1CUQA

T4 lysozyme mutant v103m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMMFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cuqA00
1CUQA 243LA 1C63A 241LA 1LGUA 1QT7A 146LA 1C68A 1C62A 2OU8A 4I7NA 1L53A 251LA 1C6IA 1OV7A 114LA 2OTYX 4I7LA 3NYAA 3HH3A 1QT6A 1LGWA 1C6NA 1QT4A 4DAJA 2ANXA 248LA 1QTHA 3SBAA 1D3FA 221LA 4I7SA 3HU9A 7LZMA 1L18A 3HUQA 2OE9X 123LA 147LA 1OWYA 3DMVA 4AQNA 1C6PA 171LA 3HT9A 261LA 195LA 181LA 3DNAA 102LA 3G3XA 3OE9A 1L43A 1QT3A 4I7QA 2RBRA 1L38A 209LA 1XJTA 1L19A 3D4SA 1PQDA 4I7PA 3HT6A 4ARPA 3C8QA 219LA 1DYFA 1L92A 1ZWNA 180LA 118LA 1L0JA 1G1WA 1LI6A 1L22A 1L24A 1G0JA 1QTZA 206LA 3FADA 1SWZA 1L45A 4YXAC 4LZMA 2B6YA 1L16A 1QTDA 1LI2A 1G0KA 1L34A 3CDOA 2NTGA 2ANVA 1C6JA 3DN8A 4W54A 1L68A 4W59A 1C6TA 1L83A 3FI5A 1L26A 254LA 1DYCA 3CDTA 3DN1A 3V2WA 3C8SA 1L76A 262LA 2OU0X 175LA 222LA 191LA 184LA 2RBOA 4I7OA 1G0MA 2RAYX 3GUJA 2Q9DA 1DYDA 4LDLA 1L50A 2B75A 1L88A 1P46A 1L71A 1C60A 141LA 149LA 128LA 112LA 1L63A 1QSBA 4EPIA 1L0KA 1L28A 4EXMA 1DYEA 1NHBA 4ARLA 2B72A 1OYUA 1QS9A 259LA 3G3WA 216LA 3HDFA 3HH5A 3JR6A 4GRVA 1CVKA 1SX2A 156LA 1I6SA 1LPYA 1LWKA 1D2YA 1L59A 1L86A 1C67A 1T8AA 2RB1X 1CV4A 2A4TA 1L40A 2OU9A 4LDEA 188LA 143LA 1L14A 3OE8A 1L70A 3DMXA 1C6FA 4EKPA 1L30A 151LA 1ZYTA 3ODUA 3NY9A 1G1VA 2IGCA 3F9LA 1KY0A 1D9WA 1T6HA 3OE6A 1D3NA 1WTHA 244LA 260LA 1P36A 192LA 4ARQB 1SX7A 1D3JA 3LZMA 3F8VA 1T8FA 1C6GA 1G0LA 1LGXA 1QT5A 238LA 237LA 1L29A 144LA 1P7SA 240LA 3C82A 1L13A 3EMLA 1C6QA 2Q9EA 1KNIA 1C6LA 2RBQA 3VW7A 3GUKA 229LA 1L55A 152LA 1L25A 258LA 1CUPA 3CDQA 1C6DA 1CV3A 1L04A 1LYEA 1KW5A 1CV5A 1P6YA 1JTMA 4W52A 1KY1A 5I14A 1OV5A 2RAZX 1L41A 3SN6R 160LA 1DYGA 1L46A 189LA 1LYFA 252LA 1L47A 197LA 242LA 3RUNA 3L2XA 239LA 4YX7C 138LA 1LWGA 1L99A 1L23A 176LA 4ARJA 115LA 1XJUA 2QARC 1L12A 1LYHA 3FA0A 1L81A 1L60A 190LA 150LA 1KS3A 174LA 2RBNA 1QSQA 247LA 2L78A 249LA 104LA 205LA 3CDRA 1C61A 2RBPA 1SSYA 1QTBA 107LA 257LA 1CU6A 1XEPA 1L32A 1P37A 1C6MA 1L49A 250LA 2B6XA 166LA 1QUOA 1ZURA 3C7YA 3C83A 1L01A 1LI3A 2B6TA 2CUUA 1G0GA 155LA 103LA 