1D2YA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAMGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d2yA00
3DN8A 1P6YA 1C6TA 2F32A 152LA 3HH5A 1CV1A 3GULA 2RBOA 119LA 104LA 1C6PA 1L16A 2B73A 1JTNA 1L37A 4EKRA 242LA 2RBQA 1OVJA 1L51A 1KY1A 1PQJA 1L40A 4IAPA 3SN6R 3HUQA 2ANXA 1C6QA 1L24A 1L34A 1LYEA 1D3FA 1CTWA 1L64A 190LA 1L36A 1CV4A 1L53A 4W54A 245LA 160LA 3RZEA 3C8SA 2RBRA 3HTDA 3OE8A 217LA 3UONA 5LZMA 2CUUA 1L35A 1XJTA 1L74A 1PQDA 156LA 3GUIA 246LA 1L76A 1L70A 1DYBA 3FA0A 225LA 4DJHA 3C7ZA 1B6IA 1LI3A 1L01A 4W57A 1L87A 1L63A 7LZMA 2OEAX 1OWYA 219LA 178LA 1L23A 1PQKA 199LA 1QSQA 1QT6A 3G3XA 4ARJA 137LA 127LA 113LA 1C61A 201LA 1QTVA 3GUPA 3PDSA 209LA 1L28A 1L93A 1LW9A 2HUKA 4YXAC 261LA 1L59A 112LA 162LA 1L41A 1QUDA 1LYHA 1L39A 3HTFA 3SB9A 1P7SA 1LYJA 3DN1A 1D2WA 1CU3A 176LA 1L10A 3OE0A 168LA 1LYIA 254LA 2B6XA 1G0KA 1L07A 4I7MA 1L12A 1C6CA 1C6JA 1JQUA 180LA 2LZMA 262LA 1L65A 184LA 233LA 1C67A 210LA 1L71A 4PK0A 1C64A 1L0JA 120LA 3HT8A 2OU9A 251LA 231LA 1LYGA 2A4TA 2RB0X 109LA 4W58A 3K2RA 1L0KA 185LA 257LA 1L86A 3GUKA 247LA 222LA 1LGXA 4YXCA 4LDLA 232LA 183LA 1QTHA 3SB7A 3HU9A 4EJ4A 1LYFA 227LA 1LWGA 2B6TA 1L56A 1L15A 140LA 191LA 1L98A 1QTDA 1L84A 3SB6A 4ARPA 2O4WA 1QSBA 3DKEX 115LA 224LA 1C60A 4W55A 3JR6A 1DYGA 1OVKA 3V2YA 211LA 259LA 3C83A 1L45A 3DMZA 197LA 1L88A 1QTZA 229LA 212LA 2OTYX 1L27A 2B70A 2NTGA 111LA 218LA 1JTMA 102LA 4PJZA 1C6DA 151LA 5I14A 3DNAA 1ZURA 1L75A 1C6GA 1C6HA 2LC9A 4I7PA 110LA 1KW5A 2RH1A 1SSWA 3HT9A 173LA 4I7JA 1CV5A 234LA 3D4SA 3DN2A 2OU0X 123LA 1G07A 216LA 1P2RA 2QARC 4ARQA 2RB2X 240LA 3G3WA 1TLAA 4I7OA 228LA 1D9WA 147LA 1P3NA 1KY0A 1L33A 1L85A 206LA 1C6MA 1DYAA 4GBRB 1C6KA 6LZMA 2B72A 3QAKA 4EKSA 1L97A 3GUNA 1CVKA 235LA 138LA 2RB1X 4I7LA 1OV5A 1D3MA 1QT3A 174LA 144LA 1G1WA 1P56A 1SX7A 3OE9A 1L72A 252LA 1XEPA 158LA 1L17A 1L49A 1T97A 2NTHA 1WTHA 3SB5A 2F47A 1DYEA 3CDTA 4LDOA 4DKLA 1CU6A 1D2YA 4ZPUA 2OU8A 4EXMA 1L55A 1L25A 1L77A 1L05A 3HDEA 159LA 3HUKA 4W59A 1L89A 2RAYX 243LA 163LA 125LA 131LA 1OYUA 220LA 1C65A 1L43A 103LA 2Z6BA 237LA 