1DWIM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 5: structure after irradiation with 54.0*10e15 photons/mm2
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwiM00
2GJPA 4B3LA 3L4UA 4D6DA 3GNRA 3UG5A 1TA3B 4KWUA 1UR4A 3CZEA 5A8QA 1JXJA 3ARRA 3ARWA 4W7WA 2JF7A 3S6TA 1UKTA 1US3A 1E6SM 1RPKA 1CXHA 1XCXA 1W3LA 3CPUA 1ZBCA 5AYIA 1UR1A 3VD3A 2XUCA 3OLDA 1MQQA 1VRXA 2Y8VA 3D5HA 3FW6A 1VFFA 5E9AA 2GDUA 3KZSA 3QOMA 4P7RA 4D6JA 2FHCA 7CGTA 5FL0A 4W5ZA 3TTQA 4JHZA 1HXJA 3ZMRA 4TX6A 3BGAA 1JZ5A 1QNSA 3CUHA 1LWHA 5DF0A 2OWCA 3AFBA 4W93A 4B9YA 4RE2A 3W0KA 3T09A 2WSKA 3WD4A 1MFUA 1HN1A 4ML4A 2UY3A 5GNXA 1E4LA 2VRJA 1DWHM 4PEEA 5HNNA 1V3HA 3B9AA 1C7SA 4KRTA 2ZUWA 1KGXA 4AW7A 4X0VA 3M46A 3PN8A 4D72A 2VZSA 1KFWA 3WEMA 4H8UA 3GTNA 3WY1A 1E6QM 3K1DA 1JG9A 5BXRA 2NSXA 1AMYA 4W8LA 2YA0A 3AXIA 4YPJA 4P7OA 1UKSA 1K9EA 3W53A 3AIQA 1B3YA 2VMFA 3VDCA 4W89A 3AHZA 4OIFA 3VINA 3VO0A 2YL8A 4MB4A 3WQ8A 1G5AA 4J7RA 4NZCA 4BF7A 1V02A 2PWEA 1FFQA 1KR1A 4J3XA 4HOZA 1HT6A 4W5UA 1E0WA 4MTVA 4D6CA 1Q6GA 1E1EA 4MB1A 1H3GA 2ZWYA 5C71A 4LYRA 1HJSA 1JZ3A 1EIBA 3GXIA 1KR0A 2J7EA 2YDQA 3AXXA 2JEQA 3CMGA 4QLJA 1ITCA 1J0IA 3WNKA 1E6PA 2QV4A 4B9ZA 2D0GA 2G4FA 2Y8KA 3KE0A 4Q22A 2CBVA 3SCQA 2ZXAA 3PTQA 5FCZA 1IT0A 1LF1A 2UY4A 4D71A 3NCOA 2WKGA 5D9MA 2WMIB 2E9LA 4J3UA 1TE1A 1HIZA 1GOOA 1MVYA 3OLEA 3T2QA 1L0PA 4ZFMA 3MS8A 2VL4A 2WC4A 3T2OA 3QHNA 1D3CA 4E2OA 3WNLA 2WC3A 5DO8A 4AIEA 4MNMA 2EPMX 2VZUA 1V0NA 2XFFA 5CJ5A 1TCMA 2DIEA 3WFLA 4J27A 1JL8A 4C7FA 3M07A 1UOKA 3VKKA 1G9HA 4V2XA 2F8QA 4JIEA 1V0KA 4XZWA 2W63A 5CGTA 2OYMA 2BVTA 1US2A 7A3HA 3WH8A 4PMOA 4R27A 4QLLA 4NRRA 2DT0A 1J18A 4Z2LA 2YOCA 4KGLA 5BYWA 1E4NA 2YLLA 2YKKA 2HVMA 1BYCA 2G3JA 1DTUA 3SUSA 2WMJA 3F4VA 1GJWA 