1DI5A

Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1di5A00
2CJLA 4EOFA 1DQJC 4DWXA 1GF7A 1LMOA 4DDBA 3RZ4A 4N1CC 4J1BA 1GB0A 133LA 3WU7A 1D9UA 1QDRA 1JPOA 3WMKA 4Z41A 1XEIA 2BLXA 5KXRA 5KXTA 3WPLA 2D4IA 3B72A 5I4YA 1HERA 1OUDA 1IVMA 1YROA 3CT0A 1W6ZA 5LAFA 1UIBA 2YSSC 3EXDA 4QY9A 1UC0A 1YAPA 5KXLA 2Z39A 2ZILA 1B5YA 4BADA 1GB7A 1UACY 4WLDA 1LMTA 1QSAA 5DL9A 1B7NA 1LSBA 3QNGA 2Q0MX 4NHTA 4MR1A 3P4ZA 3K3TA 1YKXX 1LSNA 1LZ9A 1IORA 1LZDA 1HHLA 2Z18A 4WLXA 4M4OA 1BVKC 1GFKA 4LYOA 1XGTC 1QIOA 4KL7A 3M18B 194LA 2VB1A 4G4BA 3EO5A 1JSEA 2MECA 2ZQ3A 4OWBA 1QQYA 1LJJA 3WU9A 2DQCY 1RCMA 1IC4Y 1VDSA 4LFPA 1XEJA 2BAAA 1SQ2L 1LTMA 1CKFA 3W6EA 2DQIY 1VDQA 4WL7A 2ZIKA 3HFMY 2MEHA 1DKJA 4KPMA 1LJ3A 4LGKA 5F16A 5LINA 2BQAA 4WM1A 5LXWA 1AM7A 1TEWA 4LT0A 1I20A 1XGQC 4H93A 1GFRA 4NSGA 1GFHA 1HMKA 1YQVY 2FBBA 1UCOA 3LHMA 4NGLA 4ZIXA 1FN5A 1LJIA 1D6QA 2HEFA 1VDPA 1TCYA 1B7RA 2DQEY 3AW6A 4GCBA 4H92A 3ULRA 2RSCA 1SLYA 4LYMA 1AZFA 1G7MC 1LJHA 5FHWA 2ZNXY 2MEGA 1E8LA 1REMA 1GBSA 1YKYX 4OWEA 1EQEA 5C6JA 2DQFC 4ETCA 4HV1A 3A6BY 2PC2A 3A90A 3A6CY 1W08A 1JJ3A 1GFTA 3WXUA 3IJUA 4WO6A 1LZEA 5B07A 4PRUA 1IWWA 2D4KA 3AGGG 4H91A 1PZYA 3LYTA 2DBTA 3EBAB 5E4PA 1B7QA 5F14A 1JITA 1O23A 1HEOA 4PJ2C 1IOSA 5DN5A 1JKDA 1IR7A 4NY5A 1GB5A 4WM2A 1B5VA 1V7SA 5B05A 207LA 1CJ6A 1GAZA 1LCNA 2FYDA 2XTHA 2MEAA 5LVHA 3W6DA 1KIRC 4ANRA 4NEBA 1LOZA 1WTNA 2FYCA 1JJ0A 1GBOA 3CQLA 1IC5Y 4NFVA 3TMVA 1J1OY 3ATOA 4WG1A 3J4GA 3TXBA 2YBIA 1C45A 1MLCE 5KXYA 2EPEA 1OUHA 5LIOA 1OUJA 1C7PA 1LZ8A 1ZVHL 3WUAA 1UIHA 5KXWA 3AGHA 1G7JC 1B7OA 4OW1A 1LYZA 1JSFA 5KXPA 2F4AA 1NBYC 2YBLA 1WQQA 3A92A 4HPEA 2NWDX 1OUFA 1OUIA 1CNSA 4GN4A 5KKJA 5LYZA 1LSMA 5APDA 2D4JA 4GCEA 4LT2A 1N4FA 4L41A 4P2EA 3TXIA 6LYZA 2W1LA 3AB6A 4NGVA 1LKSA 5HNLA 1VDTA 3HBDA 2BQJA 5LVJA 1LMQA 2DQAA 1KXWA 4IASA 1LHKA 1LZSA 2G4QA 2Z12A 3TXKA 2YBHA 3A8ZA 3M3UA 1JTPL 4HJYA 1BQLY 3TMUA 1NF5A 5A3EA 3FI7A 4Z3MA 1FLWA 1GHLA 2MEDA 4D9ZA 3A34A 2LZTA 4HP0A 1GFAA 1AKIA 4YM8A 1IWVA 4QGZA 1UICA 7LYZA 