The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
165
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structure length |
165
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Chain Sequence |
ALVEDNNAVAVSFSEEQEALVLKSWAILKKDSANIALRFFLKIFEVAPSASQMFSFLRNSDVPLEKNPKLKTHAMSVFVMTCEAAAQLRKAGKVTVRDTTLKRLGATHLKYGVGDAHFEVVKFALLDTIKEEVPADMWSPAMKSAWSEAYDHLVAAIKQEMKPAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a nonsymbiotic plant hemoglobin.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NON-SYMBIOTIC HEMOGLOBIN
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| source organism |
Oryza sativa
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| total genus |
59
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| structure length |
165
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| sequence length |
165
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-10-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NXF A; 2VM0 A; 1Y4R A; 2QMB A; 4C0N A; 1BAB B; 3WCV A; 3A5G A; 3PI9 B; 3WCT D; 1YFF A; 5EQM A; 2MGL A; 3UH6 A; 3WCU B; 2MYC A; 1BZ1 A; 3ONZ A; 2O5B X; 1N9F A; 1V75 A; 2EKT A; 3WFX A; 5IKS A; 1VWT A; 1FAW B; 1OJ6 A; 4O1T A; 2VLY A; 1YHR A; 1NZ4 A; 2AUP A; 4ROM A; 1DTI A; 4B3W A; 2ZST A; 1YG5 B; 1XZ5 A; 103M A; 5CND A; 1FSX B; 3ASE A; 3QJB B; 2BMM A; 1Y0A A; 4MQG B; 1JP6 A; 1MLH A; 2WTG A; 1K1K A; 1BZZ B; 1HDA B; 1NWN A; 1MBA A; 1YGF B; 2DHB A; 1NZ3 A; 1SI4 A; 1CG5 B; 4NI0 A; 5ILE A; 5M3S A; 2YRS A; 1O1L B; 1A00 A; 3E55 A; 2NX0 A; 3OZW A; 1MOB A; 2VRY A; 1A3N B; 3OGB A; 1OUU B; 1G0B A; 1Y01 B; 1JEB B; 3WCW B; 1J7S A; 1FLP A; 7HBI A; 1ECD A; 3GOU B; 3UGY A; 1A3O B; 1EWA A; 1MLG A; 2C0K A; 1GBV B; 1A6K A; 1CH1 A; 1Y4V B; 1EMY A; 1MTI A; 1Y46 B; 1XZ7 A; 1YH9 B; 3RJN B; 5AZQ A; 1GCV B; 3WR1 A; 5KER B; 1DO3 A; 4MQC B; 1TES A; 3UHT A; 3NG6 B; 1QI8 B; 1Y31 A; 2EB9 A; 1YOI A; 1J3Y B; 3WCT A; 1LFV A; 1BBB B; 1ITH A; 1BUW B; 1CP5 A; 2IN4 A; 1Y0D A; 5EYJ A; 1Y8W B; 1V4X A; 1MKO B; 1HBB B; 2G0S A; 1HAB A; 4ZVB A; 1LH6 A; 2SPO A; 3UBV A; 1HBS B; 4N7O A; 2OHA A; 1LH3 A; 4FH6 A; 4N8T A; 2DN3 B; 4L7Y B; 1AJ9 A; 2ZS0 B; 2QSP B; 1O16 A; 3IC2 B; 2BLI A; 1MLU A; 5MBA A; 1GCW B; 3EDA A; 1T1N A; 1FHJ A; 3D7O B; 3UI0 A; 110M A; 1Y4Q B; 2D60 B; 1JWN A; 1LFY B; 1YEQ A; 3SZK A; 3DHT A; 1DXD A; 1UX8 A; 