1CV0A

T4 lysozyme mutant f104m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVMQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv0A00
167LA 2NTHA 3C8RA 1C66A 2B6ZA 3OE8A 262LA 3HT8A 1L06A 173LA 183LA 243LA 125LA 160LA 2LC9A 1G1VA 164LA 174LA 1G06A 1L12A 165LA 210LA 3V2YA 1G0JA 131LA 1L47A 1L69A 200LA 247LA 3HUQA 1L89A 1CU0A 1DYDA 1G0LA 196LA 1QS5A 3QAKA 1L48A 4I7MA 2OU9A 3HUAA 4LZMA 4W55A 2F2QA 1C6BA 4I7OA 1L87A 1QUDA 1C6MA 225LA 1L63A 1L80A 1CU6A 2OE7X 1L39A 126LA 5LZMA 236LA 3C7WA 1PQJA 4W57A 192LA 1CV3A 1QT4A 182LA 1LWKA 2L78A 1QSQA 1CVKA 3SB7A 228LA 2RH1A 4I7QA 3DN0A 1L73A 5I14A 142LA 3SB6A 3ODUA 4I7PA 3OE9A 1C6LA 1L27A 111LA 3G3WA 1L21A 4K5YA 229LA 232LA 250LA 3DNAA 1LI6A 261LA 143LA 4W51A 1L13A 3NYAA 1L62A 1QS9A 1L88A 3DN8A 115LA 221LA 4W59A 1L23A 2RB2X 2RBSA 199LA 3HTDA 2RBOA 1L33A 1L57A 3C81A 4EPFA 1L54A 1D9WA 102LA 3CDVA 4ARPA 4ARLA 195LA 237LA 2A4TA 3GULA 3HWLA 1LI2A 222LA 3CDQA 2B7XA 1P46A 1C6EA 1QTVA 159LA 1L70A 3SBAA 4GBRB 3PBLA 1I6SA 239LA 1L29A 4ARMB 151LA 1QT5A 1OV5A 1G0GA 2Z6BA 3FA0A 4I7SA 185LA 1L26A 1KNIA 1KY0A 3G3VA 4S0WA 4EKQA 241LA 3HTGA 4YX7C 128LA 1G0PA 1PQOA 1KY1A 3DN1A 1C6IA 1L74A 223LA 4EKRA 209LA 4DJHA 1LYJA 187LA 1EPYA 4EPIA 1P36A 1DYCA 1PQDA 4IAPA 2B73A 1L75A 1P56A 1OVHA 1L38A 1L35A 4W56A 1C6HA 1T8AA 3HT6A 3HDFA 156LA 3DMVA 4ZPUA 1C65A 3VW7A 1L31A 1OVJA 1CV0A 1OWYA 1LYDA 7LZMA 152LA 3UONA 217LA 1L49A 1C64A 130LA 1L10A 1T8FA 1L90A 3HU9A 1CUQA 1B6IA 1D2WA 137LA 104LA 1L72A 1L91A 3HDEA 1G0KA 4YXAC 1L42A 1LYGA 3HU8A 1ZYTA 3L2XA 1C6QA 1JTMA 252LA 3OE0A 170LA 4I7JA 2RBPA 108LA 4I7RA 1L25A 191LA 1QTBA 3GUMA 206LA 1C6KA 251LA 249LA 1C6DA 1L41A 2HULA 257LA 3C80A 1L11A 1C68A 1L18A 2B74A 169LA 4EJ4A 1L30A 1KS3A 178LA 205LA 1QT6A 1P7SA 1ZURA 1L65A 2HUKA 2O4WA 4E97A 2ANVA 2CUUA 1P3NA 1CV4A 146LA 1LW9A 1C62A 224LA 1P2LA 226LA 4YXCA 1D3NA 1L22A 1LLHA 1LYHA 1PQMA 1L09A 1OV7A 3DN2A 3GUIA 3HTBA 4W58A 1L84A 201LA 3DMZA 2LCBA 259LA 4I7LA 118LA 246LA 242LA 2RAZX 3GUOA 1C6AA 3SN6R 1L45A 3CDTA 1C6FA 103LA 3HT9A 1L53A 114LA 1L85A 3SBBC 1CU5A 1L03A 