1DW6C

Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1dw6C00
5P0HA 3S43A 4A6CA 3L38A 5OZ0A 5P45A 3L3AA 4Y3LA 3BUFA 5P62A 1TW7A 1XS7D 2OHQA 1APWE 3GGVA 1YM2A 3CICA 3G70A 5P6NA 5P8BA 2QZLA 5P3JA 2PK5A 3UFNA 2WF1A 5P22A 4I0FA 4NJSA 1TSUA 4D8CA 1EC2A 1SGUA 5P02A 5P4NA 4CP7A 5P2KA 3LZSA 4Y50A 3EM3A 3OTYA 2AVSA 4YCKA 2ANLA 4EWOA 5P4HA 1ODWA 4FL8A 3MXDA 2VJ7A 5AH8A 5P0MA 2AOIA 5P8JA 3OXVA 4I12A 1T7KA 3A2OA 1IDAA 4I0IA 3QBFA 4Y5MA 4Y3FA 1T6EX 3QPJA 5OYUA 1Z8CA 4ER1E 1A94A 1YTJA 5P28A 3LZVA 5P7TA 5P1KA 5P4KA 3TKWA 4CPTA 5P27A 4FAEA 2F80A 5P03A 3SM1A 4R8YA 1PSAA 5P48A 3KFRA 2G94A 1E82E 4EJDA 3QVIA 5P4RA 3VF5A 2OHMA 3Q3TA 4ZPGA 3UDMA 2PWRA 3T7QA 3LZYA 4DH6A 5KQYA 1D4SA 5P66A 1C6ZA 1EPRE 2QU3A 5E5JA 4YD6A 5P0OA 2OHUA 5P63A 2VIYA 3IN3A 3S56A 1EC0A 5HE4A 3GI5A 2ZHRA 4PEPA 3I25A 2BPYA 3URLA 5OZNA 3FNUA 2WEZA 1YG9A 4CPRA 1W5VA 1ENTE 3OU4B 3TPJA 5P5PA 5KQFA 4EHCA 1HSIA 5OYZA 2CEMA 1K2CA 4RVXA 3GI0A 7HVPA 2IDWA 5P3EA 5OZXA 5P84A 4EQ0A 3IN4A 1META 3LHGA 5P00A 3INEA 2VJ9A 2NMYA 4J0YA 3BUGA 2FXDA 5P2SA 3PBDA 3O9GA 4YE3A 4MC2A 5P1AA 3VF7A 4N00A 1K2BA 5P7PA 2MIPA 5P3SA 2RENA 3BGCA 3UDRA 3NDUA 1AZ5A 1SH9A 1EBKC 5P05A 1FLHA 3UCBA 3FIVA 5P4TA 2FLEA 2HC0A 2AVMA 4R92A 5P08A 1GVVA 5P39A 1FMXA 4A6BA 5P5IA 5P4YA 3O9LA 5P0CA 3LNKA 5P7GA 3PSGA 5P3VA 4I0HA 1BVGA 9HVPA 2VA5A 5IVQA 3GI6A 5OZQA 1C70A 1TQFA 4Q5MA 3KT2A 1MEUA 1W5XA 5P17A 3UDYA 1QBTA 3Q6YA 4Y5AA 2I4VA 3LZUA 4Y5KA 5P2LA 4LXAA 5EZXA 2Q5KA 1NPAA 2QNPA 4Y3JA 4BELA 5I70A 4J1KA 4Y4DA 5P0TA 3QVCA 5P83A 2OHSA 3MSKA 4ZIPA 5P20A 3NR6A 2I4UA 5P7UA 2JJJA 4RVJA 2H6SA 4I0JA 2R5QA 5DQ4A 2PYNA 3PM4A 3K5FA 3HDKA 4Q1NA 5P5YA 2WHHA 5OZJA 4GJCA 3LIXA 1W5YA 3F9QA 2QD7A 3KF0A 3D91A 5P6SA 5P3GA 3EL1A 5P7ZA 1VIJA 4MC6A 3D1YA 1KJ7A 4I0EA 3SACA 3I7EA 1FF0C 2HPFA 1MUIA 1B11A 3LIQA 3PLDA 5KOQA 1OD1A 2HPEA 3NSHA 4L7GA 3T7XA 2Q11A 5E5KA 4K9HA 2V16C 5OZ6A 1BIMA 3OUBA 4J0VA 5P6GA 4RRSA 4YBIA 3URIA 3UTLA 4CPXA 