1CV0A

T4 lysozyme mutant f104m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVMQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv0A00
4W59A 1L84A 240LA 4PJZA 262LA 229LA 1C6AA 175LA 1L26A 230LA 1L16A 1CX7A 1L09A 196LA 2OU8A 3DN6A 3OE8A 4OO9A 1L97A 4S0WA 3DN3A 1L65A 1KW5A 3NY9A 1P3NA 2B6ZA 3HH6A 1QTBA 254LA 3DNAA 216LA 214LA 3HDFA 3NYAA 3G3VA 2B6TA 155LA 161LA 259LA 1L31A 3SB7A 1L62A 4EJ4A 3HTBA 1CV3A 1L30A 2Q9DA 227LA 1C61A 1DYEA 2QB0B 4W51A 1G0KA 1L43A 1PQIA 2RAZX 3DN2A 3UONA 1L86A 1PQOA 4LZMA 1C6JA 3HT7A 4ARQA 1L46A 3HTDA 2OE9X 237LA 4E97A 222LA 1C6PA 2L78A 127LA 148LE 2RH1A 2HUMA 1L34A 4ARMB 1K28A 4W56A 3SB8A 102LA 1LGUA 1L49A 3C81A 3HDEA 1NHBA 1QSBA 1DYCA 4GBRB 3NY8A 1LGWA 4EPIA 1L91A 1LW9A 4I7JA 149LA 2F47A 257LA 1SSYA 187LA 1LYFA 1SWYA 2B74A 1QSQA 1QTZA 1SX7A 165LA 1C6QA 1D3NA 1CX6A 1L53A 2B6WA 1L58A 2NTGA 1L50A 4YX7C 1QT6A 1QUGA 1T6HA 3HH5A 1D9WA 1L41A 123LA 4W57A 234LA 1L14A 2B6XA 1L04A 3C8RA 4GRVA 3HH3A 1L36A 246LA 1QTHA 1G0LA 1L0KA 2ANXA 1L71A 3CDVA 1SWZA 2ANVA 114LA 1KW7A 2LCBA 3GULA 160LA 1LLHA 1P2LA 1T8AA 110LA 1QT7A 1LYGA 190LA 1P7SA 164LA 3FA0A 1P56A 1C6EA 1C6LA 1CV0A 253LA 2B72A 1L18A 236LA 1L77A 1QS5A 1L60A 1C64A 1D3FA 2NTHA 4LDLA 3L2XA 211LA 3GUIA 122LA 1C6DA 1QTVA 209LA 249LA 1L92A 4IAPA 176LA 1CU3A 1L59A 150LA 1PQMA 125LA 163LA 1G0MA 245LA 221LA 1C6MA 156LA 2RB1X 2O79A 2F32A 4ARMA 1QT8A 1L07A 1G0QA 1L37A 2B6YA 1LPYA 3OE0A 3HTGA 2F2QA 1JTNA 3CDTA 3SBAA 1DYGA 1KY0A 1L82A 3C8QA 213LA 1T8GA 231LA 1C62A 4ARJA 1L79A 1L10A 1L44A 201LA 233LA 3GUJA 1C69A 1DYDA 1ZURA 1L27A 185LA 1OWZA 1C68A 4ZPUA 1D3JA 2LZMA 1L01A 3C7ZA 4I7RA 1L64A 2RAYX 1KY1A 1C6CA 1L06A 3C8SA 4W58A 215LA 1QT4A 3GUMA 3SB5A 4I7LA 1L87A 1C66A 220LA 206LA 5I14A 1QTCA 3DN0A 146LA 3PDSA 224LA 2HUKA 1L95A 1CTWA 2OTZX 1L54A 1LYDA 1L52A 3OE9A 128LA 4EKQA 4ARPA 1L55A 4EKPA 1L13A 3HUKA 2CUUA 1PQKA 3C82A 1C67A 1OVJA 180LA 3SBBC 1L48A 1T8FA 189LA 162LA 3HT8A 3JR6A 2RBPA 7LZMA 3V2YA 104LA 3C80A 1LI2A 1CU5A 1P5CA 3PBLA 2RB0X 1CV1A 111LA 2RBRA 1G0PA 1L40A 177LA 3SB9A 232LA 1CUQA 1L67A 1L73A 1P6YA 4I7TA 