1DYAA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAADNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyaA00
1CV0A 254LA 1SSWA 140LA 2LC9A 2IGCA 1L0KA 3HT6A 1C67A 1CUPA 4OO9A 2B6YA 3HUKA 1D3NA 4E97A 1C63A 3FI5A 2QB0B 1C69A 1L73A 1QSBA 1L58A 3NYAA 1CV3A 4W59A 2RBRA 2NTGA 182LA 1L70A 234LA 255LA 4ARMB 1XEPA 1P2RA 2O7AA 1DYCA 1L00A 1L81A 1L65A 3DKEX 1CV5A 3EMLA 4YXCA 1QS9A 201LA 1L61A 3SB5A 1L93A 196LA 186LA 1G1WA 259LA 130LA 1T8GA 4LDEA 1L94A 1L36A 3V2YA 114LA 2OE7X 173LA 2RB1X 3PBLA 141LA 3GUIA 1L52A 1L01A 1C64A 1L62A 1SX7A 2RAYX 192LA 1T97A 3GUJA 2RB0X 1C6KA 1KW7A 1L09A 1ZURA 1L45A 1I6SA 1LYEA 1SWYA 157LA 190LA 3SB7A 4DKLA 1L25A 235LA 4I7MA 1QUHA 1L30A 3HUAA 1ZYTA 2OU0X 3CDOA 3HDEA 170LA 1JTNA 1L51A 162LA 2HUKA 3C82A 1L89A 1L87A 1CU5A 2Q9DA 3HTGA 4EXMA 150LA 1L28A 1JTMA 158LA 3VW7A 222LA 1L84A 1C65A 3DN1A 188LA 3HH3A 4W53A 1LW9A 1LYHA 4ARJA 1G0QA 1OVKA 1L69A 1L29A 1L90A 163LA 2Q9EA 4GRVA 1C6GA 4I7QA 102LA 1L20A 1C6LA 1L07A 1L16A 1DYBA 110LA 1QUDA 3HTBA 1L86A 1OV7A 3FADA 1L42A 1CX6A 1QTHA 240LA 3UONA 1C6FA 3HU8A 1QUGA 1P64A 160LA 107LA 2O79A 4W54A 1PQOA 104LA 3HWLA 1C6JA 1P46A 245LA 2F32A 3DN8A 1L05A 3CDVA 1QS5A 4I7SA 174LA 1PQKA 230LA 2F2QA 1ZWNA 4I7JA 137LA 2OTYX 226LA 4I7TA 241LA 2RBNA 1P2LA 1P6YA 1L13A 3HT7A 1L31A 1L44A 209LA 1L64A 1L82A 1C6NA 178LA 1LI3A 1L71A 3C80A 1L14A 7LZMA 185LA 199LA 1KY0A 1KS3A 260LA 1G0KA 4W58A 232LA 1EPYA 1L24A 151LA 103LA 156LA 3OE0A 3DMZA 2RBOA 4I7NA 4LZMA 1G07A 1L15A 2LCBA 1QTCA 1L54A 220LA 3SBBC 1L22A 115LA 1CVKA 3SBAA 184LA 1L66A 242LA 2B74A 200LA 3SN6R 1L32A 227LA 1D2WA 3RZEA 1L98A 180LA 1QT5A 1PQIA 3SB8A 1SX2A 3C7YA 155LA 113LA 4EPFA 1K28A 217LA 168LA 172LA 1DYEA 1LWKA 119LA 243LA 262LA 125LA 224LA 4I7PA 1L74A 1KY1A 1OWZA 1L68A 2B7XA 3ODUA 1G0LA 3C8SA 1L48A 237LA 4EKQA 1L18A 4I7KA 252LA 1WTHA 3F8VA 111LA 1L10A 1LLHA 1QT3A 1L21A 1L19A 3DN3A 212LA 4ARQA 3CDQA 129LA 1L40A 1L60A 1KW5A 1G0JA 1L67A 1P56A 1T8FA 206LA 3HH6A 1G0PA 1P3NA 4YXAC 4EKPA 3DN6A 1PQMA 215LA 2ANVA 1LGXA 1QT8A 4W51A 3C7ZA 2F47A 1B6IA 3HT9A 146LA 145LA 248LA 