2GK1B 2PWDA 2ZX6A 2XSBA 3ZR5A 4UTFA 5CPTA 3BLPX 4ACZA 3K4AA 3II1A 1PBGA 1V3KA 3MV11 1GORA 4JFVA 1AVAA 2YIHA 1EH9A 3WQ4A 3ZQ9A 3WKZA 5DEZA 3BH4A 1JGIA 2ZIDA 3ZM8A 1FH7A 1BGGA 4OJYA 1XCWA 1ZS2A 2DSKA 4CVUA 1CIUA 4IM4A 1XH2A 1BLIA 4JFTA 3RJXA 5JBEA 1KWKA 2GVYA 2GFTA 3N04A 5BROA 2CKSA 2FGZA 4AY1A 2J78A 3BCDA 1ZL1A 1MXGA 3BAKA 1XH0A 1HJQA 5AC5A 3ARQA 2AOSA 4HP5A 8CGTA 1C93A 3BAWA 4OZOA 2WMFA 1HJWA 3I3EA 4AD1A 1UR9A 4HPGA 5JIPA 3EDJA 1W9PA 3GZAA 4D1IA 2JFEX 2J7DA 4TVDA 1VBUA 3DHUA 2VVNA 3IJ7A 2WANA 4DWSD 1V3LA 3PZQA 4GKLA 4C7GA 5CXPA 1OCQA 1J9YA 4N42A 3NSNA 2WVSA 1KB3A 4H2CA 3W6MA 4AZCA 1GONA 5A6AA 3KL3A 4MDPA 4CD5A 4CN4A 1NM9A 2WVVA 3BAXA 1JI1A 1W2VA 5FL1A 4PMXA 2X0YA 1EDTA 1CBGA 4EANA 1YQ2A 3SCSA 3D3AA 1F4HA 1WAWA 4AEEA 4AZ7A 4HZ7A 2WB5A 2WW5A 3NSMA 2OSYA 3UR7A 5A6BA 2D0FA 1XSIA 3GM8A 1JZ8A 3WDRA 2DT1A 1KXHA 1GQKA 1H4PA 2QPUA 1RD6A 2WYSA 5IXEA 3CBWA 2VR5A 3WIJA 4UFMA 1SYTA 2QMJA 4YN5A 1E1FA 3QHOA 4WSJA 5HDRA 1HJVA 4MB3A 1B90A 1UWIA 1OIMA 3KL5A 3VGFA 2ZOXA 4ATDA 5LA0A 2X09A 1HKIA 2NT1A 4UR9A 1CECA 3QHMA 4UFIA 1OGGA 2V3DA 2FH6A 1E70M 3B8SA 1NP0A 5BRPA 4HMDA 4DUWA 3K46A 4XV0A 2YDSA 1PZ3A 5GQBA 3WDIA 3VNZA 3WEZA 1WZAA 3EYPA 4JKKA 2WLZA 2VCCA 2BXZA 5KZ6A 1R85A 1OB0A 1OGBA 4GQQA 3QOKA 4OBSA 3CLWA 4OUEA 1W91A 5ABGA 2PC8A 1XD0A 2JIWA 3HJEA 3RILA 3AIWA 3UR8A 5CQ1A 5CGMA 4Z2IA 1QOXA 5AC4A 1EOKA 3WFZA 1BVZA 2Q8XA 3FN9A 1C92A 2G8ZA 1KXVA 2DSVA 3WF3A 1MW3A 2WM0A 2CHOA 1CXLA 1VFUA 3N12A 1H2JA 4MAZA 1G01A 1E72M 4PTXA 1PZ2A 5A8MA 3G6LA 1FHDA 1EQCA 4AZHA 1JDDA 2E9MA 3M6DA 4WKHA 5A6LA 4UOJA 1OGSA 2J7BA 2X2YA 1MYRA 1GVIA 2DH2A 3EDFA 3OGVA 3WDQA 4U31A 3WF4A 3CTTA 4M1RA 4AD4A 2UY5A 1DWGM 3CZ8A 3T0BA 1W3KA 3SUTA 4CCCA 2ZXBA 1GPFA 1QHPA 2VNCA 3L2LA 3MO4A 4KRUA 