The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
b'ELNNLRMTYERLRELSLNLGNRMVPPVGNFMPDSILKKMAAILPMNDSAFATLGTVEDKYRRRFKYFKATIADLSKKRSSE'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The three-dimensional structure of the HRDC domain and implications for the Werner and Bloom syndrome proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SGS1 RECQ HELICASE
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule tags |
Dna binding protein
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| total genus |
27
|
| structure length |
81
|
| sequence length |
81
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| ec nomenclature |
ec
3.6.4.12: DNA helicase. |
| pdb deposition date | 1999-10-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11408 | Helicase_Sgs1 | Sgs1 RecQ helicase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CDG A; 2RHF A; 3CYM A; 2MA1 A; 5C0Y A; 2E1E A; 2CPR A; 4QJF B; 4CGZ A; 2HBM A; 2HBJ A; 2KV2 A; 1D8B A; 3SAG A; 4QIW F; 2HBK A; 3SAH A; 1GO3 F; 2DGZ A; 4O3M A; 1YT3 A; 1WUD A; 3SAF A; 2RRD A; 4NLC A; 2E1F A; 4NLB A; 4OO1 J; 2HBL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KSO B; 2VJ4 A; 3ZDE A; 3UMG A; 8ICH A; 3F2C A; 1ZD4 A; 4NV0 A; 4YQW A; 1IM4 A; 1RXW A; 3RJK A; 4Q43 A; 4EZ6 A; 4FBU A; 4RQ7 A; 4KLF A; 4M9H A; 1N48 A; 2ISO A; 2R8J A; 1JXL A; 4M9J A; 5KFX A; 5J2D A; 2ZIX B; 2EH9 A; 3FM9 A; 4RPY A; 4MF8 A; 4RNM A; 3D6J A; 4F5Q A; 4DFJ A; 1AQ6 A; 1RPL A; 1WG8 A; 4PHD A; 1ZQK A; 3RBE A; 5KFS A; 3ZDA A; 5KFE A; 4K4G A; 1JX4 A; 4TQS A; 4EEK A; 8ICL A; 3TQ1 A; 5DGB A; 1C20 A; 5KG3 A; 1X9S A; 4C8N A; 3MR6 A; 5KFI A; 2XCA A; 9ICV A; 3C2K A; 5E79 U; 4O3M A; 2EDU A; 4DO9 A; 8ICQ A; 2R8I A; 5DG7 A; 2LM1 A; 1MQ2 A; 5J2A A; 3BQ0 A; 5IIL A; 1SZP A; 5KNI A; 5EE0 A; 2KZM A; 9ICG A; 2MA1 A; 1TK5 A; 2KFZ A; 2DF4 B; 1Z00 A; 4F5O A; 3VC8 A; 5ALP A; 4Y2S A; 1RYS A; 8ICG A; 4BX9 C; 5L1M A; 1ED1 A; 4J9L A; 5J0U A; 5J0O A; 2QB0 B; 4IQV A; 4B9L A; 1L3T A; 3ISB A; 2VA2 A; 2HVI A; 9ICH A; 2AGP A; 3OSN A; 2UVR A; 5C0Y A; 3SI8 