1DFQA

The hc fragment of tetanus toxin complexed with sialic acid
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
441
structure length
441
Chain Sequence
EDIDVILKKSTILNLDINNDIISDISGFNSSVITYPDAQLVPGINGKAIHLVNNESSEVIVHKAMDIEYNDMFNNFTVSFWLRVPKVSASHLEQYGTNEYSIISSMKKHSLSIGSGWSVSLKGNNLIWTLKDSAGEVRQITFRDLPDKFNAYLANKWVFITITNDRLSSANLYINGVLMGSAEITGLGAIREDNNITLKLDRCNNNNQYVSIDKFRIFCKALNPKEIEKLYTSYLSITFLRDFWGNPLRYDTEYYLIPVASSSKDVQLKNITDYMYLTNAPSYTNGKLNIYYRRLYNGLKFIIKRYTPNNEIDSFVKSGDFIKLYVSYNNNEHIVGYPKDGNAFNNLDRILRVGYNAPGIPLYKKMEAVKLRDLKTYSVQLKLYDDKNASLGLVGTHNGQIGNDPNRDILIASNWYFNHLKDKILGCDWYFVPTDEGWTND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structures of the H(C) fragment of tetanus toxin with carbohydrate subunit complexes provide insight into ganglioside binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TETANUS TOXIN HC
molecule tags Toxin
source organism Clostridium tetani
total genus 109
structure length 441
sequence length 441
ec nomenclature ec 3.4.24.68: Tentoxilysin.
pdb deposition date 1999-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1dfqA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1dfqA02
2DYCA 4Q26A 1A8DA 3ZXJA 4GAIA 1FMZA 1LHOA 1V6MA 2MLLB 2DS0A 2WBCA 2DVDA 4QD2C 4R9DA 1YIFA 3AYAA 1QGLA 1YI7A 4AVSA 2V73A 4M3CE 2GN7A 1Y7BA 4XOGA 3WO3A 1ILR1 1HWMB 2TEPA 3T8SA 4Q1PA 4YFZA 1WD4A 1ZM1A 3AXEA 1IS4A 1KDMA 1JUIA 4LO2A 1V6JA 3R4UA 2CTVA 1YBIA 3UJ0A 4A7ZA 3UL2A 2BFHA 1W3AA 1WD3A 4SLIA 4K1ZA 4Q1RA 4ZGRB 1MR5A 1FV2A 1N1VA 4XFSA 2UUSA 1VAVA 1Z4SA 3H6RA 1Q1UA 5GJ6A 1LEDA 4OW4A 3LTQA 3BAQA 4BPZA 4I3NA 5DZGA 3M2MA 4FPKA 5F8SA 4CRQA 3C9ZA 3BIWE 5T5OA 1IS3A 2NVHA 2DUQA 2WT1A 1MVQA 1DLLA 2ARXA 4OWJA 1JT5A 2AUYA 2VUAA 2QYIB 2Q5TA 3ZXKA 5DVHA 4K20A 3ZSKA 