1CU5A

T4 lysozyme mutant l91m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSMDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cu5A00
4PK0A 2QB0B 2RBSA 1DYFA 1C6AA 3EMLA 1LYJA 4I7LA 3GUKA 1LYIA 2F47A 224LA 2L78A 1L67A 3V2WA 220LA 159LA 173LA 2OEAX 3D4SA 4ZPUA 2Z6BA 1LYFA 3OE9A 1L00A 3NY8A 152LA 255LA 127LA 2F2QA 1CU0A 1L81A 1PQMA 148LE 2NTGA 2B6TA 1C68A 4W51A 1L06A 4W54A 206LA 1L86A 1L07A 2A4TA 1CV6A 1L90A 3HT6A 1L13A 157LA 1L63A 2F32A 3GUPA 142LA 1CV3A 143LA 1C67A 1QT7A 1C6LA 3QAKA 1C6HA 1OV5A 1C6BA 1D2WA 2B6WA 2OU0X 1QT8A 3NYAA 3OE6A 1PQJA 2B6YA 205LA 1DYAA 1L82A 191LA 251LA 249LA 3OE0A 1L50A 1K28A 4ARPA 199LA 1LGWA 2OU9A 4I7RA 1QTVA 3HDFA 3HH3A 4YXAC 1P56A 4EPIA 3DMXA 1P6YA 1P37A 252LA 112LA 160LA 1G0JA 2LCBA 238LA 1CX6A 1L52A 3HTGA 177LA 197LA 1CUQA 1P36A 229LA 4S0WA 169LA 161LA 1L09A 258LA 254LA 246LA 3HH4A 1C66A 1T97A 2LZMA 1LWGA 2RH1A 1P64A 2OE9X 1L24A 1C6CA 196LA 1L20A 182LA 1LYDA 3C81A 1L89A 230LA 257LA 3GUNA 1KS3A 1LLHA 243LA 2ANVA 1L87A 4DJHA 2O79A 1L96A 1QUGA 4EPFA 1C6MA 186LA 1ZURA 1L51A 1CV1A 126LA 1L91A 3C7ZA 1L40A 3HWLA 1L31A 1QUOA 3JR6A 2HULA 4OO9A 2RBOA 1G0LA 4ARQA 237LA 1DYCA 1KW5A 4LDLA 1OVHA 1L14A 1L71A 4ARQB 1DYEA 172LA 3HU8A 5I14A 1L17A 1D3JA 115LA 1LI6A 4I7SA 1C6FA 1L22A 125LA 4IAPA 1QS9A 1LI3A 1TLAA 2RB0X 1L94A 1L61A 1L53A 146LA 1L68A 3FI5A 1QSBA 175LA 192LA 165LA 1L43A 1L97A 3DN1A 140LA 3NY9A 1L85A 1QTBA 1L58A 3C7YA 3CDOA 3HTDA 3DMZA 4I7MA 4W59A 1G0PA 1QT5A 3GUMA 1L69A 1L29A 1D3NA 137LA 3DN2A 1L39A 3RZEA 1CV0A 1L59A 2B7XA 138LA 1JTNA 3C8SA 2B75A 3DMVA 3SBBC 1C6QA 1C6GA 3SB8A 1XEPA 2RAZX 1SWZA 209LA 215LA 123LA 4I7QA 155LA 1QT4A 241LA 3HU9A 1L47A 1L93A 4LZMA 1L45A 212LA 4DKLA 1L80A 1L41A 130LA 2OE4X 185LA 1OV7A 166LA 2RAYX 1C6NA 1L88A 1CX7A 3DN4A 4I7NA 3C83A 1QSQA 3DN3A 4GBRB 231LA 3FADA 245LA 2OTYX 1T8AA 1L30A 2B72A 171LA 3VW7A 3HT7A 1KW7A 144LA 1T8FA 3UONA 1KY0A 1DYGA 3G3XA 1CU6A 1L66A 1ZWNA 3DN8A 4I7PA 178LA 1C64A 4LDEA 223LA 1L98A 1G1VA 1CVKA 188LA 1L16A 3CDTA 260LA 2RBQA 1OYUA 217LA 1PQKA 3L64A 1LPYA 4ARMA 1L48A 1L02A 1L19A 1LWKA 1L83A 