1CU2A

T4 lysozyme mutant l84m
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cu2A00
1CTWA 1SSYA 1G0KA 1L38A 1ZWNA 3HDEA 1L12A 240LA 122LA 216LA 1P2LA 1L92A 1PQMA 1L55A 155LA 2QB0B 4EKPA 222LA 1P56A 1G0LA 3GULA 4ARJA 1L90A 3HH5A 1LWKA 3DN1A 1L27A 1C6LA 2O7AA 1JTMA 2OE9X 3FI5A 1L80A 2LC9A 4YXCA 3CDVA 1L39A 1DYGA 1SWZA 4LZMA 1L71A 1SWYA 1LI2A 235LA 2B6XA 3HT7A 3OE0A 244LA 4W51A 1PQJA 3GUMA 2RBPA 1L49A 257LA 2B7XA 2LCBA 3SN6R 1I6SA 2B72A 3HTDA 4EJ4A 4W53A 3ODUA 2RBQA 142LA 1P64A 3GUOA 4ARLA 1L10A 169LA 3NY9A 3SBAA 197LA 171LA 4I7QA 1L94A 145LA 229LA 217LA 1C6KA 261LA 1L17A 211LA 1CV1A 209LA 1L0JA 1L77A 1L16A 1QTCA 1L91A 2HULA 4I7RA 3GUJA 255LA 3C82A 1L73A 221LA 1QT3A 2L78A 1L35A 1L31A 239LA 115LA 4W52A 161LA 4DAJA 1L07A 1L42A 1CV0A 2ANXA 1TLAA 144LA 1L03A 205LA 1L69A 1T6HA 1SX7A 1P46A 3HUKA 6LZMA 173LA 1T97A 2OEAX 218LA 4EXMA 1ZURA 1C69A 3HT6A 3GUKA 3C8QA 234LA 1L25A 1JTNA 1L23A 1L46A 1L85A 1KNIA 198LA 1D3NA 1L82A 190LA 2Q9EA 4IAPA 127LA 1P6YA 1C6GA 1KS3A 1L24A 1G0QA 4W58A 3EMLA 1L45A 2OTYX 1L02A 3DMZA 3NY8A 3SB7A 3D4SA 2B75A 167LA 1L52A 3CDRA 1QSBA 4YXAC 1L19A 162LA 176LA 237LA 2Q9DA 3VW7A 1OWYA 1C6EA 223LA 1L0KA 168LA 4ARPA 3FA0A 3HT8A 249LA 1L37A 1C6IA 214LA 143LA 4W57A 2OU0X 104LA 1C6QA 4DKLA 192LA 1G1VA 195LA 3G3XA 1DYBA 1LGXA 4EKQA 1CU3A 3C7YA 3HH3A 1D3MA 219LA 1CU6A 138LA 3HUQA 1LWGA 1CU2A 1P36A 1L04A 231LA 2B74A 2RAZX 3DMXA 4GBRB 1QS9A 1P5CA 4GRVA 1L81A 2B6ZA 181LA 1L08A 1QTDA 3OE8A 2RBRA 2RBNA 1L89A 1L68A 4E97A 3DN6A 253LA 212LA 1T8FA 1LYGA 3SB5A 1OVKA 1L62A 241LA 174LA 183LA 1L93A 1D2YA 1L59A 1L97A 4W54A 3UONA 1L05A 111LA 2O79A 1WTHA 232LA 3HH6A 2OTZX 4EKRA 3DKEX 4YX7C 1L79A 1G07A 2RH1A 3GUPA 1QT4A 1G0PA 1CX7A 1OVHA 1OV7A 1C66A 131LA 1L84A 1QT6A 210LA 1L74A 170LA 3RUNA 1L96A 3DN4A 1QSQA 3GUIA 3HU8A 1L32A 1QUOA 1T8GA 4I7PA 1DYCA 1L63A 2B6WA 1L14A 1L11A 4DJHA 3OE9A 1LYIA 1P7SA 254LA 2RB2X 1P37A 3HH4A 125LA 3CDTA 1PQOA 1D9WA 3NYAA 2RAYX 166LA 102LA 3RZEA 228LA 2B6TA 2F2QA 1G0GA 1B6IA 1D2WA 1L13A 1CV3A 180LA 258LA 1C6TA 1ZYTA 2HUKA 1L48A 1L30A 1OYUA 1L76A 