A; 5AI8 A; 5DG9 A; 2XCP A; 3GV8 B; 3C1Z A; 2BDP A; 8ICF A; 5CB1 A; 3BS7 A; 1NJZ A; 5FP0 A; 4KX3 A; 2I1Q A; 1UCV A; 3B0X A; 4PL2 A; 1K1Q A; 5KFD A; 3EW9 A; 1XU4 A; 1ZQQ A; 4IRD A; 4AP9 A; 1KEJ A; 2W9B B; 1L8O A; 4O3P A; 4BUG A; 4QZA A; 3GIK A; 4UAU A; 1WWV A; 1RDF A; 3NS1 A; 2ZIW A; 4BWM A; 2HHV A; 2JMG A; 3N28 A; 4TUQ A; 4C4S A; 4UAY A; 1NK8 A; 2LBO A; 3THV A; 2IHN A; 3EPG A; 2R8H A; 1T3N A; 1SKR A; 4Z6F A; 5ALK A; 1A76 A; 1BPZ A; 4M9N A; 2JEF A; 2C2D A; 3ICX A; 5J0S A; 1SV0 A; 4MFC A; 2AXT U; 4M0A A; 2J6T A; 2XC9 A; 4MEY A; 3HJE A; 1ZQZ A; 2KKP A; 3PR5 B; 5J2G A; 1LKY B; 1RM6 C; 2ZJ8 A; 3KD3 A; 3IN5 A; 1SKS A; 2EAO A; 1ZD5 A; 2WF9 A; 1WWU A; 2KSO A; 1F44 A; 2PXI A; 3OGU A; 2W11 A; 4QIW C; 3RB0 A; 3S6J A; 5CP2 A; 3PO4 A; 2AU0 A; 5DBC A; 4R65 A; 1SV0 C; 4EEN A; 2KMD A; 2LKY A; 3PSF A; 3T5L A; 4QZE A; 2KJ5 A; 5AK4 A; 1U4B A; 3DV9 A; 1XSL A; 4NWI A; 7ICH A; 4NLC A; 3MR3 A; 1UA1 A; 3NUQ A; 1XNS A; 2K89 A; 2KG5 A; 2ZIX A; 3IHQ B; 4R64 A; 4P4M A; 1UA0 A; 2F8K A; 8ICW A; 3GII A; 2IOF A; 3TAC B; 1JXE A; 4RQN A; 3L3F X; 5J2B A; 4OJ5 A; 2ASL A; 1B43 A; 2G07 A; 3PW2 A; 1QSY A; 1BGX T; 4RQM A; 5AKH A; 3EZ5 A; 4DFD A; 4UB6 U; 1WYG A; 9ICX A; 4TUR A; 2FLN A; 1NK0 A; 4Y2T A; 2BQU A; 1PK1 B; 2HOQ A; 3SAG A; 2FLP A; 7ICK A; 4B9V A; 5AI9 A; 4Y2U A; 3QUQ A; 4K4H A; 3ZD9 A; 3BQT A; 2F8L A; 9ICN A; 1NJY A; 2H3Q A; 4ECY A; 4M2Y A; 3JPQ A; 1HJP A; 5ALV A; 1KL9 A; 5DLG A; 4J9O A; 5EWF A; 3CYM A; 5III A; 5TIS U; 4PJ0 U; 3R9K A; 4YCX A; 4RUA A; 4F2R A; 5AKY A; 4AYB C; 1NI3 A; 2KV2 A; 4FZL A; 5H2F U; 1ZD3 A; 4QZF A; 9ICS A; 1L8L A; 2QB0 A; 2WF5 A; 2KJ8 A; 4YVZ A; 1N62 A; 1ECW A; 7ICT A; 4ECQ A; 2WAQ C; 3F5E A; 2ZUC A; 5AK6 A; 2ZTE A; 3PNC A; 4ECR A; 3KHL A; 3HX0 A; 1ZJN A; 3U26 A; 3M6K A; 3AN1 A; 4IQW A; 2E5S A; 4CRX A; 4NXZ A; 4I28 A; 3T5K A; 2B0C A; 9ICI A; 2ZXH A; 3MFI A; 4YMM A; 2ZTC A; 3V72 A; 4RPX A; 2LYB A; 4EBC A; 4DCC A; 3OPX A; 4YD1 A; 2W9B A; 1JMS A; 1DGS A; 5J0R A; 3RJF A; 1Q3U A; 4ED2 A; 5DDM A; 3LK9 A; 4A8E A; 1T3Q A; 3H40 A; 1QSS A; 1T4G A; 1PVP A; 3PZP A; 