2RBPA 1L55A 3RUNA 3SB9A 3HH5A 225LA 213LA 1QT6A 148LE 2B6TA 1C6HA 2QARC 4EJ4A 3OE6A 187LA 1LGWA 2B6WA 1L88A 1L56A 1OVHA 4ARPA 1C66A 3SB6A 149LA 1L91A 2OE9X 1CU2A 1CU3A 1L75A 1CV6A 1C6EA 1L59A 4EPIA 218LA 189LA 3PDSA 1PQDA 4ARQB 138LA 1C6DA 1C60A 2RB2X 144LA 1L95A 1L17A 1D3JA 258LA 2RBSA 1C6BA 1PQJA 3HTFA 1L37A 3F9LA 1LYIA 4W52A 1P5CA 1L06A 4PJZA 4W56A 3DN0A 3D4SA 1LYJA 3L2XA 120LA 2OE4X 1C6PA 108LA 1P37A 118LA 3DMVA 112LA 251LA 1LPYA 1XJTA 2RBQA 3DMXA 216LA 1L26A 221LA 3OE9A 1LYFA 231LA 4ARMA 3C8QA 181LA 3GUOA 1T8AA 3G3WA 1C68A 1OYUA 1DYGA 236LA 4GBRB 1L63A 1L08A 205LA 247LA 249LA 152LA 1CU6A 1TLAA 3LZMA 253LA 1C62A 1CX7A 256LA 1L99A 109LA 1C6AA 3HU9A 1C6QA 223LA 166LA 3C81A 1OV5A 210LA 1L53A 1JQUA 4W55A 2L78A 1L39A 244LA 3C8RA 1L33A 1P36A 2B75A 1L92A 257LA 2Z6BA 1QTDA 228LA 3GUPA 4W57A 2NTHA 1CU0A 1L27A 261LA 1CUQA 211LA 1CTWA 126LA 3OE8A 4EKRA 4I7LA 1QTVA 1LGUA 1OVJA 3G3VA 123LA 1QUOA 5LZMA 233LA 1L41A 3C7WA 3GUMA 4DAJA 1KNIA 1L57A 2O4WA 1XJUA 1NHBA 139LA 5I14A 1L49A 1L97A 1L43A 4S0WA 2A4TA 3K2RA 4DJHA 3JR6A 1DYFA 2OU8A 3GUKA 4AQNA 2B6ZA 1D3MA 191LA 1LI2A 177LA 2HUMA 165LA 1L47A 1L80A 219LA 2RH1A 1L76A 1L38A 1DYDA 2OEAX 4I7OA 1QTBA 2B70A 3CDRA 4I7RA 3DN4A 3DNAA 1OWYA 1DYAA 4EKSA 1D3FA 2ANXA 1QTZA 1L03A 3GULA 2RAZX 1L23A 3L64A 1CV4A 1L79A 1LWGA 1L83A 250LA 1LYGA 1G1VA 1T6HA 131LA 1C6TA 1D2YA 3QAKA 3CDTA 159LA 167LA 1L50A 4PK0A 1C6CA 4YX7C 198LA 2B73A 1L77A 1C61A 3FA0A 1L11A 6LZMA 127LA 2B72A 195LA 1C6IA 3NY8A 143LA 4LDOA 122LA 3DN2A 2B6XA 238LA 175LA 164LA 128LA 214LA 3NY9A 1L34A 142LA 2OU9A 3HT8A 229LA 239LA 4ZPUA 1L85A 1C6MA 1L72A 3G3XA 3HTDA 3HDFA 1CV1A 1QSQA 1QT4A 4ARLA 169LA 3GUNA 2LZMA 1L46A 1LYDA 161LA 1L0JA 176LA 1LI6A 3C83A 1L02A 2CUUA 1G0MA 1SWZA 3V2WA 197LA 1QT7A 3HUQA 2HULA 4K5YA 1L12A 1D9WA 1G06A 1L96A 171LA 4IAPA 1G0GA 2OTZX 1L35A 4LDLA 183LA 246LA 1SSYA 1L04A 3HH4A 1P7SA 147LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBOA 5M1YA 3AZ5A 4R6CA 1F6RA 1C67A 1YANA 1CUPA 1LZSA 4OO9A 2B6YA 4C3WA 3HUKA 1LJNA 4DD2A 1NBYC 2QB0B 1HFZA 5HNLA 1LAAA 1BVXA 1LHHA 