1D3MA

Methionine core mutation
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d3mA00
1L32A 2RBPA 1L36A 2Q9DA 2CUUA 2B70A 201LA 7LZMA 2RAYX 2OTZX 3DN6A 1L12A 5I14A 1L16A 139LA 1L61A 1SX7A 1L01A 235LA 1QTZA 3RUNA 2O4WA 189LA 4W57A 1L03A 1D3NA 1XJTA 170LA 2OU8A 1L53A 212LA 1QUDA 261LA 159LA 243LA 3PDSA 1L33A 3HWLA 4I7NA 1LGUA 4YX7C 1L05A 1L82A 1L27A 1P2LA 1LGXA 3C82A 3C8QA 3V2WA 1L77A 130LA 1L50A 150LA 1PQOA 4EXMA 1XEPA 3C83A 6LZMA 3SBAA 3HU8A 3HT8A 1QT3A 3HUQA 174LA 181LA 197LA 4W53A 4W55A 1L44A 206LA 1L08A 125LA 4GRVA 1L45A 233LA 1C6HA 2OU0X 2O79A 1C6KA 1DYFA 2QB0B 1L14A 4I7MA 1DYCA 180LA 1CUQA 190LA 1C6LA 4EKSA 1LYEA 1P7SA 1G0QA 3C80A 2OE4X 2B6XA 3CDRA 2OEAX 119LA 3HU9A 1KY1A 1LYHA 4ARJA 1C6MA 1L60A 232LA 3DN0A 4S0WA 1L76A 1B6IA 215LA 249LA 3SB5A 2RAZX 168LA 195LA 1QSQA 4W51A 3DN2A 1DYDA 1DYGA 1L02A 5LZMA 216LA 1C6JA 3DKEX 3F9LA 172LA 1SX2A 127LA 1KY0A 3C7ZA 1QTCA 218LA 1G1VA 4LZMA 1L13A 1L56A 224LA 126LA 1C66A 229LA 3UONA 1L51A 1P3NA 2B6YA 1G1WA 1L04A 1L96A 222LA 1JQUA 1L81A 2RB0X 1D2WA 160LA 1G0PA 1L94A 247LA 1L41A 4PK0A 1L79A 140LA 1JTNA 1L74A 1P64A 1SWYA 1QUOA 225LA 3OE0A 1L54A 113LA 118LA 251LA 2B73A 260LA 1LYDA 2RH1A 3V2YA 1OV7A 2HULA 1L66A 1QUHA 2B6ZA 1L91A 1QT7A 141LA 1L31A 149LA 1SSWA 242LA 4ARMA 2OE9X 219LA 1L28A 3SN6R 1L09A 1T8FA 1C6FA 120LA 1L06A 1D3FA 3FI5A 1DYEA 1CVKA 2F2QA 1L10A 115LA 147LA 3G3VA 1L30A 1L65A 3SBBC 184LA 1L70A 1QS9A 1TLAA 4I7TA 1C68A 1K28A 4ARLA 183LA 3QAKA 1L49A 1L21A 1L35A 1D3MA 151LA 1C64A 2L78A 1G07A 3NYAA 248LA 1G0GA 1KS3A 244LA 3HTBA 205LA 2LZMA 169LA 167LA 1L80A 1LWGA 1G0JA 1QTVA 1CV1A 1L92A 1QTHA 1L62A 228LA 1CX7A 1P2RA 155LA 3NY9A 1DYAA 1LYJA 1L0KA 3G3XA 1L59A 254LA 4DKLA 111LA 3DN3A 1CU5A 234LA 1OVKA 3F8VA 1LWKA 2HUMA 1CV4A 246LA 1C69A 2RBQA 103LA 144LA 3HT6A 1PQJA 107LA 210LA 1L55A 1CTWA 259LA 3GUJA 192LA 1QUGA 3L64A 177LA 4ARQB 3GUNA 146LA 2NTHA 1L83A 4I7JA 1P46A 3DMVA 4I7PA 199LA 3HUAA 3LZMA 1L87A 1L0JA 1L43A 1OVHA 1L00A 3OE8A 2QARC 1L46A 164LA 1XJUA 1C6EA 1QT8A 1LYIA 1OYUA 1CV6A 4EPFA 1CU2A 253LA 1L71A 