1CTWA

T4 lysozyme mutant i78a
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGALRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ctwA00
1C6EA 1L21A 2NTHA 129LA 201LA 1XJTA 2RB0X 1P6YA 1SX2A 210LA 3C7YA 1C60A 3FI5A 3RUNA 3OE0A 4ZPUA 1L26A 1G1WA 3EMLA 3GUMA 4PK0A 1L12A 1D3MA 173LA 1L57A 1OVKA 1DYBA 1C6FA 1L01A 228LA 251LA 1L61A 1L16A 1CV5A 149LA 4GRVA 183LA 1L52A 1QUDA 3GULA 3HTDA 3HWLA 1C6IA 1LYIA 2RAYX 1C6BA 2OU0X 1C6PA 1LGWA 1L63A 1L42A 4ARQA 3HT7A 170LA 1TLAA 180LA 1G07A 1L43A 3FA0A 174LA 217LA 3CDQA 1LGUA 221LA 126LA 1L37A 2QB0B 4I7OA 1L99A 1L25A 1ZWNA 178LA 147LA 139LA 1C6CA 1L82A 1OVJA 1QUHA 1L33A 189LA 1QUOA 1P36A 1L56A 1XEPA 4I7PA 1C6LA 168LA 3CDVA 1P3NA 205LA 1LI2A 3HUQA 4W56A 206LA 3OE9A 3HTGA 3HU9A 2LZMA 3SB5A 215LA 3F9LA 3UONA 1L66A 1L54A 1L46A 140LA 6LZMA 1L89A 1QTCA 1DYAA 1I6SA 4W58A 1OV5A 1CV4A 3HT6A 3V2YA 253LA 1PQKA 1L23A 115LA 1L40A 1L50A 3DN0A 4OO9A 2B6TA 1QTVA 4AQNA 3DN1A 3DMXA 197LA 1LW9A 2ANXA 2HUKA 1L0JA 2B7XA 3SB6A 1L14A 1L34A 1L98A 1L03A 2F47A 233LA 5I14A 2RBPA 103LA 1C67A 1L20A 4YXCA 1L93A 235LA 2O7AA 1LWKA 159LA 258LA 1KW7A 3GUOA 1G0GA 1L70A 1LLHA 1QS5A 239LA 4S0WA 2F32A 2O4WA 1L08A 1L24A 1CX7A 3SB8A 1SWYA 250LA 1PQJA 1OVHA 1L00A 257LA 3L2XA 4GBRB 4W51A 1L96A 4EPIA 256LA 138LA 146LA 1L17A 4I7SA 2OE7X 4W57A 5LZMA 2RB2X 1L90A 191LA 1C63A 1T97A 1CU3A 1L86A 142LA 248LA 237LA 3HT8A 150LA 1T6HA 185LA 1L45A 148LE 1P2RA 247LA 3C82A 4LDLA 107LA 108LA 192LA 1T8AA 109LA 1CX6A 1L84A 1L87A 2CUUA 3NY8A 3GUIA 3HUKA 261LA 4DJHA 1QSQA 1CVKA 3C7ZA 102LA 2B6XA 118LA 2L78A 2IGCA 226LA 4I7NA 245LA 1QTZA 1L41A 111LA 187LA 1LYJA 1L18A 224LA 160LA 2OEAX 1LYHA 1PQMA 4YX7C 2B73A 2OE9X 2RBQA 113LA 2Q9DA 1L53A 3HH6A 2OU9A 1CU5A 3CDOA 1G0MA 1ZURA 3L64A 112LA 1QT3A 104LA 1L91A 1QT5A 1DYGA 1L32A 158LA 186LA 3GUPA 2B6YA 3C7WA 1L79A 163LA 1L49A 123LA 1D3JA 2RH1A 2B6WA 1SWZA 1C62A 3DMZA 1L15A 1G1VA 3G3XA 3K2RA 162LA 1P7SA 2RBRA 1L58A 1CTWA 1L28A 1LI6A 214LA 1PQIA 181LA 7LZMA 2HUMA 1SSWA 2RB1X 1L59A 1C6NA 3DN3A 213LA 3HH5A 1ZYTA 1L60A 2B74A 240LA 4W59A 231LA 1LGXA 1C6KA 1CV6A 