1CZBA

Atomic resolution asv integrase core domain from hepes
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
147
structure length
141
Chain Sequence
GRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Atomic resolution structures of the core domain of avian sarcoma virus integrase and its D64N mutant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
source organism Avian sarcoma virus
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 141
sequence length 147
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1czbA00
1O1WA 3VN5A 1BI4A 3S3OA 4FJ8A 3RMAA 3QESA 2EX3A 2NUBA 1NJXA 3KK1A 1VSLA 4M3ZA 4LH5A 1X9MA 3BGRA 1C6VA 4CJ5A 3B6PA 1KFDA 5FDLA 4CE9A 3IRXA 4B9NA 3T1AA 1IKWA 4N47A 4ZTJA 1D9DA 2DTUA 3TR8A 3NE6A 2ZE2A 5JS2A 4Z4HA 1LW0A 1LW2A 2GBZA 1B9FA 3LPTA 4HUGA 4PWDA 1D9FA 1BCOA 5CZ1A 2XY5A 4ELTA 2R7YA 5J2MA 3VQ7A 3O3HA 1KSPA 4FXDA 1ZYQA 3VQEA 2DFEA 1F21A 3K59A 1LWEA 4CGDA 5HLFA 4KHQA 3A2FA 1S9EA 4CF9A 2E6LA 4M45A 3V9UA 5I42A 3DLBA 4H8KA 1VSJA 3ZT2A 4DQSA 4NCBA 1RDAA 1L3SA 4FJ5A 4CEAA 3NH0A 4DTJA 2X6SA 1LAWA 4HUFA 4M3TA 1JLBA 3AVBA 1HYZA 4FM1A 3SUOA 2OPRA 2Q3SA 3NF7A 4RW6A 5DK5A 3OYLA 3OYEA 5FROA 3NHGA 3RMCA 4DTSA 4PY5A 2KQ2A 4W5TA 3AVIA 3SPZA 1VSDA 3LAMA 4C8LA 4BE2A 1FKPA 1SL0A 1J54A 3LZJA 4O0IA 3SJJA 3KD1E 3AVJA 4JLHA 1S6PA 3K5OA 4E7LA 4FJ7A 4M3XA 4M3WA 3U3YA 1U04A 1J53A 1FK9A 3QIOA 4CEQA 4Q0BA 3AVCA 3NGYA 4KV8A 4J2BA 3HPOA 4KI4A 4CK1A 2E4LA 4CJTA 2OPPA 1HNIA 4ICLA 4CFAA 3JSMA 1Y97A 3PX4A 4BWJA 4CHNA 3L8BA 5HP1A 1S1UA 3QNOA 1SL2A 3TAGA 3K57A 3LP2A 1HJRA 1SUQA 1JKHA 4DTNA 3V81A 4FJXA 1BISA 3DRRA 4ID1A 4RW4A 1BHLA 2WOMA 3ULDA 3VQBA 4LH4A 3ZSXA 3QIPA 1RCHA 3ZSOA 1XHXA 4CIEA 4AILC 4CHYA 5HBMA 3SQ0A 1D8YA 3DLRA 3C6TA 4DTUA 