3EMLA 3K2RA 1CU0A 1D9WA 4I7QA 157LA 3OE6A 1L98A 1C6PA 1C6BA 1L25A 230LA 1NHBA 252LA 2B6TA 1T97A 1L19A 3C81A 2RBOA 1L15A 1L58A 4W54A 1C6QA 257LA 1L90A 3VW7A 1G0LA 227LA 1OV5A 209LA 262LA 1ZYTA 1LGWA 1L95A 1OWZA 1C6IA 4IAPA 4LDEA 1P6YA 1WTHA 2NTGA 1CV0A 1QT6A 3GUKA 223LA 1L26A 123LA 1QTDA 1PQMA 1LYGA 3HDFA 3HTGA 2OTYX 131LA 187LA 4YXCA 198LA 3DN8A 1SWZA 3DMXA 2HUKA 137LA 3HTDA 3HT9A 191LA 4I7SA 1LI6A 3CDQA 3SB8A 3HH6A 1QT4A 4K5YA 173LA 4YXAC 1L42A 2Q9EA 1EPYA 256LA 1P56A 122LA 1LLHA 1L22A 1LI2A 4I7KA 1T8GA 245LA 185LA 2O7AA 1L84A 3HUKA 1L72A 1L29A 1C60A 1T8AA 108LA 1PQDA 102LA 3DN4A 231LA 188LA 1C6TA 1L48A 2ANVA 2RBSA 1CV5A 4LDLA 3HH3A 161LA 158LA 255LA 1L93A 4GBRB 3SB7A 1P37A 4E97A 1CX6A 236LA 3HH5A 4W52A 4I7RA 3DNAA 182LA 1KW7A 3C7WA 4EJ4A 2IGCA 163LA 3HH4A 1L68A 2LCBA 1CUPA 3JR6A 1ZWNA 1L17A 112LA 3OE9A 4EPIA 186LA 1L69A 138LA 4DJHA 1I6SA 1KNIA 238LA 3HDEA 110LA 1L99A 109LA 1L34A 2ANXA 1G0KA 226LA 178LA 1LPYA 3CDVA 3NY8A 1L18A 152LA 1CV3A 3D4SA 1L85A 4W59A 128LA 3CDOA 3PBLA 2A4TA 3FA0A 166LA 3HT7A 1QS5A 2RBRA 4PJZA 4W58A 162LA 1L38A 1C6NA 1SSYA 3SB6A 1L39A 4ARPA 250LA 1CU3A 3ODUA 3SB9A 3DN1A 4ZPUA 1ZURA 1L64A 214LA 3C8SA 1L67A 142LA 1L07A 1L20A 3L2XA 1L40A 3CDTA 213LA 2B75A 1CU6A 1QT5A 2LC9A 1L23A 2RB1X 1LW9A 129LA 1D2YA 1L89A 2Z6BA 4EKQA 4EKPA 1G06A 4ARMB 1C6DA 221LA 3RZEA 143LA 1QTBA 1L24A 220LA 1C63A 1D3JA 1PQKA 1C6CA 3GUOA 4I7LA 1OVJA 1L11A 171LA 2B72A 4W56A 4ARQA 1L86A 1P36A 165LA 1L97A 114LA 1L73A 2RBNA 3GUIA 4AQNA 175LA 1L57A 1JTMA 2B7XA 145LA 1LYFA 148LE 3GULA 4I7OA 1OWYA 211LA 3FADA 1T6HA 1L52A 4DAJA 3C7YA 156LA 1C62A 1G0MA 1PQIA 1L37A 1DYBA 241LA 1C65A 1KW5A 3C8RA 237LA 2F47A 3G3WA 104LA 4LDOA 2F32A 196LA 1L75A 4OO9A 1C67A 3HTFA 239LA 2OU9A 1QSBA 2B74A 1C6AA 1L47A 3DMZA 4EKRA 200LA 2B6WA 176LA 1P5CA 217LA 2RB2X 2OE7X 3GUMA 1L63A 240LA 3GUPA 1LI3A 1C6GA 258LA 1L88A 1C61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQAA 201LA 1F0WA 7LZMA 1LZ6A 5JENB 1L16A 139LA 4J1AA 1HFYA 4UWVA 1IP5A 1FLUA 4WM4A 4Z46A 1QTZA 1UIDA 3RUNA 5B1GA 2IHLA 1D6QA 