1D4NA

Human serum transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKESTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two mutants (K206Q, H207E) of the N-lobe of human transferrin with increased affinity for iron.
pubmed rcsb
molecule keywords TRANSFERRIN
source organism Homo sapiens
molecule tags Metal transport
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d4nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d4nA02
2DE2A 3S9NC 4H5GA 1ELJA 3D4GA 5DYHA 5H8QB 3PMWA 3VLWA 3K1NA 2ONKE 1PBPA 1IITA 2G29A 1YCJA 2I48A 3C9HA 4F1VA 2RCAA 2XXPA 3T66A 3DLNA 1OIBA 2Y7RA 2DXRA 4TLMB 5L9SA 2HAUA 3PMVA 2VGQA 2WKYA 3MZBA 4NF8A 2Q2CA 1S7YA 5TPAB 4MFIA 3UGWA 3N94A 1B5JA 4QFOA 1BKAA 4I62A 3K1MA 2XXRA 1US4A 4AB5A 3F11A 3MW0A 3RTWB 2QS4A 5I2NA 1MQGA 3HPIA 3M8UA 4LATA 3KGCA 3TTKA 4R9FA 5B70A 3ECRA 1ZJLA 2ZYOA 4OMBA 1GV8A 4R74A 1MQDA 1MQHA 1CB6A 3LSWA 2I0CA 4EQBA 4WEDA 4QRZA 1B32A 1A40A 4LQ5A 2D3IA 1H3DA 4G68C 4IY5A 2Q88A 3RN8A 3O97A 2XD2A 1I69A 5CMBA 2FNCA 4YKIA 1LAXA 1LFGA 2XXYA 4H5FA 5ICTA 4BDMA 3E13X 5I59B 3R6UA 4GVOA 1UTBA 3KN3A 1DOTA 1XOCA 1M5CA 5DVFA 2ONRA 3A09A 1H45A 5HM4B 1B9JA 3JYRA 4YMBA 4G4PA 1N04A 3KJTA 5M2VA 4EXKA 4X9TA 4FJPA 3U8QA 1JVYA 2OCUA 5JEIA 1Y20A 1DSNA 3QK6A 3MUQA 2XXWA 5DEXB 1SYIA 2F97A 4U1ZA 1N3XA 2UVIA 2HEUA 1JW5A 4JWOA 4KI0E 2P1SA 1SYHA 4YB6A 1POTA 4QFKA 1MPBA 2I49A 4G8NA 3IB1A 3P7IA 1P1OA 5FHNA 2Q9TA 4XKRA 2XX7A 1OLCA 3H6VA 2H5YA 3ILUB 4XIGQ 3W9VA 1N84A 3VLUA 5AA1A 2PYYA 2OWTA 5H8NB 4OWDA 2ABHA 1OVBA 2Z23A 4FATA 3PUWE 3Q28A 5F1QA 4EF2A 2RKMA 1NH7A 4THIA 2AIXA 3Q26A 3PPRA 3FGSA 4PFYA 4JWYA 2XD3A 1GTKA 1S9TA 2NUVA 3VE1B 2Z22A 3O29A 2F5XA 1MRPA 3KZGA 2O1LA 3CI8A 3S4UA 1QVSA 1NNFA 4PE5B 2P2AA 