1DPWA

Structure of hen egg-white lysozyme in complex with mpd
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Crystallization, structure solution and refinement of hen egg-white lysozyme at pH 8.0 in the presence of MPD.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dpwA00
1IWZA 1INUA 1KXXA 1IWXA 1D0MA 2NWDX 5EBHA 1UCOA 1YAPA 1LMNA 1HELA 4H9BA 4HP0A 4B0DA 3K3TA 4NFVA 1DPWA 5KXLA 1LZ8A 2HU3A 4OOTA 5KKJA 4DT3A 1IOQA 3CT1A 1PS5A 3A6CY 1DKKA 1B5XA 4ET8A 5FCPA 4HJVA 3B0IA 4HTQA 5ILFA 3QNGA 1SQ2L 1D0KA 1G7IC 2Z37A 1TEWA 5I54A 1A4VA 1UIBA 1HF4A 1GF9A 2PC2A 2Q0MX 1NBYC 5KKIA 2BQMA 135LA 2MEHA 1UIDA 3LYTA 5IDDA 193LA 1CKGA 1O23A 1WQNA 1OUHA 2HTXA 2MEFA 4GCBA 5D5FA 5KXXA 2MECA 4WOAA 4AXTA 1FN5A 3P68A 1HFZA 1IC4Y 5KXTA 1CKCA 4LZTA 2DQIY 1J1OY 1OUEA 2W1XA 4WG1A 4GLVA 2XTHA 3P65A 1LJJA 4N1CC 1LSGA 4NGVA 4NG1A 3AZ4A 3OJPA 1QTKA 5LVIA 1LHJA 1YANA 2ZWBA 4X3BA 1GBOA 3TMUA 4B4IA 4Z3MA 5HMJA 2A7DA 4PRQA 2DQAA 4L41A 4WM3A 2DQGY 3T36A 4G49A 2D4IA 5KXYA 5IELA 3FI7A 1IX0A 5FSTA 1GF6A 1YL1X 3LN2A 4H91A 1JTOL 2BAAA 1VDSA 2BPUA 2DQCY 4HJZA 4NHIA 4CHXA 1DKJA 1LSZA 3QE8A 4G4HA 2YVBA 1REYA 4HPIA 4HTKA 1XGPC 5HNLA 5LAGA 1JKDA 4DC4A 5LA8A 1GD6A 9LYZA 153LA 3AZ6A 4LT0A 3W6AA 4DD3A 2N5ZA 2BQLA 1GB9A 4N9RA 4I8SA 1OUJA 1WTMA 2BQNA 1F0WA 1H87A 1C43A 1JJ3A 3WPJA 3A3RX 3EO5A 3EXDA 5KXWA 1GBSA 3W6EA 5LIOA 2D91A 4GCEA 1QUSA 4YOPA 2YBIA 3AZ5A 1BWIA 4HTNA 5HLLA 4XYYA 1UA6Y 5B1GA 4DD0A 1IORA 4GCCA 1LJEA 4FJRA 2EKSC 3RNXA 3ZVQB 2LZTA 3HBDA 4J1AA 4DD9A 2ZIKA 3WW5A 5I4WA 4DYGA 1IWVA 1LKSA 3E3DA 1GE0A 1W6ZA 4YEOA 5A3EA 4G4BA 4W96A 5HQ1A 1UICA 1AZFA 3T6UA 3GXKA 4BAFA 4WL7A 1KXYA 2FYCA 4BS7A 2BQKA 2BQAA 2FYDA 2CDSA 1B7NA 4WL6A 1GB8A 1LZTA 5E9RA 4EOFA 4J1BA 4NHSA 1KIPC 1QTEA 1YAOA 3A90A 1UIFA 5DM9A 1FKQA 1OUFA 1LSNA 1GDWA 1B9OA 4H1PA 4NGLA 1IP6A 5C6JA 1JHLA 3G3BB 1IO5A 1QIOA 4NG8A 1B0DA 2DQJY 1CJ6A 4XJFA 1BWHA 3WU8A 1LSBA 4HPEA 4OW1A 3ZVQA 4C5FA 4NSGA 2BQOA 5D5CA 1LSCA 5FELA 2BQBA 5HMVA 1I1ZA 1UC0A 3N9EA 2G4QA 4ETEA 1F10A 1JJ0A 4NGWA 3ATOA 1IOCA 1LPIA 2F4AA 4LYCA 1IC7Y 