1D0L | Genus

Total Genus 112

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	112
sequence length	322
structure length	314
Chain Sequence	b'MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ'

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan. pubmed doi rcsb
molecule keywords	35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
source organism	Escherichia coli
molecule tags	Transferase
total genus	112
structure length	314
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-09-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1d0lA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1d0lA02

5APFA 1HSWA 1CKFA 1OUBA 4OWBA 4WO9A 1LAAA 1LMNA 1V7TA 4DD9A 2A7DA 4KPMA 3LYTA 4NHSA 4PHIA 3KAMA 1J1PY 3P66A 4GN4A 4HJVA 4OWEA 132LA 1H6MA 1QUTA 1FBIX 4PRQA 5IELA 5L3IA 4HJZA 1I20A 2I26L 4B0DA 3CT0A 1OUJA 2BQCA 1CJ9A 1UA6Y 4LYTA 4YOPA 4DDCA 4G49A 1B5XA 3RNXA 3A94A 2B5ZA 1DI4A 1NF5A 1LZTA 1XEJA 4GCBA 5II3A 4H9AA 4M4OA 1FKVA 4HPEA 5KY1A 5KKIA 4Z98A 2D91A 4EOFA 1GF8A 134LA 1LSFA 1YKXX 1BB7A 5B1FA 1A2YC 4W94A 5B59A 4WLDA 1VATA 1TBYA 2BQBA 3WULA 1IY3A 4RLMA 1LSBA 1DKJA 1NBZC 2Z18A 1GFJA 3WUAA 1DXJA 1HHLA 1XSFA 1GB5A 2Z39A 4OOTA 1IR7A 1HMLA 4H9IA 1GB8A 1YAOA 1LZ9A 3A6CY 2MEIA 2MEEA 4H9FA 1GEVA 1VDQA 4NGOA 1IWZA 3ULRA 4BADA 4WM1A 1ZVYB 4NGVA 4I8SA 3TMUA 1UIGA 5KXSA 1C7PA 3WW6A 4NGKA 1UIEA 1G7IC 4HP0A 1CKDA 1GFVA 1JTTL 1XGRC 3F6ZA 5B06A 4P2EA 2HEEA 1LYOA 2D4KA 4H9HA 3LZTA 4N0JA 3A3RX 5HMVA 3IWRA 4WLYA 2MEDA 2D4IA 1A4VA 1HEMA 1FLQA 1GE1A 1NBYC 1RJCB 1IP1A 1GB7A 4DD3A 1HSXA 1GFEA 1B2KA 1WQPA 1OP9B 2VB1A 4LYOA 1D0KA 4DDAA 4LYMA 4ZIXA 1UUZC 5I4XA 1E8LA 2I25L 1UICA 1GE3A 133LA 1TAYA 4LYCA 2ZIKA 1D6PA 1GB2A 1IP7A 1UIBA 5KXZA 5HNCA 2YBIA 1B5VA 5KXNA 1LKSA 1B7NA 2IHLA 2C8OA 1TCYA 1XGTC 4ET8A 1LSZA 4B1AA 3N9CA 4QDNA 5C6LA 3GXKA 5LVHA 3T36A 1H87A 1IR9A 1GF7A 1TEWA 1CKHA 2YBHA 3M18B 1HEQA 5KJ9A 5FDJA 2D4JA 1B5WA 1IWTA 2H9KA 4ETEA 4B49A 1C10A 1IP4A 5B07A 2FYDA 2F4AA 4H9CA 1B7MA 1QTKA 1RFPA 2D6BA 1CKCA 2MEBA 2DKVA 2NWDX 4J1AA 3WL2A 5I4WA 4ANRA 1IR8A 5APEA 5DLAA 5LAFA 4J0LA 4YENA 1KXYA 