1DYGA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAENLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dygA00
3OE8A 1L47A 3G3VA 2O4WA 1L33A 1L72A 210LA 1B6IA 141LA 1DYEA 149LA 1PQJA 3HH5A 1L29A 1EPYA 1PQIA 1L74A 2L78A 1QSQA 1CUQA 1G0JA 3CDOA 1L21A 1JQUA 2Q9EA 1CV4A 1L31A 113LA 1L95A 1L94A 138LA 1D3NA 1L19A 3GUJA 3HDFA 2HUMA 1C68A 228LA 4W56A 175LA 1P3NA 4I7PA 109LA 1L65A 235LA 146LA 1CX6A 3C83A 1C62A 2B74A 1P7SA 1L23A 172LA 130LA 169LA 1G06A 4W58A 1L22A 259LA 110LA 177LA 1SWZA 4W59A 211LA 244LA 3DN8A 1C6IA 7LZMA 1QSBA 3DMZA 1L30A 1LYGA 1L84A 1L41A 1CU2A 3CDRA 129LA 1C69A 158LA 2OU9A 1L20A 137LA 1L61A 1PQDA 239LA 3GUNA 3C7ZA 220LA 1L50A 3SB5A 3SB9A 1CU0A 219LA 1OVJA 233LA 1QT6A 4DJHA 4ARPA 3FA0A 217LA 1QUGA 1QTZA 125LA 3JR6A 3ODUA 1T8AA 1OWYA 1G1WA 1D9WA 1L49A 1P46A 4I7KA 1P64A 4I7OA 261LA 1CVKA 2OEAX 3OE6A 2OU0X 1OV5A 231LA 2F47A 1QTHA 104LA 1L11A 198LA 246LA 1OWZA 2RAZX 3HTGA 1L32A 1L59A 255LA 4LDLA 1C6MA 1P6YA 1L66A 3HDEA 4S0WA 3RUNA 1TLAA 1PQMA 201LA 2RBRA 107LA 262LA 159LA 1L26A 1L44A 3RZEA 3C8SA 118LA 1T8GA 3SN6R 3VW7A 143LA 1L46A 1C64A 1L93A 4DAJA 3FADA 4LDOA 1L42A 196LA 3LZMA 1D3MA 4I7TA 226LA 1L97A 2B7XA 4W52A 1LYEA 190LA 4EKPA 245LA 5I14A 152LA 4W57A 2OE7X 122LA 3HU8A 2RBPA 1G07A 2Z6BA 1WTHA 2ANVA 3OE9A 3HH3A 260LA 4I7SA 3HT6A 1SWYA 1L89A 4AQNA 127LA 1L38A 1L51A 1LI3A 1C67A 1G0MA 1L81A 238LA 3HWLA 151LA 1L87A 1C6CA 3DN3A 1C6TA 2RH1A 1C6EA 156LA 1LWKA 2OE9X 248LA 2B6YA 1L70A 1D3JA 1L63A 1DYFA 1P56A 253LA 165LA 1L0KA 1L91A 1L37A 3EMLA 1G0LA 2RBQA 258LA 1LGXA 1ZYTA 1OV7A 237LA 3DKEX 3F8VA 4IAPA 2B75A 4ARMB 112LA 1C65A 3CDVA 222LA 162LA 1LGUA 216LA 1LLHA 2RBOA 1DYGA 1L39A 1QT7A 1C61A 1KY0A 115LA 1QTBA 3DN6A 250LA 4W54A 3OE0A 1L48A 3DN2A 1L04A 3F9LA 1L86A 1DYCA 1L82A 150LA 1L05A 3NY8A 1KW5A 1G0KA 243LA 119LA 199LA 221LA 1CV0A 1KNIA 3SBBC 161LA 1NHBA 3CDTA 4I7RA 1C66A 3DN4A 4PJZA 2QARC 2RAYX 4ARQA 167LA 4I7QA 4E97A 144LA 3HUAA 182LA 1QT8A 4I7MA 102LA 160LA 1L02A 1G0PA 3QAKA 4GBRB 4W51A 1L90A 1L67A 1L43A 2LZMA 3G3XA 3DMVA 2QB0B 2B6XA 1DYAA 1L24A 247LA 1L25A 