1D0K | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	322
structure length	314
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQEE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan. pubmed doi rcsb
molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
molecule keywords	35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
total genus	108
structure length	314
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-09-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1d0kA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1d0kA02

1C46A 1W6ZA 5F9UA 1WVUA 1IOTA 4XJHA 3HBHA 4H94A 1D0MA 5FSTA 1B7MA 3TXHA 5KXTA 3T36A 1LKSA 2XJWA 5L3IA 1LMPA 2Z12A 1IWWA 4EOFA 1JEFA 5KXPA 4AGAA 1JTPL 2DBTA 4ET8A 5E4PA 3WVYA 4CFOA 4LFXA 2EPEA 4NGOA 1CJ6A 2HEAA 1BQLY 1CKCA 3HBEX 1RI8B 4CFPA 1IR7A 4LZTA 1IY3A 1IWTA 1BB4A 1HEQA 2EKSC 4NWEA 3A6CY 1GPQC 1JIYA 4B4JA 4HPEA 2BQHA 1IEEA 1LZTA 1LAAA 1LZAA 2ZNXY 1B5WA 4TTDA 2YBJA 1KXWA 4DD9A 5FDJA 2DQFC 4NGLA 4HPIA 4UWNA 5D5CA 5L3HA 4C5FA 5M1YA 4J1AA 4QGZA 3M18B 2WARA 1BVXA 1LSNA 1TCYA 2Z2EA 4G4BA 4WM4A 2Z2FA 5KKIA 1JPOA 3W6AA 4J7VA 3B6LA 1RFPA 5F81A 1J1XY 1GD6A 1QDRA 4XYYA 1B2KA 4GCBA 3TXEA 1CNSA 3IWRA 1CKDA 1EL1A 1LJKA 1LJ4A 4HJYA 4IJ4A 4XJDA 2Z19A 4J0LA 4ETAA 1IWYA 4W96A 1T6VL 5KXSA 1YAOA 1IP3A 1OQMA 3BKVA 4D9ZA 2RSCA 1QSWA 4FDYA 1GFAA 1IP5A 3LYOA 4YEMA 1N4FA 1YQVY 1PS5A 2AUBA 1IC5Y 1XFPL 4N0JA 5DN5A 3W3EA 2ZIJA 3TXGA 1J1OY 4GLAA 1GBSA 1QTEA 4IATA 3EO5A 2YVBA 4NHTA 3W6CA 1JKBA 4DDCA 5D5FA 5LVKA 2YBMA 1LSCA 5I53A 1BB3A 1LMQA 3G3AB 1G7MC 1FLUA 1GB6A 1DQJC 3WMKA 3TXFA 1IP1A 1F6RA 3CSRA 2ZYPA 4HP0A 1GHLA 4B1AA 1UIDA 4I0CA 4NG1A 4L41A 1D0KA 4PHIA 1LSAA 4H93A 1C7PA 2BQNA 4TUNA 4W94A 6LYZA 1WQOA 4DT3A 2D4JA 1DXJA 2ZQ4A 3A94A 1BB7A 3B72A 5I4YA 4H8XA 1BVKC 6LYTA 1XGRC 1IWUA 1LZGA 4QDNA 1OUDA 4HSFA 1YIKA 2D91A 1MLCE 1TAYA 1LSBA 1HERA 1GF7A 1AKIA 4NEBA 3WL2A 3IJUA 1JISA 1LMAA 1LZBA 4KL7A 3ZVQA 1GFGA 5I54A 1F0WA 1HFXA 4U3XB 3LYMA 4G4HA 1LYYA 1VDTA 2BQCA 3LZTA 4PPOA 3AYQA 5KJ9A 5LYTA 1NBYC 2ZIKA 1LJHA 1GB5A 1GFJA 1IOSA 1ALCA 1OP9B 2MEEA 5DLAA 4LYMA 