1HEQA 1L03A 1XJTA 4NSJA 3WXTA 2OU8A 2MEAA 4B0DA 1QUDA 159LA 4I7NA 1LGUA 4N8ZA 2HEBA 4NEBA 130LA 1LSEA 1LJJA 4EXMA 1QUSA 2F4GA 3HU8A 181LA 1HMLA 2Z12A 4KPMA 4W55A 4GRVA 1LHLA 9LYZA 233LA 2OU0X 1HENA 1RJCB 2O79A 2QB0B 1LZDA 4I7MA 1CUQA 4DDAA 4WLDA 3RT5X 4NHSA 2A7FA 1JISA 1G0QA 2OE4X 3CDRA 4Z98A 4NG8A 2XJWA 4ARJA 4TUNA 1C6MA 232LA 4S0WA 4H94A 249LA 2RAZX 1UIFA 1YIKA 2I6ZA 3DKEX 172LA 127LA 4LZMA 1L13A 4N5RA 3WPKA 2BQFA 3M18B 1LJNA 2F2NA 222LA 2PC2A 3M3UA 1D2WA 1G0PA 4H9HA 4LZTA 4PK0A 1L79A 1JTNA 1SWYA 1GF5A 4CGEA 1GB8A 1RCMA 251LA 260LA 1LSCA 2MEIA 1B5XA 1OV7A 4YEMA 2HULA 1L66A 1LJKA 2B6ZA 3AW6A 1L91A 1L31A 4C3WA 219LA 3SN6R 4HV2A 2BLXA 1C6FA 5C6JA 3FI5A 1L10A 5KXTA 4LYZA 2D91A 1GF4A 2DQDY 4YENA 1LZ1A 183LA 4MCKA 1L49A 5LXWA 2EQLA 1L35A 1JHLA 1C64A 2L78A 1GF0A 1GFAA 3NYAA 248LA 1G0GA 1KS3A 205LA 2LZMA 1B5ZA 1OUGA 4WLYA 1CV1A 2EKSC 1JIYA 4NGOA 5I54A 1TDYA 3B6LA 1YQVY 3G3XA 4I0CA 4HPEA 1GE3A 4NGLA 1HSXA 1LAAA 5HLLA 2HUMA 1W6ZA 3A3RX 1KXXA 2XTHA 1BGIA 5FCPA 3A6CY 2G4QA 1GFTA 1OUBA 3GUNA 3WMKA 146LA 4I7JA 1LZBA 3DMVA 2ZQ4A 3TXEA 3OE8A 1LYIA 2C8PA 2MEFA 4RLNA 3EMLA 3K2RA 1F6RA 4H9CA 4G9SA 1L98A 4GCCA 1D9UA 1YL0X 1IR7A 1WVUA 3J6KA 3B0OA 1FLQA 252LA 1N4FA 5B1FA 3AW7A 4N1EI 2MECA 1L58A 1XEJA 209LA 262LA 1LZ8A 4N0JA 1YKXX 1C6IA 4LDEA 3MGWA 1WTHA 2NTGA 1BWJA 1IWTA 1CV0A 1OQMA 4NHQA 1JTTL 1L26A 3QE8A 1LYGA 5LAFA 1LSPA 8LYZA 3DN8A 2IFFY 1IP4A 137LA 3HTDA 1BVKC 1GF6A 1LSMA 3TXHA 7LYZA 4YXAC 4B1AA 5LVHA 1EPYA 256LA 1G7LC 5I4XA 4NSGA 4I7KA 3A6BY 1L84A 3RNXA 3W6FA 1PQDA 2ZIJA 5AMYA 188LA 1C6TA 1L48A 2ANVA 4LDLA 1LZ5A 1Z55A 1UCOA 255LA 2F30A 5LYZA 1LSAA 1KW7A 3C7WA 1BWHA 4HSFA 4H9EA 2IGCA 163LA 3HH4A 154LA 2LCBA 1GBZA 1LSGA 4HJYA 3N9CA 112LA 3OE9A 1QDTA 5A3ZA 1I6SA 1ZVHL 1KNIA 4BAPA 1L99A 1LZTA 4DD1A 2ANXA 3NY8A 1AZFA 1L18A 2G4PA 1CV3A 1LPIA 4H9FA 1XEIA 128LA 1IOSA 1IWWA 2EIZC 1DPWA 3A8ZA 3HT7A 1I56A 4LT1A 5KXKA 4PJZA 4W58A 162LA 3ULRA 3SB6A 1HF4A 1CU3A 1B7PA 2HEDA 3DN1A 4NY5A 4PRUA 3C8SA 3SP3A 5KY1A 1LHHA 1L20A 4NGVA 3D3DA 2B75A 2LC9A 3G3BB 1GB2A 2Z6BA 1L89A 4GCBA 1G06A 