5F14A 3AZ7A 4WM4A 1YL1X 135LA 5APCA 4B4IA 2EQLA 2G4NA 5LVKA 3A92A 1LJKA 3CSZA 2CGIA 1LHLA 1AKIA 2EIZC 4NY5A 3G3BB 2XTHA 4YM8A 5HQ1A 1WVVA 1REMA 1T6VL 1J1XY 4WM3A 1OUFA 4KL7A 1UIAA 3WMKA 3AZ5A 5DN4A 4XENA 3TXBA 3N9EA 1DKKA 4PGJB 2W1MA 1JITA 1LMCA 1NKHA 1WTNA 5I5QA 4GLAA 1QSWA 1GDXA 4WL7A 1XGUC 2BQMA 3AB6A 4G4HA 4TX7A 4CFPA 2DQIY 1LKRA 4TUNA 5LAGA 1ALCA 1LMOA 2BQJA 1JISA 1GB0A 1GEZA 1BB6A 1GF9A 1IOCA 2ZQ3A 1IC4Y 2YVBA 4YEOA 3LZ2A 4NG8A 5IHGA 3IJVA 1JKDA 2Z38A 1EL1A 3TXGA 4TTDA 5LVJA 2DQGY 2YSSC 1LZBA 6LYZA 1NHEA 5FSTA 1C08C 5LA8A 1P2CC 4LFXA 2G4PA 1D0MA 4UWVA 1GBZA 5FCPA 194LA 1G7MC 1LJIA 3D3DA 4M6DA 1LZCA 1IWVA 5HNLA 4XJIA 4ET9A 4DD2A 4NSIA 3N9AA 4H93A 1LZEA 1G7LC 5LINA 2ZYCA 1LOZA 1GB3A 1GWDA 3HFMY 2HTXA 3M3UA 2H9JA 1D9UA 4I0CA 1REZA 4NIJA 2DQEY 3LN2A 4C5FA 1LSAA 1LSPA 4WMGA 1GBOA 4MSTA 3CT5A 2W1XA 1VDSA 1C46A 4H90A 4H8ZA 4QEQA 3WU7A 2IFFY 4DD7A 4PJ2C 4AGAA 4B4EA 1GF3A 1IOTA 5KXRA 9LYZA 4NHIA 4ZEEA 1OUAA 1C43A 3WYHA 2FYCA 4H94A 4AXTA 4DWXA 2EKSC 1EQEA 4TSCA 3TMVA 1HFYA 1CJ6A 1UCOA 3B0IA 5K7OA 5F16A 4NGWA 1WQOA 1HEWA 1CJ8A 4IJ4A 1YANA 1JEFA 4R0FA 1IWUA 1HMKA 1WQRA 2XBSA 1KIPC 1FKQA 2W1LA 4E3UA 2BQDA 2DQHY 3W6EA 3B0OA 3CQLA 5DN5A 1FLWA 2W1YA 1TDYA 3WPJA 1BGIA 3W6BA 4CFOA 1FDLY 3CSQA 1BVXA 1NDGC 5B05A 4WLXA 1JWRA 2YBNA 3EMSA 1GBYA 2YDGA 5HLLA 4GCCA 3AJNA 1MLCE 4FDYA 3P64A 3J6KA 5ILCA 2MECA 1HFXA 3P65A 1LSDA 5D5CA 5I54A 3FI7A 5DM9A 2DQFC 3EO5A 1B7QA 4UWNA 4LT1A 1LSEA 8LYZA 4WL6A 4LZTA 3TXKA 4QY9A 2ZQ4A 4LT3A 5LYMA 1LMPA 4N1CC 2ZYPA 4GN3A 1B7SA 1VDTA 3TXJA 2CJLA 1LZ6A 1IOQA 1LZ5A 4HTQA 3HBDA 1GFGA 4H92A 4WM6A 1BB4A 2YBJA 2MEGA 2XJWA 3AW7A 1JUGA 1SQ2L 2BQLA 4DDBA 1REYA 2DBTA 4CGEA 1YAMA 4OWAA 3WW5A 3BKVA 4WG1A 1REXA 1IOSA 1XGPC 2Y8PA 1B5UA 5EBHA 1BQLY 2BLXA 2HEAA 2HECA 1GBWA 3EBAB 4H9EA 1OUDA 1OQMA 1XEKA 4NSGA 5LXWA 3OK0A 1N4FA 3W6CA 1HERA 4XJGA 1LJGA 1B7LA 1QUSA 4W96A 1LSGA 2F4GA 3P4ZA 3B0KA 4NG1A 5I53A 5KKJA 4LGKA 1YAPA 1LJJA 1I56A 2ZIJA 4GLVA 3VWOA 2XBRA 2BPUA 4LYBA 2WARA 3AGIA 2HU1A 1F0WA 1YQVY 1LZNA 1EQ4A 4NFVA 2C8PA 3A96A 4Z46A 1CJ7A 4YF2A 1T3PA 1LYZA 4Z41A 1D6QA 1GB9A 2Z2EA 