1CU0A

T4 lysozyme mutant i78m
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGMLRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cu0A00
1L35A 1L89A 1L41A 126LA 3SB6A 2OU9A 3L2XA 4EXMA 2RB0X 3HTDA 1P5CA 128LA 1L38A 1L36A 1SSYA 3HTGA 2B6ZA 3DN0A 3FA0A 1QT8A 1LYGA 1CV4A 3CDOA 4ARQA 1JTMA 4EKSA 1C6CA 262LA 1PQOA 1C6QA 1L96A 1L16A 1L77A 1PQIA 3SN6R 1L73A 2CUUA 1P56A 190LA 1LLHA 1L44A 147LA 1G0GA 2OE7X 2B75A 1L98A 1L63A 4W54A 1G0LA 161LA 1DYBA 1L32A 1LGWA 3OE8A 129LA 3C81A 170LA 6LZMA 4AQNA 113LA 1G1VA 3HT8A 4IAPA 137LA 130LA 1QTHA 173LA 3HH5A 1L71A 2RBRA 1LYHA 1OWZA 182LA 1LGXA 1OV5A 192LA 2Z6BA 1LWKA 4LZMA 1LGUA 1L81A 2NTGA 7LZMA 4DKLA 1ZURA 2HUKA 3GUJA 4PK0A 1D3JA 1L01A 3GUPA 238LA 176LA 155LA 1QTDA 1QT7A 234LA 4I7OA 109LA 171LA 1PQKA 1L55A 1L07A 1C6KA 242LA 1DYEA 112LA 3OE6A 4ARPA 4W56A 2OU8A 4ARQB 196LA 4S0WA 1C65A 2NTHA 2RAZX 1P64A 158LA 240LA 246LA 184LA 191LA 1KY1A 1CU3A 1P6YA 172LA 3C83A 1JTNA 2RH1A 1CV1A 1L93A 217LA 2RBSA 145LA 1D2YA 1L86A 175LA 123LA 3OE9A 141LA 3F8VA 1L04A 1L66A 2RB1X 4W51A 1ZYTA 3C8SA 166LA 102LA 3DN1A 3D4SA 1QTCA 1D3NA 255LA 2O7AA 1L74A 1PQDA 4W57A 1PQMA 3HDEA 3C8QA 229LA 1QT6A 1L15A 1L62A 1L52A 1P2RA 1C6JA 107LA 1P46A 2QARC 4I7RA 181LA 2RBNA 4W52A 1L57A 146LA 165LA 168LA 2OE9X 4GRVA 216LA 1L22A 1XJUA 1LYIA 4DJHA 222LA 2HULA 258LA 2F47A 4I7PA 2Q9DA 3GUIA 3HWLA 1L20A 2LCBA 3CDTA 1DYDA 1QS9A 4EKRA 2QB0B 185LA 261LA 4DAJA 2A4TA 2OU0X 3K2RA 1KW5A 1L05A 210LA 1L95A 1CTWA 1G0JA 3DMZA 198LA 163LA 3DKEX 3DN2A 1L75A 3C8RA 3UONA 1NHBA 3G3VA 3DN4A 1L59A 4I7SA 1CV3A 4W59A 4I7NA 1C60A 1C6NA 3FI5A 164LA 3HUQA 3CDRA 122LA 115LA 233LA 1L10A 1L51A 1LW9A 1L27A 1L76A 3HH4A 2LC9A 3JR6A 1CUQA 4K5YA 1C67A 1L19A 140LA 1L0KA 187LA 186LA 253LA 4YX7C 1QT4A 1L37A 1OVHA 237LA 3DN6A 3RZEA 119LA 3QAKA 248LA 1SX2A 1G0MA 1L39A 232LA 1L11A 1L58A 2OEAX 2ANVA 243LA 1L24A 1L43A 3OE0A 4OO9A 