1AVAC 4DS0A 4L4IA 5JOXA 4LBOA 3INAA 3NBNA 3AKFA 1DBNA 1JOJA 5T5LA 3GALA 5GZFA 4UW4A 3V79C 1HWPB 4IQPA 4XJ9A 3UDAA 5E89A 4Y22B 3V0BB 2A6YA 5H9SA 3FJAA 1ABRB 1PUMB 2WSVA 1LOAA 2ZGMA 3RS6A 2DREA 4Q8KA 5E24E 4D0ZA 5EHAA 4CTEA 3O4OA 3OPZA 1BFCA 4XFTA 3BOPA 2A5ZA 4GKXA 1TWMA 4R9BA 2J3PA 3ENRA 1DYPA 2D6KA 3A23A 4XTMA 4IZXA 1AJOA 4H9WA 4QO3A 2ZMNA 3CRIA 3LSEA 1S0DA 4XZPA 4TLPA 1PUUB 5LK5A 2R1BA 4YW1A 3A0KA 3I8TA 4IZEA 3VEQA 4CJMA 2AQZA 3P6IA 4J2YA 3VT1A 1V6VA 4Y1ZA 2VW0A 5GZEA 4DEPA 1F9KA 3BX1C 3BB2A 2AAIB 1WLCA 3CQAA 4ATEA 4Q27A 5JMCA 4Z9WB 5GZDA 5JOYA 1JT7A 5KXBA 3AK0A 1XHBA 4PBPA 4GAFA 3QCWA 3VKFC 3PVNA 3VUOA 2JE7A 1DQ0A 5FNWA 2ZGSA 4AVVA 3WNXA 3A07A 2D6LX 3AZYA 3U4XA 4FOWA 3OJMA 3ILRA 3SNVA 9ILBA 1V6OA 2D22A 1WUVA 4I0YA 4ZXKA 2OUJA 3SISA 2B7YA 1N4KA 2UWAA 3H0OA 2SLIA 4LO3A 3M1HA 1CPNA 1P63A 5IK5A 4J2XA 3ZXGA 5CBLA 4I96A 3WA1A 1UX6A 2DRZA 3MW2A 1HDKA 1H30A 1DZDA 1OKQA 1FN0A 2ZHMA 1DGLA 2NP0A 1ULEA 3OY8A 4P9YA 4H55A 1N1TA 4KBBA 3USUA 1DZQA 3W9TA 1QU0A 3S8JA 3WG1A 2R16A 3NV1A 4YOLA 3MW3A 4C1XA 1CJPA 4JKXB 4I4QA 3AJ5A 1DQ4A 1PZZA 1LTEA 4ZKTB 4AYUA 1HWOB 3IM5A 2WQZC 1DJSB 2FMDA 2FDBM 3AJYA 1TFMB 2VH9A 5GM0A 2A7AA 4TYSA 4P9WA 4G6JA 5DZFA 3ZC8A 3NJ5A 2D43A 2AYHA 1LHVA 3ILNA 3O0XA 4ASMB 1RZOB 3DGTA 1W0PA 4HA2A 1NLSA 3A21A 1SLLA 1F5FA 3LLPA 3OJ2A 1QDCA 3WUCA 3I2AA 1IOAA 2ES3A 2F2FA 2OUHA 2D6MA 5T55A 4AN7B 1NUNA 4Q9GA 2Q9XA 4L4HA 2LIQA 2D3RA 3CA5A 1IRPA 2A70A 1GANA 2CL2A 1DQ1A 1G9BA 4JC1A 1TEIA 2BEAA 1G9FA 1WBLA 4KC3A 3UJ4A 4FPHA 4GWMA 5EYYA 4I1BA 1N3PA 3ZXLA 5EC5A 5E88A 3FJ8A 1DQ5A 4WV8A 1LENA 3N7MA 1Q8VA 4MYEA 1E0OA 1MZ5A 4F34A 2GMMA 2Z42A 3AKGA 2GDFA 5T52A 2AXMA 2P3JA 4YLZA 3ZXFA 4JAWA 3AYCA 2DUOA 4ATFA 2XOAA 3CU1B 1RMLA 4LO7B 5F5QA 4XJ8A 1FWVA 3SLIA 4EKXB 1RINA 2VW1A 3T2TA 1MZ6A 