1DTGA

Human transferrin n-lobe mutant h249e
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
b'KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSETVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mutation of the iron ligand His 249 to Glu in the N-lobe of human transferrin abolishes the dilysine "trigger" but does not significantly affect iron release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRANSFERRIN
source organism Homo sapiens
molecule tags Metal transport
total genus 106
structure length 331
sequence length 331
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA02
2Z23A 4NWCA 1LGBC 1XOCA 1QKBA 1QW0A 2PYYA 1MXUA 2UVJA 1EH3A 1POY1 1A99A 4DE8A 1EZPA 4OFJA 4MH5A 3T22A 3O6GA 1BIYA 5FHOA 4HW8A 2H25A 4GL8A 4U1OA 1VR5A 3B7DA 2F97A 5L9MA 4LVQA 1XC1A 1B1XA 5TPAB 3E13X 3ILTB 3N94A 5H8HA 4Q5TA 2BJJX 1MY3A 4OERA 4EDPA 3VXBA 5I57B 3H6VA 3G3GA 4H8JA 5H8NB 3JYRA 4F31B 4NF5B 1EZOA 1MQHA 4WKMA 5I58A 5J1DA 4F22A 2V93A 1MY0A 4QFOA 4YICA 2ZNTA 5KZTA 3OO8A 4HTGA 2GHAA 4DCXA 1SD3A 3CSGA 4IY5A 2VHAA 1MDP1 2V3UA 4KD5A 1UIUA 2DP8A 3VVDA 1NNPA 3QYTA 3LSLA 2XXHA 1URGA 2I0CA 3OMBA 4EQBA 4QSDA 5F7VA 1A7LA 1PEBA 1YAEA 4NF8B 4YMAA 3O2AA 1MY4A 1USYE 3EF7A 2XX7A 1B5HA 2I3VA 4GLIA 3EQ1A 3G3IA 3L6GA 3IR1A 3PGFA 2PMSA 2NWJA 5AA4A 1R9LA 3S9EA 3O66A 4JWXA 1PBPA 4TOZA 4R74A 2XXTA 1JEUA 1VSOA 1II5A 2Q2CA 1I69A 2XXVA 4XKQA 2ONSA 4P11A 2ZNSA 1AH5A 3WAEA 4BDRA 1MH3A 3ILUB 3QUJA 3GXAA 5EHMA 2RF1A 1M5FA 3BBRA 5LOMA 3H6UA 2DOJA 4ZEIA 3HHFA 3MZ1A 1Y20A 4F1YA 3PMXA 2AL4A 2PVUA 3DELB 4LZ8A 2Q89A 3U93A 4DLDA 4H8IA 5DT6A 3RT8A 1R6ZA 5AA2B 3MZBA 1RYXA 1D4NA 1AMFA 2RC9A 3UN6A 3R7XA 3KBRA 3CRBA 4OQOA 4R6KA 3TPAA 2Z22A 1MQIA 4BDLA 4L17A 5KCJA 1L5TA 5M2VA 1PB8A 1MXXA 3SEUA 1JNFA 3TUSA 3PPOA 1PB9A 5H8QB 5CRYA 3FGSA 4XXUA 2UVHA 3PMVA 3PU5A 2QL3A 3P7IA 1TFDA 2ONKE 3VFJA 2I6EA 4TLLB 3A3CA 4N07A 3H7MA 4ZE9A 5ITOA 4XKPA 3E9XA 3Q25A 1ZIUA 1JW5A 2Y7IA 2HEUA 3MAMA 3UK4A 4OHNA 4UA8A 1TFAA 