3NY9A 195LA 189LA 144LA 3EMLA 1XJTA 199LA 4I7JA 177LA 174LA 1CU0A 1L91A 1OVKA 2B6YA 1G1WA 2Q9EA 4EJ4A 1QUDA 1C6PA 3DN8A 213LA 1QTZA 1L0JA 3NY8A 2RB2X 3SB7A 4ARJA 3C7WA 162LA 1C6FA 3SBBC 209LA 1C64A 150LA 1L14A 3NYAA 1L03A 1L97A 1L21A 148LE 200LA 152LA 1L45A 230LA 1DYCA 1L34A 228LA 1QT3A 2OTZX 2B72A 1CV6A 1L67A 1L85A 1XEPA 4W55A 1LI6A 223LA 245LA 1G0PA 1C6HA 1D2WA 1L12A 138LA 1L17A 2B70A 2LZMA 1L99A 1LYDA 1P37A 1L31A 1L29A 1QSBA 3GUNA 1CU2A 1OVJA 1L64A 2OTYX 4W53A 1C63A 1L06A 180LA 3RUNA 156LA 1QT5A 2B7XA 3CDVA 1L13A 3HDFA 1LYEA 4W58A 1L90A 254LA 1CU6A 1QUGA 1CUPA 1L47A 1L40A 1L48A 3G3WA 1L00A 212LA 1QSQA 249LA 1EPYA 1L25A 219LA 1L30A 2B6XA 247LA 2RAYX 1LI3A 1LYJA 3CDQA 1L87A 1CX6A 1KS3A 2OE4X 188LA 149LA 3HT9A 3DMVA 220LA 169LA 3ODUA 1G06A 3HH3A 1K28A 1G0KA 1QTVA 2O4WA 260LA 1DYAA 224LA 3HT7A 4ARMA 5I14A 3G3XA 4I7LA 225LA 1LWGA 160LA 1G0QA 197LA 1L26A 1L84A 1DYFA 1C6LA 1B6IA 241LA 120LA 231LA 127LA 215LA 1LYFA 1OWYA 3GUOA 125LA 1L79A 1L56A 1SWZA 211LA 157LA 1OV7A 1WTHA 1C68A 3SB8A 1L65A 1LPYA 1OYUA 1C6BA 218LA 252LA 1L60A 4I7QA 103LA 167LA 1ZWNA 257LA 178LA 3V2WA 4PJZA 3DMXA 4I7KA 2RBOA 244LA 4I7MA 2B6WA 3DN3A 1L69A 3HTFA 4YXAC 3VW7A 3PBLA 3C7YA 4LDEA 201LA 110LA 1D3FA 1PQJA 1T8AA 3HH6A 1C61A 2RBQA 1L61A 1CV0A 4EKPA 1L88A 236LA 1L92A 1P7SA 1LI2A 3GUMA 2L78A 1C6GA 259LA 1T8FA 1C6IA 114LA 1CU5A 1L09A 1KNIA 159LA 3V2YA 1L82A 227LA 151LA 4ARLA 1P36A 235LA 4ARMB 1L68A 1T6HA 1L42A 1SX7A 131LA 1C66A 2B73A 1C6AA 1L80A 239LA 1SSWA 1DYGA 108LA 1L50A 1T97A 2O79A 1P2LA 3F9LA 3GULA 1L08A 3HUKA 1L54A 4GBRB 1JQUA 4EPFA 4ZPUA 3HU9A 1P3NA 1KW7A 1CV5A 4EPIA 1L53A 1L23A 1I6SA 118LA 2ANXA 2B6TA 4E97A 205LA 3PDSA 5LZMA 3C7ZA 3FADA 143LA 3HTBA 1C6TA 104LA 3L64A 2HUMA 214LA 4EKQA 1L02A 3HUAA 1T8GA 3C80A 1L72A 3SB5A 221LA 3DNAA 3SB9A 3SBAA 1C62A 2F2QA 1L33A 206LA 1L83A 2IGCA 3HT6A 3LZMA 1CX7A 1TLAA 1L49A 1L46A 