1CV1A

T4 lysozyme mutant v111m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGMAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv1A00
5LZMA 1LW9A 4EKRA 1C6CA 1CUQA 1L91A 142LA 1L56A 1LGXA 146LA 1G06A 1LWKA 4W53A 1L52A 3RZEA 1L04A 104LA 1KS3A 2ANVA 1T8GA 4W52A 3L64A 1P5CA 1SX2A 1C6QA 3F9LA 4I7SA 1LYIA 4PK0A 1L70A 1L42A 199LA 1OVHA 3DN0A 1CU0A 1KW7A 233LA 148LE 1K28A 1QTHA 1PQDA 205LA 2O7AA 1L55A 111LA 1L30A 255LA 1P7SA 122LA 2OTYX 1L76A 195LA 1DYBA 4EJ4A 1L32A 1L00A 3G3XA 1LGWA 1L59A 4I7KA 4DAJA 212LA 1L01A 2IGCA 184LA 1C69A 2QARC 1LLHA 3SB8A 1L41A 1L80A 110LA 156LA 1QUGA 2HUMA 247LA 170LA 1XEPA 200LA 1L65A 140LA 228LA 218LA 1L10A 1C6GA 3C82A 157LA 137LA 125LA 1L37A 1P46A 3HTGA 2RBOA 3HDEA 1L87A 226LA 1CV0A 1QSBA 4I7MA 248LA 1L57A 165LA 216LA 1T6HA 1G0GA 3GULA 220LA 3DN1A 1WTHA 3NY9A 1L86A 2RH1A 1L36A 175LA 1DYCA 1P64A 1C6AA 1L73A 1G0PA 230LA 1L79A 161LA 2RAYX 1G1WA 235LA 3SB7A 1C6BA 3G3VA 1L21A 1L09A 1QTDA 4E97A 181LA 3HTFA 231LA 2LZMA 4I7QA 1L11A 2ANXA 3DMVA 4K5YA 1C60A 1SSYA 3PBLA 4PJZA 1KW5A 1P3NA 118LA 1L63A 1D3FA 1OVJA 1CV5A 1L17A 108LA 1L24A 2OU9A 3HUKA 1DYAA 259LA 4W55A 241LA 2OU0X 1L14A 1PQIA 3HTDA 1JQUA 4I7TA 224LA 4ARPA 3SBAA 3UONA 3C81A 1L05A 185LA 1L06A 1L23A 1L64A 119LA 1QTVA 251LA 1L96A 4I7OA 1P2LA 1TLAA 2NTHA 2B72A 151LA 168LA 225LA 1D2YA 245LA 1CVKA 3FA0A 3CDVA 2OE7X 1L61A 1CV3A 1QS9A 2B6XA 2HULA 3QAKA 2O79A 3GUKA 209LA 213LA 1L47A 130LA 229LA 1CU2A 190LA 1L28A 1L25A 1G07A 188LA 1L54A 242LA 1C6EA 1LGUA 6LZMA 3NYAA 4ARMA 236LA 3OE9A 2B73A 1C61A 1T8AA 1L31A 1C67A 3GUOA 150LA 2RBNA 2RB2X 1L13A 1L97A 173LA 1CU3A 1L75A 3SN6R 4LDEA 115LA 238LA 1L40A 1L02A 113LA 3HDFA 144LA 1I6SA 1QTCA 3C83A 3G3WA 1C6KA 210LA 1CU6A 1L50A 3DNAA 3HUQA 1XJTA 4I7PA 254LA 1G0QA 250LA 1QT7A 1CX7A 1CTWA 2O4WA 1CUPA 178LA 1L81A 234LA 1C6TA 244LA 3F8VA 1DYGA 1L58A 2B70A 256LA 1C6NA 4YXCA 3CDQA 1LYFA 3OE8A 1L45A 1G0KA 3HT6A 176LA 114LA 1B6IA 1L90A 3C7YA 1L51A 223LA 1C68A 3D4SA 3ODUA 2B75A 3DN4A 3GUJA 4YXAC 4I7JA 4EXMA 3SB9A 1L92A 1SWZA 217LA 1L69A 239LA 1ZWNA 3HH6A 1L07A 159LA 1L48A 