1DPJA

The structure of proteinase a complexed with ia3 peptide inhibitor
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDTENGGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGWTGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDLGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEINASE A
publication title The aspartic proteinase from Saccharomyces cerevisiae folds its own inhibitor into a helix.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 90
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 1999-12-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1dpjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1dpjA02
1SGZA 5P8KA 4YOAA 3OU4A 2G26A 4QJ8A 5P74A 1BVGA 1K1TA 2ZJIA 5P8GA 5P8SA 4XX3A 1B5FA 5C9DA 3O9HA 4YA8A 1RNEA 4R92A 3BHEA 2OAHA 4QJAA 5P7CA 5P0RA 3NLSA 3QIHA 5JODA 5OYSA 2HS1A 3LIVA 2NMZA 5P6OA 3NDXA 4DQEA 1C6XA 3H5BA 3LPKA 4RLDA 2I4WA 4EQJA 2ZHSA 3K5DA 4TRZA 3OADB 4Y43A 3TNEA 1KJHA 4QJ6A 3VYFA 2NTRA 2PSVA 5C9FA 5P4MA 5P0AA 1YTIA 2AZ9A 5P1XA 2Q15A 1FIVA 5P46A 3UHLA 1MT8A 2WF4A 1LV1A 5P11A 1IZIA 5P0KA 3K4VA 4TRWA 5P8AA 2NNPA 4TVHA 2JJIA 4Y4EA 2G1NA 5P8TA 4B77A 4Y50A 3T11A 4KUPA 4GJ8A 2R3WA 2J9KA 2JYSA 4QJ2A 1ZSRA 4JOOA 3OUDB 5P05A 1XL5A 3D91A 5P7DA 1ZPKA 4FRSA 3RTNA 1DAZC 5AH9A 3TPRA 5KR1A 4LAPA 3HVPA 5HU1A 2IENA 5P7EA 4GB2A 3NWXA 4FS4A 1FQ4A 4I8WA 5AH7A 3WZ7A 1F7AA 2F81A 5OZ2A 3VLAA 1K6TA 5COKA 5OZKA 3QP0A 3UDHA 5P3JA 1FQ5A 1BWAA 4IVTA 2I4XA 1HEGE 2B42A 3TH9A 1FQXA 3LZVA 1T6EX 2BB9A 1K2BA 2I0AA 1G2KA 4Y5NA 5ISJA 5P6SA 4Y3YA 5P3XA 5P22A 5OYZA 2G1YA 5AHBA 3DCRA 5P2UA 4OD9A 5P80A 5P8RA 4Y3EA 3EC0A 2QMPA 1HSGA 2SAMA 4NJUA 3UQUA 3AUPA 4EJDA 3G6ZA 4J5JA 3ZKNA 3BRAA 1EBZA 4RRSA 1HXBA 2QAKA 2G27A 5COOA 3QRMA 5OZUA 3OQAA 3S54A 4A6BA 2FGVA 1ODWA 4ER1E 3OHHA 4OBZB 4RCEA 1QRPE 5KQZA 4R91A 4DJXA 3QRVA 