1LJEA 2XBSA 2BQDA 3A92A 1DZBX 1LMOA 3TMWA 3AB6A 1GF4A 1UC0A 4NGZA 1IWVA 7LYZA 5KKJA 1GFKA 1YILA 1T3PA 1GF0A 2XTHA 1LYOA 5LVHA 2W1LA 1NWGA 194LA 1GBXA 2MEBA 1NDGC 2Z39A 3B0KA 3ATNA 1IP6A 1EQEA 1VFBC 5LA5A 1LZNA 1YL1X 3LYZA 2BQBA 2ZYCA 5APEA 5T3FA 5HMVA 1DPWA 4B4EA 4N1EI 3OJPA 3AW7A 4WG7A 1AZFA 3WXTA 4PGJB 4XENA 4DD2A 1GBYA 2CJLA 2HU1A 1ZVHL 1A4VA 1HMLA 3RT5X 1B7SA 4H9HA 1OUCA 3WULA 4UWUA 1D9UA 3WYHA 2BQKA 3W6FA 5AMYA 4PRQA 1B7NA 1BWJA 5B05A 1REMA 1D6QA 4WL6A 4LGKA 4I8SA 2LYOA 1HMKA 1UIFA 4OWHA 4WG1A 4WM2A 1OUGA 4GN3A 1IVMA 1WQRA 2YDGA 3AZ4A 1EQ4A 1EQ5A 3CQLA 3A93A 4ETCA 5LVIA 4TX7A 5LAGA 4ETEA 4GCCA 4HTQA 4HJZA 4NGWA 4LFPA 3A3QA 5DL9A 1JWRA 2G4NA 4OWCA 4WLXA 1RJCB 1YAMA 1KIRC 3WU8A 4XJFA 1I20A 4II8A 1DPXA 1QUTA 1TEWA 4N9RA 1F6SA 2X0AA 3W6DA 2DQEY 2MEGA 1GE2A 1JJ0A 1GDXA 5LA8A 1LZ9A 5L9JA 3QY4A 5FELA 5C6JA 4QEQA 4RW2A 1JITA 1FKVA 1UIGA 4YOPA 2HEBA 2Q0MX 5IHGA 4RLMA 1DI4A 1FKQA 1HFZA 4E3UA 1KXYA 4XJGA 1BWHA 1DKJA 3TXDA 4GCDA 1QIOA 1B7QA 4WL7A 4KT3A 2MEHA 1GB0A 4NHPA 1LYSA 5KXNA 1F10A 3WXUA 1GB7A 1LSGA 4OWAA 1GB3A 8LYZA 1NQIA 4WO9A 4FJRA 4ANRA 1YROA 4R0FA 5I5QA 3P65A 2LYMA 2YBLA 3OK0A 4NIJA 2EIZC 4NGVA 3VWOA 2YSSC 4NG8A 4DD1A 4WO6A 4AXTA 1LSEA 4H91A 1FDLY 1CJ8A 1JUGA 1LZ1A 2H9JA 4H9EA 4H92A 4HJVA 1VDQA 4WLTA 3CSZA 1B0DA 1WQPA 4LT0A 3MGWA 1C45A 4NSGA 5B1GA 1NDMC 1A2YC 5KXMA 2DQJY 1LJIA 1HEMA 1QTKA 1LJFA 3WW5A 4ML7A 3AW6A 1RE2A 1XEJA 1Z55A 3LN2A 3FE0A 4RDSA 4DD3A 135LA 1NF5A 3HBDA 1JKAA 4OW1A 5J7CA 5HLLA 3HFMY 5KXYA 4NGYA 4YF2A 4CJ2A 3CT1A 1WVVA 2FBBA 2Y8PA 3TXJA 1B9OA 1KXXA 2PC2A 1IR9A 1G7JC 1HSXA 1PZYA 1UIBA 1JTTL 2H5ZA 4H9FA 4NHSA 4H8ZA 5LVGA 4YEOA 153LA 3WH1A 3T6UA 5JENB 1GF8A 1WQNA 1QQYA 2Z38A 3J4GA 3ZVQB 1HEWA 5IELA 2F30A 4NSIA 2VB1A 1LCNA 4NHIA 4WOAA 5B1FA 3CSQA 1IC4Y 4WM6A 5LVJA 3TMXA 2Z37A 4YM8A 1B7RA 1UA6Y 5I4XA 4WM1A 2MEIA 133LA 4LYTA 4RW1A 3AGHA 4H9BA 5KXKA 4ET9A 1DI5A 2I6ZA 1IIZA 1FN5A 2IHLA 4HV1A 1HC0A 4DDAA 1IP2A 1CJ7A 1GXV2 1XGUC 1OUFA 2BLXA 5ILFA 1C43A 1ZVYB 1YAPA 2ZWBA 3AZ7A 3KAMA 3WPLA 1LZCA 2BQOA 1UIEA 1G7HC 2CDSA 3P4ZA 3CB7A 4N5RA 1RCMA 3WVXA 5HMJA 5DM9A 1GE3A 5FCPA 