1PQMA 3HTGA 4YXCA 1L17A 200LA 234LA 2OE7X 1LYJA 211LA 1QT8A 1L52A 4W51A 1L77A 1D3MA 1C6CA 1L33A 1T8GA 3C80A 1C6AA 137LA 139LA 1L35A 1L54A 1L62A 1C6EA 2LZMA 185LA 1T97A 1CU2A 169LA 1L48A 2OEAX 1QUGA 1L87A 1P5CA 1PQOA 1CU3A 1L94A 3OE0A 1L85A 1L39A 111LA 4EPFA 1L65A 1L31A 230LA 2RBSA 3DN2A 3DN6A 3SBBC 1L44A 3PBLA 3HU8A 2OE4X 164LA 4PK0A 3L64A 1L72A 198LA 1LYGA 232LA 1L90A 1L20A 161LA 1OVHA 3GULA 157LA 168LA 246LA 1L95A 1L06A 120LA 1C66A 4DJHA 4ARMB 1CU5A 4EKRA 1SSWA 3GUNA 1P2RA 1L79A 2O7AA 1G07A 3DMZA 4ARQA 1OVJA 1L74A 218LA 145LA 4ARMA 163LA 1CV0A 1PQIA 3C81A 4I7MA 186LA 3C7WA 2F47A 126LA 183LA 1L36A 125LA 1QUDA 1TLAA 217LA 130LA 1PQJA 245LA 255LA 1QTCA 119LA 231LA 199LA 3C7ZA 2B74A 1L64A 1P3NA 1L69A 1L80A 235LA 1L03A 1L02A 2RB0X 2NTHA 4I7KA 4W53A 196LA 1QTVA 1DYBA 173LA 4K5YA 129LA 256LA 4PJZA 1L15A 4W56A 1L84A 3UONA 108LA 1OWZA 182LA 1L05A 3DN0A 122LA 1C64A 215LA 3SB5A 3HT7A 1LYIA 1L27A 2LCBA 167LA 158LA 4ZPUA 1B6IA 1L58A 1LW9A 1QS5A 213LA 2HUKA 2O79A 4LDOA 1L51A 2F32A 2Z6BA 1L11A 1L10A 159LA 2QB0B 1L93A 1CTWA 1DYAA 4DKLA 4W58A 236LA 1JTNA 1L75A 1L21A 1L07A 165LA 1L08A 187LA 1JQUA 1L67A 1L91A 210LA 2RB2X 2F2QA 3QAKA 1CX7A 4W55A 178LA 1L09A 4EKSA 177LA 4IAPA 2RH1A 3HH4A 1CV6A 1SWYA 140LA 3C8RA 220LA 3HTBA 6LZMA 1G0PA 1CV1A 4OO9A 3GUPA 3HT8A 109LA 1LLHA 110LA 4EJ4A 1OVKA 4GBRB 1PQKA 170LA 201LA 2B7XA 1L73A 3DKEX 1K28A 162LA 225LA 142LA 2LC9A 2O4WA 226LA 1C69A 3GUOA 3HUKA 4I7TA 4W57A 253LA 4S0WA 148LE 1CX6A 212LA 1G0QA 4I7RA 1KW7A 3GUIA 4I7JA 2B6ZA 4E97A 224LA 2HULA 131LA 1P64A 3HWLA 172LA 1D2WA 1L98A 227LA 1QUHA 3HDEA 1C6BA 1C65A 1L42A 3HUAA 1C6HA 223LA 3CDVA 1LYDA 2HUMA 1P56A 214LA 2B73A 2B70A 1L89A 3HH6A 1C6KA 1P2LA 127LA 3HTDA 1L82A 3SB6A 3G3VA 3V2YA 233LA 1G06A 1L96A 3DN4A 3NY8A 1L61A 3SB7A 4EKQA 3HTFA 3SB8A 3SB9A 228LA 2B6WA 113LA 1L97A 1CU0A 1L56A 1EPYA 3DN3A 3GUMA 1L00A 5LZMA 3RZEA 1L37A 3PDSA 1L57A 2OTZX 1L66A 3K2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D91A 1CUQA 1QT7A 2OU8A 4I7NA 251LA 1OV7A 114LA 1JHLA 3B0OA 5LAFA 1C6NA 1QT4A 2ANXA 248LA 1GDWA 