1JKAA 4DD2A 1IR7A 2ZNXY 3A92A 1W08A 2DBTA 2IFFY 2Z12A 4TUNA 5KXOA 2BQIA 2Z2FA 1BVKC 1LSAA 2LZ2A 1GBXA 1ZVYB 1LZBA 1IP7A 3P4ZA 4IASA 4IJ4A 1KIRC 1LSEA 133LA 1G7HC 3D9AC 4H8XA 1GXXA 3FE0A 1GFUA 1YKXX 4M6DA 4NHPA 1V7TA 3W6BA 1IWWA 3RZ4A 2G4PA 2Z38A 2XJWA 5DL9A 2EIZC 1T3PA 5LVJA 4WM1A 1LYZA 2GV0A 4ET9A 1HEOA 4XENA 1FLYA 4RLMA 1GFKA 3WUAA 3AZ7A 1GDXA 1FBIX 3CQLA 4RDSA 4WG7A 1DZBX 5C6LA 1WQPA 4GCDA 4J7VA 2I26L 5L9JA 1RE2A 2W1LA 5FEKA 4M4OA 4LYMA 4LYBA 5C6IA 2EPEA 2MEIA 4H90A 3WUMA 2ZNWY 4HJYA 1C7PA 1GAZA 4H94A 1LZAA 132LA 1XEIA 4KPMA 1E8LA 4QY9A 1WQMA 1BHZA 1LZYA 3N9AA 3W6CA 1XSFA 4WLTA 1GE4A 1AT6A 2LYOA 5T3FA 3W6FA 4LT1A 5ILCA 4KXIA 5F9XA 1GE2A 5LVGA 1G7LC 1XEKA 3AGIA 2B5ZA 3G3AB 3SP3A 5K7OA 5II3A 1MELL 2YBNA 5LYMA 1JSEA 3A34A 3B0KA 5FDJA 4TX7A 1JPOA 3ZEKA 2LYZA 1HEPA 1WTNA 2Z2EA 1UBZA 1FKVA 4B49A 4H9HA 4NGZA 1B5ZA 1D9UA 2ZIJA 1AKIA 1VAUA 2I25L 4FDYA 5B59A 3M3UA 1LJKA 4BAPA 1YKYX 1OUBA 6LYZA 1QQYA 1GEZA 2BQEA 4PGJB 3W3EA 1IIZA 3TXJA 2I6ZA 1IY3A 1REZA 5KXRA 4DD7A 1GFHA 1RFPA 4YENA 2F4GA 1UACY 3WVXA 1IOTA 2Z39A 3IJUA 1GBZA 1HEWA 4H93A 4R0FA 3WPKA 4MR1A 2MEAA 4LT2A 1GFVA 4ETCA 207LA 1GB5A 1QDTA 4NWEA 5E4PA 5L3HA 1LJIA 1YIKA 1XGUC 2W1MA 1NWGA 1BQLY 4ANRA 3TXKA 1BVXA 1WVVA 2D4JA 2HEFA 1IC5Y 1NDMC 3AW7A 2CWIA 4DDAA 3AJNA 1WQQA 2D6BA 4RW1A 3TMWA 1F6SA 4AGAA 5LAFA 4WLYA 1B5UA 4OWHA 1D6QA 1B5VA 4O34A 1OUGA 5L3IA 1GB6A 5LVHA 4UWVA 5I4XA 4W94A 5LXWA 3VWOA 3WVYA 3AGHA 4LFPA 4N5RA 3WPLA 1TAYA 1XGTC 4P2EA 4XJIA 1B5YA 1VFBC 1HENA 4TSBA 4LYTA 4NY5A 2BLYA 1GBYA 1ZVHL 1IP2A 208LA 3A94A 4WLDA 1LMCA 2YSSC 1OQMA 4HSFA 5I5QA 4II8A 4NHTA 4Z46A 1DPXA 1SLYA 1VEDA 1HC0A 2IHLA 1EQ5A 1UIAA 5J7CA 1LYYA 1A2YC 1REXA 3A8ZA 4H8YA 4QDNA 1IP3A 194LA 2YBLA 1QSAA 4OWEA 4H9EA 4OWCA 3TXGA 1LZ5A 5LINA 1CJ8A 2BQDA 1B5WA 3LHMA 3J6KA 2F2NA 2MEBA 1B7SA 2YBJA 1GF0A 3B6LA 5KXKA 1IEEA 1JWRA 1B2KA 4NIJA 2DKVA 3HBHA 1JKCA 4NSIA 1B7OA 1LHLA 4WM5A 1IWYA 2BQGA 1GF7A 1ZV5L 3A91A 4B4EA 4Z98A 4IATA 1LHMA 3RW8A 1IWTA 1LSYA 5F81A 3AB6A 1OP9B 4KT3A 5LYZA 4XJGA 2MEGA 4DDBA 1HFXA 4H9FA 3M18B 