1DTGA

Human transferrin n-lobe mutant h249e
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSETVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mutation of the iron ligand His 249 to Glu in the N-lobe of human transferrin abolishes the dilysine "trigger" but does not significantly affect iron release.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords TRANSFERRIN
total genus 106
structure length 331
sequence length 331
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA02
2GH9A 4OZ9A 1B3LA 1N04A 3RTFB 2UVGA 1OIBA 3N94A 3EPEA 4YB6A 4NTLA 4MFIA 5KDTB 3C36A 4OFLA 4ZZEA 3IK6B 3L6HA 2H5YA 1FTOA 2XHDA 4WEPA 1Y3NA 2DWJA 3D4GA 4OESA 1QJMA 1NH7A 2HAUA 1Y9UA 3MW0A 3CVGA 2RC9A 5IAIA 3UP9A 4ZEKA 2IA4A 3RT8A 4YKKA 2OLBA 4YMAA 3MZBA 2DQVA 2HCAA 3MVYA 5DYHA 5I56A 4KCCA 3VLUA 2Y7IA 1S7YA 1IXIA 4OENA 3O97A 2XXWA 5JK4A 2DWIA 4QHQA 4U2RA 1LB8A 3K6VA 3G3IA 4U4XA 3IJXB 4O3BA 4F1UA 3TEPA 1FTMA 2V25A 5KDTA 5BWJA 1QUIA 4H0WA 2OWSA 4LZ8A 1A99A 1B7UA 4XIGQ 4U1OA 4OHNA 1SW5A 4WEDA 3H6UA 1R9QA 4NE4A 4RNSA 3V5AA 4HCWA 4QFOA 2VP1A 1PBQA 1MPBA 3CSBA 3T96B 4H1XA 3B7DA 4BDNA 1LFIA 3W9VA 5DVFA 1Z7ME 4ELQA 3EF7A 2QS2A 1FQDA 3TODA 1JNFA 4NEDA 3TCFA 1B5IA 2I49A 1FQAA 1J1NA 1PEBA 5ISUA 5DVJA 3H06B 3LBSA 1USYE 3EN3A 1FCKA 4JWOA 4O3AA 1QUKA 5AA2D 3CFZA 2AL4A 2XX7A 3K6XA 4HS7A 3SERA 1UTBB 3IOUA 4POWA 5F1QA 1OQHA 2G29A 4GD5A 3MWBA 1NFTA 3MVXA 3VVEA 1NNFA 1H43A 1MG1A 2DE2A 2QS4A 3UGWA 2CZLA 3B6QA 2FA7A 4R9FA 3OOAA 4RPNA 3C32A 1OQGA 2FNCA 4PFTA 3OXNA 1MXUA 3RY3A 2Q2CA 2Y84A 1MRPA 1B3GA 3V89B 3QSLA 4DLDA 3QAXA 3OO8A 4GF8A 4ELRA 4F3PA 1MM6A 4R72A 1TFAA 1N7XA 1ATGA 1UTBA 4XKNA 4F19A 1AH5A 1AL3A 3T66A 1IXGA 4OEVA 1LBCA 2Z8FA 4C1TA 4GXAA 3JZJA 1PBPA 1ZU0A 1PDAA 1IUDA 3MVWA 2UYFA 1RKMA 2XXRA 3K0VA 2I58A 1MXYA 4I8CA 2AIXA 4R74A 4ISUA 3DP8A 2R9JA 1OVBA 2UXAA 1DTZA 3FXQA 1SDXA 3S9NC 3MBPA 4QFPA 3PD9A 3N6TA 1MY0A 4Q5TA 3TCHA 4Q30B 3KGCA 3SEXA 3PPNA 2VGQA 1NMUA 3CR9A 