1D6PA

Human lysozyme l63 mutant labelled with 2',3'-epoxypropyl n,n'-diacetylchitobiose
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRLWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Protein-carbohydrate interactions in human lysozyme probed by combining site-directed mutagenesis and affinity labeling.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 47
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d6pA00
2C8OA 1REMA 1LJKA 4GCBA 5DM9A 1PS5A 2MEAA 2DQDY 3F6ZA 1HFXA 1DZBX 7LYZA 1B5UA 3P4ZA 1W08A 1V7SA 5LYZA 3WW6A 1JIYA 4N8ZA 4XYYA 1J1OY 2BAAA 4M6DA 1EQ5A 1NMMA 1XEIA 2D91A 1WQOA 2EKSC 2DQJY 3K3TA 1CKHA 1GXXA 1J1PY 2I26L 2CDSA 1WQMA 1W6ZA 4B4IA 2BQMA 2DQEY 4H8ZA 1JJ3A 4LYCA 3AZ5A 4X3BA 1HEQA 4PRQA 2Z18A 1GE4A 4H9EA 2HEAA 1VEDA 1LZ8A 1YAOA 1JITA 5KJ9A 5L9JA 4XJDA 4LFPA 1YROA 2BQBA 2MEEA 1E8LA 3AGIA 2FBBA 3N9EA 4LT3A 1UC0A 4DYGA 5DL9A 1LMQA 5KXMA 1LAAA 2DKVA 2HUBA 2ZWBA 4LT0A 1GPQC 1HF4A 1LKSA 1CJ6A 1LZ4A 1OUAA 1GB3A 1RJCB 1INUA 2G4NA 3A95A 1QUSA 2BQKA 1GF0A 4G4HA 2I6ZA 4NGVA 2HTXA 4WL6A 1LYYA 3TMXA 3WUAA 2ZIKA 1IX0A 1LZAA 3B6LA 4ETAA 4ETCA 2HU3A 3N9AA 4RDSA 1LHLA 1NF5A 3GXKA 4UWUA 3J4GA 1GB2A 4TWSA 4NSGA 4YENA 1XGTC 1GB9A 2BQGA 4GLVA 5B05A 1G7MC 1HMLA 3LYMA 4I0CA 4J7VA 4MR1A 1LJJA 1LMTA 207LA 5LYMA 1UBZA 133LA 4OW1A 4ETDA 1OUJA 3A34A 1UCOA 4J1AA 1IOSA 1FKQA 3WU7A 3W6EA 4NGWA 4DC4A 1OUBA 3W6FA 4ET9A 1WQNA 4NFVA 2PC2A 1DXJA 3W6AA 5LYTA 1LYSA 4HP0A 3AGGG 5I54A 1IP7A 1TCYA 1LCNA 5LAGA 1IWZA 1CKFA 1V7TA 1LZEA 1GE0A 4IATA 3T36A 5B59A 2Z2EA 1GFUA 1QSWA 3VWOA 2BQLA 2FBDA 3AYQA 1ZMYL 1JJ1A 1CJ9A 1IY4A 1B7PA 1WTMA 1LZNA 4B1AA 3IWRA 3LHMA 4J1BA 2A7FA 5KKIA 3KAMA 4XJIA 2DBTA 2ZNWY 4WM1A 3TXHA 5I4YA 1FKVA 2BQEA 2ZYPA 2CWIA 1N4FA 4WO9A 3M3UA 4BS7A 1CNSA 1GFJA 4MSTA 5APCA 4H9HA 4DD2A 4WG1A 5F16A 4BAFA 1B7RA 1WTNA 3WPKA 1LJ4A 154LA 5AMYA 4CGEA 4GLAA 4NHTA 5KXKA 1LJGA 4ZIXA 1JKCA 1VATA 2F2NA 1IORA 1F0WA 1IWVA 4WMGA 5LVGA 1LYZA 1F6SA 1IOCA 4AGAA 1H6MA 1HERA 3CT1A 1D9UA 1LZ6A 1B5XA 1BQLY 4I8SA 3WL2A 5KY1A 193LA 2Q0MX 1GE2A 5J7CA 1VDQA 1DPXA 1LSGA 1LZGA 4DDCA 