1DYDA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAALNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dydA00
1C6AA 1CU3A 253LA 3VW7A 2RBPA 3F8VA 3HDEA 1KS3A 4DJHA 1DYCA 250LA 1L23A 1L69A 2F32A 3EMLA 4W58A 3DN6A 159LA 128LA 189LA 1JTNA 4W53A 177LA 1LYIA 3C7YA 1P3NA 181LA 1CX6A 223LA 2LZMA 1C6DA 1PQKA 3HDFA 1L49A 4EKQA 3K2RA 1C62A 1PQDA 1L95A 188LA 1DYAA 1K28A 242LA 103LA 2B70A 1L39A 1T8GA 3SBBC 4I7NA 1QTBA 2B7XA 2RBSA 4I7MA 1L77A 3GUNA 214LA 205LA 1XJTA 2ANVA 1L34A 4I7OA 1CV0A 110LA 1CU5A 1L44A 2ANXA 3C83A 1L48A 1P7SA 144LA 182LA 2RB0X 4W52A 1L17A 3DN3A 1QUOA 164LA 1SWYA 2QARC 1L00A 1L72A 1L96A 1QT8A 141LA 232LA 161LA 254LA 1L87A 1G0QA 150LA 1L52A 4LDLA 1C6PA 1T6HA 4IAPA 3C8RA 4EPFA 1P64A 3SB8A 1L12A 4AQNA 1G1WA 1G0LA 1L98A 243LA 3HT6A 1T97A 3HT7A 1L11A 3ODUA 1L99A 3HUKA 1L40A 1LWGA 1C6EA 230LA 2CUUA 1L55A 4I7JA 1L10A 3HH6A 3C81A 1L90A 4YXCA 2B72A 120LA 1L56A 2OU9A 1G0GA 226LA 1L51A 2F2QA 185LA 3SB5A 174LA 211LA 3L2XA 1C69A 2Q9EA 255LA 3D4SA 1L32A 1L89A 2RBQA 3DN0A 126LA 1I6SA 3HU8A 3PDSA 162LA 1L60A 109LA 4W51A 1QUGA 3GUJA 1C6IA 1L0KA 244LA 3SB6A 1LYEA 1P36A 130LA 3GUPA 3DN4A 240LA 3DN2A 1QSQA 234LA 160LA 3DN8A 1P37A 1QT7A 1L08A 1L26A 2O79A 1L19A 2B75A 1L86A 2RB1X 1L21A 1G06A 217LA 3SN6R 1L88A 1L29A 228LA 2O7AA 1D3JA 1L65A 1TLAA 4W56A 2RH1A 1KW5A 3NYAA 1P56A 4ZPUA 4EJ4A 118LA 1CV1A 108LA 258LA 1D3MA 206LA 1CU2A 2B6XA 1C6BA 1L80A 3GUMA 247LA 3HUAA 1P6YA 3C80A 3DNAA 3HTFA 191LA 1L70A 1QUHA 215LA 1D3NA 2RB2X 1L71A 3FA0A 2B74A 1L06A 1CV5A 1L84A 225LA 1LYJA 1JQUA 3FADA 1QTCA 1QTHA 1OYUA 2NTHA 1T8AA 216LA 248LA 1L16A 2B6YA 1L64A 171LA 213LA 3G3XA 3HH3A 3HWLA 3OE8A 1L25A 1DYGA 157LA 1C65A 1D9WA 1L15A 173LA 1L42A 4EKSA 2QB0B 1LW9A 1DYEA 175LA 1XJUA 212LA 1L04A 1L14A 149LA 257LA 3NY9A 1KNIA 1C6HA 102LA 1CUQA 1LGUA 4GRVA 3DMZA 261LA 4EXMA 1PQIA 1L82A 1ZWNA 3CDQA 3RUNA 2B73A 