1DPXA

Structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Crystallization, structure solution and refinement of hen egg-white lysozyme at pH 8.0 in the presence of MPD.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dpxA00
2W1YA 1LZDA 1B2KA 4HP0A 4UWNA 4OWAA 1LSEA 1IWTA 1YANA 1LSMA 2IHLA 2MEBA 1LSYA 3MGWA 2DQIY 4II8A 5B06A 3W6DA 4DDAA 1AKIA 1T3PA 4HJVA 4QEQA 4WLYA 4DYGA 1B5YA 1OUBA 2EKSC 4N1CC 3WVXA 1YKZX 1AT6A 4ETAA 3TXBA 5IELA 3G3BB 4LFXA 2G4PA 1LZ5A 2GV0A 5LYTA 3FE0A 4WO9A 1GBOA 2DKVA 1QUSA 1HERA 4LYBA 1UIBA 2D4IA 1GFKA 4NIJA 2Q0MX 4L41A 1LSZA 1QTKA 4PJ2C 1WQOA 2BLYA 1UIGA 4KL7A 4WL6A 1XGTC 3TXKA 1TCYA 4H9HA 3P65A 1CNSA 1AM7A 1VDTA 3P68A 1F10A 4OWCA 5KJ9A 3B72A 3TXIA 4GCDA 5F9UA 1GFRA 5B07A 1F6RA 4P2EA 2C8PA 1YAQA 3IWRA 5LAGA 1IWZA 2BLXA 1GWDA 1VAUA 1Z55A 4WM6A 1P2CC 4YF2A 1GFGA 1H87A 1HENA 4XENA 5KKJA 4H9CA 1NQIA 5HLLA 1TBYA 2MEHA 4IASA 3TMWA 2Z19A 3A6CY 3CT5A 1LZ4A 2DQHY 4M6DA 1IO5A 3B0KA 5DL9A 1HEOA 3A92A 1OUCA 2G4NA 4CGEA 1GFAA 2DQJY 1EQ4A 4J1BA 3WPLA 4NGYA 4PGJB 1HFXA 4H94A 2DBTA 4N0JA 3A67Y 1YKYX 134LA 1HNLA 1I1ZA 4DDCA 1LJNA 3QE8A 3WW6A 4GCEA 5C6JA 1D6QA 4NSHA 1IC4Y 5D5CA 1VFBC 4U3XB 3RZ4A 1C08C 1B7NA 1BWHA 1OUAA 4LYZA 1GE3A 4GLAA 3IJUA 4NHPA 1D9UA 2F30A 2BQGA 3AJNA 1DKJA 3KAMA 1PZYA 5M1YA 1WQQA 3AW7A 2Z39A 2H9KA 1CJ8A 1LSPA 1FN5A 4ETBA 7LYZA 4M4OA 1JTTL 1FLWA 4NHIA 2FBDA 1RI8B 5I4WA 4LT2A 1GE1A 2HU1A 2MEGA 5EBHA 5HQ1A 1LHLA 4B49A 1GE4A 5FDJA 4I0CA 1GF6A 4HTQA 4H90A 2YVBA 4XJGA 2HECA 4C5FA 4NSIA 5LYMA 4N9RA 1HMLA 1C10A 4KPMA 2Z2FA 1GDWA 3A6BY 1KIRC 1HEQA 1LJ3A 2CWIA 4ANRA 5KXMA 3T6UA 1UCOA 4Z46A 1GD6A 4NGIA 4GN5C 1BB4A 1ZVYB 3E3DA 4CFOA 4NHQA 5K7OA 1CKFA 2W1XA 1OUEA 2YBHA 5KXPA 4H9EA 1LPIA 3HFMY 3RU5A 5I4XA 4NGOA 3B0OA 8LYZA 5LVGA 1CKGA 1F6SA 1GB8A 3W6BA 1B0DA 1DQJC 4Z41A 1LHKA 1OUGA 1LZAA 