1L28A 190LA 144LA 219LA 1L52A 2OE9X 245LA 1L79A 1SWZA 2F32A 4W52A 1C6PA 2OTYX 2OE4X 2B75A 1L01A 1L59A 2NTGA 127LA 1L14A 3DN6A 1L68A 3F9LA 1L34A 1L36A 120LA 155LA 1QT8A 2QB0B 1DYAA 4ARQA 1L55A 1L83A 4LDEA 158LA 1LPYA 2O79A 1L32A 1D3MA 1C63A 1LYIA 3HUKA 1L67A 1CX7A 1L94A 1SSYA 3DN3A 214LA 180LA 2RBQA 2OU0X 1L19A 150LA 172LA 1XEPA 1DYFA 1L46A 1SSWA 1D2YA 238LA 4W54A 1L17A 3G3XA 1KW7A 1L66A 2RB0X 256LA 3F8VA 1L40A 1QTDA 4ARJA 1LGXA 1WTHA 176LA 107LA 2RB1X 123LA 1XJUA 227LA 3NY9A 1L98A 1L58A 3SB8A 1QUGA 1G0QA 145LA 3C83A 3DKEX 1DYGA 4W53A 4EXMA 253LA 141LA 1QTHA 1TLAA 1L61A 1JQUA 3V2WA 1ZWNA 198LA 1L60A 3JR6A 177LA 1L50A 1SX2A 3GUPA 3NY8A 2B72A 212LA 3C7YA 1CUPA 1L86A 1L24A 1CV5A 2IGCA 186LA 1L37A 3K2RA 1LI3A 230LA 1LGUA 1CV6A 181LA 1LGWA 4DKLA 244LA 234LA 1OVKA 255LA 168LA 240LA 215LA 1CV1A 4I7NA 1K28A 157LA 1C67A 113LA 1P5CA 1L81A 2OU8A 3SB9A 4EKSA 3C7ZA 3HH6A 1DYBA 197LA 2B6YA 1L05A 1QUHA 1QSBA 1C69A 1L76A 1SX7A 2LZMA 3HH3A 3LZMA 1PQIA 3PDSA 1SWYA 2HUMA 1L56A 1L96A 1QT7A 1L77A 1P6YA 3CDOA 1C60A 112LA 1QT3A 129LA 189LA 1DYEA 2OEAX 1C6GA 1C6JA 1T6HA 1C6TA 3HTFA 1P37A 4DAJA 4EKPA 254LA 1L95A 140LA 1L20A 138LA 2QARC 188LA 3GUKA 3HH5A 1L71A 258LA 1L0JA 4LDLA 1CTWA 1G07A 220LA 1L99A 161LA 1NHBA 2Q9EA 233LA 3OE6A 235LA 4I7TA 147LA 1L07A 3FI5A 1P64A 1L82A 2RBNA 1LWGA 3GUJA 260LA 2RBRA 1OYUA 1PQKA 175LA 1QUOA 1D3JA 163LA 2B6WA 4GRVA 4I7KA 4AQNA 1T97A 1CX6A 4ARMA 248LA 1L08A 1XJTA 3RUNA 1LYFA 1OWZA 3FADA 1L44A 3C8QA 3RZEA 1LYEA 1L97A 216LA 148LE 1L43A 110LA 3DN4A 1QTZA 3D4SA 4OO9A 1D3FA 1L00A 3C82A 139LA 171LA 2ANXA 4PK0A 109LA 1C6NA 1C61A 119LA 3DMXA 1G0MA 4PJZA 6LZMA 2B70A 166LA 1L51A 2Q9DA 3GUNA 1QTCA 3HH4A 1L64A 1C6CA 211LA 1KW5A 2B6TA 1CU3A 218LA 162LA 184LA 1L15A 3SB5A 4LDOA 1L92A 1L02A 1CU2A 1JTNA 3CDRA 231LA 1P2RA 3EMLA 2B6XA 2O7AA 2RAYX 3L64A 1L04A 1T8GA 3HT7A 2OTZX 1L16A 1L0KA 122LA 2F47A 213LA 4ARQB 3C8SA 1G1WA 149LA 1L93A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WM5A 1A2YC 5KXWA 1QTEA 5KXNA 1JSEA 3J6KA 1C7PA 2MEAA 1LYZA 1C66A 2B6ZA 2EQLA 4NHPA 1GEZA 1L12A 