1CU3A

T4 lysozyme mutant v87m
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPMYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cu3A00
1L39A 1LWKA 6LZMA 1L42A 1SWZA 1L84A 3C82A 4I7RA 4DJHA 1L44A 1L06A 3NY8A 3GUIA 1C6EA 3C7WA 2RH1A 251LA 3UONA 1L08A 173LA 169LA 4GBRB 1L41A 1C6DA 1L53A 111LA 1P37A 2B74A 1QUGA 1SX7A 198LA 1C6NA 1C6MA 3HH6A 232LA 1QTDA 1JTMA 3OE6A 3V2WA 1LGXA 199LA 1CX7A 1L27A 2OE9X 2OU9A 2B73A 1L30A 3DKEX 4I7PA 190LA 3C8QA 1P6YA 213LA 1DYFA 2NTHA 3HH5A 4EXMA 3OE8A 252LA 126LA 1P36A 245LA 1G0KA 1L29A 200LA 4LDOA 3V2YA 1LI2A 1L57A 1CU2A 2B6YA 4ARLA 2RB0X 4W51A 3DN8A 1PQMA 1L28A 3DMZA 1G07A 3G3WA 209LA 1C6HA 1L59A 1L54A 1LYFA 1L15A 1XEPA 1QTHA 244LA 138LA 161LA 235LA 259LA 3HUKA 4W56A 4W57A 151LA 3L2XA 4E97A 1C6FA 1L14A 1P56A 1EPYA 1G0LA 1KS3A 220LA 2RBRA 4ZPUA 102LA 3C81A 1G0GA 3C7YA 1L64A 1CU3A 247LA 1L01A 2Q9DA 144LA 1G0QA 2QARC 4W52A 4DKLA 3CDTA 3HTGA 160LA 1CV1A 1CTWA 1L76A 4ARQA 226LA 2B6ZA 2QB0B 175LA 176LA 1T8AA 1DYAA 1L21A 233LA 1L63A 152LA 4IAPA 4I7TA 229LA 1P64A 1L85A 1LW9A 2RAYX 174LA 231LA 158LA 1T6HA 2OE7X 1L89A 181LA 2OTYX 2LZMA 4W55A 113LA 1K28A 3HDFA 3HH3A 1PQJA 1L33A 1CV6A 4I7NA 3D4SA 212LA 1L86A 4ARPA 4ARQB 1L52A 2Z6BA 250LA 170LA 1ZURA 1C6TA 1L0JA 2HULA 129LA 1KNIA 3SN6R 195LA 1PQOA 1LGUA 184LA 3CDRA 1L40A 2F2QA 1PQIA 225LA 1L48A 2B75A 1L72A 1C64A 2RB1X 1QS9A 1L49A 2B6WA 3OE0A 1QUDA 3RZEA 4EJ4A 122LA 1L45A 185LA 1OVKA 1LI6A 3HTBA 2O7AA 1C68A 4EKSA 4EKQA 3SB8A 1DYGA 1KW5A 1NHBA 4YX7C 141LA 4PJZA 1CV3A 262LA 1CVKA 3DN1A 1L23A 1L43A 1T8FA 155LA 1L95A 4YXAC 1P2LA 4LZMA 1L25A 1SSYA 1L04A 147LA 109LA 143LA 139LA 1LYDA 1LPYA 4ARMA 4LDLA 183LA 3ODUA 1OV5A 1LGWA 2A4TA 2RBPA 180LA 254LA 5LZMA 1L99A 192LA 2B72A 1PQKA 1SWYA 241LA 4I7KA 1CU5A 1L92A 3DMXA 1LLHA 1L24A 4I7MA 1L19A 1JQUA 3HU9A 3RUNA 197LA 1JTNA 1G06A 2OEAX 240LA 4LDEA 4ARJA 3JR6A 1L96A 205LA 219LA 1C6JA 127LA 1L03A 4ARMB 130LA 1L67A 3HTFA 3SB5A 1L11A 1CV0A 2B70A 1C6IA 1L20A 1CUQA 1L87A 2IGCA 3PBLA 1L55A 2B6TA 3PDSA 103LA 104LA 4I7LA 1G1VA 223LA 1P46A 168LA 257LA 1C69A 1QTZA 178LA 3GUMA 