1D3JA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKMFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d3jA00
146LA 254LA 130LA 4EPIA 228LA 4LZMA 156LA 1OWZA 3C80A 1SX7A 1SWYA 192LA 3GULA 1C6TA 165LA 1QUHA 247LA 1KW7A 1L49A 1LYJA 107LA 1TLAA 1WTHA 3G3VA 4DAJA 2RAYX 163LA 1L32A 3SB7A 1B6IA 1L28A 245LA 231LA 3C8QA 2NTGA 1L43A 1QTVA 1T97A 157LA 1L60A 246LA 7LZMA 4LDEA 1LI3A 167LA 1L62A 139LA 1C6GA 3HUKA 198LA 2LZMA 1CU5A 1T8GA 3CDQA 1D2WA 3HH3A 1KY1A 239LA 1LW9A 1QT4A 4PK0A 3PBLA 1L81A 1QTZA 3HTDA 164LA 1LGXA 3ODUA 3RUNA 1XJTA 1L74A 4EKRA 4I7TA 1L33A 177LA 128LA 1G07A 1L68A 3CDTA 3RZEA 1QT6A 129LA 3DMXA 1XJUA 1L06A 2OTYX 1QT5A 1T8AA 1D3MA 1D3FA 233LA 4ARQA 1QSBA 1LPYA 3DMZA 1T8FA 3DN8A 1L56A 1QS5A 3C7WA 213LA 4EJ4A 221LA 1PQKA 1C6CA 1L29A 1JQUA 1L72A 110LA 1T6HA 3DNAA 191LA 114LA 1L65A 1L85A 262LA 237LA 1PQJA 3DMVA 1L20A 1L21A 1L00A 150LA 4ARMA 1C6NA 2LC9A 1C68A 260LA 102LA 249LA 209LA 158LA 149LA 1DYBA 1CV3A 1L14A 3F8VA 118LA 2F47A 1C6PA 3OE6A 1L04A 3GUNA 126LA 1L35A 1DYDA 138LA 4ARJA 1OVHA 1L91A 3HT7A 3GUPA 243LA 248LA 259LA 3HDFA 1L87A 1PQIA 227LA 3DN3A 104LA 205LA 4I7KA 3C7YA 1XEPA 4DJHA 206LA 2OE4X 1LGUA 1P6YA 4LDOA 3C81A 4ARPA 4W51A 258LA 3HTBA 1L63A 1LWKA 226LA 1L47A 1C6BA 1P5CA 3C8RA 3CDVA 4W56A 142LA 3HT6A 1CX6A 1L02A 3GUMA 183LA 1P37A 1LLHA 188LA 4GBRB 220LA 1L39A 3V2WA 1C69A 199LA 1L64A 3GUKA 1LI6A 2F32A 2OU0X 145LA 1CV6A 2B6WA 1C6JA 242LA 3GUJA 3HTGA 1LI2A 1L89A 3SB6A 244LA 1DYEA 232LA 1C62A 1L0KA 2O79A 4AQNA 3GUOA 1G0GA 1L10A 1LYDA 127LA 2NTHA 2Z6BA 109LA 1L03A 113LA 1L0JA 1L16A 1C63A 1CV1A 1CU2A 1QS9A 1CUPA 1L26A 1CX7A 111LA 223LA 1D2YA 210LA 2O7AA 1CTWA 1C6QA 253LA 1C6AA 112LA 3OE8A 187LA 148LE 1L08A 1DYAA 4LDLA 2B70A 1ZYTA 1L48A 212LA 1L71A 2B75A 1L25A 1L37A 3HT9A 3NY9A 1KY0A 4I7JA 2RAZX 1OVJA 1D3JA 1L45A 1C6HA 2CUUA 2O4WA 1L09A 2RBSA 140LA 1C64A 1P2RA 1L80A 1L97A 1QUDA 5I14A 2F2QA 1L34A 1P36A 2HUKA 2Q9EA 2OTZX 1QUOA 3HWLA 155LA 251LA 3DN4A 1C6KA 1QTCA 1QT8A 4I7PA 2OEAX 4YXCA 3EMLA 4S0WA 216LA 4I7MA 1C61A 2RBQA 3GUIA 3HH6A 186LA 1L01A 1JTNA 1L05A 