4H9CA 1OUAA 2MEDA 2BLYA 1LHIA 1LZ5A 4LT1A 4KXIA 4TSBA 4BAFA 1GBOA 1GF5A 2BQFA 4MR1A 1G7LC 3WW6A 4H9AA 4ZIXA 4OOTA 1GEVA 1WQMA 3B0IA 1TBYA 1W08A 1ZV5L 3EMSA 3N9EA 4CHXA 1NBZC 1GF3A 3P64A 1LSDA 3A8ZA 2W1YA 5LINA 1I56A 2CGIA 1QUSA 1BB5A 1BGIA 1HEOA 1XSFA 4LYCA 4OOOA 3A3RX 3AGGG 1HF4A 3A95A 1LHJA 3ATOA 1B5UA 4Z98A 5LXWA 1CKFA 2F2NA 4WMGA 3F6ZA 2D6BA 3BKHA 4M6DA 1IC7Y 3A90A 2GV0A 4P2EA 1E8LA 3RW8A 1LZYA 4BS7A 5F16A 4G9SA 5LIOA 1YKYX 1LYZA 3AZ5A 1OUJA 2F4GA 2D4IA 3K3TA 4H9IA 3LZ2A 5EBHA 5C6IA 1HSWA 5F9XA 1D0LA 1CKGA 1MELL 1LSMA 3ZEKA 1NKHA 1HEPA 3N9CA 2MEFA 1JSFA 2B5ZA 2CWIA 4HTNA 4MSTA 3WUNA 1GE0A 3QNGA 4GN5C 2C8OA 1HENA 3P66A 3A34A 4N1CC 1BHZA 3QE8A 1DKKA 1GF6A 4NGKA 3TMUA 4GN4A 5FHWA 1SLYA 3LHMA 1NHEA 1IP7A 1D6PA 1INUA 2YBHA 5KXXA 1GBWA 1HNLA 1YAQA 2BQMA 1UICA 2ZILA 3GXKA 4GCEA 4NGJA 3FI7A 4HV2A 2BQGA 4CGEA 1B5VA 3RZ4A 1LJJA 1LJGA 4IASA 132LA 1YKXX 3AZ6A 5A3EA 1V7SA 2LZTA 2LYZA 5B06A 4H90A 4GCFA 4LT2A 4B49A 9LYZA 4OWEA 4QY9A 2HUBA 1LSFA 1XGPC 2HU3A 4KPMA 5DN4A 1CKHA 1LHMA 2ZNWY 3AGIA 3P68A 2BQJA 3WU9A 2H9KA 1REZA 1GFRA 1LJNA 1V7TA 3D3DA 5ILCA 1OUHA 1GFHA 4NY5A 1B5ZA 2DQGY 1AT5A 4A7DA 2G4PA 4OWBA 5HQ1A 1VEDA 5KXRA 5I4WA 1YL0X 2A7DA 1GFUA 1IWXA 1LZ6A 4WM3A 4Z46A 2MECA 2YBNA 1GAYA 2G4QA 4MCKA 1LHKA 2BAAA 1B5YA 2A7FA 4NHQA 4PRUA 4B0DA 1SQ2L 1QDTA 2HECA 2LHMA 5HNCA 1IOCA 3A91A 1REYA 1B5XA 2HTXA 1DI3A 2FYCA 2DQAA 3W6BA 5B07A 1LMNA 2W1XA 5KXZA 154LA 1JJ3A 207LA 5KY1A 2DQHY 3EXDA 4GLVA 1BB6A 3WU7A 5KXOA 2FYDA 4BADA 193LA 3RU5A 1GB9A 1UBZA 1JTOL 2BPUA 4WLDA 4WLYA 1JSEA 1VDPA 2I26L 1OUBA 1WTNA 3N9AA 1GXXA 1B7LA 1UCOA 1GDWA 4O34A 2ZQ3A 1FLQA 2BQIA 4XN6A 3WPJA 1LMTA 1GF9A 2D4KA 4NGIA 2C8PA 4NWHA 4NSJA 1C10A 208LA 1GBZA 4WM5A 3ULRA 5FEKA 4ETDA 2HEDA 1LZ4A 1UIAA 2DQIY 4X3BA 3J6KA 3WUMA 1I1ZA 4LYBA 1LTMA 2BQLA 2FBDA 4Z41A 1VATA 4LT3A 1LMCA 1LOZA 4TWSA 5K7OA 4G4CA 2HEEA 4H8YA 5APFA 4DDBA 4LYOA 1G7IC 4DD7A 1C08C 1HELA 5F14A 1QSAA 1GEZA 4TSCA 4YENA 5LAFA 1J1PY 3GXRA 3M3UA 3CT5A 2NWDX 1LZDA 5B59A 1LHLA 3A6BY 1H87A 1LZ8A 3TXIA 3A67Y 1BWIA 4XADA 3D9AC 1B7OA 1OUEA 134LA 1LSZA 2EQLA 4RLNA 5IDDA 1GAZA 