1ULDA 5IK4A 1J1TA 3NBCA 5EG6C 1TTUA 6I1BA 2GMEA 3FJFA 3WZ1A 1JYIA 1V6LA 1AVUA 2Q3NB 1DQ2A 5AVAA 3N7LA 2YY1A 2HZ9A 2R0FA 2ENRA 1I1EA 4YG6A 3AZZA 1S0GA 2EXKA 2ZGPA 4Z8BA 3A22A 3BA4A 5FRAA 1ISWA 3PJQA 1HKNA 3CA4A 4RA0A 1W3GA 1AF9A 2DWRA 3UJOA 3N36A 1JHNA 1HQWA 3E8LC 3IIRA 2NM1A 2P37A 4FGFA 2PHXA 4FQZA 2DU0A 4X3AA 4PC4A 2EXIA 4G1RA 2RQ9A 1SLTA 5BQUA 1TOOA 1S0FA 4R6UB 3WG3A 3WDXA 1FX5A 4ENDA 2G4IA 3N0KA 2D20A 4HJJA 5DZUA 2GZBA 4LO0A 4HR6C 1SBDA 3RG0A 2A6XA 4UW3A 1KDKA 4QKSA 5HCBA 2JD4A 4I30A 1AXZA 2EALA 3T1LA 3IAGC 4Y22A 3V0BA 1SR4A 1CQ9A 2R1DA 4LBQD 4FPYA 2ZZJA 1ISZA 5JOWA 3V65A 3TC2A 4QKRA 2WRYA 4DRRA 2Y9FA 4Y26A 1JN2P 2DTWA 2XG3A 1BARA 1T9FA 1JLYA 5T5PA 3BA5A 5I1BA 4HANA 5CAZA 4I4UA 4M3CA 5FNXA 4KEKA 3D4KA 2ERFA 3O44A 2I2SA 1DFCA 2Z49A 1YYNA 2ZR1B 3AFKA 4I8MA 3CA1A 1LU1A 4YGCA 2DVFA 2DUPA 5KXEA 1H9WA 1G9AA 4JPZA 3UD8A 2JECA 3UK9A 1FMMS 5D61A 2K43A 1CVNA 5DUVA 2PHFA 1W3FA 2A3WA 2CWSA 3AX4A 1N3QA 1W0OA 3HMYA 1BKZA 3V64A 1LGBA 4YM0A 2DVBA 3JUUA 1TP0A 4DENA 1JBCA 3N7KA 1LGNA 3BAHA 4GA9A 3FFZA 2MIBA 1GSLA 3OJBA 3ZXEA 3O4DA 4AWDA 1BLDA 2GNBA 3KQRA 3OGGA 5JLVA 3P6JA 4X39A 3O5SA 5IT6A 1V6WA 3ZPYA 2E7QA 4XJAA 1BFBA 1ISXA 1FQ9A 1CE7B 1UAIA 4EB2B 1V00A 3SH3A 1HQLA 5GLUA 4ISRA 3PUBA 3AYDA 3KM5A 3TB0A 2MC2A 1MS3A 2D7RA 3AKHA 1K5VA 4USOA 2W52A 3AH2A 2YUGA 3Q7WA 3B3QE 4D8HA 2AGSA 2ZKNA 4OZXA 1BLAA 4K21A 2D3PA 2PELA 2L5XA 2D44A 1LGCA 2K8RA 5H9QA 4XHBA 4XIKA 3N35A 1WCSA 1MVEA 2AR6A 2WJSA 3BRFA 3MALA 2A6ZA 2D24A 3NV4A 1BFGA 4W65A 1XZZA 5GLVA 4Q91A 2GNMA 5T5JA 1ULCA 2NN8A 2WT0A 1LCLA 2D6NA 1MD6A 3HOMA 2YXSA 5JVVA 1X50A 4TZDA 4YG3A 2NMOA 4FP3A 3AZWA 1JQZA 2FGFA 1S1AA 1V6IA 3POWA 5T54A 4XXAA 4M3CB 4Y1UA 1PC8B 41BIA 1MS5A 4Y1VA 2WNEA 1ITBA 1EYLA 1DQGA 3R05A 4OWKA 31BIA 1LOGA 1Q03A 1S0IA 4J2KA 1G82A 