195LA 174LA 1G0MA 1P7SA 1L11A 1L90A 1L69A 1ZWNA 3HUQA 4I7NA 1L76A 1KW5A 4YX7C 143LA 4K5YA 182LA 1L50A 6LZMA 3QAKA 1OWYA 1D9WA 4I7LA 178LA 180LA 1C60A 1P64A 235LA 222LA 3C82A 1QT7A 131LA 1L94A 123LA 4EKPA 1P2LA 3DN1A 2OU8A 3HH4A 257LA 1C67A 3PDSA 3HU9A 3HUAA 169LA 1L70A 3SBBC 1EPYA 1G0QA 1LWGA 159LA 3OE0A 175LA 2RBOA 3CDOA 3HTFA 103LA 1L15A 3CDRA 1L53A 1LGWA 3FA0A 250LA 4DKLA 196LA 1L95A 1L92A 240LA 4I7SA 1L79A 3C83A 166LA 1DYFA 1CUQA 185LA 151LA 4ARQB 3HDEA 1LYFA 1LYGA 1C6MA 3UONA 261LA 1L40A 122LA 3HU8A 2RB1X 1L24A 1LYIA 3HH5A 3K2RA 256LA 234LA 1G0LA 1L55A 229LA 4W59A 4W52A 1KS3A 1L61A 1L58A 1L46A 4ARMB 1L44A 2B73A 3G3XA 1CU3A 1DYGA 1L98A 3HT8A 1L83A 4W53A 2OE9X 3SB9A 3F9LA 1L36A 1OV5A 2B6ZA 184LA 1ZURA 1C6DA 3NY8A 215LA 1G06A 1SWZA 4I7RA 1L12A 1L96A 1L52A 5LZMA 225LA 2HUMA 3LZMA 1P46A 171LA 1C6FA 2IGCA 1SX2A 2RB0X 2A4TA 4W57A 3D4SA 1L17A 3FADA 252LA 1DYCA 1L23A 4GRVA 1LYEA 1G0KA 161LA 4EXMA 3FI5A 201LA 1L99A 4OO9A 1L42A 1QTBA 218LA 2QARC 3G3WA 1L07A 1JTMA 4W54A 1L67A 1QTHA 2RBNA 1PQOA 176LA 1OYUA 3L2XA 1SSWA 2RH1A 3V2YA 1QT3A 2L78A 141LA 3C7ZA 1P56A 1L88A 108LA 2RBPA 1CV4A 125LA 160LA 1L66A 211LA 144LA 219LA 1L22A 1G1WA 1CV5A 236LA 2OU9A 3DN2A 2B6YA 170LA 4EPFA 255LA 147LA 1NHBA 1L13A 3SB5A 4ARLA 173LA 1CV0A 1L18A 2OE7X 4I7OA 1I6SA 1L82A 3DN0A 3DKEX 4PJZA 4E97A 120LA 4IAPA 2RBRA 119LA 2ANXA 1C6IA 1L27A 1L54A 1L51A 4W58A 1L19A 1QTDA 1SSYA 1PQDA 217LA 1L73A 115LA 4I7QA 2RB2X 1L77A 2B74A 3C8SA 1C66A 1QSQA 3JR6A 1L57A 1PQMA 2B6XA 1L84A 2HULA 1L93A 137LA 190LA 152LA 1D3NA 1L30A 1QUGA 3VW7A 2Q9DA 1G1VA 238LA 1CU6A 224LA 1C6LA 1KNIA 1K28A 241LA 3L64A 1CU0A 1L75A 3SN6R 1C6EA 162LA 2B72A 2LCBA 2B7XA 181LA 1C65A 3SBAA 1L59A 1G0JA 4W55A 197LA 3OE9A 1L38A 3NYAA 2ANVA 4ZPUA 1P3NA 2B6TA 1OVKA 4EKQA 200LA 1L41A 1L86A 1CVKA 230LA 2QB0B 1L31A 172LA 3DN6A 189LA 4YXAC 3SB8A 1G0PA 1LYHA 168LA 214LA 4EKSA 1OV7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