1MY2A 2WKYA 4XXUA 2F36A 3PD8A 2OBGA 2R6GE 1VR5A 1US5A 2RF1A 1B4HA 5DEXB 1WDNA 4GVOA 1SW1A 3U72A 4LQ5A 3K1MA 2F7CA 1FQCA 5JTYB 5L9MA 3QUFA 2DWHA 4KHZE 4FEDA 3HSTA 1YCJA 2DXRA 3H3GA 1N76A 4JDFA 1XOCA 2DVZA 4IO7A 5L8DA 4GL0A 4PE5B 1ZBMA 4MH5A 3O29A 4QSCA 3RTWB 4GL8A 2AYSA 1DOTA 3D4CA 5I2KB 1IXCA 4PFUA 1UTHB 1IZ1A 3OELA 1B7HA 1JVYA 2GFEA 1N0TA 4IGRA 4HCYA 1LAHE 1OLCA 1O63A 3ILTB 1P99A 5DEXA 4POXA 1QVSA 1H76A 1HSEA 1LGBC 3C35A 4FJPA 2QRYA 1PB7A 5JTYA 1DPPA 3SETA 5ITOA 2V3QA 5AA4B 1MQIA 3EHSA 2IEEA 4YZZA 3RN8A 4RA1A 4DXUA 4EXLA 1WVJA 1S50A 3HPIA 4FORA 4MLVA 2A5SA 3SEYA 5I2KA 4OERA 1HSLA 2PT2A 3FD3A 1UTHA 3TELA 3IB2A 4G68B 2O7IA 3KSJA 1MQJA 3FV2A 2ZMBA 4EQBA 4TOZA 3RGYA 3B6TA 5I59B 2V3UA 4G77A 3IR1A 4OETA 3KN7A 4XTCQ 1M5BA 1SW2A 1Q35A 5HPQA 3GBBA 1BLFA 4QFLA 4N07A 4F31B 3PPOA 1M5DA 4KR5A 4R73A 2ZYMA 4EF2A 3QXMA 1MS7A 4HTGA 4EUOA 5AA4A 3MZ1A 3LSXA 2I4BA 1XS5A 4N6PA 4UA8A 2ZYNA 2DE3A 1R6ZA 4HW8A 3O6IA 5FHOA 2F34A 4P0IA 2QMXA 2RCBA 4G68A 3P7IA 3MP8A 2VD3A 2XXIA 2X7PA 2VHAA 5I59A 2X26A 3H03A 3VFJA 3R7XA 1Y3PA 4F3GA 1TT1A 4YAHX 1EZPA 3ZSFA 3K2DA 2BJJX 3VLWA 2VD2A 1FW0A 4YU0A 3M3LA 1B4ZA 3MPKA 1ZIUA 3H7MA 2O7UA 3CG1A 3W9WA 1VSOA 2PT1A 5B70A 3EHUA 3Q26A 2H99A 1ZLQA 5B7DA 1SD3A 1B52A 1R1NA 1FQFA 3FXRA 5H8HB 2A5TB 2ONSA 4EQ7A 4R2BA 2PMSA 1NH8A 3DLNA 4MBPA 1S9TA 1ZJLA 5AA2B 3MZ9A 4ZE9A 2ZYKA 4LQ2A 2O1MA 3USDA 3PUWE 1SYIA 1SI0A 4FECA 1VFDA 2V93A 3IAZA 1TWYA 3S4UA 2NOOA 3FASA 1UQWA 2G93A 4ECFA 4BDLA 1US4A 2XXTA 3RNNA 1ELJA 3MPLA 4GQOA 4G8MA 4ZDMA 4FEBA 3A3UA 2DVCA 2XXXA 3GLBA 3K01A 4U22A 1EZOA 1PB9A 1DMBA 1XHYA 3LSWA 1MDQA 2H98A 5CBRA 3AXFA 1B05A 4Q0CA 1P1NA 1B1HA 4C0RA 4F2OA 1IQ7A 3C34A 3EHTA 4U21A 2A5TA 3VVFA 1II5A 2QMWA 5AA2A 3PV0E 3C33A 2XX8A 5F7VA 4NWDA 5K2XA 4FE8A 4Z0IA 1AOVA 3FXUA 3OO6A 3PUVE 3OEMA 1LFHA 1NNTA 2Y7KA 4M1VA 4RY1A 2CMOA 1VE4A 2XXPA 4ZECA 4MLQA 3RQTA 3VLVA 4U23A 2V3TA 1XVXA 2ZXTA 1Y1ZA 3FUZA 1B51A 4XKPA 1I6QA 2ESNA 1GVCA 1FTLA 4YKPA 2OCUA 