1C68A 3C82A 3LZMA 4I7SA 1QTDA 196LA 184LA 1L20A 158LA 1L63A 5I14A 2RBRA 1PQOA 138LA 2RAYX 163LA 1C6NA 1L81A 1CTWA 1L46A 1KY1A 3DMXA 222LA 1CV6A 156LA 112LA 2HUMA 1L0JA 1L74A 3G3WA 1L41A 227LA 198LA 1SWZA 1C63A 1P2LA 1C6MA 1L33A 1D3FA 4I7RA 152LA 4ARJA 3C7WA 201LA 129LA 1L24A 3CDOA 1P46A 1OV5A 1C6KA 1OVKA 4ARLA 1CV4A 1LPYA 1OWYA 1DYBA 1L13A 224LA 3UONA 249LA 1G0JA 4GBRB 2B6WA 1L66A 1C6JA 2HULA 1ZURA 114LA 197LA 1OVHA 1P5CA 2O4WA 3HH5A 1OVJA 2B6ZA 1L94A 3F9LA 169LA 166LA 1CUPA 3QAKA 3HH4A 1LGWA 1C67A 1XEPA 1G0MA 2OE4X 3C8QA 1C60A 1L18A 2OEAX 3C7ZA 4OO9A 4DKLA 4I7PA 2OE9X 3DMVA 4LDEA 1G0KA 3GUKA 2NTGA 1WTHA 4I7KA 1L28A 2L78A 236LA 4PK0A 210LA 1L59A 229LA 1LYHA 1L02A 3FI5A 2B6TA 3PBLA 2RAZX 1C64A 1CVKA 1L83A 167LA 1L22A 4EKPA 4W59A 1QS5A 1SSWA 1B6IA 3NY8A 1L73A 2IGCA 4W55A 3C8SA 1NHBA 190LA 186LA 1L01A 241LA 1L43A 176LA 2HUKA 1L61A 1L93A 1G0PA 1LGXA 246LA 237LA 3SBAA 1T8FA 1L38A 1L37A 3CDTA 231LA 3CDVA 238LA 1L76A 6LZMA 1DYDA 1PQMA 151LA 3CDRA 2RBOA 123LA 1L97A 1OV7A 3HT8A 3GUIA 1L50A 4ARQB 1C61A 131LA 1LYFA 4YXAC 3HTGA 1L57A 260LA 1QS9A 1LI3A 1CV3A 1ZYTA 3SB9A 199LA 1L36A 3GUOA 139LA 146LA 4S0WA 4ARPA 3OE9A 1L30A 239LA 3SB7A 4DAJA 4I7LA 1KY0A 1L45A 142LA 4W54A 2OU8A 113LA 1L03A 2LC9A 1C6TA 122LA 1G07A 3L64A 4ARQA 4I7QA 1CU0A 1C6GA 1LLHA 3DKEX 104LA 1L79A 3HU9A 3HTDA 1L05A 1L53A 107LA 145LA 4I7TA 1C66A 2A4TA 209LA 3V2WA 4PJZA 1LYDA 2Q9DA 218LA 3HT9A 1L75A 4E97A 1QT3A 4EKRA 111LA 1DYFA 165LA 3DN1A 1L58A 125LA 2OTZX 1L09A 147LA 1L07A 1C6FA 1QTVA 233LA 3OE6A 148LE 3V2YA 183LA 1G1VA 4EPIA 2Z6BA 172LA 1KW7A 251LA 1SX2A 192LA 1QT4A 252LA 137LA 4LDOA 1D2YA 1LI6A 2LCBA 1C6QA 187LA 219LA 155LA 1D2WA 4W57A 5LZMA 1QUDA 170LA 3OE0A 178LA 1LI2A 1L27A 1CX7A 7LZMA 1P2RA 1SX7A 1L31A 3RZEA 2F47A 143LA 1QT5A 4K5YA 195LA 1EPYA 259LA 1SSYA 1LWKA 262LA 127LA 4ARMB 2RBNA 1QSBA 3GULA 1L47A 1L62A 200LA 