1CKGA

T52v mutant human lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSVDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Contribution of intra- and intermolecular hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme(,).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ckgA00
2MEDA 2G4NA 2HTXA 1VDTA 4LZTA 1HSWA 5IDDA 5F9UA 2Z19A 4ZFPA 1OUHA 4LFPA 2MEGA 1GWDA 1J1XY 1CKHA 1GAYA 5KXOA 2DQHY 4C5FA 1OUGA 2FBBA 1KIQC 1VAUA 1TDYA 3P68A 1JSFA 3AZ6A 1KXWA 3AYQA 1WVVA 2VB1A 1LJ4A 3WULA 3LYTA 5A3EA 4NSIA 2MEFA 5KKIA 1D0MA 1GE2A 1HFZA 4GLVA 2BQEA 3OJPA 5F9XA 4DDAA 9LYZA 1H87A 1UIEA 1LMPA 3N9EA 4ETDA 1OUIA 154LA 2XBSA 4XJGA 1YL1X 1JUGA 1BB6A 3QY4A 1B5WA 3WUMA 4OOTA 5LYTA 1QQYA 1BB5A 3T36A 3A96A 2FYCA 1IORA 2BQJA 5AMYA 5C6JA 132LA 1G7MC 3A3RX 3W3EA 1GBXA 1GFEA 1D0LA 4G4CA 1HF4A 3W6CA 4CHXA 1LSCA 3A3QA 1GB8A 4N1EI 1SQ2L 4BAFA 1UICA 3A91A 4XJFA 1GB7A 4Z41A 1DXJA 1GB0A 3LYZA 1RI8B 5L3IA 1LMTA 4HV2A 5B1FA 1GFTA 1LHKA 4DDBA 3A93A 1OUAA 1KIRC 1GF4A 2EIZC 1IP3A 1NDGC 1LZAA 1DI5A 4ETBA 1FKVA 4H90A 4XADA 1TCYA 3CQLA 4LYTA 3P64A 5C6LA 1IWVA 1GF9A 4N5RA 1TEWA 4H93A 4WM1A 5M1YA 3IJUA 1OUDA 3WW6A 4OWEA 5L3HA 2W1MA 1LZTA 3TXGA 4XENA 1GE3A 1LSEA 1QTEA 2BQDA 1LMQA 4NG8A 1AKIA 2EQLA 1IP7A 1IP4A 5B07A 3WPJA 3W6BA 1JIYA 1IOSA 4GCEA 1HMLA 4I8SA 1I20A 3M18B 5E9RA 3ULRA 1B2KA 1JJ3A 1JISA 4H9CA 5ILFA 5KXYA 5LVGA 3LYMA 1LZ9A 1HSXA 4WLTA 1YKYX 1LSGA 1IP5A 1YKXX 3GXKA 1OUCA 4YOPA 3FE0A 4U3XB 1LJGA 3E3DA 3TXKA 5II3A 2ZYPA 1KIPC 1LSNA 5KXZA 5A3ZA 1CNSA 4NHSA 1GFRA 2BLYA 5DN5A 1LZ6A 1UBZA 1GEZA 1XGUC 4KXIA 4B4EA 2LZTA 1IIZA 4ETCA 3G3BB 3A95A 3J6KA 207LA 1REZA 2BQMA 1WVUA 5KXMA 5LVHA 1GF7A 1MELL 1LYZA 1HFXA 1LSDA 1IWTA 1VDQA 1GE1A 2HECA 1NWGA 1LYSA 3CSZA 5LVKA 4TSBA 1GB5A 5KXSA 3TXEA 4KL7A 4NGWA 2H9JA 1GDWA 3WPKA 4ANRA 3AGGG 4ET9A 1CKDA 3D3DA 4DD3A 