3QMA A; 3OZU A; 1FDH A; 3V2V A; 5SW7 B; 2DN1 A; 4M4B B; 2GLN A; 2ZLU B; 3FH9 B; 5HU6 B; 5HBI A; 1Y85 A; 2HZ3 A; 4G51 B; 1QXE B; 3GDJ B; 1J7Y A; 1YMB A; 1YEV A; 1A0Z B; 2HBG A; 1J41 B; 1Y45 A; 2V1I A; 1MYM A; 5ILR A; 5CNF A; 4MQH B; 3TM3 A; 1Y7G A; 3LR7 A; 3R0G A; 2GTL C; 3ECL A; 2RAO A; 1U7S A; 1DLW A; 3E5I A; 3ZOM A; 3MKB B; 1MNH A; 2B7H A; 3SDN A; 1C7C B; 2GKM A; 1OR4 A; 2ZLX B; 3QJE A; 5KDQ B; 3ZJH A; 1QSH B; 2R1H A; 4MXK A; 2Z6S A; 1VRE A; 5CNE A; 5EYS A; 3VRE B; 1CH3 A; 3GYS B; 1Z8U B; 2ZFB A; 2GTL D; 1YEU B; 4F4O B; 2GNW A; 1IRC A; 1XQ5 B; 2OH9 A; 1DLY A; 1Y4F A; 4DWT A; 1Y4P B; 3MJU A; 3QM6 A; 3UHU A; 1IBE B; 3ECZ A; 1S0H A; 3A2G A; 3VRF B; 1VHB A; 1C40 B; 3VAU A; 2R80 B; 1SPE A; 2HBF B; 1HAC B; 2VYW A; 1I3E A; 4MQJ A; 2Z8A A; 1YVT B; 1COH B; 2D2N B; 2WTH A; 1NIH B; 5E6E A; 3P5Q B; 3SDH A; 3DHR B; 3TLD A; 1M9P A; 1YOH A; 2SPN A; 4N7P B; 4G1V A; 1J3Z A; 3PT7 B; 3ZJI A; 4TWU A; 2ZS1 C; 1DXU B; 1CIK A; 1YE2 A; 2H8F B; 3LR9 A; 1U7R A; 3WI8 A; 4AVD A; 2ZSS A; 1Y0W B; 2W72 C; 3ZJM A; 1ABS A; 4FC3 B; 2D5X A; 3G4R A; 1Y5K B; 1CH7 A; 1A0U A; 3GLN A; 1IWH B; 3AQ9 A; 1NZ5 A; 2MGA A; 2HZ2 A; 2VYZ A; 1CP0 A; 1HGB B; 2MGK A; 2HHD A; 1G08 A; 1OFK A; 2HBC A; 1Y7Z B; 4MU5 A; 1CH2 A; 1GJN A; 1N9I A; 1Y83 A; 2ZS1 D; 2ZT3 A; 5CN6 A; 1HV4 A; 2HHB B; 1V4W B; 4ODC B; 3ZH0 A; 2H8D B; 2G10 A; 3PI4 A; 2QLS A; 1QPW B; 1IRD A; 4O4T A; 2GTL A; 1LJW A; 1NS6 B; 3OJ1 A; 4ESA B; 1PMB A; 2E2Y A; 1MOD A; 2JHO A; 1DXV A; 3GK9 A; 1Y0T A; 1JZM A; 3MYM A; 4IT8 A; 2ZLV A; 2MGD A; 1O1O A; 1X9F C; 3A9M A; 1K0Y B; 1GLI A; 1GZX A; 5C6E B; 1RQA A; 2MGH A; 2HBS B; 2Z6N A; 4U8U C; 2GNV A; 2R50 A; 2AA1 B; 2GL3 A; 1CLS B; 4XS0 A; 1YHU C; 3GKV A; 1NS9 B; 1LFT B; 1O1I B; 2DC3 A; 3NMM A; 3WFT A; 4N7N B; 3WHM A; 2AV0 A; 4NI1 A; 2AV3 A; 2ZSO A; 1X9F D; 3CIU B; 1SDK A; 1Y35 B; 2HHE B; 3UHE A; 1RQ4 A; 5EUI A; 1WMU B; 108M A; 1YZI B; 3LQD A; 2ZSX A; 2FRF A; 1J7W B; 1YHU D; 3MYN A; 3UHC A; 2R4Y A; 2VHB A; 5E29 B; 1B86 B; 2G0Z A; 3QZZ A; 1MTK A; 1GVH A; 1SWM A; 1IOP A; 1HGA A; 5B84 A; 2XKG A; 2ZSQ A; 1VXB A; 5CN5 A; 1MOH A; 1MGN A; 3VRG A; 1LA6 A; 1EW6 A; 1L2K A; 1YCA A; 3DUT B; 3FS4 A; 1KR7 A; 3BJ3 A; 1NPF A; 2W72 A; 101M A; 1XXT A; 3KUO A; 3HYU A; 2QFN A; 2PGH B; 5AB8 A; 2RI4 B; 3WCU C; 1DWR A; 2FRJ X; 4DC8 A; 1MNO A; 1HHO A; 4NS2 A; 3WCP B; 3ZJS A; 1F5O A; 4VHB