1L61A 1L93A 1CX6A 1L17A 1I6SA 3DN3A 1QT8A 218LA 1L00A 1QT4A 201LA 3HTDA 3FI5A 1XJUA 165LA 1L66A 137LA 1C67A 196LA 1CU6A 2CUUA 125LA 1QSBA 4W58A 1C63A 119LA 1OWYA 206LA 1CUPA 1D3FA 1L62A 2F47A 1SX2A 214LA 1L47A 1XJTA 255LA 4I7OA 110LA 1T8GA 1D3MA 1L37A 2RBNA 1L91A 1QUHA 1L05A 150LA 1LYEA 1DYCA 1OVJA 149LA 1L97A 114LA 171LA 4I7QA 1C66A 1L88A 1QT5A 228LA 1QTBA 1L26A 4DAJA 1P2RA 2OU8A 2HUKA 4AQNA 123LA 1G1WA 1L94A 4EPFA 3DN2A 1L22A 2B7XA 216LA 1L98A 3NYAA 4K5YA 1QUOA 118LA 145LA 3GULA 3HT6A 3SB9A 2ANXA 3OE9A 3VW7A 1OVHA 1L51A 128LA 1L12A 4W59A 237LA 221LA 3F8VA 1LI3A 2L78A 1L09A 4OO9A 1L50A 2RBSA 1D2YA 3DN6A 3C83A 3GUOA 1D9WA 157LA 1QTCA 1L36A 1L69A 1QSQA 3GUPA 177LA 3HT7A 115LA 4W54A 2OE4X 1C6CA 1D3JA 1ZYTA 1L58A 1P5CA 3F9LA 258LA 2HUMA 3QAKA 4PK0A 215LA 1TLAA 187LA 1L70A 1C6LA 1L07A 1L82A 261LA 7LZMA 1OV7A 1L77A 3HH4A 1L80A 3LZMA 243LA 162LA 1DYEA 1L83A 3C8SA 256LA 1SSWA 1L81A 4EKRA 4YXCA 3SB7A 1L18A 1LWGA 2B6XA 120LA 3FADA 1D2WA 3GUNA 4EPIA 112LA 3GUKA 2RBQA 1D3NA 2F32A 2OTZX 142LA 1L79A 1L32A 3CDQA 3HU8A 1QS5A 1QT6A 148LE 1G0JA 3C7ZA 189LA 1KW7A 1LYHA 2LCBA 188LA 1QTVA 227LA 1CU0A 3C8RA 1CV5A 1QT3A 3CDVA 3HWLA 2O79A 217LA 4W53A 4EKPA 236LA 3HT8A 2RBOA 248LA 3SB6A 3DN0A 1KY0A 1C6PA 1C65A 5I14A 1L68A 1L71A 1T97A 2O4WA 182LA 1L02A 3DN4A 156LA 1LYIA 1L13A 211LA 1LYGA 2Q9EA 1L16A 3HUAA 1LYJA 146LA 1G0PA 2NTGA 224LA 191LA 3GUJA 3L64A 3DMVA 1L90A 1C6GA 131LA 1PQDA 1C6AA 4GRVA 4I7SA 3NY9A 1DYDA 3HT9A 1L34A 3C80A 253LA 1L46A 159LA 230LA 246LA 3HUQA 239LA 3SBBC 164LA 1C6BA 3FA0A 107LA 238LA 249LA 2OU0X 3SBAA 140LA 210LA 1L75A 1WTHA 1G0MA 172LA 4I7JA 234LA 163LA 1ZWNA 260LA 108LA 1DYBA 2ANVA 2RAZX 1C6QA 1C61A 1CV4A 1OWZA 1QT7A 167LA 1L60A 3EMLA 2LC9A 4S0WA 1L73A 1L10A 1P7SA 222LA 3HDEA 3G3XA 1L74A 1C6KA 1L0KA 1L35A 1L56A 3DNAA 3K2RA 166LA 1L38A 1OYUA 1P3NA 3CDOA 3G3VA 186LA 1KY1A 1C60A 242LA 1L31A 1L65A 1B6IA 2RB2X 1C62A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHXA 1AM7A 1HEWA 1MLCE 1SWZA 1TCYA 2BQHA 3AJNA 1ZV5L 5DN5A 1L53A 4RW1A 111LA 1LMNA 2B74A 1KXYA 3ULRA 5KXOA 1GF6A 3HH6A 