3GULA 3HU9A 1L13A 3GUIA 4YXAC 2OTYX 114LA 1QT5A 2RB2X 1L77A 3C81A 3HT9A 157LA 1L55A 3HTBA 195LA 1L0JA 140LA 1L09A 1QUOA 3C80A 1L99A 3NYAA 1L28A 2CUUA 1CU5A 1L57A 180LA 1D2WA 1C6FA 187LA 3C82A 103LA 108LA 252LA 1XEPA 3NY9A 2B6ZA 2OTZX 4LDEA 1SX2A 3HH4A 1JTMA 4I7LA 3HH6A 3HT7A 3PDSA 2HUKA 1C6JA 2B70A 1LYDA 215LA 225LA 1G0GA 1L80A 163LA 2RB0X 3C8RA 1C6PA 3G3WA 1CV1A 1L17A 1P2LA 1QT3A 170LA 4EXMA 2NTHA 2IGCA 3V2YA 4EKSA 197LA 4I7NA 1C6HA 2RBSA 257LA 4EJ4A 1QS9A 181LA 3FI5A 1ZURA 1L00A 1LYJA 1L15A 174LA 1LYFA 2NTGA 1L83A 3C8QA 4W55A 249LA 1KW7A 1L69A 1D2YA 1G1VA 6LZMA 1C60A 1C6GA 1SSWA 3HTDA 185LA 1L56A 1L88A 171LA 3GUMA 1L68A 2O7AA 2RB1X 254LA 2ANXA 1L62A 3L2XA 241LA 1QTVA 173LA 213LA 3HUQA 186LA 2B6WA 3HUKA 1L45A 240LA 192LA 2HULA 1LYHA 1I6SA 3SB7A 3C7YA 1C6AA 1CU3A 1QTDA 1DYDA 200LA 2F2QA 2A4TA 1L03A 1PQOA 178LA 123LA 1SX7A 1L07A 4ZPUA 2RBNA 1CV3A 147LA 1OYUA 183LA 1P5CA 164LA 1P37A 1LWGA 2B6TA 1C6DA 1T97A 111LA 234LA 1C63A 2LCBA 128LA 3DN0A 1KS3A 223LA 191LA 1L10A 236LA 1L58A 3PBLA 1XJTA 1L76A 1QS5A 1L64A 4EKQA 2B73A 1QTCA 1ZWNA 1L85A 1L40A 2OE4X 1L16A 155LA 224LA 4EPIA 168LA 3V2WA 1L60A 1LW9A 166LA 3D4SA 1G0QA 3GUPA 1L71A 3SBAA 1T8FA 214LA 126LA 1CX7A 2OU8A 4ARLA 3C7WA 1L54A 3K2RA 205LA 209LA 5LZMA 4PK0A 1L12A 4GRVA 1LPYA 4EKRA 1K28A 1L79A 1T6HA 1L96A 3CDQA 3GUKA 1CU6A 3HTFA 142LA 1JTNA 212LA 3HT8A 1L52A 139LA 3SB8A 1CTWA 2Q9DA 1LGWA 1LI2A 1QUDA 4LZMA 1L35A 1QUHA 229LA 256LA 145LA 1CV6A 1L75A 3GUOA 1L01A 1P2RA 1OVKA 4YXCA 1L06A 1L36A 2LC9A 230LA 1C6NA 4DKLA 188LA 1D3FA 1PQKA 2O79A 4ARQB 1KY1A 176LA 1CV5A 1L14A 1L18A 3SB6A 1C6LA 206LA 1L53A 4K5YA 131LA 1CUPA 1L73A 1C6BA 3UONA 4ARJA 148LE 184LA 4EPFA 4YX7C 3DMXA 3L64A 1DYBA 251LA 4ARMA 1C6KA 2B72A 1L34A 1P36A 2F32A 227LA 242LA 189LA 1L08A 1XJUA 4I7JA 1L92A 1L98A 3DN1A 3DNAA 232LA 218LA 4W53A 1LYIA 1L27A 1LI6A 1QT4A 1SSYA 1OVHA 120LA 4OO9A 1C6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NSJA 3G3VA 1LSMA 1L33A 1YILA 210LA 1B6IA 1DYEA 2G4QA 1YL1X 1PQJA 3WU8A 3LN2A 1EPYA 4XJBA 4H93A 4B49A 2Z18A 4WG7A 1CUQA 1G0JA 1L31A 