LA 2BQHA 2PC2A 3WU8A 1YILA 1GB3A 251LA 3DN8A 1KNIA 1IORA 2ZYCA 1SSYA 3HBHA 1CV3A 1L36A 1OUDA 1CJ8A 1G0LA 3P64A 1LSBA 4ZIXA 4WLTA 1L01A 1XFPL 1CKGA 2D91A 1C65A 3L2XA 2B74A 3IJUA 4LDEA 1LZ8A 1C10A 1RJCB 2MEHA 5DN4A 3A91A 218LA 4R6CA 2MEBA 4XJIA 1L13A 4N5RA 1QTCA 3NYAA 1LHLA 1LYGA 1UIBA 1OUFA 2RAYX 3HUQA 4N1EI 4TWSA 5I4YA 1LZYA 1BHZA 1KW5A 4S0WA 1LPIA 1FLWA 4W59A 1L19A 4H9IA 2BQEA 4NIJA 1H87A 3KAMA 3SBAA 1HERA 2B70A 2ZNXY 3L64A 1ZV5L 1UACY 5LVKA 1CV4A 1L60A 1XSFA 143LA 4W58A 3C83A 1L26A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H9C A;  2IFF Y;  1LYY A;  1IR9 A;  1NDG C;  153L A;  1NMM A;  1LMP A;  1TAY A;  2EIZ C;  4TX7 A;  5F16 A;  5B1F A;  3TXI A;  2F4G A;  4LZT A;  3WU9 A;  1LOZ A;  3LYT A;  5D5F A;  2A7F A;  1LJE A;  2D4J A;  3CSZ A;  1UIE A;  4NG8 A;  1LYO A;  5M1Y A;  1QDT A;  5IEL A;  4ETC A;  3RZ4 A;  3LZT A;  1KXW A;  4WLD A;  1LMO A;  7LYZ A;  1REY A;  2D4I A;  3EO5 A;  2D4K A;  4GN4 A;  4HPE A;  5D5C A;  2Z39 A;  1CJ9 A;  4NHP A;  5LVH A;  4NGK A;  1VDP A;  4NGZ A;  4WLX A;  1VDT A;  1I20 A;  2I26 L;  4WM5 A;  1H6M A;  1GE0 A;  1OUG A;  1GE2 A;  4ETE A;  4DD1 A;  2LYM A;  1F10 A;  2HUB A;  5IDD A;  1PZY A;  1DZB X;  1IWT A;  1REM A;  1LZR A;  1XGU C;  5ILC A;  1GB7 A;  1O23 A;  1VFB C;  5DL9 A;  1LSY A;  1LZE A;  135L A;  3AZ7 A;  5E9R A;  2DQA A;  2B5Z A;  5DN5 A;  4FJR A;  1LSZ A;  5I4X A;  2MEG A;  1IVM A;  2YBN A;  1Z55 A;  1LZC A;  1B5W A;  3E3D A;  4NSG A;  1NDM C;  4O34 A;  5FEL A;  1HNL A;  1YIK A;  2GV0 A;  1C45 A;  1B7N A;  5DLA A;  4L41 A;  1JPO A;  3TMX A;  4IAT A;  1BB4 A;  3CT0 A;  2DKV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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