2OE7X 3HTGA 3CDQA 3CDOA 3G3WA 3V2YA 250LA 3GUNA 1C6DA 1CV6A 152LA 1K28A 220LA 2B70A 1KY1A 1QTVA 128LA 224LA 4I7KA 2RBSA 246LA 4ARMB 2F32A 1L99A 4I7MA 3PDSA 1C61A 1L29A 1SX2A 1P3NA 3C80A 4EPFA 259LA 2A4TA 113LA 1CX6A 3FADA 3SB9A 1L87A 1L65A 2Z6BA 160LA 200LA 4LDEA 3C81A 1L44A 1QTHA 109LA 1LW9A 1LPYA 3QAKA 1PQIA 1L61A 129LA 196LA 1CVKA 225LA 148LE 108LA 1G1WA 3L64A 3C83A 3SB6A 4EPIA 3L2XA 1QTBA 1QT5A 1C6BA 1D3JA 1L21A 191LA 1OV5A 199LA 2RB1X 1C6FA 1C62A 3SB8A 103LA 1QT8A 3C7ZA 1L58A 3C8RA 112LA 147LA 2CUUA 3DMVA 4K5YA 3G3VA 4I7NA 1EPYA 1PQDA 3HDFA 4AQNA 256LA 1L66A 4ARMA 1C67A 1KW7A 1LYDA 1L43A 4W55A 165LA 1L18A 149LA 2RBOA 1P2RA 3C8SA 3F9LA 4S0WA 146LA 1L86A 2O4WA 3DN2A 5LZMA 1L56A 3DN3A 1G06A 1L75A 1L33A 1L57A 189LA 2NTGA 3HT9A 2OE4X 1L22A 7LZMA 3OE6A 1L60A 1CV5A 3HU9A 1L70A 4I7SA 1L34A 1C6MA 1CU5A 1L64A 1DYDA 1LI3A 4I7TA 1C65A 248LA 1LGWA 1L06A 2QARC 3F8VA 3DN8A 227LA 3JR6A 1L28A 1SSWA 1C64A 1C6CA 4LDOA 262LA 2LZMA 1L00A 139LA 172LA 1DYAA 1L50A 3K2RA 157LA 126LA 151LA 238LA 1D3FA 213LA 1C6AA 2ANVA 1L40A 1L98A 123LA 1DYEA 1QUGA 2F47A 1QUHA 1C6HA 5I14A 1LYFA 1XJTA 2B73A 1L41A 1G0JA 1C6JA 114LA 2NTHA 1LYHA 1L95A 3SBBC 4I7LA 188LA 1QT7A 120LA 3HWLA 150LA 3PBLA 1QUDA 1L09A 4ZPUA 1L47A 1QTZA 260LA 177LA 4I7JA 159LA 1L51A 137LA 1C6PA 236LA 186LA 252LA 1LI6A 156LA 158LA 1L01A 3V2WA 2HUMA 2IGCA 4ARQB 178LA 1CUPA 1OVJA 1DYFA 3DNAA 233LA 4LDLA 110LA 1KW5A 1CUQA 1L36A 1L26A 1CU0A 1L53A 1L20A 206LA 1LLHA 3HTFA 184LA 1L15A 1L72A 4OO9A 1G0MA 4EKSA 1L88A 245LA 1NHBA 1LYEA 226LA 1L54A 242LA 141LA 1C68A 163LA 1OWZA 1L83A 1JQUA 107LA 1XEPA 3DN0A 215LA 4W59A 119LA 3C7WA 187LA 1C6NA 3HUAA 1PQKA 2B6YA 175LA 247LA 1L67A 4W56A 2RB0X 130LA 1T8AA 2OU9A 1LYJA 3HTBA 1C60A 140LA 1C63A 164LA 243LA 4PK0A 4PJZA 1XJUA 251LA 4I7OA 2OU8A 1LGUA 1CV4A 3LZMA 182LA 201LA 185LA 1QS5A 4ARQA 118LA 1KY0A 230LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KIPC 5M1YA 1UBZA 3ATOA 5IDDA 1D0MA 4D9ZA 1XGQC 4BAPA 1LJFA 4NY5A 1L92A 155LA 2QB0B 4OOTA 1T3PA 1E8LA 4ARJA 2YBMA 2BQFA 2DQHY 3DN1A 1FKQA 2BLYA 1L27A 