1DBTA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from bacillus subtilis complexed with ump
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
MKNNLPIIALDFASAEETLAFLAPFQQEPLFVKVGMELFYQEGPSIVKQLKERNCELFLDLKLHDIPTTVNKAMKRLASLGVDLVNVHAAGGKKMMQAALEGLEEGTPAGKKRPSLIAVTQLTSTSEQIMKDELLIEKSLIDTVVHYSKQAEESGLDGVVCSVHEAKAIYQAVSPSFLTVTPGIRMSEDAANDQVRVATPAIAREKGSSAIVVGRSITKAEDPVKAYKAVRLEWEGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure and mechanism of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags Lyase
source organism Bacillus subtilis
total genus 82
structure length 237
sequence length 237
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 1999-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1dbtA00
2J9YA 1Q6LA 5LNSA 3PBWA 5ABTA 1JQVA 2WPBA 2E77A 5HJLA 2E6YA 3C2FA 3TQKA 4X2RA 3Q58A 3AJXA 2B4GA 4AEOA 4HPXA 4GE8A 2WKJA 1ZHAA 3NL2A 4MLRA 3VCRA 4DQWA 4J9JA 1QDSA 2YW4A 5G2IA 1OFOA 2ZRVA 3PF3A 3HPXA 4CQAA 5F1VA 4NU7A 2NV1A 1W31A 2TPSA 2CLFA 3QC3A 3L5AA 3P74A 1W1ZA 4IX0A 4NX0A 4YWIA 1GT8A 4PC8A 1K02A 2ZFAA 3TC6A 4BWLC 2EKCA 2AGKA 3E49A 5BMWA 3FJLA 3M9YA 3RU6A 4DF0A 1JUKA 3EWBX 4D2JA 1JJKA 4FHAA 3L66A 4H3DA 3V75A 2QCNA 5LNRA 1CW2A 2YYTA 3MBDA 3PWAA 1M7OA 3TQVA 1AMKA 2VEPA 1VHNA 5BNKA 3S0CA 1HO1A 4OQVA 4IMGA 1N8FA 1QAPA 2E5CA 2QJHA 2PRMA 3N34A 3W85A 1Y0EA 2X30A 3EWUA 3P67A 1PVNA 2A85A 5D2TA 3DFOA 2VKZG 3TNOA 5DCBA 1OFQA 3HQ1A 3NQEA 5D33A 5F4XA 4A2RA 1ONRA 3ABSA 3OA3A 1MXSA 2J6XA 2FFCA 1RPXA 1VLWA 3LHUA 4RK8A 2P10A 1AL8A 2DORA 3GDLA 3EX3A 3DFTA 3C3NA 2ZRYA 1G4EA 3L21A 3TR2A 5K2ZA 1GVQA 1KTNA 3BK0A 5FF4A 5KZMA 3TC7A 5C54A 3LXAA 3CQ0A 1W3NA 3NYZA 3GX9A 3LBMA 1LBMA 2E6FA 4JR5A 1LBFA 3L68A 1K8XA 2V81A 1EX5A 5KSWA 1VCFA 4QIUA 4NJJA 3M7WA 1RV8A 3HB9A 3NL6A 3NQVA 1GVRA 1DJNA 1THFD 2BLEA 1O60A 2VFHA 2YSWA 3SY5A 3OG3A 1YXDA 2ZCGA 1P0KA 3TXVA 3P81A 3W1XA 1VH7A 2ZZ2A 4WJEA 3R13A 2YX0A 4TMCA 4B5NA 4MFEA 4OV9A 1PE1A 3LX9A 3QFEA 2BZNA 2B0MA 1IGSA 1ZY9A 3BLIA 3W1AA 1BWLA 4MVAA 1H7OA 3PULA 3DI1A 4QSHA 3MBFA 1WA3A 3A5VA 