1EBYA 5FIVA 2HIZA 2WF3A 5OYRA 5P7AA 1HVKA 1KJHA 5OYWA 3OQAA 1EC3A 3ER5E 1QS8A 2VJ6A 3CIBA 3ZKSA 5HD0A 3NWQA 3TKGA 1DMPA 3VYDA 1EPME 2I0DA 4PHVA 5P1MA 4Y3SA 3OTSA 2IEOA 1MPPA 3EKPA 3HVGA 3OAGB 3O9EA 5P3UA 5BWYA 5P64A 3NUJA 5P0XA 3BXRA 3S53A 1DP5A 5C9FA 3PBZA 3BHEA 3OK9A 1OEWA 3MSJA 5SY2A 1LYWB 5P10A 4XKXA 5ER1E 3O9AA 4ZSQA 3FSMA 1KJ4A 1PPLE 3TOGA 1CZIE 1HSHA 2O4NA 2G21A 3NU4A 1C6XA 1QDMA 2HAHA 4B0QA 2CEJA 3IAWA 3ZL7A 2NXLA 5P5SA 3OU4A 3PI5A 4Y3XA 5P8IA 3VV6A 4LL3A 1ER8E 4DJUA 4DJQA 4LBTA 1K6PA 4YDFA 4EJ8A 5SXNA 1BDRA 5P0YA 2VNNA 5P4LA 1IBQA 4DI2A 4Y3MA 5P7XA 4Q1YA 1MTBA 1XE5A 5P1WA 3LPIA 3HD8A 3O9BA 1HPSA 1K1UA 5OZEA 4B1DA 2RMPA 1XN2A 1IZHA 1QBSA 4DPIA 2IGXA 4YD4A 3ST5A 3OQKA 4B72A 1EAGA 4B1EA 3CKRA 3DV1A 5P3QA 5F00A 5P1BA 5P81A 5P6LA 5P78A 5P5BA 1GVTA 5P8FA 1K6TA 5P6JA 5HDUA 3DCRA 3SA9A 3DOXA 3OU3A 1BV9A 3JW2A 4HA5A 4FM8A 5P53A 1FG8C 2FDDA 5KR8A 2ER0E 5P8UA 1AJVA 4FIVA 4RCDA 4GB2A 5KOSA 4GMIA 3NYGA 1M0BA 5OZSA 3PCWA 1CMSA 2EWYA 5IVRA 3OQDA 2WKZA 5P2WA 3T3CA 4D88A 1GVXA 5P8QA 2NNPA 1APUE 5P7DA 5DQ5A 5P8LA 5OZUA 5P04A 4QJ6A 3SKGA 4U7VA 4U8WA 3BUHA 2HM1A 2O4LA 4UPJA 5OZAA 3MWSA 3ZKGA 3PWWA 3B7VA 3TPPA 2V0ZC 5P7QA 2VIZA 4OC6B 3UQWA 1AJXA 1D4LA 2AVVA 3FV3A 4PYVA 5P6FA 2NMZA 5DR1A 5DR3A 3PMYA 4RYGA 4Z4XA 2RSPA 1EEDP 3EKQA 4Y5PA 4DJYA 5OZKA 1B6KA 5P1TA 3S7LA 2QZKA 4GIDA 5P29A 3K4VA 1XL5A 5P6HA 3HAUA 3QAAA 4RROA 5P34A 1A8GA 1DAZC 5P72A 4B1CA 2I4QA 3OY4A 1EBZA 1HVJA 2NNKA 4J1EA 3SKFA 4COEA 2G1SA 4A4QA 5P31A 4J0ZA 5P01A 3GGUA 3K1WA 2XYFA 5DGWA 4KE1A 5ENKA 4GJ7A 5IVTA 3KT5A 5P38A 1WBMA 5P86A 4R93A 5P7VA 4M8YA 1HEGE 2PSGA 3OADB 3BRAA 5P5HA 3KFPA 3IXJA 5P8TA 3NXNA 5P0LA 1KJGA 3FNTA 5P0VA 3WZ8A 4YD3A 3PMUA 3EKXA 3RU1A 4DJWA 4HEGA 3EL4A 5DQ2A 5COOA 1GVWA 2AOGA 5F01A 5P5CA 2PH8A 4Y35A 5KQXA 4ZPFA 3UQRA 5P2QA 2FS4A 5P1JA 1LYWA 2IL2A 3OQ7A 3D3TA 5P1QA 2ZJJA 4OBZB 1HIVA 3CYWA 5P4JA 8HVPA 4J1HA 3BXSA 5P12A 1APTE 1YM4A 3DV5A 