2F32A 4YXCA 111LA 3C82A 1CVKA 1QUOA 2RBPA 1C6MA 4LDOA 1C69A 1C6DA 3HU8A 142LA 251LA 1QS5A 1QUHA 1QTBA 1G07A 4LDLA 1SWYA 1L28A 1L70A 256LA 4I7TA 1D3MA 1L18A 139LA 226LA 1D9WA 3GUKA 250LA 1C6EA 183LA 1L94A 1KY0A 2B74A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXKA 1L41A 4BS7A 4H9EA 1OUCA 1B7NA 1L36A 1RFPA 1C7PA 1C46A 3FA0A 1QT8A 3CDOA 4G9SA 4XJFA 5DN4A 4EKSA 4YENA 4ETEA 1C6CA 1C6QA 4NGJA 1L16A 1PQIA 3SN6R 2GV0A 1L73A 4GCCA 3OJPA 2B75A 1L98A 4YF2A 1LZBA 1G0LA 1DYBA 1L32A 1LGWA 1DKJA 129LA 2W1XA 1LSBA 1IR9A 4XJBA 1LYHA 1OV5A 5LYTA 2F4GA 2Z6BA 4LZMA 1NHEA 1IP6A 1LGUA 3W6EA 4DKLA 1GB3A 1WQRA 1D3JA 3GUPA 176LA 155LA 1REZA 1OUDA 2FYCA 1IR8A 4HTNA 4I7OA 1RI8B 1PQKA 5APDA 4B4EA 4WM6A 1XSFA 2YBHA 4ARQB 1BB5A 4S0WA 1C65A 1P64A 3A3RX 240LA 1HSWA 1KY1A 4FJRA 1CU3A 3TXFA 2RH1A 217LA 3CSRA 1GAZA 2RBSA 1LKRA 1TEWA 1G7LC 3OE9A 1YAQA 1L04A 102LA 1W08A 2Z39A 1FKVA 4KPMA 5I4YA 3D4SA 5B05A 4NIJA 1CKDA 4DDCA 1L74A 4W57A 4ETDA 1G7JC 1QT6A 2I25L 1L52A 107LA 4XJGA 181LA 5FELA 2BAAA 1IVMA 1XJUA 4I8SA 1LYIA 4LGKA 258LA 2F47A 2Q9DA 3N9EA 1GDWA 1IORA 1REXA 3HWLA 1IWTA 2LCBA 3CDTA 1JKDA 185LA 5HQ1A 2A4TA 2WARA 1IP7A 1J1XY 2OU0X 1IX0A 1KW5A 3DMZA 4IATA 198LA 1CJ6A 1L75A 3C8RA 3G3VA 1GFGA 2HECA 1LJFA 4DD1A 115LA 1L51A 3WU8A 1XEJA 2XBSA 2EQLA 3EO5A 4GCDA 5KXMA 4ETBA 4YX7C 1QT4A 4DYGA 1LMOA 1B2KA 3FE0A 1SQ2L 1SLYA 1L39A 232LA 3AGGG 1WQNA 1GF7A 4H92A 3NY9A 2HU1A 144LA 2DQCY 1OUGA 4EJ4A 1QUDA 3DN8A 213LA 2BQCA 2EKSC 1L0JA 1QIOA 4ZFPA 4UWVA 1VFBC 3WW6A 4OW1A 4PRQA 1B5YA 1L14A 3TXGA 1KIQC 1LJHA 2ZQ4A 2ZILA 4YOPA 3AJNA 230LA 134LA 1JKAA 1XFPL 4LYOA 5L3HA 1CV6A 1L67A 1XEPA 1IY4A 1L12A 138LA 4CFPA 4NWEA 1LZ8A 1L17A 2LZMA 1HELA 1YKXX 2Z12A 1C45A 1LYDA 3P66A 4LT3A 1HMKA 1OVJA 4UWNA 2Z19A 4DD0A 1AT6A 1IWYA 1UIDA 3HDFA 1LYEA 3KAMA 4WLDA 5F9XA 2NWDX 4G4HA 2LYZA 1JJ0A 1UCOA 3T6UA 4QEQA 1IWWA 1UIAA 2XJWA 4N0JA 249LA 3CSQA 5C6LA 