3MP1A 4WKMA 3S9EA 4OTEA 4AQ4A 4JWXA 4F1YA 1MY4A 3V83A 2E0SA 3H4ZA 5FTIA 3JV9A 4EQ9A 4R6KA 1YTVA 1JW1A 5KZTA 5KCJB 1PB8A 4ZS9A 5H8SA 2LAOA 1LSTA 3SEVA 4GFRA 1TFDA 1D3KA 1P1UA 3A09A 3KBRA 5J1DA 4NF8B 1YAEA 1A55A 2NVUB 1B0LA 4I1DA 2XD2A 1FQEA 3IOTA 4AB6A 2Z8EA 3TTRA 1URGA 4OQOA 2HXWA 1A40A 3IOWA 5EYFA 3LR1A 4LATA 1JEUA 2NUVA 2O1LA 1ZTYA 3PMWA 3OMBA 4NWCA 4DIGA 3KG2A 1MH3A 4E0XA 4Z7EA 1RYOA 4M4GA 3TPAA 5KCJA 5BUUA 3HHGA 4G68C 3S9MC 3T9XB 1MM7A 4GIZA 3F11A 3C31A 4XKRA 3VE1B 3WAEA 3MAMA 3TKDA 4YMBA 1YPNA 4EF1A 1DTGA 3KZGA 3QK6A 1URDA 1LAGE 4BDMA 3CSGA 2NXOA 4NF8A 3U8QA 3WAFA 3UN6A 3TTKA 1ANFA 1BP5A 4X9TA 3MC2A 5LOMA 4JB7A 5H8NB 4X1DA 3RT6B 3Q27A 1EH3A 4IY6A 4IB2A 2RKMA 2HAVA 4LZ5A 3HV1A 1M5EA 3PPRA 2GHAA 2B3BA 2QPQA 1MXVA 2OJTA 3LUYA 1MXZA 4DXBA 4FAJA 4TLLB 4OYVA 1B5JA 3KOSA 3IORA 2NWJA 3M3KA 2H25A 3DM0A 1GTKA 1JW4A 2ZNUA 4NF5B 4OWDA 2GHBA 2PX1A 1LCTA 3FVKA 1AMFA 3H6TA 4LA9A 2E1SA 2I0CA 1B3HA 3OEKA 4E0WA 5H8NA 3ONMA 5FHNA 2RCAA 4F3SA 1UIVA 1JW5A 2UYEA 4AB5A 2DP8A 3Q28A 1A8EA 3MJNA 2ALUA 4ZE8A 2UVIA 1B9JA 3FJGA 2I48A 2FYIA 1DSNA 1Y4CA 5EHMA 2Z8DA 2VOZA 2HQ0A 3BBRA 2Y7PA 3G3KA 4U4SA 5TU0A 2DOJA 3C9HA 3UA8A 4BDQA 3OSRA 4R75A 3EQ1A 4NF5A 2I6EA 1SBPA 3KN3A 5K2YA 4NMYA 4IO2A 3I5OA 1NL5A 2B3FA 1B3FA 3TQLA 3KJ7A 4BLAA 2I3VA 3IOVA 5DT6A 1MY1A 4RK2A 3GZGA 3FV1A 3CIJA 2F5XA 1LCFA 4F22A 1LFGA 3W15C 1MPDA 5H8QB 1FQBA 4F39A 2F8DA 3O2AA 3CFXA 1N84A 2XXVA 5ELVA 4G2ZA 1A54A 3RLFE 5AA1A 1EU8A 1B32A 3G3JA 1O7TA 4JSOA 5ITPA 4OXVA 1A7LA 3N26A 4H67A 1N3XA 2F7BA 2PBWA 2X7QA 3DP4A 4I62A 1Y3QA 3K02A 2UVHA 1XT8A 2PYYA 2ZNSA 3K4UA 3U94A 2Q8JA 5CMKA 1P1OA 1GGGA 1POTA 4EXKA 1B46A 3O28A 3BFUA 3SEWA 1IEJA 4F29A 3FGSA 4IO5A 2ZYOA 3SESA 3T93B 4ZEDA 5I57B 3R26A 2Q2AA 5H8QA 4FIMA 2QS1A 2DS9A 3IB0A 4KYSA 1H3DA 2RINA 3T9HB 4GLIA 3T22A 3QUJA 1LAFE 1B3EA 4DXCA 3FVNA 5CI5A 1N7WA 4PETA 4ZEIA 4YKIA 3OD7A 2D3IA 3V8XB 5ICTA 3KFMA 4GRKA 1BIYA 4KQPA 3HO7A 3G7WA 2PVUA 1MXXA 4QRZA 3ZS6A 