The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
373
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structure length |
373
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Chain Sequence |
ETTSSIGEKVWDDKDNQDGKRPEKVSVNLLANGEKVKTLDVTSETNWKYEFKDLPKYDEGKKIEYTVTEDHVKDYTTDINGTTITNKYTPGETSATVTKNWDDNNNQDGKRPTEIKVELYQDGKATGKTAILNESNNWTHTWTGLDEKAKGQQVKYTVEELTKVKGYTTHVDNNDMGNLITTNKYTPETTSSIGEKVWDDKDNQDGKRPEKVSVNLLANGEKVKTLDVTSETNWKYEFKDLPKYDEGKKIEYTVTEDHVKDYTTDINGTTITNKYTPGETSATVTKNWDDNNNQDGKRPTEIKVELYQDGKATGKTAILNESNNWTHTWTGLDEKAKGQQVKYTVEELTKVKGYTTHVDNNDMGNLITTNKYT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Novel fold and assembly of the repetitive B region of the Staphylococcus aureus collagen-binding surface protein.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Structural protein
|
source organism |
Staphylococcus aureus
|
molecule keywords |
COLLAGEN ADHESIN
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total genus |
92
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structure length |
373
|
sequence length |
373
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 1999-09-25 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF05738 | Cna_B | Cna protein B-type domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Sandwich | Immunoglobulin-like | Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain | ||
Mainly Beta | Sandwich | Immunoglobulin-like | Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain | ||
Mainly Beta | Sandwich | Immunoglobulin-like | Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain | ||
Mainly Beta | Sandwich | Immunoglobulin-like | Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1D2O A; 4BUG A; 2X9Y A; 1D2P A; 2X9X A; 2XID A; 2Y1V A; 3B2M A; 3GLD A; 2X9Z A; 2X9W A; 2XTL A; 2XIC A; 3RPK A; 3GLE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G7M B; 3R0M A; 4LHQ B; 1FNL A; 4RBP K; 1JPG A; 1K2D B; 3STZ B; 5KN5 B; 4BQ8 A; 4M62 H; 3DIF