1CVKA

T4 lysozyme mutant l118a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSARMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cvkA00
3FA0A 3HTFA 1G1VA 3SB5A 1D3JA 1PQIA 4W58A 1SWZA 1C6EA 216LA 1P64A 1KS3A 3RUNA 1C6MA 183LA 3SB6A 3JR6A 1DYGA 4ZPUA 1DYDA 1L02A 260LA 123LA 1LI6A 1P2RA 2F2QA 1L27A 1LGWA 3CDOA 1QTCA 1L95A 1C6TA 3CDVA 201LA 189LA 223LA 1L01A 1CU3A 3OE6A 1PQDA 2RB1X 1T8AA 3SB8A 1C6GA 244LA 3DNAA 7LZMA 162LA 3LZMA 1T97A 3GUOA 120LA 1L65A 2OEAX 1G06A 1P2LA 2OU0X 4ARMB 147LA 3FI5A 1L72A 144LA 4EXMA 109LA 152LA 1C63A 4LDLA 3OE9A 141LA 1L43A 217LA 1TLAA 2B6XA 1QT5A 1L03A 3ODUA 1L80A 1L10A 1L05A 3C82A 243LA 3HUAA 1LLHA 1LYHA 3G3XA 107LA 253LA 224LA 1G0PA 1L40A 171LA 1C65A 1P7SA 1L89A 1LI2A 4W53A 1OVJA 1OVKA 1ZURA 1C67A 1L06A 1L37A 3HUKA 3DN3A 1KW5A 2O4WA 148LE 1CV0A 1D3FA 3GUIA 220LA 1C61A 1JTNA 1L87A 3FADA 2A4TA 3F8VA 1C6QA 1L84A 3PDSA 1CVKA 1L44A 210LA 3HH5A 2Z6BA 130LA 2OTYX 3CDTA 1LGXA 213LA 1D2WA 2ANVA 4PJZA 1ZWNA 127LA 2OTZX 4LZMA 1P6YA 3GUPA 175LA 3C8RA 1L62A 3DN6A 3C7WA 3HWLA 4DJHA 1L22A 4GBRB 1LYJA 1SSWA 227LA 1L94A 4I7PA 4S0WA 3RZEA 184LA 103LA 228LA 4I7RA 3V2YA 1SX7A 111LA 165LA 254LA 1P5CA 3NY9A 1KY1A 232LA 2OE9X 142LA 1T8FA 2CUUA 1L70A 1L53A 2NTHA 3SBBC 1L77A 3HT6A 4PK0A 1EPYA 196LA 187LA 3OE8A 1L04A 259LA 145LA 139LA 1LPYA 4I7SA 1L96A 218LA 3HU8A 4ARMA 1L23A 4EPIA 2RBSA 1L0JA 118LA 247LA 3HH6A 3G3WA 4ARQA 1L33A 169LA 240LA 137LA 1LYDA 221LA 1G0GA 1L76A 2LCBA 159LA 2QB0B 2OE4X 261LA 2B6TA 3GUNA 1LGUA 1NHBA 1L73A 122LA 3HH4A 1LYEA 1L79A 1KNIA 3NYAA 4YX7C 1G0KA 110LA 1C6AA 1L98A 150LA 1CUPA 1LW9A 4ARLA 199LA 3HTGA 3DN8A 115LA 1PQKA 1WTHA 1LYFA 1P46A 188LA 1L50A 3HTBA 4I7KA 4DKLA 1OV5A 3OE0A 146LA 249LA 1P3NA 1XJTA 2RBOA 164LA 178LA 157LA 1L51A 1QS5A 230LA 3F9LA 3HDFA 1L16A 1L52A 2NTGA 1CUQA 3GUKA 4I7TA 1L68A 3VW7A 1CV3A 4ARQB 248LA 1L66A 3C8SA 1L86A 2RB2X 3DMXA 1QT4A 252LA 3CDRA 1L0KA 1XEPA 1ZYTA 1L48A 149LA 2LZMA 126LA 1P37A 3C80A 2LC9A 1T6HA 4LDEA 3PBLA 1QTZA 1DYFA 1L30A 3SN6R 1L24A 2O79A 3DKEX 1C6FA 1L67A 4I7QA 1C6LA 190LA 4EJ4A 2RAZX 1JQUA 1L36A 