1D3NA

Methionine core mutation
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d3nA00
1OV7A 2LC9A 1L20A 2B6ZA 1C60A 1L05A 3C7WA 3VW7A 200LA 170LA 4I7LA 1C69A 1L47A 186LA 3G3VA 1C6GA 205LA 1L83A 3HWLA 1L45A 2OE9X 1L85A 3GUMA 4PJZA 4YXCA 4W52A 1QT4A 3HUQA 1L41A 1CX7A 1CX6A 1L03A 244LA 1KY0A 175LA 1KNIA 2RAYX 1PQKA 3SN6R 2NTGA 2LCBA 232LA 2B75A 249LA 2RB2X 4ARQB 1LYDA 2HUKA 2F2QA 1D2YA 1OWZA 2LZMA 1LW9A 151LA 4EPIA 1QS5A 3HTDA 1P46A 258LA 1LYEA 1C6MA 240LA 1L77A 118LA 1L34A 3K2RA 1D3NA 1L11A 3DN0A 4I7OA 1D3JA 129LA 2RH1A 199LA 1CUPA 4I7TA 1CV3A 2OE4X 2B72A 144LA 1L21A 3DN4A 1L58A 3DKEX 3OE0A 3GUKA 245LA 1G07A 2HULA 1L52A 1LGXA 1LI2A 3HH5A 242LA 152LA 1L59A 1L07A 3C8QA 3D4SA 1L46A 3GUIA 1T97A 1L30A 1G0KA 173LA 4I7KA 1OV5A 3L64A 1QTCA 1L27A 1L38A 237LA 1PQIA 146LA 223LA 1L0JA 140LA 1SX7A 1L15A 1SX2A 1C6TA 161LA 2Z6BA 3SB9A 1L55A 3HUAA 107LA 1SSYA 1L63A 1L94A 150LA 241LA 234LA 2OU9A 3C7ZA 233LA 177LA 102LA 123LA 252LA 1DYFA 119LA 1L57A 160LA 1L02A 3NYAA 4W51A 2NTHA 4ARQA 181LA 1CU6A 1QS9A 1L08A 1KW5A 2B6YA 3HDFA 227LA 4LDOA 1L95A 1LGWA 1G1VA 1L53A 1EPYA 4W55A 1L43A 1L71A 198LA 1WTHA 2RB1X 206LA 1L28A 2B6WA 4OO9A 3SB8A 168LA 1LLHA 1QUDA 239LA 2RBNA 2B73A 1G06A 165LA 1L90A 1L04A 1L18A 4I7QA 125LA 248LA 255LA 4ARPA 143LA 163LA 1C68A 231LA 1L06A 254LA 3NY9A 1LWGA 1DYCA 1SSWA 1SWZA 1C6QA 2Q9EA 162LA 188LA 3HT8A 1XJUA 127LA 243LA 1L01A 178LA 1P56A 3GULA 148LE 3C8SA 1L56A 1QT5A 3PBLA 4LDEA 4I7MA 4ZPUA 3C81A 4YXAC 1L64A 197LA 3HTFA 213LA 4PK0A 1L24A 2HUMA 225LA 142LA 2B74A 1CU3A 3HT6A 3FADA 3LZMA 4W57A 216LA 5I14A 114LA 1C62A 3DN8A 1L66A 1P37A 1L70A 2RAZX 218LA 1L61A 1L32A 149LA 4EJ4A 1LYIA 1C6LA 1L65A 111LA 4I7RA 1G1WA 1L22A 1L14A 4EXMA 171LA 3CDRA 1PQMA 1G0PA 7LZMA 1C6AA 1XEPA 238LA 4EKQA 1LPYA 1G0JA 2RBQA 2OTZX 1LYFA 4I7NA 1G0QA 1LI3A 1C65A 4LDLA 1C6BA 3V2WA 3PDSA 2OU0X 1T8AA 1L84A 4GRVA 1L40A 3G3XA 1L23A 3GUNA 1C6KA 159LA 224LA 247LA 4W54A 3CDQA 1L13A 1QSBA 4I7SA 251LA 2OEAX 1C6JA 1DYDA 2F32A 4LZMA 1JTMA 1C6NA 3HTGA 1LYGA 253LA 1CU5A 3OE9A 4DKLA 113LA 1DYEA 236LA 1L88A 