1DYEA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAASNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyeA00
1KY1A 1OYUA 3D4SA 1CU0A 1L74A 4I7TA 1CVKA 156LA 4PJZA 103LA 161LA 125LA 221LA 2B74A 2OU9A 1L21A 2O7AA 4I7PA 3DN0A 1L49A 1XJTA 3C7ZA 1PQIA 2LC9A 226LA 247LA 4YX7C 260LA 2B6YA 3DKEX 3HT8A 2ANVA 3SB9A 1QT6A 256LA 1QTHA 3HTDA 183LA 220LA 1C6PA 128LA 1L35A 1OWYA 206LA 1LYHA 1DYGA 1K28A 1L14A 177LA 140LA 2RH1A 115LA 1OVJA 7LZMA 1L84A 1P5CA 146LA 148LE 1TLAA 1C6JA 1G0PA 2F32A 2B73A 3GUIA 261LA 3C7YA 1L76A 131LA 3DNAA 1C69A 3HH3A 3HH4A 1LW9A 3LZMA 2L78A 211LA 1LGXA 1T6HA 191LA 1L48A 1L68A 1QT7A 1XEPA 3C82A 4W56A 1L03A 129LA 1KW7A 4YXAC 4DKLA 196LA 1L51A 1DYDA 1SSYA 110LA 4I7MA 1P7SA 1ZYTA 2F47A 2RAZX 127LA 1QTZA 4DAJA 1OVKA 1L62A 2O4WA 159LA 3PDSA 1L58A 2A4TA 150LA 2RB2X 1L66A 4ARLA 104LA 4I7SA 141LA 1G0GA 1QTCA 3SBAA 4GRVA 1CUPA 1G1VA 246LA 3GUJA 1DYCA 236LA 2O79A 3GULA 1DYAA 224LA 3DMZA 241LA 2Q9EA 1L85A 4EKSA 2OU0X 122LA 192LA 3HUAA 1G0JA 4W58A 1L28A 4IAPA 4EKRA 4EJ4A 239LA 2B72A 1QS9A 1DYFA 1L90A 1L99A 2F2QA 2Z6BA 3SB7A 162LA 1L81A 1L29A 1LYJA 3CDTA 3HT7A 1G0QA 3DN6A 1C6CA 1QUHA 3C83A 2RBOA 1DYEA 4ARMB 147LA 232LA 1C6MA 1L88A 2LCBA 1LGWA 2IGCA 142LA 1T8GA 1G1WA 3GUMA 1L82A 3NY8A 3FI5A 1QS5A 2RAYX 3OE6A 1T8FA 4EXMA 164LA 1QSQA 1LI3A 1L0KA 2RBNA 165LA 3SB6A 3C8RA 181LA 186LA 1OV5A 3HTBA 4LDOA 3DN4A 1L53A 3SBBC 1C6LA 1D3NA 120LA 217LA 2RBQA 3OE9A 3SN6R 259LA 1PQKA 2OE4X 185LA 3FA0A 1T97A 1L57A 250LA 254LA 1L16A 1SX2A 1CTWA 2QB0B 257LA 1L98A 1L95A 2RB1X 1L80A 3HDEA 4ARPA 166LA 3HH5A 3HTGA 4ZPUA 230LA 1CU6A 1L54A 1G0LA 123LA 3F9LA 1I6SA 2CUUA 1L71A 1L13A 1L55A 1L05A 1QTBA 4EPFA 195LA 1PQOA 1C67A 1LYDA 4ARQA 3CDRA 102LA 1C6AA 3HDFA 1L75A 199LA 169LA 1D2WA 1P2RA 176LA 1C64A 1P2LA 188LA 1D3MA 1L63A 155LA 1EPYA 3HUKA 1L00A 2RB0X 152LA 1L91A 1L92A 3QAKA 2B75A 1QT4A 3HH6A 1LYIA 218LA 4E97A 6LZMA 1L67A 2B6XA 2NTGA 1PQDA 213LA 1CV6A 1L15A 1CV1A 1C68A 1D3JA 1C6GA 2NTHA 173LA 1L33A 111LA 1C66A 1QUOA 1L25A 2HUMA 245LA 1WTHA 1XJUA 262LA 3GUNA 1T8AA 4EKQA 3DMVA 1QT3A 3HU8A 