1CMSA

The three-dimensional structure of recombinant bovine chymosin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
GEVASVPLTNYLDSQYFGKIYLGTPPQEFTVLFDTGSSDFWVPSIYCKSNACKNHQRFDPRKSSTFQNLGKPLSIHYGTGSMQGILGYDTVTVSNIVDIQQTVGLSTQEPGDVFTYAEFDGILGMAYPSLASEYSIPVFDNMMNRHLVAQDLFSVYMDRNGQESMLTLGAIDPSYYTGSLHWVPVTVQQYWQFTVDSVTISGVVVACEGGCQAILDTGTSKLVGPSSDILNIQQAIGATQNQYGEFDIDCDNLSYMPTVVFEINGKMYPLTPSAYTSQDQGFCTSGFQSENHSQKWILGDVFIREYYSVFDRANNLVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
molecule keywords PROCHYMOSIN A/B PRECURSOR
publication title The three-dimensional structure of recombinant bovine chymosin at 2.3 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
total genus 82
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.4: Chymosin.
pdb deposition date 1989-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1cmsA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1cmsA01
5P7NA 4EHCA 2F3KA 4FRJA 2FLEA 3K1WA 4YA8A 1D4JA 2IL2A 4I0EA 3T6IA 2PH8A 4Y4GA 5P25A 1K2BA 1RNEA 1ZSFA 1HVSA 1FFIC 2OHUA 1A8KA 3RTNA 5OZJA 4E43A 5DQCA 2IRZA 5P1ZA 1W5XA 3LITA 2WEAA 4Y5MA 5OZ9A 5P42A 3OAGA 3APRE 8HVPA 1E80E 1IZHA 1LV1A 1ODXA 5DQ5A 4Y3ZA 5P2DA 5OZYA 2FXEA 4Y53A 3O9BA 4FM8A 2RKGA 4LAPA 5COKA 4Y4XA 1B6LA 3UQUA 4FAEA 5OZFA 3PEPA 2Q55A 3MSKA 4Q1YA 3D1YA 1RV7A 3UDNA 1LZQA 3NU6A 3NWXA 3VLBA 5OYQA 5P7GA 2AVOA 1FQ5A 5P05A 3BGBA 2R9BA 4EJDA 2QMFA 4FLGA 3AUPA 3OTSA 4TRYA 5P7TA 1CZIE 3D3TA 4FS4A 5OZNA 5P4UA 5P54A 4DQHA 1A8GA 4TRZA 1SGUA 5ISJA 4MC2A 5P4PA 4Y3MA 5OZ2A 1HIIA 5P5IA 4FGXA 1BXOA 2SAMA 3QI1A 4XX4A 5OZGA 3ST5A 2O4SA 4X2LA 2VNMA 3LHGA 1HEGE 5P4TA 5P8VA 4ZSMA 3SA8A 5P7UA 2PK5A 4Y35A 3U71A 3K5FA 3A2OA 4TRWA 3KF0A 3EC0A 3ZKQA 3GW5A 4L6BA 1B6PA 2BBBA 5P6OA 2J9JA 3NDUA 1K6CA 4HEGA 4K4RA 3L38A 3SM1A 2WHHA 5UPJA 3PGIA 1EC0A 4OBZB 5P8OA 1B5FA 3HBOA 4YD6A 2AOCA 3OQFA 5P8TA 5P82A 4AZYA 