1LYFA 2RBNA 2O79A 1C65A 1L62A 1LYGA 3NY9A 1PQOA 141LA 4DKLA 2OU8A 4I7KA 2ANVA 4EKQA 1QT8A 1KNIA 3C80A 172LA 4EJ4A 252LA 255LA 1QTBA 242LA 1L39A 2OE4X 3PBLA 1CU6A 4I7MA 1L75A 156LA 238LA 165LA 1C6AA 3DN4A 2HULA 3LZMA 119LA 223LA 4LZMA 2A4TA 195LA 198LA 1L27A 161LA 2B72A 3C81A 1C6JA 1D9WA 216LA 3DN2A 4LDEA 157LA 1PQDA 1EPYA 1LYDA 219LA 169LA 1P46A 1P56A 249LA 3SB9A 188LA 166LA 3DN8A 1L74A 234LA 259LA 196LA 4W54A 1CV3A 3C83A 1L02A 3GUKA 1G06A 1CUQA 1C66A 2Q9EA 4YXAC 3SBAA 1QS9A 1L67A 1T8FA 1L44A 4DAJA 3SN6R 222LA 1L76A 1L65A 3HU8A 4E97A 1CU0A 1L69A 1DYCA 1CV0A 120LA 3RZEA 218LA 4LDOA 1L36A 3JR6A 2LC9A 209LA 1L68A 1P5CA 4IAPA 1SSYA 1L55A 3PDSA 1G0KA 3SB7A 3HUAA 4PJZA 1L38A 1CU2A 3DN6A 4W55A 1L72A 1K28A 1QT4A 1KS3A 212LA 1LPYA 1JQUA 1OWYA 200LA 1G0PA 1L47A 131LA 1OV7A 1KY1A 1B6IA 3HDFA 1KW5A 3HDEA 260LA 1L05A 127LA 1WTHA 143LA 3QAKA 151LA 1G0QA 1L95A 1L73A 1QUGA 3ODUA 1L04A 262LA 4EPFA 2RAZX 177LA 155LA 1DYFA 3HT9A 2B70A 1L06A 3G3VA 3CDRA 1L10A 4ARMB 3DMVA 1C6GA 227LA 1QT6A 1L0KA 1C64A 1DYEA 1L97A 230LA 2RBOA 4K5YA 1QSBA 184LA 3OE8A 1L11A 3V2WA 1L07A 3G3WA 3FADA 1L22A 3VW7A 1C6DA 110LA 128LA 2Z6BA 4ARJA 171LA 176LA 1L13A 1QT7A 1L94A 1KY0A 1NHBA 1SX7A 220LA 229LA 1G0LA 1L35A 1L09A 1L31A 236LA 1OYUA 3F8VA 4EKRA 125LA 1L81A 3C8QA 182LA 1CV1A 1L85A 1P37A 1C6TA 1DYDA 3CDTA 3OE6A 1L83A 4EXMA 3C8SA 152LA 225LA 3NYAA 199LA 175LA 1XJUA 1L51A 2B6ZA 4EKSA 211LA 4EKPA 4I7TA 3SBBC 1CUPA 2LCBA 1D2YA 4I7QA 2OTYX 1LYEA 167LA 1L92A 3GUNA 4I7RA 130LA 114LA 144LA 2RBSA 4ARPA 1C61A 1D3NA 246LA 1LI3A 244LA 254LA 1QTHA 1L30A 122LA 3DNAA 1D3FA 243LA 1JTNA 1C69A 4ARMA 3GUJA 4I7LA 1P2LA 145LA 3D4SA 1L48A 2B75A 1OWZA 3HTFA 4ARLA 4W53A 4ARQB 1L77A 2QARC 1C6QA 1L19A 1T8GA 1C68A 1G0JA 1P64A 1D2WA 3HH4A 164LA 1C6MA 1L64A 1L88A 1L71A 232LA 190LA 4W52A 2NTGA 1L29A 4I7JA 1QTDA 3HH3A 3C8RA 137LA 241LA 3HTBA 1JTMA 1C6HA 1LWGA 2F2QA 1L80A 2OTZX 3DKEX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYSA 4WG7A 4BAPA 1C6EA 1XJTA 2RB0X 1B5YA 2F30A 5LINA 3AW7A 4EMNA 3OE0A 5KXOA 4ZPUA 4B49A 1OVKA 1LCNA 1L16A 1GFJA 1CV5A 