1XEIA 1UCOA 1INUA 2HUMA 4XJDA 1GE3A 5FCPA 1CJ6A 5F9XA 1LZNA 1CX6A 5A3ZA 1C62A 4NGYA 1IP1A 1CJ7A 130LA 1G06A 1LZCA 259LA 1LSEA 3DN8A 3VWOA 1HMKA 1OP9B 1QSBA 3DMZA 1KXWA 1JSFA 1VDTA 2Z19A 3CDRA 1LKSA 4TTDA 1L20A 137LA 3GUNA 239LA 3HBHA 233LA 1QT6A 4H9EA 2F30A 1IWWA 1QTZA 3G3BB 2F4GA 3JR6A 3WUAA 1GFGA 1T8AA 3KAMA 3RW8A 1L49A 4I7KA 1UACY 1NKHA 261LA 2GV0A 1CVKA 4RW1A 4BS7A 4J0LA 1FBIX 1HNLA 1QTHA 2F47A 1L11A 2RAZX 3TXHA 3RZ4A 255LA 4LDLA 1P6YA 3HDEA 1QIOA 3B0KA 4S0WA 3W6FA 1JUGA 1G7HC 159LA 4WM2A 2DQHY 5F81A 1GE2A 143LA 2BQGA 1L93A 4WO9A 1FLQA 4LDOA 1L42A 4BAFA 1J1OY 1H6MA 1KIPC 196LA 1D0LA 2XJWA 4I7TA 2B7XA 4W52A 1LYEA 1XEJA 1PZYA 4QDNA 4PJ2C 2OE7X 1G07A 2Z6BA 1WTHA 1NDMC 2ANVA 3OE9A 4NWHA 260LA 5EBHA 4ZIXA 4KL7A 1D6PA 2BPUA 1L89A 3P64A 4AQNA 238LA 1G0MA 3HWLA 1IWXA 3ZVQA 1WQPA 2BQFA 2B6YA 5DM9A 4G49A 1P56A 3B6LA 1HSWA 4QGZA 2BQBA 4DD3A 1L0KA 1L91A 4NHIA 1VDSA 4LYMA 1GB9A 2B75A 3CDVA 1LJHA 5KY1A 216LA 4NGWA 2RBOA 2Z37A 3DN6A 4W54A 250LA 2I26L 1WQQA 3LHMA 1SQ2L 3GXRA 4CFPA 1NBZC 1D6QA 1L86A 3TMUA 2MEEA 1L05A 1W6ZA 1G0KA 243LA 2A7DA 3CSZA 1NHBA 3CDTA 3DN4A 3W3EA 1RI8B 5F9UA 2Z12A 1EL1A 1L67A 1L43A 3G3XA 5KXWA 2B6XA 5DL9A 3A3RX 2MEFA 3GUIA 1KIRC 1QT5A 1DQJC 1L77A 5FDJA 1UIDA 3ATOA 195LA 5LYMA 1GF8A 1NBYC 3W6BA 3WPLA 1L09A 5E9RA 1NF5A 1F10A 1QUOA 3OJPA 4LYZA 1OUCA 1A2YC 3A34A 1LJ4A 3C82A 1XFPL 4XJGA 3A6BY 1GBYA 3HFMY 1XEPA 4DDBA 1MELL 2HUKA 4IJ4A 4WM6A 1L80A 1B5VA 3C8RA 1P2LA 4A7DA 3V2YA 5IHGA 1C6HA 1GB0A 2HU3A 1QS9A 3WH1A 2BQNA 1ZURA 2NTGA 1L83A 1B5ZA 1ZVYB 3AGGG 1KW7A 1HHLA 5KXKA 1G1VA 4IASA 1C6GA 3HTDA 171LA 1XGTC 1L62A 1B7SA 241LA 4WLTA 1QTVA 213LA 2DQIY 4KPMA 7LYZA 4J7VA 1C08C 4UWVA 193LA 3WU9A 2BLXA 3B0OA 2VB1A 5L3HA 2XBSA 1L07A 4ZPUA 5F16A 4PRUA 1LJGA 1OYUA 147LA 5D5FA 4NGLA 1C63A 1AZFA 2ZILA 4DD9A 5LVJA 1IC5Y 2XQOA 2ZNXY 3FE0A 4L41A 1JJ0A 1CJ9A 1L40A 1D0KA 3LYMA 4H9AA 1YAPA 4CFOA 4DD1A 1GE4A 1LHKA 4PHIA 166LA 3D4SA 1HMLA 1T8FA 1CX7A 2W1LA 2BQOA 1OUGA 1IEEA 205LA 1QDTA 209LA 1B7NA 2F4AA 4EKRA 3CQLA 1K28A 1BHZA 1JHLA 2Z38A 1L79A 2MEHA 4NSHA 5KXZA 1IP4A 1W08A 1C43A 1GF5A 142LA 