4JWXA 4NF4A 2ONSA 4KD5A 1B1HA 4GXAA 1B0LA 4KCCA 1LBCA 3MZ9A 1A7LA 3C36A 2QPQA 2KLFA 4P0GA 1L5TA 2HZLA 2UYEA 3TTRA 1IXCA 3VVFA 4RYAA 4C1UA 4GLIA 4PFUA 4FECA 1I6BA 4WEPA 2VHAA 3OMBA 4IO5A 4NF5A 4GOTA 4F1YA 1S50A 1UQWA 1IXIA 4RJZA 3CVGA 4H65A 4KYDA 2X26A 4Q8RA 4OVJA 4JSDA 4LA9A 4GD5A 5CMMA 3BFTA 5TP9A 3U94A 4GRKA 4ESWA 2DE4A 3G3FA 2X7QA 3ODBA 2ZYNA 3UK4A 1IIWA 3TMGA 4F3BA 4OEUA 1XT8A 3MVXA 2Y7PA 4GXSB 2O6AA 3DP4A 2HFBA 4MBPA 2GH9A 4Z0IA 1YAEA 3MVWA 5I56A 5DTBA 3PV0E 4NE4A 1RYOA 2I6EA 4U4XA 4ONYA 1A54A 3FVOA 4PETA 1N76A 4XTCQ 3PUVE 3IX1A 3IR1A 1P1WA 2CMOA 3C35A 3FV2A 1UTHB 4C1TA 1US5A 4NF8B 2NWJA 2DSFA 3N6TA 3U93A 3ILTB 1LLSA 1P1QA 4YKPA 4LP2B 2IEEA 2UVGA 3T22A 3JZJA 4HS7A 3S9MC 2XX8A 4O3BA 4R2FA 1NNKA 3FVGA 3U1OA 3GXAA 2HZKA 4GL8A 3QUFA 4LONB 2Z8FA 4X1BA 2D21A 2QL3A 1LB8A 4OEVA 4IY6A 3T96B 4POWA 1FQAA 4HCYA 1VSOA 1VE4A 3V8XB 1LGBC 5I58B 2QS3A 3FJMA 3FXUA 3ZKKA 1AL3A 4N6PA 2UXAA 4F29A 3C33A 2OJTA 3IB2A 2A5SA 3TEPA 3H3GA 2NXOA 4F31B 4BDOA 2ZNUA 5DT6A 3O2AA 1M5EA 4MH5A 1UTBB 1FQBA 3K2DA 2UVJA 2DQVA 4EQ9A 4FEDA 4ZS9A 3OXNA 1TXFA 1MS7A 2PVUA 3TYHA 1FQDA 1SI1A 1D9VA 3RT8A 3VDFA 5KCJA 1UIUA 3O6IA 1OQGA 1H44A 1MXVA 1IXGA 4U21A 1NMUA 3G3HA 3K4UA 1SW5A 2O1MA 3RNNA 1ZLQA 4R6KA 4FIMA 1EZOA 1FCKA 1MY3A 2H99A 1R9QA 3IJOB 4YKKA 1O7TA 4FAJA 3EF7A 4R72A 3DELB 3M3KA 2Y84A 4X1DA 1H76A 2DP8A 1Q1KA 3ONMA 1OLAA 5FTHA 1MDP1 4JSOA 3KFMA 5K2XA 1PDAA 4L17A 2UYFA 2QMXA 5FHOA 4DXCA 2DOJA 1Y4TA 1UIVA 3PPQA 4F2QA 5JTYB 2H9BA 4POXA 1QULA 2YLNA 1B3LA 3C4MA 4GFRA 2DWHA 4U4SA 4M1VA 2AL4A 1MY1A 3CSBA 3FXRA 1AOVA 3VXCA 1HSLA 4E0WA 3VLVA 4JBZA 4RA1A 1MXYA 1RYXA 1PB9A 2O7UA 1GGGA 4WXJA 2PMSA 4OQOA 4LVQA 3UP9A 4QF9A 5EHMA 3SKPA 1MXWA 1LAGE 3T9VA 3OO6A 3IB0A 3S9LC 