4EFRA 2ZABA 1XYFA 2BQPA 1O4ZA 5IK7A 3FJ9A 3PHZA 1OFSA 1Q56A 3K1XA 3WHUA 2ZGOA 3VKOA 2D1ZA 3IN9A 3T1MA 3WG4A 4GOVA 4XIOA 1AXKA 1WLWA 3SH5A 3OGFA 3WINA 4BOWA 2KM2A 4Q8LA 1W6OB 4FOQA 2H0BA 4OWLA 3RQ0A 4HL0A 5BP5A 3OBRA 1CONA 4QC4A 4Y20A 3AH1A 1EPWA 1QF3A 1JY0A 2HWMA 3ILFA 3O4CA 5CB7A 1FNZA 1AFCA 2V5YA 3D7WB 3POYA 3PVEA 4Z8SB 3WO4A 2VSAA 3Q7XA 2UWCA 1BQPA 3WLUA 1QXMA 5HCFA 4YGBA 2VY0A 4Q2FA 3POSA 1MS4A 4LO0C 3NV2A 4YZ1A 5F9TA 5FZZA 5E8AA 1WLDA 3NWKA 1C4RA 3ILAA 1ENSA 5F8WA 2P3IA 4EEEB 3SITA 2C9AA 5FZUA 1GZCA 2E7TA 2EXHA 2I1BA 3M3QA 3BTAA 3RMYA 3ZSMA 1CN1A 3FLRA 4LBQA 5BOWA 2E4MC 1DHKB 2D7FA 1U0AA 5DUWA 1C1FA 1ISYA 4X38A 2ZGRA 4IY9A 4YZ4A 3WDUA 3FJEA 2JE9A 3JU9A 4UW6A 2VXRA 4YW3A 1IKQA 1GLHA 1LODA 3O3QA 3A0NA 2JDZA 1LOBA 5BXPA 3NBEA 4AN6A 3FJHA 3ZYRA 2D23A 3HALA 1OQ1A 2RHPA 3VT0A 4XJUA 2DRYA 3O0WA 4FPOB 4PQ9A 5KXDA 1PZ7A 2E53A 3M3CA 3L2YA 1SLAA 1S0EA 2LTNA 5DUUA 4OEEA 4ZA3B 5FREA 3B00A 2ZGNA 3CA3A 4IONA 4K1YA 4I7IA 4DQAA 1G9CA 4PCRA 3CA6A 4XMAA 4JQ0A 4ZFYB 4R9AA 1SZ6B 4BLIA 1W6NB 2ZHNA 1SFYA 1PZ9A 1R8NA 2QN4A 3ZSLA 7I1BA 1DZCA 1DQ6A 3ZVXA 1LEMA 1K5UA 1GICA 1VCLA 1KJLA 4LO2C 1G9DA 2FO1A 3EF2A 1T4QA 3WCSA 3RTJB 2R9KB 5FZYA 1S0LA 3B69A 1ULGA 3H6QA 2ZAAA 2GMPA 1LOCA 3WCRA 3B01A 1GZ9A 2D7IA 1WW7A 3JUTA 4JP0A 1WBFA 3QYDA 2YZ4A 5BXSA 2Y9XE 2XB6C 2KI6B 3FUQA 2DTYA 5H9RA 3OBTA 4Y20B 1N1SA 5DG2A 2W68A 5JOZA 2ZGKA 3H6SE 5GLTA 3ZX7A 3UD9A 2RSTA 1TIEA 4XBQA 4USPA 1D0HA 5GZGA 4BMBA 4FQ4A 1W6QB 3P53A 1QMJA 1L2HA 1TWEA 2DV9A 2UURA 3BRDA 1V6XA 1HIBA 2NMNA 1G86A 1FV3A 4QD2B 4IHZA 2YMZA 1IRAX 3FBYA 5B2HA 4G6MA 3WO2A 4FPJA 1MS9A 5T50A 3VV1A 1FGAA 3VKNA 4ZFUB 1ENQA 4LBQB 4LO1A 1W6PB 1IKPA 4BQ1A 1IT0A 1GNHA 3D5OA 4ZOTA 3ZXDA 1AX0A 2D6OX 4I1EA 3IM0A 4A7YA 5H9PA 1XG6A 2W08A 3GNEA 4J23B 3S8KA 1QNWA 4KEIA 