B; 4NT6 A; 4NZD A; 2J4W H; 2X4T A; 3L2L A; 3LPF A; 5D6D C; 1L7I L; 4KFM A; 3MA9 H; 3MA9 L; 2ADF H; 4IDJ L; 2ADF L; 3GHE H; 1E50 A; 4HS3 A; 3GHE L; 4HV8 B; 2QQQ A; 2QLV B; 2ZUQ B; 2ORB H; 4XE5 B; 1H3T A; 1RI8 A; 1TVD A; 3Q06 A; 4LK4 A; 5CGY C; 5DEZ A; 3U30 C; 1M9S A; 3K0Y A; 5C0C B; 2ZXD A; 1DVX A; 2QEJ A; 3CAF A; 4IM8 A; 4UQD A; 2AZU A; 4F9L A; 2OMX A; 5LXG L; 2IDC A; 3EKC A; 3LV3 B; 2J8O A; 4AVK A; 2R2B A; 4TUK L; 5BMF H; 2XPZ A; 4DK6 A; 2X6M A; 1KLF B; 1VES A; 2CXG A; 3MOA L; 4I48 A; 5FOB B; 1ZT7 B; 4FG0 A; 1RZ8 A; 2HLF C; 4KKL C; 4DUW A; 1SPD A; 2FWO A; 4M4P A; 2HVJ A; 4KHT L; 5D5M E; 1ZVN A; 2R23 A; 2WXO A; 1L6X A; 3BT0 A; 3O6F A; 4XAW H; 4JO2 H; 2EVF A; 3P4O A; 4JO2 L; 3WE6 B; 4FQP A; 2APX A; 4B97 A; 2EEC A; 4G59 C; 4E5X G; 1I8I B; 2ZOL A; 2B0S L; 4PCT A; 2Y22 A; 2R2H A; 1I8M B; 2F8I A; 3RUG A; 2C1O B; 3OZK A; 4BH7 B; 2LQR A; 5F0M B; 4BDV A; 4YGV B; 1RSY A; 2PR9 A; 4X5R A; 4RX4 A; 3FBK A; 3PWV A; 2W0F B; 3OKD B; 3IXT A; 4FFT A; 1KYU A; 3H7L A; 4PJX E; 3EJJ X; 3GMQ B; 4MMY B; 1YMH B; 3BKJ H; 2DBL H; 3NJX A; 4MBR A; 3BKJ L; 2DBL L; 4P59 L; 4P59 H; 3TO4 B; 4Z3E A; 1CU4 H; 4PD4 K; 1YC7 A; 1M56 B; 5AAW A; 2Z4Q B; 2BVP A; 2WBJ D; 5FUO L; 5SV4 A; 3TEW A; 4ODU B; 3QG6 A; 1EHX A; 3ARE D; 1AR1 D; 3G7T A; 2AXF A; 3T0E A; 1T21 A; 2C3X A; 4PCY A; 5C07 B; 1UAT A; 3S36 H; 5D96 C; 4UV7 H; 5JXE A; 3S36 L; 4I2X B; 1B2Y A; 3BGM B; 1PEW A; 4IU2 B; 3HPL B; 4Z7Q F; 3RWJ B; 4ZAK A; 5GSV B; 2ZG2 A; 3MLU H; 4Z5R B; 1F6A A; 1S46 A; 3P69 A; 3T5W A; 4RLD A; 3UJT H; 5IEK B; 3UJT L; 4TRP H; 3GML A; 4TRP L; 3VYO A; 3W3B A; 1T22 A; 2ATK B; 4NKI H; 4XXD A; 3VAE A; 3BW9 A; 5DUB B; 4PV8 B; 4LKC A; 2L7J A; 1BQH A; 4YDZ A; 1MLC B; 5AW7 B; 2EP6 A; 3OKK B; 2YMT A; 3T1F B; 3PYC A; 3STB A; 1LE5 A; 5I71 C; 3GJE A; 1EA9 C; 1BYP A; 4NNY A; 3POH A; 3O3A A; 2WIN B; 4XZ4 A; 5EU7 C; 4JFF D; 1U6A H; 1B4T A; 1CUO A; 1NMC C; 3BWZ A; 5IW1 B; 5E9N A; 3VFP A; 2NX5 D; 3VVV A; 5J11 C; 5IB2 A; 4GI9 A; 4AM0 B; 4PRP B; 1BAG A; 3HUJ E; 1MCK A; 5KBD A; 2RIK A; 5I5J A; 