4YXAC 1C6DA 1L15A 177LA 4W54A 3DN2A 1G07A 1L71A 255LA 219LA 1C69A 1C64A 102LA 2RBPA 1L26A 4I7MA 4W59A 2OU9A 1CTWA 4I7OA 191LA 1QTVA 2RAYX 2B74A 1L07A 1G0MA 3HT7A 4K5YA 1L11A 229LA 182LA 1JTMA 3V2WA 1L88A 3L64A 1OV7A 4I7LA 241LA 1CU5A 1LI3A 4W55A 3QAKA 1C66A 1L09A 2B70A 1C6BA 1L74A 1L46A 1L91A 173LA 4W56A 4DAJA 161LA 2B72A 160LA 2B6YA 2HUMA 1OWYA 3G3VA 125LA 209LA 181LA 3DN1A 3DMVA 1L41A 3C7ZA 2IGCA 3EMLA 192LA 185LA 129LA 3DMZA 1OYUA 1L21A 1SX2A 1LYGA 151LA 143LA 112LA 214LA 1L85A 1L28A 1L08A 1CV5A 212LA 163LA 1SSYA 197LA 1L61A 3HDEA 1L63A 3NY8A 186LA 1OWZA 231LA 2RBRA 1D3MA 3K2RA 1L55A 1I6SA 4I7NA 3C83A 2B7XA 2Q9EA 1KW7A 4W51A 2RB0X 3DN0A 4W52A 1C6HA 215LA 1QT8A 1L20A 1CV4A 2B73A 1D9WA 4GRVA 104LA 200LA 1DYEA 1L64A 1L93A 1L35A 1SWYA 245LA 1QSBA 167LA 176LA 211LA 1L82A 2RBQA 1L60A 1QTHA 246LA 1QS9A 1CV1A 1G0LA 140LA 2F47A 1L17A 2RBNA 1KY0A 170LA 1L75A 1P56A 1L49A 1DYAA 180LA 1QT3A 226LA 1L59A 3SB9A 237LA 113LA 3HT8A 4W57A 1L99A 4EPFA 3SBAA 3DN4A 3L2XA 206LA 235LA 158LA 4IAPA 1L81A 238LA 2OE7X 1CU0A 1G0JA 1C6PA 1C6IA 236LA 1QT6A 1QT7A 257LA 1L56A 3CDQA 1C68A 119LA 6LZMA 1QTBA 1QUHA 251LA 3C8QA 1L47A 1PQOA 3HU9A 1L14A 1QSQA 1G0QA 1L34A 2ANXA 1LWGA 4OO9A 3D4SA 4E97A 239LA 234LA 174LA 2L78A 2QARC 2RH1A 1L19A 1L92A 1PQJA 4EKPA 1LWKA 1L25A 4YXCA 1L38A 4ARJA 1CX6A 128LA 1QTDA 4EKQA 3GULA 1QUGA 2B6WA 166LA 1CU2A 1C6KA 2F32A 1L83A 1G1WA 1CV6A 5LZMA 242LA 2O7AA 1L42A 1C62A 3HTDA 1L13A 1B6IA 4EKSA 262LA 3SB7A 1OVHA 5I14A 1C6JA 1D2YA 1CX7A 2OU8A 1C60A 3GUJA 2HUKA 3C81A 3C7YA 1L45A 1L90A 156LA 1PQMA 2B75A 256LA 1L32A 1L31A 1CU6A 222LA 258LA 108LA 1L58A 1L57A 3GUMA 1L12A 4I7JA 138LA 2HULA 168LA 3UONA 4EKRA 4AQNA 1L69A 3HUQA 4LDOA 3HT9A 225LA 1QUOA 1L00A 2Q9DA 1QUDA 195LA 1LYIA 1L18A 198LA 1C6NA 1L97A 3HH3A 131LA 1C6CA 1DYCA 1K28A 4ARPA 1D3NA 1L39A 250LA 2B6ZA 1P36A 172LA 1T8GA 114LA 1DYBA 1L29A 233LA 155LA 1XJUA 205LA 1L54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPMA 1D0MA 3AZ7A 1G1VA 3SB5A 1D3JA 1JSFA 3A96A 1IOTA 2YBMA 3RUNA 4C3WA 3LYOA 1C6MA 3JR6A 3TMXA 1DYDA 123LA 4LT3A 1QUSA 