3TAQ A; 2P6U A; 1Q3V A; 4P0Q B; 5KFQ A; 1NKC A; 3H8M A; 3C2M A; 2KIC A; 2QKQ A; 2ZIV B; 4ECU A; 3SQI A; 4CF4 A; 4DL2 A; 3V6J A; 4ELU A; 1X9M A; 4RT3 A; 3RH4 A; 2VA8 A; 2WF6 A; 3UPQ A; 4JMU A; 1JN3 A; 1CUK A; 3KFU F; 3E58 A; 3RJI A; 5EE1 A; 4RQ2 A; 1LKY A; 4KLH A; 2YQE A; 4FS1 A; 3H8J A; 3GZF A; 3F2B A; 4F5N A; 2MUT B; 3BQ7 A; 1Q46 A; 4YR0 A; 3SV4 A; 1NK7 A; 8ICY A; 2Y0S C; 4UB3 A; 1ZXI A; 4QWA A; 1MC8 A; 2G08 A; 5DKW A; 2CN1 A; 4G9B A; 4O5K A; 5ALS A; 4IR9 A; 4ELT A; 1KBU A; 2F1H A; 4NLG A; 3RR8 A; 3NGD A; 1C7Y A; 4C8L A; 2ESE A; 2UVW A; 1ZQR A; 3AMZ A; 3UXP A; 9ICK A; 3GIM A; 1SWW A; 2YN4 A; 1ZQP A; 3M9N B; 5L1K A; 3V6K A; 4BDP A; 1KFT A; 2K8B B; 3QX7 A; 4KLO A; 2Y9U A; 4P4O A; 2GOL A; 8ICP A; 4DQI A; 1HEK A; 1V38 A; 4Z6C A; 2DUY A; 2KIW A; 3PR4 A; 4I27 A; 2VA3 A; 3GV7 B; 4O9M A; 4NM2 A; 7ICG A; 4FZM A; 3PVX A; 4FE3 A; 3H7I A; 2KZZ A; 3QZ7 A; 3IDW A; 2MSN A; 1ZQF A; 5KAI U; 3IM1 A; 1HUO A; 2G5H B; 2JR5 A; 2EZY A; 8ICV A; 1YZ6 A; 3LVV A; 2VKQ A; 2RRD A; 5DDY A; 3JPO A; 4MFF A; 5KFU A; 4QZB A; 4M9G A; 2F3N A; 3RFA A; 4I2A A; 2A3V A; 4DFK A; 2NRW A; 4QZD A; 2DL0 A; 3M8R A; 4GLX A; 1TAU A; 2IHM A; 5CJ7 A; 1D9F A; 4DWI A; 5HP4 A; 4F92 B; 1DRG A; 1NKB A; 2BZF A; 2AGO A; 4GC7 A; 2JV3 A; 2DKZ A; 4J9S A; 4DL4 A; 5AKE A; 8ICT A; 2JEI A; 1RYR A; 2BKE A; 3I1Y A; 7ICU A; 3TFR A; 1S0M A; 3T5J A; 2W9M A; 1O08 A; 3C28 A; 3QYP A; 2DFL A; 5DBA A; 4MHV A; 5J2H A; 3AQF A; 9ICB A; 1IG6 A; 5KL1 B; 1DXS A; 5EE3 A; 4F4K A; 4PHE A; 2LI6 A; 5B66 U; 3EYZ A; 4NY8 A; 3C23 A; 2ATL A; 5ALI A; 7ICR A; 1N60 A; 3SR6 A; 1BVS A; 4P0Q A; 5KFR A; 3WK7 A; 4DS4 A; 5KG5 A; 3PW5 A; 4BWJ A; 1Z4O A; 2ZIV A; 4I2C A; 5HML A; 1Q8K A; 2W8K A; 4QIW F; 4RNO A; 4U6P A; 4UB8 U; 3HKZ C; 2XGP A; 4YMO A; 5F3X B; 2ASD A; 3KOO A; 1A77 A; 1QQ6 A; 3L4P A; 2I5H A; 5HR7 A; 2KK0 A; 3WK9 A; 3QEB Z; 1ZYQ A; 2NO5 A; 3KHR A; 4RQ4 A; 2CXY A; 3UM9 A; 4KLS A; 2YML A; 4XUS A; 2MUT A; 3QXG A; 5IIM A; 2KFN A; 2HW3 A; 2VIX A; 2BCU A; 4ECT A; 3SYZ A; 1K5O A; 4KLQ A; 1U48 A; 1X9W A; 3C5G A; 4QJF B; 3J81 j; 5J0Q A; 1RZT