3JR6A 1L91A 119LA 180LA 1OWZA 1QT6A 168LA 1JTMA 221LA 2OU0X 1QTZA 2OTYX 1L92A 2OE7X 1C6LA 256LA 1L54A 4LZMA 3HTBA 3G3VA 4YX7C 1L85A 1CU6A 4ARMA 115LA 1L68A 235LA 3HUQA 1L67A 140LA 1C6CA 1PQJA 1LYGA 245LA 1L35A 220LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BAFA 1B7PA 3WMKA 4NGKA 4UWNA 3W6FA 4DJHA 1HELA 4NG8A 1CJ6A 1UCOA 250LA 4PPOA 1LHMA 3WPJA 1L69A 5A3ZA 1HEWA 189LA 1JTNA 4W53A 1LPIA 1HF4A 1IP6A 3C7YA 1GEVA 4NGYA 223LA 1C6DA 1XGUC 3W6AA 2YBLA 1XEJA 2IFFY 1RJCB 1DYAA 2C8PA 2B70A 1LJKA 4I7MA 1BB6A 1LOZA 3A3QA 4W52A 1FN5A 2BPUA 2BQBA 3E3DA 1QUOA 1GB7A 5EBHA 2BAAA 1KXWA 1D0MA 1L87A 4BS7A 1L52A 2EKSC 1LMAA 1JJ1A 4H8ZA 1LZBA 5A3EA 135LA 1LMOA 2FYCA 1LTMA 3EXDA 1GFHA 1T97A 4XN6A 1O23A 2DQIY 1L40A 1FLWA 2ZWBA 1QTEA 4N8ZA 2BQEA 2B72A 1CKDA 5B59A 1ZVHL 4NGWA 1L51A 5KXYA 2ZNWY 4WLDA 1GBWA 3RU5A 3DN0A 1IIZA 3GXRA 3HU8A 1L60A 1LZDA 1GF9A 2EPEA 1C6IA 4HV1A 1P36A 130LA 3CSRA 3DN4A 1GFJA 5APDA 1P37A 4NGZA 4PHIA 5APFA 5L3IA 1L26A 1L21A 1JKBA 1L88A 228LA 1LSEA 2N5ZA 1L65A 4W56A 1P56A 2Z37A 4ZPUA 4EJ4A 1GWDA 4WLTA 3G3AB 3TXIA 4HTKA 2DBTA 1C6BA 2F30A 2FBDA 1XEIA 3HUAA 1QUHA 4GCFA 4J1BA 1D3NA 2W1MA 1JTPL 4NGVA 6LYTA 4OOTA 4LYMA 1L84A 1IX0A 225LA 1RE2A 4OWEA 3FADA 1QTHA 4OWAA 1ALCA 1CJ8A 216LA 3A6CY 1IOTA 157LA 1C65A 7LYZA 1IOCA 5LAFA 175LA 3WW6A 3AGGG 5IDDA 1IP3A 1KNIA 2Z2FA 4XYYA 5HNLA 3DMZA 4H91A 1KIPC 1L82A 3CDQA 1C45A 2HEDA 1L63A 1MELL 3LYTA 1GBZA 2ZILA 4NWEA 138LA 1LKSA 1QIOA 2RAYX 163LA 1L81A 1BB7A 1CTWA 1KXYA 4AXTA 2HUMA 1C63A 4LZTA 4H8XA 3A94A 201LA 3CDOA 1EQ5A 1P46A 1LHIA 1UICA 224LA 2Z19A 2Z39A 2B6WA 4Z98A 5LIOA 5B05A 1VEDA 1ZV5L 1LSYA 1OVHA 1IOSA 1GF5A 2O4WA 1OVJA 1LJGA 3FE0A 5KXSA 1CUPA 1TCYA 4ZEEA 3QAKA 5LINA 1C67A 2D6BA 1HSXA 1L18A 4DKLA 4OO9A 3LYZA 1WTHA 2L78A 5C6LA 3M3UA 1LSCA 4PK0A 4PJ2C 132LA 3T36A 1L59A 1B9OA 4GN3A 229LA 1LYHA 3WUNA 2RSCA 3FI5A 1LZ4A 4B1AA 1LZ1A 1JKAA 