1B6MA 4Y57A 5P8AA 5DGUA 3OQKA 4R93A 4RGHA 4H3FA 3WB4A 4FSEA 5E5KA 2V10C 4J17A 4YCKA 5ENKA 4OC6A 5P0CA 1NH0A 3KMYA 1LYWA 5P3JA 4ZPFA 4RYGA 3NU4A 4HDBA 2BKTA 2HB3A 4LBTA 4FAFA 1B11A 4GJ9A 4KUPA 3R1GB 3RTMA 4CMSA 1MT8A 1A94A 5OZ7A 4EQ0A 1META 2FGVA 1EPQE 2BPWA 3ZKIA 2ZE1A 1D4SA 5P24A 4DI2A 3OUBA 3B80A 3OU3A 1KJ7A 2P83A 3EKVA 3IA9A 4B0QA 4CPTA 2ZJNA 5P0WA 5P3NA 5P8MA 4J1FA 3QN8A 5P4MA 5P0OA 1BILA 2ZHUA 5P1TA 3BHEA 1FQ4A 5OZQA 3KFRA 5HE7A 3TH9A 5P5JA 5P3CA 3SM2A 5SXNA 2JJIA 2P8HA 4H3IA 4DV9A 2QI0A 1EBWA 5I3YA 2WECA 3K5GA 4BFDA 2NXMA 1D4LA 4Y4TA 2HIZA 1A30A 2PH6A 3NU5A 4CPXA 1MESA 5DR4A 3NDTA 2RSPA 4Q1NA 4L1AB 4XKXA 4Z50A 2WEBA 3INFA 4Z4XA 5P8KA 5P6EA 3ZKGA 1HIVA 2P3BA 5OZ5A 4Y4DA 5DR3A 2I4WA 5P4BA 3NU9A 1QBTA 1HVCA 4NPUA 3IN3A 2B8VA 3VF3A 5P01A 5AH7A 2AOGA 2FDDA 5P6PA 2P4JA 2G27A 5P5OA 2PC0A 3VV6A 3TL9A 5P10A 1FIVA 2RKFA 3AIDA 4H3JA 5ER1E 5P73A 3BGCA 5OYRA 5IVRA 5P64A 1BV9A 1LF3A 5P7QA 3B7VA 3DK1A 3SACA 4Y38A 5P40A 4Y3PA 5AGZA 3UHLA 1FMBA 1Z8CA 3T11A 4ZLSA 4Y5NA 2WEZA 5AHBA 5P3LA 4J1EA 3I8WA 2G1YA 1HTGA 1SIPA 3HZCA 3LIZA 5P2TA 3EKTA 1TCXA 5P59A 5KR1A 1MT7A 4Y4BA 4Y3XA 3D91A 5P3MA 2QK5A 1K1UA 3GI5A 1TCWA 4Y47A 5P2HA 3L58A 1FF0C 2QD8A 5FIVA 2WEDA 3LPIA 4ZSRA 2AVVA 2VA7A 5OZ6A 1ME6A 2Q64A 4EXHA 5P6VA 3G70A 5SZ9A 1YTIA 5P47A 1PPME 5OZ4A 4ER1E 3GGVA 5HU1A 4S1GA 3LIVA 1B6JA 4EWOA 3APPA 1YTHA 3FKTA 1YG9A 5P27A 2B60A 3WSJA 5OZ8A 2OHPA 1OEWA 5P2EA 5OYZA 1HSIA 5P3EA 3UFNA 2B7ZA 4EQJA 4B77A 3OHHA 5KOSA 4GJ5A 3TLHA 1LF4A 1W6IA 2G22A 3NU3A 5P1XA 3VCMA 5P5FA 2FDEA 4BEKA 3SA9A 5OZSA 1IZDA 5P39A 5P8SA 3S56A 3HLOA 2UY0A 4DJWA 2AOIA 1FQXA 2G21A 2OHNA 4Y48A 3OUDB 3KYRA 5P16A 2QI1A 3NDXA 4OD9B 3ZMGA 3PCZA 1W6HA 5P5TA 3GGXA 5P7WA 4EP2A 4Y36A 2QI7A 4OBKA 5IVTA 1DIFA 2RENA 5P6LA 5P2UA 5P3TA 2ZHSA 1XN2A 1HSGA 4Y3HA 5P5XA 3OU1B 5P5SA 3EM6A 5AHAA 4ZSPA 5P6DA 4GB2A 5P7HA 5OYVA 5P6SA 3H0BA 5P3XA 3EBZA 1PFZA 