4NWCA 4QSEA 1I6QA 2O84X 4G8MA 4ZEDA 1PEBA 2ESNA 2B3FA 3G3GA 4JDFA 4OHNA 4O3CA 1QKBA 1B4HA 4N07A 3QXMA 1F9BA 1BTJA 3HHGA 3SESA 2B3BA 4BDNA 2FA7A 5H8HB 3CFZA 3H6UA 3GBBA 1IQ7A 3BFUA 1Y1ZA 5IKBA 4M4GA 2DXYA 3QSLA 2R9JA 1B1XA 1XHYA 2RINA 1DPEA 3FD3A 4G68A 3R26A 1RKMA 3WAFA 3D4CA 1D3KA 2I3VA 4Q30B 3MAMA 4BDQA 3K0VA 1R9LA 3PD8A 5FHMA 1MY2A 2GRVA 1DPPA 1EU8A 3Q27A 3IL1B 1NL5A 4OTEA 5I56B 1LAHE 4OYVA 4ZEBA 2YJPA 2Y7WA 3OOAA 5I84A 3K6VA 1LAFE 2PT1A 1SVXB 4DE8A 5ITPA 4NF6A 3H03A 5ELVA 3RQTA 1B3FA 1Y3QA 5H8FB 4I8CA 2GHBA 1Y3PA 4F3GA 1B5IA 1NH8A 3TCGA 4DDDA 2QRYA 2ALUA 2OLBA 4EF1A 4LZ7A 3K6XA 2GFEA 4YB5A 1NNTA 4IO2A 1M5BA 4QHQA 3T9HB 2ZMBA 1Z7ME 1ZKBA 1B7HA 1QUKA 3S2VA 4EQ7A 1DMBA 3CR9A 2VOZA 4ZE8A 4TOZA 2B65A 1A55A 5I2KA 3E3KA 3KN8A 3CSGA 1B3GA 1EZPA 4H67A 2OK2A 3H4ZA 3FVNA 5KDTB 2HXWA 3DM0A 3I5OA 3SERA 4HTGA 5H8QA 2HCAA 4U22A 1VR5A 1N0TA 3K00A 4Q0CA 3UIFA 5AA4B 1NKXA 1MG1A 1LFHA 1FTLA 1QJMA 3OENA 4PQJA 4BDLA 3TODA 4GL0A 4AQ4A 1BIYA 1BP5A 4H8IA 5TPAA 1MQIA 3SEYA 2R71A 4YAHX 4F18A 3HCQA 1NFTA 2I4BA 2I58A 3JV9A 1JQFA 5KZTA 1N7XA 3MP6A 4N13A 4YMAA 4ELQA 5KCJB 2OBGA 2XXUA 5I57B 1SQYA 3TCFA 4TLLB 5CBSA 3EHSA 3IK6B 3UN6A 4OFOA 2H25A 1SDXA 1ATGA 4LUBA 3I6VA 1B7UA 1T0KA 3M3LA 1P99A 2V3TA 2A5TB 2H98A 3EQ1A 4Q5TA 3LC8A 2F7BA 3HO7A 3SEUA 5ISUA 4OETA 4DCXA 4OFJA 1FW0A 3TQWA 4IO6A 5I59A 3B7DA 3VVDA 3ZSFA 3LSFB 2V3UA 4OZ9A 3C31A 1QKAA 2G93A 3FZVA 4OESA 4QFNA 4RK2A 1MM6A 3G3JA 2I4CA 3EHUA 3PPPA 1R6ZA 3CIJA 2AL5A 3S9EA 1YPNA 3V89B 4C0RA 3E4RA 4MLVA 1SI0A 1PB8A 4RNSA 1JNFA 3MVYA 1II5A 1TT1A 3VXBA 4F1UA 1MXZA 5I2NB 3IOVA 4U1OA 3RPWA 1P1NA 4I9DA 3MPKA 5AA2A 4OENA 2FYIA 2AYSA 3G3KA 2I0BA 3K02A 3ZKLA 4XKNA 2QS1A 1MXUA 3IJXB 2PBWA 2OWSA 3O6GA 5H8NA 4HCWA 