4CFPA 4WM4A 1TBYA 4RW2A 1LSFA 1LZCA 1OUIA 1UIEA 1IWUA 1DI5A 2RSCA 1EL1A 1QUTA 4TSCA 4PHIA 4CFOA 1IR9A 3AW6A 1LTMA 2HECA 4OOOA 4PPOA 2DQHY 1GF3A 1OUCA 1CJ7A 3A67Y 3AGGG 4H92A 4ETBA 4H9AA 5F14A 1HNLA 1GFAA 4MCKA 4QEQA 1BB6A 1GEVA 4ML7A 2HEDA 1C46A 3GXRA 1HERA 5FHWA 1LZ1A 5KY1A 2FBDA 1GAYA 4XN6A 1GFRA 1LZRA 134LA 1GHLA 1LYSA 4UWNA 2A7FA 3IWRA 2HEBA 4A7DA 1JUGA 1JSFA 1LSPA 2YBHA 1DQJC 4GN4A 1LJHA 4XJBA 2G4NA 2HUBA 3B72A 2YDGA 3TXFA 3A3QA 1BB4A 2X0AA 3OK0A 3TXIA 3ATNA 1FLQA 1BGIA 3HBEX 4U3XB 5HNCA 6LYTA 1GPQC 5B05A 1EQEA 1UIHA 1LZ9A 5F9UA 1JITA 1LKRA 2YBMA 5B1FA 4I0CA 1GB3A 1HMLA 1H6MA 1XGQC 4NGOA 1B7QA 8LYZA 154LA 4NSHA 4Z41A 1LJ3A 1GFTA 1LSMA 2BLXA 3CSRA 2F30A 4YF2A 1IP4A 1LYOA 1GB7A 4UWUA 3TMXA 4ZEEA 7LYZA 3WXUA 4LT3A 5LYTA 3P64A 1WQOA 1LOZA 3A96A 1REMA 4PRUA 4ZFPA 2DQDY 4CGEA 2FBBA 1JIYA 4OWAA 1C45A 3WW6A 4ETAA 2C8PA 1B7LA 2MEEA 3CB7A 1GF5A 5DN5A 2AUBA 2D4KA 3LZTA 3TXBA 5KJ9A 1P2CC 5JENB 1I56A 3P66A 1GBWA 1LZ6A 1LSDA 1QSWA 1G7JC 5APCA 5DLAA 4J0LA 5DN4A 1LJGA 1UUZC 3WU9A 4NSJA 1B7RA 2W1YA 4N8ZA 1DXJA 3MGWA 1VDTA 1YILA 1F6RA 2XBRA 3QY4A 4H9CA 1LZGA 1VDQA 3BKHA 3CT5A 1IR8A 1HEQA 1OUDA 1YROA 1AT5A 2H5ZA 1XEJA 4YM8A 2BQHA 1IP1A 1NHEA 2MEDA 5KXPA 3WXTA 5APEA 3WL2A 4DD1A 1HFYA 1BWJA 1HHLA 3CT0A 1CNSA 4NGKA 5A3ZA 3LYMA 3BKVA 5I4YA 4C3WA 1CKFA 2DQEY 5APFA 1UIGA 1KIQC 1NBZC 1LMPA 4N0JA 1TDYA 3WYHA 1T6VL 1XGRC 2WARA 4NGIA 1GWDA 3LYOA 1VATA 3F6ZA 1BB3A 1B7PA 2LYMA 1LZEA 1LZSA 1IVMA 5LVKA 1LHKA 1NKHA 1DI3A 4LYOA 5B07A 1LZDA 3N9CA 4GCFA 5I53A 4NWHA 3TXHA 3WUNA 4ZIXA 4NGJA 5LA5A 1ZMYL 1YL0X 2Z18A 4XADA 5KXMA 5KXZA 4B1AA 1CKHA 1FLUA 3EMSA 2ZILA 4G4CA 4WLXA 2HEAA 4YEMA 4XJDA 3ULRA 5AMYA 4WM6A 1IY4A 1GFJA 1FDLY 1LHHA 4LGKA 2BQJA 1GF8A 1LMTA 1GXV2 3WU7A 1HSXA 1QDRA 1JEFA 1EQ4A 1D0LA 1V7SA 1JISA 4WO9A 1NQIA 1LAAA 1NDGC 1JKBA 1LZNA 2HU1A 4D9ZA 1J1XY 5IHGA 1FLWA 5M1YA 1B7MA 1PZYA 3RT5X 2LHMA 4NGYA 5KXSA 2Z19A 4KL7A 3IJVA 3TXEA 1LZ4A 1YAQA 2XBSA 4GLAA 2VB1A 3D3DA 1BB5A 4LYZA 1G7MC 1GFEA 4MSTA 1LMQA 3EBAB 1RCMA 4TWSA 1GE1A 4BADA 2C8OA 4H8ZA 1CJ9A 1GB0A 