1E6IA

Bromodomain from gcn5 complexed with acetylated h4 peptide
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
b'RGPHDAAIQNILTELQNHAAAWPFLQPVNKEEVPDYYDFIKEPMDLSTMEIKLESNKYQKMEDFIYDARLVFNNCRMYNGENTSYYKYANRLEKFFNNKVKEIPEYSHLI'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The Structural Basis for the Recognition of Acetylated Histone H4 by the Bromodomain of Histone Acetyltransferase Gcn5P
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR GCN5
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Gene regulation
total genus 39
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2000-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1e6iA00
5HFQA 5II2A 4PCEA 2YELA 4NR4A 4ALHA 4O77A 2DVRA 5FE9A 3DWYA 5JI8A 5EPRA 4Z6IA 4UIVA 5AMFA 3U5PA 4UYFA 5EA1A 5C87A 5L8TA 4A9LA 5II1A 4Q0OA 4LYSA 4YBTA 4TU6A 3GG3A 4A9EA 5A7CA 5I86A 5ETBA 5DYAA 3U5OA 3P5OA 5DLZA 4A9IA 5BT4A 5LKUA 4QR5A 5L97A 5FB1A 5FH6A 3U5MA 5DLXA 4A9MA 4NUEA 4CUTA 3LXJA 5D3NA 3UW9A 4Z1QA 5I83A 3G0LA 5IG6A 5A85A 5EWWA 4YYMA 4NQNA 2RNYA 4NRAA 3Q2FA 4J1PA 4NYWA 4X2IA 2F6JA 3D7CA 4C67A 5FE0A 5KU3A 5D0CA 4J0SA 3NXBA 5I7YA 4LZ2A 4O74A 5E9YA 4UYFB 5IGKA 4QY4A 5CUCA 3S92A 4YK0A 2I8NA 1JM4B 5ENBA 4HXOA 5I40A 4QYLA 4QC3A 4O7FA 4QZSA 2R0SA 5HEMA 2RO1A 2DKWA 3JVLA 3MB3A 4YY6A 5LJ0A 4A9FA 5KO4A 4IOOA 1ZS5A 5HFRA 5HLSA 5DKHA 5EI4A 5HELA 5D3PA 4TYLA 5CQTA 2RS9B 5I1QA 3HMEA 3SVGA 4NR8A 4O71A 4QSWA 4Y03A 5ENJA 5FE7A 5KHMA 4YAXA 3O36A 2I7KA 4YYJA 5E9VA 2E3KA 5HCLA 5DKDA 5H1VA 4Q0NA 4NYVA 5HRWA 5C4QA 5ENIA 4NRCA 4HXLA 2DVQA 5C7NA 4MEPA 4A9OA 5D26A 3MUKA 5HENA 5D25A 4N4GA 5IGNA 2GRCA 4NYXA 4QUUA 5EWVA 5I7XA 3I3JA 5CUDA 5DYUA 4CFKA 4NUCA 4HBWA 5EU1A 2MJVB 3DAIA 4HXSA 2RNXA 5DFBA 5DKCA 4IR4A 5H1UA 4F3IA 3QZVA 4XUAA 5CRMA 5KTXA 4IR5A 5CS8A 4YY4A 4J3IA 4MR3A 4ZQLA 2RI7A 5A5PA 4YYKA 3G0JA 4NXJA 4MR5A 3S91A 4UIWA 5D24A 3RCWA 3UV5A 5DYCA 2OO1A 3UVWA 5ENHA 5C85A 5L8UA 5ETDA 3FKMX 4GPJA 5D3JA 5FE4A 4Z6HA 4O70A 5LVQA 1WUGA 4XY8A 4O72A 3IU5A 3UVXA 4AKNA 4QUTA 4BW2A 5FG6A 4TU4A 3HMFA 4MEOA 4IORA 3UV2A 4NRBA 4Z1SA 4OGIA 4IR6A 5FFVA 5CRZA 5FFYA 1WUMA 4UYHA 3MQMA 5DX4A 2YEMA 3P1DA 4YYHA 5F3AA 3QZSA 4YH4A 5DYXA 5F60A 4DONA 2DVSA 3SVHA 3O37A 3P1CA 4YADA 4HBYA 4PS5A 4UYEA 2R0VA 4UYGA 5F2PA 4A9JA 5E74A 5IGLA 5K29A 5E73A 2RFJA 5J0DA 5L98A 2R0YA 4TT4A 1F68A 5JWMA 4HXRA 5TB6A 5A5QA 5FB0A 4TZ8A 5E3GA 5CFWA 4NQMA 4QSVA 4QSQA 2R10A 5D7XA 2E7OA 4WIVA 5ENEA 5EWHA 5IBNA 5L99A 4TQNA 4XY9A 5C8GA 3JVKA 4QSSA 2H60A 4OUFA 5EWCA 3U5NA 4LC2A 3U5LA 4OGJA 4FLPA 2E7NA 5H1TA 5FE1A 2YEKA 4QSPA 3IU6A 4BW3A 4YYDA 4HXKA 1JSPB 4YC9A 5BT5A 4CUSA 3O35A 4QR3A 5D3SA 4TT6A 5CZGA 4YYGA 4CLBA 4QSUA 5FH7A 4CUQA 4LZSA 4UITA 5CQ6A 4PY6A 4LZRA 5H85A 2OUOA 4A9KA 5FBXA 4HXNA 4J0RA 2LSPB 4PKLA 4PCIA 3MB4A 4QB3A 2YYNA 5FE6A 5HQ5A 4LRGA 5AD3A 2D82A 5HRVA 5DW1A 4N3WA 5E9LA 4A9NA 4KCXA 5D3HA 5CQ4A 4O7EA 5FG4A 5F61A 5F1HA 2L84A 3O33A 4MR4A 4HBVA 5E9MA 5LKZA 1EQFA 5LKXA 2L85A 4YYIA 4CL9A 4QR4A 4N4IA 5ACYA 5LVRA 2D9EA 4XUBA 4QEWA 4CUPA 4TS8A 4ZW1A 1X0JA 3LQJA 5DBMA 5DW2A 5A81A 2OSSA 4ZC9A 3MXFA 2KTBB 2WP2A 4UYDA 5FE3A 4QNSA 4BJXA 4O7AA 5HRXA 5EWDA 4YABA 2N9GA 5A5OA 5D3RA 5EVAA 4NR9A 5A5NA 3O34A 5EK9A 4BW4A 4UIZA 3ZYUA 5HQ6A 5DY7A 5F36A 4LYWA 2DATA 5L96A 5CUGA 4YATA 5FFWA 3K2JA 5E9KA 3UVDA 2FSAA 4UIYA 2DVVA 5F25A 4LDFA 5DFCA 4YBMA 4MR6A 4ALGA 4CFLA 4Z93A 5FDZA 4IOQA 4RVRA 5G4SA 5HJCA 5F62A 5EP7A 5ENFA 4BHWA 3QZTA 2YQDA 4C66A 4O75A 4A9HA 5CQ3A 4N4FA 5EICA 5E3DA 4QC1A 5CU8A 5F1LA 3JVJA 5D3TA 5F5ZA 5CQ5A 5FE2A 3LQHA 4XYAA 5CUBA 5A5RA 5CUAA 5ENGA 5EISA 4HBXA 2DWWA 5EV9A 5A83A 5D3LA 5ENCA 4YH3A 5E0RA 5FG5A 5I80A 2G4AA 4O7BA 5CQ7A 4MEQA 4N4HA 2NXBA 5FE8A 5COIA 4QSTA 4WHWA 5CP5A 4IR3A 4O7CA 4QYDA 5E9IA 5CQ8A 5CPEA 5EM3A 5C89A 5LJ2A 3Q2EA 5IGMA 4NUDA 3AQAA 5FH8A 