A; 2H3V A; 1NOM A; 5HHI A; 3Q8K A; 2G09 A; 3EWA A; 4MF2 A; 1TK8 A; 4PGY A; 2XVT A; 3V7J A; 5ALF A; 1X42 A; 4FFD A; 3MFH A; 5KFY A; 1ZQT A; 3BJY A; 9ICM A; 1DGJ A; 3QEA Z; 7ICQ A; 3M6Z A; 2E8N A; 4RQ5 A; 4EYH B; 2V4R A; 4GC6 A; 5G5G A; 3SV3 A; 1ZD2 P; 3MAB A; 4I2H A; 3KKA A; 4Q45 A; 1FFV A; 4GXJ A; 4DOA A; 3B0Y A; 2OXO A; 3BS5 B; 3RB3 A; 2NRX A; 1UT5 A; 4BXO A; 2E1F A; 7ICI A; 3WU2 U; 2IOF K; 3HWT A; 3PST A; 4AYB F; 5ALZ A; 3GIL A; 2HHT A; 2N1R A; 2BCQ A; 4YP3 A; 2V4Q A; 4F71 A; 1LV5 A; 3V7L A; 4O3Q A; 3SEI A; 3KKA C; 2WAQ F; 5CR0 A; 2LHT A; 3RAX A; 1B4F A; 2OWO A; 4PHP A; 2RHF A; 1L7P A; 2YX8 A; 1HUZ A; 7ICN A; 1ZQI A; 2BHN A; 3OJU A; 4KMU A; 4YXJ A; 4UAW A; 5BOM A; 9ICW A; 8ICS A; 5AKX A; 5KG0 A; 4OJP A; 1WUD A; 3ISD A; 5CA7 A; 3RB4 A; 5KFL A; 3WK6 A; 2DPI A; 8ICN A; 3NVZ A; 3LVW A; 4OJ6 A; 3PML A; 4OO1 J; 1X40 A; 1D8L A; 2YB1 A; 3QUC A; 3C5F A; 3JPS A; 8ICK A; 1RG6 A; 5KFN A; 2WF8 A; 1VJ5 A; 4C7Z A; 4UAT A; 4K4I A; 1QH9 A; 2K4H A; 3IV6 A; 5KG4 A; 5DG8 A; 4DSJ A; 4JB3 A; 2KEY A; 4NL9 A; 5ALL A; 2IMW P; 5F9N A; 4EBD A; 4XQ8 A; 4KLE A; 2R8G A; 5B5E U; 3CRX A; 2W7P A; 2BPF A; 3WKE A; 3UMB A; 9ICA A; 4PPX A; 3I76 A; 4QZ9 A; 5J8Y A; 5KFV A; 2K60 A; 1S9F A; 7ICS A; 4UBB A; 3HPO A; 4RT2 A; 1FO4 A; 1KN5 A; 5CEH A; 2OEH A; 2FJ6 A; 4QWD A; 2PKE A; 2OHF A; 1BPB A; 2BCR A; 2NRT A; 5AM4 A; 4NJ8 A; 4NL9 C; 5AM2 A; 1KSP A; 3RF9 A; 3M9M B; 4DFM A; 1XO1 A; 2Y0S F; 1SWV A; 7ICP A; 3D2N A; 8ICE A; 2W43 A; 2RDJ A; 4ECX A; 1Z19 A; 5J8Y C; 4EEL A; 4NLZ A; 2MAX A; 1SB3 C; 2HSZ A; 1SGG A; 4KLT A; 3QUT A; 4DOB A; 4P2H A; 5KFG A; 2XO7 A; 2ISP A; 4KMO B; 2BPG A; 5KG1 A; 1N2X A; 1IIP A; 2JH1 A; 4C8O A; 1ZQN A; 2KN7 A; 5AKZ A; 1S97 A; 1SXE A; 3UQ0 A; 2JH7 A; 1NJW A; 3RTV A; 5KG6 A; 3C21 A; 5IIN A; 2H3Z A; 1EXN A; 5ALH A; 9ICC A; 4CE6 A; 1TE2 A; 2QB1 A; 8ICX A; 2M9N A; 4M04 A; 1ZJM A; 2ZXI A; 1S0O A; 5J0X A; 2WTF A; 9ICJ A; 4QZH A; 1RXV A; 2KVS A; 2JXJ A; 3WKB A; 3CNH A; 3QU2 A; 1XO0 A; 4J9R A; 5J2K A; 1PVQ A; 3E2E A; 2AGQ A; 4J9K A; 2PI5 A; 4ACO A; 3H0L B; 1SZH A; 8ICC A; 2PMZ C; 3OTQ A; 5KFZ A; 3BZK A; 3K4G A; 1XWL A; 3IRU A; 2AJQ A; 1KQQ A; 1L3V A; 2BCV A; 3MBY A; 1U45 A; 3ETL A; 5ALT A; 4TQR A; 2FI1 A; 4QW9 A; 1DK3 A; 2B6G A; 4X5V A; 3AU6 A; 1ZQV A; 2H5X A; 2ALZ A; 3MR2 A; 5AM1 A; 2D6F C; 3T3F A; 3H8W A; 4EYI B; 4QNL A; 2HBK A; 4USA A; 5GTH U; 3RB6 A; 2FMS A; 1JUD A; 4KTQ A; 5DQG A; 4YD2 A; 3PW4 A; 2KD1 A; 4JV1 A; 5KT3 A; 2WB1 C; 2W55 A; 1XC9 A; 3C29 A; 3NVW A; 2K4P A; 1H38 A; 4B9M A; 1URJ A; 3Q8P B; 3UXO A; 3BQ1 A; 8ICU A; 3N7P D; 4OD0 A; 4DSE A; 2JHD A; 1BNO A; 4HYK A; 3H0M B; 4B9N A; 4UW9 A; 4QW8 A; 4DS5 A; 1ZQY A; 5KFP A; 2HHS A; 5KFF A; 4DSI A; 4DQP A; 5AKI A; 4KLU A; 2HBL A; 1ZET A; 4F8R A; 2ODG A; 4JWM A; 5DB6 A; 5AK5 A; 3TAN A; 1JIH A; 2IA6 A; 1ZQO A; 2XIC A; 4KLD A; 5DQH A; 2MRL A; 2F76 X; 3RRH A; 4J9P A; 1S8O A; 1NZP A; 4KLM A; 3MDC A; 3TKA A; 3VCB A; 3N4M B; 2DBY A; 4YMN A; 7ICL A; 2RDI A; 3AQE A; 2Z7J A; 2E8M A; 2C28 A; 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1IXR A; 2A1J B; 1PK3 A; 5AKL A; 2EAP A; 2UVV A; 4PH5 A; 4QWE A; 3DDH A; 1ZQW A; 1Z1B A; 4ELV A; 5KFT A; 4UAR A; 4PZO A; 1TFR A; 2ZIU B; 4FBT A; 5KG2 A; 1B22 A; 4I2I A; 2F44 A; 1HIW A; 5ALU A; 2PFQ A; 7ICO A; 5ALQ A; 1BPX A; 3NRZ A; 2K4E A; 5ALJ A; 2VJ5 A; 1NK6 A; 8ICO A; 1ZQS A; 3G6X A; 4FZN A; 2BQ3 A; 2F1I A; 5IIJ A; 2ES6 A; 4DQS A; 4EX6 A; 3BZC A; 3HRD D; 4DL3 A; 1ZQX A; 4NLB A; 1P7D A; 2F2A B; 1L7O A; 1NKE A; 3M7D A; 3SD7 A; 1UQV A; 4UB4 A; 2KVC A; 3G6Y A; 3OSP A; 5KT7 A; 1YZ7 A; 4NLK A; 4YFK A; 3PO5 A; 1V85 A; 1U9L A; 2J6U A; 1QQ5 A; 3AUO A; 3ORY A; 5AIA A; 4MFA A; 2FMP A; 4F3O A; 8ICI A; 1OW5 A; 5KT6 A; 3LWM A; 2QAR A; 1JRO A; 4OJL A; 4I2E A; 3ZI4 A; 2HHQ A; 2NV3 A; 1TAM A; 3MC1 A; 4MEX A; 2MU2 A; 8ICR A; 3E0F A; 4QZI A; 2PI4 A; 4ED7 A; 4F72 A; 3PW0 A; 3JPN A; 1QQ7 A; 3WKD A; 3T79 A; 2JEG A; 2I9G A; 4JWN A; 1JAL A; 5IIO A; 3F53 A; 4M6W B; 5JTI A; 7ICM A; 2JRZ A; 2PMZ F; 9ICT A; 3H4B A; 9ICL A; 2P6R A; 5ALM A; 1TK0 A; 4KIT B; 4LZG A; 1QCK A; 3IP4 B; 2EZX A; 1NZB A; 1MA7 A; 4B9S A; 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