2Y1JA 4DLEA 1S5JA 4C8MA 3FFIA 1RBSA 4DU1A 3TANA 1ZBIA 3I8DA 1UA0A 1RT7A 4FJLA 4FLTA 3AO3A 1T8EA 3KD5E 2Z1JA 1X1PA 1REVA 1GOBA 3PY8A 4CEFA 1JLFA 3OYHA 2HHQA 1JLQA 5KRTA 1DTTA 1VRTA 3NGIA 3TAPA 2YNIA 3ALYA 3O3FA 2YNFA 4FJGA 4LD0A 1YVUA 4FLUA 1TAUA 1C0TA 4JRPA 4CFDA 2W42A 4AHCA 4AH9A 1KCFA 2X74A 3SQ2A 1JLAA 3ZSZA 2HHVA 4KHYA 1KLNA 4M3UA 4Y1DA 2FBVA 4FLWA 3V9SA 1YTUA 1QE1A 2KW4A 2VG7A 3V6DA 3PV8A 2FBYA 4M3RA 2HMIA 5FRNA 2G8IA 2HHUA 4CEEA 4DTRA 4CJUA 1IKVA 1JLGA 1WSHA 3LP3A 5I3UA 1TL3A 4FVMA 1B9DA 3EYZA 4KTWA 3OYNA 3VQ8A 3OJUA 4CHQA 1TK5A 4FZZA 4DWIA 4F4KA 3NF8A 2GUIA 3VQ4A 3CFOA 2B5JA 4E1NA 2GV9A 5J2PA 2JLEA 3QNNA 3ASMA 4HCCA 1RT6A 1VK0A 2IC3A 2Z1IA 3AO1A 2YHBA 4RW7A 5KI6A 4E19A 3ZT3A 4FLVA 2G8UA 1Q9YA 1W0HA 3NH1A 4JS4A 1RDDA 2HNDA 4FJKA 2QK9A 4FZXC 3TAQA 1HPZA 1TK0A 4B8AB 1NK7A 4O44A 2RPIA 5EU7A 2XY6A 1RT3A 5J1EA 1U49A 1WSFA 1U45A 4CF0A 4CIGA 1RT4A 3OS2A 3LANA 2IAJA 2YNGA 4RG8A 3KLEA 4E7HA 4M3YA 4BDZA 2DY4A 3T19A 4FJMA 3WNFA 1BGXT 1UA1A 1ZBHA 1ZBLA 3RMBA 3VQDA 4NCGA 2WONA 4E7KA 1XHZA 1RTDA 4B9UA 4KHUA 3MAQA 4FJHA 3G0ZA 1IKYA 3DM2A 1J5OA 4FLZA 2DFHA 2X6NA 4FM0A 3KIOA 3SPYA 2HHTA 5DMRA 1QSSA 4JRQA 1HMVA 4DS5A 5CYQA 3L2RA 1T7PA 2KFZA 1KVAA 2HHSA 4DSJA 3ZCMA 4OKJA 4DS4A 4FW2A 3DRPA 3ZSVA 1IO2A 4CGHA 4CJQA 4O5BA 2XY8A 3MXJA 1T05A 4HHTA 4CJLA 1T03A 4FK0A 4CGIA 4CERA 4PUOA 3PUFA 3E01A 5K14A 4J2EA 2HVHA 2KFNA 2O4GA 3HO1A 4KB1A 3SNNA 4KI6A 4F2SA 3AO2A 4O55A 3SZ2A 4KREA 1S6QA 4E7JA 5KRSA 2PY5A 3KKRA 3OYFA 4DTMA 4Z4GA 2XO7A 2QKKA 3AVGA 5E41A 2VG6A 1DTQA 1BI4B 3BDPA 3OYDA 2ATQA 3SUPA 4BACA 3RTVA 2OYQA 2PZSA 1BIZA 2F96A 3LWLA 2KZMA 3SV4A 1TKDA 4ELVA 3KLFA 4WE1A 3AVHA 3T3FA 3NH2A 2A1RA 5C42A 3C95A 4CHZA 2OZSA 2IGIA 1RTIA 5CZ2A 1U47A 3U3GA 3ZT1A 1S1XA 