3MJNA 2DXRA 4ZZEA 2XXXA 3TCHA 4I62A 3SESA 4NF6A 1USYH 1B52A 4ELOA 2QS1A 4M1VA 3Q28A 3HPIA 3TTKA 1OLAA 4YAHX 4JDFA 4R6YA 2HAVA 1XT8A 4KYDA 1Z7NE 4YB6A 3OO6A 3Q26A 1UTBA 4P0GA 1HSEA 1OLCA 3O29A 1ZJLA 3MP8A 1ZTYA 5FTIA 3LSFB 3FXRA 4BDMA 3K00A 2WKYA 3CG3A 3UGWA 3AXFA 3IO6A 5DEXA 2B3BA 1A40A 5FHMA 3R6UA 4C1UA 4GFRA 1NH8A 3S4UA 1PDAA 2F6GA 1IZ1A 2HQ0A 4PFTA 2OWTA 3W9WA 3K6VA 4OYVA 4OZ9A 1QUKA 4KCCA 4XIGQ 4F2QA 1B3FA 2AYSA 4F3GA 3HO7A 3T96B 2Y84A 1MXVA 3MWBA 3SEVA 3PPRA 3RQTA 1D3KA 4XTCQ 4RXLA 4U4SA 4GWOA 2RINA 1US5A 4H1XA 1WDNA 2HZKA 4POWA 4FECA 1BTJA 5ELVA 4LUBA 1N3XA 5H8FA 4LZ7A 4R2BA 1N3WA 4ZEKA 5ISUA 1FTJA 3EHSA 4UACA 1NL5A 5BUUA 4F3PA 3A09A 3FVGA 1XVYA 3OO9A 1P1WA 4NF4A 2I48A 1LFHA 5TU0A 1PB7A 3G3HA 1M5BA 1FQFA 4DXBA 4F19A 2O7UA 1P1UA 2ZYOA 3K4UA 2I4CA 3BFTA 3I6VA 2NVUB 2D21A 3K6XA 4EF1A 3G7WA 4RK9A 4I8CA 2P0SA 1URDA 3O97A 3LR1A 4NWDA 2GRVA 1BLFA 1N04A 1NNKA 1LAFE 4QFLA 4XKRA 1DPPA 4QHQA 5TP9B 2OCUA 4IO3A 3MQ9A 2QMWA 1US4A 3N6TA 2RCBA 1B58A 1SYIA 3VVEA 1VFDA 4H0WA 4Q30B 1MS7A 1MQJA 2XD3A 4QSEA 1BKAA 3KOTA 1DTGA 4KYSA 4R9FA 5I84A 3C32A 2O51A 2A5TA 2VOZA 4IO4A 5DYHA 4F39A 4Z0IA 3CG1A 3W15C 3EHUA 3Q29A 3IK6B 3E3KA 2Q9TA 4QFKA 3D4CA 1IIWA 4LA9A 3TEPA 5ITPA 5CM6A 1T0KA 3V8XB 2D5WA 3T93B 3ODBA 2QJEA 3OSRA 4P0IA 2HAUA 2DWIA 3OO7A 1MY2A 3EPEA 5CMKA 3PD8A 1IEJA 3GBAA 4OWDA 3KG2A 3PPQA 2G29A 2OBGA 3KGCA 2B3FA 3KOSA 1OQHA 4PETA 4O3CA 1MRPA 3H6TA 3MPKA 3M3FA 5JTYA 4TQUQ 4AB6A 1A54A 3TKDA 2RC7A 4MFIA 3KFMA 1FQAA 3GZGA 4ZEFA 5K2XA 1B7ZA 4FAJA 3MW0A 1RYOA 4OTEA 1JEVA 2YPNA 3RT6B 2REGA 2XXPA 3FASA 5DVFA 5AA2D 2HCAA 1LAGE 4NMYA 3TODA 3RUMA 2XX8A 3DP6A 2PX1A 3PPPA 2ZYKA 4E0XA 1H3DA 3VVFA 3DM0A 4MLQA 4EUOA 4K3FA 1B7HA 2E0SA 1HSLA 4YKIA 4ELPA 2F7BA 2R9JA 3VV5A 4BDQA 3PD9A 1FQCA 3UA8A 3K6UA 2XXIA 5TPAA 3CI8A 4OMBA 5I2NB 3TMGA 3JV9A 2XX9A 4G68B 5CBSA 1VE4A 4QF9A 2YLNA 4LZ5A 5I57A 2V25A 4IO5A 5H8NA 4NF5A 3THIA 2Y7RA 2CZLA 3TTLA 2XXQA 1PC3A 2ZMBA 2DXYA 3TZAA 2X26A 1Q1KA 3O28A 3FZVA 