4UWVA 1C6LA 1DZBX 2YVBA 3CSQA 1LKSA 1L39A 1DYGA 1L71A 1SWYA 235LA 244LA 5E9RA 2X0AA 132LA 1GE3A 1BVXA 1RCMA 4OWHA 1H87A 3WXUA 4EJ4A 3ODUA 2RBQA 3GUOA 1P64A 197LA 4B4IA 4H9FA 5LVIA 1JKAA 2ZNXY 1UACY 1CV1A 5KXWA 5ILCA 1L0JA 1L77A 4QGZA 4WLDA 4L41A 1LMTA 3GUJA 3A3QA 4GCDA 4B4EA 2MEEA 4NHTA 3A92A 4NG1A 239LA 1QUTA 3AJNA 3MGWA 4DAJA 3T36A 1L07A 3WW6A 3W6CA 4WO6A 2DQJY 3B0OA 1L69A 2FBDA 1SX7A 3LN2A 4Z46A 173LA 1VDQA 1ZURA 3BKVA 1C69A 1IY3A 1LHHA 1JTNA 190LA 2NWDX 1IOQA 2Q9EA 4IAPA 3FI7A 4OOOA 1P6YA 1B0DA 3WUAA 3WU9A 4ZEEA 1LOZA 3TXFA 3DMZA 1LMAA 1HELA 2XJWA 4N1EI 1G7IC 1QSBA 1JTPL 1JHLA 4YXAC 4PPOA 176LA 2AUBA 4J7VA 3RNXA 3VW7A 2BQMA 1LHLA 1C6EA 4LYMA 4WM6A 1IR9A 1OUCA 4ZIXA 192LA 4WM3A 1LGXA 2YBJA 1JEFA 3C7YA 3HH3A 3W6EA 1JTTL 219LA 138LA 1L04A 2B74A 3E3DA 5B1FA 1QS9A 3P64A 4H8ZA 2RBRA 2RBNA 3WMKA 4O34A 253LA 1DQJC 5J7CA 1JJ0A 241LA 4A7DA 174LA 1D2YA 1L97A 1YAMA 1O23A 2A7DA 5LYTA 111LA 1HNLA 3LYMA 1WTHA 232LA 2EIZC 3GXRA 1L79A 1G0PA 4XENA 3CSRA 1HMKA 5D5CA 5KXSA 1BGIA 1JSEA 1HFZA 3AGHA 1C66A 1L84A 1GFAA 4AXTA 3RUNA 3DN4A 2F4GA 2DQEY 1B9OA 1GFKA 1XGPC 2B6WA 1L11A 1LYOA 4TX7A 1LJEA 2MEGA 4XADA 3TXJA 3CDTA 1PQOA 1OUAA 102LA 228LA 2B6TA 2HEDA 2ZQ4A 2EPEA 4CHXA 1C6TA 1ZYTA 4LGKA 2D91A 1JPOA 1LJHA 1OUGA 1L76A 1NDMC 250LA 5A3EA 5KJ9A 152LA 1K28A 1FLQA 2BQOA 2MECA 1VAUA 2RBSA 2YSSC 246LA 1NHEA 1LSEA 4OWCA 1SX2A 3WPLA 4XJBA 113LA 1CX6A 3AGGG 4NGVA 3FADA 1GDXA 2Z6BA 1F6RA 3TXBA 3WYHA 1B7QA 3TXEA 1YAOA 1KIQC 109LA 3QAKA 1ZVYB 1PQIA 1L61A 1TCYA 5F9UA 1J1XY 148LE 2BQIA 108LA 2CDSA 3SB6A 1V7SA 4EPIA 4ML7A 4ET9A 5I4XA 4DQ7A 1QTBA 1FKVA 1C6BA 1IOSA 1LJ3A 2Q0MX 1G7JC 4LT2A 1C62A 4NHIA 5B1GA 3C8RA 4I8SA 147LA 1CJ8A 4K5YA 1XSFA 1IP6A 4I7NA 1VDTA 2MEHA 1JIYA 256LA 1INUA 1KW7A 1L43A 1LMPA 3IWRA 4NWEA 4NGOA 1JKBA 165LA 1L18A 1AKIA 1IC5Y 1QUSA 1JUGA 1KIRC 4S0WA 3RT5X 4G4BA 1L86A 2O4WA 1LZSA 1L56A 2MEIA 1L57A 2HEEA 4W96A 4NSIA 5I53A 7LZMA 1UIBA 3P68A 1GB9A 2F30A 1L70A 1HSXA 5B05A 4I7SA 1C6MA 2H9JA 4II8A 3DN8A 3JR6A 5E4PA 1GD6A 1N4FA 1L50A 213LA 1GE4A 1W08A 5I14A 1REYA 4TTDA 2YBHA 3CB7A 1LSYA 