1DAZC

Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of hiv-1 protease
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPIMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE (RETROPEPSIN)
publication title Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1dazC00
2HB4A 5P89A 3SLZA 4OBJA 3ZMGA 5P35A 3S85A 1MTBA 3A2OA 1BIMA 2P4JA 4B0QA 3AUPA 4J1FA 3MSLA 9HVPA 5OZVA 2NNPA 8HVPA 3KFNA 3LHGA 4CPUA 4FRSA 5IVRA 2IQGA 3NDXA 4J0TA 5DGWA 3QPJA 3RSVA 5P3HA 4YCTA 4Y3XA 1EPRE 3QBHA 5P8DA 3PGIA 3UDNA 3L58A 3L38A 1AJVA 1FMBA 2NMZA 2RKGA 1AZ5A 5P1JA 3SM1A 2HB3A 3TOFA 2RENA 3LZSA 3IXJA 5C9FA 4Y3JA 2ER9E 4H3FA 5P5QA 3HZCA 5P75A 3KT2A 3GGAA 3INFA 4LXAA 3B7VA 3VYFA 5P0CA 2HPFA 4QJ7A 5P2AA 4GJAA 3KYRA 5EZXA 5P4LA 1M43A 3EL4A 4R95A 5EZZA 2QU2A 1HVKA 4GJ9A 4Y3SA 5P84A 5TOLA 4EHCA 5P88A 3OOTA 3QRVA 3VYEA 4MC1A 3O99A 5P86A 3HD8A 2G21A 3OTYA 4EWOA 3INDA 4LBTA 5P5WA 5P1FA 3EKVA 3GI0A 2QD6A 5P65A 1HOSA 1ZSRA 4H3IA 1BWBA 3EMYA 5OZOA 2PH8A 2UPJA 1C6XA 4Z50A 4Y3NA 5OZ6A 4LL3A 4Y35A 5P8UA 5OZMA 2I4UA 5P85A 2IRZA 4DQEA 4R92A 1MIQA 1HRNA 1BDLA 5P5NA 5KOQA 1GVVA 5HDZA 2VA7A 4Y3AA 3K4VC 4XX3A 2AOJA 4RRSA 5P5UA 4YOAA 3EKWA 4L1AB 5JG1A 5BS4A 2AVVA 4EP3A 3IA9A 2J9KA 4DQHA 4GJ8A 5P41A 2PC0A 5P7NA 5P4NA 4I10A 3CKRA 5P7YA 1K1TA 2G27A 3F9QA 5P3PA 3U6AA 4B00A 2CEMA 1T7KA 3ZL7A 4X2LA 5HDXA 5DR3A 3IXOA 4OBZB 2V11C 5P3NA 3K5CA 3TPPA 1MERA 1U8GA 3L5DA 4M8YA 4J0PA 4JP9A 4AUCA 1Z1HA 2VIZA 2ZJLA 4Y47A 1N49A 1IZHA 2Z54A 2J9JB 5P12A 1VIJA 3GGUA 1FQ5A 2ZJHA 5P0KA 1MTRA 1IVQA 1XL2A 3DCRA 2JJIA 1A8GA 1HVLA 1BDRA 5P77A 5P0MA 4EXHA 5HDUA 1B6KA 4AMTA 4R8YA 3TPRA 3MSKA 5I70A 1HPOA 1FFFC 5P7LA 5P6CA 5P1OA 2P8HA 1EC0A 1HEGE 1APVE 1DIFA 4OBZA 3OUBA 1KJHA 4F74A 3LZVA 4IVTA 3K4VA 3QN8A 1QBRA 5P2VA 3D3TA 