104LA 210LA 4EXMA 1L37A 4ARMB 219LA 1QTDA 1L95A 1L76A 119LA 1CV4A 1L25A 3PDSA 1L15A 3DNAA 4ARLA 3HTBA 1L57A 3SB6A 4W53A 3SN6R 3SB5A 149LA 110LA 1L38A 1L18A 242LA 1L12A 4GRVA 2RB2X 163LA 3GUIA 1PQDA 1OVJA 2HUKA 2HUMA 2LC9A 4PJZA 1CU3A 2B74A 4K5YA 189LA 1DYDA 3C82A 4W58A 256LA 1WTHA 2B73A 1SSYA 1P2RA 3HH6A 180LA 120LA 1CUPA 174LA 195LA 1L33A 3RUNA 3SB9A 4E97A 218LA 1L04A 1LGUA 1DYBA 236LA 2RBRA 1D2YA 156LA 2ANXA 3PBLA 1P7SA 1G0KA 1C6JA 3F8VA 228LA 250LA 1T6HA 129LA 147LA 1SSWA 4I7OA 244LA 1QTHA 1SWYA 233LA 1OWZA 3C8RA 1C6PA 198LA 1L03A 1C6IA 1L36A 1L49A 108LA 4W56A 1L0JA 3ODUA 3L2XA 1L92A 3DN0A 1L0KA 3LZMA 1EPYA 1T8GA 4I7JA 113LA 4EKPA 1G07A 4I7KA 1L60A 1CU5A 1P5CA 1L28A 4EJ4A 1L75A 1L42A 1P2LA 139LA 3G3VA 162LA 1L99A 118LA 4YXCA 1L84A 1XJTA 1KNIA 232LA 3GUOA 3HTFA 1P3NA 2B6ZA 1C6TA 248LA 1L08A 1QTCA 1L56A 1C6EA 4W57A 3V2YA 1PQOA 235LA 253LA 151LA 1G1WA 3FA0A 1C60A 3SB7A 201LA 2O7AA 1JQUA 111LA 222LA 262LA 128LA 107LA 168LA 176LA 3HT9A 2RBNA 1CV5A 2Q9DA 1C6DA 3G3WA 1L46A 1C6KA 2NTHA 1G06A 1L70A 259LA 122LA 1L27A 4EKQA 1L79A 221LA 1G0GA 1QT6A 1L74A 109LA 3DKEX 1LYHA 1LYGA 3HH5A 2O4WA 2IGCA 3GULA 1P46A 150LA 2QARC 3K2RA 3OE8A 1OVKA 158LA 1C65A 164LA 1L05A 1SX7A 3DN6A 1C62A 1L55A 2B6XA 4AQNA 3C7WA 145LA 226LA 2OE7X 1L10A 1QUHA 141LA 4LDOA 1L26A 1LYEA 2CUUA 1L44A 3GUJA 4EKRA 4DAJA 216LA 1L11A 214LA 3C8QA 3C80A 239LA 1QS5A 2RBPA 2RB1X 1I6SA 3CDRA 1CU2A 1QTZA 1LI2A 3HUAA 181LA 1L21A 1KY1A 2B70A 234LA 3HDEA 1JTMA 1L23A 4EKSA 1G0QA 1B6IA 1L34A 103LA 114LA 7LZMA 1L64A 1OWYA 4I7TA 247LA 1D9WA 1L54A 4ARJA 1L62A 6LZMA 200LA 187LA 227LA 1CTWA 1L32A 131LA 1D3MA 1L35A 184LA 167LA 3HUQA 2Q9EA 261LA 1C69A 2OTZX 183LA 3CDVA 1NHBA 5LZMA 1QT3A 1L01A 4W52A 1LW9A 1D3FA 240LA 3HUKA 102LA 1C61A 170LA 1QUDA 4W55A 1SX2A 1PQIA 1L65A 2OU8A 1C63A 3CDQA 1L73A 190LA 1L72A 1XJUA 213LA 1ZYTA 211LA 1L77A 225LA 3HT8A 1LGXA 1G0MA 3F9LA 3SBAA 4YX7C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZNA 4BAPA 1LKSA 3AJNA 1DYFA 3FI7A 1C6AA 3EMLA 1LYZA 3RNXA 4I7LA 5KKJA 4LYTA 2L78A 4N0JA 1O23A 1CJ9A 2ZNWY 127LA 2F2QA 