4N5RA 4TX7A 5LYTA 2Z19A 2Z38A 2LYZA 1HSWA 2N5ZA 2AUBA 1B9OA 3A3RX 4QEQA 5LA5A 4PRQA 4OWHA 4HTQA 4WL6A 1XEKA 1ZMYL 1XFPL 4AGAA 1IR9A 4H9EA 1LJNA 5KKIA 1BVXA 1JIYA 1KIPC 4XENA 4I8SA 1GF8A 2D6BA 1GE3A 1GXXA 1DPWA 4AXTA 3ATNA 4DT3A 1C43A 1OQMA 3RT5X 4NGYA 2F2NA 5C6LA 4H8ZA 1LYSA 4O34A 4ET9A 4H9AA 4GLVA 2XJWA 5APFA 1IX0A 3AGIA 1HF4A 4XJHA 5DLAA 1GFEA 4NWHA 1CJ8A 3IJVA 4CFOA 3WXTA 1LSGA 1GB9A 4BAFA 1B5ZA 3CB7A 2A7FA 1I56A 1OUBA 1XGUC 1HENA 5KXZA 3J6KA 1BWHA 2BQIA 1VFBC 1LSYA 4DD7A 3B0KA 1B5XA 1LHLA 4MCKA 4H94A 1NBZC 4RW2A 135LA 2BPUA 2C8PA 2CDSA 3TXHA 1LZ6A 1LZ1A 1GF4A 1REXA 2MEFA 4N9RA 1IR8A 3F6ZA 3WYHA 2B5ZA 1LSAA 5IELA 1WQRA 2H5ZA 4NWEA 1HEMA 1KXYA 3WPJA 1WQOA 2XBSA 1IC7Y 3B6LA 1GE1A 2GV0A 1F6RA 5I4WA 2MEBA 5IHGA 3AZ5A 1NMMA 2X0AA 5D5CA 1DZBX 1REZA 3WL2A 1NDGC 1D0MA 4HJVA 5EBHA 1LHJA 5KXXA 3RNXA 1JWRA 1IOTA 2W1XA 1IIZA 1IP2A 1GF0A 1JJ1A 1GXV2 4NHSA 5D5FA 5B1FA 3P66A 3T6UA 1LMPA 2IFFY 1LZYA 1JEFA 1OUAA 208LA 5HMVA 1IP1A 1OUGA 3W6BA 1WVVA 1GE4A 4B0DA 2G4NA 1LZGA 1KXXA 1LYYA 1RE2A 2BLYA 3G3BB 2IHLA 4M6DA 5KXSA 4KXIA 3W6FA 1BWJA 4B4IA 3TXFA 4H9FA 4A7DA 4GCFA 4LFXA 4NGIA 4PHIA 5LYMA 5FSTA 1YANA 1BGIA 2CGIA 2XBRA 4ZFPA 5KXKA 1JISA 4NGZA 1REYA 4PGJB 4N8ZA 5A3ZA 1GWDA 4WLYA 1UIFA 2LYOA 5B06A 5L9JA 3WULA 1LHIA 1GB3A 2I6ZA 1LJFA 4ETDA 1GE2A 5KY1A 4B1AA 4QDNA 2BQOA 1GBWA 3IWRA 4GCDA 4ETAA 4WOAA 4YF2A 1B2KA 5C6IA 5HNCA 4I0CA 3A3QA 4HJZA 3AJNA 3BKVA 1A4VA 1G7IC 1LYOA 4HV2A 1DI3A 1GB2A 2HU3A 4H9HA 1DPXA 2Y8PA 1TAYA 5FELA 4G49A 2DQGY 1V7TA 4X3BA 3ZVQA 4YEOA 4MSTA 4OWCA 1HFZA 2BQLA 1F0WA 1OP9B 1TBYA 3RU5A 2YBJA 5I5QA 4ET8A 1YIKA 3GXKA 4BS7A 2HUBA 1CKDA 5E9RA 1XGRC 4DD2A 1UIGA 1YILA 1OUCA 1HC0A 1GF3A 3LN2A 3D3DA 4XN6A 4WM4A 3WW5A 3HBHA 1NQIA 4HTKA 4NG1A 5F9UA 4CFPA 1J1XY 1CJ9A 3P65A 1T6VL 1BHZA 3WVXA 1RFPA 4CGEA 1H6MA 2HEAA 1FLUA 3T36A 3QE8A 1LZTA 1LHHA 1WTMA 4RLMA 4LYCA 4R0FA 4IATA 2BQNA 4TSBA 5FDJA 1LZCA 5IDDA 1LSCA 1HMLA 3EMSA 5FEKA 1YAOA 1CKGA 4J7VA 1GDXA 1CJ7A 1H87A 1D0LA 1LMNA 1IEEA 4NSIA 1YL0X 4H90A 