1GHRA 1KGWA 2ZUUA 5I3DA 4BQ3A 1UD4A 4D1JA 2X05A 3POCA 4PN2A 4KH2A 1WDRA 1ISXA 3WH7A 1W1PA 1CGTA 3WF2A 3OLGA 4B3KA 3AISA 2BY0A 1HKJA 1E6XM 5C8BB 3HU7A 2J77A 3OGRA 5A2BA 4BCEA 2VZOA 3GNOA 3GXMA 1E40A 1NWTA 1PIFA 1M53A 4GPNA 2DEPA 5HXMA 3VX0A 2BY1A 3WMCA 4J3WA 3TTOA 2GK1A 1TFVA 2BHYA 2VQTA 2FHBA 3NIYA 3WNNA 3SURA 1FHLA 4FLSA 2A3BA 3NYDA 5AYBA 2OWWA 1NQ6A 1JNDA 4AWEA 1AQHA 1C91A 2XSAA 2EPNA 1E73M 1XGZA 2WMGA 1IZKA 2YJQA 1GQLA 1QNRA 1CGYA 2Z1KA 3LPPA 3SCTA 3CUJA 2CBIA 1LWJA 1HL8A 4F66A 1QI4A 1JYNA 1GUVA 1AQMA 2ZX8A 3K8LA 2NT0A 3ARPA 3A6OA 1CZ1A 3N11A 4CN6A 2OLHA 3W38A 1B1YA 4JFSA 4U3AA 4PMZA 4PMDA 3W25A 2G3MA 5E6YA 6A3HA 5M5DA 3MUZ1 4DWSC 2G41A 5CLWA 1XSJA 3SUVA 3PHAA 1MWOA 3WEOA 1NARA 3RCNA 3BAYA 3LPFA 3VVGA 1BAGA 3SCPA 1EO5A 4GI6A 1EA9C 5CSUA 2XVLA 4AXNA 2A3HA 4JKMA 2ZX5A 1VEMA 2Y2WA 4M56A 4PMNA 1LLOA 1K6AA 1VBRA 4GZEA 1E71M 2ZUNA 1GOIA 4D6FA 5A8OA 4P7NA 1C90A 3AMKA 1UG6A 1VFMA 3TONA 3WUFA 4ZEPA 4AZ5A 1W1YA 4A3YA 3JUGA 1E4MM 4HZ6A 1UD5A 5FD0A 3GXFA 2D3LA 1ISZA 5M3WA 2O9RA 1KQZA 2E8YA 3WUBA 1QNQA 5EMYA 3AS0A 3A4AA 3MMDA 1V0MA 3AHVA 2J25A 1QI5A 4LGXA 4S3KA 5BRQA 2XG9A 3WH9A 1GNXA 2E0PA 4MDOA 2VRKA 2WVTA 1V6VA 1QPKA 1ITXA 1Y7VA 4P8UA 1J10A 3K8MA 3AZRA 4ZXOA 1BYAA 1OBAA 1VAHA 1HKMA 1H0IA 4CKQA 4M24A 3AHTA 4E4PA 2YLAA 1HX0A 3CZLA 5AY7A 3OG2A 1Q6FA 4PUDA 1MXDA 2WHJA 4FF5A 3CIVA 4Z2GA 1B3XA 3FHAA 3CZKA 1WZMA 1E0VA 1B2YA 5I77A 4WF7A 2HISA 1UD6A 1NWRA 5JBFA 5A94A 3UEQA 3L4TA 2JALA 3WQWA 1C3FA 3TOPA 2PWFA 3AROA 4AC1X 3VOCA 4MJ4A 3KEHA 2WWDA 3GYCA 3UG4A 2BVYA 4H8VA 1HP4A 1TUXA 5M17A 1GOMA 2FHFA 5IDIA 2BY3A 4GI9A 4GI8A 3VM7A 2PWGA 9CGTA 2C8NA 4RE4A 5EBAA 1OT1A 3RM8A 4CGTA 2EJ1A 4HOXA 1M04A 3GDBA 4U5KA 3IAQA 2VCAA 2BNJA 2WHKA 1F4AA 3WNPA 3RMEA 5D4YA 