2E6MA 2G8FA 4DG1A 3UIQA 1CXUA 3PO4A 1A5XA 5JS1A 3KJVA 1LAVA 1HRHA 2Z1GA 3AVMA 5SZTA 1KTQA 3O3GA 4FW1A 5C25A 4OLBA 4OPKA 4B8CA 3QINA 3VQPA 3NFAA 3DLEA 1U4BA 4B9TA 1HQUA 4JS5A 2Z1HA 4Z4IA 5HRRA 4DF8A 1NK8A 3NBPA 4B9VA 4E89A 4CEDA 4B3OA 4QAGA 2Y1IA 2D5RA 1W9HA 4Y1CA 4O0JA 3AVLA 1S1TA 4DU4A 1TGOA 4C8NA 4BWMA 5KTQA 3HJFA 2HHXA 5HROA 4AHRA 3V1QA 4HUEA 3AA2A 4KO0A 4LSLA 1IH7A 3AVFA 3KLIA 4BE0A 4DU3A 3SUQA 1C1CA 1FKOA 3OYBA 1NK9A 3LP1A 1KFSA 3QETA 4E0DA 1WSEA 1TKZA 2HVIA 2LSNA 3KLHA 4PQUA 3I0RA 2X78A 3SQ4A 3SV3A 4EZ6A 3HPHA 3CM6A 3HT3A 1QQCA 2ITGA 4CJRA 4CF2A 3SI6A 4OVLA 3AO5A 3VQ5A 3RRGA 4E1MA 4KTQA 2ZD1A 2HNYA 4DSKA 4DFMA 4I9QA 1WLJA 4KHWA 2D0BA 1X9SA 4W5NA 3C6UA 4DQQA 1WSJA 4HCBA 4DMNA 1LWCA 5HRPA 4CEZA 3SQ1A 4KFBA 4KB0A 3S9HA 4W5OA 4DLGA 3V1OA 3B6OA 3L3UA 3L3VA 4EP5A 3K5NA 3LDSA 2B6AA 1Z26A 5D3GA 4ZHRA 4CECA 5J2QA 3OVNA 3TI0A 3VQCA 2A1SA 1RT2A 4CJ4A 3OYMA 4M41A 4W5QA 1Q9XA 4BE1A 4XIUA 4FM2A 2YV0X 1L3UA 4RW8A 3HM9A 1UOCA 1NKBA 1RT1A 1UWBA 2QXFA 5CYMA 1QHTA 1VSIA 3AVNA 3OYCA 3CM5A 1XI1A 4CESA 3WNGA 2RF2A 3K5MA 4MFBA 4CFCA 4QCLA 1RNHA 1JL1A 3LZIA 3SCXA 4YFUA 3V1RA 3VQAA 3NAEA 1D5AA 4CJWA 2P5OA 1WSIA 3HXMA 3OYAA 2G8WA 3O4NA 3L2VA 4W5RA 4FYDA 4B08A 3AO4A 3QERA 3PX0A 2HW3A 4N56A 1NKEA 1TK8A 5T7BA 3WNEA 4QOZB 4BDPA 1GOAA 3S3NA 2YKMA 2RKIA 3I0SA 4MQ3A 1HYVA 1TKXA 4CK3A 4OGCA 4B9MA 3ZSQA 4G1QA 2YHAA 3ITHA 4I9LA 3D0PA 3CQ8A 1ITGA 1KVCA 3VQ9A 3AVKA 4CJPA 2I5JA 1QTMA 3OYIA 2IDOA 2D0CA 4B9LA 3V9WA 4KRFA 4AHTA 4DQPA 3P1GA 3ZSRA 3K58A 4FK4A 1NK0A 1WSGA 2OA8A 2HNZA 1S1WA 3EY1A 3SUNA 3IAYA 3F9KA 4CK2A 3V4IA 3RWUA 4CIFA 4O4GA 2XRIA 1IKXA 1YT3A 1NJWA 4F3TA 3M8SA 4N76A 5KGWA 3VQQA 4CHOA 2VWJA 1NK5A 1Z25A 5C24A 3THVA 1VSKA 4E3SA 4FJ9A 4C8OA 3AA4A 3DYAA 4OLAA 