1CVKA

T4 lysozyme mutant l118a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSARMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cvkA00
1L11A 4PK0A 112LA 1L57A 1LPYA 1L14A 3C8SA 5I14A 1D2WA 2B74A 2B72A 1C61A 237LA 145LA 181LA 1LGWA 1PQKA 1L13A 260LA 1KY0A 3HTFA 3SN6R 1G0MA 1C6PA 4W57A 110LA 131LA 1XEPA 1K28A 3GUOA 2F47A 3V2WA 1L61A 1L77A 251LA 1CU2A 1C64A 1P3NA 1L91A 3OE9A 1L94A 4S0WA 3DN4A 3G3VA 1KNIA 1T8GA 2OEAX 218LA 258LA 3NY9A 4I7RA 111LA 1PQIA 1C66A 3K2RA 4EKPA 1C6BA 4EPFA 2B7XA 1C60A 230LA 1L65A 2RB2X 1L49A 219LA 3CDRA 1P2LA 1D3NA 1T6HA 3C7ZA 1OVKA 103LA 221LA 1QTBA 1L20A 1L97A 172LA 4ARPA 2HUKA 3GUPA 1L76A 1LW9A 3C7WA 3F9LA 3HU9A 1QT3A 2Q9EA 1C67A 1L09A 2QB0B 3C7YA 1L70A 2NTGA 4PJZA 6LZMA 1QTDA 3V2YA 178LA 1L00A 231LA 248LA 217LA 3HDEA 1L53A 244LA 138LA 1L23A 1P37A 4I7QA 4EKQA 2A4TA 2RB0X 3DKEX 189LA 5LZMA 1CUQA 229LA 3C8QA 1L48A 1TLAA 3HUAA 3RZEA 4ZPUA 2RBNA 1LYIA 206LA 1CV4A 1L10A 1P2RA 3GUMA 2RBRA 3FADA 1L60A 2Q9DA 104LA 1SSYA 3OE0A 1CTWA 139LA 188LA 1C6HA 1L29A 4DKLA 1CUPA 1L51A 1QTZA 1D3FA 1SX7A 3NYAA 1I6SA 199LA 129LA 2O7AA 3CDQA 235LA 1G0JA 3HT7A 1ZURA 1QT6A 1L32A 1L98A 1LWGA 1L62A 4OO9A 1QT5A 2LCBA 1G0LA 1L54A 1L47A 1L33A 1XJUA 163LA 224LA 1C6CA 1L86A 1L75A 1LGUA 1L41A 3OE6A 146LA 1L34A 220LA 3DN8A 4GRVA 1L30A 1C6KA 1L01A 1L22A 3HTDA 4W51A 1OWYA 1L69A 255LA 2Z6BA 1OVJA 212LA 4ARMA 130LA 177LA 1L67A 1L81A 4W55A 1C6LA 1L42A 2B6XA 2RB1X 4I7JA 2OTYX 228LA 1L55A 3PDSA 1LYFA 4GBRB 1PQMA 239LA 1CV6A 142LA 164LA 4EPIA 1L82A 250LA 1T8AA 4I7SA 1L58A 4I7KA 1LGXA 3C82A 3HT8A 2F32A 1L99A 198LA 1D2YA 162LA 1L28A 225LA 252LA 3HWLA 3FA0A 1L06A 174LA 2B6YA 3HDFA 1C6NA 4EJ4A 246LA 113LA 1L95A 1P64A 1L88A 216LA 234LA 2RH1A 3DN0A 1G0GA 1OYUA 1L89A 261LA 1QUOA 1QS5A 4W52A 2LC9A 3GULA 120LA 2QARC 1QSBA 161LA 2L78A 1L08A 1QT4A 1L04A 2B75A 3F8VA 1DYBA 1JTNA 1L21A 1L79A 1JTMA 4ARLA 4YX7C 200LA 2RBSA 1C68A 3DN6A 195LA 1G1VA 3RUNA 3PBLA 3NY8A 3DN1A 4ARMB 152LA 3DNAA 149LA 1G1WA 1L27A 1QS9A 3HH5A 128LA 262LA 167LA 3EMLA 1OWZA 1L16A 211LA 118LA 3SB7A 4W58A 3GUJA 1CVKA 1OV5A 1DYAA 