2NXOA 3RTFB 4BDOA 4U21A 4RNSA 4X48A 4H67A 3KSXA 5DTBA 1GV8A 4RJZA 5CMCA 2FA7A 4OEVA 4GF8A 4I9DA 5I2KB 3ZS6A 3FV1A 1NH7A 3SDFA 2OWSA 3N6UA 3DLNA 1ZLQA 2H99A 4O3BA 2Y7KA 1IXGA 4X9TA 2Q8JA 1Y3NA 4I1DA 1LB8A 3DP4A 4NF8A 4RYAA 1XHYA 3IL1B 3U72A 3SERA 5L9SA 2G93A 1URSA 2QS4A 1LAXA 1XVXA 2REJA 1TT1A 4NE4A 3IB2A 1Y4TA 4LP2B 1EZ9A 4GL0A 3RNNA 2ZXTA 1AL3A 5CMBA 5AA3A 4AQ4A 3CSBA 3K0VA 4YB5A 2DWHA 3QIMA 3VDFA 2V84A 1UIVA 3TTNA 4E0WA 5B70A 1N76A 2YJPA 4YKKA 2AIXA 2F7AA 1P99A 4DXCA 1HSJA 2OLBA 5L8DA 3RLFE 3LUYA 2ANJA 5AE4A 1M5EA 5HPQA 2DVZA 4OESA 2QRYA 1SW1A 2XHDA 5CBRA 3T9UA 4DIGA 5AA2A 4ESXA 3V89B 4GVOA 1LFGA 4KPTA 1B9JA 5CI5A 3OEMA 2RCAA 1IXIA 4Q8RA 4ZZAA 2F36A 5H8QA 2UYFA 5JK4A 3VE1B 4EXKA 3PV0E 2O6AA 3KZGA 2H9BA 3HHGA 3QK6A 3B6QA 3RGYA 4GXAA 3TQLA 4ISUA 2THIA 3OXNA 4ELQA 1MM6A 3IOTA 1SVXB 4MBPA 1WVJA 3PUVE 2V3QA 4THIA 3C4MA 1JVXA 5KDTB 2H5YA 2GFEA 4F1VA 4R73A 5L9OA 3TTRA 3IJXB 4R6HA 1B0LA 4U4XA 3QAXA 4IO6A 1QKAA 1B32A 4X1DA 1J1NA 3G3FA 1LAHE 2F8DA 4KR5A 4NEDA 3ZKKA 4M4GA 1B6HA 3FJMA 4F3SA 2Y7WA 3V83A 2F5XA 2DS9A 3I3VA 1JQFA 1S7YA 3MPLA 3CVGA 4H5GA 4PFUA 2AL5A 1IQ7A 3TAJA 1OIBA 2RKMA 3CFZA 3UP9A 4OFLA 3MBPA 1B2HA 3TCFA 1OVBA 3KSJA 2VGQA 1FQEA 2ALUA 3SEXA 2DVCA 1DMBA 2Y7PA 1JVYA 5IKBA 4ONYA 5I56B 4LQ2A 2IA4A 1QUIA 4YMBA 2H98A 3FJGA 3BKIB 1QJMA 1LBBA 1H76A 3L6HA 2ZYMA 2F6PA 3EHTA 4U1ZA 2FYIA 3VLVA 3C35A 3GLBA 1JW4A 4FIMA 1GR2A 4POXA 3K6WA 4KQPA 3FUZA 4OFOA 3T9HB 3I5OA 4XKNA 2P2AA 4OETA 1H44A 1WODA 1B0HA 3F11A 3TELA 3HN0A 3MC2A 4PP0A 4JXIA 3KN3A 1O63A 5K2YA 2UYEA 4EF2A 2OZZA 3OD7A 4F18A 5B7DA 1SW5A 4IO7A 4F3BA 2E1SA 3PPNA 3QUFA 4YU0A 2O1MA 1MQGA 3SEYA 4GIZA 1B05A 1LFIA 2F35A 3IJOB 5TP9A 3N5LA 4FJPA 1SDXA 1KWHA 2ZNUA 1OMPA 4FE8A 3IOWA 1UTHB 4RPOA 4ECFA 4N13A 2PBWA 2DE3A 1B7UA 1OQGA 3SEWA 5DVIA 2CMOA 2QMXA 1H43A 2R71A 1SI0A 1S50A 3LBSA 1R9QA 4Z7EA 1YTVA 1ATGA 2F34A 1SYHA 3VXCA 4JSDA 5JEIA 3K02A 3U92A 3K01A 1ZU0A 5I59B 3R26A 1FTMA 4ZEBA 3T66A 3MP6A 5HM4B 3OELA 3QSLA 1NNTA 