3VGBA 2VVSA 3MSDA 4PYSA 1MQPA 3WDHA 1W9VA 1HVQA 1FH9A 5E0CA 2VR4A 5E6ZA 1V3JA 2D23A 2V3EA 4DWSB 2ESCA 1KGUA 2E3ZA 3O6AA 3TP4A 5CPQA 1OT2A 2O9OA 4J3VA 1FFRA 1ESWA 2WK2A 3DHPA 4J28A 1B3VA 1Q4NX 1UR8A 2UWFA 4CU8A 4UZUA 1EO7A 4HU8A 1NP2A 1BQCA 3ARYA 3GH7A 1UKPA 3IAPA 2WNWA 2YBUA 1PX4A 3AIEA 1W9XA 3ZSSA 5DMYA 2VCBA 3AMCA 5DT7A 5I0DA 3WMSA 1JXKA 1X6NA 3IJ9A 3CUFA 1EXPA 2IUZA 3RDKA 1IV8A 2CESA 4UQCA 2E8ZA 4H41A 5I2UA 1E9LA 3FAWA 4FLQA 3L4YA 1V0LA 1ZBKA 3BCFA 1W1TA 1U2YA 2V3FA 3CO4A 4WK9A 1J0KA 2V3GA 2D3NA 3T08A 2VZTA 3AI0A 3U57A 2DGAA 1Z32X 4PBGA 1I75A 3ZJ6A 3VIJA 1UWTA 1AQ0A 4PTVA 1H5VA 3PZOA 1ODZA 2VX5A 4AYSA 4U2YA 3ALFA 2D22A 3VILA 2J7HA 1A3HA 3VGDA 4ATLA 1W32A 1OD8A 2XWDA 5A6SA 1CXKA 3CZJA 1JZ7A 3LMYA 5CZKA 3MSGA 4EK7A 4UQBA 4AISA 1CLXA 3THDA 5GNYA 3FHQA 2BHZA 3BMWA 3RJYA 1V6WA 5I23A 1CEOA 2WMKA 1E15A 4UNIA 2PWHA 2MANA 3UG3A 5A6BD 1LL6A 1LQ0A 2WBGA 1L8NA 2E9BA 4GZIA 3OZOA 4IPNB 2XIBA 1JYVA 1ISVA 2VJXA 3SUUA 1UQYA 4AZGA 4HZ8A 2X8RA 1EDQA 3TTYA 3PBGA 5F7UA 3CUIA 1VENA 1E6RA 1BG4A 3VDHA 2J7GA 1R86A 3A47A 2J7CA 3T0AA 3WQVA 1FH8A 2V5CA 4PUEA 3MMWA 1J0YA 1TA3A 3T2PA 3DYMA 1XYZA 3VIHA 2WCAA 3FAXA 3WQ6A 3AIBA 2DT2A 1DWIM 5LA2A 4BA0A 1IZJA 3GXDA 1WNOA 1CLVA 1OWQA 2CIPA 4K68A 1B30A 2ZUTA 1H1NA 3WELA 3SCUA 2RGLA 1W9BM 4JAWA 5E70A 5BCAA 1ZJAA 4LYQA 4EAMA 1RH9A 4WIWA 3FXYA 1UH4A 1S46A 4AD0A 2E4TA 4M82A 2X1IA 4BS0A 4JZ5A 4GIAA 1UZ4A 1NOFA 5TD4A 3WL1A 3HN3A 5FIPA 3W27A 4L4OA 3K8KA 5I5RA 3DC0A 3ZT6A 4W8AA 4QDMA 4U2ZA 1BYDA 1KCLA 3MKKA 4U3CA 4W86A 2OSWA 5D8ZA 3WH5A 3OBAA 3IJ8A 3BSHA 4TUFA 2CBUA 1JYXA 1H09A 2V5DA 1OD0A 1PX3A 2WPGA 2CERA 4CD4A 2W61A 2EPKX 2FDMA 4PMRA 1C8YA 4PCSA 1CGVA 1JFXA 1QVBA 4CU7A 2EEXA 3AHXA 2J79A 2WVUA 1WCGA 2XM1A 5A69A 4JL2A 4Z2JA 