A; 3M39 A; 2V1G A; 5JDO F; 2VEB A; 1MYT A; 1Y4R B; 2M6Z A; 4MQI B; 4NXA A; 1MBO A; 1YFF B; 1UVX A; 4BJA A; 5HLU A; 1BZ1 B; 1HBR A; 4M4A B; 1YDZ A; 3G52 A; 5JGG A; 1V75 B; 1Q1F A; 1NEJ A; 1CG8 A; 1Y09 A; 2EVK A; 1YHR B; 1O1N B; 3WCU D; 3WTG B; 2O5S X; 1JPB A; 3OO5 A; 1LH1 A; 1JL6 A; 1S5X B; 1XZ5 B; 3ED9 A; 1BVC A; 4OF9 A; 1CBM A; 3QQR A; 1YEO B; 1X9F A; 1Y0A B; 3BJ1 A; 1UC3 A; 1K1K B; 2G14 A; 1HJT A; 4MBN A; 3UHQ A; 4DWU A; 1MZ0 A; 1MLF A; 2DHB B; 1SI4 B; 1YHU A; 4NI0 B; 3S65 A; 5CHQ A; 3WCW C; 3PEL A; 1O1J B; 1NQP A; 1YE0 A; 4NZI A; 4F69 A; 3EOK A; 1HBI A; 3G4U A; 2FRK X; 1HDS B; 1RPS A; 3GQR A; 1G0B B; 1YMA A; 4PNJ A; 1J7S B; 2QSS A; 2XYK A; 2LH2 A; 3S66 A; 1OFJ A; 4YU4 A; 1BIJ A; 1GDL A; 1BZR A; 3MJP A; 1XYE B; 1SHR A; 1XZ7 B; 2HBE A; 3GQG A; 3HF4 B; 1N9X A; 1WVP A; 4MXL A; 1HGC A; 3UHI A; 3WCW D; 4PQ6 A; 1O1K A; 4X0L A; 5CMV A; 1UIW A; 1HCO A; 1LUE A; 1Y31 B; 1Y2Z A; 3ARL A; 2MGC A; 2ZT2 A; 4C44 A; 1HBA B; 3R5I A; 1MLQ A; 5CN8 A; 2ZSZ A; 3D1A A; 1YIH A; 5JDO E; 1XZU B; 4LPI A; 1YVQ B; 1JF4 A; 1V4X B; 1G9V B; 3V2Z A; 2ZS0 C; 1HAB B; 1UX9 A; 2MGB A; 1LFZ A; 1YEN A; 3ZJP A; 1OUT A; 4N8T B; 2G11 A; 3LB2 A; 1B0B A; 2ZSR A; 1FHJ B; 1YEQ B; 3A0G A; 1DKE A; 4ILZ A; 2LH1 A; 4F68 A; 3DHT B; 5CNB A; 1MLR A; 1FAW A; 1OR6 A; 2DN1 B; 1LFQ B; 1Y4B A; 3UBC A; 1Y85 B; 4YU3 B; 1GDK A; 3PIA A; 2ZS0 D; 1M6M A; 2FAM A; 2IG3 A; 1YG5 A; 3NFE A; 1FCS A; 2G0R A; 3UHV A; 1Y7G B; 4KJT A; 1YGD A; 2DN2 A; 2SPL A; 1HDB B; 4MQG A; 2D6C A; 3UHN A; 1XY0 B; 3HXN B; 2B7H B; 3M3B A; 1YGF A; 1IDR A; 106M A; 3AT6 B; 4F6I A; 1A9W E; 1LFL A; 1CG5 A; 3QJE B; 5CNC A; 1DUO A; 1O1L A; 1DXT B; 1Y4G B; 2QU0 A; 3H57 A; 3WFW A; 1S5Y A; 3O89 A; 1HBH A; 1ABW B; 3BA2 A; 1Y8I A; 2V1K A; 1GBV A; 1Y4V A; 3EU1 B; 1D8U A; 1Y46 A; 3QJC A; 4HRR A; 2D2M B; 1UFJ A; 1GCV A; 2ZFO B; 4MPM A; 1THB B; 4MQC A; 3VHB A; 1Y0C A; 2D2N C; 1MLO A; 1R1X A; 1FN3 B; 3PI2 A; 5F2A A; 1JL7 A; 1RSE A; 2LH3 A; 4FH7 A; 109M A; 1C7B B; 1J3Y A; 1KD2 B; 1BUW A; 2MYB A; 1R1Y B; 1YHE B; 1O1M A; 3K8B A; 1XZ4 A; 1IT3 A; 1M9P B; 2MGM A; 1ABY A; 4FWY A; 1CMY B; 1J3Z B; 3UGZ A; 1HBS A; 5HAV A; 1YE2 B; 2LH6 A; 2D2N D; 1V4U A; 1IT2 A; 1YMC A; 2QSP A; 3MOU A; 3BOM A; 1YIE A; 2AUQ A; 1Y7D A; 3D7O A; 3AG0 A; 2D5X B; 1Y5J B; 1LFY A; 5C6Y A; 2V1E A; 1N9H A; 1Y5F B; 1VXC A; 5SW7 A; 3NL7 B; 2ZLU A; 5HU6 