1LGWA 3CDOA 2BQKA 1LYOA 5KXTA 2ZIJA 3CDVA 4G49A 1N4FA 1REXA 3B72A 1UIFA 1T8AA 3DNAA 1L65A 4XJIA 1GBYA 1G06A 1UIGA 1P2LA 144LA 1GPQC 5EBHA 152LA 1C63A 3ATNA 3OE9A 141LA 1LSFA 1YKXX 3ZVQA 4N9RA 2B6XA 1QT5A 4HV2A 1GF6A 1L80A 1L10A 4WM1A 1HEWA 3C82A 1LYSA 3G3XA 3HUAA 3RW8A 253LA 224LA 4NGKA 2D4KA 4DQJA 1DXJA 2NWDX 5B1GA 171LA 1LI2A 3B6LA 3G3AB 4W53A 5J7CA 1LJNA 1OVJA 1NBYC 1LCNA 2HEBA 1L37A 1OUCA 2O4WA 1BGIA 1A4VA 1QUTA 2AUBA 1KXXA 2DKVA 3P65A 4XADA 1L87A 3F8VA 5APCA 210LA 1DI4A 2BQMA 3W6AA 2Z39A 4OOTA 1OUJA 3CDTA 1LGXA 1WTMA 5I4YA 4PJZA 4Z41A 127LA 4LZMA 1P6YA 2XBSA 5C6LA 3E3DA 5A3ZA 4NGIA 1L22A 1NKHA 1SSWA 2BQIA 4I7RA 3V2YA 1SX7A 2Z2FA 1MLCE 3LZ2A 5KJ9A 3IJVA 3NY9A 2D4JA 4BADA 3AYQA 1FKVA 2A7DA 142LA 4I0CA 1HEMA 1HEOA 4LYBA 1IORA 3HU8A 2ZQ3A 118LA 2Z37A 3SP3A 4ARQA 3W6CA 1G0GA 3CSZA 261LA 1GB0A 1GE4A 4LT1A 4BAFA 1JKDA 3HH4A 1LYEA 135LA 2MEAA 3ULRA 3LZTA 1C6AA 3TXJA 4ZFPA 1GE0A 1NDGC 4E3UA 1CUPA 4R0FA 1WTHA 1LYFA 188LA 2RSCA 4H91A 3AW6A 4I7KA 5LVHA 5D5CA 3OE0A 3D9AC 1P3NA 1GE1A 1QS5A 3F9LA 4NEBA 1BWIA 1L16A 3VW7A 3AB6A 1L66A 2RB2X 1GFRA 4DQ5A 1LHLA 4DC4A 5IHGA 1YL0X 1L0KA 1XEPA 4IJ4A 126LA 5LAGA 3C80A 4LDEA 3SN6R 1CJ8A 5KY1A 1C6FA 4G4HA 4TSCA 4I7QA 5F16A 4OWCA 1BWJA 1B5XA 4W94A 4EJ4A 2RAZX 4YXAC 177LA 2FYDA 3DN2A 1LMOA 1C69A 1C64A 5KXRA 2BLYA 4DWXA 2EPEA 1GF5A 2BLXA 3OJPA 4WM4A 1GBZA 1GB3A 1WVUA 4NWHA 1L07A 4LT2A 1L11A 5FDJA 1DKJA 1JTMA 4RLNA 1ZMYL 1SQ2L 3EXDA 4PRQA 4H8XA 2HTXA 4RW1A 1AKIA 2I6ZA 4ET9A 2CGIA 2HUBA 4YOPA 1IOQA 3TXBA 5D5FA 125LA 3TXIA 1GF8A 3C7ZA 2IGCA 1UACY 3DMZA 5LINA 1OYUA 1LMTA 4EOFA 2LHMA 1L28A 212LA 2FYCA 3RT5X 1HEPA 3ZEKA 4NHIA 1XGRC 1GD6A 186LA 2RBRA 4I7NA 3C83A 4W51A 3TXFA 4PGJB 3DN0A 5HQ1A 1IC5Y 2DQCY 215LA 5E9RA 200LA 1L93A 3ATOA 1PZYA 1JEFA 1SWYA 167LA 4DD1A 2RBQA 5KXXA 2ZYCA 2RBNA 1LMNA 1BB7A 1YQVY 1IOSA 1LZYA 5LIOA 1B5YA 4OWBA 2YSSC 180LA 1UIBA 226LA 1LJJA 5LA8A 3SB9A 4ZIXA 4NGJA 4W57A 4EPFA 1L99A 1JKCA 1KIPC 5KXYA 1IP4A 1GAZA 3L2XA 2HEEA 3LYZA 5IDDA 1LZ6A 4ANRA 1L81A 238LA 1JUGA 236LA 1LZNA 1L56A 2FBBA 3GXKA 5LVGA 1IP2A 3C8QA 1L47A 1KXWA 1LZDA 4OOOA 3D4SA 