3TAJA 3TCGA 4ONYA 2O84X 4THIA 1BKAA 1B40A 3PPQA 1Q1KA 3HHFA 1QULA 4R2FA 4H8IA 1D9YA 5I57A 1F9BA 3FIRA 4YICA 1SI1A 3K00A 4GXSB 4NF4B 3SDFA 5IKBA 2F97A 4YB7A 4PP0A 3MVZA 3TFLA 4FATA 4RXLA 1D9VA 1D4NA 1BTJA 3C4MA 3TQWA 4IY5A 2B65A 2RC7A 4KPTA 3ILUB 3A3CA 1JETA 4RK9A 1N3WA 5H8HA 2HZKA 1KWHA 4MF3A 4YKJA 5CMMA 1OVTA 4KCDA 3I3VA 1B58A 4G8HA 3R6UA 3LC8A 3ECRA 4KYEA 3QIMA 4F2QA 1A8FA 1B1XA 4X1BA 5I2NB 3TMGA 2DYXA 2Q88A 2Q89A 2THIA 1MXWA 2XD3A 3FATA 3RPWA 5L9OA 4QSDA 3CRBA 2QS3A 3FVOA 1NNPA 3IJOB 3U92A 1Y4TA 1DPEA 3E4RA 4NF4A 1M5CA 1MQDA 5H8FB 4DCXA 3PU5A 3IX1A 3FJ7A 4ESWA 4XKQA 1MQGA 3PGFA 4K3FA 1PC3A 3PMVA 4N13A 4O3CA 4R6YA 3O66A 4L17A 2DWAA 3GBAA 1WODA 2XXYA 5DTBA 3E13X 1CB6A 4F3BA 4GOTA 4ZZAA 4ESXA 4F1VA 2YPNA 4KD5A 1OMPA 1EZ9A 1UIUA 5I2NA 5JEIA 1OLAA 1B2HA 3H6WA 5ICQA 1I6AA 3IB1A 3ZKLA 2I4CA 2H4IA 3KJTA 3S2VA 2Q9TA 3THIA 2XXQA 3MP6A 4G8NA 5H8FA 4Q8RA 3T9UA 1Y1MA 1GR2A 4H5FA 3K6UA 4JSDA 1CE2A 4NF6B 3KOTA 1QW0A 3UORA 1MPCA 5I84A 3O6HA 1ZMGA 5TPAB 3HCQA 4UACA 3OO7A 4H65A 4OEUA 1MDP1 3S9LC 1FTKA 1B5HA 2YLNA 3LSFB 1T0KA 5EHSA 1QKBA 4KI0E 3K1PA 4H8JA 1B0HA 3KN8A 4PFYA 1RYXA 3PUYE 3U93A 4ZEBA 2OK2A 4BDRA 3FVGA 4I9DA 4BDOA 5AA3A 3BFTA 1POY1 3O6GA 4U1ZA 3TTLA 4JBZA 4F18A 1URSA 2H9BA 1SYHA 2F7AA 4R6HA 4JWYA 4LONB 4EDPA 4NF6A 3DELB 4P11A 3M8UA 3G3FA 2D21A 5I58B 2HFBA 3U1OA 1I69A 5TPAA 2W7YA 2Z22A 4DE8A 3VXCA 2AL5A 3E9XA 4ELPA 3K6WA 3LSLA 4TLMB 3L6GA 4KYDA 4X48A 3OSQA 4LUBA 3CI8A 4IO4A 3MQ9A 4QF9A 1LLSA 3VV5A 2ZNTA 3KEIA 2O68A 3MUQA 2O69A 3TYHA 2ANJA 3TTNA 4OFOA 4DCYA 1SW4A 1IIWA 3K1NA 2F78A 3QYTA 4QFKA 3VDFA 2OWTA 4C1UA 3PUXE 2P2AA 5CC2A 5I58A 2I0BA 4ND9A 1AIVA 4IO6A 5CRYA 1P1QA 2QL3A 2I3WA 3CG3A 1QUJA 3O9PA 2DSFA 2O51A 3H6VA 3IO6A 1O64A 3Q25A 3VXBA 4RJZA 5HM4B 3SKPA 4G4PA 1Z7NE 3BKIB 2HEUA 2R71A 4PFWA 4OMBA 4WXJA 1ZKBA 2M8CA 2YJPA 2V84A 3JYRA 2REGA 4GWOA 1GV8A 4R9GA 2QSXA 2Z23A 1R9LA 5A5XB 3G3HA 3RUMA 2QJEA 5HBCA 3UIFA 1IITA 5TP9B 3ODBA 1L5TA 5L9SA 