1LZEA 1YKXX 2DQCY 1JITA 4H8YA 1VEDA 2CGIA 5KXRA 4G4HA 4HV1A 3LHMA 3CB7A 2BQAA 1HSWA 1GDXA 4NHTA 3GXRA 2ZWBA 3TXGA 1B7MA 4ZIXA 2VB1A 1LOZA 1HFZA 1D0MA 1JIYA 1GB9A 2BQMA 2HU3A 4W96A 3TXJA 1GBZA 1UC0A 4H9IA 4TUNA 3A96A 5B1FA 4NSJA 1QDRA 2D91A 4NGVA 1LZ1A 1GF5A 2ZNXY 2Z18A 5E9RA 1LZ6A 4ZFPA 1IX0A 3A90A 2I6ZA 5LVJA 5B1GA 1YAOA 1UA6Y 1E8LA 2NWDX 4H91A 1QUTA 1GB0A 2YBIA 3W6FA 4OOTA 1LJJA 1HFYA 1OP9B 3LYTA 3W3EA 1HSXA 4J1AA 4YOPA 4XN6A 5HMVA 1JJ3A 1LYZA 1CKDA 1JKBA 1JSEA 3ULRA 4DC4A 5FELA 1NWGA 4NFVA 4ML7A 2B5ZA 2BQHA 1DKKA 1LJ4A 2BQEA 2YBJA 3J4GA 2Z37A 1DI3A 3A3QA 3A8ZA 4PRQA 3WL2A 1D0KA 1IY4A 2CDSA 194LA 4NWHA 2HEAA 3A91A 3SP3A 1F0WA 2MEDA 1RE2A 3TXHA 4BAPA 4PPOA 4J0LA 1GEZA 1GBXA 2ZYPA 1OQMA 4LT0A 2DQGY 3TXDA 5B59A 4H9AA 3N9EA 3D3DA 1GB7A 2EIZC 1C46A 4YEOA 1WQRA 1IP3A 1KXXA 3J6KA 1GBSA 4OWHA 1DI4A 1LZCA 5I54A 4IJ4A 3AZ6A 3BKVA 3HBDA 1QSWA 4UWVA 3CSZA 1JJ0A 1JTOL 4TSCA 1IR9A 3GXKA 1ZVHL 3P66A 3BKHA 4J7VA 4ET9A 1CKHA 1LAAA 4G4CA 5T3FA 1LJIA 4H92A 5F9XA 3WXUA 4ET8A 1AZFA 3W6EA 1TAYA 2G4QA 1XGPC 1D0LA 1LHHA 1BB7A 1GB2A 4HTNA 2BQDA 1ZV5L 1HEMA 4N5RA 5APEA 1GFHA 4ETEA 5KXKA 2Z38A 1LSFA 1WQNA 1LMOA 4H93A 1WVVA 4LYTA 1HF4A 1IWVA 1BB3A 5FSTA 1KXYA 2DQAA 4NSGA 4PHIA 1JWRA 1J1PY 2ZQ4A 1IP4A 4YM8A 1OUJA 1XSFA 1LMAA 2D6BA 2H5ZA 4LZTA 4B1AA 1JJ1A 5DM9A 5I4YA 5LAFA 4KT3A 1H6MA 5LVKA 132LA 1JKAA 5LYZA 1IWXA 2Y8PA 5KXNA 5KXSA 4B4EA 2AUBA 4Z3MA 4LYOA 4XADA 4XJDA 5LA8A 5APDA 3N9AA 5F81A 1NDGC 2YBNA 4LFPA 4NGJA 4XJFA 1G7JC 1WTMA 1B5ZA 1HEPA 2HEBA 1B7PA 1SLYA 6LYZA 1QQYA 1FLUA 1UBZA 3F6ZA 1LSGA 1BB5A 4E3UA 2D4JA 4HJZA 1UIFA 1MLCE 3WPKA 4DD0A 1HMKA 3WPJA 4WLTA 4ETCA 3CT1A 4UWUA 1LZGA 4WOAA 4B0DA 2X0AA 3WMKA 2DQFC 1B5UA 3ZVQB 1BGIA 3WU9A 1B5WA 4WM5A 1LZNA 3IJVA 3EXDA 5KXZA 1G7HC 1IVMA 1NMMA 1JPOA 1LSBA 6LYTA 2LZTA 1IP1A 1RCMA 4NHSA 3AGIA 