1ONKB 2W39A 3O49A 4GXLA 3O5WB 2ZGQA 3PG0A 3BAOA 1HCDA 1AVWB 5HCAA 4XBNA 1RY7A 2P2KA 1O4YA 2WKKA 3ZC9A 1JYCA 3VWCA 4XE9A 1GZWB 3FUOA 4XBLA 2A6WA 4UW5A 3BAVA 1FNYA 5JDBA 1KNMA 3VSZA 1Q8OA 4YM1A 4P0JA 1JT4A 1S0BA 2ZA9A 4XJWA 4JRAA 2PHTA 2E51A 5DG1A 4WBCA 2A71A 3ZYPA 1BASA 3JRRA 4GOYA 4LO7C 1Z2VA 3QR5A 3OYWB 3HBWA 4BM8A 2P34A 1DFQA 1KRIA 3ZSJA 2CYFA 1A3KA 4LO3C 4G9MA 1VAMA 4D69A 1EVTA 1ENRA 1QDOA 1HKDA 3NV3A 1Q8SA 2FFVA 1DIWA 2RG9B 4WZFA 1LJ7A 4I4VA 3BRGC 1C57A 3WMUA 4I4SA 3CA0A 5DXDA 3WMVA 8I1BA 4P0KA 1W6OA 1V6UA 1QKQA 2OW4A 4YG0A 2DU1A 1SLBA 1UN1A 4P0LA 1GGPB 1DQOA 4GP3A 1N47A 4H04A 3IM7A 1LOEA 3DUIA 4J2SA 5BXTA 1MACA 1Z78A 3A4UA 5L73A 1BYHA 1GBGA 3AP4A 4U2AA 1XQNA 1MS0A 3FJDA 4LBMA 5BVPI 4XFUA 1Q8PA 1VLNA 4KEJA 1CVSA 3CRGA 5HPZA 2P23A 1WBAA 1NXD1 2ZGUA 4WVWA 1UKGA 4LBNA 4YFWA 1FWUA 3R4SA 2C5DA 2YROA 1Q04A 5EXOA 2HYKA 1FATA 5G00A 3IM6A 2A3XA 4AGGA 1JW6A 2UWBA 3AH4A 1Q8QA 3RTIB 2D3SA 2F2FC 2D6PA 1SCRA 4QBVA 4GWNA 2Z48A 2PHUA 1CESA 1QOOA 4XHXA 2JKBA 3FJKA 2CWMA 5DUXA 4AVTA 3AP9A 1V6KA 2VU9A 3IMNA 1KQRA 4I37A 3I2XA 1AJKA 3AP7A 4Y1XA 1N3OA 2ZACA 4FPLA 5IUQA 4QALA 4ZBVB 4RL7A 1IOBA 1WW5A 3F62B 2CY6A 4F83A 3M3OA 3KMVA 2WLQA 21BIA 4NOTA 4XMIA 2GO2A 3SNMA 1RG8A 1CR7A 4II0A 1W6MB 2EXJA 2ZMLA 1LESA 2P3KA 2M49A 2KI4A 2KKIA 1H9PA 3W59A 2DVAA 1APNA 2PHWA 1MC9A 1W6NA 4JKQA 3I4IA 2OVUA 4I6IA 1JTCA 3CRHA 3ASIA 1J0SA 3B9CA 1ZA4A 2AH2A 3WOGA 3BAGA 3TAYA 1QQKA 4FPEA 4YW2A 2VW2A 2ESUA 4AGVA 2K4AB 3HR9A 1BZWA 1GV9A 4WVVA 1SBFA 4XDQA 5EWSA 1MS8A 4A7KA 1YRZA 1PWAA 3FJBA 4I4OA 2ZGTA 2A3YA 3M3EA 4I4XA 2YV8A 4XTPA 1BFFA 2HWAA 1LOFA 1LHWA 1VALA 4FVVA 3VKLA 4LO1C 4LBKA 3WDTA 2KLLA 2GALA 1IJTA 1AVXB 4X37A 3VKMA 2WT2A 5BQUC 1UMZA 5GLZA 3RRDA 4I4PA 1W6QA 3IKWA 3N3HA 4GALA 4DRVA 2GNTA 4ISQA 2VLCA 2AREA 4ITCA 