2C8OA 1FKQA 1LKRA 1IP4A 1QDTA 1I1ZA 2BQBA 1B5UA 2CWIA 4GCCA 4XJFA 2BQFA 3B0IA 3SP3A 4XJBA 2ZIJA 4ETBA 5F81A 1NDMC 4G4HA 4NGJA 4OOOA 2DQHY 1RI8B 3LYOA 3VWOA 3A95A 5AMYA 4IJ4A 1G7HC 4LYZA 3OK0A 1GFGA 1P2CC 3A96A 4HSFA 2ZYPA 5KXNA 3ZEKA 1DI4A 1HSXA 4NHQA 3OJPA 4TUNA 5I53A 1HFYA 4GLAA 1C08C 1GBYA 2EKSC 3B0OA 3CSQA 3HBEX 4G4CA 4BAPA 4WMGA 4NSJA 1JTTL 3RW8A 1HEPA 1VATA 4B4JA 1Z55A 1BWIA 1HNLA 1BB5A 1JKBA 4N0JA 3N9CA 3TXEA 4DD3A 1IWUA 1LZNA 4WO9A 1B7PA 5ILCA 4NGOA 2FBDA 4H1PA 1XSFA 1BB7A 2MEIA 1WQMA 1QTKA 1IY4A 5I54A 1CKHA 5FCPA 4J0LA 1LJGA 1WQPA 5L3IA 2Z2FA 1GAYA 4NSHA 1INUA 1HEQA 5K7OA 5APCA 1LMCA 1YKZX 4NHPA 5F9XA 2BQCA 1LSEA 3TMWA 4TSCA 1B5WA 1QTEA 4H9BA 4WM6A 1GBXA 4C5FA 1CKCA 4DD0A 2LZ2A 193LA 4H9IA 3W6CA 3AZ4A 1F6SA 1LAAA 2D91A 2DQJY 1JKCA 2WARA 4UWNA 1QUTA 1LPIA 1MELL 3N9AA 3TXJA 1GBZA 4LT1A 4LYBA 4OWAA 1JKAA 2DKVA 2YDGA 1BB4A 3TXGA 1LJEA 1GFJA 5ILFA 2HTXA 3D9AC 4GN3A 1IP6A 3A94A 1IY3A 1LZAA 4TWSA 4TTDA 3KAMA 1HFXA 3CT1A 3N9EA 1AT5A 3WUNA 1BB6A 1LJKA 4H8XA 134LA 1JTOL 1LSPA 4LT3A 4CHXA 1FLQA 1DI5A 1UIDA 1YAQA 2HECA 4WG7A 4E3UA 2EIZC 2YVBA 3TMXA 5J7CA 4PPOA 2F30A 1YAMA 3P64A 4YOPA 4ML7A 1IWYA 4WM3A 4Z46A 2Z2EA 1UUZC 2LHMA 1WQNA 3TXDA 4NG8A 1GE0A 5HMJA 2H9KA 1EQ5A 1LJ4A 4XYYA 2BQGA 4H9CA 4XJDA 1LSDA 1NHEA 4J1AA 1QSWA 2I26L 1LZRA 1TDYA 5L3HA 1GPQC 1HEWA 3QY4A 4OOTA 1J1PY 1JUGA 5DN4A 2W1YA 4B4EA 2Z37A 3LZ2A 5LA8A 3A91A 1B7LA 2BQKA 1DKKA 1LZBA 4ETEA 1KIQC 4KT3A 5DM9A 3E3DA 1G7LC 1IWXA 1EQ4A 2A7DA 1VEDA 3CSZA 4RDSA 4R6CA 1GB6A 5LVIA 4DDCA 5APEA 1FDLY 1LSZA 3MGWA 5T3FA 4UWVA 1UA6Y 1XGPC 4XADA 5HQ1A 4LYTA 5B1GA 3BKHA 1B0DA 1AT6A 1GFUA 1OUEA 3CSRA 2ZYCA 4FDYA 1D0KA 4EMNA 2W1MA 4G9SA 3P68A 1GDWA 4GN5C 1HELA 2YBMA 1ZV5L 3WUMA 4DYGA 1NWGA 5HLLA 4W94A 4DD1A 1LZ4A 2HEEA 4WM5A 4U3XB 1GF9A 3WH1A 1ALCA 2I25L 3GXRA 2DQDY 2BQMA 2HEBA 1NKHA 1GF6A 2BQHA 5LVKA 5LVGA 3A93A 1GFVA 1GEVA 3A67Y 3LZTA 3AYQA 1IP7A 4XJIA 4XJGA 5II3A 2ZQ4A 5B59A 5JENB 154LA 1D6PA 1YL1X 4HTNA 4DD9A 2LYMA 1IP3A 1B7SA 1FKVA 4LZTA 