1D6PA

Human lysozyme l63 mutant labelled with 2',3'-epoxypropyl n,n'-diacetylchitobiose
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRLWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Protein-carbohydrate interactions in human lysozyme probed by combining site-directed mutagenesis and affinity labeling.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d6pA00
4PJ2C 5KXOA 1F6SA 2YDGA 1ZVHL 4PHIA 5LAFA 4NG1A 4B4JA 2BQAA 4HJVA 4WO9A 1QDRA 5I54A 1LHIA 1IY4A 2ZQ4A 3WUMA 4KL7A 3RW8A 3TXJA 1CKFA 2BQHA 1OUDA 2BPUA 3IJUA 4ETAA 1KXYA 4NG8A 3AGHA 3RNXA 5LXWA 1HELA 3IWRA 4GN4A 4WMGA 5J7CA 1AKIA 3A93A 4WM6A 4II8A 1OUFA 3CB7A 1BWHA 4N9RA 1UC0A 3D9AC 3P68A 1LMCA 1JJ0A 5DN5A 3AZ5A 1I20A 1QSAA 1VAUA 3AB6A 1O23A 3AW6A 4NFVA 4XN6A 1TDYA 1UA6Y 4YEOA 1JWRA 1JTTL 2F4AA 1P2CC 3ZEKA 5T3FA 1NBZC 1EL1A 4GN3A 134LA 1VEDA 3OK0A 1CKCA 1C7PA 1REZA 5LA8A 3CSZA 1GEVA 4XJDA 4NWEA 1OP9B 1BGIA 1PS5A 1QQYA 4OWBA 4M6DA 4H8ZA 5LYTA 1B7NA 3WU8A 4MCKA 4GCDA 1DPWA 1XGPC 5APCA 5APEA 1REYA 5KKJA 1YAMA 5B07A 1LSFA 3N9CA 4N8ZA 1LZBA 4TSBA 4WM1A 1IWWA 4EOFA 5KXKA 1LJJA 3TXDA 1GB6A 5ILCA 2I25L 1GF8A 2BQBA 2YVBA 1BVXA 2IFFY 1B7LA 1KIRC 1DI5A 1T3PA 1WQQA 4HJZA 1D6PA 1JJ3A 1LZSA 1WVUA 1JHLA 1BB6A 2ZWBA 3W6CA 1LYOA 2EIZC 2W1XA 5LVIA 3B0KA 1GAZA 3WH1A 1ZV5L 1YAQA 1OUCA 4QGZA 2MEIA 1EQ5A 1GBZA 2YBJA 1XEKA 4GLAA 4G4BA 1IO5A 1W6ZA 1UIHA 1HERA 153LA 2DQEY 2FYDA 4J1AA 5D5CA 1WTNA 1CNSA 1H87A 1VATA 5KXZA 1JSFA 3J4GA 2ZNXY 5F14A 4BS7A 3P66A 133LA 3AYQA 3LZ2A 4KPMA 3A8ZA 1LYSA 4R6CA 3A3QA 4ML7A 1IEEA 1DXJA 1LJFA 2HEAA 2BQGA 5LA5A 1B5YA 4ETCA 5ILFA 1JUGA 4HSFA 4NHSA 3TMVA 4UWNA 2DQAA 1B5XA 1DZBX 2AUBA 2W1YA 1FLWA 4WG7A 4XENA 4J7VA 2DQCY 1IOSA 4DC4A 1YIKA 1GB5A 4MSTA 4B49A 1LZYA 2ZILA 4TX7A 1GBSA 4J0LA 4NGZA 1LZ1A 1LTMA 1B5WA 1RI8B 1B7PA 1HEPA 2HEFA 2Z18A 1CJ8A 4XJFA 1HEWA 4DT3A 4U3XB 3EMSA 4GN5C 1RJCB 2HU3A 3ZVQA 1JJ1A 1G7IC 1NMMA 1GF5A 4XADA 1JEFA 1GWDA 3J6KA 1LZCA 1IP3A 4FJRA 4O34A 4WOAA 5C6LA 2XTHA 4HTKA 1LSDA 5LYZA 4WM4A 4W96A 2HTXA 1GPQC 3WULA 2HU1A 1GFGA 1E8LA 5I4WA 1GFEA 2PC2A 2G4PA 