2B74A 1QTZA 2B6WA 2F2QA 4I7LA 1L22A 4GRVA 4YX7C 109LA 2LCBA 1QT6A 172LA 177LA 1JTNA 4GBRB 4OO9A 4W54A 3CDOA 152LA 158LA 2OEAX 1L89A 1L27A 2QB0B 2L78A 2NTGA 1L77A 2Q9DA 1CV6A 1L85A 1L34A 3OE0A 1P56A 1KNIA 240LA 1QUOA 1ZYTA 1T97A 4I7NA 206LA 4EPIA 2RBSA 107LA 4ARQA 1L72A 2RAZX 1L74A 182LA 3CDTA 1CX6A 2OE4X 2OE9X 3C8RA 1C6JA 191LA 3DN6A 2RBQA 1D9WA 1QT3A 3HT9A 3C80A 3HT8A 167LA 4EPFA 3SBBC 1C6LA 1PQOA 1L66A 258LA 1L03A 1PQMA 196LA 221LA 1L98A 1L71A 3NY8A 1P37A 1LI2A 1XJUA 3C8SA 1L16A 1L67A 2OU8A 3DN3A 3GUNA 149LA 1EPYA 3HT7A 1LYEA 4ZPUA 3CDRA 126LA 3GUPA 1CV1A 4EKSA 198LA 180LA 1T8FA 1C6HA 1L0KA 2LC9A 1L62A 1QT4A 1ZURA 187LA 2Q9EA 257LA 232LA 2B6ZA 3DKEX 1LWGA 3SB6A 3C7WA 246LA 1L53A 112LA 1QT5A 1KY1A 1G1VA 183LA 1C64A 1DYDA 1KY0A 1L08A 1QUHA 1SSWA 103LA 1L33A 120LA 4EKQA 1QS5A 1L12A 1L95A 222LA 3JR6A 1C6FA 3EMLA 3DN2A 1QSQA 1G0LA 1JTMA 4EKPA 2A4TA 3GUIA 3HWLA 1C66A 141LA 1G0JA 1P2RA 4ARQB 4W51A 1L82A 2RBRA 3SB5A 1L35A 1LYHA 192LA 1G0MA 102LA 2OTZX 4ARJA 3HU9A 2Z6BA 1CV4A 1OWYA 1L60A 3L2XA 3HUAA 4ARLA 1D3NA 1L44A 169LA 2RBPA 131LA 1OV5A 1C65A 1SX7A 1L88A 4DJHA 1QUDA 1L93A 249LA 227LA 147LA 211LA 1C6IA 3DN8A 171LA 1L99A 1C6PA 3V2YA 3HH5A 262LA 1LYJA 237LA 260LA 3OE6A 186LA 1OVKA 139LA 214LA 1LI3A 2RB1X 1LPYA 4AQNA 4W57A 1SWYA 243LA 160LA 3FADA 1L46A 1L94A 145LA 3DMZA 3HH3A 1D3JA 1D3MA 1OV7A 1L19A 253LA 3C7ZA 1L49A 1C62A 4ARMB 1D2WA 197LA 164LA 1L0JA 1P36A 1P6YA 1C63A 2RB0X 3DMXA 4DKLA 1OWZA 128LA 3FI5A 3LZMA 1L38A 3VW7A 1L15A 4W58A 1PQJA 2F47A 3PDSA 4S0WA 143LA 261LA 4I7RA 3RUNA 127LA 1L18A 163LA 1NHBA 1PQKA 1LI6A 2B6YA 1C6DA 2F32A 3K2RA 1L20A 2CUUA 1DYEA 155LA 162LA 4IAPA 189LA 1QTBA 4LZMA 3C8QA 2B7XA 1L68A 1QT8A 219LA 5I14A 1DYFA 3HTBA 4LDOA 129LA 4W56A 2B6TA 3HU8A 1CU5A 7LZMA 4LDLA 3V2WA 1LYGA 1L43A 252LA 1L26A 3HH4A 166LA 1L29A 215LA 3GUMA 174LA 1LYDA 1L39A 2HUKA 201LA 4W59A 123LA 1L83A 138LA 1L84A 1OYUA 1C6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W3EA 1FKQA 4BAPA 2HECA 4WLDA 4YM8A 142LA 2W1LA 5LYTA 1C6QA 3RU5A 1CU0A 3QE8A 205LA 2O7AA 4X3BA 3A3QA 255LA 2OTYX 2DQGY 195LA 1DYBA 5I54A 2BQKA 4H8ZA 5KXYA 2YBMA 4DD9A 4I7KA 3AW6A 2IGCA 3WXTA 1C69A 4TWSA 1QUGA 247LA 170LA 1LSFA 1NBYC 1XEPA 2G4NA 1L65A 2BQJA 1L10A 4HJZA 1D9UA 2Z39A 3A8ZA 2RBOA 1L87A 226LA 1QSBA 4GCDA 165LA 216LA 3WVYA 2N5ZA 1T6HA 2DQJY 1OUDA 2DQFC 3TXDA 3GULA 4ETBA 4N5RA 1L86A 9LYZA 1L36A 4UWVA 5EBHA 3SP3A 1D6QA 4XN6A 1C6AA 1L73A 1NHEA 4B4JA 1QTKA 3SB7A 1L21A 4WL6A 4E97A 4YEMA 1EQ5A 4LYBA 2EPEA 2FYCA 2ANXA 4NGYA 4DDCA 1LYSA 1GB9A 2CGIA 1DYAA 1EQEA 4DD7A 1PQIA 1D6PA 4TTDA 5M1YA 185LA 1V7SA 1TDYA 4DD0A 5L9JA 1L96A 1GBSA 2MEFA 4OWAA 2BQNA 3IJVA 1OP9B 4UWUA 1WQNA 1CVKA 1MELL 3G3BB 2OE7X 1GFGA 2B6XA 4H9HA 2HULA 3QAKA 2NWDX 209LA 2ZYCA 2DQAA 5KXNA 130LA 4AGAA 1L28A 1L25A 2F4GA 4ETEA 4J7VA 4ARMA 1GE1A 135LA 1C67A 150LA 4XJFA 1UIGA 2RB2X 1WVVA 3AGHA 1L13A 4II8A 3WMKA 173LA 5LYZA 115LA 1LJ3A 238LA 4ETDA 1UIEA 4NSJA 3A34A 1GBXA 1QTCA 3CB7A 2ZIKA 1WQMA 2D4IA 4RDSA 1D0KA 3HUQA 1JTTL 1LZ6A 1G0QA 250LA 1QT7A 5T3FA 2O4WA 154LA 4J1BA 5LVGA 1GB5A 1XGTC 2MEGA 5KXLA 5ILCA 2Z2FA 4YXCA 1L45A 176LA 114LA 1B6IA 3C7YA 4W96A 1L51A 4QEQA 2MEHA 2BQOA 1XEKA 4OWCA 4LYOA 4YXAC 3TXGA 217LA 1SWZA 4A7DA 2B74A 4MCKA 3WUAA 4GN3A 3W6EA 1IORA 1JSFA 3WPKA 4GBRB 4B1AA 2DQIY 1NDMC 4P2EA 1ZVHL 3TMXA 2OEAX 2HU3A 1LJJA 2L78A 2Q9DA 1L85A 1BQLY 3OE0A 1IOQA 1VFBC 1TCYA 4R0FA 206LA 2RBSA 107LA 1G7IC 2A7FA 1L72A 4ARQA 1GB8A 5HMVA 1B5YA 4HTKA 2ZQ4A 4LFXA 4NGJA 1OQMA 3C8RA 191LA 1T3PA 4N9RA 3WVXA 3LYTA 5FELA 1YKYX 4WLTA 1LMPA 4ET9A 1LI2A 1B5XA 4G9SA 1UIBA 149LA 1DPXA 1GE0A 3RNXA 5KXMA 3GUPA 1CV1A 4EKSA 1T8FA 1P2CC 4E3UA 1L0KA 2LC9A 2W1XA 3A90A 4Z41A 1GHLA 4WMGA 1GDXA 3SB6A 246LA 1HC0A 3A94A 1LZ4A 1JHLA 4HTNA 3FI7A 1HENA 3RW8A 5F9UA 1JJ3A 1C64A 1DYDA 1BB5A 1HERA 4LGKA 4H90A 1GBWA 5APCA 1QS5A 2FYDA 1GBOA 1QSQA 2ZNXY 2A4TA 4M6DA 3GUIA 3EO5A 2ZYPA 1P2RA 1L82A 4TSCA 1LYHA 2Z37A 1OUIA 4ARJA 2Z6BA 1CJ6A 1SLYA 4ARLA 5KY1A 1DI3A 169LA 2RBPA 131LA 1OV5A 1C65A 5DN5A 3BKHA 1L93A 1C7PA 227LA 3E3DA 147LA 2XQOA 4HV2A 3RT5X 1L99A 3OE6A 1HEOA 1QDTA 5B59A 3FADA 1L46A 2F4AA 5A3EA 4HP0A 1UA6Y 2IFFY 1GEVA 1LYZA 1OV7A 1L19A 3TXHA 1L49A 1B5WA 1LMCA 3W6BA 