4TWSA 2DBTA 1KS3A 1LSPA 5E4PA 149LA 2W1LA 4NG8A 5B59A 3CSZA 5B07A 1G0KA 1QTVA 260LA 5F81A 3HT7A 3AGHA 5HNLA 4I7LA 5KXRA 197LA 1DYFA 2FBBA 3HFMY 1VATA 1JISA 1BVKC 1LJJA 1UICA 127LA 2BQMA 2H9KA 215LA 4WG1A 1OWYA 125LA 1L79A 2H9JA 4DD9A 1WTHA 1C68A 3RZ4A 4RDSA 218LA 1L60A 5LVGA 4OWEA 3DMXA 2MEGA 2RBOA 4I7MA 3DN3A 3AZ7A 2H5ZA 4YXAC 1XGQC 3C7YA 3CB7A 4ANRA 193LA 1GXV2 110LA 1PQJA 1A2YC 1LTMA 4WMGA 1BVXA 1LJIA 4EKPA 1CJ8A 1L92A 4QDNA 5LINA 5ILFA 3GUMA 4GN3A 5DL9A 4WM2A 114LA 1JWRA 4DQJA 1KNIA 1LZRA 3A95A 159LA 3QNGA 1P36A 235LA 4EOFA 1FDLY 1L50A 108LA 1T97A 1UACY 207LA 3BKVA 4WM5A 1EQ5A 1LHMA 3ATOA 4LYZA 1UIBA 1L23A 118LA 4PPOA 2ANXA 3A3QA 1C6TA 2DQFC 5I5QA 3A91A 3L64A 4HSFA 4NGYA 4ET9A 5K7OA 3W6CA 4GCFA 1LMAA 2YVBA 3SB9A 4LZTA 2F2QA 1QQYA 206LA 2F32A 1C10A 1CVKA 1QUOA 1T6VL 4WM3A 1V7TA 2RBPA 3B0OA 1C6DA 3HU8A 5M1YA 1JKCA 2HU3A 3K3TA 1QS5A 1QUHA 4NSJA 4Z41A 1IWXA 4O34A 1G07A 1SWYA 1L28A 5I4WA 1GFAA 208LA 1FBIX 1IWVA 1LMCA 4CHXA 1D9WA 250LA 1KY0A 2B74A 2OU9A 1FLUA 128LA 3LZTA 3HTGA 3A34A 4L41A 4ARQA 5F14A 2D6BA 1BWJA 1UIGA 1GE0A 4WL7A 1P56A 1KXWA 1UIFA 1XGRC 4W54A 5LVHA 1QUTA 2ZIKA 2DKVA 3C81A 5KKJA 4NFVA 3CT5A 1G1VA 4IAPA 4X3BA 2BQFA 2BQHA 1HF4A 173LA 2YDGA 2RBRA 3TXDA 2BPUA 1XGUC 2HUKA 3GUJA 1GFEA 1GBYA 1B5VA 1GB5A 5FEKA 1XEKA 1QT7A 5EBHA 1JITA 1IY3A 1DI5A 1LJ4A 1C6KA 112LA 4ARPA 2OU8A 1EQEA 2DQJY 196LA 154LA 1IC5Y 2NTHA 5LA5A 4YM8A 1RCMA 2DQDY 1P6YA 1CV1A 1GWDA 1D2YA 1L86A 1C43A 3M3UA 2X0AA 3F8VA 1L66A 1CJ7A 1KXXA 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212LA 1EPYA 219LA 2B6XA 247LA 5LVKA 1LYJA 2YSSC 1B7SA 1LAAA 220LA 169LA 1GEVA 1G06A 1OP9B 1RJCB 3HH3A 4NGWA 1WQQA 1K28A 1Z55A 2FYDA 4HPEA 224LA 1XGTC 2IFFY 1LWGA 160LA 4WOAA 1FLQA 1W6ZA 3W6DA 120LA 4DD7A 4GN4A 1L56A 211LA 1JPOA 1FKQA 1L65A 4CFOA 1IWUA 1OYUA 4WG7A 4I7QA 252LA 2Z38A 167LA 257LA 178LA 3V2WA 1LSZA 4NY5A 1VAUA 1GE3A 2MEAA 