1L83A 3TMVA 2MEEA 1B6IA 3NY8A 2IGCA 186LA 4NHQA 1L61A 2CWIA 1G0PA 1LGXA 2EQLA 4N9RA 1T8FA 1FBIX 4DT3A 1PQMA 3CDRA 1B7SA 1GD6A 3GUIA 1LJ3A 5DN4A 1C61A 4YXAC 1IR9A 1LI3A 1T3PA 3SB9A 1IWZA 1LAAA 146LA 3M18B 3OE9A 3WULA 1L30A 1L45A 1LHLA 2F2NA 4YEMA 2OU8A 1C6TA 104LA 4HJYA 1L53A 1GB0A 145LA 3QE8A 4KXIA 1C66A 3LZ2A 2A4TA 1DKKA 4PJZA 1LYDA 1GAYA 1LZ6A 4DQ7A 3F6ZA 1L75A 4E97A 2DQGY 1WQMA 1DYFA 5F9XA 2DQJY 1BB3A 1FLQA 1C6FA 1GE1A 5HMVA 1F6RA 1REZA 1SX2A 4WO9A 3B0IA 1LSDA 252LA 3G3BB 1YKYX 1AKIA 4OWHA 1GF0A 3HBEX 2BLXA 1IWTA 1C6QA 1IEEA 3RZ4A 5LZMA 1QUDA 1HFYA 178LA 4QY9A 1L27A 1JTTL 1IC5Y 1CX7A 7LZMA 3RZEA 1CJ7A 1GB9A 3AZ4A 1IR8A 259LA 1SSYA 4DD1A 2GV0A 4NIJA 4LT0A 3GULA 1L62A 4H9IA 2W1LA 4WG1A 4LT1A 119LA 2BQDA 1B5YA 1BB4A 1GXV2 1UA6Y 3OJPA 1QTZA 3AW6A 4XJHA 5IELA 1W08A 4YX7C 4OWCA 1OUBA 1L68A 3HUQA 2BQGA 1AT5A 1REXA 1PQJA 1B5VA 245LA 167LA 2MEFA 5AMYA 3VW7A 4ETBA 2RBPA 3A96A 3HDEA 1IWWA 5HMJA 1DYCA 1YAPA 4H94A 3A3RX 4H9EA 2F32A 159LA 3A93A 3WW5A 4B0DA 1I1ZA 2F4AA 1GFTA 1UIHA 1IC7Y 1OUHA 1LJIA 4EKQA 1PQDA 1K28A 242LA 3BKVA 4TWSA 5KXZA 1INUA 3GUNA 3TXDA 4KT3A 1B2KA 4I7OA 3GXKA 1L48A 1P7SA 2YBMA 1IOQA 1BWHA 182LA 3TXGA 4DDAA 2RB0X 1F6SA 3W6BA 3EMSA 164LA 4O34A 4HSFA 1JUGA 254LA 4ETDA 5KXLA 150LA 1CJ9A 2HEFA 4EPFA 1P64A 4DYGA 1GF7A 3SB8A 4ET8A 4EOFA 1F10A 1QQYA 1GE4A 1YKZX 2FBBA 3HT6A 3HT7A 1L99A 3HUKA 2ZQ3A 1LWGA 4J0LA 2NWDX 1HC0A 1L55A 4I7JA 3TXJA 3C81A 5JENB 3IWRA 4YXCA 1AT6A 1L56A 1G0GA 5DM9A 3W6CA 2AUBA 1RCMA 3SB5A 3WUAA 3AB6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BAF A;  1B7P A;  3WMK A;  4NGK A;  4UWN A;  3W6F A;  4DJH A;  1HEL A;  4NG8 A;  1CJ6 A;  1UCO A;  250L A;  4PPO A;  1LHM A;  3WPJ A;  1L69 A;  5A3Z A;  1HEW A;  189L A;  1JTN A;  4W53 A;  1LPI A;  1HF4 A;  1IP6 A;  3C7Y A;  1GEV A;  4NGY A;  223L A;  1C6D A;  1XGU C;  3W6A A;  2YBL A;  1XEJ A;  2IFF Y;  1RJC