1B3OA 3PVFA 4MYAA 4UTKA 5EPDA 1FY6A 3EWWA 3IIVA 4RV8A 3UXAA 3DBPA 4FIRA 3N3MA 3TAOA 4LV9A 4LV4A 3ATZA 3TROA 3UWUA 1M5WA 4MZ1A 4NNAA 2VFFA 1GVFA 4WX2A 5D03A 4UFMA 1H1YA 2QUVA 3W1LA 2ISWA 3QJAA 3DH7A 1ALDA 3GDKA 2ZZ5A 3GNDA 5FF0A 1S5WA 1DBTA 2V8ZA 1VC4A 2EPHA 2X1UA 4O28A 4DBEA 1XCFA 2P0OA 1FQ0A 4UFIA 3W7JA 3LHYA 4KKXA 1TRDA 1SW3A 4JY9A 2DZXA 4EIVA 2ZDRA 1UJPA 2AAMA 2QUTA 4MYXA 3G1AA 5LKYA 1R47A 1VPXA 3G1SA 4S2BA 4POCA 1UASA 3CU2A 3MHFA 5AC8A 4DO6A 1RR2A 1W5MA 1JRCA 1JQXA 4FXRA 3UWZA 2C1HA 2C0AA 4FX6M 1TPEA 4MIMA 1IXOA 1VHCA 2LLEA 3P5YA 1PV8A 3N9SA 1TTQA 3PBVA 4I7WA 4WXYA 4N9DA 4Z0SA 5DBUA 3CEPA 4ZMGA 3C2VA 4AF0A 4CNOA 5LZLA 4LUJA 1H1ZA 3WK1A 4O0ZA 1OJXA 5CSRA 3T40A 4A21A 4OGZA 3T4CA 3DI0A 2VELA 3THQA 4YXGA 1UBSA 1B4KA 2DZUA 4TR9A 1Z42A 1GG1A 3TJLA 4IXXA 3L5MA 1I45A 5I3HA 1FWRA 4HSOA 3L2IA 4NNBA 4LC6A 1GG0A 4NXKA 5IM51 3S1VA 1AL7A 2PE4A 3W6YA 3PG8A 1XBYA 1YXCA 1G4TA 3THAA 3HG3A 1G4PA 5D32A 1GTHA 3EEGA 5CPLA 2Y62A 4UR7A 1K03A 3BLFA 4I9AA 3BW4A 3LHVA 3BPWA 3M5YA 3U2OA 2NX3A 2ZZ3A 3HIJA 5EMUA 3CC1A 4EF8A 2ZA3A 2V30A 5TBOA 3WJYA 2BSLA 4O17A 3W2JA 3IGUA 4UTJA 1LYXA 3TW7A 2B7QA 4JGDA 2ABAA 5J5RA 2C13A 3GDTA 1H61A 5H91A 2Z6IA 3WK2A 3QQ0A 4IXHA 4LTSA 3FA5A 3FS2A 2NUWA 3W84A 2G97A 3T55A 1W5OA 1GQNA 1XUZA 3QMSA 3TFXA 4AVFA 3B0VC 3W76A 1TJRA 4IOTA 1L6YA 5FI8A 3A5FA 4CLMA 4O4WA 3TU9A 3O07A 2V5LA 3I7RA 1D9EA 1JCJA 3N9RA 1X1ZA 2QJGA 3NPVA 4P2VA 2YGYA 2H90A 1L9WA 1RZMA 2J24A 2WNZA 4JD4A 3IRDA 3BLEA 3W86A 1KM4A 3LB0A 2QCGA 5I3JA 4LT9A 3GR8A 3F4WA 1DL3A 3Q2DA 1EUNA 5LGXA 4WUIA 4FF7A 1LZOA 4MJZA 5D38A 2GUUA 5DXYA 2H6RA 1L6SA 4N9BA 1OFEA 1HO4A 1XM3A 3Q37A 4Z1DA 3MUXA 4IX2A 1FX6A 1PL9A 1TMHA 3EXRA 3C2OA 1LLWA 3YPIA 2C6QA 4K8EA 1G7VA 2IQTA 1XKYA 1AW1A 2FDSA 1LLZA 1IIGA 3GNNA 4R7JA 4K6AA 5DBTA 1WX0A 4MZ8A 1YLVA 4QNEA 4E38A 3ABQA 3EWYA 5LHEA 4DELA 2P1FA 3LBCA 1SZFA 2J27A 3TA6A 4YLWA 4UNKA 4ZQCA 4Y90A 3N73A 3P5ZA 3GAKA 1ICPA 1ML1A 2ZZ7A 3INPA 2HSAA 4YMZA 1FWSA 4AWUA 4ORIA 1L2UA 4TMBA 5KZDA 2PRHA 1U5JA 2A7RA 1SPQA 2C19A 5CZTA 2DP3A 3MMTA 3G1DA 