2QD8A 4A4QA 4DQHA 4DJQA 4GJ9A 1BDLA 2G20A 1E80E 5P14A 4B72A 4RRNA 3NR6A 3IAWA 5P6RA 2IEOA 3IN4A 4ZSRA 5DR8A 5P0SA 2BPWA 5P5KA 4S1GA 1EBKC 1LF4A 1M0BA 3QN8A 5P1PA 5JFPA 3GI0A 1FQ6A 5P7MA 2A4FA 4MC9A 2PYNA 3S43B 2RSPA 5J25A 2VJ9A 4FSEA 4K9HA 3ZPTA 1LZQA 4XKXA 3UDJA 4Y44A 5P2ZA 3UDNA 1T3RA 3PWMA 3VSXA 3VF7A 5DQ5A 3O9IA 3OUBA 1HWRA 4B0QA 2V16C 4FE6A 2AVOA 5P4KA 5IE1A 2B8LA 2Q55A 1AXAA 2BPXA 2VIZA 4OC6B 5P32A 3FKTA 2FDEA 4YHQA 5APRE 4EQ0A 3NSHA 3LZSA 1G35A 3PI0A 2PWCA 4B05A 3U7SA 2VA6A 2QZKA 3APPA 5P3GA 3UPJA 2ASIA 4LL3A 3EBZA 2WHHA 5P3SA 3OUCA 3FNTA 5I3VA 5P81A 2G1OA 1W5YA 2OHSA 3PMYA 2V00A 3HAWA 4J1EA 2VIYA 2IS0A 2FIVA 4EP3A 5P34A 1HIHA 3S56A 4EPJA 3TPLA 1ZSFA 4Y3JA 5P1VA 5P8OA 3ZPSA 2OHRA 1D4JA 4Q1WA 5P2SA 2V12C 1MTRA 5OZPA 1FF0C 4Z2ZA 1IZHA 1UPJA 3OAGB 5P09A 5OZJA 1A30A 5P0NA 2QHZA 3SM1A 1YX9A 3O9BA 1LYBA 4LC7A 1G6LA 2IKUA 2ZJNA 4RROA 1E81E 2Q11A 3I7EA 5P1RA 4MC2A 3UFNA 4Y3AA 4IVSA 2AOCA 4Y5EA 4Q1YA 5P59A 5P5EA 1D4IA 3U6AA 3I6OA 4I12A 3U71A 5P63A 2BBBA 5OYVA 3NWQA 5P7OA 5T4SA 3PSGA 4Y36A 1EC1A 4APRE 3PM4A 1W6IA 2F80A 5P1NA 2RMPA 5P02A 5P82A 3KDCA 2QI3A 3WZ6A 3NYGA 5KOSA 1ODYA 1IZEA 3UQRA 1NPVA 3ZKIA 5P62A 5P1EA 4CPQA 4J1CA 4AA8A 1QBUA 3ER3E 1MRXA 5P57A 3HDKA 2QI0A 2G94A 1J71A 1C6YA 3CMSA 3OGQA 4NPTA 3NU4A 4Y4AA 5P30A 3PGIA 4L7GA 3GI4A 2BQVA 5E5JA 4D89A 3OQDA 4Y3MA 5P7LA 4DVFA 5P0WA 3QI1A 4L1AB 1SMRA 3CKTA 5OYRA 4B00A 3K5FA 4FM6A 2P3DA 5P8JA 5P6DA 5DR4A 5P53A 4Y53A 1W50A 2VIEA 4YDFA 3TKWA 3NU9A 1XE5A 2HB4A 4PZWA 5OZZA 3D1XA 5P3IA 3SA6A 4Y4ZA 4Y4WA 4X2LA 2A1EA 5P7JA 3HW1A 2QMDA 2P83A 5P28A 1EEDP 3FIVA 4TRYA 5P56A 4HLAA 5P5IA 3R1GB 5CLMA 5OZFA 1K6CA 4DQBA 2I4QA 3EL9A 5P5CA 1GVWA 4NJSA 4B1DA 3HVGA 5OYTA 5P0TA 5P3CA 5OZSA 3LNKA 1OEWA 1UH7A 3OOZA 3EL5A 2Q54A 5AGZA 2UPJA 3R2FA 2V11C 2V10C 2OHUA 2FDPA 5SY2A 5P0FA 1DMPA 1MSNA 3K5CA 2PK6A 