2CGIA 2ZYCA 3A93A 1LMAA 1TCYA 1WQRA 1HMKA 2ZQ4A 2ZQ3A 1N4FA 4OWBA 2CJLA 4XJHA 1C10A 1LJNA 2EQLA 1HEMA 4GN3A 4NHQA 1LCNA 1ALCA 1YKZX 4PJ2C 1JTTL 1BB7A 1LJ4A 4DWXA 4ETDA 3A95A 2H9JA 4E3UA 4WO6A 2DQFC 3W6DA 1GE3A 3WH1A 1LHIA 1J1PY 1RI8B 1GB2A 1GFGA 4H9IA 4CJ2A 5APDA 1MLCE 1CKDA 2H9KA 3LYZA 4QGZA 5F16A 1Z55A 1NF5A 1YQVY 3TMVA 4B4JA 3J4GA 2HEEA 1JTPL 4TTDA 1LMOA 4WMGA 3CSZA 1I20A 3LZ2A 1AM7A 1LJFA 4G9SA 3WMKA 3WULA 4EMNA 3KAMA 4N1EI 1IOSA 4R6CA 4WM2A 1NMMA 3AYQA 4GN5C 1YAMA 2BQCA 4DDCA 3HFMY 3RU5A 4HV1A 1WVUA 4LFXA 1GF4A 2ZYPA 3A6BY 4HV2A 5KXNA 1DI4A 1JJ1A 3TXDA 2BQFA 1C08C 4RLNA 5B06A 3CSQA 1KXWA 1VDPA 1XFPL 2Y8PA 1D6PA 3B0OA 1IP5A 1OUAA 1HSWA 4NEBA 1RJCB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1INUA 1JTMA 1KXXA 3HT6A 5EBHA 205LA 1YAPA 3HUQA 3HU8A 1HELA 4HP0A 1LYHA 5KXLA 2HU3A 2F2QA 4DT3A 5KKJA 1PS5A 1B5XA 3B0IA 1D0KA 1PQIA 1GF9A 3VW7A 4E3UA 1OUHA 1CX7A 1HFZA 1LYGA 4W55A 4WG1A 3P65A 2B70A 195LA 1C60A 4NG1A 145LA 1L60A 4EKSA 4Z3MA 4G49A 2D4IA 5KXYA 4H91A 231LA 1VDSA 4CHXA 3QE8A 149LA 1XGPC 2OEAX 2BQLA 127LA 4LDOA 4N9RA 1L49A 1L66A 1L31A 1OUJA 2BQNA 1CX6A 5LIOA 2D91A 1QUSA 2YBIA 1BWIA 5B1GA 4EXMA 1L43A 1SSWA 1CU5A 4I7NA 158LA 3RNXA 1L69A 3HBDA 3WW5A 5I4WA 4DYGA 1LKSA 4YEOA 5A3EA 4W96A 3OE0A 3GXKA 1C66A 2BQAA 1B7NA 1OVHA 4DAJA 1GB8A 5E9RA 1KIPC 3A90A 3NY8A 4H1PA 1B9OA 3G3BB 1D2WA 251LA 2HUKA 4XJFA 3WU8A 4C5FA 5FELA 2BQBA 3N9EA 4ETEA 1JJ0A 2RBNA 1IC7Y 1JKAA 3NY9A 1IR7A 4ARPA 3A92A 2DBTA 1L72A 2Z12A 3HT7A 4TUNA 1BVKC 4ZPUA 2B73A 4IJ4A 1G7HC 1L70A 4NHPA 3RZ4A 1C6HA 2Z38A 2XJWA 2EIZC 1LYZA 2GV0A 3HUKA 4XENA 1FBIX 3GUIA 4RDSA 5C6LA 4J7VA 2ZNWY 1LZAA 3HT8A 1WQMA 2LYOA 3W6FA 5ILCA 1GE2A 5LVGA 3AGIA 1XEKA 3GUOA 4I7KA 3A34A 1JPOA 3ZEKA 1L64A 4NGZA 3HH6A 1L20A 5B59A 4BAPA 174LA 159LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IWZ A;  1INU A;  1KXX A;  1IWX A;  1D0M A;  2NWD X;  5EBH A;  1UCO A;  1YAP A;  1LMN A;  1HEL A;  4H9B A;  4HP0 A;  4B0D A;  3K3T A;  4NFV A;  1DPW A;  5KXL A;  1LZ8 A;  2HU3 A;  4OOT A;  5KKJ A;  4DT3 A;  