1QTHA 4E97A 3GUIA 4AQNA 238LA 232LA 3DN3A 1L44A 102LA 1L07A 236LA 1L83A 3DMZA 4I7MA 1LLHA 186LA 1ZWNA 3JR6A 1C6DA 151LA 1L43A 1C6EA 1L05A 1KW5A 1QT8A 1KS3A 1L35A 1L85A 1L92A 1CV3A 245LA 192LA 3QAKA 1P6YA 4IAPA 144LA 1T97A 1L36A 2B73A 3HH6A 215LA 122LA 126LA 1L64A 4LDOA 2RBPA 4I7PA 1ZYTA 3HUQA 2CUUA 1L39A 4YXAC 1L50A 191LA 1G0KA 3GUNA 1CV5A 233LA 4LDLA 1P36A 3SB8A 3C80A 4W59A 119LA 1QUDA 1C6JA 1L66A 247LA 147LA 2B70A 187LA 3HH3A 3OE8A 1L03A 1L93A 3HU8A 1JQUA 1L17A 1G0PA 1L0JA 3CDOA 2OTZX 3HUKA 1EPYA 3G3WA 2ANVA 3SB5A 4DJHA 176LA 1KW7A 201LA 3HT6A 4YXCA 4EXMA 1CU0A 2F2QA 1QUHA 1C6AA 1C6MA 1CU6A 2OE4X 4DAJA 4W53A 253LA 1L80A 1LYDA 1L59A 108LA 1L40A 1SX2A 1LYGA 1SWYA 3DMXA 3GUKA 3L2XA 2OE9X 3UONA 1P7SA 4LDEA 1L71A 3CDVA 2O4WA 1L19A 1L84A 1CV0A 1QTVA 1LWKA 1C62A 249LA 1L0KA 4EKRA 1DYCA 222LA 137LA 1L46A 3ODUA 182LA 143LA 1L45A 1DYGA 4ARQA 1L25A 2OE7X 1L74A 171LA 1G07A 1P56A 1L52A 1L02A 1C6TA 3HH4A 1D3MA 214LA 2B6TA 158LA 1C69A 1CU5A 2B6WA 3DMVA 1CX7A 1L63A 4ARJA 166LA 1L24A 4I7OA 185LA 1L15A 2RBOA 1DYDA 1DYFA 180LA 1SSWA 127LA 1LI3A 1P46A 2IGCA 2OU9A 1CX6A 1P5CA 196LA 3FI5A 1B6IA 1PQDA 1QT7A 159LA 1CU3A 1PQOA 1G06A 7LZMA 1SWZA 4I7NA 1OV7A 2HUMA 1L37A 213LA 1L12A 1QTCA 256LA 1T8FA 165LA 168LA 1L72A 4I7TA 197LA 1LYEA 3SB9A 1L68A 4I7LA 1CV1A 107LA 1C63A 1PQJA 3C81A 1L73A 242LA 259LA 123LA 1QUGA 227LA 1LYHA 1L26A 125LA 4ARQB 2OU8A 169LA 205LA 148LE 140LA 175LA 1L56A 223LA 1LI2A 1L87A 243LA 240LA 4W56A 1L31A 160LA 1D3JA 3HTGA 226LA 3SBBC 2NTHA 3L64A 1G0QA 1NHBA 173LA 170LA 2RAZX 257LA 2RAYX 1L96A 2RBQA 183LA 3HTBA 1C6IA 150LA 1OVHA 2HULA 114LA 1DYEA 2OU0X 3CDTA 241LA 209LA 3LZMA 3SBAA 4W54A 155LA 1KY1A 3C83A 1L38A 109LA 2B6ZA 1L90A 1C6GA 3D4SA 210LA 4LZMA 4EKSA 190LA 3C8RA 1QSQA 184LA 2ANXA 4K5YA 1XJTA 2LZMA 115LA 3DN2A 141LA 1C6FA 1D9WA 3G3XA 157LA 1LI6A 3HT9A 3VW7A 156LA 1C6QA 1LYJA 1L18A 3SB6A 1WTHA 2O79A 1C65A 254LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C08C 1B7LA 1XGQC 4WMGA 1IP3A 145LA 1PQKA 3HTFA 5HLLA 1HC0A 5FELA 1DI4A 1UCOA 1XEPA 2XTHA 5I5QA 4YENA 4CFPA 1XGRC 1HF4A 