2IL2A 5P29A 5DPZA 5DR7A 3UDYA 4Y4XA 5P61A 4YE3A 1PPKE 3ER5E 4X7IA 1YM4A 3NU3A 5P77A 3C9XA 5P27A 4J0ZA 1SBGA 5P7GA 2IRZA 2HPFA 1SDTA 1AVFA 2XFKA 3PBZA 2AODA 3AIDA 1EBWA 3D1ZA 5P0JA 5P3ZA 3O99A 3PJ6A 5P45A 1MRWA 5P84A 3OXWA 3O9FA 3S53A 4M8XA 3O9EA 5P6FA 3IVHA 5P8PA 4Q1XA 3G72A 3IN3A 5OZ6A 3ECGA 3WB4A 1HEFE 2OHNA 1HVJA 3URLA 5KOQA 5P54A 5JFUA 1MESA 5EZZA 1RL8A 1AZ5A 3SA7A 5OZLA 2AZCA 3NDWA 3KM4A 4QJ9A 6FIVA 1BWBA 4R8YA 1HVHA 3ZPUA 4LXAA 5P3PA 1DW6C 3ZLQA 5P20A 2PC0A 5P73A 4HEGA 5JG1A 5P5BA 1HBVA 2AOGA 4UPJA 2O4PA 1HTFA 4FRJA 4GJBA 4DPFA 4QLHA 5P1CA 5P6AA 4APEA 1BV7A 1YTHA 5P06A 3NXNA 2OHMA 3OXXA 4ACXA 3QS1A 3LIXA 1W51A 3EKQA 3MSKA 1META 5OZWA 2F3FA 5P25A 5P35A 2O4LA 1YG9A 1IVPA 3BVAA 5P26A 4Y3RA 3L5DA 3PCZA 3URIA 4ZSQA 2ZDZA 2V0ZC 3UCBA 5P5RA 5P7WA 5P7UA 3BXSA 4DFGA 1FFIC 4YCYA 2RENA 2CENA 3PWRA 2HS2A 1MERA 3PMUA 3FX5A 3L3AA 1FLHA 5P7NA 3UDQA 1K2CA 1FMUA 3SQFA 5I3WA 3IXJA 3S45A 5P48A 5IVTA 2VJ7A 2WECA 3BXRA 4Y38A 1Q9PA 3L5CA 4J55A 3O9CA 3I2LA 1EPRE 3D20A 5P2JA 1IVQA 3ST5A 3OUAA 2EWYA 4GJDA 5HDXA 2WEBA 2OHTA 1B6LA 1SDVA 4K4QA 5P4IA 4CPTA 1APUE 3NXEA 4YBFA 4I0FA 2OHLA 3QAAA 3UQXA 3S7LA 5OZBA 1HPVA 4Y5GA 3EKVA 5P1QA 1HTGA 5P3VA 3ZL7A 1EPPE 1HVKA 3DJKA 2G21A 3DV1A 4Y56A 5SZ9A 2NXDA 5P2RA 5OZEA 5P5GA 3KYRA 3QVIA 4NKKA 4M8YA 3PI5A 5P5MA 3APRE 5P00A 5OZ4A 3PWWA 4FL8A 2Q63A 5P3NA 5IVSA 4DI2A 3FNUA 2HB2A 3Q5HA 4ZPFA 1ODXA 1AJXA 4RVIA 5OZ5A 4HZTA 4U7VA 4Y4GA 1TSQA 3SACA 3F9QA 5P87A 5P44A 4Y3LA 3ZKXA 5OZ7A 5P1DA 5P5FA 4I11A 1YTGA 2O40A 5P23A 1LYAB 5OZ9A 5P4QA 5P7QA 5P6NA 5KR2A 2FXEA 4Y3NA 5P8EA 4B78A 4LBTA 1AIDA 3DUYA 5P2EA 3EKPA 5P68A 5P42A 5DR1A 1ZJ7A 4J54A 3SKFA 1HVIA 2R3TA 3KF0A 5I3XA 3PB5A 5P0OA 1CPIA 4FIVA 4PZXA 1NSOA 5HD0A 5P4UA 1EPQE 3MSLA 2ER0E 4DQCA 3UQPA 3QROA 5ENMA 1BVEA 5P0UA 4GJCA 1YTJA 5P0PA 2VIJA 1KJ7A 1DIFA 4F73A 2OHPA 