215LA 1LYFA 1L65A 2RBPA 1L34A 1QT8A 1L22A 1D3FA 1L45A 3RUNA 1L08A 1C6FA 1ZURA 3L64A 2ANXA 126LA 189LA 1L12A 1JTMA 1LGUA 4LDLA 2HULA 1L59A 4I7QA 1JQUA 1C6TA 3V2YA 1L36A 1L07A 4GBRB 216LA 118LA 2OTYX 3C80A 1G07A 1L64A 151LA 1L70A 145LA 1D2YA 1L83A 198LA 2B6TA 1KW5A 234LA 1C60A 4EKPA 3HUQA 3CDQA 1L97A 1CV3A 1LWKA 1P46A 112LA 2B6WA 3HT9A 219LA 1L24A 3V2WA 1L06A 4S0WA 4W59A 1L27A 171LA 3RZEA 4YXCA 2OU8A 3OE0A 1L17A 201LA 252LA 1QTVA 1L44A 1C6KA 1CU2A 3HWLA 244LA 1P6YA 3DN2A 119LA 1L37A 3C81A 253LA 4LDEA 3HU9A 3F8VA 4W54A 3G3XA 168LA 237LA 149LA 1L09A 1L56A 4W51A 1QUDA 187LA 242LA 1P37A 2RBSA 3NYAA 1LWGA 3G3WA 113LA 209LA 2B70A 178LA 1L93A 4W55A 1L61A 2OE7X 1OVHA 225LA 1CV0A 1L31A 1G0KA 2LZMA 223LA 1L89A 1P56A 1L50A 1L77A 2Q9DA 1QUGA 200LA 4I7NA 1P64A 1L04A 214LA 4LZMA 4W53A 1L41A 1SWYA 3C8QA 1D9WA 2QARC 1G06A 109LA 1CU5A 1LYGA 3VW7A 227LA 1ZWNA 3CDVA 4PK0A 1L11A 1CUQA 212LA 3DN8A 3FADA 4ARQB 4DJHA 4EPIA 4ARJA 3GUPA 1QTDA 1QSBA 1CU3A 1C6IA 1C6DA 2OEAX 3SB8A 1L46A 163LA 2RBRA 1L20A 3C8SA 3HTFA 1L60A 1L30A 114LA 3NY9A 1L40A 251LA 2B6ZA 4I7OA 231LA 1L86A 170LA 190LA 1OWZA 130LA 1CV4A 2OTZX 1L96A 3L2XA 1L0JA 172LA 184LA 1KS3A 174LA 3DN1A 1LPYA 4W52A 1L39A 3JR6A 3HT6A 4OO9A 1QT5A 4I7JA 4I7RA 1KNIA 1L43A 210LA 3GUOA 4I7LA 1C65A 233LA 1CX7A 182LA 1L72A 205LA 3K2RA 1L26A 1L32A 107LA 1L42A 143LA 5I14A 167LA 2B7XA 1C6BA 1CV5A 1P3NA 1L79A 1PQMA 3PBLA 243LA 138LA 1L38A 255LA 1SX7A 5LZMA 1C63A 1C62A 3CDOA 1DYBA 1L52A 1L18A 180LA 160LA 4ARMA 222LA 1G0MA 3UONA 175LA 1NHBA 108LA 3DMXA 1C6QA 1L02A 1OV7A 235LA 197LA 1L73A 1L87A 1C6HA 144LA 3EMLA 1L10A 229LA 2HUKA 3G3VA 1C61A 4AQNA 1C6EA 139LA 1L69A 1CX6A 157LA 1L94A 240LA 1KY0A 1P36A 1JTNA 1LI2A 249LA 4I7KA 1SWZA 1LYEA 4K5YA 1B6IA 1L01A 1LI6A 2OE9X 238LA 1LLHA 258LA 3GUKA 228LA 4W57A 1L23A 1SSWA 1C6NA 137LA 3C7WA 248LA 1L19A 158LA 1PQJA 3OE8A 1L47A 3ODUA 3SB5A 3DN3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHLA 3D4SA 2MEGA 1GBXA 2HTXA 4PGJB 2ZILA 2Z37A 4TWSA 1GFKA 5B07A 1L21A 1IORA 1XJTA 2BQDA 5HNLA 2LC9A 1B7OA 4OOTA 4I8SA 2ANVA 3SB9A 