4ELRA 4IGRA 1MPBA 3OENA 1BP5A 2D3IA 4PQJA 1H45A 3C34A 4JBZA 1P1OA 3VLWA 2GHBA 5I59A 3V5AA 1A8FA 4FATA 2OJTA 1MH4A 1MDQA 4ESWA 2W7YA 4QRZA 2VP1A 1IXCA 1M5CA 1N7WA 5H8HB 1FTOA 2ONRA 3O6HA 1LCFA 4JWOA 1MQDA 3RY3A 2F7CA 2I3WA 4RA1A 3OOAA 3G3KA 2RC8A 3N26A 4RY1A 1Z7ME 5FTHA 3TDJA 1Y3QA 2HZLA 1IITA 1LLSA 3LSWA 2NUVA 3DP8A 3H4ZA 4FEDA 5I58B 5CC2A 4PFWA 1MY1A 2XD2A 2UVGA 3C31A 3K1PA 1B46A 3FXUA 2I0BA 1O7TA 1FW0A 3IOUA 1JW1A 3MUQA 1VFEA 1GVCA 4FORA 4U22A 4R9GA 1ELJA 2XXYA 3H03A 3IX1A 1IXHA 4BDNA 3HV1A 1R1NA 4YZZA 2IEEA 4DXUA 5I2NA 1YCJA 3OEKA 5HBCA 4G68A 3M8UA 3H3GA 1D9VA 4R72A 4OENA 4AB5A 3QXMA 4DDDA 1DTZA 1DPEA 3ONMA 4DCYA 5AA1A 3BFUA 2I4BA 1B4HA 2HFBA 4OEUA 1DOTA 1F9BA 3USDA 1XS5A 4H5FA 3FVNA 1JETA 3UORA 3U94A 3KJ7A 5AA4B 2XXUA 4DZ1A 1MPCA 1A55A 5ICTA 4JWYA 3S9MC 3ZSFA 4GRKA 3E4RA 4WEDA 1Q35A 4KI0E 3S9LC 3MVWA 4JB7A 5BWJA 3LSXA 5I2KA 4H6DA 2QS3A 3IB1A 1FTLA 4MLVA 2B65A 4ND9A 1AOVA 4G4PA 3VLUA 4EQ7A 3ZKLA 2ZYNA 4C1TA 2VD2A 4OVJA 1I6AA 5H8SA 1N0TA 3CR9A 1B5IA 5IAIA 3FD3A 4G77A 2DQVA 3IO4A 2Z8DA 4TLMB 2DE4A 3FV2A 4F1UA 4N6PA 4PFYA 4EQ9A 4NTLA 5A5XB 5KCJB 1CE2A 3FJ7A 3K1NA 3HCQA 1LB9A 4JSOA 2ABHA 2Z8EA 4O3AA 4R2FA 3TFLA 1NKXA 1CB6A 4IY6A 1MXZA 1Y9UA 3PUXE 1B3HA 3B6WA 3U8QA 4KHZE 3IAZA 4R75A 5F1QA 4QSCA 5A5XA 1SQYA 4KFQA 2O69A 1B3EA 2O1LA 2DE2A 3PUYE 4NF6B 3KJTA 3FATA 3IOVA 1NNFA 4HCWA 2QS2A 1MXWA 4G8NA 1LCTA 3KN8A 1SW4A 2UVIA 2DWJA 4PE5B 1UTBB 1MG1A 3FVOA 1I6BA 2UXAA 4RK2A 4QFNA 1FCKA 4IGTA 3JZJA 1N7XA 3OSQA 2R6GE 3PUZE 1QUJA 4GXSB 3S2VA 2I49A 1MPDA 2Z8FA 3B6TA 5DVJA 3O9PA 1NMUA 2DWAA 4GD5A 1GTKA 5DEXB 1EU8A 4C0RA 3Q27A 1B3LA 1UQWA 1B51A 3K1MA 2I58A 2PT2A 5FHNA 3RN8A 3MP1A 2Q88A 1TWYA 3MVYA 3WAFA 3MVZA 4U23A 2OK2A 3TQWA 5ICQA 2PT1A 4YKPA 3C33A 4YKJA 3LC8A 5KDTA 3S9NC 1TXFA 4IB2A 1A8EA 1Y1ZA 4LQ5A 4IO2A 3TTMA 3GBBA 4ZS9A 1N84A 2A5SA 2X7PA 3RTWB 2P1SA 3FXQA 3D4GA 2X7QA 1YPNA 5H8FB 1RKMA 2KLFA 4ZEDA 3SETA 1ZKBA 4ZE8A 1B1HA 4BLAA 4WXJA 3FVKA 2QPQA 1P1QA 3PUWE 4NF4B 4ZECA 