A; 5ILM A; 1PBX A; 4MQK A; 3U3E A; 2CMM A; 3GQP B; 1EBC A; 1S69 A; 2HHD B; 2O5O X; 2O5M X; 1A0Z A; 2ZSN A; 3D17 B; 1AZI A; 1HLB A; 1YOG A; 1URY A; 3D1K A; 3UHK A; 4H2L A; 3QZX A; 3AT5 B; 3A59 A; 1LH5 A; 2MB5 A; 1MYG A; 3MKB A; 3BJ2 B; 2QLS B; 4IRO A; 1NWI A; 1QSI A; 3PI3 A; 4ROL B; 1IRD B; 3PT8 B; 1LJW B; 4KMW A; 2ZLX A; 5KDQ A; 1XZV B; 1XCH A; 4H07 A; 1DXV B; 1RQ3 A; 1Y0T B; 3QM7 A; 2VYY A; 3ZJQ A; 1Y22 A; 1M6C A; 4B4Y A; 3GYS A; 1GLI B; 1GZX B; 2DXM B; 3ZOL A; 4F6J A; 1YEU A; 4F4O A; 1UMO A; 2XKI A; 1LTW A; 1Y4P A; 4HBI A; 1MBD A; 2G12 A; 1IBE A; 2GRH A; 102M A; 3IC0 B; 1G09 A; 2BWH A; 3NMM B; 3AQ8 A; 1CH9 A; 1MWD A; 2R80 A; 3HEO A; 1DUK A; 1DWT A; 2ZLT B; 3W4U A; 4H0B A; 1CO9 A; 1YVT A; 2NRM A; 1DO4 A; 2D2N A; 1DTM A; 4GZG A; 1DXC A; 3IXF A; 4HHB A; 3NML A; 1NIH A; 1SDK B; 1Y7C B; 2ZSP A; 3P5Q A; 2HBD B; 1S61 A; 3O7N A; 2FRI X; 1CH4 A; 5EUI B; 3DHR A; 1XZ2 A; 3D4X B; 3LQD B; 1NGK A; 4N7P A; 3PT7 A; 1SDL A; 5CN7 A; 2H35 B; 2MGI A; 3B75 B; 2ZLW A; 3QJD A; 1F63 A; 1BZP A; 1Y0W A; 3HRW A; 1LH2 A; 2QRW A; 4F6B A; 4FC3 A; 3CY5 A; 2MGF A; 3VRG B; 3OO4 A; 2Z6T A; 1Y5K A; 1Y8K A; 3BJ3 B; 2W72 B; 4SDH A; 2V1F A; 1JW8 A; 2MHB B; 1G0A B; 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2PGH A; 4PQC A; 2YRS B; 1CO8 A; 1BZ6 A; 1YIH B; 1A00 B; 1NAZ A; 1C7D A; 5HY8 A; 3WCP A; 1I3D A; 1RVW A; 4O2G A; 4MQI A; 1LFZ B; 1YEN B; 1CQX A; 2HCO A; 1OUT B; 5E83 A; 2AUR A; 1CPW A; 1BZ0 A; 1SPG A; 4M4A A; 4HRT A; 3G46 A; 3WR1 B; 3A0G B; 1DKE B; 2O5T X; 1MLJ A; 1MYZ A; 1GDI A; 1O1P A; 2KSC A; 1Y4B B; 1O1N A; 3HC9 A; 3WTG A; 3PIA B; 1CQ2 A; 3WCT B; 1LFV B; 4XDI A; 1S5X A; 1Y0D B; 1UT0 A; 3NFE B; 2MGG A; 2EVP A; 1YGD B; 4WCH D; 1A01 A; 1YEO A; 2DN2 B; 1MLS A; 2W6Y A; 4HSW A; 1A6N A; 1V9Q A; 2MYD A; 1BAB A; 1LFL B; 3PI9 A; 1LHT A; 4N7O B; 3RGK A; 3WCU A; 5EET A; 1O1J A; 1AJ9 B; 1MYJ A; 4O4Z A; 2EKU A; 1MLL A; 2QU0 B; 3K9Z A; 1HDS A; 1DM1 A; 1T1N B; 1MBI A; 1S5Y B; 2D2M C; 3SZK B; 3OZV A; 1HBH B; 2ZFO C; 3IA3 B; 1Y8I B; 107M A; 5JOM A; 3LB3 A; 4FWX A; 1XYE A; 4O35 A; 3QJC B; 1A9W A; 4HRR B; 5MBN A; 1J7Y B; 1MYF A; 3HF4 A; 1YEV B; 1Y45 B; 4OOD A; 3ZJO A; 1Y0C B; 1FSX A; 3QJB A; 1R1X B; 2RAO B; 1KFR A; 4WJG 1; 1BZZ A; 1HDA A; 3AQ7 A; 4FWZ A; 1HBA A; 2D2M D; 3UHS A; 2ZFO D; 3KMF A; 5D5R A; 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