4NIJA 1D3FA 3HU9A 1HEWA 1DKJA 4OWCA 2G4NA 2OE9X 123LA 1LJIA 1GF7A 147LA 1OWYA 2HEDA 3CT5A 3DMVA 3WULA 261LA 195LA 2BQJA 181LA 3AZ7A 3OK0A 4NSIA 5HNLA 1GFHA 1RCMA 2HUBA 1QT3A 2RBRA 3LYMA 209LA 1LHKA 5HLLA 4D9ZA 3A34A 3TXBA 2W1YA 4NGVA 3C8QA 1IY4A 5B1FA 1WQNA 1JISA 3GXRA 1L0JA 4PRUA 1G1WA 5FCPA 1L24A 2Y8PA 2MEBA 4H9AA 4ZIXA 1UA6Y 4LZMA 1LI2A 1FLWA 2DQDY 2NTGA 4W54A 2RSCA 2EPEA 1B5XA 3QE8A 1DYCA 3DN1A 3AW6A 222LA 2BQDA 4WM4A 2VB1A 2N5ZA 1VDSA 1L71A 3SP3A 3TMWA 1WTNA 1B7SA 112LA 4GN5C 4EPIA 1DYEA 1NHBA 1QS9A 4NHIA 216LA 1TAYA 3HDFA 2D4IA 1LPYA 2G4QA 1LSYA 1MELL 2A4TA 1L14A 1RFPA 1C6FA 4EKPA 1LZGA 1GE3A 1IC7Y 3NY9A 1LSZA 1YROA 2IGCA 1IVMA 3OE6A 2X0AA 1D3NA 153LA 3WUAA 1P36A 192LA 2HU3A 1BGIA 4NGZA 1T8FA 3KAMA 1QT5A 3CQLA 1P7SA 3LZ2A 2HEFA 1C6QA 4NHQA 2RBQA 152LA 1L25A 1CUPA 3BKHA 1C6DA 1LYEA 1LZRA 4W52A 2RAZX 3CSQA 1LZ9A 1NMMA 5FEKA 3SN6R 160LA 1DYGA 3HFMY 1L23A 3K3TA 2ZQ3A 115LA 1XJUA 2FYCA 1B5VA 3FA0A 1VDTA 2EKSC 3AGGG 4LYMA 2L78A 4NGYA 4XJFA 1GHLA 5LA8A 4XADA 4XJHA 4FDYA 2RBPA 1SSYA 4H1PA 1VFBC 208LA 2MEHA 4MSTA 1CU6A 1IR8A 1C6MA 1L49A 250LA 166LA 4GN4A 2DQEY 1L01A 4H93A 2B6TA 1YKXX 1LHJA 4TSBA 1G0GA 1LTMA 4NGWA 1GD6A 4NSHA 1IO5A 4NEBA 1REXA 1BHZA 2YSSC 1B7RA 4GCCA 1GBYA 5I53A 1L77A 4XENA 1E8LA 3TMVA 1C6CA 1C6AA 4CJ2A 1GE0A 1L54A 4FJRA 2C8OA 3ZVQB 4LYBA 1WQPA 1OUEA 185LA 1T97A 1L48A 4H8YA 1T6VL 1L39A 5FHWA 4G4CA 1L65A 4II8A 1BVKC 230LA 3DN6A 4QDNA 2BQGA 2G4PA 1HFYA 164LA 1AT5A 1GB7A 1GEVA 1GFTA 9LYZA 1CKFA 1LYGA 2A7DA 161LA 1OVHA 3GULA 5ILFA 168LA 3W3EA 1L95A 1L06A 120LA 1C66A 1W6ZA 5IDDA 2D4JA 3G3BB 5KXPA 2O7AA 1YKZX 1UCOA 1OVJA 1HNLA 4ARMA 163LA 1LHHA 5F9UA 3C7WA 183LA 4M6DA 125LA 1TLAA 4WM1A 255LA 3IWRA 2MEGA 119LA 2ZYPA 3RW8A 3C7ZA 1L64A 1P3NA 1DI3A 1IWWA 1L03A 2F4GA 4OWBA 4LYZA 5IELA 4BAPA 1BVXA 4H9EA 4I7KA 2ZILA 4W53A 1GF9A 196LA 1DYBA 1KXYA 4K5YA 4PJZA 1GFRA 4W56A 3A91A 3UONA 1VAUA 1IWTA 108LA 1XFPL 5KXZA 3WPKA 1L05A 2HEBA 122LA 1C64A 4TSCA 3HT7A 1LYIA 1L27A 1B6IA 2HUKA 2MEFA 4LDOA 3WVYA 3AGHA 4DT3A 5EBHA 159LA 4RLMA 154LA 4EMNA 1XGTC 1D0KA 3WUMA 4N5RA 1QTKA 4N1CC 