4QDNA 5E4PA 5FSTA 5IDDA 1FBIX 4WLYA 1WQNA 3WPKA 4LYTA 1YAOA 1DKJA 2DQJY 1GXXA 2W1LA 1GBYA 1GB8A 1OUBA 5B05A 1UIAA 4ET9A 3TXGA 4B0DA 3MGWA 1NBYC 9LYZA 1NF5A 1ZMYL 5HMVA 1DPXA 5I53A 1WQOA 4Z41A 4A7DA 5LYMA 4N5RA 1HHLA 1NDMC 4KXIA 3QNGA 4DDCA 3VWOA 5KJ9A 1J1OY 5DLAA 1SQ2L 3D3DA 3CT1A 1SLYA 4NHPA 4H9CA 4PRQA 5HNLA 1B7RA 2ZIJA 1LHJA 3AGIA 4H91A 5DM9A 4LT1A 5F9UA 1LZNA 1GBWA 1LKSA 1UIGA 2YBHA 4ZEEA 1HMKA 1REMA 1BB4A 1IP6A 4G4HA 4GCCA 1YL1X 2BLXA 1YKYX 5FDJA 1GE2A 1GB9A 2MEGA 3KAMA 4NSJA 2BAAA 4WLXA 1GFTA 4AGAA 1LSBA 4NHIA 3LYOA 4DWXA 4DYGA 1LZ8A 1Z55A 4XJGA 1IOTA 1GF9A 2D4JA 2G4NA 1IP4A 132LA 4LFXA 2HECA 1BWIA 3BKHA 4OOTA 1WQRA 5I5QA 5KXLA 2BQJA 3P64A 4Z46A 2RSCA 1NKHA 1LAAA 3G3AB 1HMLA 1RE2A 1LHMA 5LVGA 5I4XA 4N1CC 2CDSA 1LJHA 4OWEA 4NHQA 4GCFA 4RW1A 4AXTA 3P65A 3WW5A 1C08C 2LYMA 1EQ4A 1CKHA 1XGRC 3HFMY 1LCNA 5KXPA 4FDYA 1LYZA 3A90A 2YBLA 1LZDA 3WL2A 1HFXA 2MECA 3LHMA 4LYCA 3T6UA 4DD0A 1OQMA 4I0CA 4DD2A 2DQGY 1BWJA 1J1XY 1B7SA 2BQFA 4Z3MA 1GFJA 1IY3A 1LYYA 2EPEA 2LHMA 5HMJA 4H9BA 2GV0A 1GB2A 1IORA 2ZQ3A 4LYOA 2W1MA 1OUJA 2XBSA 4H9FA 1LJNA 4NGJA 1CKGA 5APDA 2D4IA 4WL7A 4P2EA 1VDSA 1GFVA 4EMNA 4H9HA 4QY9A 3P4ZA 2C8PA 3WXUA 1NQIA 4HV1A 4WO6A 4QEQA 3WVXA 1LJ4A 2ZYCA 4H9IA 5LIOA 4N1EI 1GBXA 3A6CY 3EXDA 1NWGA 1LHKA 3LZTA 1NHEA 4ETBA 3ATNA 3AZ7A 2DQHY 4CGEA 5LVJA 3WMKA 1XSFA 1LSZA 3B0OA 3E3DA 1F10A 1LZTA 1JSEA 3G3BB 1HNLA 1JITA 4N0JA 1GF6A 1GE0A 1LMOA 1XEJA 1KIPC 135LA 4NGIA 1YQVY 1GAYA 3TXFA 4H9EA 3M3UA 1UICA 1MELL 4M4OA 3AZ6A 3B72A 3RU5A 1PZYA 1LJ3A 2G4QA 1IR8A 1QSWA 4H8YA 3WPLA 4OWHA 5E9RA 4NGYA 1YKZX 2MEHA 3WU7A 5C6JA 193LA 1LSGA 4TUNA 2IHLA 4DD7A 2A7DA 1UACY 1RFPA 1IP7A 1LOZA 4G9SA 4NHTA 1XGTC 4XYYA 5FCPA 1XGQC 1LSEA 1UIBA 4DDBA 4WLTA 4BADA 5B59A 5F81A 2HEDA 3TMUA 1QUSA 3W6AA 3W6FA 1IWUA 2Z2FA 1FLUA 3RT5X 1LJGA 2C8OA 4IJ4A 3FE0A 5DN4A 1OUAA 1GFAA 1REXA 3F6ZA 2BQMA 1LSCA 4LYMA 1EQEA 4NGVA 2I6ZA 3ULRA 1T6VL 1B7OA 4DD1A 5KXWA 5EBHA 4WM2A 5KKIA 1IIZA 2BQDA 3A95A 1C45A 1OUGA 3CSQA 4XJBA 3A91A 4KT3A 1IVMA 5LAGA 2MEFA 2MEAA 3A92A 3RZ4A 1GE1A 1B2KA 1LZGA 4RDSA 