3AIRA 2XHYA 1UWRA 2VOTA 3N17A 3E1F1 4BZYA 4CD6A 3PZMA 1U33A 4AD3A 1U30A 1EOMA 2J47A 3TA9A 3SCRA 2DIJA 2D20A 1GOQA 1E3ZA 4JCMA 4QCFA 4PMVA 4KMQA 5FKYA 4P8WA 1CGXA 2EQDA 1PJ9A 5I79A 3ALGA 3ARZA 1DWFM 4AZIA 1CXEA 2D1ZA 2ZUMA 3UESA 2WHLA 1M7XA 1I1WA 4MNKA 4M81A 2O9PA 4DM1A 4P8XA 4AIUA 2OYKA 2Z1SA 4Y7EA 2V38A 2YL9A 5BXPA 3DYOA 3WDJA 4HPHA 1V6YA 3DECA 5I78A 5JUVA 1ZBWA 4URIA 4DWSA 3G6MA 1SMDA 3SCWA 4YHGA 2ZWZA 4CU6A 1G94A 3L4WA 1CTNA 2WMIA 2XVNA 1ZJBA 4J3TA 1LG1A 1CYGA 1WZLA 2YA1A 1HJXA 5KEZA 2DSWA 2C0HA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2GJP A;  4B3L A;  3L4U A;  4D6D A;  3GNR A;  3UG5 A;  1TA3 B;  4KWU A;  1UR4 A;  3CZE A;  5A8Q A;  1JXJ A;  3ARR A;  3ARW A;  4W7W A;  2JF7 A;  3S6T A;  1UKT A;  1US3 A;  1E6S M;  1RPK A;  1CXH A;  1XCX A;  1W3L A;  3CPU A;  1ZBC A;  5AYI A;  1UR1 A;  3VD3 A;  2XUC A;  3OLD A;  1MQQ A;  1VRX A;  2Y8V A;  3D5H A;  3FW6 A;  1VFF A;  5E9A A;  2GDU A;  3KZS A;  3QOM A;  4P7R A;  4D6J A;  2FHC A;  7CGT A;  5FL0 A;  4W5Z A;  3TTQ A;  4JHZ A;  1HXJ A;  3ZMR A;  4TX6 A;  3BGA A;  1JZ5 A;  1QNS A;  3CUH A;  1LWH A;  5DF0 A;  2OWC A;  3AFB A;  4W93 A;  4B9Y A;  4RE2 A;  3W0K A;  3T09 A;  2WSK A;  3WD4 A;  1MFU A;  1HN1 A;  4ML4 A;  2UY3 A;  5GNX A;  1E4L A;  2VRJ A;  1DWH M;  4PEE A;  5HNN A;  1V3H A;  3B9A A;  1C7S A;  4KRT A;  2ZUW A;  1KGX A;  4AW7 A;  4X0V A;  3M46 A;  3PN8 A;  4D72 A;  2VZS A;  1KFW A;  3WEM A;  4H8U A;  3GTN A;  3WY1 A;  1E6Q M;  3K1D A;  1JG9 A;  5BXR A;  2NSX A;  1AMY A;  4W8L A;  2YA0 A;  3AXI A;  4YPJ A;  4P7O A;  1UKS A;  1K9E A;  3W53 A;  3AIQ A;  1B3Y A;  2VMF A;  3VDC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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