3KK3A 4ID5A 1TVRA 1JL2A 4AHVA 2P5GA 4IDKA 4CEOA 3G10A 4OKEA 3DOLA 4KHSA 2VWKA 3HVRA 2IS3A 2PYLA 3DMJA 3HVTA 3HP6A 4FCYA 4KPYA 2G8KA 2YKNA 4ELUA 2P51A 4IG3A 3V9XA 4OKKA 1HQEA 4CJKA 2OZMA 4NCAA 4I2PA 3HPGA 1SL1A 3TAFA 4B9SA 1WAJA 2DFFA 3DI6A 3TARA 3OS1A 4DFJA 4EZ9A 1J9AA 3L2UA 2HHWA 4DQIA 1UAXA 1TAQA 3D45A 1L5UA 1NJZA 1ASWA 2QKBA 1VSEA 3IG1A 3NGZA 2OPQA 3AVAA 3OJSA 3CFPA 3RRHA 1C1AA 1VSMA 4CFBA 5SWMA 2ETJA 3M8RA 3U6FA 4NYFA 4IFYA 4CHPA 4OJRA 4LSNA 3ISNC 4Z0UA 4Z4EA 2BE2A 3QEVA 1RBTA 3ZSWA 1BQMA 1R0AA 4C8KA 3TAEA 3RR7A 1ASUA 2ZQBA 1TL1A 3HSTB 4CJ3A 4CJFA 1HNVA 1IG9A 1EETA 3ZT4A 4H4OA 4CCHA 1EXQA 3HL8A 3K5LA 1L3TA 1GOCA 1TKTA 3MEEA 4N5SA 4I7FA 3IS9A 4IBNA 1LV5A 2KZZA 3CYMA 1DLOA 2G8HA 3OY9A 3O4QA 2RN2A 4TSXA 3QEXA 4GVMA 4ZTFA 3ZT0A 1NK6A 3PO5A 1LWFA 4OPJA 1N6QA 4K8XA 4DTPA 1MU2A 1A5VA 1I3AA 1VSHA 4CGJA 3F73A 1JLEA 4I2QA 3AA5X 5HRNA 1SV5A 3L2WA 5J2NA 3NF6A 4FLYA 1NK4A 3HK2A 4DF4A 2KTQA 1CZBA 1RBRA 4DTXA 4J2AA 1A5WA 1QS4A 1VRUA 3PX6A 3TWHA 3H08A 2OPSA 3OYKA 4YNQA 4DTOA 1ZBUA 1L3VA 3K2PA 2IOCA 3VA0A 2F8SA 3DLHA 1RDBA 4OGEA 3L2QA 1WNSA 3KTQA 3S3MA 3LWMA 4LY7A 1G15A 2FBTA 3LPUA 4FLXA 3DRSA 3KLGA 3V9ZA 4BDYA 3QEPA 1U48A 1NJYA 4J2DA 1C0UA 4CEBA 5KGXA 1JXBA 4KKOA 1SKRA 4H4MA 3M8PA 2YNHA 4FJNA 1K6YA 4F8RA 1RTHA 3NF9A 1JLCA 1JXEA 4GW6A 1RBUA 1NOYA 1QSLA 1BCMA 1EX4A 2P1JA 2AJQA 1S9GA 5FRMA 2EHGA 4DSLA 3MXIA 4KTZA 4F3OA 1BL3A 3AV9A 4CJSA 1ZBFA 4DSIA 1CLQA 1CXQA 1TV6A 4CGFA 1BIUA 1YTAA 3DOKA 3QLHA 2XY7A 1KRPA 3LP0A 3RMDA 4DFKA 3MECA 2FC0A 1HYSA 4IG0A 3SYZA 1EKEA 1N5YA 3QEWA 4N41A 3QO9A 4Z4CA 1CZ9A 1FXXA 1RT5A 3DLKA 2PYJA 3C94A 4DSFA 3KK2A 4CJVA 4M42A 3MEDA 1I39A 3NCIA 4F2RA 4NYNA 4IFVA 4PA1A 3VA3A 3MXMA 4UQGA 1RILA 3CFRA 1S1VA 1VSFA 2FBXA 3DLGA 4DSEA 3MEGA 