2R43A 5P6BA 1OD1A 5P50A 2F3FA 1MSMA 2XFKA 4Y3GA 5P0GA 1K2CA 1G0VA 5HDXA 1HPSA 1KJHA 2AZ9A 5OZPA 4Y3LA 4Y3YA 1DPJA 4FRIA 4B1CA 4Y6MA 4YCTA 5P2OA 5P0AA 1HXBA 3FX5A 3OY4A 2JYSA 4EJKA 3PBZA 5HDUA 4I8WA 2HB4A 5P17A 2ZJKA 5P2MA 1WBMA 5OYYA 2IGXA 4F73A 3O9LA 2OHRA 5P74A 3S85A 3EL1A 5P1LA 1GVXA 3U7SA 1EC1A 4QJ6A 4Y4JA 3MSLA 3FSMA 5P6MA 5F01A 4CP7A 4DJRA 1OEXA 3D1XA 3DCRA 5B18A 4GJ8A 3PRSA 1ZTZA 2ZJHA 5OZWA 4MC9A 3CYWA 3PCWA 5OZRA 3S7LA 3BXRA 5P5PA 3TPLA 5P2ZA 4APRE 4B00A 4D88A 3URJA 5P2CA 1Q9PA 5P2XA 1W5WA 1HVHA 4WY6A 1EPOE 4DFGA 4H1EA 1PPLE 2A1EA 4U8WA 3PSUA 3IXJA 5P5NA 3QROA 1AJVA 4DJOA 4PHVA 3OXCA 5P0PA 2F80A 5BRYA 3O9HA 4J5JA 3OAGB 1FQ7A 3IAWA 5P7YA 2NR6A 5P7DA 2AODA 5P4HA 2ZGAA 1BAIA 5P72A 5DQ2A 3DJKA 3OHFA 3HDKA 4J54A 5CLMA 3NR6A 5P37A 1NPWA 3CICA 1E5OE 5P20A 6UPJA 3NSHA 3SAAA 2FDPA 2PMAA 3OU4A 5P3ZA 2OAHA 5P0MA 2VJ9A 1APWE 3R4BA 2ZHVA 5P1OA 1EBKC 5AH9A 5P12A 5P04A 5P0FA 5P5VA 3ER5E 3VUCA 4YDGA 5HD0A 1LYBA 5P1EA 5P5CA 2O4KA 2NTRA 4I0DA 5P5EA 3PBDA 3HAWA 4GJ6A 3VF7A 2G94A 4YD3A 4A4QA 5HTZA 4Z2ZA 2Q5KA 4Y3EA 3VSXA 3ZPTA 5P5MA 4HDPA 3SA3A 4CPWA 3GI0A 3TPPA 1K6TA 5P18A 3NDWA 1FG8C 1QDMA 5P5KA 5P4DA 5P53A 5P84A 3ZL7A 2OHLA 4F76A 3EKXA 2VNNA 1GNNA 2QNPA 1GVUA 1BDQA 2AVSA 2PWRA 4HZTA 1IVPA 4RCDA 1TZSA 2J9JB 5CONA 5P6KA 2MIPA 4JECA 1ENTE 2R5QA 1B5FB 5I3WA 5P2QA 2R38A 4RVJA 3GGUA 2IDWA 5HDVA 5P7OA 1EBZA 4YOAA 3S43A 4FRKA 4I0HA 4RRNA 3K5DA 5KQXA 2AVMA 5P5ZA 4Y5GA 5P3FA 5P81A 4OC6B 4GMIA 3EM3A 3QP0A 1LEEA 5OZZA 3VYEA 4I0JA 4XX3A 4Y5LA 5P67A 5P3WA 1LYWB 1PSAA 4L7JA 4RCFA 1PROA 5P57A 4Y3FA 3CKTA 2ER9E 4Y4ZA 3UDMA 5P4WA 5AHCA 5P3VA 1BIMA 3QVIA 3EKQA 5P63A 2UXZA 2ZYEA 5P1JA 3S53A 5P3OA 3SKFA 3DUYA 4HVPA 3CKPA 5DGWA 3K4VC 5P6QA 3D20A 4LXAA 3OXXA 2AIDA 1KJGA 5P00A 4YOBA 3LZYA 4Y3JA 3RSVA 4R8YA 5P80A 5KOQA 3FNTA 5P4YA 1EPME 3OOTA 4RRSA 4R92A 4LHHA 4DJPA 2HPEA 3I25A 4Y41A 2ZJIA 2B8LA 1XN3A 3QIHA 