1DYAA 3DMZA 4DAJA 3C7YA 1PQJA 1TLAA 259LA 1QTZA 1QUHA 3HH3A 222LA 157LA 191LA 1NHBA 2RBRA 1C6CA 217LA 1L60A 196LA 1LGUA 1L82A 3C80A 3HT7A 1ZYTA 3SBBC 214LA 156LA 3DMXA 1L35A 1C6EA 1QT3A 3C8RA 1L37A 1L69A 1QT8A 1L17A 1L29A 3SB7A 2O79A 189LA 1L73A 1C6IA 141LA 1ZURA 2B6XA 3HUKA 1L99A 3SB6A 187LA 1KY1A 2O7AA 3ODUA 4ARLA 1G0GA 3HDEA 169LA 1I6SA 182LA 1C67A 1QT7A 1D3FA 3HTBA 145LA 1C6HA 1LYJA 1CVKA 1K28A 158LA 1PQDA 1C64A 261LA 1C6DA 120LA 2B70A 256LA 1C63A 1JTNA 1CV1A 2CUUA 1P5CA 1P2LA 1KW7A 3DN3A 228LA 2A4TA 3DNAA 1PQOA 147LA 3FA0A 212LA 221LA 3OE8A 1L92A 230LA 3GUPA 250LA 210LA 4EPFA 2RBPA 1L86A 1T8GA 3DN6A 1CV4A 4E97A 1L48A 1QT6A 1L0KA 1L97A 1P3NA 1L75A 2O4WA 1L80A 1L09A 1L68A 229LA 2RBOA 2RB0X 4DJHA 103LA 3G3WA 2Q9DA 1L42A 1C6PA 1L26A 1L51A 3V2YA 185LA 1DYGA 1DYBA 226LA 3DN2A 2B7XA 1QTBA 2ANVA 1CUQA 4S0WA 3RZEA 3GUJA 1L44A 1L10A 184LA 4ARMB 1QTHA 1LYHA 1D9WA 2OU8A 155LA 220LA 2OTYX 137LA 130LA 1QTDA 1L72A 1P64A 1L96A 3F8VA 3F9LA 108LA 109LA 1LI6A 1L81A 5LZMA 1QTVA 4I7JA 176LA 3C83A 138LA 1OVJA 4I7PA 190LA 1C6FA 1P7SA 215LA 4AQNA 192LA 1G0MA 4W59A 2ANXA 1CTWA 2F47A 4K5YA 4W53A 262LA 126LA 1G0LA 195LA 1L25A 219LA 1CV0A 3DN1A 1P2RA 1OVHA 1CU0A 4IAPA 246LA 3OE6A 2QARC 183LA 1D3MA 1T8FA 3JR6A 1SWYA 1L12A 1L98A 3HU8A 1C61A 6LZMA 2RBSA 3UONA 1L93A 3C82A 1OWYA 3L2XA 235LA 1CV6A 131LA 1L39A 166LA 1L31A 110LA 2QB0B 4EKSA 3EMLA 1QSQA 4W56A 1D2WA 257LA 1L79A 3QAKA 1B6IA 1L16A 1L74A 3FI5A 104LA 1LWKA 3CDVA 209LA 3SBAA 112LA 3HH6A 164LA 1QUGA 4ARJA 1L87A 3SB5A 3NY8A 1JQUA 1QUOA 2IGCA 1L76A 3GUOA 4GBRB 1L33A 2B6TA 1T6HA 4EKRA 1P36A 1L67A 1CU2A 139LA 1XJTA 3CDOA 1OYUA 4W58A 201LA 4ARMA 3RUNA 1C66A 1L62A 174LA 4EKPA 1KS3A 1P6YA 3HH4A 211LA 122LA 1L91A 260LA 167LA 1L49A 2OE7X 180LA 2L78A 115LA 1L54A 128LA 172LA 1L00A 1L19A 3CDTA 3HT9A 1L36A 3DMVA 1CV5A 4YX7C 1L50A 1ZWNA 1OVKA 3HU9A 1L89A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OV7A 3M3UA 1C60A 3C7WA 3VW7A 3EBAB 4UWNA 170LA 1LZRA 3G3VA 4N5RA 5KXKA 1J1XY 1L83A 2OE9X 1IVMA 4YXCA 1LHJA 4MR1A 2Z19A 4WG7A 4QGZA 244LA 175LA 3TMWA 