1SI1A 1M5DA 2FNCA 3TCGA 1POTA 2DYXA 2HXWA 3EN3A 1D9YA 4KYEA 1FQBA 4G8MA 2O68A 3CFLA 1S9TA 1FQDA 4GQOA 3IORA 1B4ZA 5CMMA 4U2RA 3A3UA 1DSNA 1ZMGA 3MZ9A 4LATA 4G68C 4X1BA 1P1NA 4F2OA 3M3KA 2V3TA 3U1OA 5I56A 4OXVA 2DSFA 3IB0A 2M8CA 4LONB 2NOOA 1B40A 5EYFA 2VD3A 5EHSA 1NFTA 3T9XB 1QVSA 2O7IA 4GOTA 1OVTA 3FIRA 1MM7A 3MVXA 2A5TB 2GH9A 3H6WA 2ESNA 4HCYA 2QSXA 4WEPA 3G3JA 2LAOA 1ZBMA 4ZDMA 2XXWA 2Q2AA 3H06B 3O6IA 4EXLA 1MXYA 3TYHA 1GGGA 1B5JA 4HS7A 1SW2A 4FEBA 2H4IA 4RPNA 3C36A 1LBCA 1B3GA 4F29A 3HSTA 3KEIA 4G2ZA 1Y4CA 3CIJA 1IUDA 3PMWA 4KCDA 1I6QA 3CFXA 4Q0CA 4YB7A 1O64A 3ECRA 2O84X 1Y1MA 4MF3A 3C9HA 1UTHA 1LSTA 4QFPA 2F78A 1Y3PA 2XXRA 3T9VA 3KN7A 5JTYB 1PBQA 3SKPA 1FTKA 4G8HA 3W9VA 1QULA 1AIVA 4H65A 1ANFA 3K2DA 3UIFA 3RPWA 3M3LA 1SBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z23A 4NWCA 1LGBC 4GWZA 4NGUA 2CZKA 1XOCA 1QKBA 1QW0A 2OX3A 2PYYA 1MXUA 2UVJA 1EH3A 1POY1 1A99A 4DE8A 4JVIA 1EZPA 4MHFA 4OFJA 4MH5A 3T22A 5IGAA 3O6GA 4OVQA 1BIYA 5FHOA 4HW8A 2H25A 4GL8A 4U1OA 5IZ1A 1VR5A 4G61A 2VPNA 3B7DA 2F97A 5L9MA 4LVQA 4MX6A 2QVRA 1XC1A 1B1XA 5TPAB 3E13X 3ILTB 3N94A 1KA0A 2FIXA 5H8HA 4Q5TA 4GBWA 2BJJX 1EYKA 5EYGA 1MY3A 4OERA 4EDPA 3VXBA 5I57B 3H6VA 3G3GA 4H8JA 5H8NB 3JYRA 4F31B 4NF5B 1EZOA 5T3JA 1NUYA 1MQHA 4WKMA 5I58A 5J1DA 4F22A 2V93A 1IMCA 3MYUA 1MY0A 4QFOA 4YICA 2FVZA 2ZNTA 5KZTA 3OO8A 4HTGA 2GHAA 4DCXA 1SD3A 3CSGA 4IY5A 2JJKA 2VHAA 1LBZA 1MDP1 4O94A 4XF5A 2V3UA 4KD5A 1UIUA 2DP8A 4N81A 3VVDA 1NNPA 1NV7A 5IZZA 2XXKA 1FBDA 3QYTA 1NUXA 3LSLA 2XXHA 1URGA 2I0CA 3OMBA 4EQBA 4QSDA 5F7VA 1A7LA 2P3NA 1PEBA 1YAEA 4NF8B 4YMAA 4MNPA 3O2AA 1MY4A 3SZPA 1NUZA 1USYE 3EF7A 4GWUA 2XX7A 1B5HA 2I3VA 4GLIA 1FRPA 3EQ1A 3G3IA 3L6GA 2ZZWA 4PFBA 3IR1A 4PF8A 3PGFA 2PMSA 2NWJA 5AA4A 1R9LA 3S9EA 3O66A 4JWXA 1PBPA 4TOZA 4R74A 2XXTA 1JEUA 1VSOA 3GYYA 1II5A 2Q2CA 1I69A 2XXVA 4XKQA 2ONSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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