4GWEA 5AHLA 5G4EA 2OMAA 1O95A 3KVLA 3FEMA 3W72A 3DFPA 2NWSA 1PCWA 4GC4A 4ONVA 5HR7A 3OVQA 1TREA 4BI7A 3W7EA 5D09A 5AOUA 4I7VA 2E5DA 3DAQA 3NM1A 2CW6A 3QH2A 4RZ5A 3HJZA 3EKZA 2D73A 3M16A 4UTLA 1M6JA 2WSYA 1S5TA 1DORA 3S5OA 2A6LA 1YPFA 2RDTA 1C9DA 3LM7A 3LCIA 5DN1A 3W73A 2H3DA 4YL2A 3A24A 3GIYA 3E96A 4LU0A 5K9CA 1F6PA 4K7VA 3ZWTA 4H6KA 3EB2A 1KM2A 4FX8A 4A2SA 4Z1CA 4LW7A 3OBKA 2EF9A 1WV2A 1A50A 3VNDA 3UY8A 1O94A 5AC7A 4M6PA 1ME8A 1DVJA 3P8IA 3USBA 1FWTA 1A5CA 1H5YA 4QJ1A 1DQXA 3I65A 2X1SA 5LGZA 5HWMA 2YXGA 1JVNA 1I2RA 3PUOA 3W88A 3SW6A 4NNCA 4Q33A 5AYXA 2B7PA 4LS2A 1Q6OA 5AHMA 4NJKA 3NM3A 4JXCA 3S1WA 3PSWA 3I68A 1XL9A 1QPNA 3RFAA 5G4WA 3LCLA 3NQFA 3W23A 4IPJA 1SW0A 1UUMA 4O15A 5KITA 1OF8A 2Y85A 2R8WA 4BI6A 3S8HA 1K7XA 3N2XA 3BW2A 3LLFA 5LHFA 1QO5A 4GFSA 2DZSA 5CG7A 4E2BA 5BRBA 1DKWA 3G8EA 1XBXA 1A5SA 4Z1BA 1ADOA 4HSNA 5HULA 2HTMA 4BF9A 1G7UA 3O8AA 5F2IA 3ZWSA 1GPWA 1QWGA 3T44A 3C0JA 4MZYA 3B0PA 3IIPA 3ZR4A 3W1NA 3NQ6A 5DY2A 3QEZA 4UTUA 4HNVA 1TPVA 4IQLA 5F2MA 1TQJA 3VI2A 4RXGA 1J2WA 3W7NA 4YCOA 3B4UA 4AHPA 1Z41A 4JIPA 1H62A 4UXDA 2R91A 4O13A 3W7KA 4OHQA 3EWZA 1FCVA 4X3ZA 4NVTA 1SQ7A 4NZJA 4O19A 1O4UA 2CLKA 3DGRA 3FYOA 5HNRA 3LI0A 2GJNA 3G0XA 4WY0B 2CWNA 1KBJA 2AQWA 1H60A 2QCEA 1XC4A 3EX1A 2V5BA 4WOZA 2FIQA 1JCMP 1SUXA 4DO5A 3LERA 3LHZA 1H7RA 3L0NA 1LROA 2ISSA 3NR0A 3G1HA 3EX4A 4ADUA 3W2UA 3HOJA 1JCYA 1R46A 1NF0A 3WK3A 2WNQA 1LCOA 3NNTA 2B7NA 4P61A 1SO5A 3TQ0A 3M5VA 4O18A 1LTDA 4TX9A 1VR6A 3ANYA 4N02A 4IMCA 4AHQA 5MHBA 1FWWA 3M5XA 3KRUA 2YW3A 1SO4A 3JRKA 3NPUA 3HGSA 4EOUA 1G69A 3ELFA 4JTSA 4O14A 2WSQA 1X6UA 2OX1A 4E0CA 3NQDA 4K37A 2PRLA 5K4ZA 2H8ZA 4QQ3A 5KINA 2RDUA 3P61A 1I2QA 2CLEA 4QISA 1K8YA 2CLHA 3GDMA 1SFLA 1TTIA 2VFGA 1QPOA 2V2DA 5DCEA 3CIXA 5DXXA 4EWND 1DQWA 3O05A 3TX9A 3TSBA 3HMJG 1DJQA 3GXPA 2Y70A 3QPZA 2E5BA 1EA0A 3O15A 3IIXA 4FNTA 4RZ6A 3KXQA 1P1XA 3P82A 1I4NA 4S1FA 5FF7A 1A5BA 4LOCA 4ML9A 4Y8FA 4LC8A 1QNVA 1TPDA 5G2HA 4RKAA 3O63A 2Y7GA 4ZQOA 1YADA 2X2GA 2WOQA 1KTBA 3NOEA 3M5ZA 5HUOA 4PH6A 1EEPA 3W7QA 3IIZA 3NA8A 