165LA 131LA 1L47A 4FDYA 247LA 4J1AA 3HUQA 1LHIA 1PZYA 1DYDA 1QS5A 1L48A 1GFVA 3MGWA 2DQAA 1KXXA 2D4KA 1C6MA 1L80A 3ULRA 1GE0A 2IHLA 4GLVA 1B9OA 3LN2A 1LJJA 4NSJA 1HEQA 1G7HC 1TCYA 1CV3A 1GFUA 4KPMA 1RJCB 228LA 4NSIA 3AYQA 3WU9A 2HEAA 3IJUA 3ODUA 4I7PA 4TSCA 1C6LA 3LYZA 1J1OY 1MELL 1L21A 2HUBA 229LA 1HNLA 1KXYA 143LA 4WG7A 3AW7A 5KXXA 1HEWA 1IORA 2VB1A 1W08A 4NGLA 4W59A 2RB2X 2RBSA 2ZIJA 4N0JA 5HNLA 4OWHA 102LA 1JUGA 1IEEA 3GULA 5C6JA 1LI2A 222LA 3CDQA 4WM1A 1LMNA 3AJNA 1QUTA 1P46A 1C6EA 4L41A 1EQEA 239LA 1HC0A 4GN4A 3M3UA 1LKRA 1OV5A 1G0GA 2CDSA 2Z6BA 1L26A 1KNIA 3G3VA 4IATA 193LA 2BQOA 1KY1A 1L74A 1YL0X 1LYJA 5KKJA 1LZYA 1AKIA 1L38A 4W56A 1C6HA 3HT6A 4ZPUA 3VW7A 1OVJA 1CV0A 1VDPA 1C64A 130LA 1L10A 1HEMA 1GBXA 4DQ7A 1L91A 4G4CA 1B7QA 2W1MA 2DQDY 1UACY 3OE0A 170LA 1LMCA 1L25A 5HLLA 5I4WA 1GBOA 1CKHA 1LKSA 1NBZC 257LA 1C68A 5F16A 169LA 5L9JA 1KS3A 5E4PA 205LA 1ZURA 3OJPA 1JKCA 4ZEEA 4QGZA 4YOPA 4E97A 2ANVA 5FCPA 1LW9A 4HJYA 4DWXA 3WPJA 3A8ZA 1L22A 5DN4A 1ZVHL 1GFRA 4GLAA 5T3FA 1HFYA 2RAZX 1B5XA 1GEVA 103LA 3HT9A 1UC0A 114LA 4D9ZA 1GDXA 3SBBC 1CU5A 1OUBA 1LZ4A 190LA 2ZNWY 4I8SA 3LYMA 4LYTA 1GFHA 245LA 1SWZA 4PRQA 2OTYX 2B75A 5I5QA 5FELA 3DN6A 4WLXA 120LA 1HFZA 1H87A 4HSFA 2O79A 5LVGA 1F0WA 1LHHA 1L67A 1L94A 5LXWA 3EO5A 1CJ8A 5A3ZA 4TWSA 1L46A 4G49A 1GDWA 2HEFA 1KW7A 2BQFA 3CQLA 3FI7A 256LA 5LVJA 4NHTA 1LHJA 1B7NA 3AGHA 4H8XA 1REXA 1CKGA 1QDRA 4ARJA 1LGXA 1WTHA 4E3UA 2DQEY 3NY9A 3WW6A 3SB8A 1G0QA 4W53A 1L61A 1IY4A 1JKAA 3A6BY 5J7CA 1IWZA 4EMNA 3GUPA 3C7YA 3GXKA 1B5UA 4DD7A 1CV5A 5LA8A 230LA 2D91A 181LA 3N9EA 4ETDA 244LA 1LJKA 2EPEA 1UIDA 1CV1A 1I56A 1IC4Y 1L81A 1GFEA 2OU8A 1XGTC 3C7ZA 1IOTA 2HU1A 197LA 2DQGY 1SWYA 5I53A 1L77A 112LA 1KIPC 189LA 2I6ZA 5B1FA 1C6JA 4N1EI 1T6HA 4GN5C 4Z46A 3HTFA 3WU8A 3RNXA 2BQKA 1DQJC 254LA 3QE8A 5F14A 1L20A 2QARC 3GUKA 3EMSA 1GHLA 2CJLA 4LDLA 2MEGA 4B0DA 3D9AC 1XEJA 233LA 235LA 1L07A 2RBNA 1GF0A 1LWGA 260LA 1OYUA 1XSFA 1LZGA 163LA 4XYYA 4GRVA 3CT1A 1LOZA 1CX6A 4KL7A 1D6PA 4M6DA 4B49A 4DD2A 1XJTA 1OWZA 4MCKA 4HV1A 1B5ZA 110LA 1V7TA 1QUSA 3DN4A 