1LMNA 1GDWA 4TSCA 1QTKA 1L91A 5KXYA 1GBWA 1GWDA 1L94A 1KIRC 3G3VA 3M3UA 4WG7A 3TXHA 5KXNA 4I7RA 1GF7A 1LJKA 3A6CY 4EKPA 1C6BA 4OOTA 2B7XA 1C60A 1JJ3A 3RNXA 4J7VA 1L65A 4WG1A 1PS5A 2HECA 221LA 5I54A 5I4WA 1EQ4A 4ARPA 4OW1A 5B1GA 5FDJA 1L76A 1QT3A 1TDYA 5DLAA 1LSFA 5D5CA 2NTGA 4NGLA 1YROA 5KXMA 5F9XA 178LA 217LA 1XGTC 1HSXA 2W1LA 4I0CA 1L53A 2MEDA 2W1XA 3A90A 4HTQA 2A4TA 1B7PA 3P66A 1L48A 3HUAA 4X3BA 1LSCA 1LYIA 7LYZA 1CV4A 1L10A 5HMVA 4RW1A 4ET9A 1VDQA 2RBRA 1L60A 2Q9DA 1KXYA 1SSYA 2BPUA 1NWGA 1GB5A 5KXXA 4DKLA 1HEOA 3AZ4A 1CUPA 1L51A 2ZNXY 1LSZA 1I6SA 4HJYA 3HBEX 129LA 2N5ZA 2O7AA 235LA 1IEEA 2ZYCA 2YSSC 1L32A 1D9UA 1L98A 4NHTA 1REYA 3B0OA 5I53A 5APEA 1G0LA 1L33A 3TMVA 4DQJA 3RT5X 1CKHA 1L86A 1L75A 1B7MA 1LGUA 3EBAB 4DD0A 1L41A 3AZ6A 3DN8A 3A3QA 1L22A 1L69A 1T3PA 130LA 1L67A 3OJPA 4WO9A 4I7JA 2YBNA 1JSFA 1LKRA 3PDSA 5LAGA 1PQMA 2X0AA 1OUEA 4NWHA 4EPIA 5B59A 4NSHA 250LA 1LHLA 5HNCA 1IP5A 4XN6A 3P64A 1JTOL 4J0LA 4NSIA 4XADA 1L06A 3HDFA 4WM2A 1JUGA 4XJHA 1OUCA 1C6NA 1IP1A 1UBZA 2HEEA 4WM5A 4OWHA 1YL0X 1LMPA 1ZVYB 1IWTA 5LVGA 1BVKC 1LSMA 5LVJA 1OYUA 1L89A 4RLNA 1GF9A 3GULA 5DM9A 1QSBA 5E9RA 1L08A 4YF2A 2B75A 3OK0A 1L21A 1L79A 4ARLA 4YX7C 3DN6A 5KXPA 1CJ9A 4ARMB 1CKGA 2CWIA 4I8SA 128LA 262LA 5T3FA 167LA 1OWZA 1L16A 118LA 4W58A 1IOTA 5LIOA 2IHLA 3P68A 2MEHA 4H9FA 1QTHA 2PC2A 1ZMYL 1DKKA 3FE0A 151LA 1C6EA 1GBYA 4N5RA 1KS3A 1QUSA 1L85A 2F4AA 4IAPA 144LA 2B73A 3EO5A 1B7QA 122LA 4I7PA 4WL7A 1HFXA 3A3RX 1BB5A 2CUUA 3WPKA 1L39A 2EQLA 1J1PY 4LDLA 3C80A 4W59A 119LA 1BHZA 4ETEA 1BQLY 2B70A 4LYTA 1L03A 1L93A 1IOCA 1L17A 1LSEA 5FEKA 5KXSA 1GAYA 1WVVA 1LSAA 4HPEA 1EPYA 1LZ6A 3CSZA 5C6JA 2ANVA 3SB5A 4DJHA 176LA 4NGKA 4YXCA 4Z3MA 2H9JA 1C6AA 3FI7A 1YANA 3TXKA 4W53A 3LZTA 1LYDA 108LA 3TXJA 1L40A 3WVXA 3DMXA 3GUKA 2AUBA 2BQIA 5DL9A 1CNSA 134LA 1GB9A 3P65A 1GF6A 2XBRA 154LA 1QTVA 2WARA 4H8YA 249LA 1L0KA 4EKRA 1INUA 1L46A 4DD3A 1L45A 1WTNA 4ARQA 135LA 1RCMA 2OE7X 1C45A 1P56A 5LAFA 4DWXA 4NG1A 1D3MA 1V7SA 158LA 1C69A 4PHIA 1B2KA 1LZTA 4DDBA 4WO6A 4GCFA 1DXJA 4WM1A 1GF0A 2IGCA 5B07A 196LA 1FN5A 5LINA 159LA 