1QTEA 183LA 1IP5A 1LSNA 3WU7A 128LA 1VATA 1OWYA 4B4IA 1LYHA 1DYGA 1K28A 4U3XB 3AZ6A 1A2YC 1GE0A 4OWBA 1IY3A 1RJCB 2F32A 2BQMA 261LA 3C7YA 131LA 3DNAA 4NHIA 1YKYX 4G4CA 3HH4A 3N9AA 2ZYCA 1IEEA 1T6HA 1L48A 1QT7A 4W56A 1KW7A 4DKLA 4ANRA 1DYDA 5I4YA 1P7SA 1ZYTA 3W6EA 3TXDA 1FLQA 1L62A 3MGWA 3AZ7A 2A7DA 4NHPA 1G1VA 1IX0A 236LA 4HP0A 4LYMA 1J1XY 4NY5A 2OU0X 4WL7A 1L28A 4EKRA 4EJ4A 1LZCA 2B72A 1QS9A 1L90A 2F2QA 2Z6BA 4IASA 3SB7A 3AGHA 1L81A 1KXWA 1AT5A 1QUHA 3WYHA 3C83A 4HV2A 1LJNA 147LA 1IWYA 1AM7A 1LZDA 3NY8A 1F10A 4PRQA 2YBJA 3OE6A 4H8XA 1JKAA 4HTNA 4OOOA 1LI3A 1LYYA 1OV5A 1KIRC 1JEFA 2RBQA 1HERA 3TMVA 5C6LA 1WTNA 259LA 2OE4X 3A95A 1JPOA 3WW5A 3FA0A 4N9RA 3QY4A 4WM1A 2F4AA 1GEVA 4NSGA 1C7PA 1CTWA 3B0KA 2HU1A 5L9JA 1XEKA 3HDEA 166LA 1VAUA 3HTGA 230LA 3SP3A 2MECA 4TX7A 3F9LA 1L13A 1L55A 1RCMA 195LA 4XN6A 1LKRA 4ARQA 3TXGA 4XJFA 3WL2A 1GB0A 4EMNA 4UWVA 199LA 2BQCA 169LA 188LA 5KXPA 1FKVA 4Z46A 5C6JA 3HUKA 3CSRA 3QAKA 2B6XA 2NTGA 4NHQA 3LHMA 1WQMA 1CV6A 5LAFA 1UIEA 3IJVA 4DDCA 1QUOA 3A96A 4B4EA 3EXDA 1TDYA 262LA 3AW7A 3DMVA 3HU8A 4DYGA 215LA 1LSCA 4WG7A 1YAQA 5K7OA 1LHJA 2RBPA 1YAPA 4NHTA 2BLXA 2Z18A 7LYZA 4NGOA 2MEIA 1LSBA 2AUBA 3L64A 3FI7A 2ZQ3A 4LDLA 1HSWA 4WM4A 1L36A 2BPUA 216LA 118LA 2OTYX 151LA 2Z2FA 1FLWA 3TXIA 1IVMA 1LJJA 1IWWA 4NSIA 1GAYA 1LWKA 3TXBA 2B6WA 1LZ1A 154LA 3OJPA 4W59A 1L27A 1GWDA 2OU8A 3OE0A 4N1CC 1HC0A 4NFVA 1B7SA 1I1ZA 119LA 4X3BA 3W3EA 4GCBA 1OUJA 168LA 1L56A 2FBDA 1P37A 5DL9A 3NYAA 2MEFA 1CKFA 1LPIA 1LZAA 1B5UA 1L93A 2YBHA 1JWRA 5LVJA 4GLAA 4YOPA 4TSCA 4XJHA 1P56A 1GEZA 2Q9DA 1UIDA 3N9EA 1NQIA 3P68A 4WO9A 4ETDA 1LKSA 3B72A 4LZMA 1L41A 1JISA 1D0MA 3C8QA 4Z98A 4XJDA 4B49A 109LA 1CU5A 3VW7A 1NDMC 4PK0A 2G4QA 1CUQA 3DN8A 3FADA 4DJHA 4MSTA 4DDAA 4ARJA 1CKHA 1QTDA 6LYTA 3HBHA 1LJ4A 4UWNA 3HTFA 5J7CA 1JTOL 114LA 3NY9A 4I7OA 4KPMA 1L86A 1ZV5L 190LA 3ZEKA 4ZEEA 1GF0A 5LVGA 1GFHA 1RE2A 1GFEA 4N5RA 4W52A 1EQ4A 3LYMA 1W6ZA 4HSFA 9LYZA 1GB3A 1KNIA 4RLNA 5KXYA 2BAAA 1UBZA 5B1GA 205LA 5APCA 1BWHA 4H9HA 4WLXA 5I14A 143LA 5LAGA 1IOTA 1CV5A 1JKDA 1LZ9A 3PBLA 4RDSA 1L38A 5I4XA 