3QRSA 2CEJA 3EMYA 1YT9A 5P7VA 3RSXA 1BWAA 3Q4BA 5COPA 4CPQA 3K4VA 5P5GA 4B72A 5P0NA 4Y5AA 3L59A 2NNKA 1T7KA 5P5WA 1VIJA 2P3BB 5P5YA 4YHQA 4PZXA 4ER2E 4WY1A 3N4LA 4Q1XA 4NJTA 1T7IA 5P1HA 5P4IA 5P7KA 1FB7A 2G26A 1NPAA 2FMBA 4Y58A 1M43A 3IGBA 3NLSA 1F34A 2VIZA 3BUHA 2G69A 1E82E 1SGZA 3EKPA 5P0KA 1HPOA 3ZOVA 3HVGA 2QU2A 3QRMA 5P65A 1D4YA 2QMGA 3PWRA 4PZWA 4ZE6A 2XYFA 1HXWA 3PI5A 3EL5A 5P7SA 4I0IA 5TOLA 2JJJA 1AVFA 2ZDZA 5P6IA 1XE6A 4FRSA 5P2SA 4I0ZA 5P3IA 4HLAA 4DJUA 5P0DA 1SMEA 1TQFA 1ER8E 5HCTA 3UDJA 4Y5CA 5P88A 5OZVA 3BUFA 3O9IA 5IVSA 5P7AA 3OADA 1MUIA 5P2RA 4IVTA 2R3WA 3L5FA 4EP3A 2ASIA 5P2YA 3FV3A 5P5QA 1LYAA 1IBQA 5P2JA 1E81E 1G6LA 2BB9A 2QHCA 5P58A 3DV5A 3PVKA 5DQ4A 3FNUA 1RQ9A 5P2IA 2FXDA 2Q15A 3D1ZA 4M8XA 5P15A 4FE6A 5P13A 4FCOA 4Y3WA 5BWYA 1ODYA 3L5BA 4QLHA 4HE9A 4L7HA 3EL4A 5P7MA 4J0PA 5P78A 7HVPA 5P0SA 5P0UA 5P2VA 5P6YA 5P71A 3PSGA 2WJOA 3H5BA 4Y3SA 1HPXA 1ZAPA 3LIQA 4GJCA 3VEUA 4QJ8A 3URLA 5P6XA 4IVSA 3KFSA 4I12A 5JFPA 1PPKE 9HVPA 1WKRA 3S2OA 3WZ6A 2V11C 3FNSA 3ER3E 2VKMA 5P1RA 1DP5A 2Q63A 3VV8A 5OZKA 2QI3A 2QHYA 5OZEA 4APEA 5P38A 2PYNA 3EKYA 2QZKA 3HD8A 5OZ0A 5DR8A 4DQFA 1ODWA 1ZSRA 5P0JA 2F8GA 5P8RA 3OUAA 3SKGA 3OUCA 1IZIA 1BVGA 2IGYA 5P0YA 4Y50A 2ANLA 5P2BA 3PHVA 5P6JA 3MXEA 5P4GA 4DPIA 2RMPA 3KDCA 2HC0A 1UH8A 1HWRA 5OZXA 5P3KA 5P4EA 2QP8A 4R91A 3LZVA 2A4FA 2OHSA 3INEA 3IVIA 4YD4A 5P14A 5ISKA 4YDFA 1EPNE 5P1BA 1UH9A 4DJYA 2I4XA 4R5NA 3SFCA 1MERA 1AZ5A 1QBRA 4LC7A 3Q70A 5P4QA 5P3PA 3MWSA 5P48A 3O9LB 5P4VA 3KFNA 3UDHA 2QAKA 5OZHA 1UPJA 2B42A 5P6FA 3SQFA 2CEMA 5P1GA 1HRNA 5P6CA 3TKWA 4OBJA 5P8IA 3L5EA 5P8JA 1M0BA 5P1MA 5P4ZA 2QI5A 5P8LA 1GNOA 1T6EX 1LS5A 4QGIA 1FG6C 4J1KA 1AXAA 4QJAA 5P33A 5P35A 3ECGA 1APUE 2F81A 5DPZA 5P3BA 3OK9A 5P3QA 3T3CA 5P1PA 1W5YA 4LL3A 3URIA 2BJUA 4J0YA 3BC4A 5P4NA 5KR8A 5JFUA 5P1SA 5P5HA 2FNSA 2ZJJA 4NJUA 3U6AA 4EXGA 5P2AA 3ZKSA 4CPRA 3LIXA 2FGUA 