1GFJA 4DD1A 1SWZA 4I7NA 2YBLA 1L12A 3KAMA 1QTCA 1LZBA 1LJ4A 1LYYA 1L68A 4I7LA 4GN5C 2W1MA 1HFZA 3WU8A 259LA 1QUGA 1L26A 4GCDA 5LA8A 175LA 1LI2A 160LA 4N1EI 3LYTA 1D3JA 5IHGA 4DD7A 1DPXA 226LA 2NTHA 3L64A 1NHBA 2HEBA 2RAZX 3WXTA 1LZYA 2F30A 1L96A 2RBQA 1LZ1A 1OVHA 1RFPA 1IR9A 1G7LC 2I26L 2ZIKA 1B5ZA 209LA 2BQMA 1IWWA 3N9CA 3SBAA 3RZ4A 1KY1A 3T6UA 5B05A 1L38A 2DQIY 109LA 5F9UA 1EQEA 1VFBC 1C6GA 3D4SA 210LA 1REZA 4GCCA 2DQJY 184LA 2BQLA 115LA 4OWBA 1KIQC 5B1FA 4CHXA 5KXRA 156LA 1JKDA 4C3WA 1OUBA 1HERA 2XBSA 3WVYA 1IWUA 1C43A 2DKVA 153LA 4H94A 1C65A 1YKYX 4XYYA 1IP2A 1DI3A 112LA 1XSFA 2BQBA 1N4FA 1L14A 1D2WA 2B74A 1C61A 3TMUA 1L13A 4CJ2A 1GF8A 110LA 131LA 1L61A 4ZFPA 1LZCA 4H9AA 6LYZA 4MR1A 4GCBA 3DN4A 1HFYA 1IC5Y 4M6DA 4CFOA 4EPFA 4LFPA 4G49A 3AJNA 2DQGY 3CDRA 2MECA 3C7ZA 1IP4A 1KXXA 1OVKA 1LJHA 2BQOA 1L97A 4XJGA 2XQOA 5KXZA 1LW9A 3C7WA 2LZ2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C08 C;  1B7L A;  1XGQ C;  4WMG A;  1IP3 A;  145L A;  1PQK A;  3HTF A;  5HLL A;  1HC0 A;  5FEL A;  1DI4 A;  1UCO A;  1XEP A;  2XTH A;  5I5Q A;  4YEN A;  4CFP A;  1XGR C;  1HF4 A;  1LMN A;  1GDW A;  4TSC A;  1QTK A;  1L91 A;  5KXY A;  1GBW A;  1GWD A;  1L94 A;  1KIR C;  3G3V A;  3M3U A;  4WG7 A;  3TXH A;  5KXN A;  4I7R A;  1GF7 A;  1LJK A;  3A6C Y;  4EKP A;  1C6B A;  4OOT A;  2B7X A;  1C60 A;  1JJ3 A;  3RNX A;  4J7V A;  1L65 A;  4WG1 A;  1PS5 A;  2HEC A;  221L A;  5I54 A;  5I4W A;  1EQ4 A;  4ARP A;  4OW1 A;  5B1G A;  5FDJ A;  1L76 A;  1QT3 A;  1TDY A;  5DLA A;  1LSF A;  5D5C A;  2NTG A;  4NGL A;  1YRO A;  5KXM A;  5F9X A;  178L A;  217L A;  1XGT C;  1HSX A;  2W1L A;  4I0C A;  1L53 A;  2MED A;  2W1X A;  3A90 A;  4HTQ A;  2A4T A;  1B7P A;  3P66 A;  1L48 A;  3HUA A;  4X3B A;  1LSC A;  1LYI A;  7LYZ A;  1CV4 A;  1L10 A;  5HMV A;  4RW1 A;  4ET9 A;  1VDQ A;  2RBR A;  1L60 A;  2Q9D A;  1KXY A;  1SSY A;  2BPU A;  1NWG A;  1GB5 A;  5KXX A;  4DKL A;  1HEO A;  3AZ4 A;  1CUP A;  1L51 A;  2ZNX Y;  1LSZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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