1C45A 1G7MC 1P6YA 5B07A 2BQIA 1C63A 3DMXA 4WL7A 4GCBA 1L38A 4H9IA 2F47A 3CSRA 1O23A 1L18A 3CT0A 1GPQC 3LZTA 1XGPC 1GBYA 3K2RA 1BVXA 1HEPA 4LZMA 3B6LA 4QDNA 4H92A 5APDA 3B72A 1GFUA 1GFRA 3HU8A 5J7CA 5KXKA 5B06A 1KXWA 1GFVA 215LA 1LSGA 1LYDA 2Z12A 3P66A 1IIZA 1GAYA 1LW9A 1QIOA 4QGZA 1XGUC 2DKVA 1BGIA 1C6CA 1CUQA 6LYTA 1E8LA 1G06A 1L04A 1P5CA 1JJ0A 4XJDA 4DWXA 4I7SA 3WUNA 4GN5C 1L70A 1L42A 1OVHA 3DN0A 1LSZA 1QTHA 1PQDA 6LYZA 2W1YA 4WM6A 4WM2A 1B9OA 4PHIA 1IWZA 1VDPA 1GF5A 2QARC 1L41A 1L80A 110LA 2EIZC 2HUMA 4TSBA 1JIYA 200LA 140LA 228LA 5AMYA 218LA 157LA 125LA 1IC5Y 4NGVA 1LHIA 153LA 1IWXA 3HDEA 1QUTA 1PS5A 1YROA 248LA 1L57A 4UWNA 1N4FA 5KXZA 5LAGA 1G0GA 3WPJA 3NY9A 2LHMA 133LA 1OUCA 4B4EA 2RH1A 134LA 3EBAB 4LYMA 4BADA 175LA 2H5ZA 4N1CC 2CDSA 1JTOL 1B7MA 4DQ7A 3D9AC 1G1WA 1C6BA 2ZIJA 2BQDA 1L09A 1QTDA 181LA 1NWGA 4GN4A 1JJ1A 4OOTA 2LZMA 2D4JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W3E A;  1FKQ A;  4BAP A;  2HEC A;  4WLD A;  4YM8 A;  142L A;  2W1L A;  5LYT A;  1C6Q A;  3RU5 A;  1CU0 A;  3QE8 A;  205L A;  2O7A A;  4X3B A;  3A3Q A;  255L A;  2OTY X;  2DQG Y;  195L A;  1DYB A;  5I54 A;  2BQK A;  4H8Z A;  5KXY A;  2YBM A;  4DD9 A;  4I7K A;  3AW6 A;  2IGC A;  3WXT A;  1C69 A;  4TWS A;  1QUG A;  247L A;  170L A;  1LSF A;  1NBY C;  1XEP A;  2G4N A;  1L65 A;  2BQJ A;  1L10 A;  4HJZ A;  1D9U A;  2Z39 A;  3A8Z A;  2RBO A;  1L87 A;  226L A;  1QSB A;  4GCD A;  165L A;  216L A;  3WVY A;  2N5Z A;  1T6H A;  2DQJ Y;  1OUD A;  2DQF C;  3TXD A;  3GUL A;  4ETB A;  4N5R A;  1L86 A;  9LYZ A;  1L36 A;  4UWV A;  5EBH A;  3SP3 A;  1D6Q A;  4XN6 A;  1C6A A;  1L73 A;  1NHE A;  4B4J A;  1QTK A;  3SB7 A;  1L21 A;  4WL6 A;  4E97 A;  4YEM A;  1EQ5 A;  4LYB A;  2EPE A;  2FYC A;  2ANX A;  4NGY A;  4DDC A;  1LYS A;  1GB9 A;  2CGI A;  1DYA A;  1EQE A;  4DD7 A;  1PQI A;  1D6P A;  4TTD A;  5M1Y A;  185L A;  1V7S A;  1TDY A;  4DD0 A;  5L9J A;  1L96 A;  1GBS A;  2MEF A;  4OWA A;  2BQN A;  3IJV A;  1OP9 B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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