1RITA 2R0HA 2AFGA 3F1RA 3H6RB 5GALA 5F90A 5BXRA 1G8WA 1F31A 3Q9OA 3SH4A 4XKIA 2Y9WC 1GKBA 1JXNA 1GNZA 1QNYA 3WUDA 3UJQA 4JCKA 4LO8B 5IK8A 2A75A 4L8QA 5CA6A 1SR4C 4YGDA 3C2UA 2EF6A 3O0VA 1W6PA 4XXPA 3O4AA 5SV8A 3BA7A 1PZ8A 5KXCA 4Y1YA 4EFQA 5D62A 1WBCA 1GYKA 1AXYA 1I1BA 2KH2A 3MW4A 1Z0HA 2AENA 3POKA 1IS5A 3FLPA 2WSUA 1DYKA 3PVOA 2ZBJA 1AVBA 4YW4A 2CNAA 3V0AA 4ZFWB 3HN1A 2VXTI 3D6EA 1IHKA 1AX1A 3NBDA 1ULFA 3WDVA 2ZQNA 4YW5A 1R8OA 4PBOA 2DVGA 2ET2A 4OEGA 3O12A 4XJZA 3B9UA 4DPNA 1YO8A 1SLCA 4YGEA 4YM3A 3HSMA 1BJQA 1GZWA 4DCKC 1SCSA 3MPPG 5DUYA 2NTDA 1WW4A 4GP0A 1NZKA 1FAYA 3QLQA 4U36A 5BYNA 2VSEA 3VT2A 1SLIA 4AGRA 4M00A 1LHNA 3IPVA 1S0CA 1YF8B 4Y24A 3WG2A 1S0JA 3OYWA 4PF5A 3WV6A 1KITA 3LSDA 2X2SA 2UU8A 3WHTA 4GKYA 4I2SA 2JJ6A 5GZCA 3FLTA 2NYYA 5DZEA 3W58A 5F8YA 4ZLBB 3AZXA 4EFPA 3AP5A 4LBJA 4YM2A 5DSSB 1JT3A 4XYXA 1LECA 1FYUA 1UL9A 1N1YA 3APBA 4Q9PA 1HCEA 1YTOA 4FPGA 1R1ZA 5CNAA 1UZYA 4BMEA 1URXA 2X2TA 1A78A 2GNDA 4QBCA 1QOSA 5EYXA 4XILA 2ZQOA 1EV2A 4FPCA 1G7YA 4P9XA 4FOYA 4D0TA 1RIRA 4OEFA 4YZ2A 3FJJA 4YZ3A 3OJVA 5GLWA 2PHRA 2DURA 4FP2A 1AXMA 3FGMA 4FPFA 1ISVA 3I29B 1LHUA 2LIEA 2EIGA 4C1WA 3AYEA 1UPSA 4BLJA 3BADA 3WDYA 1JLXA 3OY8B 2R49A 3PMEA 1HWNB 2GN3A 3FJCA 1AX2A 1VIWB 3RSJA 3USUB 2A6VA 1QQLA 1M16A 4FOVA 2ZMKA 2E6VA 4M01A 2FFUA 3AXDA 4DFSA 2IHOA 2SBAA 1BA7A 2BEBA 4P6AA 1V6NA 4I4YA 4OUJA 4LBLA 1HLCA 2EAKA 4I4RA 1KJRA 3V0AB 3AP6A 3BAUA 1SBEA 4R9CA 3VSFA 2HW9A 3AKIA 2ZHLA 3MEPA 1II4A 3FJIA 5GAQA 3WVJA 1M2TB 2ERMA 2ZHKA 2IWTB 4YZ5A 3AJ6A 2Y9GA 1CPMA 1MS1A 1AZDA 1ONAA 1QOTA 1I3HA 4IYBA 2ZGLA 2NZ9A 1BXHA 2LALA 3Q7YA 3CNAA 4IY8A 5D63A 2E4MA 1LU2A 3WINC 1D2SA 1WW6A 4NO4A 2FHRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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