5DN5A 4Z98A 3N9CA 4LT1A 2F30A 1B7SA 1LHJA 2ZNXY 1WQRA 2YBHA 1LSPA 4DD7A 2MEBA 1QUTA 2DQIY 3P64A 4H8YA 1LHHA 1OQMA 4NGKA 1IP3A 1OUEA 3LYTA 5HMVA 1GE3A 4B0DA 5IELA 2BQAA 4ML7A 1KIPC 5IHGA 4IJ4A 4WM6A 1NHEA 5KKJA 1BB4A 5D5FA 4OOTA 1GFEA 3RNXA 2CJLA 1A4VA 1XGUC 1IP4A 4N1EI 5F14A 3ATNA 1A2YC 1OUFA 4KL7A 5KXLA 2Z37A 1T6VL 1JTPL 1I1ZA 1YANA 1UIDA 4HV2A 4WLDA 2YVBA 4R6CA 5KXXA 1EQ4A 1XEKA 2ZQ4A 1GF4A 1VAUA 3D3DA 1IR8A 1B2KA 1XSFA 3AW6A 3HBHA 2BQJA 4MCKA 4NIJA 4TUNA 2YBLA 2HU1A 1UIAA 1QTKA 1RFPA 3EO5A 5A3ZA 1TBYA 4PGJB 3ULRA 3A6CY 1BB5A 1LTMA 3A94A 4H93A 4OWCA 4H1PA 3CSQA 4RW1A 1GFAA 3A67Y 1F6RA 1LSYA 5KXWA 2ZILA 5D5CA 2A7DA 4KXIA 1RI8B 4WM4A 3TMVA 1WQPA 2FYCA 5L3HA 4CJ2A 3EXDA 4GN5C 4PPOA 1LSZA 3W3EA 1GEZA 2G4QA 1DKJA 1BHZA 1JSEA 1HELA 2MEDA 4LYZA 1B5ZA 1IY3A 1OUDA 3P65A 5APEA 3WXUA 1B5WA 5LAFA 4OWHA 1BWIA 5LIOA 1C43A 4YOPA 1JPOA 1B7OA 4H94A 2LZTA 1G7JC 3B0IA 4WO6A 4LFXA 1KXYA 1REXA 1D0MA 1SLYA 2IHLA 2X0AA 5KXRA 1B7LA 5K7OA 5FSTA 1HMKA 1RCMA 1LJEA 4WG7A 5EBHA 1IVMA 2HEBA 194LA 2HECA 3IJUA 3LZ2A 4N5RA 4GN4A 2GV0A 1YAPA 3MGWA 3WUNA 5HLLA 1YAMA 1ZV5L 4UWNA 2MEIA 1BB7A 4NSHA 1G7HC 1B5YA 1J1XY 1LSBA 1P2CC 208LA 4NGYA 4O34A 4B49A 4H9CA 1LZRA 2DQCY 2HEDA 1YKXX 1IWXA 4LGKA 5B1FA 8LYZA 1BB6A 5APFA 1XFPL 4HSFA 1DI4A 2YBNA 1RE2A 1YAQA 1FN5A 1T3PA 1IOQA 1LZ5A 1IWUA 1GBZA 5E9RA 1HENA 4WLTA 1GF3A 1IWWA 2NWDX 3CSRA 3FE0A 1IR7A 4B4EA 4H90A 3EMSA 4GCEA 2WARA 4HJZA 1UICA 2BQDA 2DQFC 3WPJA 2BQOA 4N0JA 5L3IA 2HEFA 4HV1A 3P66A 1BWHA 1BB3A 3W6BA 1D0KA 3W6CA 1LJIA 1TEWA 3TXDA 2EQLA 2IFFY 4M4OA 1NDMC 5I4XA 5FEKA 4NHPA 4QEQA 4GCDA 5FELA 1IP5A 2DQHY 4OWEA 1LZBA 4GCFA 5KXSA 1LSEA 4N1CC 4NHSA 1LSFA 1D6PA 3FI7A 3ZVQB 132LA 3AZ4A 4PHIA 1LSAA 2FYDA 1C10A 3WU8A 1IO5A 4DDAA 4N9RA 4TSCA 1LZCA 4H9BA 4H9FA 1CKCA 1OUGA 3LN2A 5KXTA 3GXRA 1YKZX 4KPMA 1IOTA 4H92A 1DQJC 1NDGC 1ALCA 3W6DA 5ILCA 3A3RX 5IDDA 1XGQC 1PZYA 1QSAA 2Z39A 4NY5A 4RW2A 4WOAA 1GFKA 1UIHA 3ZEKA 3E3DA 4IASA 1NQIA 4LYMA 5LVHA 1LZDA 4NSJA 4DD0A 4EMNA 1LSNA 3TXKA 4XADA 1UUZC 1LZYA 3CT0A 4DWXA 4DDBA 2MEHA 4DD9A 1IC4Y 2BQNA 2BQCA 4G4BA 4H91A 