3ZVQB 3FE0A 5KXMA 132LA 4YEMA 1LSFA 1BB3A 2HU1A 1UBZA 3WU8A 1B7MA 2HEDA 1DXJA 4NGKA 2H9JA 4HPIA 1A2YC 5LAGA 1VAUA 4NHIA 1T3PA 3CT5A 1GF5A 4W96A 9LYZA 1LZ5A 1QUSA 4H8YA 1FBIX 2EQLA 2YBNA 1RJCB 3AZ6A 3AW7A 3LYMA 2F4GA 153LA 3WPKA 1FLYA 1JHLA 1UIEA 4WLTA 4CJ2A 4UWUA 1IOQA 1C10A 3G3AB 5KJ9A 4Z98A 1EL1A 6LYTA 3AZ7A 1ZVYB 2MEEA 1IP5A 1GEZA 1IO5A 1GB8A 1UIAA 5M1YA 2BQEA 2G4PA 4YENA 4ZEEA 1IWZA 4II8A 1IWTA 8LYZA 2ZNWY 1GD6A 1PS5A 4NGWA 4RLNA 4DDAA 1LHMA 3W6AA 3WW6A 4DC4A 3WVYA 4B49A 5I4XA 1C46A 4C3WA 1LMAA 4NIJA 4N1EI 2ZWBA 3W3EA 1WVUA 2BQDA 1IOCA 4FJRA 4RW1A 3LYZA 1F10A 5KXOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EOFA 4DWXA 213LA 4N1CC 4W51A 2F32A 130LA 4Z41A 1QUGA 3HH3A 5KXTA 3L2XA 3WPLA 2D4IA 3B72A 5I4YA 1YROA 3CT0A 1L25A 1SX7A 1P5CA 1C6HA 1LMTA 1T6HA 2Q0MX 3K3TA 1LZ9A 1CV0A 138LA 4KL7A 1QT5A 3EO5A 1LJJA 3WU9A 2DQCY 1RCMA 1SQ2L 1P46A 4KPMA 181LA 155LA 1L98A 201LA 1TEWA 4LT0A 1I20A 2O7AA 1PQKA 1XGQC 3SB5A 1HMKA 4ZIXA 1FN5A 1LJIA 3AW6A 2HEFA 1VDPA 2OU9A 1B7RA 230LA 3ULRA 4LYMA 1LJHA 1REMA 5C6JA 3A90A 1JJ3A 3GUOA 1L27A 4WO6A 5B07A 1IWWA 2D4KA 3AGGG 1PZYA 1JITA 1HEOA 1O23A 4PJ2C 4I7QA 1IR7A 207LA 1C6DA 3W6DA 1P64A 2RBOA 178LA 4ANRA 2OU8A 2FYCA 209LA 1L07A 1GBOA 3CQLA 4WG1A 1LPYA 2EPEA 1CX6A 4OW1A 1LYZA 1NBYC 140LA 1CNSA 4GCEA 1N4FA 3AB6A 4NGVA 1VDTA 3HDEA 3D4SA 2Z12A 3TXKA 2YBHA 1BQLY 1NF5A 3FI7A 1L67A 1GHLA 4D9ZA 1UICA 4TX7A 2Z38A 1HSWA 3A3RX 4OWHA 4WL6A 1G1VA 1XFPL 1LJNA 5KKIA 1G1WA 4XENA 2D6BA 1C43A 1OQMA 3GUJA 4NGYA 5C6LA 4ET9A 1L0KA 4GLVA 4H9AA 1IX0A 1HF4A 219LA 189LA 1CJ8A 1L31A 259LA 3WXTA 1GB9A 1I56A 3J6KA 3GUMA 1B5XA 4MCKA 4H94A 3TXHA 2BPUA 1LZ6A 1GF4A 4N9RA 3F6ZA 1IR8A 1QTDA 3WYHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CJL A;  4EOF A;  1DQJ C;  4DWX A;  1GF7 A;  1LMO A;  4DDB A;  3RZ4 A;  4N1C C;  4J1B A;  1GB0 A;  133L A;  3WU7 A;  1D9U A;  1QDR A;  1JPO A;  3WMK A;  4Z41 A;  1XEI A;  2BLX A;  5KXR A;  5KXT A;  3WPL A;  2D4I A;  3B72 A;  5I4Y A;  1HER A;  1OUD A;  