1C6FA 3DN0A 1OV7A 3HUAA 3HH6A 1QUOA 3FI5A 1G0LA 1P5CA 186LA 1G0PA 1CU5A 4DAJA 2OE4X 1QT5A 155LA 3GUOA 1L92A 2IGCA 192LA 3ODUA 1L99A 172LA 130LA 1SSYA 1CU0A 107LA 3DMXA 1L82A 4I7KA 221LA 4W52A 4EKQA 4GRVA 3CDRA 4K5YA 3HT6A 3VW7A 1CV3A 1P37A 187LA 3L64A 1L68A 2ANVA 1L47A 2HUMA 4EPIA 188LA 1D3JA 1P64A 1LI6A 3HU8A 1L06A 166LA 2F2QA 1L67A 1QT7A 3PBLA 2B6YA 1ZWNA 1T6HA 4YX7C 1L19A 4W51A 1L66A 4W56A 2RBPA 1T8GA 165LA 3C8QA 3SB8A 1CUPA 2OTZX 3HH3A 1L31A 249LA 2LCBA 3SBAA 164LA 2OE7X 4ARMA 1LGUA 3OE6A 175LA 1D3NA 4ARQB 1QUHA 1L73A 3C80A 1CX6A 1L44A 1L20A 1DYDA 1L61A 1L95A 3NY8A 2OE9X 1K28A 260LA 4AQNA 141LA 1G0QA 244LA 1L18A 1QTBA 149LA 1C69A 1SWZA 3EMLA 3C81A 3HH4A 177LA 1OVHA 1QT8A 1P46A 169LA 1LYDA 181LA 1L38A 3L2XA 4I7NA 1LWKA 3CDOA 3GUJA 198LA 213LA 1SWYA 170LA 3CDVA 114LA 1L46A 226LA 195LA 1T8FA 1OWZA 1CU2A 167LA 1G0GA 3C7WA 143LA 4EKPA 3DN3A 1L83A 1L09A 1CX7A 253LA 1C6EA 171LA 1C6IA 1EPYA 1L50A 3GUMA 1C62A 3C8RA 256LA 1G1VA 3C82A 3FADA 1L69A 145LA 1CUQA 4ARLA 2B75A 1L80A 1PQOA 139LA 215LA 4I7QA 3NY9A 1L04A 1ZYTA 1DYFA 1PQMA 157LA 1NHBA 182LA 250LA 223LA 2QB0B 1L91A 3RUNA 1G06A 205LA 1L22A 200LA 1QT4A 3LZMA 1C6AA 3F9LA 1LLHA 2O7AA 2B7XA 1KW7A 3CDQA 4LZMA 1L42A 236LA 3HTGA 3G3VA 1L02A 1L11A 4I7SA 1P36A 3NYAA 1L48A 1I6SA 238LA 1L90A 230LA 1L57A 1T8AA 2RAZX 1L14A 1L30A 1G0MA 258LA 196LA 1L03A 1KS3A 1C6NA 1C6BA 1L79A 1L62A 1L81A 1P2LA 1QS9A 1C66A 2B6WA 2Q9DA 3C7YA 239LA 118LA 2HULA 2Q9EA 3F8VA 122LA 1XJUA 3V2WA 1DYCA 3DN4A 1KNIA 214LA 2L78A 4OO9A 1LPYA 1PQIA 1C68A 1L00A 255LA 4ARMB 2O79A 3HWLA 1C6LA 1L96A 146LA 1L13A 4LDEA 142LA 3HT7A 128LA 1CV6A 1QTCA 1LGWA 2RBSA 1SX2A 4S0WA 150LA 2B74A 2B6ZA 1L58A 4E97A 1L54A 4I7TA 4EPFA 3DN6A 1L94A 1QS5A 1L26A 2RBNA 3HTBA 241LA 1LI2A 1L08A 1L32A 1QUGA 1C63A 126LA 3HDFA 1L29A 3SBBC 189LA 1L21A 129LA 108LA 1L52A 4W53A 4I7RA 248LA 3DMVA 1G0JA 161LA 148LE 1CV0A 1L60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TTDA 3DN8A 1YAQA 1IVMA 1JPOA 152LA 2YBIA 2HEAA 1CV1A 1NMMA 1OP9B 1QTEA 1L16A 3RT5X 5LYMA 4DC4A 2LYMA 134LA 1PQJA 5FEKA 4IAPA 1B5VA 