3D91A 1EBKC 5P83A 2VJ6A 3ZPUA 1A8KA 3OTSA 3EL9A 5P1XA 5P3OA 3AIDA 1D4LA 3UQUA 1HPVA 2AODA 5P3ZA 2QI0A 3CKTA 2HS1A 1D4SA 4EYRA 4EJDA 1OD1A 3OOZA 5P22A 1HVHA 4FIVA 1FEJC 3DUYA 4M8XA 3KMYA 2QI6A 3OK9A 2FGVA 2I0DA 1K6TA 3UTLA 4RCEA 5P1QA 5P8FA 5P6LA 2WL0A 4Y4JA 2R9BA 3SKFA 2FGUA 5P0OA 5P3XA 1FG6C 1HBVA 1HWRA 1HXBA 1OEWA 5OZ8A 1IDBA 2WJOA 4Y4UA 2ZJIA 2O4NA 3SAAA 1GNNA 1YTIA 3QP0A 3OXVA 1RV7A 4Y3LA 5P1VA 1HIIA 4RYGA 5F00A 4ER4E 2XFIA 4QJ8A 3N3IA 4QJ2A 5P27A 5P2HA 4LP9A 3ZKQA 4Y44A 3BUGA 3LZYA 4GB2A 4D88A 5OZYA 3KMXA 5OYZA 4R91A 3U71A 4ZPFA 5P5RA 5IE1A 4WY6A 3RTMA 4DJQA 3ER5E 2QZLA 5P5XA 5OZPA 4R93A 2CEJA 2O40A 1C6YA 3SA8A 4MC6A 1WBKA 5P2XA 2VIEA 4TRWA 2ER7E 2BPZA 5P6EA 2QD8A 2ZE1A 1CMSA 3K1WA 5P4DA 1HVIA 3R4BA 1EPOE 2P3AA 5P01A 5IVTA 4Y9WA 3OQDA 3FNTA 4OD9B 2HC0A 4Q5MA 1B6MA 1UPJA 3O9DA 3JVYA 5P7PA 5P13A 4RLDA 2BQVA 5P39A 4PHVA 4DJVA 4L7GA 4YOBA 5P5FA 1SGZA 2Q63A 3O9EA 2AOIA 3NU6A 2FMBA 4RZ1A 3ZPTA 4FGXA 4JPCA 2WF1A 5COOA 3RTNA 4EQ0A 3KF0A 2ZJKA 5P0JA 1YTJA 2VJ7A 5P7WA 4DQGA 5P16A 4LXMA 5ER1E 5P38A 1LYBA 5P44A 4HDPA 5P6MA 5ISJA 3IXKA 1SMEA 1W51A 3GGXA 3INEA 5P8EA 3O9HA 5P3DA 5P53A 4Y3MA 2VIJA 2FNTA 5P1BA 3UDHA 5P0EA 3HVPA 3L5FA 1SIVA 5DQ1A 1FQ8A 3QIHA 3G70A 1QS8A 2PK6A 3S7LA 3O9GA 5P7QA 5P7EA 5OZEA 3O9CA 4QJ6A 3UDRA 1HVRA 4Y3QA 5P8AA 3SA3A 5AGZA 1ODYA 3HAWA 4B78A 1LS5A 4WY1A 5P2TA 1HIHA 1EC3A 5OZSA 4GJDA 2AOEA 2QMFA 3G6ZA 5P4MA 5P7VA 1K2BA 3URJA 2G22A 4NJUA 1XN3A 4ZSMA 1F7AA 3VCMA 4I8ZA 2IL2A 5P2GA 5P6WA 3ZKIA 4FE6A 5I3YA 1ODWA 5JFPA 5P4AA 5P1IA 3PHVA 5P45A 1B11A 4J1IA 5OYRA 1DAZC 5P79A 2UXZA 4DQFA 5P0HA 1LF4A 4ACUA 3UF3A 3KA2A 5P31A 1GNMA 5P8IA 5P26A 5P1TA 1ER8E 3D1ZA 5P04A 1XDHA 3PLDA 1T6GA 3EL1A 5HE4A 2OHTA 2PYNA 1EPNE 4AA8A 2QI1A 2I4WA 4J1HA 4B1CA 3Q3TA 