1L98A 130LA 1DYFA 225LA 181LA 4W52A 1XJTA 3D4SA 1C6FA 2Z6BA 2OE7X 251LA 141LA 1L80A 3HH4A 1L69A 1P36A 3RUNA 1L19A 3DMZA 139LA 1QUOA 1L74A 242LA 6LZMA 2A4TA 4DKLA 199LA 4I7OA 191LA 1L03A 198LA 178LA 1CUPA 3GUNA 3G3XA 144LA 1LYEA 1LYIA 1ZWNA 120LA 183LA 1L29A 143LA 1I6SA 3HUAA 2B70A 2B73A 1LI3A 171LA 3DN4A 212LA 1L11A 1LWGA 118LA 1QUHA 1C65A 3DN1A 248LA 3GUPA 261LA 217LA 255LA 3GUOA 1OVHA 1L68A 1KNIA 223LA 1L96A 3CDQA 157LA 1L28A 3LZMA 1JQUA 1L99A 1L15A 3CDOA 252LA 1CU2A 1G07A 1L42A 1OVKA 1CV4A 113LA 3F8VA 2B75A 126LA 1L93A 168LA 1L25A 210LA 1L17A 260LA 3FADA 1CU0A 3K2RA 192LA 112LA 1P37A 1QTDA 2LC9A 3HWLA 3L64A 3CDRA 2OTYX 1L00A 1L90A 3QAKA 1L21A 1T97A 1ZYTA 2HULA 3F9LA 1EPYA 174LA 4I7NA 1PQJA 4EKSA 3C7WA 1B6IA 218LA 1LI6A 4EKRA 1L88A 145LA 129LA 239LA 1L08A 131LA 4DJHA 1L83A 1QUDA 4K5YA 1WTHA 4YXCA 4LDEA 228LA 1PQDA 1G1VA 2RBSA 219LA 1LWKA 3V2WA 186LA 1L72A 2RBOA 1G0GA 258LA 4W55A 1C60A 1L02A 1L32A 169LA 4I7PA 3HT9A 152LA 4EPFA 137LA 1G06A 147LA 1L89A 4EXMA 205LA 172LA 3DMVA 250LA 2OEAX 1P64A 1LGXA 200LA 1L22A 3SB6A 1XEPA 4PK0A 3G3WA 195LA 1LYJA 3HU9A 1L12A 1DYAA 2IGCA 238LA 3HTFA 1C6KA 1KS3A 1L76A 2RB2X 166LA 3C7YA 3VW7A 2B7XA 2O7AA 1XJUA 1G0JA 1QS9A 170LA 1DYBA 3HUQA 1L66A 1CVKA 4I7KA 4I7SA 3ODUA 2Q9EA 1L35A 138LA 1QT3A 1L20A 2OU9A 1L0JA 2RBQA 247LA 256LA 4ARLA 244LA 1OV5A 173LA 3DMXA 3DKEX 2O4WA 1P46A 1CU6A 1L51A 1C6NA 107LA 235LA 1L47A 197LA 4I7QA 1C63A 1L05A 2RBNA 3HT6A 151LA 1D2WA 3DN8A 1QT5A 3SN6R 1C6TA 1SX2A 1D2YA 1L75A 1TLAA 158LA 4DAJA 1L61A 1G1WA 1L39A 3OE6A 3C83A 1L94A 109LA 243LA 1CV5A 4W53A 1C6IA 3EMLA 159LA 1L63A 103LA 1L56A 4LDOA 2OE4X 241LA 3FI5A 1C6GA 1OYUA 1LYHA 2QARC 1L33A 1OV7A 3HU8A 5LZMA 2OU0X 4ARQB 184LA 1L85A 1JTMA 142LA 1L23A 226LA 108LA 1L38A 1L24A 3GUKA 3RZEA 1C6HA 4YXAC 1OWYA 1D3MA 1L45A 182LA 1L57A 4I7MA 1L81A 167LA 115LA 1SSWA 4W54A 1CV6A 4AQNA 1P2RA 140LA 188LA 1C6BA 119LA 1L70A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GE3A 229LA 1C6AA 1L26A 1CX7A 4XJBA 4HPEA 1KW5A 1GFRA 1JTOL 1J1OY 214LA 1GE1A 5KKIA 1XFPL 1VDQA 3SB7A 1IP1A 3WUNA 1JEFA 