3KNB A; 1JMX A; 2GFB B; 4GQ9 H; 4GQ9 L; 2CRM A; 5FYJ E; 3GMR B; 2EIZ A; 4MQ7 A; 1S9V B; 3D3V B; 2G75 B; 1GZP A; 4RFN C; 1DUZ B; 1F1G A; 1BFV H; 1SJH A; 3KE0 A; 4ZBJ A; 1BFV L; 3X3F L; 2XT1 B; 3MRN B; 3X3F H; 5DVK A; 1B4L A; 5J1A A; 3U6X S; 2GSI B; 1JMZ A; 4HS8 H; 1HIL A; 4HS8 L; 3AY4 C; 4LCW A; 4WO4 A; 4Z7N E; 5DJZ A; 3LRS A; 3ZZQ A; 4C47 A; 1DBJ H; 3WEX B; 1GW6 A; 2FQE A; 5C7X H; 5C7X L; 3VD1 A; 2NQD A; 1EJ8 A; 3LKQ B; 1FAI L; 3EJU A; 3QIW B; 1JG9 A; 1VJS A; 5JHL L; 1KJ2 H; 4QHK J; 1KJ2 L; 1AGB B; 5CSZ B; 2ZWK A; 3V0J A; 3SPG A; 3UYR L; 1B4J H; 2HPO A; 4JFH D; 1SZN A; 1F42 A; 4FER A; 3IBO A; 3SDD B; 4P2O D; 1PLG H; 2XZC H; 3MSP A; 2XZC L; 4MYP A; 1E65 A; 1ZA3 B; 5HVH B; 5K5Y A; 1PEZ A; 4KFZ C; 3FCS A; 4FQI H; 3S37 H; 4Z7Q B; 1HHJ B; 3S37 L; 4K5M A; 5KBK A; 3IN0 A; 3BX7 C; 1EHL H; 4IRJ C; 4NEN A; 3UTQ B; 1EHL L; 4N0Y H; 4XN4 A; 3RNK A; 4ZMA T; 3RIK A; 2X2H A; 1CTO A; 3KVP A; 1B6U A; 3TBY B; 4A6Y B; 3CJJ A; 1D9K B; 3FCB A; 5SWZ E; 3RJD A; 1E2V A; 1AKJ A; 3X14 B; 4JHB A; 3HN8 A; 3WJL C; 4FF9 A; 1BG9 A; 1IM9 B; 3S3D B; 2EEF A; 1QBM H; 3V6O C; 3EBH A; 1CTM A; 1QBM L; 3CMG A; 3NK3 A; 1T4K B; 2P8L A; 3LCY A; 3EAK A; 1HAU A; 3BUP A; 2XID A; 3DTU B; 3UBX A; 2OR8 A; 4P99 A; 4OKV B; 1NKG A; 3HFM H; 3VRJ B; 4MA3 A; 2PWG A; 1PG7 X; 1YJD L; 4YPG B; 2I7O A; 1FDL L; 1X5A A; 1NCA H; 3KWT A; 4Z3T A; 2BIM A; 2BY3 A; 3RVU C; 1ZLV K; 1QA9 B; 4MAS A; 2ICW B; 3GSU B; 5FF6 B; 4MNH A; 3TEX A; 3EDD A; 1TPX C; 3ZKN C; 1UAS A; 2W8C A; 5MEO A; 4P5M A; 5DJ8 A; 4GEI A; 1BQK A; 4X7C C; 3DSN A; 1FF5 A; 4A67 A; 4CSS A; 1KC5 H; 2I85 A; 5EU4 A; 3IJE B; 1XDT T; 3QXT A; 5E4E B; 1ZGL M; 4B9I A; 1CD0 A; 3S7G A; 5C0R L; 2XX0 A; 4IOF C; 2E86 A; 3NRQ A; 4IYK A; 5GRU L; 1AQH A; 1BQL L; 4JFQ B; 2QEL A; 3PQY E; 1OTU D; 4I4W B; 5DD3 L; 2BMK A; 4OLZ H; 4QHN B; 5INC B; 5F9J B; 3BSG A; 4OV5 B; 3TBS A; 3MRF B; 3WNI A; 3Q8F A; 3N41 F; 4XC3 L; 5JW4 R; 2GJZ A; 2Z65 C; 1J1X H; 2L7U A; 2DQF B; 2VL5 B; 1J1X L; 1U9K A; 3CDG B; 4PD4 J; 1EFX B; 4EQ2 A; 4YBQ D; 1F3D H; 4ZO6 