2Q0MX 4Z98A 4ETDA 4HTNA 4W94A 1FDLY 3OJPA 4NGOA 5FEKA 1LMNA 3IJVA 1OUEA 4IASA 1GBOA 4MR1A 2FBBA 1LJEA 5APFA 4PGJB 3WYHA 4B1AA 1BHZA 1IWTA 2MEDA 1LJIA 1FLYA 4HP0A 4OWAA 1QTEA 4H1PA 1DI3A 3CQLA 1HEQA 4DDAA 2NWDX 3W6BA 1QIOA 4LT0A 2EQLA 4H94A 1YL0X 208LA 4NGKA 4J1BA 4B4EA 5KY1A 1LPIA 3A6BY 4YEMA 5HQ1A 1J1PY 1YANA 3B0IA 3N9AA 3CT0A 2CJLA 4NSGA 2HEBA 1B7QA 1KXXA 4CHXA 2D6BA 1GB3A 4WG1A 4LYBA 4YM8A 4GCBA 3SP3A 2F2NA 3M18B 1A2YC 3HBDA 2ZIKA 1I56A 1B0DA 3A94A 4LYZA 3ATOA 1IC4Y 1XGUC 4CFOA 1CJ6A 4XJHA 4TWSA 1IX0A 3WVYA 1WQPA 2ZYPA 3EO5A 3ZVQB 1IR9A 4H9AA 1UIDA 1WVVA 1UUZC 5FELA 1IOQA 1BB7A 1GF3A 1VDQA 2DQIY 1HFYA 1IC7Y 4H93A 4OWCA 4YENA 4C3WA 4NGLA 4OW1A 5HNCA 3HBEX 1CJ7A 4CFPA 1G7LC 4NGWA 4G4CA 2Y8PA 2LYZA 1IWXA 3TXIA 2H5ZA 8LYZA 4RLNA 4LT2A 1FLQA 2B5ZA 1N4FA 4HTQA 4IATA 2BQCA 4ETEA 1HC0A 2DBTA 1GFKA 1GXV2 5F9XA 4ZIXA 1YILA 2BQEA 3LYMA 4BAPA 1LMAA 1ZVYB 3EBAB 1JPOA 1LJKA 1OUHA 1YKXX 1LSMA 2BQOA 4NEBA 4NSIA 3WXTA 1TCYA 2BQNA 1GF4A 5F16A 2DQFC 4D9ZA 3WPJA 1AM7A 2XBRA 3WU9A 2H9KA 5B1GA 3N9EA 3AGGG 1IR7A 2X0AA 1IWVA 2CGIA 1RCMA 3AJNA 4RW2A 4UWUA 4XJIA 1QDTA 4C5FA 1HFZA 1UCOA 1D9UA 2D91A 4E3UA 4HJYA 2F30A 4B4IA 4BAFA 1F6RA 4NSHA 1JISA 2LZ2A 1QUTA 1B7MA 4I8SA 3W6EA 1LSNA 1IOCA 2DQDY 2BQIA 1D0LA 4HPIA 1LSPA 1V7SA 5KXYA 2CWIA 3W3EA 3TXHA 3WW6A 4ET8A 1VDTA 4GLVA 1TEWA 2FYCA 1JKCA 3BKVA 1HSXA 1GF7A 2D4KA 2A7FA 4NY5A 1HF4A 1DQJC 1KXWA 5KXNA 1UBZA 1F0WA 1INUA 4OOOA 1GFUA 1LHHA 1LSAA 1NDGC 1IP2A 2BQKA 2Z39A 5IHGA 5KXMA 1GB0A 1IWZA 4WL6A 5L9JA 1DI4A 5KXRA 1OUIA 1ALCA 4G49A 1LMQA 2Z37A 1TAYA 2ZNWY 5B1FA 3WUNA 1G7JC 1D6QA 1LSYA 3TMWA 7LYZA 1GFHA 1C10A 1JIYA 2HEEA 1CJ9A 1V7TA 2FBDA 1LKRA 3B6LA 1A4VA 4X3BA 1GE3A 5L3IA 3QY4A 2WARA 3A3RX 4LT3A 1VFBC 3HBHA 1DKKA 1GB7A 3K3TA 4H90A 154LA 2HUBA 3CSRA 4WM5A 3GXRA 3T36A 2I26L 4YOPA 4PPOA 1FKVA 1WTMA 1AZFA 2N5ZA 1UIEA 1IP1A 1JKBA 1JTPL 1G7HC 6LYTA 5AMYA 1IC5Y 2LYOA 4HPEA 4R0FA 1LZAA 2MEEA 5B06A 3GXKA 3A67Y 2MEBA 3CT5A 4DD3A 4RLMA 2XJWA 5JENB 2Z19A 1IP5A 1HEMA 207LA 5L3HA 4UWVA 5K7OA 4CJ2A 4LGKA 1XFPL 4HV2A 4GCEA 2YBMA 2BLYA 1HENA 