4B1AA 1LPIA 2HEDA 3B0KA 2G4PA 2Y8PA 1LSYA 1B7MA 1XGPC 2AUBA 4ZEEA 1GXV2 4NHIA 1QDRA 2CWIA 3T6UA 1T6VL 1BB3A 1IOQA 1NDMC 1GB2A 1UUZC 3P4ZA 1GDXA 3EXDA 4GN4A 4QDNA 1LZNA 4TX7A 1CKFA 3WYHA 1UIAA 1FLWA 1UIFA 1OUEA 1UACY 4W96A 1IP2A 4J0LA 2GV0A 5I4WA 2CGIA 3WUNA 1YILA 4CJ2A 2ZIJA 1BB7A 1DI4A 2F30A 5I4XA 5IHGA 1GXXA 1LSPA 2DQFC 1UIBA 5KJ9A 1LJNA 1LYYA 3WMKA 3EBAB 4CFPA 1NHEA 1LSMA 4RW2A 1EQ4A 5LVIA 1BVKC 1DPXA 1IVMA 1LJIA 2YDGA 4NFVA 1LYOA 3AJNA 4OOOA 4PRUA 3RZ4A 1DPWA 2ZWBA 4NGOA 1UCOA 3IWRA 1LZRA 4WG7A 1IWUA 1CJ7A 2I25L 2XBRA 4H9FA 2DQAA 3A6BY 1YAPA 1GFJA 2Z2EA 3CT1A 5HMVA 1P2CC 5K7OA 1C10A 5KXKA 1QSWA 5J7CA 1CKGA 1V7SA 2YBIA 2Z12A 1LMOA 1LSFA 2D4KA 3LYOA 4WLDA 3B0IA 5D5FA 4YF2A 1GB6A 2LYOA 1REYA 4BAPA 1V7TA 1OUJA 4NHPA 4H1PA 1JKDA 1YAOA 2W1YA 4IATA 4N0JA 1BB4A 5KXTA 2LYZA 5B06A 1UIGA 3P65A 3WU8A 1JTTL 4WM5A 1B7LA 135LA 1LJEA 2DBTA 5B05A 2WARA 4OWAA 4WMGA 4ETEA 1G7LC 1F6SA 1GFUA 1LSZA 1C45A 1G7IC 1IOTA 1LAAA 4IJ4A 1GFGA 1LHHA 5LIOA 5HNLA 4XJBA 1LZ1A 4NEBA 194LA 4CGEA 2BQCA 4YEMA 4UWUA 1F0WA 1D9UA 3A94A 1JEFA 3WU9A 1LZDA 1WQOA 4NIJA 4I0CA 4GCCA 4HPIA 4H9HA 5C6IA 3WVXA 2DQCY 2HUBA 5FDJA 1DZBX 3IJVA 4HSFA 5FEKA 1CJ8A 1LHMA 1QTKA 1BHZA 2Z2FA 1W08A 4HTQA 1B7QA 2MEAA 1DKKA 3LZ2A 2BQNA 1HNLA 4IASA 1NBYC 1UIHA 4GN3A 4H91A 8LYZA 1G7HC 3WUAA 5LAFA 2BQGA 4J7VA 1HC0A 4WLXA 1OP9B 1FLUA 3LN2A 4LYCA 2ZNWY 1TAYA 3TXDA 4DD7A 1IR8A 1HEWA 1J1PY 2D6BA 4FDYA 1B7SA 1HEQA 3ATOA 4FJRA 4LT0A 5F16A 4ETAA 4RLNA 3TXJA 1F10A 1J1OY 1XGRC 4NHTA 2W1LA 4NY5A 1C7PA 5FHWA 2ZIKA 4PPOA 5DN4A 3TMVA 134LA 3CSQA 3TXIA 1HEMA 2HU1A 4DWXA 3VWOA 4RLMA 1KXXA 4O34A 1QIOA 4OW1A 4J1AA 5LA8A 3WXUA 1PZYA 1XFPL 1FLYA 1GBZA 1IWXA 3GXRA 4M6DA 3ATNA 4DYGA 4OWBA 1FBIX 3A92A 1GHLA 1WQNA 2F2NA 2ZQ3A 3B0OA 1XEJA 5LYZA 5LINA 4B49A 5E4PA 6LYTA 1IC5Y 4LT1A 1AT5A 1B7RA 1C08C 1FDLY 3CT5A 