232LA 3V2WA 2BQNA 1OUJA 1LHMA 2OE9X 194LA 3LZTA 3VWOA 4NHSA 4OWAA 213LA 1RJCB 3HH5A 3LN2A 4LYTA 5LAGA 245LA 3CSQA 3LHMA 1LI2A 1CU2A 4ARLA 1UIEA 4W51A 4NGJA 1JJ3A 1G07A 5L9JA 3TMXA 209LA 5HLLA 4HTNA 1L54A 1LYFA 1L15A 1XEPA 3HUKA 161LA 1ZMYL 1IC4Y 1MELL 3W6DA 4RDSA 3W6AA 2LYZA 1AKIA 1OUCA 3WU9A 4ZPUA 1CKHA 1GF8A 3C7YA 3B0KA 1IC5Y 1DPXA 4NWHA 4OWHA 5IDDA 3HBHA 1G0QA 2QARC 4LYBA 4DKLA 2CWIA 4TSBA 4B0DA 2C8OA 4XYYA 1GE4A 226LA 4J1AA 1XGPC 4DQ5A 1DYAA 1L21A 2Z39A 3A94A 2RAYX 3CB7A 1IR8A 158LA 3WUNA 1XEKA 3TXKA 1L89A 4NHPA 4W55A 2BLYA 1K28A 1C08C 1CKDA 1L33A 1F6SA 1L86A 4ARPA 5JENB 1LMCA 1L52A 2Z6BA 4OOTA 1C6TA 129LA 4ML7A 3SN6R 195LA 4LYMA 3CDRA 1GAZA 2F2QA 1FKQA 2XTHA 1L48A 2W1MA 1LSMA 4UWUA 1C64A 4WOAA 4WLDA 4H9FA 3OE0A 4GCCA 1D0MA 2O7AA 1C68A 3B6LA 207LA 1BWIA 1QSWA 141LA 4PJZA 1CVKA 3A93A 3DN1A 155LA 4YEOA 1GB9A 1SSYA 2YBHA 139LA 1LMQA 5KXSA 1IWWA 4H90A 4XENA 4ARMA 1OUIA 1OV5A 1G7LC 4DC4A 3IJUA 3WPJA 1UIDA 3ZEKA 2F2NA 1LTMA 1L99A 5KXMA 154LA 4DYGA 1LZYA 1JEFA 1SWYA 1L24A 1IP7A 3AGIA 1JQUA 3RUNA 1FLQA 4QEQA 197LA 1LZSA 1LSDA 4EMNA 1L96A 4D9ZA 4ARMB 5II3A 130LA 2BQFA 3SB5A 1L11A 3T36A 2W1LA 1CV0A 1C6IA 3LYOA 3PBLA 1ZVHL 4H9EA 1L55A 2YBJA 1P46A 4BAPA 1L61A 1I6SA 4J7VA 1IP6A 4B49A 5E9RA 3A34A 1L66A 1OP9B 1C67A 196LA 4W58A 1BB7A 2CDSA 4NG8A 1CUPA 1D3FA 1YKXX 4NGLA 2Z37A 3IJVA 5LYTA 3N9EA 1BVXA 3TMVA 1SX2A 1L47A 4NWEA 1UIAA 255LA 4I7OA 3EMSA 1FLUA 1LYEA 5FELA 4I7QA 3TXBA 3A90A 4NHIA 1QSAA 1IC7Y 1GEVA 2IFFY 1QTBA 4Z46A 2D4IA 2ZIJA 1CJ9A 1JSFA 123LA 1BB6A 3DN2A 1LJEA 2NWDX 6LYTA 1B7NA 1L98A 3NYAA 1IP2A 4K5YA 1LHIA 4GN4A 5C6LA 2CGIA 3B0OA 1L12A 1ZVYB 4MCKA 4HJYA 4NHTA 1QTEA 1D6PA 4OO9A 2ZYPA 1D2YA 3C83A 4YOPA 5J7CA 1LKSA 2Z12A 5L3HA 1YAOA 1QTCA 1QSQA 4IATA 1B5XA 4WLTA 1B7LA 1UUZC 5HQ1A 4W54A 4DD7A 2F4AA 1FBIX 1P5CA 2FYCA 3F9LA 2HEEA 1LZRA 5I4XA 1HFXA 3RT5X 4R6CA 215LA 1IY3A 1C6LA 2Z2FA 1IWYA 1L80A 3LZMA 1DYEA 3C8SA 4PGJB 2YSSC 4YXCA 2Y8PA 1LWGA 4M4OA 3GUNA 112LA 1QUSA 5IHGA 2OTZX 4WG7A 2DQAA 1QS5A 2FYDA 1G0JA 189LA 1QTVA 227LA 5F16A 2G4NA 1CV5A 1QT3A 3CDVA 4TUNA 4HPEA 4WLXA 5DN4A 3WU7A 4TSCA 