4L8RB 3JYTA 1SKWA 4KHNA 3NDKA 4FZYA 2HB5A 2VG5A 3LAKA 4IKFA 4DQRA 3EZ5A 1B92A 1KVBA 4RW9A 1BQNA 2D0AA 4GMJB 3VQ6A 4CF1A 1X9WA 1WAFA 3HYFA 4AHUA 1RDCA 3QEIA 4CJEA 1C1BA 2BANA 3M8QA 3TAMA 3WNHA 5HRSA 4DFPA 4FJIA 4HTUA 1NOZA 1KLMA 4FK2A 2B4JA 2G8VA 4Z4FA 1XWLA 3P83D 4AHSA 4CF8A 3OS0A 2BGGA 3CG7A 1ASVA 4CGGA 1NKCA 3KKSA 4E7IA 3OYGA 3OYJA 4K8ZA 3RR8A 1RBVA 3AA3A 3LALA 1Q8IA 4HVJA 4EP4A 2XHBA 5CY4A 3ZSYA 2BDPA 1RTJA 1EP4A 1C0MA 4R5PA 1WN7A 1SKSA 3P5JA 4KAZA 2F8TA 2O4IA 1XC9A 2JGUA 1QSYA 3TABA 4Q5VA 4FJJA 3HP9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1O1WA 1VQPN 3RMAA 3QESA 3KK1A 2IIRA 4E1JA 2O8FA 3BGRA 3CCEN 5JVGL 3CETA 3W3DA 4B9NA 3CQXA 1IKWA 4ILJA 5LMNK 4ZTJA 2DTUA 1ZXOA 3A5MC 4ILHA 2ZE2A 5JS2A 2GBZA 4HUGA 1S72N 1BCOA 4ELTA 3VTHA 5J2MA 3LM2A 4DV0K 1IBLK 4X66K 1ZYQA 4KHQA 2E6LA 4M45A 3V9UA 5C0YA 3O8MA 1MWKA 3ZT2A 3K9KA 4FJ5A 4CEAA 4BRPA 4HUFA 4M3TA 4FM1A 2OPRA 2Q3SA 2P9SA 2Q97A 4PL7A 3OYEA 2KQ2A 3O9RA 3SPZA 3AARA 3GOIA 3Q7BA 2OTLN 3LDQA 4C8LA 2Q1NA 4JK9A 1J54A 3KD1E 4O0IA 4JLHA 3R6MA 3VMFB 3DLLL 2QXLA 1J53A 1FK9A 2O8EA 3AVCA 4BRDA 4J2BA 3PLAA 1RDUA 2BH1A 1E3MA 3ID8A 2E4LA 4CFAA 1Y97A 2P9UB 3L8BA 1SL2A 3K57A 2D0PA 3LP2A 4X65K 4FJXA 1BISA 3ULDA 2WOMA 4JI0K 3ZSXA 3ZSOA 4AILC 3QIPA 1XHXA 4KH4A 4DLEA 2A41A 3FFIA 3TANA 1ZBIA 2CGJA 5CHIA 1RT7A 5AQTA 1T8EA 1REVA 3PY8A 4CEFA 2HHQA 1JLQA 1N33K 4CBUA 5AZIA 2YNIA 4FJGA 3O3FA 4FLUA 3CCSN 2HHVA 2X74A 3ZSZA 1D4XA 3CJ1A 1YTUA 1NGFA 1QE1A 2HMIA 2QEXN 3CJCA 2FBYA 2ASOA 3ENOA 1TL3A 4FVMA 1B9DA 3ULEB 3VEZA 4DWIA 4KHPK 1M90O 4JI5K 3IKMA 3ATUA 3ASMA 2YHBA 2I7NA 1Q9YA 4CZLA 1W0HA 2HNDA 2HF3A 1HPZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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