A; 3AG4 B; 2CGR H; 2KLT A; 5B3S B; 2CGR L; 1LMI A; 1W72 H; 2OTP A; 4Y1T A; 3S96 A; 4K9E L; 3JTT A; 3N1M C; 5JHD B; 4X6E B; 4PVL A; 3DOI A; 5CEZ L; 4TNF A; 2G9H B; 4MLI A; 3GIV B; 2AJ3 B; 1M1X B; 1A4K A; 2DF3 A; 3IJ7 A; 2IDQ A; 4R84 A; 5FO7 B; 3M1B A; 4IDL A; 4BFK A; 3EJC A; 1DSW A; 4XPT H; 1VLX A; 2WB7 A; 4HJG B; 5IG7 A; 1UD8 A; 3MGO B; 4A7V A; 4HF5 L; 3NEX A; 4M6M L; 4MMX B; 1E5U I; 1UOL A; 2Y7L A; 5BVP H; 5GRJ H; 5IHH A; 3RGV C; 5BVP L; 5AW5 B; 2MNJ B; 3LEV L; 2O6D A; 1FJ1 B; 4XPA L; 1XGZ A; 2P5E D; 2VLJ D; 4IIQ A; 2PPA A; 4JM0 A; 2MJW A; 4ZYK B; 4CIL A; 2ITD B; 1X6L A; 4XBE H; 2VZV A; 1Q9O A; 2V2W B; 3BC9 A; 4Z7V F; 1LNU B; 4G8F B; 4F92 B; 1IEB A; 2IPU K; 1PDK A; 1NCB L; 2WZA A; 3QI9 B; 4NKQ B; 1GZH C; 2Z31 A; 1M05 A; 2OMZ B; 3P77 A; 2EYT B; 2VNC A; 1JWU A; 1UGN A; 5CEX B; 4DEU A; 4BGL A; 2E5E A; 4M9O A; 4LSP H; 4MB5 A; 4N3T A; 2CKB H; 2W9E H; 4LSP L; 3S5Y A; 2CKB L; 2W9E L; 1WC7 A; 1I9R H; 2NT0 A; 1I9R L; 2DJS A; 4JDZ B; 4PRB B; 3GSO A; 3FUN A; 1ES0 A; 2B8O T; 5I18 L; 3MU3 A; 1MY7 A; 4PWI A; 2ZKH H; 4FLR A; 3IRZ A; 5I0V A; 1CXF A; 4WI7 A; 8FAB B; 2E74 C; 4DP9 X; 3L81 A; 4RA0 C; 4DUX A; 1DBB H; 4G42 A; 4GJT B; 2GJR A; 1ORQ B; 3PP4 L; 2HN7 B; 4KY2 A; 4LLM A; 2PWF A; 3DDG A; 3VO0 A; 2Z1P A; 2CO7 B; 4Z78 A; 2B1O A; 5JHA A; 4NO0 D; 4M3K B; 5AOZ A; 2EIM B; 1H6F A; 4OZ4 A; 3PGD B; 4J1U A; 4JZO A; 5DQD H; 3RWE A; 2LU5 A; 4JFO A; 3ME0 A; 4LLQ B; 3PL6 C; 4OBR A; 1M9W A; 1OTS C; 2M1K A; 1U8K A; 2CK0 H; 2CK0 L; 4HZA A; 4J5V A; 3T2L A; 3N41 B; 4LVH B; 1EEY B; 3BFQ G; 2A74 C; 2E9G A; 3QEH A; 4KNU A; 5A2C A; 1ZSD A; 4LVN C; 1ZA6 B; 4BM7 A; 4Q9B A; 5HYJ D; 3OWE A; 4P4K C; 3BAX A; 3NA9 L; 1FRG L; 1IT9 H; 3UMT A; 1IT9 L; 4PAZ A; 1E5A A; 2JI1 A; 3OAU L; 2JMR A; 3BCD A; 5IQN A; 4P3C H; 5J7C C; 1M7D A; 3BFW A; 1N18 A; 4P3C L; 2YHG A; 3FH7 A; 2J2Z A; 1OSZ A; 2K45 A; 3AUV A; 2QFP A; 5B3N A; 5CFA A; 4PLN C; 5IEH B; 5JW4 M; 2E9I A; 1KZY A; 4Y7O C; 1KBV A; 3MJ7 B; 2NY5 L; 4N0R A; 3IMR A; 4A55 A; 2B9B A; 3V4V A; 3PAY A; 4ZT1 A; 4WSJ A; 4IML A; 3SO3 C; 1IL1 A; 4ODW B; 4YXH H; 1A4B A; 1A7O L; 2IAD B; 4C83 B; 4YPJ A; 4POY A; 1OGT B; 4K2U H; 4Z7V B; 4NZJ A; 4YFL I; 1VFA B; 4X7F C; 4TUO A; 2BWQ A; 3VXM B; 4BV1 A; 5GZO C; 2MKL C; 3VD4 A; 2YSS B; 4TLT A; 2NY2 D; 5I8C B; 5EF1 A; 3NZU A; 4JM2 D; 3RY4 A; 4RMQ A; 5LGJ B; 2QSQ A; 3CG8 A; 3MV8 E; 2P5W B; 4ZS6 D; 5AL0 A; 4ODT H; 1U2H A; 3FCG A; 2RA1 A; 3O3E A; 4ODT L; 2ZWN A; 2XY2 A; 4OR1 A; 1CK0 L; 1E7U A; 2OMW A; 1ML0 A; 3NN8 A; 4W9F C; 5KSB A; 2WQS A; 1J48 A; 1I1Y B; 3HZM A; 5T1L A; 1B4R A; 1QLE H; 5LNE A; 3HC0 B; 1QLE L; 4R9H A; 1PKQ B; 3T4Y A; 4HGK C; 5IT2 H; 5EOT B; 5IT2 L; 3KG5 A; 4C54 A; 3OKE A; 3PAZ A; 2VRQ A; 2BSS A; 4GEJ A; 4HFU H; 1KCR H; 4HFU L; 4PS4 L; 3C5S A; 1TEG A; 3I3E A; 3ZGH A; 3M46 A; 2YD3 A; 1YPZ B; 3TPU B; 1BGX H; 4WK4 B; 1BGX L; 4Y8D C; 2WLI A; 4X6D F; 5BZW B; 1WIP A; 2P42 B; 3AW5 A; 5DO8 A; 1QWH A; 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4OQ1 A; 3H53 A; 1ROW A; 1CFV H; 4X5L A; 1UUR A; 1BLI A; 1CFV L; 2CLR B; 2EE2 A; 2XPY A; 4Y16 B; 2JTY A; 3GSQ A; 2ZCL H; 2KDG A; 2ZCL L; 3DX7 A; 3WNK A; 4QRP E; 5ACZ A; 1RUA H; 2FJF A; 4G70 B; 2WPG A; 5B39 G; 5SWQ A; 3ECW A; 4G2A A; 1EAP A; 2Q2L A; 2YPL B; 5C8J A; 1IKO P; 3DMM B; 5E51 A; 2ITE A; 1O7S A; 3NIF F; 1A7P H; 3IJH B; 4UDT B; 3PIQ B; 4ZDH B; 4TVS a; 4Q6I A; 3MRC A; 1JV2 B; 2BSE D; 1EV2 E; 1BX2 B; 1OCR B; 1Y18 B; 3D39 B; 2PYE D; 3B6S A; 3E9U A; 3OLG A; 2Q86 A; 4NBY B; 5D71 H; 1QPK A; 5D71 L; 5DHE A; 2GC7 C; 2A9N H; 3QEG H; 3QEG L; 2GEE A; 4D8P B; 1DVZ A; 5ICX A; 5TPW H; 3WGU B; 1DVQ A; 1VEM A; 4TVU A; 2R1Y A; 4JAN B; 1PW3 A; 5JOR A; 3CC5 A; 1FLR H; 3FRP G; 1FLR L; 4MBO A; 4PJH E; 1H19 A; 1RZG A; 5JQ6 H; 4I88 A; 3HI1 B; 4PRP D; 5IF0 A; 5K59 E; 3G5W A; 2FX8 H; 4GSX A; 3VA6 A; 2FX8 L; 5E8E B; 5DD6 A; 3BVW A; 2YR3 A; 4JM4 L; 3WY3 A; 5BW7 A; 5IB5 A; 4HAF A; 3NP3 A; 2WZP A; 5B38 B; 3D3V D; 5I26 A; 4EOW H; 1AHW A; 4PGZ A; 1WYJ A; 5JXA H; 3VFR A; 5JXA L; 1CCZ A; 1KTK E; 2BXY A; 4MXV F; 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