4O78A 4TT2A 5LJ1A 5E7DA 5AMEA 3JVMA 3MULA 3TLPA 2YW5A 5EGUA 3UVYA 1E6IA 4BW1A 5KTUA 3HMHA 5EPSA 4QEUA 3U5JA 3LJWA 5F63A 4QSXA 2WP1A 3AADA 4CUUA 2YDWA 4TZ2A 3SVFA 5G4RA 5I29A 4UIUA 4TTEA 5AD2A 5LKTA 4NR7A 4HXPA 5HQ7A 5CGPA 5I88A 1N72A 3P1FA 5FE5A 5CQAA 4PTBA 4O76A 4QBMA 4YYNA 5EQ1A 5I89A 4NS5A 5IIDA 4KV4A 4YBSA 2F6NA 4QEVA 5LUUA 4UIXA 5DFDA 4MENA 4E96A 4WHUA 3ONIA 3U5KA 5A5SA 4LYIA 5CY9A 2RNWA 5HM0A 2L5EA 4QSRA 5EPBA 4CURA 4LR6A 5CUEA 4NR6A 4NR5A 5BT3A 5KTWA 4KV1A 3UV4A 5CTLA 5TCMA 4HXMA 5A82A 3LQIA 3P1EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HFQA 5II2A 4PCEA 2YELA 4NR4A 4ALHA 4O77A 2DVRA 5FE9A 3DWYA 5JI8A 5EPRA 4Z6IA 4UIVA 5AMFA 3U5PA 4UYFA 5EA1A 5C87A 5L8TA 4A9LA 5II1A 4Q0OA 4LYSA 4YBTA 4TU6A 3GG3A 4A9EA 5A7CA 5I86A 5ETBA 5DYAA 3U5OA 3P5OA 5DLZA 4A9IA 5BT4A 5LKUA 4QR5A 1PUOA 5L97A 5FB1A 5FH6A 3U5MA 5DLXA 3D1BA 4A9MA 4NUEA 4CUTA 3LXJA 5D3NA 3UW9A 4Z1QA 5I83A 3G0LA 5IG6A 5A85A 5EWWA 4YYMA 4NQNA 2RNYA 4NRAA 3Q2FA 4J1PA 4NYWA 4X2IA 2F6JA 3D7CA 4C67A 5FE0A 5KU3A 5D0CA 4J0SA 3NXBA 5I7YA 4LZ2A 4O74A 5E9YA 3D1DA 4UYFB 5IGKA 4QY4A 5CUCA 3S92A 4YK0A 2I8NA 1JM4B 5ENBA 4HXOA 5I40A 4QYLA 4QC3A 4O7FA 4QZSA 2R0SA 5HEMA 2RO1A 2DKWA 3JVLA 3MB3A 4YY6A 5LJ0A 4A9FA 5KO4A 4IOOA 1ZS5A 5HFRA 5HLSA 5DKHA 5EI4A 5HELA 5D3PA 4TYLA 5CQTA 2RS9B 5I1QA 3HMEA 3SVGA 4NR8A 4O71A 4QSWA 4Y03A 5ENJA 5FE7A 5KHMA 4YAXA 3O36A 2I7KA 4YYJA 5E9VA 2E3KA 5HCLA 5DKDA 5H1VA 4Q0NA 4NYVA 5HRWA 5C4QA 5ENIA 4NRCA 4HXLA 2DVQA 5C7NA 4MEPA 4A9OA 5D26A 3MUKA 5HENA 5D25A 4N4GA 5IGNA 2GRCA 4NYXA 4QUUA 5EWVA 5I7XA 3I3JA 5CUDA 5DYUA 4CFKA 4NUCA 4HBWA 5EU1A 2MJVB 3DAIA 4HXSA 2RNXA 5DFBA 5DKCA 4IR4A 5H1UA 4F3IA 3QZVA 4XUAA 5CRMA 5KTXA 4IR5A 5CS8A 4YY4A 4J3IA 4MR3A 4ZQLA 2RI7A 5A5PA 4YYKA 3G0JA 4NXJA 4MR5A 3S91A 4UIWA 5D24A 3RCWA 3UV5A 5DYCA 2OO1A 3UVWA 5ENHA 5C85A 5L8UA 5ETDA 3FKMX 4GPJA 5D3JA 5FE4A 4Z6HA 4O70A 5LVQA 1WUGA 