1GFUA 3AW6A 1NBYC 2CJLA 2ZQ3A 5B05A 9LYZA 2ZILA 1YIKA 4MSTA 4O34A 2BQIA 2F4GA 4WM2A 3TXFA 1HC0A 1I56A 2BQOA 1B5XA 1EQ5A 5II3A 1LZSA 1YILA 4W94A 1D6PA 1YAMA 1W08A 2I25L 4GN4A 4H8XA 4WL7A 1DPWA 4OWBA 4DDBA 3LZ2A 1LZYA 2Z12A 3AZ4A 5I53A 1B7LA 2BQCA 1FLYA 4C3WA 1LJEA 3P4ZA 1GBYA 4HJYA 2ZYCA 3RT5X 1NBZC 4EMNA 1IP6A 4NWEA 1LSCA 3ZEKA 4QDNA 2BQJA 1JEFA 4OWEA 1UIHA 1B9OA 3W6CA 2HUBA 1CKCA 1LZ9A 2Z2EA 2A7DA 4X3BA 5L9JA 1B7SA 1IR7A 1VDQA 2N5ZA 2FBBA 2HEFA 4WG1A 5E4PA 2MEIA 3B6LA 1LZTA 4HV2A 5KY1A 1GF8A 4QY9A 4NG8A 5LXWA 5C6LA 1LJFA 1LSAA 1REZA 2DQEY 2BPUA 1B5VA 3A3RX 4TSBA 1KIQC 3TMVA 5IHGA 3ATOA 153LA 5KKIA 1REMA 1G7MC 1QSAA 2LHMA 4DD1A 1GFTA 2ZIKA 4WMGA 4MR1A 4AXTA 3LYMA 1LYYA 4QGZA 5LIOA 1KIPC 1NKHA 1VATA 2H9JA 3QNGA 2HEDA 2MEFA 1QTEA 1GE2A 2W1MA 4TTDA 4IATA 3AZ5A 1XEJA 1XEKA 4G9SA 4H9BA 1GF4A 1WVUA 1WQPA 5APCA 3WYHA 1QIOA 1CJ6A 4XJBA 2ZNWY 4ETDA 3VWOA 1LYSA 1LYOA 2BQFA 3EO5A 1G7IC 135LA 3A95A 1GFVA 1IWUA 1RFPA 1GFJA 4H1PA 3WVYA 3WU8A 4TX7A 1IORA 2BQBA 2XBRA 2FYCA 1XEIA 4NGWA 4G4BA 2EPEA 4WLDA 3CSRA 1FDLY 1IP7A 1GF0A 4WM1A 3W6AA 3WUAA 1O23A 1GAZA 4BADA 4XJIA 4RLNA 1LKRA 1BWJA 3M3UA 3AB6A 1IC7Y 4DT3A 4I8SA 1JTPL 3N9CA 3WULA 1C7PA 1HEWA 1EL1A 2MEAA 1TDYA 4WLXA 1RJCB 4B4JA 5FCPA 1HELA 4ZEEA 1LSDA 5APFA 1LZBA 1IIZA 1LKSA 1NF5A 1G7LC 4HPIA 2RSCA 1B7RA 4OOOA 1UIDA 3HBEX 2HTXA 1KXWA 1LJGA 4YEMA 3B0IA 1LHIA 1GB5A 133LA 4GCFA 3WW5A 3K3TA 1LJHA 4H8ZA 1WTNA 1LHJA 3WH1A 4KXIA 1CJ9A 2FYDA 1GXXA 5L3HA 3CSQA 2C8OA 4GN3A 1DXJA 1LMCA 1IEEA 1MELL 2YBLA 2W1LA 1GAYA 1JUGA 3A34A 4Z98A 5LVHA 5F14A 193LA 4GCCA 1INUA 4DD7A 1IP2A 2MECA 1N4FA 1QDTA 1OUDA 1GFEA 1NDMC 208LA 5I5QA 1IOQA 1VDSA 1YROA 3WUNA 3G3AB 1LMQA 4DD2A 1UACY 3HBHA 1GPQC 3WXTA 3LN2A 5C6IA 4LGKA 4PRUA 4CFPA 1WQMA 3ATNA 2XBSA 3FI7A 4R0FA 5LA5A 4NEBA 1GF7A 1BVKC 2LYZA 4FJRA 5FHWA 