2BQGA 4XJIA 248LA 1WQPA 1LOZA 1GB6A 2ZNWY 5I14A 4MSTA 4N1EI 4DD3A 2ZNXY 4H9BA 182LA 2LYMA 4H9CA 211LA 2Q9EA 3HUAA 1HSWA 1LAAA 3GUJA 1C6GA 1DYDA 3A3RX 246LA 4N9RA 4WM4A 4J0LA 5KXKA 1GWDA 4GLVA 2Q0MX 1G0MA 234LA 3AYQA 108LA 1QT7A 1CV4A 5KXNA 1LYYA 2HU3A 2LC9A 1GPQC 3EXDA 1LZCA 1P7SA 1LYSA 3P66A 1VATA 1DZBX 5HNLA 2BQDA 2I26L 1VAUA 133LA 1L38A 1P3NA 5AMYA 9LYZA 1GBYA 2VB1A 1LWKA 3AB6A 5A3EA 4DJHA 1L06A 1BHZA 3NY8A 1LMPA 3GUIA 2RH1A 1IX0A 2BAAA 1YIKA 4CFPA 1UIGA 4GBRB 1C6DA 1P37A 5KJ9A 4GN3A 3TMUA 1XFPL 135LA 1LZTA 1SX7A 1C6MA 1LKRA 1QTDA 1GFGA 5KKIA 1LGXA 1CX7A 1L27A 2OU9A 1JSEA 2H9JA 3TXHA 1WVUA 3TXEA 190LA 1P6YA 4EXMA 3OE8A 252LA 126LA 1P36A 1JKAA 1YAPA 1GHLA 4P2EA 1G7HC 5DL9A 3DN8A 4PRUA 1L28A 4NY5A 5LA5A 1C6HA 244LA 138LA 1IOTA 235LA 4M6DA 1P56A 1EPYA 1GXV2 1KS3A 2RBRA 4H92A 102LA 1GFHA 3D9AC 1OUDA 1BGIA 3FE0A 247LA 2Q9DA 2BQMA 4W52A 4DDAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CHX A;  1AM7 A;  1HEW A;  1MLC E;  1SWZ A;  1TCY A;  2BQH A;  3AJN A;  1ZV5 L;  5DN5 A;  1L53 A;  4RW1 A;  111L A;  1LMN A;  2B74 A;  1KXY A;  3ULR A;  5KXO A;  1GF6 A;  3HH6 A;  232L A;  3V2W A;  2BQN A;  1OUJ A;  1LHM A;  2OE9 X;  194L A;  3LZT A;  3VWO A;  4NHS A;  4OWA A;  213L A;  1RJC B;  3HH5 A;  3LN2 A;  4LYT A;  5LAG A;  245L A;  3CSQ A;  3LHM A;  1LI2 A;  1CU2 A;  4ARL A;  1UIE A;  4W51 A;  4NGJ A;  1JJ3 A;  1G07 A;  5L9J A;  3TMX A;  209L A;  5HLL A;  4HTN A;  1L54 A;  1LYF A;  1L15 A;  1XEP A;  3HUK A;  161L A;  1ZMY L;  1IC4 Y;  1MEL L;  3W6D A;  4RDS A;  3W6A A;  2LYZ A;  1AKI A;  1OUC A;  3WU9 A;  4ZPU A;  1CKH A;  1GF8 A;  3C7Y A;  3B0K A;  1IC5 Y;  1DPX A;  4NWH A;  4OWH A;  5IDD A;  3HBH A;  1G0Q A;  2QAR C;  4LYB A;  4DKL A;  2CWI A;  4TSB A;  4B0D A;  2C8O A;  4XYY A;  1GE4 A;  226L A;  4J1A A;  1XGP C;  4DQ5 A;  1DYA A;  1L21 A;  2Z39 A;  3A94 A;  2RAY X;  3CB7 A;  1IR8 A;  158L A;  3WUN A;  1XEK A;  3TXK A;  1L89 A;  4NHP A;  4W55 A;  2BLY A;  1K28 A;  1C08 C;  1CKD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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