3Q4BA 4J17A 5P43A 1IBQA 5P2DA 3NU6A 3L38A 4HE9A 5P7SA 1NPAA 4WTUA 5P6HA 4CPSA 2OHKA 4EXHA 4Y51A 3OU1A 4JECA 2HB3A 1SP5A 3JW2A 2ZJMA 4XXSA 2IKOA 1XN3A 5OZYA 4YD6A 5HDVA 1PSAA 1RQ9A 5P3BA 1SIVA 2HM1A 3EL1A 3PBDA 5P3UA 2QMFA 3ZMGA 1IIQA 3KFPA 5OYQA 4I0DA 3SABA 4OBFA 5P1OA 2P8HA 4OBJA 2RKGA 4ZPEA 5P3WA 4Y39A 3KFNA 3GGUA 5P10A 5P76A 2J9JB 5P4OA 3EKYA 4H3JA 2R38A 4KB9A 5DQ1A 5P79A 2Q5KA 4Q5MA 4Y5BA 1XE6A 5HCOA 3SAAA 3KN0A 3TPPA 2FGUA 3O9LB 1MVPA 3OUDA 2B8VA 5AH8A 1IZDA 4J1HA 2O4NA 5HE5A 2NNKA 5P64A 4FCOA 5OZXA 1MT9A 1BBSA 4Y45A 5HDZA 4J1KA 2QU3A 5P4HA 1APTE 5P4TA 1NH0A 5ENKA 4BFDA 5P37A 2G22A 1MPPA 5P1IA 1TCXA 1EC2A 2VS2A 4Y54A 2QZXA 2H6TA 5P7HA 5F00A 1KJGA 4Y4DA 6UPJA 1SDUA 5OYYA 1MEUA 5P7RA 2I4UA 5P8HA 3B80A 3Q3TA 2QD7A 4J1IA 5P19A 1AAQA 4Y6MA 4EXGA 1HHPA 5DQ2A 5AHCA 5P5NA 2AZBA 5P8VA 2I0DA 2ZJHA 3VLBA 3MXDA 3BC4A 4U8WA 1FKNA 3RTMA 5KR8A 1EC3A 2P4JA 2PWRA 4LXMA 4JPCA 4GZFA 2QU2A 4Y3XA 5P86A 1PPLE 3T7PA 4DPIA 5P2XA 5P88A 4R5NA 2QZWA 3PHVA 5P36A 4AUCA 1MIQA 4GIDA 3GW5A 5P1KA 4ZLSA 4OBZA 4CP7A 1SIPA 5P4DA 1GVXA 4FRIA 4K4RA 5P4AA 5OZQA 1D4HA 4Y3DA 2QP8A 3CKRA 4RGHA 2WL0A 2B60A 1GNMA 5P69A 1QDMA 4GJ7A 5P52A 1D4YA 5P15A 5OZOA 5P5TA 4I8ZA 3TOHA 1BXOA 5P5JA 5P38A 4I10A 2NXMA 3KA2A 5P2AA 4MC6A 5P83A 1HVSA 3HZCA 3PLLA 4Y58A 5P50A 1GVTA 4Y5LA 5P0HA 5P6QA 2CEJA 4EHCA 5KQFA 5P5AA 2XYFA 3SLZA 5OZNA 3WB5A 2R43A 4MC1A 5P2VA 2MIPA 3R4BA 3EM3A 5P0MA 5P13A 3UQWA 3VSWA 1WBKA 1BDQA 3VF3A 5HDUA 3EKXA 3GI5A 3RU1A 2P3BB 2O4KA 3LIQA 1B6JA 5P0VA 1A9MA 5DR0A 4CKUA 1C70A 2VKMA 1SGUA 5P2IA 4J0TA 4D83A 4DJPA 5P66A 3EMYA 3L59A 4RVJA 3GGXA 4YD7A 1EPNE 5P4YA 1LS5A 2I1AA 5P8NA 2G1RA 5AH6A 5P4NA 3VFBA 3T3CA 1QBSA 3H0BA 1ZTZA 3KDDA 1VIKA 3O9DA 3CKPA 3TTPA 4ER2E 4RVXA 4EJ8A 3OAGA 1A8KA 2APRA 3I8WA 1XDHA 1E82E 1HVRA 3HLOA 1G0VA 5DQCA 1QBTA 3K5GA 4I0IA 2ZE1A 3OY4A 3HD8A 