4TWSA 2LZ2A 4BAFA 5HNLA 4RDSA 4H9FA 207LA 4GLVA 2LYMA 1UICA 1BB6A 5JENB 2YBMA 5DLAA 3RW8A 3WU7A 1IWYA 2DQDY 3AYQA 1XGUC 5IDDA 1A2YC 4CJ2A 1GHLA 1A4VA 2XJWA 4HSFA 4WM3A 5KXXA 4CHXA 3LYOA 3T36A 1GE0A 2PC2A 3EMSA 3LZTA 4XJHA 1ALCA 4XYYA 1LMPA 1EQEA 1LSNA 2XTHA 1GXV2 4DD3A 1GB3A 2EQLA 2HEEA 3AGGG 1UUZC 1GF9A 5DN4A 3A93A 1DZBX 5J7CA 5ILCA 2BQNA 5KXLA 1JHLA 1XGQC 5KXOA 3TMXA 4OW1A 2BQLA 3WUMA 2F2NA 1YL0X 1VDPA 1JSFA 1BWIA 4NGZA 1LHMA 5A3EA 1YL1X 1B7QA 1XGRC 3AGHA 1IY3A 1IWWA 5LVIA 4GCBA 4MCKA 5KXWA 1FKVA 4WM4A 1CJ7A 4BS7A 1LMTA 4LYMA 4N1EI 4NY5A 5ILFA 5LINA 4LT1A 1GEVA 1IC5Y 1FKQA 2WARA 1OUIA 4FDYA 4RW2A 4YENA 5KXYA 1IOSA 4D9ZA 4A7DA 1LZ8A 4EOFA 3M18B 3QY4A 1ZMYL 5AMYA 154LA 1J1XY 1C45A 1J1OY 1BHZA 1YAPA 4LYCA 1BQLY 4NG1A 2F4AA 1FLQA 3CT0A 1GBWA 1LJKA 4HPEA 4AGAA 4NGLA 5HNCA 4RW1A 4DWXA 1DI5A 3AZ7A 4NGKA 4WG7A 5L3IA 1HHLA 1LCNA 2IFFY 4RLMA 3RNXA 4G49A 1XFPL 1PS5A 1YQVY 5F16A 2BAAA 5HMJA 1IP5A 2BQKA 4HTKA 1B7OA 3EBAB 4R6CA 1LTMA 1TEWA 2YSSC 2ZIJA 1OUHA 5A3ZA 1LZRA 3ZVQA 1GB6A 1C43A 1IOTA 2LYOA 3LYZA 1LMNA 1FBIX 1UIEA 4N8ZA 1NHEA 1V7SA 1IOCA 3OK0A 4DD9A 1SQ2L 1UIAA 1REXA 4B4IA 3OJPA 2A7FA 1V7TA 3P64A 3D9AC 3TMUA 1IR8A 1I20A 2D4KA 1BVXA 1JISA 1REYA 1T6VL 5KXTA 3CQLA 1OUFA 1AT5A 1DPXA 2I26L 4WO6A 3TXEA 3A94A 1JKDA 2MEEA 1JKCA 1W6ZA 2YDGA 5D5FA 4LT3A 5FEKA 5DN5A 1GF3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETAA 1YANA 1LSMA 1C63A 5B06A 114LA 1C6EA 3G3BB 2G4PA 1LZ5A 5LYTA 4EKQA 4EPFA 1P37A 209LA 2D4IA 4NIJA 2IGCA 2Q0MX 4L41A 4WL6A 1QTKA 4PJ2C 2BLYA 1UIGA 1TCYA 4H9HA 2RAZX 1F10A 5KJ9A 2NTHA 5B07A 1CU0A 2C8PA 1YAQA 3IWRA 5LAGA 1GWDA 1VAUA 241LA 1P2CC 227LA 4WM6A 1H87A 4H9CA 4IASA 1LGWA 3CT5A 3B0KA 2F47A 1OUCA 2DQJY 109LA 243LA 4NGYA 4N0JA 4H94A 4ARQA 260LA 2RBSA 4DDCA 3WW6A 173LA 4GCEA 1C6PA 199LA 3HT9A 1B7NA 1OUAA 