5KXTA 3CB7A 1FLYA 3TXIA 207LA 1L70A 234LA 4XJBA 4ARMB 4XENA 4CHXA 5KXKA 201LA 2H9KA 2G4PA 1TBYA 3EXDA 4WM2A 3B0KA 4XJHA 259LA 1L36A 1WTNA 3W3EA 5HLLA 4CJ2A 3E3DA 4NHTA 4G49A 4YEMA 3GUIA 1LZNA 1B5UA 2XQOA 1HELA 4WLDA 192LA 2DKVA 2BQKA 4ETEA 2W1XA 1OUAA 4Z98A 4UWUA 2F30A 1SWYA 1JEFA 1L25A 1G7JC 4LYTA 3C82A 4GCEA 1L89A 1L87A 3A90A 1YILA 3HTGA 4EXMA 1L28A 2LYOA 1XGTC 1C65A 3DN1A 188LA 3W6EA 1IX0A 1OVKA 1J1PY 1YROA 1GB5A 1LSCA 2Q9EA 2D4JA 3W6AA 3OK0A 5T3FA 1C6GA 4I7QA 1HEMA 1L07A 110LA 1JIYA 3HTBA 135LA 1OV7A 3FADA 2ZNWY 1CX6A 1QTHA 1C6FA 2HEDA 1P64A 107LA 1C6JA 4N0JA 1LZ9A 1AKIA 4I7SA 4RDSA 174LA 5B07A 241LA 1INUA 2RBNA 1GWDA 1P2LA 4HV2A 1IC4Y 1L13A 1UIDA 1LZDA 1L44A 5IELA 1LYZA 1LMOA 1HERA 178LA 4YEOA 4LGKA 1GF4A 2C8OA 1C45A 1KS3A 1LJFA 1FDLY 1YAOA 1FLWA 151LA 103LA 4CFPA 4LZMA 4NSJA 2Z2EA 4RLMA 1L22A 3ATOA 184LA 242LA 4DYGA 2BQCA 1SX2A 1K28A 1H6MA 172LA 1LSFA 1LWKA 3AGGG 5KY1A 1D6PA 1GFAA 4CGEA 125LA 3A96A 1KY1A 3ODUA 1G0LA 1GE2A 4D9ZA 1MELL 1LLHA 5LA8A 1L21A 2Z37A 3WVXA 4B4EA 129LA 1B5VA 5DLAA 4G4HA 4DD9A 1DI5A 2FBBA 4EKPA 4NGJA 1LZ5A 1OUBA 215LA 1SQ2L 1REZA 4HJYA 3CSZA 4DQJA 1L55A 213LA 2BQBA 3KAMA 1N4FA 187LA 3RT5X 3ZVQA 1JUGA 2OE9X 1CU2A 1REYA 1YQVY 2DQJY 3PDSA 1YKZX 1GE3A 1CKFA 4Z3MA 1C6DA 2RB2X 3M18B 4GCDA 1L95A 258LA 1D3JA 1LZBA 4TUNA 1GBXA 2Q0MX 1C6BA 1TDYA 1GF9A 2HUBA 1IP4A 5FELA 1JPOA 2DQCY 1ZVHL 3D4SA 120LA 108LA 1P37A 1XJTA 216LA 4Z46A 3C8QA 3LYTA 4DDCA 3TXJA 1OYUA 5I4WA 1GF8A 4I0CA 1LZYA 4B4JA 1CJ7A 1GFHA 2X0AA 253LA 3LZMA 1REMA 4KT3A 1CX7A 4BADA 109LA 4YOPA 1C6AA 3ULRA 3C81A 5I4YA 1L39A 1P36A 3J6KA 1LSAA 2B75A 2Z6BA 4MR1A 4W57A 3GUPA 1HFXA 1EL1A 1GF0A 1LGUA 1IOCA 4PHIA 5LZMA 1L41A 208LA 2O4WA 3WXUA 1NHBA 3A95A 3CT0A 1L97A 3WUNA 4DDBA 1QUTA 1WVVA 3HFMY 3K2RA 2OU8A 4NWHA 3GUKA 1VFBC 4AQNA 3HBHA 1IOQA 1I20A 177LA 219LA 1B7QA 4Z41A 4MSTA 1QTBA 1UIFA 1D0KA 3CDRA 1OUJA 5FCPA 154LA 1DYAA 5LIOA 2A7FA 1LZRA 3GULA 1DXJA 3B0OA 1J1XY 2YBIA 131LA 1D2YA 1LMAA 3A6CY 4B49A 4PK0A 2Z39A 4P2EA 3CSRA 1LCNA 134LA 3BKHA 1LZEA 3FA0A 1JJ3A 4H9FA 127LA 1C7PA 195LA 1LJJA 5DL9A 3G3AB 1RI8B 