146LA 4OOOA 4DD2A 1DKKA 3A3QA 5IELA 1GWDA 2LYOA 2Z2FA 4PRUA 1OUHA 1QUHA 1KW7A 1GFEA 4DQ5A 1LYOA 3G3VA 7LYZA 4LYTA 163LA 3SB7A 4IATA 1L28A 2NTGA 1B7LA 1DXJA 1QSAA 1LSGA 1LI3A 1CJ8A 1LZ4A 5KXLA 167LA 1UCOA 4DD3A 4RLMA 1LZRA 4TX7A 2CWIA 1QT4A 1QTZA 1IR9A 4UWVA 5KXZA 2HU1A 1G07A 1L68A 3DMXA 1XJUA 1QT5A 1JEFA 2BQIA 3DMZA 1IWXA 3C7WA 4YF2A 3WUNA 4EJ4A 1CJ7A 221LA 5L3IA 5FHWA 1REMA 2Z18A 1PQKA 1C6CA 3HFMY 1JQUA 1GD6A 1IEEA 1T6HA 3DNAA 3WW6A 191LA 134LA 1L65A 262LA 237LA 1NWGA 3LZTA 3AZ6A 4WM3A 1C68A 4MCKA 1GBSA 1HFXA 1UIBA 133LA 4ET8A 1L14A 1TCYA 4EOFA 2F47A 5HMVA 1DYDA 5L9JA 1L91A 1LZNA 1LJKA 243LA 1V7SA 5KXTA 4GLVA 1GAZA 4YENA 2IFFY 4XJBA 2Z19A 4I7KA 4YEOA 3LYTA 3C81A 1IOCA 2FYCA 258LA 1LWKA 2DQFC 1L47A 1C6BA 3CDVA 4W56A 1LJNA 1GB3A 3GUMA 1LLHA 4Z46A 1C69A 1HMLA 5KY1A 5KXPA 1N4FA 1C6JA 4B0DA 2BQNA 1J1PY 242LA 5I54A 3HTGA 1LI2A 5HNLA 1L89A 5DM9A 4QGZA 3AGIA 232LA 1C62A 1GE4A 3ZEKA 5D5CA 2O79A 4AQNA 3GUOA 4FJRA 1XFPL 153LA 3AZ5A 1YROA 1L16A 2NWDX 4NSJA 5DL9A 1GE3A 1VDQA 1D2YA 5KXOA 2DQGY 1C6QA 1UACY 253LA 1C6AA 3OE8A 3LYZA 148LE 5APFA 2F2NA 4LDLA 4WM4A 1ZYTA 212LA 1L71A 1WQNA 2B75A 3NY9A 1KY0A 3WU9A 4FDYA 3CSZA 3A96A 4J1BA 1A2YC 5KXWA 2YBJA 1C64A 1P2RA 1L80A 1BVKC 1L34A 2HUKA 2OTZX 1QUOA 4PRQA 3AYQA 1QT8A 1V7TA 2OEAX 4YXCA 1LMQA 3OJPA 4IJ4A 4NY5A 4S0WA 2DQCY 4I0CA 1JHLA 1C61A 186LA 1L05A 2MECA 3ZVQB 4GLAA 4N1CC 1L69A 1LHLA 4DWXA 1IP6A 1XGRC 1C46A 132LA 1QT7A 3WULA 4EMNA 1GFTA 3IJUA 1LZTA 257LA 169LA 1L70A 1EPYA 4L41A 1UIEA 1NF5A 1HHLA 1LGWA 4NGJA 1XGUC 4HP0A 2YBHA 3TXKA 1D0KA 1IIZA 1BHZA 1L95A 1L79A 1UBZA 5B05A 3HDEA 1LYGA 1LMNA 3HU8A 5K7OA 1G7IC 4WM2A 2RB1X 1LYIA 256LA 4DYGA 1GEVA 2YBMA 229LA 4W59A 4W52A 5T3FA 4C3WA 3ATOA 3W6AA 1LSCA 4ARMB 2B73A 1RJCB 1L98A 4H9CA 4XJDA 1DPWA 4W53A 1L36A 2MEHA 1NHEA 4E3UA 1ZURA 4KT3A 4I8SA 1C6DA 1LJFA 3D3DA 2HUMA 1P46A 2IGCA 1SX2A 2YDGA 5B59A 4W57A 1AT5A 1LPIA 4WM1A 1LYEA 4XJIA 1UC0A 3FI5A 5KXYA 1LZ8A 1D0LA 1L42A 1BB7A 3CSQA 3G3WA 1LZ5A 4NEBA 1VEDA 1LZEA 2RBNA 2XQOA 1CJ6A 2RH1A 3FE0A 2EKSC 5F9XA 1LSNA 1RE2A 1CV4A 160LA 1B0DA 3CSRA 1P2CC 1L22A 1G1WA 1LHKA 3HBDA 2OU9A 3P66A 1LTMA 1CJ9A 4OWHA 2B6YA 2DBTA 2G4NA 255LA 4WO9A 4DQ7A 1L13A 1BWIA 1LHJA 1GFRA 2OE7X 2EQLA 5II3A 3LYMA 2LHMA 