1IOQ A;  3CT1 A;  1PS5 A;  3A6C Y;  1DKK A;  1B5X A;  4ET8 A;  5FCP A;  4HJV A;  3B0I A;  4HTQ A;  5ILF A;  3QNG A;  1SQ2 L;  1D0K A;  1G7I C;  2Z37 A;  1TEW A;  5I54 A;  1A4V A;  1UIB A;  1HF4 A;  1GF9 A;  2PC2 A;  2Q0M X;  1NBY C;  5KKI A;  2BQM A;  135L A;  2MEH A;  1UID A;  3LYT A;  5IDD A;  193L A;  1CKG A;  1O23 A;  1WQN A;  1OUH A;  2HTX A;  2MEF A;  4GCB A;  5D5F A;  5KXX A;  2MEC A;  4WOA A;  4AXT A;  1FN5 A;  3P68 A;  1HFZ A;  1IC4 Y;  5KXT A;  1CKC A;  4LZT A;  2DQI Y;  1J1O Y;  1OUE A;  2W1X A;  4WG1 A;  4GLV A;  2XTH A;  3P65 A;  1LJJ A;  4N1C C;  1LSG A;  4NGV A;  4NG1 A;  3AZ4 A;  3OJP A;  1QTK A;  5LVI A;  1LHJ A;  1YAN A;  2ZWB A;  4X3B A;  1GBO A;  3TMU A;  4B4I A;  4Z3M A;  5HMJ A;  2A7D A;  4PRQ A;  2DQA A;  4L41 A;  4WM3 A;  2DQG Y;  3T36 A;  4G49 A;  2D4I A;  5KXY A; 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 1LZN A;  2HU1 A;  4D9Z A;  1J1X Y;  5IHG A;  1FLW A;  5M1Y A;  1B7M A;  1PZY A;  3RT5 X;  2LHM A;  4NGY A;  5KXS A;  2Z19 A;  4KL7 A;  3IJV A;  3TXE A;  1LZ4 A;  1YAQ A;  2XBS A;  4GLA A;  2VB1 A;  3D3D A;  1BB5 A;  4LYZ A;  1G7M C;  1GFE A;  4MST A;  1LMQ A;  3EBA B;  1RCM A;  4TWS A;  1GE1 A;  4BAD A;  2C8O A;  4H8Z A;  1CJ9 A;  1GB0 A;  2CGI A;  2ZYC A;  3A93 A;  1LMA A;  1TCY A;  1WQR A;  1HMK A;  2ZQ4 A;  2ZQ3 A;  1N4F A;  4OWB A;  2CJL A;  4XJH A;  1C10 A;  1LJN A;  2EQL A;  1HEM A;  4GN3 A;  4NHQ A;  1LCN A;  1ALC A;  1YKZ X;  4PJ2 C;  1JTT L;  1BB7 A;  1LJ4 A;  4DWX A;  4ETD A;  3A95 A;  2H9J A;  4E3U A;  4WO6 A;  2DQF C;  3W6D A;  1GE3 A;  3WH1 A;  1LHI A;  1J1P Y;  1RI8 B;  1GB2 A;  1GFG A;  4H9I A;  4CJ2 A;  5APD A;  1MLC E;  1CKD A;  2H9K A;  3LYZ A;  4QGZ A;  5F16 A;  1Z55 A;  1NF5 A;  1YQV Y;  3TMV A;  4B4J A;  3J4G A;  2HEE A;  1JTP L;  4TTD A;  1LMO A;  4WMG A;  3CSZ A;  1I20 A;  3LZ2 A;  1AM7 A;  1LJF A;  4G9S A;  3WMK A;  3WUL A;  4EMN A;  3KAM A;  4N1E I;  1IOS A;  4R6C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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