1IVM A;  1YRO A;  3CT0 A;  1W6Z A;  5LAF A;  1UIB A;  2YSS C;  3EXD A;  4QY9 A;  1UC0 A;  1YAP A;  5KXL A;  2Z39 A;  2ZIL A;  1B5Y A;  4BAD A;  1GB7 A;  1UAC Y;  4WLD A;  1LMT A;  1QSA A;  5DL9 A;  1B7N A;  1LSB A;  3QNG A;  2Q0M X;  4NHT A;  4MR1 A;  3P4Z A;  3K3T A;  1YKX X;  1LSN A;  1LZ9 A;  1IOR A;  1LZD A;  1HHL A;  2Z18 A;  4WLX A;  4M4O A;  1BVK C;  1GFK A;  4LYO A;  1XGT C;  1QIO A;  4KL7 A;  3M18 B;  194L A;  2VB1 A;  4G4B A;  3EO5 A;  1JSE A;  2MEC A;  2ZQ3 A;  4OWB A;  1QQY A;  1LJJ A;  3WU9 A;  2DQC Y;  1RCM A;  1IC4 Y;  1VDS A;  4LFP A;  1XEJ A;  2BAA A;  1SQ2 L;  1LTM A;  1CKF A;  3W6E A;  2DQI Y;  1VDQ A;  4WL7 A;  2ZIK A;  3HFM Y;  2MEH A;  1DKJ A;  4KPM A;  1LJ3 A;  4LGK A;  5F16 A;  5LIN A;  2BQA A;  4WM1 A;  5LXW A;  1AM7 A; 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 3CT1 A;  3N9E A;  1AT5 A;  3WUN A;  1BB6 A;  1LJK A;  4H8X A;  134L A;  1JTO L;  1LSP A;  4LT3 A;  4CHX A;  1FLQ A;  1DI5 A;  1UID A;  1YAQ A;  2HEC A;  4WG7 A;  4E3U A;  2EIZ C;  2YVB A;  3TMX A;  5J7C A;  4PPO A;  2F30 A;  1YAM A;  3P64 A;  4YOP A;  4ML7 A;  1IWY A;  4WM3 A;  4Z46 A;  2Z2E A;  1UUZ C;  2LHM A;  1WQN A;  3TXD A;  4NG8 A;  1GE0 A;  5HMJ A;  2H9K A;  1EQ5 A;  1LJ4 A;  4XYY A;  2BQG A;  4H9C A;  4XJD A;  1LSD A;  1NHE A;  4J1A A;  1QSW A;  2I26 L;  1LZR A;  1TDY A;  5L3H A;  1GPQ C;  1HEW A;  3QY4 A;  4OOT A;  1J1P Y;  1JUG A;  5DN4 A;  2W1Y A;  4B4E A;  2Z37 A;  3LZ2 A;  5LA8 A;  3A91 A;  1B7L A;  2BQK A;  1DKK A;  1LZB A;  4ETE A;  1KIQ C;  4KT3 A;  5DM9 A;  3E3D A;  1G7L C;  1IWX A;  1EQ4 A;  2A7D A;  1VED A;  3CSZ A;  4RDS A;  4R6C A;  1GB6 A;  5LVI A;  4DDC A;  5APE A;  1FDL Y;  1LSZ A;  3MGW A;  5T3F A;  4UWV A;  1UA6 Y;  1XGP C;  4XAD A;  5HQ1 A;  4LYT A;  5B1G A;  3BKH A;  1B0D A;  1AT6 A;  1GFU A;  1OUE A;  3CSR A;  2ZYC A;  4FDY A;  1D0K A;  4EMN A;  2W1M A;  4G9S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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