4GCEA 1AT5A 3VW7A 4LDEA 1D3FA 1C61A 2RBQA 1P2CC 1CV0A 1IP3A 4W96A 1LJKA 4XJHA 1LZAA 1T8FA 6LYZA 4NGLA 5LIOA 2F30A 4II8A 5KXPA 1B7QA 1DI3A 3V2YA 151LA 3A92A 3ZVQA 4ARMB 3P68A 1L68A 1T6HA 1SX7A 1HEOA 131LA 2ZYPA 1C6AA 1NBYC 1SSWA 3QE8A 2Z37A 4NSHA 5B06A 4H90A 1P2LA 4TSBA 2Q0MX 2MEIA 2BQIA 5JENB 4H9AA 3WH1A 1JQUA 4B4IA 1FLYA 1GB0A 3HU9A 1LMTA 5KY1A 5KXLA 4EPIA 1I6SA 2B6TA 1G7IC 205LA 1B7PA 1NDGC 5T3FA 3HTBA 4G49A 4LYMA 104LA 1OUJA 2HUMA 3WW5A 1L02A 1LSAA 2HUBA 3HUAA 1T8GA 1LZNA 1C62A 1GF9A 1GB6A 1YAOA 1L83A 1CX7A 1TLAA 4P2EA 4LYBA 1CKCA 4ML7A 1D6PA 4DWXA 2MEDA 1C69A 1KIRC 2DQIY 3A93A 2YBLA 1XEIA 1XGPC 2BQJA 1LZTA 256LA 1GPQC 4I7TA 1BWHA 1L18A 4N1CC 1GAYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXK A;  1L41 A;  4BS7 A;  4H9E A;  1OUC A;  1B7N A;  1L36 A;  1RFP A;  1C7P A;  1C46 A;  3FA0 A;  1QT8 A;  3CDO A;  4G9S A;  4XJF A;  5DN4 A;  4EKS A;  4YEN A;  4ETE A;  1C6C A;  1C6Q A;  4NGJ A;  1L16 A;  1PQI A;  3SN6 R;  2GV0 A;  1L73 A;  4GCC A;  3OJP A;  2B75 A;  1L98 A;  4YF2 A;  1LZB A;  1G0L A;  1DYB A;  1L32 A;  1LGW A;  1DKJ A;  129L A;  2W1X A;  1LSB A;  1IR9 A;  4XJB A;  1LYH A;  1OV5 A;  5LYT A;  2F4G A;  2Z6B A;  4LZM A;  1NHE A;  1IP6 A;  1LGU A;  3W6E A;  4DKL A;  1GB3 A;  1WQR A;  1D3J A;  3GUP A;  176L A;  155L A;  1REZ A;  1OUD A;  2FYC A;  1IR8 A;  4HTN A;  4I7O A;  1RI8 B;  1PQK A;  5APD A;  4B4E A;  4WM6 A;  1XSF A;  2YBH A;  4ARQ B;  1BB5 A;  4S0W A;  1C65 A;  1P64 A;  3A3R X;  240L A;  1HSW A;  1KY1 A;  4FJR A;  1CU3 A;  3TXF A;  2RH1 A;  217L A;  3CSR A;  1GAZ A;  2RBS A;  1LKR A;  1TEW A;  1G7L C;  3OE9 A;  1YAQ A;  1L04 A;  102L A;  1W08 A;  2Z39 A;  1FKV A;  4KPM A;  5I4Y A;  3D4S A;  5B05 A;  4NIJ A;  1CKD A;  4DDC A;  1L74 A;  4W57 A;  4ETD A;  1G7J C;  1QT6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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