4PEKA 6TIMA 4LS1A 4FNSA 2FLIA 2NV2A 2OT0A 1JCLA 2QR6A 2VEIA 1EP3A 1TPB1 1Z44A 1OFAA 4JICA 3D0CA 2F84A 1TJPA 5D02A 4RXFA 3KRZA 1VS1A 5KTLA 4IMEA 3KAOA 5BOOA 1JR1A 1XBVA 4GUFA 4NX5A 4O1BA 1M7PA 1YYAA 3I7QA 3NPXA 1JUEA 1RQBA 2O7SA 4MY1A 3OVRA 4W9TA 3SGZA 4FX7A 1H7XA 3W74A 2C18A 5CGQA 4JN6A 3PG9A 2KZHA 2YR1A 5D05A 1WXJA 4BK9A 2NWRA 3VE7A 1TO3A 2VFIA 1B4EA 4X22A 5F4SA 1MZHA 3STEA 2CZDA 2A0NA 4KWWA 1KM5A 1LOLA 2V2HA 4O50A 2Z0IA 2RH9A 5T26A 1KBIA 5HINA 4UMBA 4K38A 3W87A 1GWJA 3UQNA 3W1PA 2Z2UA 4LVAA 4M7SA 1VRDA 1F7BA 3MP5A 2BTMA 2CZEA 1XDLA 3G18A 3LOTA 3GR7A 3O06A 1FCUA 3O6DA 1XI3A 5AHIA 5FEXA 2G95A 1VZWA 2GPTA 3MYPA 4GNJA 4ICNA 5FF2A 5U4NA 4FNUA 3CWNA 2NUXA 2RHGA 2VEKA 3E9AA 3NXFA 1W3TA 3PBYA 1H7NA 4TO8A 1IXQA 1W37A 2JGYA 3PUEA 4QITA 3P60A 3LCHA 1H7PA 2JK2A 3A22A 3R5EA 3HPSA 3NQ2A 3UPWA 4JDBA 1HL2A 3H54A 3TXZA 1U83A 3CB8A 1WOBA 2BXVA 3T7VA 5L9FA 2FJKA 2YPIA 3W2NA 4JEQA 1KLYA 1R30A 4HPJA 3UNDA 4N4QA 5CKSA 4A29A 5HR6A 1VJIA 1LOSA 4O1AA 3MI3A 1NSJA 1N55A 4NXSA 3SR7A 4A22A 5K4XA 1V5XA 5AHNA 3BGJA 3L67A 4YCPA 5CPOA 2ISVA 4A3UA 4ZQNA 5K3VA 4DO4A 3HPZA 4PL2A 3W1UA 1JCXA 4M6VA 2V82A 4G1KA 1F76A 4H4IA 4XKYA 3A21A 3EWXA 1LORA 1XFBA 2C15A 3TFCA 5EA9A 3HG4A 4O16A 2CLLA 3B06A 3UWVA 3C8FA 2RFGA 3A23A 4O1DA 4JTEA 3IV3A 4O0KA 3RLVA 4GXMA 4ZQMA 1LOQA 4RR4A 1GVSA 2GQ8A 1ZENA 4C1KA 5CSSA 3IVTA 1MEIA 3G0SA 5EYWA 1P4CA 3M47A 2DZVA 5HWJA 4PCFA 2CLOA 4ZQPA 5FEWA 3KX6A 5G2WA 1MEWA 1OX5A 1QPQA 3QW3A 2H8XA 5EY5A 4QM1A 2NLIA 5D37A 1OFBA 3UWQA 4OWGA 3L65A 2A5HA 1OX6A 2Q3OA 3E02A 2NX9A 4Q32A 5HWNA 1QO2A 1DOSA 1OG0A 3W7OA 1DHPA 3PM6A 2ZZ1A 1OYAA 2X1RA 1LP6A 2QEZA 2ZTJA 4GUGA 4UFJA 4XKYB 3TMLA 1K7EA 1Q6RA 3P62A 3ZS4A 2WO5A 1C8VA 4MKNA 4MFDA 4DBDA 1VGAA 3DHDA 2Y6ZA 4UC5A 1OX4A 3G1YA 3FKRA 3GK0A 3MI2A 3B05A 3LCWA 3MWAA 1S5VA 2A21A 3C2RA 4O1CA 3VKJA 1T8XA 3NQGA 3CEUA 2A1YA 4GUHA 3S5YA 3UZJA 3H53A 5IBXA 1Q3NA 2PURA 1MO0A 2DZPA 2BWGA 5G5IA 4MJMA 1KM0A 2VEMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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