B;  1DYA A;  2C8P A;  2B70 A;  1LJK A;  4I7M A;  1BB6 A;  1LOZ A;  3A3Q A;  4W52 A;  1FN5 A;  2BPU A;  2BQB A;  3E3D A;  1QUO A;  1GB7 A;  5EBH A;  2BAA A;  1KXW A;  1D0M A;  1L87 A;  4BS7 A;  1L52 A;  2EKS C;  1LMA A;  1JJ1 A;  4H8Z A;  1LZB A;  5A3E A;  135L A;  1LMO A;  2FYC A;  1LTM A;  3EXD A;  1GFH A;  1T97 A;  4XN6 A;  1O23 A;  2DQI Y;  1L40 A;  1FLW A;  2ZWB A;  1QTE A;  4N8Z A;  2BQE A;  2B72 A;  1CKD A;  5B59 A;  1ZVH L;  4NGW A;  1L51 A;  5KXY A;  2ZNW Y;  4WLD A;  1GBW A;  3RU5 A;  3DN0 A;  1IIZ A;  3GXR A;  3HU8 A;  1L60 A;  1LZD A;  1GF9 A;  2EPE A;  1C6I A;  4HV1 A;  1P36 A;  130L A;  3CSR A;  3DN4 A;  1GFJ A;  5APD A;  1P37 A;  4NGZ A;  4PHI A;  5APF A;  5L3I A;  1L26 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4BAF A;  1B7P A;  3WMK A;  4NGK A;  4UWN A;  3W6F A;  4DJH A;  1HEL A;  4NG8 A;  1CJ6 A;  1UCO A;  250L A;  4PPO A;  1LHM A;  3WPJ A;  1L69 A;  5A3Z A;  1HEW A;  189L A;  1JTN A;  4W53 A;  1LPI A;  1HF4 A;  1IP6 A;  3C7Y A;  1GEV A;  4NGY A;  223L A;  1C6D A;  1XGU C;  3W6A A;  2YBL A;  1XEJ A;  2IFF Y;  1RJC B;  1DYA A;  2C8P A;  2B70 A;  1LJK A;  4I7M A;  1BB6 A;  1LOZ A;  3A3Q A;  4W52 A;  1FN5 A;  2BPU A;  2BQB A;  3E3D A;  1QUO A;  1GB7 A;  5EBH A;  2BAA A;  1KXW A;  1D0M A;  1L87 A;  4BS7 A;  1L52 A;  2EKS C;  1LMA A;  1JJ1 A;  4H8Z A;  1LZB A;  5A3E A;  135L A;  1LMO A;  2FYC A;  1LTM A;  3EXD A;  1GFH A;  1T97 A;  4XN6 A;  1O23 A;  2DQI Y;  1L40 A;  1FLW A;  2ZWB A;  1QTE A;  4N8Z A;  2BQE A;  2B72 A;  1CKD A;  5B59 A;  1ZVH L;  4NGW A;  1L51 A;  5KXY A;  2ZNW Y;  4WLD A;  1GBW A;  3RU5 A;  3DN0 A;  1IIZ A;  3GXR A;  3HU8 A;  1L60 A;  1LZD A;  1GF9 A;  2EPE A;  1C6I A;  4HV1 A;  1P36 A;  130L A;  3CSR A;  3DN4 A;  1GFJ A;  5APD A;  1P37 A;  4NGZ A;  4PHI A;  5APF A;  5L3I A;  1L26 A; 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