5P6BA 4PZXA 1YT9A 2AQUA 3D20A 5HCTA 5P73A 2G22A 2QI5A 3LINA 2VIEA 5P2DA 1FQXA 2R9BA 3PLLA 5P5MA 4Y4UA 5P4PA 5P69A 5P6MA 5P49A 5P0JA 3CKTA 6UPJA 4D85A 4Y51A 1M4HA 3RSXA 2R38A 1SDVA 4Y43A 4U7QA 1FIVA 5OYQA 5P0EA 4J1IA 3RSVA 3G6ZA 5P3BA 3R0WA 5IVSA 5P6OA 1HVLA 5OZVA 4Y41A 2QHYA 1PSNA 4GJBA 5OZGA 3EL9A 3R2FA 4KB9A 4RVIA 1HRNA 2P83A 5P6CA 4L6BA 4APEA 4HE9A 3VYFA 5DPZA 3QRSA 5P0DA 1GKTA 4FRIA 1ZLFA 3PB5A 4FCOA 1K1TA 2P3AA 2ZJHA 3GGAA 4ZSMA 5P8KA 4YDGA 1LF3A 3NXEA 2PSUA 3QI1A 5ISKA 2WEAA 1HVSA 4J0PA 3NU6A 3NDTA 4L1AB 3VV7A 3CKPA 3Q4BA 4RCFA 3NU9A 2B8LA 5OZ4A 3WSJA 2ZHVA 1IIQA 1F7AA 1LYAB 5ENMA 1MIQA 2R8NA 4Y39A 5P2AA 5P1GA 4ACXA 1W6HA 5P57A 5P5QA 5P76A 1IDBA 5P11A 3VG1A 3M9FA 5P43A 1XE6A 2QHZA 2PC0A 1MVPA 3JVYA 5DR8A 4BFDA 1EPQE 5ISJA 2G26A 3DM6A 5EZZA 5P06A 1SP5A 2OF0A 5SY3A 4OC6A 5P2JA 4AA8A 4QJ8A 2BQVA 4Y3PA 5J25A 4DVFA 2BJUA 3S8IA 4M8XA 1HHPA 1EC1A 5AH6A 5P6WA 3TPLA 1MT8A 5P0ZA 3TNEA 4B77A 2OHPA 2XYEA 3T11A 5AHCA 5P87A 4R91A 1AVFA 2AVQA 3LIYA 3KDDA 5P7WA 4OBHA 5P4BA 5P0BA 5P58A 5P1FA 5P3KA 4ACUA 2QAKA 5OZTA 2AOCA 4HDBA 5PEPA 1W51A 2QI4A 1BDQA 3B80A 5P16A 1B6LA 5P68A 5P5LA 4YOBA 3FNSA 1IVQA 1HBVA 3H5BA 3ZKIA 4BFBA 2VNMA 3AIDA 3OADA 4X2LA 2RKFA 5OZ7A 2VA7A 1XL2A 1EPOE 3APPA 5KR2A 1LZQA 2WL0A 4LXKA 3EBZA 5OYXA 2NXDA 1A8KA 3OWNA 3URJA 4CPWA 1W6IA 2AOEA 5P18A 2HB4A 4Y3AA 3SO9A 2VA6A 1TZSA 2WJOA 5P5ZA 1G6LA 3NDXA 4R5NA 5HDVA 5P2EA 4Y4WA 1PROA 1G2KA 4Y5EA 2WF0A 3WZ7A 4NPTA 5P15A 5P60A 2QD6A 4OBZA 1IVPA 4Y5LA 2CENA 4FRSA 2FNTA 2VS2A 6FIVA 1B5FB 1SMRA 4RZ1A 2O4PA 5P3LA 3C9XA 3OQFA 3L5EA 3UQXA 3GW5A 3O99A 3NU5A 5P5TA 2I4WA 5P2NA 5P3IA 3O9CA 2F3EA 1LV1A 2QU2A 2G69A 1SIVA 5P0UA 4Y3QA 1FQ5A 3VUCA 4QJ7A 3EKWA 2A1EA 4DQEA 3DK1A 1MTRA 4FGXA 5P56A 2IS0A 5P1XA 3L5DA 5P2TA 4AZYA 4DQBA 3EL0A 2Q54A 2FXEA 2G1YA 2APRA 5P6QA 5P7BA 4R95A 3IVIA 4J17A 1HPXA 3S54A 5P3YA 5P59A 5P67A 5P8NA 5APRE 3NLSA 2QNNA 4GJ6A 5DGUA 2Q63A 1NPVA 5P6UA 4LP9A 