1IP6A 4CHXA 1LJNA 1LZAA 3WH1A 4G4BA 2Z12A 1QSAA 1RE2A 4O34A 3TXIA 3TMXA 4HJYA 4N9RA 5LVIA 3LYMA 5C6JA 193LA 1B0DA 5F9XA 1B7OA 2BQAA 2LZTA 4KT3A 5APDA 3P68A 1FN5A 1NWGA 5J7CA 3B6LA 1AT6A 1LSNA 1YKZX 1IWXA 1C45A 2AUBA 4R6CA 1DI5A 1IWYA 2DQJY 1KXWA 4MR1A 1LJHA 3ZVQA 3WU9A 1DPWA 1LMQA 4NSHA 4RDSA 1LZGA 1GD6A 1GXXA 4NEBA 1NQIA 3GXRA 1LZ8A 3W6AA 2A7FA 3T6UA 3A67Y 4G9SA 4II8A 1B5ZA 4PPOA 1HENA 1UIFA 1PS5A 3ATNA 4NGIA 2LZ2A 1J1OY 1LMAA 5F9UA 3LHMA 4HSFA 1GFAA 2Q0MX 4OWHA 3WPLA 2ZILA 3A8ZA 4GCDA 1ZVHL 5KXMA 3AGGG 5KXTA 4GN5C 1GE0A 1AT5A 1JHLA 1JTOL 1NMMA 1VEDA 5LA5A 4WOAA 2I6ZA 1JKCA 4RW1A 3CT1A 3TXHA 3QE8A 1O23A 3A34A 1OUCA 4J7VA 5LIOA 1GBSA 2MEAA 1GF6A 4NHPA 4MCKA 1IX0A 3A90A 1OUHA 5FHWA 4FJRA 5F81A 4ETBA 3RU5A 4ZFPA 1DI3A 2BQNA 2X0AA 5A3ZA 4XN6A 1QQYA 208LA 1VFBC 4DD1A 1QIOA 1CNSA 1YAQA 1YILA 3RT5X 1F6RA 4OWCA 4XADA 5LYZA 4HV2A 1GFUA 3BKHA 4XJFA 4G4CA 5KXLA 5LYTA 5KXOA 1IY4A 5JENB 1BVKC 1V7SA 5DL9A 5KXWA 1LJFA 1AZFA 1LZSA 5KXPA 3B72A 2LYMA 1BWHA 1JJ3A 1QTEA 2RSCA 3HBHA 3WUNA 4CJ2A 1F10A 1LZDA 2LHMA 1GFRA 1Z55A 2ZWBA 4RLNA 2BQEA 3WPKA 5I4YA 3HBEX 3A91A 1BHZA 5L3HA 1IC7Y 4D9ZA 4LYZA 1IORA 1VAUA 3CB7A 1UIDA 4H9BA 4H91A 5FEKA 1IIZA 1LZ1A 1PZYA 1YROA 4KXIA 1LPIA 3TXEA 4C3WA 2DQAA 1XGQC 3FE0A 1AM7A 2N5ZA 4LFPA 4NHQA 4GCEA 5L9JA 2HU3A 4N1EI 4NGJA 1HFZA 1IVMA 3RW8A 1GFKA 1WQQA 1JIYA 4L41A 3TXFA 1RI8B 5A3EA 4NHTA 1B7RA 1LSCA 4HTNA 4WLTA 1IP5A 3AZ4A 5HMJA 153LA 1I1ZA 1JKAA 1LHIA 5IDDA 4HV1A 4XJHA 4DD0A 1LJ4A 1WTMA 5KXKA 4NSJA 1JJ0A 3QNGA 1OUGA 2HEDA 1LSMA 1ZV5L 5C6IA 2MEFA 1GPQC 2BQIA 5ILFA 1GF4A 4DT3A 3G3AB 1DZBX 4OOOA 1GHLA 2DQDY 1KIRC 1LTMA 1B9OA 3AYQA 207LA 4NWEA 2HEBA 4U3XB 4XJDA 1DQJC 1LSYA 4BAFA 3WUMA 2G4QA 2Z19A 2BAAA 5D5FA 1QDTA 1GF0A 1OUIA 1DPXA 5E4PA 3WXTA 3WU8A 1GBXA 2FBDA 1RCMA 1FLYA 4ETDA 1B5YA 1CKGA 1GB6A 5E9RA 2HEFA 1HEOA 1JSFA 1JSEA 1HEPA 2GV0A 1GDWA 1LZYA 3W6FA 6LYTA 1LCNA 3AGHA 4HPIA 1LHMA 2CDSA 4GCFA 4UWUA 5KXYA 2BQHA 2BQKA 4XJBA 1LMTA 1LZRA 1IEEA 1LHHA 3K3TA 3LYOA 4H8XA 3D9AC 1BWIA 1GFHA 5B1GA 3W3EA 1YIKA 1JPOA 4BS7A 3WVXA 2EPEA 1LHKA 1ZMYL 4QGZA 1XFPL 1MELL 2Z37A 4NGLA 