2LYZA 1NBZC 3TMWA 4A7DA 1GBSA 1KXXA 1SQ2L 2XBRA 1C7PA 2BLXA 3A6BY 3P68A 3TMUA 3B0KA 1LJ3A 1NKHA 4HJVA 3TXIA 3A8ZA 4L41A 4WLXA 5LVKA 3G3BB 3OK0A 1GF7A 1YL1X 4NG8A 2H5ZA 1FLQA 1QTEA 1LPIA 4J0LA 4XJFA 1WQQA 4C5FA 3WXTA 1GBXA 3J6KA 5E4PA 1AKIA 5FCPA 1XGPC 4YM8A 1HEWA 1FDLY 3A91A 4ET8A 2XTHA 4BADA 1LHKA 3RU5A 5JENB 1LYOA 3WU9A 1BVKC 1GB0A 1GFTA 4LZTA 1BVXA 4U3XB 1KIRC 5F9UA 1BGIA 3CSZA 1GB5A 1JKDA 2ZYCA 1OUCA 3G3AB 3LZTA 4H9AA 4CFOA 5LVJA 1VDTA 2ZIJA 1IIZA 1B7NA 3AGHA 4NGJA 5HNLA 5C6IA 5LINA 4OOOA 2DQGY 1JJ0A 4TSBA 1O23A 4NGOA 2YBJA 1B5VA 1C08C 1GFHA 2H9KA 3AZ6A 4QY9A 1LJNA 2EPEA 5II3A 1KXWA 1GAZA 4RLMA 2YBIA 1IEEA 1GF9A 1JKAA 4OWAA 4DD1A 4UWVA 5F81A 5B1GA 1DI5A 1KIQC 1TAYA 4FDYA 4P2EA 5KXYA 3CQLA 4YEMA 4YEOA 1LJFA 1CKDA 5B06A 1UA6Y 2HEEA 1QDRA 2LHMA 3QY4A 4W96A 4G4CA 3HBDA 1LJHA 2W1XA 1LOZA 1FLWA 2LYMA 5HMJA 4C3WA 3CB7A 4ZFPA 1HSXA 1B9OA 1IR9A 1D0LA 5I53A 3RT5X 1VDSA 4OWBA 4WM5A 3WMKA 4ETEA 1GBOA 1NWGA 1IP6A 4AXTA 4NHIA 3ZVQA 4ANRA 5B07A 5LA8A 1JISA 3LYZA 4Z3MA 1MLCE 4NGLA 2F4AA 4NG1A 4TX7A 5C6JA 2D4KA 2Z12A 1GD6A 4NGZA 6LYZA 1LZ1A 1IWYA 1YL0X 4W94A 3RW8A 2Y8PA 1B7QA 1ZVHL 3BKHA 134LA 1UIFA 3A93A 3D9AC 4LYOA 3T6UA 4HTNA 1VDPA 4XENA 5KXOA 1IWTA 1EL1A 1AZFA 1GWDA 1HHLA 1VFBC 4NEBA 4CFPA 1JTTL 4Z41A 5A3EA 4ETBA 1AM7A 2W1YA 1JHLA 4WLYA 4DT3A 3BKVA 3HFMY 1YIKA 1LZ9A 1C46A 4PRUA 1GDWA 135LA 1REYA 1GF6A 1JSFA 1UIGA 1DKKA 1I20A 1G7IC 2YDGA 2W1MA 2ZQ3A 3IJVA 4G9SA 2D4IA 5F9XA 1AT6A 1JWRA 1TDYA 2RSCA 3CT5A 1C45A 1HFZA 2N5ZA 5ILFA 1GB7A 3WH1A 4WM2A 4D9ZA 4BAPA 1G7LC 1WVVA 2LZ2A 4B4JA 4Z46A 3A92A 1GFVA 3WULA 3WYHA 5I4WA 5DLAA 5KXPA 5T3FA 3WVXA 2MECA 1CJ8A 2YBMA 2LYOA 1LSCA 2D6BA 4HPIA 1HFYA 1IP1A 4HPEA 1NBYC 4YF2A 3EBAB 5C6LA 1I56A 2XJWA 1HEPA 1LSDA 2DQAA 4GN3A 4HJYA 2MEGA 4NWHA 1JUGA 1MELL 5LXWA 3TXBA 1HNLA 1UIEA 1GBWA 1LHMA 1WVUA 1ZVYB 2H9JA 3QE8A 1D6QA 4NGIA 1GBYA 4WM3A 1UACY 5KXNA 5APDA 1LMPA 3AJNA 3B0OA 5HQ1A 4XJHA 1GXV2 1IC5Y 3TXJA 1DI3A 3TXFA 2BQIA 3ATOA 2XBSA 1GE1A 1B7MA 3TXEA 4CHXA 2I25L 1UIBA 1AT5A 4G49A 4II8A 9LYZA 1LZSA 1DPWA 3AZ7A 4LT2A 4XJGA 2B5ZA 3WPLA 1YILA 