1L08A 2Z19A 2BQHA 1JQUA 4UWNA 1L91A 2F2QA 4HTQA 1BWIA 178LA 4UWUA 1L09A 4DQ7A 4EKSA 1LHIA 1LZYA 2EQLA 4DD2A 1SWYA 1UIDA 1VDPA 6LZMA 1GFGA 4BS7A 4OO9A 1NBZC 3HT8A 5F14A 3AZ6A 110LA 1LMQA 4GBRB 170LA 201LA 1L73A 1JTTL 3ZVQA 1F0WA 1YIKA 225LA 1JEFA 1IWUA 8LYZA 1C69A 2PC2A 1ZV5L 4I7TA 3HBHA 5B07A 2ZQ4A 1LJ3A 1DXJA 1LMAA 2B6ZA 4NG8A 224LA 4NWEA 2ZNXY 172LA 1L98A 3HDEA 1C65A 223LA 4LYOA 2HUMA 2Z2EA 4N9RA 1GFEA 2B70A 3HH6A 4WLDA 3HTDA 3V2YA 4I0CA 3NY8A 3HTFA 3SB8A 1GAZA 2B6WA 1XGPC 5LVGA 1XGRC 4W94A 1BB5A 1HC0A 1C46A 1Z55A 1FDLY 5LYZA 2DBTA 1LGUA 5B59A 1C68A 4BADA 1IWYA 1L53A 2OTYX 4I7LA 3AW7A 5APFA 3J6KA 4NWHA 1IC5Y 1LZ4A 5E4PA 1A4VA 5K7OA 3HUQA 4WM3A 3HT9A 2DQIY 4HV1A 1F6SA 1B7OA 3G3XA 5T3FA 1GB9A 1XJTA 4G9SA 1NBYC 1L19A 1JSEA 4OWAA 5B06A 4B49A 4ARPA 1GBOA 219LA 1GF4A 1DZBX 1ZWNA 1HENA 180LA 1ZVHL 2LYMA 1B7QA 1LI6A 3T6UA 1L22A 3LYTA 1V7SA 5HQ1A 1L45A 4HPIA 4YXAC 1IIZA 4CHXA 1LZ6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D91 A;  1CUQ A;  1QT7 A;  2OU8 A;  4I7N A;  251L A;  1OV7 A;  114L A;  1JHL A;  3B0O A;  5LAF A;  1C6N A;  1QT4 A;  2ANX A;  248L A;  1GDW A;  4NIJ A;  1D3F A;  3HU9 A;  1HEW A;  1DKJ A;  4OWC A;  2G4N A;  2OE9 X;  123L A;  1LJI A;  1GF7 A;  147L A;  1OWY A;  2HED A;  3CT5 A;  3DMV A;  3WUL A;  261L A;  195L A;  2BQJ A;  181L A;  3AZ7 A;  3OK0 A;  4NSI A;  5HNL A;  1GFH A;  1RCM A;  2HUB A;  1QT3 A;  2RBR A;  3LYM A;  209L A;  1LHK A;  5HLL A;  4D9Z A;  3A34 A;  3TXB A;  2W1Y A;  4NGV A;  3C8Q A;  1IY4 A;  5B1F A;  1WQN A;  1JIS A;  3GXR A;  1L0J A;  4PRU A;  1G1W A;  5FCP A;  1L24 A;  2Y8P A;  2MEB A;  4H9A A;  4ZIX A;  1UA6 Y;  4LZM A;  1LI2 A;  1FLW A;  2DQD Y;  2NTG A;  4W54 A;  2RSC A;  2EPE A;  1B5X A;  3QE8 A;  1DYC A;  3DN1 A;  3AW6 A;  222L A;  2BQD A;  4WM4 A;  2VB1 A;  2N5Z A;  1VDS A;  1L71 A;  3SP3 A;  3TMW A;  1WTN A;  1B7S A;  112L A;  4GN5 C;  4EPI A;  1DYE A;  1NHB A;  1QS9 A;  4NHI A;  216L A;  1TAY A;  3HDF A;  2D4I A;  1LPY A;  2G4Q A;  1LSY A;  1MEL L;  2A4T A;  1L14 A; 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