5P2OA 1J71A 5P0DA 2QNNA 1MT7A 5P87A 2CENA 5P81A 4Y5GA 2VIYA 3SA5A 4RVXA 3SQFA 3IVIA 3FSMA 4D83A 2V16C 3CKPA 5P7MA 5P7AA 1MUIA 4NJTA 5P0WA 2QD7A 4HVPA 2ZDZA 5P46A 5P7XA 2IENA 2V10C 5HU1A 3IGBA 3SA4A 2O4LA 1UH8A 2Q15A 1EC1A 3OAGA 3UQXA 5P5EA 4YA8A 1B6LA 2PH6A 2AOGA 2QU3A 4YD6A 5AH9A 2ZHUA 5P3UA 5P74A 3OUDA 4Y39A 2IKUA 2F81A 5P0LA 4ZE6A 5OZ3A 5P6XA 4CPSA 5P72A 4Y3HA 1RNEA 5P60A 4BEKA 3BRAA 2O4PA 3EBZA 4DQBA 2OHNA 1D4IA 5P8RA 4I0FA 4Y4AA 3UDJA 5P5TA 1W50A 3OXXA 2FLEA 3QVCA 4Y3RA 5P0AA 5OZAA 4FRJA 5CLMA 4QJ9A 3SABA 2ASIA 5P5HA 4F76A 5P70A 5P0GA 2R3TA 5P1RA 1FF0C 3R2FA 3I6OA 5P3TA 2AVMA 3O9LB 3KT5A 5P5JA 4Y3WA 4RCDA 5P6AA 3LPIA 1AXAA 2HIZA 1LF3A 5P55A 3TKGA 5BRYA 5P57A 1K2CA 5P7SA 3LIQA 5P40A 3WB5A 4RYCA 5P3AA 1SP5A 3WSJA 2QZXA 4Y53A 5P3FA 2OHKA 5OZ4A 5P14A 3I8WA 5FIVA 2R38A 3EM3A 4Y5KA 1FFIC 3T6IA 4EJKA 5OYQA 5P7ZA 3IAWA 5P3YA 2QZWA 3OADB 1HPSA 5P7DA 5P8TA 5P49A 4U8WA 4F73A 2WEZA 1K6VA 5P0ZA 4NPTA 3KN0A 5P73A 3D1YA 5P03A 5ENMA 4I12A 5P48A 5P7IA 1IBQA 3O9LA 4EJ8A 1DPJA 2IKOA 3LPJA 3Q70A 5COKA 5P2MA 2Q11A 2VKMA 3KM4A 1HTGA 1LV1A 3TL9A 5KQZA 1EPLE 1SDVA 1SMRA 4K4QA 1QBSA 1G0VA 5SY3A 2FS4A 3MXDA 5OYYA 3OADA 2VNMA 5P7OA 1BWAA 3L3AA 4APRE 4OBFA 1LF2A 2VA5A 2R43A 4U7VA 4B70A 3RTHA 4I11A 1T6EX 4PPHA 4DJPA 4Y57A 1G2KA 3HBOA 3D20A 4Y56A 3SACA 5P20A 4Q1YA 5P2UA 3K5FA 1Q9PA 3OQAA 4J0YA 2QK5A 4Y37A 5DQ5A 1KJ4A 1HTRB 5P43A 1MEUA 6APRE 1HVCA 3OU1A 2Z4OA 1FLHA 4H1EA 2AOFA 1PSAA 4JOOA 5P69A 5ISKA 3CYXA 2H6SA 5P19A 4WTUA 3BC4A 5P4HA 5KQXA 4ER2E 1MT9A 3BHEA 1G6LA 2XFJA 1E80E 3KDCA 3OU4B 5P4PA 5P7RA 2WEBA 2B7ZA 6FIVA 1YX9A 4FL8A 4J1KA 1EPPE 3T7QA 3C9XA 1D4YA 4Y4XA 5P4UA 1MSMA 5P6NA 3UDPA 3UDMA 5P10A 4EPJA 5E5KA 3PEPA 5P3LA 5P8LA 5P32A 3NWQA 3ECGA 1HSHA 1ZBGA 1SH9A 4KE1A 4X7IA 