2YBIA 1LZRA 4DD9A 3A96A 4NWHA 1BQLY 5KXSA 4ZFPA 1HEOA 3TXEA 2YBNA 1GEZA 5A3ZA 5II3A 5HLLA 2Z2EA 1LMTA 4WLDA 1B5ZA 1YROA 1BB3A 1TBYA 1QTKA 1XEIA 1WQMA 2Z12A 3A34A 1JKDA 1HSWA 4TSCA 4H8XA 1GFRA 1LMPA 2LZTA 4LFPA 3LYZA 1JTOL 1GF0A 3QE8A 1W08A 6LYZA 5LVHA 1VDPA 4LZTA 1UIFA 1CKDA 1AT6A 2VB1A 1B9OA 1BB5A 2BQLA 2YSSC 3WUAA 3AZ4A 1GDXA 2H9JA 3AW7A 5D5FA 5LVKA 1LZ9A 5DL9A 5FHWA 1LZEA 1YAPA 5KXTA 1C46A 5IELA 3W6DA 5KXXA 5M1YA 2DKVA 3TMXA 5A3EA 3LN2A 3LYTA 1FKQA 1LHLA 4YF2A 1C43A 1MLCE 1H6MA 1AT5A 1GD6A 1GDWA 1B5VA 4TTDA 2Z38A 4PRUA 1LZ5A 2F4GA 3FI7A 1GHLA 1KIQC 1JKAA 4NIJA 1GE4A 4L41A 1D0KA 1LZ4A 1B5UA 4H92A 4WM3A 5I4YA 5LINA 1BVKC 1D0MA 1I1ZA 194LA 1LZ6A 3TXKA 3TXBA 5C6IA 1G7MC 1IWYA 2EKSC 4ANRA 1FN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBPA 1F6SA 1ZVHL 5LAFA 1XJUA 1QDRA 5I54A 1L54A 139LA 3RW8A 3L64A 1KXYA 5LXWA 1HELA 4GN4A 1LLHA 1OUFA 1BWHA 1PQKA 223LA 3D9AC 4YX7C 1I20A 4NFVA 4XN6A 151LA 3GUMA 4XJDA 254LA 4NWEA 4EJ4A 1B7NA 3DMZA 5APEA 1YAMA 113LA 1LSFA 5ILCA 1GB6A 2I25L 2BQBA 1B7LA 1KIRC 1T3PA 1BB6A 2EIZC 2W1XA 3B0KA 1OUCA 3NY9A 256LA 5I14A 2ANXA 1PQDA 1UIHA 1L05A 2LC9A 153LA 1L97A 2DQEY 4J1AA 4CFPA 249LA 3J4GA 4KPMA 1L83A 1IEEA 1LJFA 2BQGA 5LA5A 4ETCA 1JUGA 1DZBX 3GULA 4J7VA 2DQCY 1IOSA 1C67A 4MSTA 1LI2A 1B5WA 3RUNA 3SB8A 1B7PA 1CJ8A 1HEWA 1OV7A 7LZMA 4U3XB 2HU3A 3ZVQA 221LA 1LYGA 1D2WA 1L41A 1LZCA 248LA 2B73A 4FJRA 5LYZA 4W96A 224LA 262LA 2HU1A 3HH4A 1L30A 5E4PA 2PC2A 3HTGA 5IDDA 3G3XA 4W51A 4LYTA 1T8GA 5B05A 3TXGA 4B0DA 1NBYC 1DYCA 3NY8A 3FA0A 1HHLA 3VWOA 3SB6A 3D3DA 4NHPA 3CDQA 2ZIJA 1L44A 1L80A 4LT1A 1GBWA 1LKSA 4ZEEA 1REMA 1L03A 1IP6A 4DQJA 2BLXA 1GB9A 2MEGA 3KAMA 4NSJA 3L2XA 1LSBA 3DN4A 4DWXA 2RBQA 1IOTA 4LFXA 132LA 1WQRA 5KXLA 3P64A 1G0LA 4N1CC 1QUOA 4OWEA 4NHQA 4RW1A 1C64A 1C08C 2F32A 1LCNA 1P2RA 4LZMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PJ2 C;  5KXO A;  1F6S A;  2YDG A;  1ZVH L;  4PHI A;  5LAF A;  4NG1 A;  4B4J A;  2BQA A;  4HJV A;  4WO9 A;  1QDR A;  5I54 A;  1LHI A;  1IY4 A;  2ZQ4 A;  3WUM A;  4KL7 A;  3RW8 A;  3TXJ A;  