5P14A 3PCZA 1D4YA 3JVWA 5DR7A 5P25A 2ZHUA 3OOTA 2OAHA 1MESA 2ER9E 2G20A 3HLOA 1APVE 3IA9A 1ZSRA 1EPLE 4DQHA 5JG1A 4B05A 2BPWA 4L1AA 1FG6C 2AZBA 3UHLA 4J1FA 3OXWA 4Z50A 1LYAA 4Y5CA 5DR0A 5P7YA 1G0VA 5P1EA 5P7MA 2O4SA 2QHCA 3VSXA 2I0AA 1Z1HA 5P1YA 2IRZA 1RNEA 4DV9A 4LHHA 1JLDA 2G27A 1MSMA 5P61A 5P8MA 4RRNA 1T6GA 3OUCA 3UQUA 1BILA 3VLAA 3GI4A 4I8ZA 4XX4A 3EXOA 4HZTA 3L5FA 5IS4A 2V13A 1A9MA 1LF4A 4OBJA 4YHQA 4I0GA 2JJIA 5P3RA 5P89A 4B00A 5P51A 3R0YA 2P3BA 2QP8A 5P23A 2I4XA 5P0FA 5P0QA 2V00A 4YBFA 1K6CA 5P1DA 1MRWA 1FEJC 2UXZA 3U7SA 3IVHA 5P8RA 1QBRA 3SM2A 3N4LA 4Y5GA 3U6AA 3PWMA 3NUOA 5P3NA 2RKGA 3DCKA 3IXKA 5P7RA 4H3IA 5P3WA 1J71A 3EKYA 3TOHA 4Y4JA 5P3FA 2VKMA 4JPCA 4I0DA 3R1GB 1IZDA 5P4XA 1BXQA 2WEDA 1E81E 2IKOA 5P09A 3O9FA 3UPJA 5P52A 3OXCA 3OOZA 4TVHA 4FAFA 3U71A 2B42A 1D4HA 2UPJA 5OZWA 5AHBA 2OHLA 3KN0A 3DJKA 4RLDA 1Q9PA 4YCTA 3ZKNA 3RTMA 5P4ZA 4NPUA 4GJDA 3PGIA 5P5FA 1PSOE 1G35A 1B6MA 2IQGA 3OGQA 4AA9A 5P0GA 5C9BA 4TVGA 3QS1A 3ZPSA 1NPWA 2ZHSA 2Q15A 5P7KA 4K4QA 5P8PA 1ODXA 4FRJA 1B5FA 1TSQA 4Y36A 1GNOA 2AODA 5P8GA 5P3MA 4EPJA 4Y4BA 4H3GA 3EKTA 5OYTA 3PJ6A 2G1OA 5P1PA 1BBSA 1UH8A 5P42A 2FIVA 3O9HA 2BB9A 5P7SA 3QP0A 5CLMA 4Y3TA 3IGBA 4QJ2A 3I8WA 3RVIA 4TRZA 2BKTA 3UQPA 5C9DA 1ZBGA 5P2FA 4YOAA 4I11A 2ZE1A 5P6TA 5P5XA 1ODYA 4BEKA 4APRE 3ZKMA 5P0PA 5P37A 2P3CA 4B78A 1LF2A 3S45A 4ZLSA 5P8OA 1ZPKA 1HTGA 1RV7A 1B6JA 5P0AA 3VFBA 5P8SA 1XN3A 1FFFC 3QROA 3OHHA 5HU0A 4Y53A 1OEXA 5P4AA 3SABA 5P5NA 4B70A 5HDZA 4Y3GA 1BV7A 1HXBA 4Y3WA 4DJXA 1E5OE 3EM6A 2WECA 5I3YA 5P5GA 2ZJLA 4EXHA 4OBFA 1YX9A 1M43A 2PMAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0H A;  3S43 A;  4A6C A;  3L38 A;  5OZ0 A;  5P45 A;  3L3A A;  4Y3L A;  3BUF A;  5P62 A;  1TW7 A;  1XS7 D;  2OHQ A;  1APW E;  3GGV A;  1YM2 A;  3CIC A;  3G70 A;  5P6N A;  5P8B A;  2QZL A;  5P3J A;  2PK5 A;  3UFN A;  2WF1 A;  5P22 A;  4I0F A;  4NJS A;  1TSU A;  4D8C A;  1EC2 