1GFRA 5I5QA 2AUBA 1GAYA 1LZTA 5LVIA 1LMAA 1EQEA 1FBIX 1QQYA 1BWJA 4TTDA 2F4GA 4E3UA 2MEFA 4NSIA 4H8XA 4H9IA 1F10A 1LMNA 1GEVA 2Z19A 4EOFA 1IP2A 1XEJA 1CKGA 3A3QA 1YKYX 3TXGA 1LHIA 5DN4A 4ZEEA 1GDXA 4DD3A 4GCCA 1GFGA 2D4JA 4NHQA 2BLYA 3WVYA 3WW5A 3OJPA 1HEMA 1HSWA 1JTOL 2CGIA 1IC7Y 3AB6A 3SP3A 1JEFA 2YSSC 1GB6A 4FJRA 4QDNA 1GB8A 2Z38A 4RLNA 1JKBA 2C8PA 1YQVY 1REZA 1FLUA 4R0FA 1LMCA 1QDTA 1LMOA 5FDJA 3B72A 4NWEA 6LYTA 1HC0A 1FLYA 2W1LA 4PJ2C 3A96A 4WL7A 5FHWA 4XN6A 1B0DA 1GF8A 4KT3A 1H87A 4LYTA 1OUHA 5HNCA 153LA 2VB1A 1CJ7A 1GF5A 1Z55A 1QIOA 1GHLA 2Z2FA 3WUMA 4LYBA 2EIZC 5LA5A 1XGRC 2BQFA 3AW7A 5M1YA 3LYOA 3M18B 3RZ4A 1OP9B 2BPUA 1LSMA 1OUIA 1LKRA 2G4PA 4HTQA 3HBEX 1HEOA 4HTKA 5KXZA 3QNGA 4XJBA 3A90A 4QGZA 2BQHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2C8OA 1REMA 1L81A 5DM9A 1B5UA 1W08A 3RZEA 1L87A 1EQ5A 1OWZA 1WQOA 1DYAA 1GXXA 234LA 1WQMA 1W6ZA 2DQEY 3AZ5A 130LA 1GE4A 2HEAA 5KJ9A 4XJDA 192LA 3PBLA 2BQBA 3AGIA 1L39A 4LT3A 1L79A 1UC0A 1D2WA 1LMQA 1LAAA 2DKVA 2HUBA 2ZWBA 2Z6BA 3A95A 1L64A 2G4NA 3A92A 2RBPA 4G4HA 2HTXA 1LYYA 3TMXA 1IX0A 1LZAA 200LA 4ETAA 4UWUA 1GB2A 3DN2A 4YENA 1XGTC 1HMLA 4J7VA 4MR1A 131LA 3A34A 1XJUA 3WU7A 4IAPA 4NGWA 1OUBA 3W6FA 1PQDA 2RBRA 3L2XA 3W6AA 1QT7A 2B72A 1IP7A 1LCNA 1V7TA 5B59A 2Z2EA 1GFUA 1QSWA 1TLAA 1ZMYL 190LA 1IY4A 4B1AA 5KKIA 4XJIA 3NYAA 5I4YA 1FKVA 1N4FA 4WO9A 1CNSA 1GFJA 4DD2A 4H9HA 1LYDA 5I14A 1KY1A 1L72A 4WMGA 1LYZA 1H6MA 4DQ5A 4W55A 4DQ7A 193LA 5J7CA 1LZGA 3N9CA 1LHJA 1WQRA 2YBHA 3HT8A 2DQIY 169LA 1LHHA 1OQMA 1IP3A 1G0PA 1OUEA 1C62A 1G0JA 1C6MA 4W54A 1OVKA 4I7MA 1A4VA 1L37A 1XGUC 4N1EI 4DJHA 3ATNA 1L38A 3GUJA 1GF4A 1IR8A 3HBHA 4MCKA 1QTKA 1CVKA 3EO5A 4OWCA 1BB5A 110LA 259LA 1GFAA 2HUKA 4OO9A 1RI8B 1LPYA 151LA 1CU5A 163LA 1L99A 1L27A 1GEZA 1JSEA 1QTDA 3P65A 212LA 3OE0A 3WXUA 5LIOA 3SB9A 4YOPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2C8O A;  1REM A;  1LJK A;  4GCB A;  5DM9 A;  1PS5 A;  2MEA A;  2DQD Y;  3F6Z A;  1HFX A;  1DZB X;  7LYZ A;  1B5U A;  3P4Z A;  1W08 A;  1V7S A;  5LYZ A;  3WW6 A;  1JIY A;  4N8Z