1LAXA 3GXAA 4IO3A 2XXUA 2P1SA 4H6DA 4OVJA 1TXFA 4H5GA 5CMCA 2GRVA 3G3GA 2F6GA 1H45A 5FTHA 3OO9A 1P1WA 2P0SA 3FJMA 5AE4A 2ABHA 2Y7WA 1XVYA 3KSXA 2O6AA 4P0GA 4LP2B 2F35A 3M3FA 3UK4A 1VFEA 5CM6A 3IL1B 5DVIA 1QKAA 4DDDA 2KLFA 1HSJA 2REJA 4RYAA 3PMXA 2XX9A 3B6WA 1JVXA 5CBSA 1Y20A 1IXHA 5A5XA 1JQFA 4JXIA 1JEVA 4KFQA 4ELOA 5TP9A 4TQUQ 3TTMA 1XC1A 1H44A 3HN0A 1USYH 2XXHA 1MH4A 3ZKKA 4DZ1A 3VVDA 1MY3A 2UVJA 2DXYA 3OENA 3PUZE 3Q29A 3TUSA 3T9VA 1MQHA 4QFNA 1B7ZA 2DE4A 4QSEA 3SEUA 2ONKE 2RC8A 3PPPA 4IGTA 4LZ7A 2D5WA 1LB9A 4PQJA 3TDJA 3E3KA 1FTJA 5CMBA 3N6UA 3CFLA 1M5FA 1SQYA 3DP6A 4YB5A 2F6PA 3TZAA 4LVQA 5I56B 5FHMA 5M2VA 1NKXA 3FZVA 1SVXB 2ONRA 3IO4A 4RPOA 1B6HA 4ZEFA 1LBBA 3N5LA 4OFJA 2Y7RA 1I6BA 1NNKA 2HZLA 3I6VA 2OZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GH9A 4OZ9A 1B3LA 1N04A 3RTFB 2UVGA 2HPGA 1OIBA 3N94A 5I3SA 3EPEA 4YB6A 4NTLA 4MFIA 5KDTB 3C36A 2B4LA 4OFLA 4ZZEA 3IK6B 3L6HA 2H5YA 1FTOA 2XHDA 4WEPA 1Y3NA 4MAGA 2DWJA 3D4GA 1XI6A 4OESA 1QJMA 1NH7A 2HAUA 1Y9UA 5ET6A 3MW0A 3CVGA 2RC9A 4N4UA 5IAIA 4P1LA 3UP9A 4ZEKA 4N17A 2IA4A 3RT8A 4YKKA 2OLBA 4YMAA 3MZBA 4FBPA 2DQVA 2FBPA 2HCAA 3MVYA 5DYHA 5I56A 4KCCA 3VLUA 2Y7IA 1S7YA 1IXIA 4OENA 3O97A 1LBWA 2XXWA 5JK4A 2DWIA 4MIJA 4QHQA 4U2RA 1LB8A 3K6VA 3G3IA 3IFCA 4U4XA 3IJXB 4P8BA 4O3BA 4F1UA 3TEPA 1FTMA 2V25A 5KDTA 5BWJA 2ZZXA 5T3JA 1QUIA 4H0WA 2OWSA 4LZ8A 1A99A 1B7UA 4XIGQ 4OANA 4U1OA 4OHNA 1SW5A 3PTYA 4WEDA 3H6UA 1R9QA 4NE4A 5ET7A 4RNSA 3V5AA 4HCWA 4QFOA 2VP1A 1PBQA 1MPBA 3CSBA 3T96B 4GWZA 4H1XA 3B7DA 4BDNA 1LFIA 3W9VA 5DVFA 1Z7ME 4UABA 4ELQA 3EF7A 1FPGA 1KA0A 2QS2A 4PBQA 1FQDA 3TODA 1JNFA 4NEDA 3TCFA 1B5IA 2I49A 1FQAA 1J1NA 1PEBA 5ISUA 5DVJA 3H06B 3LBSA 2XWKA 1USYE 3EN3A 4NGUA 1FCKA 4JWOA 4O3AA 1QUKA 5AA2D 2VPNA 3CFZA 2AL4A 2XX7A 3K6XA 4HS7A 3SERA 1NV1A 1UTBB 3IOUA 4POWA 5F1QA 1OQHA 2G29A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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