188LA 2BQDA 1CKDA 3P66A 3HWLA 5KXMA 4H1PA 3PBLA 1QUDA 4DWXA 177LA 3AZ5A 1L51A 1C6PA 4DD9A 1LI6A 2ZQ3A 156LA 2HUMA 4ARQB 4QDNA 1LZCA 1CKCA 233LA 4LDLA 1KW5A 5FEKA 2BQGA 4YM8A 5II3A 4H8XA 1GB6A 4EKSA 1FLYA 1G0MA 4GN5C 4YEMA 2DBTA 1C08C 3LZ2A 1B7NA 119LA 187LA 1GBOA 1QSAA 3IJVA 3TXKA 2I6ZA 1L67A 2RB0X 1BB4A 2Z19A 2OU9A 1C60A 4NGIA 1XJUA 2OU8A 1LGUA 1OUHA 1YL0X 1WQQA 118LA 1KY0A 1G0KA 1NQIA 1L38A 1ZWNA 3HDEA 1HERA 5LA8A 1XEKA 3N9EA 1WQOA 2LYOA 4H90A 3K3TA 1L55A 3M18B 2A7FA 222LA 4LFPA 4RW1A 4DDBA 3B0KA 4LT1A 1B5XA 1XGUC 1YROA 4YXCA 1LSPA 3WUNA 1HEOA 1LSCA 3B0IA 1B5VA 5T3FA 1LZGA 1QQYA 1D0KA 1L49A 3AZ4A 2LCBA 2ZNWY 4NGJA 1HEPA 1C7PA 1I6SA 4H9AA 4N1CC 142LA 1LJIA 4TSBA 4ARLA 1LHJA 3NY9A 1DI5A 1IY4A 5KXNA 229LA 217LA 1C6KA 1L17A 2CGIA 1JITA 1DKJA 5HMVA 1NMMA 1L91A 2HULA 1B5YA 255LA 2BAAA 4PHIA 4W52A 2FYDA 1GB3A 4TSCA 5LAGA 1L42A 5HLLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KIP C;  5M1Y A;  1UBZ A;  3ATO A;  5IDD A;  1D0M A;  4D9Z A;  1XGQ C;  4BAP A;  1LJF A;  4NY5 A;  1L92 A;  155L A;  2QB0 B;  4OOT A;  1T3P A;  1E8L A;  4ARJ A;  2YBM A;  2BQF A;  2DQH Y;  3DN1 A;  1FKQ A;  2BLY A;  1L27 A;  4UWV A;  1C6L A;  1DZB X;  2YVB A;  3CSQ A;  1LKS A;  1L39 A;  1DYG A;  1L71 A;  1SWY A;  235L A;  244L A;  5E9R A;  2X0A A;  132L A;  1GE3 A;  1BVX A;  1RCM A;  4OWH A;  1H87 A;  3WXU A;  4EJ4 A;  3ODU A;  2RBQ A;  3GUO A;  1P64 A;  197L A;  4B4I A;  4H9F A;  5LVI A;  1JKA A;  2ZNX Y;  1UAC Y;  1CV1 A;  5KXW A;  5ILC A;  1L0J A;  1L77 A;  4QGZ A;  4WLD A;  4L41 A;  1LMT A;  3GUJ A;  3A3Q A;  4GCD A;  4B4E A;  2MEE A;  4NHT A;  3A92 A;  4NG1 A;  239L A;  1QUT A;  3AJN A;  3MGW A;  4DAJ A;  3T36 A;  1L07 A;  3WW6 A;  3W6C A;  4WO6 A;  2DQJ Y;  3B0O A;  1L69 A;  2FBD A;  1SX7 A;  3LN2 A;  4Z46 A;  173L A;  1VDQ A;  1ZUR A;  3BKV A;  1C69 A;  1IY3 A;  1LHH A;  1JTN A;  190L A;  2NWD X;  1IOQ A;  2Q9E A;  4IAP A;  3FI7 A;  4OOO A;  1P6Y A;  1B0D A;  3WUA A;  3WU9 A;  4ZEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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