2DQEY 4FDYA 174LA 2QARC 1L92A 1LWKA 1L25A 4YXCA 1L38A 4ARJA 1QTDA 1D0LA 166LA 1C6KA 1G1WA 1FLUA 3J6KA 242LA 2O7AA 2DQAA 1C62A 1LMPA 4LYZA 1EQ4A 262LA 1CNSA 1D2YA 3C81A 3C7YA 1HSXA 1YAQA 4YEMA 3CSQA 1BHZA 156LA 1GB2A 3WXUA 1DPWA 1VDQA 1L58A 3AW7A 1L12A 4WO6A 1YANA 1GFJA 4H8ZA 3QE8A 4LDOA 3B0KA 2Q9DA 198LA 131LA 5FSTA 4ARPA 1P36A 3WW6A 5DL9A 1XGUC 2LZTA 233LA 4WL6A 155LA 4J1AA 3HTFA 3HBDA 1D6QA 1AT5A 2YDGA 1NF5A 1IY4A 1GB8A 1C7PA 4G9SA 1GF3A 4D9ZA 2BPUA 3A93A 1HFYA 4XJBA 1L02A 1C08C 3KAMA 4HP0A 1CKDA 3CQLA 1QTEA 3M3UA 1L01A 3EMSA 5KXWA 1GBOA 6LYTA 1UIEA 1C6GA 4GLAA 7LZMA 3LZMA 4NGOA 5KXSA 3GUOA 4R6CA 2OEAX 1WQPA 2C8OA 1GXV2 4TWSA 4EXMA 109LA 1L43A 4IASA 4WMGA 3ODUA 4M6DA 4HJVA 1L05A 3HBHA 5M1YA 1OUIA 1OUHA 3TMUA 4A7DA 1P7SA 2W1XA 1OVKA 1XEJA 1L06A 3HUKA 4XJDA 1D3FA 220LA 1WQQA 2WARA 1OUAA 1CVKA 1LZ4A 1GF7A 2Z6BA 3A90A 5HNCA 2OTYX 213LA 1ZWNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KPM A;  1D0M A;  3AZ7 A;  1G1V A;  3SB5 A;  1D3J A;  1JSF A;  3A96 A;  1IOT A;  2YBM A;  3RUN A;  4C3W A;  3LYO A;  1C6M A;  3JR6 A;  3TMX A;  1DYD A;  123L A;  4LT3 A;  1QUS A;  1LGW A;  3CDO A;  2BQK A;  1LYO A;  5KXT A;  2ZIJ A;  3CDV A;  4G49 A;  1N4F A;  1REX A;  3B72 A;  1UIF A;  1T8A A;  3DNA A;  1L65 A;  4XJI A;  1GBY A;  1G06 A;  1UIG A;  1P2L A;  144L A;  1GPQ C;  5EBH A;  152L A;  1C63 A;  3ATN A;  3OE9 A;  141L A;  1LSF A;  1YKX X;  3ZVQ A;  4N9R A;  2B6X A;  1QT5 A;  4HV2 A;  1GF6 A;  1L80 A;  1L10 A;  4WM1 A;  1HEW A;  3C82 A;  1LYS A;  3G3X A;  3HUA A;  3RW8 A;  253L A;  224L A;  4NGK A;  2D4K A;  4DQJ A;  1DXJ A;  2NWD X;  5B1G A;  171L A;  1LI2 A;  3B6L A;  3G3A B;  4W53 A;  5J7C A;  1LJN A;  1OVJ A;  1NBY C;  1LCN A;  2HEB A;  1L37 A;  1OUC A;  2O4W A;  1BGI A;  1A4V A;  1QUT A;  2AUB A;  1KXX A;  2DKV A;  3P65 A;  4XAD A;  1L87 A;  3F8V A;  5APC A;  210L A;  1DI4 A;  2BQM A;  3W6A A;  2Z39 A;  4OOT A;  1OUJ A;  3CDT A;  1LGX A;  1WTM A;  5I4Y A;  4PJZ A;  4Z41 A;  127L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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