2NTGA 1C68A 4B4EA 3TMUA 1L86A 4DD3A 1CV6A 1L90A 1QUTA 1PZYA 4WLYA 4GN3A 1B7PA 4WLTA 1L63A 2F32A 3GUPA 5F9UA 142LA 3K3TA 1CV3A 2Z2FA 2D4IA 3A6CY 1LMTA 1QT8A 3OE6A 1PQJA 2DQAA 4ARPA 1LGWA 4I7RA 5HMJA 2HEAA 4H92A 3B0KA 1D6PA 112LA 160LA 4ETDA 1D0LA 1JKCA 1L52A 4XADA 1CUQA 3FE0A 4ETBA 1WQOA 2MEGA 5A3EA 229LA 1G7JC 1LHLA 1CJ7A 1OUCA 258LA 5B05A 246LA 5FHWA 5D5FA 4OWCA 5T3FA 1C6CA 4G9SA 1LYDA 1L89A 243LA 4DJHA 1LZ6A 1L51A 5F16A 2MEDA 4DDBA 1L31A 1QUOA 5FCPA 4OO9A 2RBOA 2H9KA 5F14A 1C10A 4ARQA 5I54A 1CKCA 1DYCA 1HHLA 4LDLA 3ZEKA 4H9CA 1ALCA 125LA 1NDMC 1INUA 2FYCA 1LI3A 1LMOA 2RB0X 1L53A 1L68A 4YF2A 2BAAA 1HEPA 2BQJA 4IJ4A 4LYZA 192LA 4TSCA 1L43A 2BQFA 1LPIA 4HJZA 1B5XA 1GFJA 1ZV5L 1G0PA 1VATA 3GUMA 4G49A 1B7RA 1JJ1A 1LOZA 1D3NA 137LA 1REZA 1IIZA 2BQCA 4H1PA 3DN2A 3WL2A 4R0FA 3W6FA 4J1BA 4ML7A 1GBZA 138LA 5LYZA 1JTNA 1I56A 3DMVA 4OW1A 1C6QA 1FDLY 3AB6A 1SWZA 1KXYA 1XFPL 209LA 1XGUC 3QY4A 4NEBA 5B1FA 2D91A 4DKLA 1L41A 1OUIA 3WPJA 5A3ZA 1IR7A 3TMXA 1L88A 1CX7A 4HTKA 4I7NA 1QSQA 4DD1A 4OWEA 1BWJA 4J1AA 1OUAA 245LA 4LZTA 1LYOA 2B72A 3LYZA 4H93A 1VAUA 1I1ZA 3B0OA 1KW7A 144LA 2BQEA 4W96A 2W1MA 1CU6A 4J7VA 1E8LA 3W6EA 5KXWA 1OYUA 4NHPA 217LA 1LSFA 1JEFA 4YEOA 1QQYA 2MEBA 1L83A 4EXMA 4ARMB 4ZFPA 219LA 1QTDA 1ZVYB 1L76A 4XJFA 4ARLA 1HEOA 3SB6A 3SB5A 5DM9A 149LA 3AZ7A 242LA 2HTXA 1FKVA 4XENA 1NBYC 3HBEX 1HNLA 1OVJA 2HUMA 1LHIA 4PJZA 4K5YA 5B1GA 1DYDA 1YL0X 2DQEY 4I8SA 2B73A 2W1YA 4NSHA 4ETCA 1GE3A 5APCA 4TUNA 2HECA 3QE8A 2X0AA 5I4WA 1JITA 218LA 3BKVA 1DYBA 2RBRA 2ZILA 2ANXA 3PBLA 4DQJA 1C6JA 228LA 4M4OA 2D4JA 1T6HA 3WUAA 1BB4A 147LA 4I7OA 1GB5A 1IWVA 1GFTA 1OWZA 1C6PA 4WM4A 2LZ2A 1L03A 3M3UA 2HUBA 1L0JA 1C43A 3RZ4A 2BPUA 3CSQA 1WQMA 4HPEA 3B72A 2I6ZA 4I7KA 1IY3A 1L42A 5B59A 5HLLA 1JISA 1IC7Y 1REMA 1C6TA 1L08A 2DQHY 4B1AA 1L56A 4DQ5A 4NGJA 151LA 1LZGA 1D9UA 1C60A 4H9IA 4PHIA 4M6DA 3KAMA 2GV0A 4MCKA 4H8XA 168LA 3A8ZA 3HT9A 1CV5A 1IP1A 1L46A 4B4JA 5KJ9A 1G06A 4EKQA 1ZVHL 5KXSA 1DI5A 1A4VA 4O34A 1G0GA 1LYYA 109LA 3DKEX 3HH5A 1LZBA 3WULA 2O4WA 2FYDA 5LYMA 2QARC 1LJJA 3EO5A 1LSDA 1C62A 1GF8A 1GXXA 226LA 