4H9CA 1LMCA 4WO6A 5FEKA 2Z18A 2CJLA 1XEKA 1IP1A 3AB6A 238LA 4NGVA 4H94A 3NY9A 4GLAA 1LJKA 5APEA 5ILCA 3HT8A 1G7HC 3MGWA 2PC2A 3A3QA 1L72A 3HTDA 1AT5A 3HDFA 4XJIA 4ARLA 1B0DA 4W94A 1B7NA 1L0JA 1OUFA 4WM6A 3A93A 1G7MC 4HP0A 2HULA 1OQMA 4ANRA 2FBDA 5II3A 1GBSA 3EMSA 171LA 1IIZA 4IAPA 3N9EA 1LTMA 183LA 1UC0A 1XGUC 1CNSA 1L04A 2YBLA 3D9AC 3HH4A 1WQOA 1P7SA 3HBDA 2VB1A 254LA 1SSWA 140LA 1CJ6A 1LSNA 1UIAA 3CT1A 2IGCA 1LJ4A 3WW6A 1H87A 4E97A 1GF5A 1C63A 5KXPA 2LZ2A 1IOTA 1XSFA 1L58A 3B6LA 3NYAA 1CV3A 1OUIA 4XADA 2D4IA 5EBHA 1L00A 3DKEX 1CV5A 1UCOA 1B5ZA 4PRUA 4LT3A 196LA 1JHLA 1L94A 3WU7A 2LHMA 1PZYA 3RW8A 4WLTA 1B5WA 1REXA 1HF4A 1FLQA 1JSFA 5E4PA 1LJEA 1SX7A 5A3ZA 3GUJA 4YF2A 4NWEA 1LZAA 3GXRA 2RB0X 1GB7A 1C6KA 1CKCA 1OUEA 1L45A 1I6SA 1JKBA 1KIPC 1L30A 3HUAA 1ZYTA 2OU0X 8LYZA 1LKSA 4PJ2C 1QIOA 4OOTA 2D91A 5K7OA 2Q9DA 3W6BA 158LA 4QEQA 5LVIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GBO A;  5M1Y A;  3AZ5 A;  4R6C A;  1F6R A;  1C67 A;  1YAN A;  1CUP A;  1LZS A;  4OO9 A;  2B6Y A;  4C3W A;  3HUK A;  1LJN A;  4DD2 A;  1NBY C;  2QB0 B;  1HFZ A;  5HNL A;  1LAA A;  1BVX A;  1LHH A;  5KXT A;  3CB7 A;  1FLY A;  3TXI A;  207L A;  1L70 A;  234L A;  4XJB A;  4ARM B;  4XEN A;  4CHX A;  5KXK A;  201L A;  2H9K A;  2G4P A;  1TBY A;  3EXD A;  4WM2 A;  3B0K A;  4XJH A;  259L A;  1L36 A;  1WTN A;  3W3E A;  5HLL A;  4CJ2 A;  3E3D A;  4NHT A;  4G49 A;  4YEM A;  3GUI A;  1LZN A;  1B5U A;  2XQO A;  1HEL A;  4WLD A;  192L A;  2DKV A;  2BQK A;  4ETE A;  2W1X A;  1OUA A;  4Z98 A;  4UWU A;  2F30 A;  1SWY A;  1JEF A;  1L25 A;  1G7J C;  4LYT A;  3C82 A;  4GCE A;  1L89 A;  1L87 A;  3A90 A;  1YIL A;  3HTG A;  4EXM A;  1L28 A;  2LYO A;  1XGT C;  1C65 A;  3DN1 A;  188L A;  3W6E A;  1IX0 A;  1OVK A;  1J1P Y;  1YRO A;  1GB5 A;  1LSC A;  2Q9E A;  2D4J A;  3W6A A;  3OK0 A;  5T3F A;  1C6G A;  4I7Q A;  1HEM A;  1L07 A;  110L A;  1JIY A;  3HTB A;  135L A;  1OV7 A;  3FAD A;  2ZNW Y;  1CX6 A;  1QTH A;  1C6F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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