3WU8A 4ZFPA 2HEAA 5B06A 3WVXA 3GULA 134LA 1LYIA 4J1BA 1HEPA 1LGWA 4ARQA 2IHLA 1L43A 3FA0A 1GBSA 1LGUA 3CDQA 126LA 1D0KA 4MR1A 2XBSA 1L99A 1L25A 1IIZA 1YAPA 2BQAA 1I56A 178LA 139LA 4XN6A 2H9KA 1C6CA 1QUHA 189LA 1BVKC 1QUOA 1P36A 1L56A 3LYOA 4I7PA 3W3EA 2DQFC 2ZNXY 3N9EA 4WMGA 1GD6A 3HTGA 1GB9A 4M6DA 1GFGA 2LZMA 215LA 2C8PA 1NMMA 1L54A 1GE0A 1D6QA 140LA 1WVVA 4XJBA 2LHMA 3M18B 1NDMC 4NHIA 1JKAA 3CSQA 1RJCB 1L23A 1GBXA 1L40A 1XSFA 3DN0A 4OO9A 1QTVA 5KXSA 2W1XA 1B7LA 1IC7Y 1YKXX 5KY1A 233LA 2DBTA 5I14A 5HMJA 235LA 2DKVA 1KW7A 1WQQA 1QS5A 1LLHA 1L08A 4HTQA 4ET9A 1HFXA 3IWRA 4NGYA 256LA 1F6SA 1JJ1A 1AT5A 2RB2X 5LZMA 2DQJY 1L90A 4NEBA 1L86A 4WL7A 237LA 3HT8A 150LA 1T6HA 1IX0A 5FHWA 1P2RA 1HEOA 3WVYA 1UIBA 107LA 2MEHA 1VATA 5FCPA 2EQLA 3WYHA 1CX6A 4NGIA 4HTNA 3RNXA 4G4CA 4L41A 3GUIA 4NWEA 102LA 2LZ2A 2DQCY 1HEWA 1CKCA 245LA 1E8LA 2D91A 1GBWA 160LA 2OEAX 4YX7C 1GF7A 1HEQA 4NIJA 1NBZC 1C7PA 1VDTA 2YDGA 4XADA 1KXWA 1QT3A 104LA 4RLMA 3WULA 4HPEA 1DYGA 1JTPL 2BQOA 4CFPA 2B6YA 4WO6A 1LMTA 2ZWBA 2BQBA 2RH1A 3KAMA 5C6LA 2MEGA 1IOSA 4UWVA 4ZEEA 3G3XA 1VEDA 2RBRA 1RCMA 1LI6A 1REYA 1PQIA 4Z3MA 2XBRA 3IJUA 1DI3A 4PGJB 7LZMA 1LMNA 1L59A 1LJJA 3CQLA 3CSZA 3W6EA 1L60A 2B74A 1D6PA 1C65A 1PQOA 1IOTA 1YKYX 1JJ0A 2ZNWY 5KXMA 4I7KA 3A91A 4EKQA 3W6FA 4G4HA 4ETAA 4EJ4A 2OE4X 4Z41A 1CU6A 2W1MA 156LA 3A6BY 3T6UA 5DLAA 3DN4A 223LA 1VDQA 1G7IC 6LYTA 161LA 2B72A 5LVKA 1B5UA 5E9RA 5LYMA 3AZ4A 1P56A 4CHXA 4FJRA 196LA 1L02A 4NGJA 2XQOA 4HJVA 1HEMA 1L67A 1IVMA 4NHTA 1L76A 4E97A 1DPXA 2AUBA 1JTOL 3WXTA 4LDOA 1KIRC 1L36A 1OUCA 3JR6A 1WQPA 3QY4A 3PDSA 3SB7A 1YQVY 1BB3A 3W6AA 1L72A 4KT3A 5B59A 1KS3A 3ZEKA 1LPYA 1OWYA 200LA 1G0PA 1GF4A 1GB2A 1JSFA 3HDFA 4RDSA 1WTHA 4NHQA 1INUA 151LA 4N9RA 1L95A 1JITA 1QUGA 2LYMA 262LA 5II3A 2LYZA 4XYYA 4YF2A 1GFRA 1LZBA 3DMVA 1L0KA 3CT1A 3J6KA 5I5QA 3AJNA 5FSTA 3B6LA 4X3BA 3WW6A 2Z19A 1L07A 1QTEA 3TXBA 1L22A 4OWCA 1C6DA 128LA 5A3ZA 2DQGY 3QNGA 1QT7A 1L94A 220LA 1G0LA 4NWHA 1OYUA 4ANRA 3WPJA 4OWBA 182LA 1BWIA 1L85A 1WVUA 4MSTA 1HNLA 1LZNA 3NYAA 199LA 2EKSC 5I53A 175LA 2B6ZA 1TAYA 4EKPA 2BQFA 