1L10A 4AXTA 1L26A 4D9ZA 4NGVA 2IHLA 1QS5A 1I6SA 3WVXA 1LZRA 3HUAA 1L21A 1KY1A 2LYMA 2BQIA 1L23A 2CWIA 1VDTA 3LYOA 4UWVA 1GF4A 4AGAA 1GDWA 247LA 1D9WA 6LZMA 227LA 2YBNA 3N9EA 4XJGA 2C8OA 1NMMA 5LZMA 3HFMY 240LA 1C61A 1SX2A 1PQIA 3AGGG 5KKIA 3AZ6A 4WLXA 1IP2A 4N9RA 1LGXA 4GCCA 1YILA 1WQQA 1YKZX 1YKXX 2HEFA 3GUKA 2F47A 220LA 159LA 173LA 1LJIA 1L00A 3NY8A 152LA 4WMGA 1L81A 3M18B 4W51A 2LYZA 4W54A 206LA 157LA 4NWHA 1BB6A 3AZ5A 1KIRC 1HEMA 5HQ1A 2WARA 2MECA 1VFBC 1JSEA 1C6HA 1OV5A 4QY9A 1QTKA 1D2WA 2B6WA 3NYAA 4II8A 2B6YA 1LAAA 1DYAA 1EQEA 3OE0A 1L50A 1GE1A 1QTVA 1XGRC 4NHSA 4LFXA 1IC4Y 252LA 1CX6A 1IWYA 197LA 1FKQA 161LA 1L09A 254LA 3HH4A 1CKGA 1C66A 4E3UA 2LZMA 1LWGA 4CFOA 4CGEA 1YQVY 193LA 2OE9X 196LA 2DQFC 1L20A 2G4QA 1LCNA 3C81A 2B5ZA 5APDA 1L87A 1N4FA 4Z98A 1QUGA 4EPFA 1GAZA 186LA 1VDSA 5IELA 3WPKA 126LA 2XBRA 1JIYA 1RCMA 1GEVA 1GB2A 4H9BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZN A;  4BAP A;  1LKS A;  3AJN A;  1DYF A;  3FI7 A;  1C6A A;  3EML A;  1LYZ A;  3RNX A;  4I7L A;  5KKJ A;  4LYT A;  2L78 A;  4N0J A;  1O23 A;  1CJ9 A;  2ZNW Y;  127L A;  2F2Q A;  2NTG A;  1C68 A;  4B4E A;  3TMU A;  1L86 A;  4DD3 A;  1CV6 A;  1L90 A;  1QUT A;  1PZY A;  4WLY A;  4GN3 A;  1B7P A;  4WLT A;  1L63 A;  2F32 A;  3GUP A;  5F9U A;  142L A;  3K3T A;  1CV3 A;  2Z2F A;  2D4I A;  3A6C Y;  1LMT A;  1QT8 A;  3OE6 A;  1PQJ A;  2DQA A;  4ARP A;  1LGW A;  4I7R A;  5HMJ A;  2HEA A;  4H92 A;  3B0K A;  1D6P A;  112L A;  160L A;  4ETD A;  1D0L A;  1JKC A;  1L52 A;  4XAD A;  1CUQ A;  3FE0 A;  4ETB A;  1WQO A;  2MEG A;  5A3E A;  229L A;  1G7J C;  1LHL A;  1CJ7 A;  1OUC A;  258L A;  5B05 A;  246L A;  5FHW A;  5D5F A;  4OWC A;  5T3F A;  1C6C A;  4G9S A;  1LYD A;  1L89 A;  243L A;  4DJH A;  1LZ6 A;  1L51 A;  5F16 A;  2MED A;  4DDB A;  1L31 A;  1QUO A;  5FCP A;  4OO9 A;  2RBO A;  2H9K A;  5F14 A;  1C10 A;  4ARQ A;  5I54 A;  1CKC A;  1DYC A;  1HHL A;  4LDL A;  3ZEK A;  4H9C A;  1ALC A;  125L A;  1NDM C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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