2NTGA 1YKXX 2HUKA 4NSJA 2Q0MX 5LXWA 1OQMA 1QS5A 3HTDA 1P46A 258LA 4QDNA 3TMXA 1D3NA 4FJRA 3DN0A 1D3JA 129LA 2RH1A 1CUPA 1CV3A 1GD6A 1IC5Y 1RE2A 1LJHA 1NKHA 4RDSA 1JEFA 152LA 1L59A 4H9FA 1HNLA 5D5CA 1QUTA 2FBDA 1L27A 237LA 223LA 3QE8A 1IEEA 4DD9A 140LA 1JITA 1SX7A 1IWTA 5LINA 1HEMA 3IWRA 1L15A 4XJFA 4DD7A 2FYDA 5IHGA 4W96A 1L55A 3HUAA 3WW5A 4GN4A 5T3FA 150LA 3LHMA 234LA 4RLMA 233LA 2ZQ4A 177LA 102LA 2ZNWY 4PPOA 1DI5A 3NYAA 160LA 4DWXA 1B7RA 4WM6A 4NWEA 1QS9A 2H5ZA 2BQNA 4XJDA 1UIDA 4L41A 2DQIY 2I25L 1CJ6A 1L28A 3SB8A 4Z98A 1QUDA 1HEPA 1DKKA 2RBNA 3CT0A 2ZIKA 1L04A 1LOZA 2IFFY 1KXYA 255LA 143LA 163LA 3W6DA 1C68A 4DQ5A 3CQLA 254LA 1VEDA 1DYCA 5LA8A 5I4WA 2Q9EA 1LZ5A 188LA 5KXZA 1XJUA 127LA 1VDSA 1GBXA 1B2KA 1HEWA 1MELL 1HHLA 1EL1A 3C81A 1JJ1A 4W57A 3FADA 5KXWA 3AGHA 114LA 3DN8A 1L66A 1L70A 1GDXA 1LJ3A 1LYIA 1L65A 111LA 1BGIA 3WXUA 7LYZA 2MEEA 1GBSA 4QY9A 2XBSA 4H94A 1C65A 4LDLA 3PDSA 3M18B 2Z12A 1T8AA 1YL1X 4OWEA 4M4OA 4GRVA 1SQ2L 1CKFA 1YANA 4W54A 2CWIA 1B5ZA 1JSFA 1TAYA 3KAMA 1HEQA 2OEAX 4TSCA 2F32A 4LZMA 3HTGA 5FEKA 1LYGA 4X3BA 4GCFA 3EXDA 1B5YA 4KPMA 236LA 1OP9B 4YEMA 4NHPA 4DAJA 3C7YA 4WL6A 5LVKA 5LVGA 1I20A 157LA 2DBTA 1C6CA 196LA 3DMXA 1C6EA 1QT3A 3C8RA 4YM8A 1JIYA 4WLTA 5FDJA 1L69A 1AKIA 189LA 3HUKA 141LA 2B6XA 1KIPC 5KXNA 5HMVA 187LA 1NQIA 4ARLA 1FLUA 1V7SA 1D3FA 3A6CY 1C6HA 1LYJA 3K3TA 3WUNA 1PQDA 1GFRA 2ZIJA 3WU8A 3A34A 4OOOA 2F30A 1JTNA 1CV1A 3A93A 1GFAA 5LVJA 4D9ZA 1IP2A 3AZ5A 3FA0A 5KXOA 3BKVA 1L92A 3GUPA 1NHEA 210LA 1BVXA 1GB2A 4GCDA 4ZFPA 1WQOA 1L09A 1L68A 4TTDA 5DN4A 5LAGA 3WMKA 2DKVA 4J7VA 4DJHA 3ZVQB 3SP3A 2A7FA 1L26A 4PRQA 1L51A 2D4IA 1DYGA 1IOSA 1DYBA 3DN2A 1CUQA 3GUJA 1L44A 1L10A 3A6BY 2OU8A 2ZYPA 4NGJA 5HNCA 155LA 3A8ZA 1B5XA 1VDTA 3ZEKA 3F9LA 5I54A 1LI6A 1G7JC 3C83A 4I8SA 138LA 1FDLY 1LYZA 4I7PA 1C6FA 215LA 1REZA 1LTMA 4NWHA 3AW7A 1YAPA 4K5YA 262LA 1G0LA 219LA 1L25A 4GN3A 1LMOA 3WVXA 183LA 1T8FA 1A4VA 1L12A 1DXJA 3F6ZA 5HMJA 6LZMA 2RBSA 1L93A 1LCNA 4NEBA 1D9UA 1L31A 2QB0B 5B07A 1QSQA 4W56A 3CSRA 1L79A 1L74A 3FI5A 104LA 4H92A 2Z38A 209LA 4HTNA 