1GWDA 1XGQC 4DT3A 171LA 2ANXA 5II3A 1E8LA 4FJRA 119LA 3DMXA 166LA 2Q9DA 4B4IA 4WM6A 1L64A 3E3DA 1C6CA 1KW5A 1ZVYB 1CU3A 3TMUA 3SB5A 1L15A 1L02A 2BQBA 3EMLA 3ZVQA 5FEKA 2B6XA 4NGVA 2BLYA 1GB3A 1T8GA 1LZRA 1TBYA 2ZQ4A 4H8ZA 4H8YA 1LSCA 1GB0A 3TXHA 4ARQB 2D4JA 4LT0A 1IWTA 6LYZA 2ZYCA 1HELA 1LSBA 1UUZC 2B5ZA 1GB8A 1GD6A 1GB7A 4GN3A 2NTHA 2DQHY 4AXTA 1LMAA 1BQLY 1GPQC 3A3QA 262LA 1L06A 2LZTA 173LA 7LYZA 125LA 2I26L 160LA 1LMOA 4PGJB 5APEA 1G1VA 3OK0A 1G06A 1REZA 2LZ2A 1J1PY 210LA 4Z98A 3V2YA 4H9IA 1GE4A 200LA 1JHLA 1LCNA 3W6CA 1JKDA 4I7MA 4XADA 1UICA 1YANA 4W55A 4BAFA 1C6BA 1Z55A 4NG8A 1CKCA 1LSPA 153LA 4EOFA 2OE7X 1UIBA 1PQJA 4W57A 192LA 5I4YA 2F4GA 3SP3A 3WVYA 3ATNA 4H94A 3A94A 1LWKA 1QSQA 1C08C 3TXEA 1FLYA 1L73A 3SB6A 3G3AB 4WLYA 1C10A 1DPXA 1CNSA 1WQOA 1LSZA 1LSYA 4K5YA 3TXKA 3DNAA 2C8OA 4W51A 2ZIKA 1VATA 4I0CA 3NYAA 1L88A 2LHMA 1QSAA 1UBZA 221LA 1GFGA 4ETAA 1IR8A 199LA 1DKKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WM5 A;  1A2Y C;  5KXW A;  1QTE A;  5KXN A;  1JSE A;  3J6K A;  1C7P A;  2MEA A;  1LYZ A;  1C66 A;  2B6Z A;  2EQL A;  4NHP A;  1GEZ A;  1L12 A;  165L A;  131L A;  1L47 A;  4FDY A;  247L A;  4J1A A;  3HUQ A;  1LHI A;  1PZY A;  1DYD A;  1QS5 A;  1L48 A;  1GFV A;  3MGW A;  2DQA A;  1KXX A;  2D4K A;  1C6M A;  1L80 A;  3ULR A;  1GE0 A;  2IHL A;  4GLV A;  1B9O A;  3LN2 A;  1LJJ A;  4NSJ A;  1HEQ A;  1G7H C;  1TCY A;  1CV3 A;  1GFU A;  4KPM A;  1RJC B;  228L A;  4NSI A;  3AYQ A;  3WU9 A;  2HEA A;  3IJU A;  3ODU A;  4I7P A;  4TSC A;  1C6L A;  3LYZ A;  1J1O Y;  1MEL L;  1L21 A;  2HUB A;  229L A;  1HNL A;  1KXY A;  143L A;  4WG7 A;  3AW7 A;  5KXX A;  1HEW A;  1IOR A;  2VB1 A;  1W08 A;  4NGL A;  4W59 A;  2RB2 X;  2RBS A;  2ZIJ A;  4N0J A;  5HNL A;  4OWH A;  102L A;  1JUG A;  1IEE A;  3GUL A;  5C6J A;  1LI2 A;  222L A;  3CDQ A;  4WM1 A;  1LMN A;  3AJN A;  1QUT A;  1P46 A;  1C6E A;  4L41 A;  1EQE A;  239L A;  1HC0 A;  4GN4 A;  3M3U A;  1LKR A;  1OV5 A;  1G0G A;  2CDS A;  2Z6B A;  1L26 A;  1KNI A;  3G3V A; 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