1JTNA 4LT1A 212LA 1LZ6A 1TCYA 3SB8A 4LYTA 1QUDA 1GAZA 1T3PA 145LA 1L75A 5KXNA 1P2RA 1RCMA 5I5QA 4YXCA 2LC9A 2O79A 1PQKA 1YAOA 1XGUC 2N5ZA 1WQRA 2BLYA 176LA 3WULA 1L53A 4HJZA 4NHQA 3ULRA 3UONA 5L3IA 1FLYA 1YAMA 4DQJA 5C6LA 251LA 1YIKA 5KXRA 5FELA 242LA 1JKBA 1IP6A 1OUDA 5II3A 5IDDA 1L98A 3DNAA 5B07A 1OUAA 218LA 1HFYA 1L27A 1QT4A 1C6QA 4ETBA 2O4WA 3AZ5A 4GCEA 4GLAA 4I0CA 1PQIA 2L78A 3WUMA 1LOZA 1CV4A 4GN3A 113LA 1NMMA 1WVVA 1L94A 138LA 1L19A 4OWCA 1IC7Y 1C68A 3WVYA 2LZ2A 1BB6A 4W56A 1P3NA 3TMVA 4J1AA 5LXWA 3P66A 1L65A 1JKCA 2B74A 2W1MA 1GFVA 1NHEA 7LZMA 2PC2A 3QY4A 1L84A 3AJNA 1A4VA 1IP3A 1CU2A 129LA 2OU9A 1GEVA 5IELA 5ILCA 3AW7A 3C7ZA 1GBSA 4UWUA 1CU0A 4GCBA 3SB9A 1LZ1A 1OVJA 3SP3A 2W1XA 3WW6A 4DJHA 2BAAA 3EO5A 1BQLY 3WU7A 4XADA 3TXIA 3A67Y 4BAPA 1LZBA 1P46A 6LYTA 1P64A 5ILFA 3TXFA 2OEAX 3E3DA 104LA 4DC4A 246LA 4WM1A 2H9KA 3J6KA 1GFJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NSJ A;  3G3V A;  1LSM A;  1L33 A;  1YIL A;  210L A;  1B6I A;  1DYE A;  2G4Q A;  1YL1 X;  1PQJ A;  3WU8 A;  3LN2 A;  1EPY A;  4XJB A;  4H93 A;  4B49 A;  2Z18 A;  4WG7 A;  1CUQ A;  1G0J A;  1L31 A;  1XEI A;  1UCO A;  1INU A;  2HUM A;  4XJD A;  1GE3 A;  5FCP A;  1CJ6 A;  5F9X A;  1LZN A;  1CX6 A;  5A3Z A;  1C62 A;  4NGY A;  1IP1 A;  1CJ7 A;  130L A;  1G06 A;  1LZC A;  259L A;  1LSE A;  3DN8 A;  3VWO A;  1HMK A;  1OP9 B;  1QSB A;  3DMZ A;  1KXW A;  1JSF A;  1VDT A;  2Z19 A;  3CDR A;  1LKS A;  4TTD A;  1L20 A;  137L A;  3GUN A;  239L A;  3HBH A;  233L A;  1QT6 A;  4H9E A;  2F30 A;  1IWW A;  1QTZ A;  3G3B B;  2F4G A;  3JR6 A;  3WUA A;  1GFG A;  1T8A A;  3KAM A;  3RW8 A;  1L49 A;  4I7K A;  1UAC Y;  1NKH A;  261L A;  2GV0 A;  1CVK A;  4RW1 A;  4BS7 A;  4J0L A;  1FBI X;  1HNL A;  1QTH A;  2F47 A;  1L11 A;  2RAZ X;  3TXH A;  3RZ4 A;  255L A;  4LDL A;  1P6Y A;  3HDE A;  1QIO A;  3B0K A;  4S0W A;  3W6F A;  1JUG A;  1G7H C;  159L A;  4WM2 A;  2DQH Y;  5F81 A;  1GE2 A;  143L A;  2BQG A;  1L93 A;  4WO9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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