5P34A 1EPRE 5P0IA 3MSJA 1ZP8A 3KMXA 4EPJA 4KE0A 1EEDP 4RVIA 2V12C 1MTRA 4RLDA 4Y3TA 3K5CA 3O9AA 2PSVA 4ZSQA 3UDRA 5P3HA 3LINA 3VSWA 4OBDA 5F00A 5KQYA 5P6ZA 5P75A 5P6WA 5I70A 3PSYA 4FSLA 1W5VA 4I0FA 3DM6A 5P66A 3TNEA 4GJDA 1SDTA 4Y3RA 2OF0A 5OZBA 3O99A 1F7AA 2J9KA 4CKUA 3S7MA 5P4JA 5P79A 3BVBA 1MRWA 3RTHA 3OU4B 2AQUA 4MC1A 4H3GA 4Z22A 5P2LA 1TSQA 1N49A 4I1CA 4I8ZA 2QI4A 1DW6C 1HBVA 4Y44A 1G35A 2AZ8A 2IENA 4GZFA 1GVTA 5P7IA 1SBGA 1LYBB 3VFBA 1HVLA 3CIBA 1HOSA 4Y51A 1XL2A 3EL9A 5P5RA 4Y54A 4Y3AA 3T7XA 4EJLA 1C70A 4Y4EA 2I1AA 4B1EA 3IN4A 3NUOA 1ZLFA 2I0DA 5HU0A 4J0ZA 2VA5A 5COOA 4Y4UA 5P51A 3VV7A 1EPLE 2JXRA 1CPIA 1C6ZA 4K8SA 2P3AA 5P86A 5P2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7N A;  4EHC A;  2F3K A;  4FRJ A;  2FLE A;  3K1W A;  4YA8 A;  1D4J A;  2IL2 A;  4I0E A;  3T6I A;  2PH8 A;  4Y4G A;  5P25 A;  1K2B A;  1RNE A;  1ZSF A;  1HVS A;  1FFI C;  2OHU A;  1A8K A;  3RTN A;  5OZJ A;  4E43 A;  5DQC A;  2IRZ A;  5P1Z A;  1W5X A;  3LIT A;  2WEA A;  4Y5M A;  5OZ9 A;  5P42 A;  3OAG A;  3APR E;  8HVP A;  1E80 E;  1IZH A;  1LV1 A;  1ODX A;  5DQ5 A;  4Y3Z A;  5P2D A;  5OZY A;  2FXE A;  4Y53 A;  3O9B A;  4FM8 A;  2RKG A;  4LAP A;  5COK A;  4Y4X A;  1B6L A;  3UQU A;  4FAE A;  5OZF A;  3PEP A;  2Q55 A;  3MSK A;  4Q1Y A;  3D1Y A;  1RV7 A;  3UDN A;  1LZQ A;  3NU6 A;  3NWX A;  3VLB A;  5OYQ A;  5P7G A;  2AVO A;  1FQ5 A;  5P05 A;  3BGB A;  2R9B A;  4EJD A;  2QMF A;  4FLG A;  3AUP A;  3OTS A;  4TRY A;  5P7T A;  1CZI E;  3D3T A;  4FS4 A;  5OZN A;  5P4U A;  5P54 A;  4DQH A;  1A8G A;  4TRZ A;  1SGU A;  5ISJ A;  4MC2 A;  5P4P A;  4Y3M A;  5OZ2 A;  1HII A;  5P5I A;  4FGX A;  1BXO A;  2SAM A;  3QI1 A;  4XX4 A;  5OZG A;  3ST5 A;  2O4S A;  4X2L A;  2VNM A;  3LHG A;  1HEG E;  5P4T A;  5P8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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