4EOFA 4TSCA 5T3FA 1B9OA 5DLAA 1I1ZA 1C46A 1HEOA 1GB9A 3QNGA 2D4IA 1ZMYL 5LAGA 1AT6A 2HEAA 1YROA 2YBHA 2ZQ4A 3TMWA 1DKJA 1REMA 3KAMA 1T3PA 4LYOA 1REXA 3TMXA 3RT5X 1HEPA 1ZVHL 1LJ3A 1CJ9A 1LZ8A 1O23A 4RDSA 1YAQA 2F4AA 2HEEA 2PC2A 1JHLA 1LJKA 4P2EA 4HJVA 1B5ZA 2I26L 3WL2A 1LZ4A 4EMNA 2RSCA 3F6ZA 5LA5A 5ILCA 1CJ6A 2BQFA 1DI3A 5I4YA 4M4OA 4BS7A 4WL6A 3AZ7A 4DT3A 4HP0A 4LGKA 3B6LA 1GFHA 3ZVQA 4H9AA 1HELA 1GB3A 1QDTA 1WQQA 4WG1A 2C8OA 3N9CA 1VATA 1IWWA 2MECA 2YSSC 1GFKA 1PS5A 1LSAA 2C8PA 4N8ZA 3TXBA 4NGYA 1B7NA 1TBYA 4LYMA 1GFVA 3AW6A 3AW7A 3CT0A 1D6QA 1W6ZA 3MGWA 4D9ZA 1IO5A 2HEBA 4B4JA 1XGTC 1A4VA 1CKCA 4B4IA 3RW8A 2Z38A 3D9AC 4DD1A 3EMSA 4NGLA 4DD2A 5I53A 1YIKA 3HBEX 1B5VA 4WO9A 1LZEA 2CJLA 1LZCA 1AM7A 4N1CC 3WU7A 5L9JA 1FLQA 1GEVA 3W6EA 1INUA 2FBDA 6LYZA 5HNCA 5KXNA 5DL9A 2Z39A 4G9SA 1IY4A 1NBZC 3A8ZA 4NWEA 4E3UA 1H6MA 2MEBA 2LHMA 4GN5C 5D5CA 3LZTA 1VEDA 4GLAA 4H9EA 5I5QA 1EQ5A 2MEHA 4X3BA 2YBJA 1JKCA 1UC0A 3CSRA 5LVJA 1BQLY 2DQJY 5F81A 2Q0MX 2DQEY 1LCNA 2ZNXY 1LMNA 4H9IA 4Z46A 1IR9A 2D91A 2MEIA 4XJDA 1BWJA 2H9KA 1B5XA 2A7FA 2LZ2A 2XTHA 4G4HA 2LYMA 1JKAA 1JTPL 4CFOA 1ZV5L 1LZGA 3QE8A 3P66A 1G7JC 4H8YA 1GBYA 4NGJA 1HENA 3TMUA 7LYZA 1IOCA 1LKRA 4R6CA 3TXHA 1B5UA 1HFYA 2BQAA 2G4QA 1JITA 4H8ZA 1WQPA 1LJJA 1YANA 3AZ5A 4II8A 4LT3A 4G49A 1B0DA 1C43A 3W6DA 1XEIA 133LA 4NSHA 4LYZA 2BQIA 1LMCA 1VDPA 4KT3A 1FN5A 3EO5A 5APFA 2Z18A 2BPUA 4QGZA 1ZVYB 5KXXA 2X0AA 5APEA 1LMAA 4H92A 3K3TA 4ZIXA 3OK0A 3HFMY 4R0FA 1IP6A 2DQDY 1FKQA 3WH1A 1GF6A 5FCPA 1IC7Y 4PHIA 1WTMA 2DKVA 3LHMA 2YBNA 3M3UA 1JWRA 4OWCA 2I6ZA 4GCFA 1GBSA 4WL7A 4PJ2C 5KXRA 5LYMA 4MCKA 1B7OA 5KKJA 1JKBA 2F4GA 2HEFA 1AZFA 1BGIA 4N9RA 5FSTA 1JPOA 4NGKA 4WM2A 1UIDA 4ET8A 1XGQC 5FELA 1DQJC 4L41A 1IC4Y 1JJ0A 3W6AA 1GF0A 1RE2A 3A67Y 4HJZA 4J1BA 4KPMA 1JJ1A 2BLXA 4H94A 1D6PA 4H8XA 4PRQA 