2FXDA 4D8CA 4DJYA 2VA7A 4Y4TA 3IXOA 1XL2A 5P6CA 2QI6A 3EKTA 5P1ZA 5P7IA 1PROA 2XFIA 3DOXA 5OZVA 4B1CA 2QI1A 3LITA 4RZ1A 2I4DA 5P39A 2AOEA 9HVPA 3SKGA 5DGWA 8HVPA 1SMEA 4Y4JA 1IDBA 4RCFA 3GI6A 4PYVA 3VV7A 1GNOA 5P4RA 2ZHRA 2ER6E 5P0QA 2PSGA 1HPOA 5OZ0A 2WF2A 3BGBA 3NDUA 4F75A 1LYWB 4J0PA 1WKRA 4EWOA 5P6YA 3QRSA 1A8GA 4FRKA 3VFAA 3S85A 3PVKA 3LHGA 2AOIA 3EKWA 4CPXA 3TL9A 4ZEAA 3SA3A 4CPWA 5AHAA 4I1CA 5SY3A 5P6BA 2WF3A 1K6PA 5COPA 4QGIA 4L6BA 2ER7E 4L1AA 2R8NA 2AZ8A 5P4VA 3UF3A 5C9BA 3INHA 5P5VA 3KT5A 5P1YA 2PH6A 1OEXA 1B6PA 4HVPA 5P8QA 3WZ8A 5P72A 2G69A 5P5YA 5P8UA 1T6GA 4YBIA 5P8LA 1APVE 3OK9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SGZ A;  5P8K A;  4YOA A;  3OU4 A;  2G26 A;  4QJ8 A;  5P74 A;  1BVG A;  1K1T A;  2ZJI A;  5P8G A;  5P8S A;  4XX3 A;  1B5F A;  5C9D A;  3O9H A;  4YA8 A;  1RNE A;  4R92 A;  3BHE A;  2OAH A;  4QJA A;  5P7C A;  5P0R A;  3NLS A;  3QIH A;  5JOD A;  5OYS A;  2HS1 A;  3LIV A;  2NMZ A;  5P6O A;  3NDX A;  4DQE A;  1C6X A;  3H5B A;  3LPK A;  4RLD A;  2I4W A;  4EQJ A;  2ZHS A;  3K5D A;  4TRZ A;  3OAD B;  4Y43 A;  3TNE A;  1KJH A;  4QJ6 A;  3VYF A;  2NTR A;  2PSV A;  5C9F A;  5P4M A;  5P0A A;  1YTI A;  2AZ9 A;  5P1X A;  2Q15 A;  1FIV A;  5P46 A;  3UHL A;  1MT8 A;  2WF4 A;  1LV1 A;  5P11 A;  1IZI A;  5P0K A;  3K4V A;  4TRW A;  5P8A A;  2NNP A;  4TVH A;  2JJI A;  4Y4E A;  2G1N A;  5P8T A;  4B77 A;  4Y50 A;  3T11 A;  4KUP A;  4GJ8 A;  2R3W A;  2J9K A;  2JYS A;  4QJ2 A;  1ZSR A;  4JOO A;  3OUD B;  5P05 A;  1XL5 A;  3D91 A;  5P7D A;  1ZPK A;  4FRS A;  3RTN A;  1DAZ C;  5AH9 A;  3TPR A;  5KR1 A;  4LAP A;  3HVP A;  5HU1 A;  2IEN A;  5P7E A;  4GB2 A;  3NWX A;  4FS4 A;  1FQ4 A;  4I8W A;  5AH7 A;  3WZ7 A;  1F7A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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