1OUCA 1L30A 2Q9DA 5FDJA 2Z37A 5FEKA 2QB0B 1DXJA 4NGYA 4Z3MA 1GAZA 3WL2A 1PQIA 2N5ZA 3DN2A 1L86A 3HBDA 4LZMA 4Z41A 3HT7A 1L46A 1OUIA 194LA 4E97A 222LA 1DKKA 1C6PA 1DPXA 4IJ4A 148LE 1XGTC 1LKRA 1LGUA 1LYYA 1OUFA 4WO9A 3HDEA 2XBRA 4CHXA 2DQIY 1IWWA 1GF5A 2F4GA 149LA 4GCCA 1EQ4A 1SSYA 5LXWA 2B74A 4DDAA 1SX7A 165LA 1C6QA 4G4HA 1UICA 1D3NA 1L53A 1L58A 1QT6A 4B1AA 4FJRA 1G0LA 1L0KA 135LA 114LA 3W3EA 2LCBA 3GULA 1NKHA 1JWRA 2XBSA 1QT7A 4G4BA 7LYZA 1L77A 3VWOA 4H9IA 1L60A 211LA 1G7JC 3GUIA 5B1GA 5KXWA 249LA 1IR7A 1L92A 1L59A 1LHLA 1PQMA 3WXUA 4II8A 1UIHA 4ARMA 1QT8A 1L07A 1G0QA 3D9AC 5LYZA 4N8ZA 3OE0A 1HENA 3CDTA 1L82A 1OUHA 4PRUA 1CKFA 1GF0A 1NBYC 2MEAA 1DYDA 1LSYA 5LAFA 1RCMA 1B5YA 4N1CC 2LZ2A 1UIBA 1KY1A 1C6CA 3GUMA 4OW1A 1KXYA 5I14A 1JIYA 1WQPA 224LA 2HUKA 1WQMA 2ZQ3A 4HSFA 5DL9A 3AGHA 4WM2A 1LJGA 1AT5A 2EQLA 1GFKA 2EIZC 4EKPA 5KXOA 1C67A 2YSSC 4R6CA 3SBBC 1L48A 1VATA 3HT8A 1A4VA 1IOQA 2RBPA 7LZMA 1HC0A 104LA 1ALCA 2IFFY 3A94A 1C45A 1HELA 207LA 1WTNA 2X0AA 1CU5A 1IORA 1J1XY 4WM5A 4Z46A 2RBRA 1IWUA 5F16A 3CSQA 1NHEA 1P6YA 4I7TA 1LZYA 5I4WA 1LSGA 1DYFA 4J1AA 1UIDA 3CT1A 1XJTA 1C6FA 1L80A 3QE8A 1L69A 4W94A 1C08C 1UBZA 139LA 1QUOA 1XEKA 5I54A 3FE0A 1HF4A 2YBLA 199LA 4WM4A 3A3QA 191LA 3B6LA 178LA 3GUNA 1GB9A 4LYOA 5KXTA 1LHIA 4LYMA 1LHMA 2MEIA 3EXDA 1IY3A 1GB6A 4GN4A 2CDSA 1LZ4A 1OUGA 4NGZA 4LYCA 4B4EA 255LA 223LA 3CDQA 1L28A 3LZMA 3CDOA 2BQCA 4LGKA 3SP3A 126LA 2ZIJA 1NBZC 210LA 1G7IC 3K2RA 3LYZA 4WLXA 1RJCB 3QAKA 5FHWA 3LHMA 1DQJC 1JJ1A 5LVJA 1LJ3A 3C7WA 1LI6A 1IO5A 1L88A 145LA 1XSFA 129LA 131LA 4DJHA 2D4KA 4EMNA 5A3EA 4WMGA 3J6KA 1HHLA 1LKSA 2DBTA 1GBXA 258LA 4DQ7A 2C8OA 1UCOA 4J1BA 137LA 1WQNA 1G06A 1YILA 4RLNA 4EXMA 3QNGA 4DDCA 172LA 1HERA 4WOAA 1QSAA 1LCNA 1L22A 2NWDX 3SB6A 3G3WA 195LA 4NGWA 1L12A 1LZNA 1GBSA 1UACY 1FDLY 3W6DA 2RB2X 1VAUA 166LA 1LSEA 1QS9A 1CVKA 2LYZA 4I7SA 1B5XA 247LA 3W6CA 1LOZA 1IY4A 1OV5A 3DMXA 1LJEA 2O4WA 3A91A 2W1MA 3G3AB 1YKZX 1L47A 197LA 2D4JA 1C63A 5F81A 1SX2A 1TLAA 2B5ZA 3HBHA 3AW6A 4FDYA 1LZRA 1L94A 2D4IA 3TMUA 2MEBA 1C6IA 1L63A 4GLAA 103LA 4LYBA 1L56A 4H8ZA 