4G49A 1UUZC 5HNLA 1GB2A 1XEKA 1XEIA 1WQQA 3RNXA 1HFYA 1VAUA 1LSYA 1GFTA 1GFVA 4DD0A 4M4OA 4LYZA 5C6LA 1IY4A 2IFFY 3CT0A 3G3BB 4HTKA 3EBAB 1CJ9A 2YBIA 2Z18A 4ZEEA 1JJ1A 4NFVA 1AT6A 1IOQA 1JKDA 1YANA 2I25L 1ZMYL 4N8ZA 4ZFPA 1LHHA 3TMVA 1KIQC 4R6CA 1IO5A 1GB8A 1LKRA 1GFEA 1OUIA 4XJBA 5APCA 1FBIX 3WUAA 1YKZX 1GE1A 1KIPC 2HEFA 1FLYA 1HHLA 3B0OA 3TXBA 3TXKA 5APDA 1IWZA 4H1PA 1GE4A 1P2CC 1IP4A 1JHLA 1REXA 1H6MA 1TDYA 2W1MA 4J1BA 3WPKA 4DYGA 1IX0A 4C3WA 2N5ZA 1GWDA 1LZEA 3AJNA 3SP3A 4B4IA 1O23A 3W6EA 5LYMA 4DWXA 1NMMA 5KXLA 1LZRA 2DQDY 2XBRA 1LJ3A 1JKCA 3A96A 4ETBA 2BQEA 1LZSA 1B7PA 2LZ2A 1LPIA 1XGQC 3IJVA 5A3ZA 2BQAA 1UACY 1LSPA 1UIHA 2MEAA 2F4AA 4BAPA 4Z3MA 4XJIA 3LYTA 2DKVA 2DQCY 4EMNA 5II3A 1FLWA 5KXWA 1IR8A 1XGTC 5E9RA 1AM7A 4NSHA 1WTMA 4PJ2C 4UWVA 4DC4A 5LYZA 3E3DA 1VDSA 1IORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4DV0M 5F9UA 3HBHA 1D0MA 259LA 1B7MA 5KXTA 2R4EA 5L3IA 4AGAA 4KLNA 1D2YA 180LA 4NGOA 1E94E 3RFWA 1CJ6A 1GLNA 1C6LA 1L58A 4XGIA 4JXJA 1RU3A 1VEKA 2DAGA 1HEQA 4JYAM 115LA 3A6CY 1JIYA 4LJ9A 3F8VA 4HPEA 1L82A 2JP7A 4LDEA 1IEEA 4MGYE 1LAAA 200LA 1OQYA 4DR6M 1G59A 251LA 3ZC7B 1P7SA 5FDJA 2DQFC 4NGLA 1E9RA 5D5CA 2KRKA 5M1YA 4B3TM 2D7EA 1BVXA 4DR4M 4MM3B 2B3TA 1JPOA 3GQ5A 1PGYA 1GD6A 3LQRA 4GCBA 2KRUA 1GKIA 3TXEA 4JN6A 1NJGA 151LA 1G0JA 2F47A 4R71A 4ETAA 5ITUA 247LA 4W59A 2JNHA 2R46A 1OQMA 4FDYA 1GFAA 4EJ4A 4DV7M 236LA 1N4FA 3C80A 1AIPC 3TPZA 4YEMA 191LA 3E46A 5DN5A 2CFOA 1QTEA 4IATA 3EO5A 4NHTA 1OV7A 1JKBA 4LGMA 5I53A 3EIEA 1DQJC 3WMKA 182LA 1IP1A 4PT5A 3CSRA 2ZYPA 4H93A 1WQOA 4DT3A 1XWIA 3K1JA 1DXJA 2D4JA 1P37A 2DAMA 1BVKC 1LZGA 1YIKA 1C6PA 188LA 1AKIA 3L2XA 3WL2A 3IJUA 1L81A 3QYBA 1GFGA 3SYLA 1P3QQ 1KFVA 3L28A 3HTGA 3HJ8A 3C8RA 1VDTA 3HH4A 1R5LA 1LJHA 2RB1X 1IOSA 4LYMA 4PCZA 1DZBX 1LMOA 3HWLA 2RH1A 7LYZA 1YILA 4RKUF 4GHAA 3FRIA 149LA 1LYOA 2DXIA 2MROB 1Z5AA 4UN2B 129LA 3VDUA 256LA 1LZNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1D0KA

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Chord Diagram

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