4OWHA 1GAZA 4WM6A 3RU5A 2YVBA 4DD9A 1ALCA 5HLLA 1BWHA 2XJWA 5KXWA 3ZVQB 3HBHA 4ML7A 2N5ZA 2ZYCA 4NG1A 1LZSA 3WPLA 2D4JA 4YENA 3BKVA 4PGJB 1QSAA 153LA 1LOZA 1RFPA 4WM4A 5B1GA 1F6RA 1HERA 4QEQA 4NGVA 3J4GA 5LXWA 1IR7A 1B5YA 1XSFA 3RNXA 1XEKA 4BADA 3AGIA 1IX0A 1LHIA 1OQMA 2IHLA 4NGZA 4YEOA 5HQ1A 1LTMA 1N4FA 2A7DA 2HU3A 3G3AB 4UWVA 4W94A 4Z98A 5APCA 3ZEKA 1WQMA 2BAAA 1IY3A 1LKSA 4NHQA 1Z55A 5EBHA 2W1XA 4A7DA 4DD0A 1KXYA 3BKHA 4G4BA 1BVXA 2YBMA 5DM9A 4DDCA 1IWZA 4YM8A 1LSBA 2B5ZA 3FI7A 3A34A 1NMMA 4TWSA 1GF8A 1YL0X 3AB6A 2IFFY 3B72A 1IEEA 4B0DA 1OUBA 4WOAA 3WVYA 2NWDX 4LFXA 1A2YC 2CDSA 1GE4A 1WTNA 1GF5A 4GCBA 2ZILA 4NGIA 3CB7A 1YQVY 5KXLA 4LYBA 3AZ4A 1EL1A 4HV1A 4TTDA 4RW1A 4WO6A 2DQGY 4TUNA 1LZBA 1IWYA 1QUTA 4LT2A 4UWNA 1LJFA 4HPEA 5I54A 1MLCE 4NSJA 4NWHA 3WXTA 1LJHA 1RCMA 4HTKA 1LHJA 1JSEA 2Z37A 4GCDA 2BQOA 1LZYA 3HBDA 3N9AA 4MR1A 1QUSA 1NKHA 1B7PA 4XN6A 2BQLA 2MEEA 3A6CY 2FYDA 4C3WA 1LHLA 2EPEA 4WLYA 4XJHA 1YKZX 4Z3MA 2BQKA 2BQHA 5APDA 1RJCB 3A90A 1GF3A 1HHLA 4AGAA 1GBWA 1HMKA 193LA 5KY1A 4HTNA 4WM3A 1E8LA 3W6FA 208LA 1NF5A 2YBLA 4QY9A 1VFBC 5JENB 3WW5A 1NQIA 5HMJA 5F14A 4XJIA 4MSTA 1SLYA 1IP1A 1VDSA 2DQIY 5KXPA 4DC4A 1GBOA 2EKSC 1LZ5A 2BQBA 1BWIA 4H9BA 4HJYA 1GE0A 1OUFA 1GFAA 1GD6A 1UA6Y 3AGHA 4XYYA 1EQEA 4AXTA 2H5ZA 3SP3A 1D0KA 3TXFA 5B59A 4NSGA 1GPQC 1JTOL 1YAMA 5IELA 1WQRA 1I56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VDTA 5IDDA 5F9UA 1L73A 3DN4A 126LA 1OUGA 139LA 1L33A 1L88A 2FBBA 2NTGA 1CX6A 259LA 2VB1A 1CV5A 3ODUA 3LYTA 169LA 2MEFA 1GE2A 174LA 185LA 2XBSA 1JUGA 5LYTA 1QQYA 1IORA 2BQJA 3G3WA 5C6JA 181LA 4GRVA 4OO9A 1GBXA 4CHXA 2B6XA 1DXJA 1CU0A 4HV2A 1G0PA 118LA 1OUAA 1L57A 3GUIA 1DI5A 4ARMA 1L47A 186LA 5C6LA 1GF9A 1TEWA 4YXCA 5L3HA 2W1MA 104LA 4XENA 1LSEA 1G1WA 4DQ7A 1IP4A 1JIYA 1IOSA 4I8SA 1I20A 1P46A 5ILFA 