1JEFA 221LA 2DQHY 1UBZA 4J0LA 1ZV5L 1JJ1A 4RDSA 1D0LA 1RI8B 1ALCA 1C6CA 3RZ4A 171LA 2B72A 5F9XA 4HTQA 1GB6A 5EBHA 1XGQC 1L73A 2RBNA 2MEEA 5KXWA 2B7XA 5J7CA 3P4ZA 1L52A 4GN5C 2EPEA 1IIZA 1PQIA 1L37A 4RW2A 4XN6A 4WM6A 4YEOA 4LDOA 1LJ4A 4DD2A 1L75A 4OO9A 5I5QA 1C67A 2XQOA 3TXIA 3GXRA 4LFXA 2B74A 134LA 2BQIA 5I4YA 1B5VA 2B6WA 1LZYA 3ZVQB 217LA 1HEOA 2ZYPA 1L63A 1C6GA 1YL1X 3G3AB 5APDA 1L32A 2RBPA 2BPUA 1GFRA 2CUUA 5KXNA 2B70A 1LSNA 1B7QA 1L12A 4G4CA 132LA 2I26L 1L01A 235LA 2YBNA 5KXMA 170LA 4PGJB 1B5UA 212LA 153LA 3PDSA 3WPLA 1LZRA 4NGIA 1REXA 1JKDA 1LZAA 1XEPA 1B5WA 5B06A 3C83A 4XJIA 1IORA 6LZMA 3SBAA 3HT8A 1QT3A 1FN5A 5LVJA 197LA 4NGKA 1L08A 2DBTA 1L45A 2MEDA 3TXBA 1L14A 5HNCA 2N5ZA 4J7VA 3N9AA 1TAYA 190LA 1LYEA 1AT5A 1VDSA 1G7HC 3CT5A 4TSCA 3SB5A 1DKJA 1L76A 1HFZA 2W1XA 1QSQA 4W51A 4M6DA 3DN2A 4QGZA 1DYDA 1V7TA 1L02A 216LA 5II3A 1SX2A 1KY0A 218LA 1L56A 2BLYA 1OUCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BQA A;  201L A;  1F0W A;  7LZM A;  1LZ6 A;  5JEN B;  1L16 A;  139L A;  4J1A A;  1HFY A;  4UWV A;  1IP5 A;  1FLU A;  4WM4 A;  4Z46 A;  1QTZ A;  1UID A;  3RUN A;  5B1G A;  2IHL A;  1D6Q A;  1HEQ A;  1L03 A;  1XJT A;  4NSJ A;  3WXT A;  2OU8 A;  2MEA A;  4B0D A;  1QUD A;  159L A;  4I7N A;  1LGU A;  4N8Z A;  2HEB A;  4NEB A;  130L A;  1LSE A;  1LJJ A;  4EXM A;  1QUS A;  2F4G A;  3HU8 A;  181L A;  1HML A;  2Z12 A;  4KPM A;  4W55 A;  4GRV A;  1LHL A;  9LYZ A;  233L A;  2OU0 X;  1HEN A;  1RJC B;  2O79 A;  2QB0 B;  1LZD A;  4I7M A;  1CUQ A;  4DDA A;  4WLD A;  3RT5 X;  4NHS A;  2A7F A;  1JIS A;  1G0Q A;  2OE4 X;  3CDR A;  4Z98 A;  4NG8 A;  2XJW A;  4ARJ A;  4TUN A;  1C6M A;  232L A;  4S0W A;  4H94 A;  249L A;  2RAZ X;  1UIF A;  1YIK A;  2I6Z A;  3DKE X;  172L A;  127L A;  4LZM A;  1L13 A;  4N5R A;  3WPK A;  2BQF A;  3M18 B;  1LJN A;  2F2N A;  222L A;  2PC2 A;  3M3U A;  1D2W A;  1G0P A;  4H9H A;  4LZT A;  4PK0 A;  1L79 A;  1JTN A;  1SWY A;  1GF5 A;  4CGE A;  1GB8 A;  1RCM A;  251L A;  260L A;  1LSC A; 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