112LA 1CJ8A 4ARJA 4GBRB 1QUOA 2DQEY 1T6HA 3WUMA 4NGOA 4EKRA 5E4PA 1XJTA 3CDOA 1OYUA 1REMA 3BKHA 3RUNA 1L62A 4EOFA 4Z41A 1IR7A 2HEBA 3HH4A 1QIOA 1L91A 3AZ6A 4WMGA 5DM9A 115LA 1L54A 1YIKA 2DQCY 1I56A 1L00A 4NG8A 1BB5A 5FSTA 4G4BA 1XGPC 1LMTA 3LYOA 4II8A 4H9EA 1DKJA 2XQOA 1L20A 2DQGY 1DQJC 1LHIA 1VDPA 1UIBA 2CGIA 2YBJA 5APEA 1LYSA 186LA 4NY5A 1C6GA 205LA 1GFTA 2HU3A 4ML7A 4PJZA 1NDMC 1V7TA 4W52A 1QT4A 1L41A 1HENA 1IOQA 1KY0A 1KNIA 3SN6R 1JISA 2DQDY 2RB2X 4NSIA 4O34A 2F2QA 5LVIA 1OWZA 2B5ZA 1LW9A 1LMQA 5C6IA 4WOAA 2D4JA 4H9IA 1AM7A 2BQKA 207LA 1C6MA 1CJ7A 4YEOA 118LA 3K2RA 3WYHA 199LA 4IATA 1UUZC 5B05A 2OE4X 2B72A 3N9EA 1RFPA 1L21A 1GB5A 3GUKA 2IHLA 245LA 4PHIA 2HULA 3CT1A 154LA 4KL7A 2YBNA 5C6JA 1L07A 3D4SA 135LA 1L30A 4NGKA 1L38A 1UIAA 4LFPA 1QQYA 146LA 3WL2A 2BQLA 1FLWA 1ZMYL 4FDYA 4TSBA 2Z6BA 4G9SA 4R0FA 1L94A 5L3IA 2OU9A 3C7ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OV7 A;  3M3U A;  1C60 A;  3C7W A;  3VW7 A;  3EBA B;  4UWN A;  170L A;  1LZR A;  3G3V A;  4N5R A;  5KXK A;  1J1X Y;  1L83 A;  2OE9 X;  1IVM A;  4YXC A;  1LHJ A;  4MR1 A;  2Z19 A;  4WG7 A;  4QGZ A;  244L A;  175L A;  3TMW A;  2NTG A;  1YKX X;  2HUK A;  4NSJ A;  2Q0M X;  5LXW A;  1OQM A;  1QS5 A;  3HTD A;  1P46 A;  258L A;  4QDN A;  3TMX A;  1D3N A;  4FJR A;  3DN0 A;  1D3J A;  129L A;  2RH1 A;  1CUP A;  1CV3 A;  1GD6 A;  1IC5 Y;  1RE2 A;  1LJH A;  1NKH A;  4RDS A;  1JEF A;  152L A;  1L59 A;  4H9F A;  1HNL A;  5D5C A;  1QUT A;  2FBD A;  1L27 A;  237L A;  223L A;  3QE8 A;  1IEE A;  4DD9 A;  140L A;  1JIT A;  1SX7 A;  1IWT A;  5LIN A;  1HEM A;  3IWR A;  1L15 A;  4XJF A;  4DD7 A;  2FYD A;  5IHG A;  4W96 A;  1L55 A;  3HUA A;  3WW5 A;  4GN4 A;  5T3F A;  150L A;  3LHM A;  234L A;  4RLM A;  233L A;  2ZQ4 A;  177L A;  102L A;  2ZNW Y;  4PPO A;  1DI5 A;  3NYA A;  160L A;  4DWX A;  1B7R A;  4WM6 A;  4NWE A;  1QS9 A;  2H5Z A;  2BQN A;  4XJD A;  1UID A;  4L41 A;  2DQI Y;  2I25 L;  1CJ6 A;  1L28 A;  3SB8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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