5KXYA 5LVGA 3LYMA 1LGXA 1LSGA 1YKXX 3GXKA 3FE0A 3E3DA 1LYIA 141LA 3LZMA 1GEZA 1XGUC 1IIZA 3G3BB 207LA 1C6JA 1WVUA 5KXMA 1GF7A 1MELL 1HFXA 3CSZA 5KXSA 1G0LA 1P6YA 4ET9A 3D3DA 3B0KA 176LA 2Y8PA 1LSYA 2AUBA 1QDRA 1IOQA 1GB2A 1GDXA 3WYHA 1UIAA 3HUKA 1FLWA 215LA 4W96A 173LA 140LA 1YILA 4W59A 4CJ2A 1GXXA 1LYYA 3GUKA 1LSMA 1EQ4A 1DPXA 4IAPA 1LJIA 1L94A 4W52A 3IWRA 2I25L 1CJ7A 4W55A 1YAPA 1GFJA 3HDFA 1L74A 3CT1A 5KXKA 165LA 2YBIA 5KKIA 1LMOA 1LSFA 3LYOA 4YF2A 1GB6A 1L43A 1CU5A 3DMZA 1YAOA 209LA 5KXTA 3WU8A 3P65A 1JTTL 4WM5A 1B7LA 4ARMB 3DMXA 4ETEA 1IOTA 4IJ4A 1L41A 1GFGA 5HNLA 4CGEA 4YEMA 4UWUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MED A;  2G4N A;  2HTX A;  1VDT A;  4LZT A;  1HSW A;  5IDD A;  5F9U A;  2Z19 A;  4ZFP A;  1OUH A;  4LFP A;  2MEG A;  1GWD A;  1J1X Y;  1CKH A;  1GAY A;  5KXO A;  2DQH Y;  4C5F A;  1OUG A;  2FBB A;  1KIQ C;  1VAU A;  1TDY A;  3P68 A;  1JSF A;  3AZ6 A;  1KXW A;  3AYQ A;  1WVV A;  2VB1 A;  1LJ4 A;  3WUL A;  3LYT A;  5A3E A;  4NSI A;  2MEF A;  5KKI A;  1D0M A;  1GE2 A;  1HFZ A;  4GLV A;  2BQE A;  3OJP A;  5F9X A;  4DDA A;  9LYZ A;  1H87 A;  1UIE A;  1LMP A;  3N9E A;  4ETD A;  1OUI A;  154L A;  2XBS A;  4XJG A;  1YL1 X;  1JUG A;  1BB6 A;  3QY4 A;  1B5W A;  3WUM A;  4OOT A;  5LYT A;  1QQY A;  1BB5 A;  3T36 A;  3A96 A;  2FYC A;  1IOR A;  2BQJ A;  5AMY A;  5C6J A;  132L A;  1G7M C;  3A3R X;  3W3E A;  1GBX A;  1GFE A;  1D0L A;  4G4C A;  1HF4 A;  3W6C A;  4CHX A;  1LSC A;  3A3Q A;  1GB8 A;  4N1E I;  1SQ2 L;  4BAF A;  1UIC A;  3A91 A;  4XJF A;  1GB7 A;  4Z41 A;  1DXJ A;  1GB0 A;  3LYZ A;  1RI8 B;  5L3I A;  1LMT A;  4HV2 A;  5B1F A;  1GFT A;  1LHK A;  4DDB A;  3A93 A;  1OUA A;  1KIR C;  1GF4 A;  2EIZ C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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