1DI4A 1CJ7A 1LYEA 3GUNA 4I7RA 130LA 144LA 1BB4A 2BQDA 4ZIXA 1REMA 1OUEA 5M1YA 3A3RX 1ZMYL 4EOFA 3LYTA 2FBBA 1C69A 1LMOA 2F2NA 1B5VA 4KL7A 145LA 2B75A 5FELA 2HEBA 1G7LC 4W53A 2QARC 1EQEA 1KIQC 5LA8A 2Z39A 4IASA 1GXXA 1GBZA 1L64A 1L88A 4GCEA 2NTGA 1LHKA 4NSIA 3HH3A 3C8RA 3HTBA 3WXUA 5KKIA 4ETCA 4B4IA 1NF5A 4H90A 1YL1X 1P6YA 3BKHA 1GFHA 1IP6A 210LA 1BB6A 5HLLA 4KPMA 1OP9B 1QSWA 1L26A 1G1WA 1GFEA 1LKSA 4N0JA 2GV0A 3GUMA 4PK0A 173LA 1LJ3A 2F4GA 1GB8A 3RW8A 4GRVA 183LA 1OUHA 1HF4A 1REZA 3HWLA 1GAZA 1C6IA 1GE3A 1HELA 1QQYA 1L63A 1L42A 3HT7A 1VAUA 1TLAA 5A3EA 1G07A 3TMVA 4H8ZA 3LYMA 221LA 1LYZA 2DQEY 2H9JA 2MECA 2ZQ3A 1XFPL 1L33A 2G4QA 2HEEA 1C6LA 2YBLA 1D9UA 1LHMA 4R0FA 1B7MA 1L66A 3VWOA 4WM3A 2DQDY 1LJIA 3P66A 1LSZA 1IWWA 1DYAA 2HEFA 1I6SA 3N9AA 1B7NA 4W58A 1LYOA 1CV4A 3HT6A 3V2YA 4LT1A 1PQKA 4CFOA 115LA 2CGIA 1REXA 1CKHA 1LW9A 1FLYA 1PZYA 5KXYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LYS A;  4WG7 A;  4BAP A;  1C6E A;  1XJT A;  2RB0 X;  1B5Y A;  2F30 A;  5LIN A;  3AW7 A;  4EMN A;  3OE0 A;  5KXO A;  4ZPU A;  4B49 A;  1OVK A;  1LCN A;  1L16 A;  1GFJ A;  1CV5 A;  3WU8 A;  4ZFP A;  2HEA A;  5B06 A;  3WVX A;  3GUL A;  134L A;  1LYI A;  4J1B A;  1HEP A;  1LGW A;  4ARQ A;  2IHL A;  1L43 A;  3FA0 A;  1GBS A;  1LGU A;  3CDQ A;  126L A;  1D0K A;  4MR1 A;  2XBS A;  1L99 A;  1L25 A;  1IIZ A;  1YAP A;  2BQA A;  1I56 A;  178L A;  139L A;  4XN6 A;  2H9K A;  1C6C A;  1QUH A;  189L A;  1BVK C;  1QUO A;  1P36 A;  1L56 A;  3LYO A;  4I7P A;  3W3E A;  2DQF C;  2ZNX Y;  3N9E A;  4WMG A;  1GD6 A;  3HTG A;  1GB9 A;  4M6D A;  1GFG A;  2LZM A;  215L A;  2C8P A;  1NMM A;  1L54 A;  1GE0 A;  1D6Q A;  140L A;  1WVV A;  4XJB A;  2LHM A;  3M18 B;  1NDM C;  4NHI A;  1JKA A;  3CSQ A;  1RJC B;  1L23 A;  1GBX A;  1L40 A;  1XSF A;  3DN0 A;  4OO9 A;  1QTV A;  5KXS A;  2W1X A;  1B7L A;  1IC7 Y;  1YKX X;  5KY1 A;  233L A;  2DBT A;  5I14 A;  5HMJ A;  235L A;  2DKV A;  1KW7 A;  1WQQ A;  1QS5 A;  1LLH A;  1L08 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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