1CKF A;  2BQH A;  1OUD A;  2BPU A;  3IJU A;  4ETA A;  1KXY A;  4NG8 A;  3AGH A;  3RNX A;  5LXW A;  1HEL A;  3IWR A;  4GN4 A;  4WMG A;  5J7C A;  1AKI A;  3A93 A;  4WM6 A;  4II8 A;  1OUF A;  3CB7 A;  1BWH A;  4N9R A;  1UC0 A;  3D9A C;  3P68 A;  1LMC A;  1JJ0 A;  5DN5 A;  3AZ5 A;  1I20 A;  1QSA A;  1VAU A;  3AB6 A;  1O23 A;  3AW6 A;  4NFV A;  4XN6 A;  1TDY A;  1UA6 Y;  4YEO A;  1JWR A;  1JTT L;  2F4A A;  1P2C C;  3ZEK A;  5T3F A;  1NBZ C;  1EL1 A;  4GN3 A;  134L A;  1VED A;  3OK0 A;  1CKC A;  1C7P A;  1REZ A;  5LA8 A;  3CSZ A;  1GEV A;  4XJD A;  4NWE A;  1OP9 B;  1BGI A;  1PS5 A;  1QQY A;  4OWB A;  4M6D A;  4H8Z A;  5LYT A;  1B7N A;  3WU8 A;  4MCK A;  4GCD A;  1DPW A;  1XGP C;  5APC A;  5APE A;  1REY A;  5KKJ A;  1YAM A;  5B07 A;  1LSF A;  3N9C A;  4N8Z A;  1LZB A;  4TSB A;  4WM1 A;  1IWW A;  4EOF A;  5KXK A; 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 5AMY A;  1IC5 Y;  2LYO A;  4HPE A;  4R0F A;  1LZA A;  2MEE A;  5B06 A;  3GXK A;  3A67 Y;  2MEB A;  3CT5 A;  4DD3 A;  4RLM A;  2XJW A;  5JEN B;  2Z19 A;  1IP5 A;  1HEM A;  207L A;  5L3H A;  4UWV A;  5K7O A;  4CJ2 A;  4LGK A;  1XFP L;  4HV2 A;  4GCE A;  2YBM A;  2BLY A;  1HEN A;  2YBI A;  1LZR A;  4DD9 A;  3A96 A;  4NWH A;  1BQL Y;  5KXS A;  4ZFP A;  1HEO A;  3TXE A;  2YBN A;  1GEZ A;  5A3Z A;  5II3 A;  5HLL A;  2Z2E A;  1LMT A;  4WLD A;  1B5Z A;  1YRO A;  1BB3 A;  1TBY A;  1QTK A;  1XEI A;  1WQM A;  2Z12 A;  3A34 A;  1JKD A;  1HSW A;  4TSC A;  4H8X A;  1GFR A;  1LMP A;  2LZT A;  4LFP A;  3LYZ A;  1JTO L;  1GF0 A;  3QE8 A;  1W08 A;  6LYZ A;  5LVH A;  1VDP A;  4LZT A;  1UIF A;  1CKD A;  1AT6 A;  2VB1 A;  1B9O A;  1BB5 A;  2BQL A;  2YSS C;  3WUA A;  3AZ4 A;  1GDX A;  2H9J A;  3AW7 A;  5D5F A;  5LVK A;  1LZ9 A;  5DL9 A;  5FHW A;  1LZE A;  1YAP A;  5KXT A;  1C46 A;  5IEL A;  3W6D A;  5KXX A;  5M1Y A;  2DKV A;  3TMX A;  5A3E A;  3LN2 A;  3LYT A;  1FKQ A;  1LHL A;  4YF2 A;  1C43 A;  1MLC E;  1H6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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