A;  4XYY A;  1J1O Y;  2BAA A;  4M6D A;  1EQ5 A;  1NMM A;  1XEI A;  2D91 A;  1WQO A;  2EKS C;  2DQJ Y;  3K3T A;  1CKH A;  1GXX A;  1J1P Y;  2I26 L;  2CDS A;  1WQM A;  1W6Z A;  4B4I A;  2BQM A;  2DQE Y;  4H8Z A;  1JJ3 A;  4LYC A;  3AZ5 A;  4X3B A;  1HEQ A;  4PRQ A;  2Z18 A;  1GE4 A;  4H9E A;  2HEA A;  1VED A;  1LZ8 A;  1YAO A;  1JIT A;  5KJ9 A;  5L9J A;  4XJD A;  4LFP A;  1YRO A;  2BQB A;  2MEE A;  1E8L A;  3AGI A;  2FBB A;  3N9E A;  4LT3 A;  1UC0 A;  4DYG A;  5DL9 A;  1LMQ A;  5KXM A;  1LAA A;  2DKV A;  2HUB A;  2ZWB A;  4LT0 A;  1GPQ C;  1HF4 A;  1LKS A;  1CJ6 A;  1LZ4 A;  1OUA A;  1GB3 A;  1RJC B;  1INU A;  2G4N A;  3A95 A;  1QUS A;  2BQK A;  1GF0 A;  4G4H A;  2I6Z A;  4NGV A;  2HTX A;  4WL6 A;  1LYY A;  3TMX A;  3WUA A;  2ZIK A;  1IX0 A;  1LZA A;  3B6L A;  4ETA A;  4ETC A;  2HU3 A;  3N9A A;  4RDS A;  1LHL A;  1NF5 A; 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 1IWT A;  1EL1 A;  1AZF A;  1GWD A;  1HHL A;  1VFB C;  4NEB A;  4CFP A;  1JTT L;  4Z41 A;  5A3E A;  4ETB A;  1AM7 A;  2W1Y A;  1JHL A;  4WLY A;  4DT3 A;  3BKV A;  3HFM Y;  1YIK A;  1LZ9 A;  1C46 A;  4PRU A;  1GDW A;  135L A;  1REY A;  1GF6 A;  1JSF A;  1UIG A;  1DKK A;  1I20 A;  1G7I C;  2YDG A;  2W1M A;  2ZQ3 A;  3IJV A;  4G9S A;  2D4I A;  5F9X A;  1AT6 A;  1JWR A;  1TDY A;  2RSC A;  3CT5 A;  1C45 A;  1HFZ A;  2N5Z A;  5ILF A;  1GB7 A;  3WH1 A;  4WM2 A;  4D9Z A;  4BAP A;  1G7L C;  1WVV A;  2LZ2 A;  4B4J A;  4Z46 A;  3A92 A;  1GFV A;  3WUL A;  3WYH A;  5I4W A;  5DLA A;  5KXP A;  5T3F A;  3WVX A;  2MEC A;  1CJ8 A;  2YBM A;  2LYO A;  1LSC A;  2D6B A;  4HPI A;  1HFY A;  1IP1 A;  4HPE A;  1NBY C;  4YF2 A;  3EBA B;  5C6L A;  1I56 A;  2XJW A;  1HEP A;  1LSD A;  2DQA A;  4GN3 A;  4HJY A;  2MEG A;  4NWH A;  1JUG A;  1MEL L;  5LXW A;  3TXB A;  1HNL A;  1UIE A;  1GBW A;  1LHM A;  1WVU A;  1ZVY B;  2H9J A;  3QE8 A;  1D6Q A;  4NGI A;  1GBY A;  4WM3 A;  1UAC Y;  5KXN A;  5APD A;  1LMP A;  3AJN A;  3B0O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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