1CKDA 4IAPA 2ZQ3A 2ANXA 1C6IA 1L54A 4B4IA 1L51A 4NSGA 1QTDA 5L3HA 4Z41A 217LA 1L73A 4OWAA 5HMJA 1L77A 2B74A 4LFPA 1C66A 3JR6A 5APCA 2A7DA 1QIOA 1DKJA 5B07A 2W1LA 137LA 152LA 1F0WA 3WU7A 4Z98A 5LAGA 1L30A 3VW7A 4CJ2A 238LA 1BWHA 3WMKA 2LCBA 1PS5A 1LSEA 4W55A 1L38A 1HF4A 4OWEA 1IR7A 1GXV2 1HFYA 200LA 1L41A 1L86A 1BWJA 4PPOA 3RU5A 1G0PA 168LA 4ZIXA 3AW6A 4EPIA 3A90A 4LZMA 156LA 1OWZA 4OW1A 5D5FA 3WUMA 4Z3MA 4GN5C 3GULA 3EMSA 247LA 1L49A 154LA 1W6ZA 3P68A 1HSXA 1L32A 1B6IA 3QNGA 245LA 231LA 2HU3A 3C8QA 5HQ1A 1IOTA 4H9BA 1HNLA 4LDEA 4H9HA 2G4QA 2BQKA 1L62A 2BQOA 2LZMA 5APEA 4H9FA 1D6PA 1D2WA 1LSBA 3HH3A 1KY1A 1NBYC 4PK0A 4BS7A 1SQ2L 1IX0A 4XN6A 3RUNA 5LAFA 1L33A 177LA 207LA 3TMXA 1QT6A 2EPEA 1OUGA 1L06A 4HTNA 2OTYX 5KXMA 1KIRC 2D4JA 1D3FA 4ARQA 3WUAA 1QSBA 1GE1A 1LYSA 213LA 1JJ1A 5KXRA 1L72A 1YANA 1WQMA 114LA 4GCBA 3OK0A 1L20A 1L00A 150LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 146L A;  4OOO A;  4DD2 A;  1DKK A;  3A3Q A;  5IEL A;  1GWD A;  2LYO A;  2Z2F A;  4PRU A;  1OUH A;  1QUH A;  1KW7 A;  1GFE A;  4DQ5 A;  1LYO A;  3G3V A;  7LYZ A;  4LYT A;  163L A;  3SB7 A;  4IAT A;  1L28 A;  2NTG A;  1B7L A;  1DXJ A;  1QSA A;  1LSG A;  1LI3 A;  1CJ8 A;  1LZ4 A;  5KXL A;  167L A;  1UCO A;  4DD3 A;  4RLM A;  1LZR A;  4TX7 A;  2CWI A;  1QT4 A;  1QTZ A;  1IR9 A;  4UWV A;  5KXZ A;  2HU1 A;  1G07 A;  1L68 A;  3DMX A;  1XJU A;  1QT5 A;  1JEF A;  2BQI A;  3DMZ A;  1IWX A;  3C7W A;  4YF2 A;  3WUN A;  4EJ4 A;  1CJ7 A;  221L A;  5L3I A;  5FHW A;  1REM A;  2Z18 A;  1PQK A;  1C6C A;  3HFM Y;  1JQU A;  1GD6 A;  1IEE A;  1T6H A;  3DNA A;  3WW6 A;  191L A;  134L A;  1L65 A;  262L A;  237L A;  1NWG A;  3LZT A;  3AZ6 A;  4WM3 A;  1C68 A;  4MCK A;  1GBS A;  1HFX A;  1UIB A;  133L A;  4ET8 A;  1L14 A;  1TCY A;  4EOF A;  2F47 A;  5HMV A;  1DYD A;  5L9J A;  1L91 A;  1LZN A;  1LJK A;  243L A;  1V7S A;  5KXT A;  4GLV A;  1GAZ A;  4YEN A;  2IFF Y;  4XJB A;  2Z19 A;  4I7K A;  4YEO A;  3LYT A;  3C81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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