1KXXA 180LA 1H6MA 2DQCY 5LYTA 1NHBA 108LA 1C6QA 3W6AA 3FE0A 1L73A 1L87A 4LYZA 3WULA 4AQNA 1B7LA 1CX6A 157LA 240LA 4I7KA 1SWZA 1LYEA 3HFMY 3EMSA 1L01A 1LI6A 1F6SA 3GUKA 3CT1A 1GPQC 2HEBA 3CSQA 4J1AA 2BQHA 1C6NA 137LA 2H9JA 5E9RA 1IWVA 2BQOA 3TXKA 3G3BB 5HNCA 5B59A 4NGWA 1OYUA 2BQEA 3VWOA 3IWRA 1CU0A 1L74A 1CVKA 4PJZA 1NF5A 5HLLA 125LA 221LA 2OU9A 2O7AA 4I7PA 4I0CA 2LZTA 5C6IA 1QUSA 1JKCA 4YX7C 260LA 1IOSA 3DKEX 5A3EA 1IWXA 256LA 3P64A 220LA 4C3WA 3AGGG 2D4JA 1IP6A 206LA 2EIZC 2W1LA 1BB6A 115LA 1P5CA 1V7TA 1G0PA 3GUIA 4OWCA 1YROA 5KKJA 4WLYA 4DD3A 5HMJA 4MCKA 1GB5A 2MEHA 3D3DA 2L78A 2LZ2A 5ILCA 191LA 1GF3A 4XJIA 2YBLA 4YXAC 110LA 1JJ3A 1GXV2 1DQJC 1XGQC 2F47A 127LA 5HMVA 1YL0X 4DAJA 3CT5A 2ZYPA 159LA 1L58A 150LA 4H91A 4ARLA 5T3FA 1HFZA 1FDLY 3RW8A 4H92A 246LA 3WUMA 224LA 2BQNA 2Q9EA 122LA 4DD1A 192LA 4IAPA 1L99A 5II3A 4H90A 1LZYA 162LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LHL A;  3D4S A;  2MEG A;  1GBX A;  2HTX A;  4PGJ B;  2ZIL A;  2Z37 A;  4TWS A;  1GFK A;  5B07 A;  1L21 A;  1IOR A;  1XJT A;  2BQD A;  5HNL A;  2LC9 A;  1B7O A;  4OOT A;  4I8S A;  2ANV A;  3SB9 A;  1QTE A;  183L A;  1IP5 A;  1LSN A;  3WU7 A;  128L A;  1VAT A;  1OWY A;  4B4I A;  1LYH A;  1DYG A;  1K28 A;  4U3X B;  3AZ6 A;  1A2Y C;  1GE0 A;  4OWB A;  1IY3 A;  1RJC B;  2F32 A;  2BQM A;  261L A;  3C7Y A;  131L A;  3DNA A;  4NHI A;  1YKY X;  4G4C A;  3HH4 A;  3N9A A;  2ZYC A;  1IEE A;  1T6H A;  1L48 A;  1QT7 A;  4W56 A;  1KW7 A;  4DKL A;  4ANR A;  1DYD A;  5I4Y A;  1P7S A;  1ZYT A;  3W6E A;  3TXD A;  1FLQ A;  1L62 A;  3MGW A;  3AZ7 A;  2A7D A;  4NHP A;  1G1V A;  1IX0 A;  236L A;  4HP0 A;  4LYM A;  1J1X Y;  4NY5 A;  2OU0 X;  4WL7 A;  1L28 A;  4EKR A;  4EJ4 A;  1LZC A;  2B72 A;  1QS9 A;  1L90 A;  2F2Q A;  2Z6B A;  4IAS A;  3SB7 A;  3AGH A;  1L81 A;  1KXW A;  1AT5 A;  1QUH A;  3WYH A;  3C83 A;  4HV2 A;  1LJN A;  147L A;  1IWY A;  1AM7 A;  1LZD A;  3NY8 A;  1F10 A;  4PRQ A;  2YBJ A;  3OE6 A;  4H8X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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