3SN6R 1L34A 1D3FA 3N9AA 1JTTL 2HU3A 190LA 5II3A 1C46A 2XJWA 160LA 4H90A 1YKZX 1YANA 2MECA 2NWDX 1L74A 4OW1A 1WVUA 4M4OA 6LYZA 1PQDA 4XJBA 246LA 1UIDA 4DWXA 4DJHA 1B6IA 1L01A 5ILFA 7LZMA 2OEAX 219LA 1PQKA 1GBXA 199LA 4CHXA 1QSQA 3G3XA 5B1FA 1JJ3A 1JSEA 137LA 201LA 3PDSA 5KXMA 1L28A 2HUKA 4LT1A 2ZYCA 2C8PA 261LA 1L59A 162LA 1L39A 3DN1A 1LYJA 1CJ7A 1CU3A 1C08C 1GF0A 1L10A 168LA 254LA 2B6XA 1LSCA 1TBYA 4LYCA 1L07A 1RCMA 3WVYA 135LA 3AW6A 1B7RA 1NQIA 3W6BA 180LA 2LZMA 3AZ5A 1XEJA 2X0AA 4OWHA 184LA 3CQLA 1UIBA 1GAZA 2BQFA 1L71A 1YL1X 1GB5A 1KIPC 3T6UA 3HT8A 1YQVY 251LA 1OQMA 3TXEA 2C8OA 4HPEA 185LA 247LA 3HBDA 1LKRA 4LDLA 5I4WA 1B5UA 4B49A 2FYDA 1QSAA 1LHLA 1IWYA 191LA 4NSGA 2I26L 1LJJA 1LTMA 2HEDA 4HJZA 224LA 1G7MC 3P4ZA 2DQGY 4H91A 1REXA 3C83A 259LA 1VAUA 1HELA 3WPLA 4B0DA 3AZ6A 1G7IC 1DI5A 212LA 4XJHA 1GF6A 2B70A 1NDMC 111LA 1FN5A 1IC4Y 102LA 5L9JA 151LA 4NGZA 5IHGA 1C6GA 110LA 1GE3A 2VB1A 3TXHA 2BQNA 4ETDA 1G7LC 1ALCA 1LJ4A 1GWDA 3D4SA 4GN4A 3WW6A 2OU0X 1XSFA 123LA 2RB2X 1GD6A 4I7OA 1D9WA 4H8XA 3P66A 1P3NA 1LMTA 1C6MA 5DL9A 1DPXA 1C6KA 5I53A 6LZMA 1CVKA 138LA 4LYOA 4DYGA 2RB1X 1GB9A 2BQMA 1QT3A 144LA 1UIFA 1G1WA 1IY4A 252LA 4ML7A 1T97A 3SB5A 3CDTA 4LDOA 159LA 1LZGA 2LYZA 1ZVYB 4ETAA 4NIJA 1D0MA 1IC5Y 1C65A 5D5FA 1LJIA 5KY1A 1L43A 3DN0A 1C6FA 3HUAA 1REYA 4LFXA 1QUOA 1GDXA 3ZEKA 1CU5A 4DAJA 2HEBA 1REMA 1LZTA 1VDQA 1BVKC 2YBLA 1GFVA 9LYZA 2ZQ4A 2XBSA 3DMXA 1NDGC 4W52A 4EKQA 1CV3A 1XGQC 2BPUA 1L47A 2HUMA 188LA 1VDSA 2F2QA 3PBLA 5KXOA 4YX7C 5F14A 2MEAA 1LHKA 3HH3A 3SBAA 3N9CA 3LN2A 3W3EA 3CSRA 4NSIA 1QUHA 1L73A 4NG8A 3AB6A 4ZEEA 3A95A 1I1ZA 4IATA 4DD7A 1K28A 4CJ2A 141LA 1CKFA 244LA 5I4YA 149LA 7LYZA 3MGWA 1F10A 1XGPC 3EMLA 2MEDA 4C3WA 1OVHA 1QT8A 4PHIA 1P46A 1B5XA 1LYDA 1LYYA 1LWKA 4TUNA 3CDOA 3CT1A 1FLQA 2BQDA 4J1BA 1DQJC 1LJGA 4NHQA 1OUHA 1OWZA 1G0GA 3C7WA 3A92A 3DN3A 2H5ZA 3B0KA 1IP1A 4AGAA 4O34A 1CX7A 1IWXA 4WG1A 5KXYA 5M1YA 4J1AA 3LHMA 3A90A 256LA 3C82A 2Z18A 2YBJA 145LA 4H9HA 2BQAA 4XJFA 3RW8A 4ARLA 3TMWA 4DT3A 3OJPA 1PQOA 1TCYA 1F0WA 1ZYTA 4YF2A 1DYFA 1NHBA 223LA 4DQJA 1LCNA 