3M3FA 1WVJA 1B0HA 4G8HA 1PB7A 1O64A 3OEKA 3LSXA 2CZLA 4ISUA 2QSXA 4R6YA 5L9MA 3O6HA 4IB2A 2V25A 2UVHA 2Y7KA 2D5WA 2Q89A 4LZ5A 3PPNA 3KG2A 2F36A 2ZYMA 1B4ZA 5LOMA 3KOSA 5CM6A 2QMWA 1O63A 1Y9UA 3IOUA 3FV1A 1IZ1A 2Q2AA 4QSCA 4KR5A 4H1XA 4RPOA 2RC7A 4RXLA 4EXLA 1MY4A 3Q25A 1J1NA 1ZMGA 4GIZA 1ANFA 3U72A 5IAIA 3CFXA 3TDJA 3KJ7A 4IO3A 5J1DA 3K6WA 4FORA 3B6QA 5CBRA 4DXBA 4KQPA 3E9XA 3VV5A 2XXQA 3HHFA 4IGRA 3THIA 2DWIA 4FE8A 1CE2A 3GBAA 4MF3A 3T9XB 2NOOA 2DVZA 1XC1A 1D4NA 4MLQA 3EHTA 3PUZE 1A99A 4H6DA 3IAZA 3T9UA 3CG3A 1B40A 4ZE9A 3MPLA 1FQEA 5K2YA 3FVKA 1SD3A 1SW4A 3HV1A 2F6GA 3QUJA 1JEUA 1P1UA 3SEVA 1LCFA 2QJEA 2F6PA 3H6TA 1MY0A 1N3WA 1XVYA 3TAJA 3K01A 4Z7EA 4F22A 3LUYA 1FQFA 4NTLA 5L8DA 5EYFA 3I3VA 3KBRA 3TQLA 3PD9A 2VP1A 3MC2A 3OSRA 3RTFB 1VFDA 4NWDA 1MH4A 1MDQA 3PGFA 4ELOA 1ZTYA 4NF4B 1FTMA 3C32A 1BLFA 1MPCA 3OO9A 5DVIA 4TQUQ 1UTHA 3SDFA 1MM7A 1A8EA 3BKIB 3FUZA 2RC8A 5CRYA 3RUMA 3G7WA 4OFLA 3TTMA 2O68A 4ZDMA 3Q29A 2Z8EA 3W15C 4YZZA 2OZZA 1HSJA 2LAOA 3IOTA 1B6HA 4NF5B 5A5XA 4K3FA 3W9WA 3UORA 2RC9A 4ELRA 3TKDA 2ANJA 1Q35A 4DCYA 2F7AA 1R1NA 2XXHA 3C34A 4F19A 5TP9B 4U2RA 4U23A 5BUUA 5I58A 4G77A 2Z8DA 3A3UA 4ECFA 1LFIA 2XXIA 3N26A 3FJ7A 1IXHA 5AA3A 1A8FA 5FTIA 2F34A 4KPTA 2HAVA 2V3QA 3K1PA 1QUIA 2THIA 1Z7NE 4PFTA 1MH3A 3TCHA 1POY1 3PUXE 4H8JA 1Y1MA 4ELPA 1Y4CA 2F35A 5HBCA 3OEMA 1URSA 1B5HA 1XS5A 2HQ0A 4IO4A 1B3HA 5ITOA 4UA8A 3RY3A 3TTLA 2X7PA 1GR2A 4UACA 2XXXA 4ESXA 5AE4A 4LZ8A 2DWAA 1IUDA 1MPDA 3KSXA 3TTNA 3KOTA 3G3IA 2RF1A 1JEVA 3L6GA 3CG1A 3OD7A 2RCBA 2O69A 2VD2A 1JW1A 5EHSA 1SW1A 4R6HA 1DTGA 2H4IA 5AA2B 3LBSA 5F7VA 4OXVA 2DYXA 5TU0A 3OO7A 5CMCA 4E0XA 2REGA 1URDA 2IA4A 2Y7IA 1TWYA 3QAXA 2F8DA 1B2HA 1QUJA 2NVUB 5H8SA 3DP8A 