3FI5A 1GFEA 1C6GA 1OYUA 1LYHA 1OV7A 5LZMA 3RW8A 4ARQB 1YIKA 1JTMA 5KXSA 2LHMA 1HFXA 1GDWA 1H6MA 1GPQC 1EL1A 2LZTA 4OWHA 2HEDA 3P64A 5I4YA 1LJHA 1L57A 1B7OA 4I7MA 2BLYA 4AQNA 1P2RA 1YKXX 140LA 3IJUA 1LTMA 157LA 119LA 1FN5A 4GCEA 1W08A 230LA 4MCKA 1L09A 1YAQA 4RW2A 5KXRA 4NGLA 196LA 3A8ZA 3DN3A 4NIJA 2ZNXY 4QEQA 1P3NA 254LA 3DNAA 1LJFA 3HDFA 1FKQA 3QY4A 2I25L 5M1YA 1H87A 3NYAA 3G3VA 1LHJA 2W1LA 155LA 161LA 4GLVA 1L62A 1C46A 3HTBA 3ZVQA 1NF5A 134LA 227LA 1TEWA 5HQ1A 1DYEA 4W51A 1HEWA 2BQKA 2ZQ4A 1G0KA 2RAZX 4U3XB 4PGJB 1JJ0A 1GFVA 237LA 1UIAA 1LZDA 3AW7A 4W56A 2HU3A 102LA 1GB8A 1GAYA 3C81A 1QUTA 1HEOA 2G4PA 3BKHA 4X3BA 1DYCA 4GBRB 1NDGC 3WPLA 1LW9A 153LA 4I7JA 4G49A 4YEMA 4LYTA 257LA 187LA 1NDMC 4OOTA 4YEOA 3TXDA 1CX6A 1T6VL 3RT5X 2EPEA 1G7LC 1T6HA 2H9KA 4XN6A 123LA 5KXKA 234LA 4GRVA 1L36A 1QQYA 3ZEKA 2ANXA 1RE2A 3CDVA 2ANVA 160LA 1LLHA 3MGWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GE3 A;  229L A;  1C6A A;  1L26 A;  1CX7 A;  4XJB A;  4HPE A;  1KW5 A;  1GFR A;  1JTO L;  1J1O Y;  214L A;  1GE1 A;  5KKI A;  1XFP L;  1VDQ A;  3SB7 A;  1IP1 A;  3WUN A;  1JEF A;  1OUC A;  1L30 A;  2Q9D A;  5FDJ A;  2Z37 A;  5FEK A;  2QB0 B;  1DXJ A;  4NGY A;  4Z3M A;  1GAZ A;  3WL2 A;  1PQI A;  2N5Z A;  3DN2 A;  1L86 A;  3HBD A;  4LZM A;  4Z41 A;  3HT7 A;  1L46 A;  1OUI A;  194L A;  4E97 A;  222L A;  1DKK A;  1C6P A;  1DPX A;  4IJ4 A;  148L E;  1XGT C;  1LKR A;  1LGU A;  1LYY A;  1OUF A;  4WO9 A;  3HDE A;  2XBR A;  4CHX A;  2DQI Y;  1IWW A;  1GF5 A;  2F4G A;  149L A;  4GCC A;  1EQ4 A;  1SSY A;  5LXW A;  2B74 A;  4DDA A;  1SX7 A;  165L A;  1C6Q A;  4G4H A;  1UIC A;  1D3N A;  1L53 A;  1L58 A;  1QT6 A;  4B1A A;  4FJR A;  1G0L A;  1L0K A;  135L A;  114L A;  3W3E A;  2LCB A;  3GUL A;  1NKH A;  1JWR A;  2XBS A;  1QT7 A;  4G4B A;  7LYZ A;  1L77 A;  3VWO A;  4H9I A;  1L60 A;  211L A;  1G7J C;  3GUI A;  5B1G A;  5KXW A;  249L A;  1IR7 A;  1L92 A;  1L59 A;  1LHL A;  1PQM A;  3WXU A;  4II8 A;  1UIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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