1LMAA 1L91A 1JITA 1QT4A 1RJCB 1LLHA 1LSFA 4N9RA 4G49A 4DD9A 5APCA 1KW7A 2YDGA 3WXUA 3LYOA 3AZ4A 1IP6A 6LYTA 1XGRC 1BQLY 1WQPA 238LA 4I8SA 1L90A 2Z2EA 3VWOA 1G0MA 1KS3A 2HECA 1JKAA 1L79A 1L62A 2Z19A 239LA 4WM3A 4B4JA 1KNIA 2L78A 1C68A 2BQOA 4IASA 3A96A 1L96A 5D5CA 1FKVA 3EXDA 1IR9A 1WVVA 2ZYPA 3GXRA 1WQMA 1JTOL 1LYSA 2YSSC 1LZ4A 1YAPA 2EPEA 1IX0A 2F4AA 3DN6A 1BHZA 3AJNA 1L26A 241LA 1L32A 4H9IA 3P65A 1D0KA 3HDFA 3A34A 1GE4A 1GFAA 4NHTA 108LA 3J4GA 4HJVA 2CDSA 3J6KA 3GXKA 5LVJA 1CV0A 1LMCA 1P6YA 4U3XB 1MLCE 3CT5A 4EKRA 242LA 1FLUA 1L51A 1KY1A 1L40A 1D6QA 1L24A 4J7VA 1FLWA 5L3IA 1YROA 1L53A 2DKVA 245LA 1B5ZA 4ETEA 1GFUA 217LA 1JWRA 3UONA 1GFEA 2ZIJA 1UICA 4ZFPA 1L35A 1XJTA 2AUBA 3B72A 4DD0A 1L70A 1BWHA 225LA 1OUCA 4N5RA 1L63A 1OWYA 1L23A 1GBSA 127LA 113LA 1LYZA 4C5FA 1YKYX 1L41A 1YAMA 1D2WA 4NWHA 176LA 1LZEA 3W6AA 4EMNA 1G0KA 3BKVA 4DDBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TTD A;  3DN8 A;  1YAQ A;  1IVM A;  1JPO A;  152L A;  2YBI A;  2HEA A;  1CV1 A;  1NMM A;  1OP9 B;  1QTE A;  1L16 A;  3RT5 X;  5LYM A;  4DC4 A;  2LYM A;  134L A;  1PQJ A;  5FEK A;  4IAP A;  1B5V A;  3SN6 R;  1L34 A;  1D3F A;  3N9A A;  1JTT L;  2HU3 A;  190L A;  5II3 A;  1C46 A;  2XJW A;  160L A;  4H90 A;  1YKZ X;  1YAN A;  2MEC A;  2NWD X;  1L74 A;  4OW1 A;  1WVU A;  4M4O A;  6LYZ A;  1PQD A;  4XJB A;  246L A;  1UID A;  4DWX A;  4DJH A;  1B6I A;  1L01 A;  5ILF A;  7LZM A;  2OEA X;  219L A;  1PQK A;  1GBX A;  199L A;  4CHX A;  1QSQ A;  3G3X A;  5B1F A;  1JJ3 A;  1JSE A;  137L A;  201L A;  3PDS A;  5KXM A;  1L28 A;  2HUK A;  4LT1 A;  2ZYC A;  2C8P A;  261L A;  1L59 A;  162L A;  1L39 A;  3DN1 A;  1LYJ A;  1CJ7 A;  1CU3 A;  1C08 C;  1GF0 A;  1L10 A;  168L A;  254L A;  2B6X A;  1LSC A;  1TBY A;  4LYC A;  1L07 A;  1RCM A;  3WVY A;  135L A;  3AW6 A;  1B7R A;  1NQI A;  3W6B A;  180L A;  2LZM A;  3AZ5 A;  1XEJ A;  2X0A A;  4OWH A;  184L A;  3CQL A;  1UIB A;  1GAZ A;  2BQF A;  1L71 A;  1YL1 X;  1GB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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