A;  1SGU A;  5P02 A;  5P4N A;  4CP7 A;  5P2K A;  3LZS A;  4Y50 A;  3EM3 A;  3OTY A;  2AVS A;  4YCK A;  2ANL A;  4EWO A;  5P4H A;  1ODW A;  4FL8 A;  3MXD A;  2VJ7 A;  5AH8 A;  5P0M A;  2AOI A;  5P8J A;  3OXV A;  4I12 A;  1T7K A;  3A2O A;  1IDA A;  4I0I A;  3QBF A;  4Y5M A;  4Y3F A;  1T6E X;  3QPJ A;  5OYU A;  1Z8C A;  4ER1 E;  1A94 A;  1YTJ A;  5P28 A;  3LZV A;  5P7T A;  5P1K A;  5P4K A;  3TKW A;  4CPT A;  5P27 A;  4FAE A;  2F80 A;  5P03 A;  3SM1 A;  4R8Y A;  1PSA A;  5P48 A;  3KFR A;  2G94 A;  1E82 E;  4EJD A;  3QVI A;  5P4R A;  3VF5 A;  2OHM A;  3Q3T A;  4ZPG A;  3UDM A;  2PWR A;  3T7Q A;  3LZY A;  4DH6 A;  5KQY A;  1D4S A;  5P66 A;  1C6Z A;  1EPR E;  2QU3 A;  5E5J A;  4YD6 A;  5P0O A;  2OHU A;  5P63 A;  2VIY A;  3IN3 A;  3S56 A;  1EC0 A;  5HE4 A;  3GI5 A;  2ZHR A;  4PEP A;  3I25 A;  2BPY A;  3URL A;  5OZN A;  3FNU A;  2WEZ A;  1YG9 A;  4CPR A;  1W5V A;  1ENT E;  3OU4 B;  3TPJ A;  5P5P A;  5KQF A;  4EHC A;  1HSI A;  5OYZ A;  2CEM A;  1K2C A;  4RVX A;  3GI0 A;  7HVP A;  2IDW A;  5P3E A;  5OZX A;  5P84 A;  4EQ0 A;  3IN4 A;  1MET A;  3LHG A;  5P00 A;  3INE A;  2VJ9 A;  2NMY A;  4J0Y A;  3BUG A;  2FXD A;  5P2S A;  3PBD A;  3O9G A;  4YE3 A;  4MC2 A;  5P1A A;  3VF7 A;  4N00 A;  1K2B A;  5P7P A;  2MIP A;  5P3S A;  2REN A;  3BGC A;  3UDR A;  3NDU A;  1AZ5 A;  1SH9 A;  1EBK C;  5P05 A;  1FLH A;  3UCB A;  3FIV A;  5P4T A;  2FLE A;  2HC0 A;  2AVM A;  4R92 A;  5P08 A;  1GVV A;  5P39 A;  1FMX A;  4A6B A;  5P5I A;  5P4Y A;  3O9L A;  5P0C A;  3LNK A;  5P7G A;  3PSG A;  5P3V A;  4I0H A;  1BVG A;  9HVP A;  2VA5 A;  5IVQ A;  3GI6 A;  5OZQ A;  1C70 A;  1TQF A;  4Q5M A;  3KT2 A;  1MEU A;  1W5X A;  5P17 A;  3UDY A;  1QBT A;  3Q6Y A;  4Y5A A;  2I4V A;  3LZU A;  4Y5K A;  5P2L A;  4LXA A;  5EZX A;  2Q5K A;  1NPA A;  2QNP A;  4Y3J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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