1GKTA 2Q5KA 1NSOA 5P5KA 5DPZA 4GJ7A 5P1YA 5IVQA 4XKXA 2VNNA 5P5DA 3OHHA 3HVGA 1PPKE 3TOHA 3ST5A 5P7KA 1UH7A 4Z2ZA 3EKYA 5P7CA 1TSQA 1SDUA 4Z4XA 3OU4A 3L5CA 5P06A 3IN4A 5P66A 1ZSFA 5P09A 2QMDA 4J0VA 4Y3EA 5AH8A 3NR6A 2Q54A 3EXOA 5DR4A 2PYMA 1BXOA 3QRSA 4EJLA 3PRSA 7HVPA 4NKKA 1PROA 4L6BA 2B8VA 4FRIA 1GVWA 1A30A 3LPKA 5AHBA 5P6JA 3U7SA 3BVBA 3EM6A 1LYAA 1HVSA 1RL8A 3OUCA 4DFGA 2AVOA 5P4QA 3BVAA 3PWWA 5P2FA 3PSYA 5DGUA 5P6TA 2QCIA 1MT8A 3PI5A 2BPWA 5ENKA 2P3BA 1AM5A 5P11A 4AA9A 3CIBA 1TSUA 4DJWA 2PWCA 4J5JA 4Y3FA 5P0NA 4EQJA 4OC6B 4H3JA 4HDFA 4ZIPA 2XYFA 5P62A 5P82A 4YD5A 4TRYA 5P76A 2OHMA 2B8LA 2I4VA 2OHUA 1TCWA 3S54A 3FV3A 1T7JA 2QNPA 5P5CA 2VJ9A 5P5AA 3FX5A 3SO9A 2PSVA 3URLA 5OZKA 2V00A 5P4XA 2NTRA 4FSEA 1GNOA 1PPME 1NH0A 2XYEA 1KJ7A 5P51A 1ZPKA 1SIPA 4N00A 3HLOA 5P5ZA 2PSUA 3SM2A 3VFBA 5P1MA 3BGCA 1EPQE 3EKXA 3PI0A 5P1NA 2AOHA 5P1CA 5P6IA 2NR6A 5P6KA 4H3GA 1AVFA 1IZIA 4I8WA 4A6BA 5P6ZA 1A9MA 3RVIA 1ODXA 4OC6A 4FAFA 3BUFA 2IGXA 2AZBA 5P4JA 2G1RA 3UFLA 4Y5EA 5P8BA 2R5PA 3MSJA 1B6JA 1M0BA 3H0BA 4CMSA 5HE7A 3BGBA 3VUCA 1LYBB 5OZ0A 4Y6MA 3OWNA 3PMYA 4CPXA 4HEGA 4ACXA 3ZOVA 3GGVA 1ZP8A 4ZEAA 5P6UA 5KOSA 5OZCA 4FLGA 1BV7A 1GVTA 2G1SA 1EBWA 3FKTA 4J1CA 3DV1A 1FQ7A 2F3KA 4FM8A 3D1XA 5P8CA 5SY2A 2QI7A 5HE5A 3R1GB 5HU0A 5P8NA 5KAOA 2B60A 5P6OA 3NDTA 5P1PA 4GJ6A 5DQCA 2Q3KA 2WF2A 1TQFA 5P67A 3PB5A 1MPPA 2ER6E 5P7BA 3S56A 1B5FB 3HW1A 3QS1A 4PZXA 3O9IA 1IZEA 1DP5A 4B77A 4Y48A 1XS7D 4ER1E 5P02A 4J55A 4GJ5A 1BAIA 1FGCC 3VFAA 2AOCA 2QZKA 2QHCA 3PBZA 4DQCA 4U7QA 4S1GA 1EAGA 5OZ9A 3K5DA 5OZ5A 5P8KA 1QBTA 5P3SA 4IVSA 1FG8C 4Y4TA 4Y4BA 4FM6A 5P17A 4CPWA 5P4EA 5P4FA 3PMUA 3S45A 4Y38A 3WB4A 1PSNA 5P2SA 4DPIA 5P2RA 4EP2A 4Y5PA 2WHHA 3EKPA 2BPVA 2FNSA 5P3WA 3T7PA 2QAKA 3VEUA 2V12C 