1HNLA 3LYZA 1IO5A 4LT2A 4RW2A 2MEHA 5T3FA 1D0LA 1LZ4A 1IP3A 3E3DA 4A7DA 2DQCY 2FBBA 3QY4A 1W6ZA 3W6DA 4DYGA 154LA 1GAYA 1JKBA 3A93A 3AZ6A 1G7JC 4ML7A 4WM5A 1KIQC 1GFTA 3IJUA 4ETAA 7LYZA 4EMNA 1JJ1A 4N8ZA 5LVGA 1HELA 1F6SA 1VDPA 2H5ZA 4TWSA 1G7HC 1GAZA 2BQOA 2Z2FA 4PRUA 2ZNXY 1GE4A 3OJPA 5KXXA 4HTKA 2LYZA 4WG7A 4ETCA 4H1PA 1OUEA 1BWJA 1BB5A 1FLUA 1EQ5A 4N5RA 4DC4A 1HF4A 1LYSA 1UC0A 1B7PA 1LJEA 1HC0A 3EXDA 2BQFA 1KXXA 1XEIA 2LYOA 1UACY 3J4GA 4OW1A 2PC2A 3TMWA 3ZEKA 4J1BA 4XYYA 1SLYA 5FELA 2YBMA 5M1YA 3RZ4A 1GE2A 4H8YA 4TSBA 3AW6A 3WVYA 3WXUA 3TXDA 4BAPA 1WQMA 1W08A 1YL0X 3A3QA 1YKYX 4YEMA 4X3BA 1LYYA 4NGZA 3SP3A 1INUA 1NDMC 4WO6A 1BB3A 2F30A 2HUBA 4WM2A 1JTPL 1UIHA 2BQGA 2ZNWY 1IP2A 3A95A 4IASA 5AMYA 1WVUA 4B4JA 2CWIA 1WQNA 1LJ3A 4NGYA 1IWWA 1GF5A 2BLYA 3MGWA 4IATA 3ZVQB 4LT0A 3A6BY 1QDRA 1IC5Y 3ATOA 2YBLA 2F2NA 1UBZA 3CSRA 4NWHA 1LHJA 4Z3MA 1GXV2
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1JTMA 5APFA 4OX9M 3HT6A 4OWBA 1SG9A 1V7TA 2R0IA 3HTBA 132LA 2LH0A 1QUTA 3H4JA 1L36A 2I26L 4HJZA 4B0DA 1LYIA 1OUJA 3CT0A 3B7QA 3RNXA 1D3FA 3J2PB 1DI4A 4XGIA 3RGPA 3DN2A 2BNKA 4GCBA 3C7ZA 4H9AA 1FKVA 4EOFA 3HWSA 3GP1A 5B1FA 5C1BA 2HULA 1ZURA 4WLDA 5B59A 1C6HA 2BQBA 210LA 1IY3A 4QHSA 1NBZC 3DA1A 1T8AA 2Z39A 1NY5A 5FSWA 1DGGA 4DJHA 130LA 4NGVA 2RAYX 3DOAA 1EFUB 3TMUA 4WURA 3U6SA 201LA 1GFVA 1JTNA 5B06A 1L09A 4P2EA 1C6IA 2L7HA 1L26A 3DFZA 4HEOA 1CU6A 1FLQA 1GE1A 1L05A 1IP1A 4DD3A 1HSXA 3SARA 4ZIXA 5FLXS 4DDAA 3THGA 3GLGE 218LA 2JUJA 1KY0A 2I25L 5DNYA 2AHMA 4LDEA 3T1YM 3HKPA 4GITA 3L29A 5KXZA 5KXNA 4WW0A 2C8OA 2L7IA 1G1VA 3SN6R 3KDSE 4OW0A 4Z6YA 1LSZA 3I01M 4QDNA 5LVHA 1CKHA 4NSOB 1B5WA 1G0LA 1OFHA 4B49A 1C10A 1L17A 2XLJA 2FYDA 1B7MA 3SYLA 251LA 2Y20A 2D6BA 3QAUA 2MEBA 2NWDX 1DGHB 209LA 5DLAA 1VDDA 5LAFA 1T43A 4LRTA 4WM4A 4B4IA 2LVPC 2G4NA 4GRVA 5LVKA 3A92A 1FNNA 4R3DA 3CSZA 4LDOA 4LJ5A 2FS1A 1VG5A 4GH9A 1LHLA 2EIZC 1HT2E 4I4LA 3FI5A 2X8AA 1L94A 4WM3A 2QNJA 3E9SA 3SMSA 2F5SA 1NJGA 1OUFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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