3PUYE 4O3AA 4R2BA 3ZS6A 1OQHA 2XX9A 3HN0A 2O51A 4YB7A 1SW2A 5JTYA 4G2ZA 1TFAA 1FTKA 1ZU0A 1TFDA 4ZEKA 3PPOA 4HW8A 4ZECA 3MVZA 3KN7A 1JW4A 4ZZAA 2W7YA 1GVCA 4QFPA 4RY1A 1FTOA 3BBRA 4R9GA 3TFLA 4JXIA 1NNPA 3B6TA 3TUSA 1WDNA 3LR1A 2V84A 1M5DA 3QIMA 3WAEA 3TZAA 2QS2A 4I1DA 4KYSA 3CFLA 3IOWA 3RT6B 3USDA 2PX1A 5L9OA 3PU5A 3O9PA 4F2OA 2Q8JA 1LSTA 3GZGA 4P11A 2BJJX 1I6AA 2DS9A 2V93A 1QW0A 3OELA 5H8HA 1N7WA 3MQ9A 1M5FA 3L6HA 3K6UA 4BLAA 2PT2A 1B58A 1OVTA 2ZYKA 2R6GE 4IO7A 4IGTA 3PMXA 4X48A 4DIGA 4H0WA 3V83A 4XKQA 3SEWA 1LCTA 1YTVA 3FIRA 1FQCA 4FEBA 3OO8A 1USYE 3T93B 1OMPA 2XXVA 5AA2D 4LQ2A 1WODA 5BWJA 2REJA 3VFJA 5DEXA 4ZEIA 1FTJA 5H8FA 1H43A 2XHDA 4EDPA 4P0IA 4PFWA 3AXFA 3MZ1A 3VVEA 1JVXA 3EN3A 2P0SA 1AH5A 1URGA 3O66A 3UA8A 3MP1A 1PC3A 4EUOA 1B05A 4YU0A 4YKJA 5A5XB 1ZIUA 4R75A 2ZNTA 3U92A 4DXUA 1D9YA 5CI5A 2VD3A 1DTZA 4KCDA 3HSTA 3MJNA 4XXUA 4NEDA 1MXXA 4WKMA 1KWHA 3RGYA 3SEXA 4GF8A 5B7DA 2F7CA 4RPNA 3GLBA 1IEJA 4RK9A 3SETA 5DVJA 3RLFE 3V5AA 1B52A 1MQJA 4ZEFA 2M8CA 4GQOA 3MP8A 1LBBA 2E1SA 3TPAA 5KDTA 4G68B 4NMYA 3CRBA 4QSDA 2XXTA 2DVCA 2ZNSA 2E0SA 1XVXA 3FASA 5HPQA 4ZZEA 2GHAA 3DP6A 3H6WA 1Y3NA 4KHZE 4R73A 4BDRA 5AA4A 2DE3A 3TELA 3OSQA 4ND9A 1ZBMA 2YPNA 1B46A 4F3SA 1B3EA 5CMKA 3B6WA 3MBPA 3MWBA 3IO4A 2I3WA 4NF6B 1PBQA 3IORA 3FATA 3FJGA 4KYEA 2ZXTA 4QFLA 4F3PA 1VFEA 3LSLA 3A3CA 1B7ZA 3H06B 4GWOA 5ICQA 3QYTA 3KSJA 1B51A 2DWJA 1AIVA 1SBPA 3N5LA 5I57A 5JK4A 4XKPA 3R7XA 3EPEA 2F78A 4DZ1A 1JETA 3KEIA 4YICA 4DLDA 3IO6A 1EH3A 1AMFA 3FXQA 2O7IA 3O28A 4AB6A 4PP0A 3N6UA 1LB9A 2A5TA 4JB7A 1EZ9A 5I2KB 4F39A 5CC2A 4OERA 3H7MA 1USYH 4KFQA 1HSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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