148LE 1C6HA 1C62A 233LA 5LZMA 213LA 1P56A 1PZYA 2RBPA 1L63A 1CJ8A 4NHIA 4DJHA 2FBDA 171LA 1L93A 1GE1A 5HQ1A 1G0PA 1JTMA 4H90A 4XJGA 2HECA 1DYAA 1C10A 4KPMA 3A6BY 4EJ4A 2CWIA 1HEQA 1CVKA 1ZYTA 1L90A 4I7PA 4LDOA 4CFOA 2YBHA 5KKJA 3RU5A 8LYZA 1F6SA 1G1VA 1GB8A 147LA 3W6BA 1LZEA 1YKXX 4HV1A 3CB7A 2BQAA 1GDXA 4NHTA 3GXRA 1C6KA 249LA 1L06A 3TXJA 4W54A 4YXCA 1B6IA 1QDRA 2D91A 1LZ1A 1GF5A 5E9RA 1XEPA 3A90A 2I6ZA 1UA6Y 3W6FA 113LA 1CUQA 1L84A 3RUNA 1L0KA 4YOPA 1JKBA 1NWGA 1C6TA 1LJ4A 2Z37A 3A3QA 1D0KA 1IY4A 2HEAA 1F0WA 2MEDA 4BAPA 4PPOA 4J0LA 158LA 2CUUA 3TXDA 5B59A 1GB7A 2EIZC 1KXXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2W1Y A;  1LZD A;  1B2K A;  4HP0 A;  4UWN A;  4OWA A;  1LSE A;  1IWT A;  1YAN A;  1LSM A;  2IHL A;  2MEB A;  1LSY A;  3MGW A;  2DQI Y;  4II8 A;  5B06 A;  3W6D A;  4DDA A;  1AKI A;  1T3P A;  4HJV A;  4QEQ A;  4WLY A;  4DYG A;  1B5Y A;  1OUB A;  2EKS C;  4N1C C;  3WVX A;  1YKZ X;  1AT6 A;  4ETA A;  3TXB A;  5IEL A;  3G3B B;  4LFX A;  2G4P A;  1LZ5 A;  2GV0 A;  5LYT A;  3FE0 A;  4WO9 A;  1GBO A;  2DKV A;  1QUS A;  1HER A;  4LYB A;  1UIB A;  2D4I A;  1GFK A;  4NIJ A;  2Q0M X;  4L41 A;  1LSZ A;  1QTK A;  4PJ2 C;  1WQO A;  2BLY A;  1UIG A;  4KL7 A;  4WL6 A;  1XGT C;  3TXK A;  1TCY A;  4H9H A;  3P65 A;  1CNS A;  1AM7 A;  1VDT A;  3P68 A;  1F10 A;  4OWC A;  5KJ9 A;  3B72 A;  3TXI A;  4GCD A;  5F9U A;  1GFR A;  5B07 A;  1F6R A;  4P2E A;  2C8P A;  1YAQ A;  3IWR A;  5LAG A;  1IWZ A;  2BLX A;  1GWD A;  1VAU A;  1Z55 A;  4WM6 A;  1P2C C;  4YF2 A;  1GFG A;  1H87 A;  1HEN A;  4XEN A;  5KKJ A;  4H9C A;  1NQI A;  5HLL A;  1TBY A;  2MEH A;  4IAS A;  3TMW A;  2Z19 A;  3A6C Y;  3CT5 A;  1LZ4 A;  2DQH Y;  4M6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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