3JVWA 5P8GA 2OHQA 4YCKA 5DR0A 1B5FA 3TLHA 1Z1RA 2QMPA 3GI5A 5P78A 1T7IA 4YE3A 4NJVA 3FNUA 5P8JA 4DV9A 5P30A 4DJOA 1A94A 5HTZA 4GIDA 1W5YA 5KR2A 5P00A 3VLAA 2NXLA 4TVGA 5HD0A 1IIQA 5OZIA 2WF3A 1E5OE 4Y4GA 5P5YA 2ZYEA 3NXEA 3ZPSA 2R3WA 1DW6C 6UPJA 5P64A 3EKQA 2WECA 4I1CA 3IN3A 2BBBA 5P7GA 4RROA 2AZCA 3S7MA 3SA7A 5P1HA 4GJCA 3OAGB 1W6IA 5P6HA 4ZSPA 2NNKA 1YM4A 4OBGA 2VS2A 3KFPA 2G20A 2OHRA 4R5NA 1WBMA 2V13A 3OUDB 1ZAPA 3EC0A 3I25A 4Y4DA 5P8VA 1K6PA 4Y50A 1W5VA 4Y3GA 5P2LA 1F34A 5APRE 2A1EA 4B1DA 5P0VA 5OYWA 3ZKXA 1MESA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HB4 A;  5P89 A;  3SLZ A;  4OBJ A;  3ZMG A;  5P35 A;  3S85 A;  1MTB A;  3A2O A;  1BIM A;  2P4J A;  4B0Q A;  3AUP A;  4J1F A;  3MSL A;  9HVP A;  5OZV A;  2NNP A;  8HVP A;  3KFN A;  3LHG A;  4CPU A;  4FRS A;  5IVR A;  2IQG A;  3NDX A;  4J0T A;  5DGW A;  3QPJ A;  3RSV A;  5P3H A;  4YCT A;  4Y3X A;  1EPR E;  3QBH A;  5P8D A;  3PGI A;  3UDN A;  3L58 A;  3L38 A;  1AJV A;  1FMB A;  2NMZ A;  2RKG A;  1AZ5 A;  5P1J A;  3SM1 A;  2HB3 A;  3TOF A;  2REN A;  3LZS A;  3IXJ A;  5C9F A;  4Y3J A;  2ER9 E;  4H3F A;  5P5Q A;  3HZC A;  5P75 A;  3KT2 A;  3GGA A;  3INF A;  4LXA A;  3B7V A;  3VYF A;  5P0C A;  2HPF A;  4QJ7 A;  5P2A A;  4GJA A;  3KYR A;  5EZX A;  5P4L A;  1M43 A;  3EL4 A;  4R95 A;  5EZZ A;  2QU2 A;  1HVK A;  4GJ9 A;  4Y3S A;  5P84 A;  5TOL A;  4EHC A;  5P88 A;  3OOT A;  3QRV A;  3VYE A;  4MC1 A;  3O99 A;  5P86 A;  3HD8 A;  2G21 A;  3OTY A;  4EWO A;  3IND A;  4LBT A;  5P5W A;  5P1F A;  3EKV A;  3GI0 A;  2QD6 A;  5P65 A;  1HOS A;  1ZSR A;  4H3I A;  1BWB A;  3EMY A;  5OZO A;  2PH8 A;  2UPJ A;  1C6X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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