4XY8A 4O72A 3IU5A 3UVXA 4AKNA 4QUTA 4BW2A 5FG6A 4TU4A 3HMFA 4MEOA 4IORA 3UV2A 4NRBA 4Z1SA 4OGIA 4IR6A 5FFVA 5CRZA 5FFYA 1WUMA 4UYHA 3MQMA 5DX4A 2YEMA 3P1DA 4YYHA 5F3AA 3QZSA 4YH4A 5DYXA 5F60A 4DONA 2DVSA 4AI6A 3SVHA 3O37A 3P1CA 4YADA 4HBYA 4PS5A 3ERRA 4UYEA 2R0VA 4UYGA 5F2PA 4A9JA 5E74A 5IGLA 5K29A 5E73A 2RFJA 5J0DA 5L98A 2R0YA 4TT4A 1F68A 4AKGA 5JWMA 4HXRA 5TB6A 5A5QA 5FB0A 4TZ8A 5E3GA 5CFWA 4NQMA 4QSVA 4QSQA 2R10A 5D7XA 2E7OA 4WIVA 5ENEA 5EWHA 5IBNA 5L99A 4TQNA 4XY9A 5C8GA 3JVKA 4QSSA 2H60A 4OUFA 5EWCA 3U5NA 4LC2A 3U5LA 4OGJA 4FLPA 2E7NA 5H1TA 5FE1A 2YEKA 4QSPA 3IU6A 4BW3A 4YYDA 4HXKA 1JSPB 4YC9A 5BT5A 4CUSA 3O35A 4QR3A 5D3SA 4TT6A 5CZGA 4YYGA 4CLBA 4QSUA 5FH7A 4CUQA 4LZSA 4UITA 5CQ6A 4PY6A 4LZRA 5H85A 2OUOA 4A9KA 5FBXA 4HXNA 4J0RA 2LSPB 4PKLA 4PCIA 3MB4A 4QB3A 2YYNA 5FE6A 5HQ5A 4LRGA 5AD3A 2D82A 5HRVA 5DW1A 4N3WA 5E9LA 4A9NA 4KCXA 5D3HA 5CQ4A 4O7EA 5FG4A 5F61A 5F1HA 2L84A 3O33A 4MR4A 4HBVA 5E9MA 5LKZA 1EQFA 5LKXA 2L85A 4YYIA 4CL9A 4QR4A 4N4IA 5ACYA 5LVRA 2D9EA 4XUBA 4QEWA 4CUPA 4TS8A 4ZW1A 1X0JA 3LQJA 5DBMA 5DW2A 5A81A 2OSSA 4ZC9A 3MXFA 2KTBB 2WP2A 4UYDA 5FE3A 4QNSA 4BJXA 4O7AA 5HRXA 5EWDA 4YABA 2N9GA 5A5OA 5D3RA 5EVAA 4NR9A 5A5NA 3O34A 5EK9A 4BW4A 4UIZA 3ZYUA 5HQ6A 5DY7A 5F36A 4LYWA 2DATA 5L96A 5CUGA 4YATA 5FFWA 3K2JA 5E9KA 3UVDA 2FSAA 4UIYA 2DVVA 5F25A 4LDFA 5DFCA 4YBMA 4MR6A 4ALGA 4CFLA 4Z93A 5FDZA 4IOQA 4RVRA 5G4SA 5HJCA 5F62A 5EP7A 5ENFA 4BHWA 3QZTA 2YQDA 4C66A 4O75A 4A9HA 5CQ3A 4N4FA 5EICA 5E3DA 4QC1A 5CU8A 5F1LA 3JVJA 5D3TA 5F5ZA 5CQ5A 5FE2A 3LQHA 4XYAA 5CUBA 5A5RA 5CUAA 5ENGA 5EISA 4HBXA 2DWWA 5EV9A 5A83A 5D3LA 5ENCA 4YH3A 5E0RA 5FG5A 5I80A 2G4AA 4O7BA 5CQ7A 4MEQA 4N4HA 2NXBA 5FE8A 5COIA 4QSTA 4WHWA 5CP5A 4IR3A 4O7CA 4QYDA 5E9IA 5CQ8A 5CPEA 5EM3A 5C89A 5LJ2A 3Q2EA 5IGMA 4NUDA 3AQAA 5FH8A 4O78A 4TT2A 5LJ1A 5E7DA 5AMEA 3JVMA 3MULA 4AKIA 3TLPA 2YW5A 5EGUA 3UVYA 1E6IA 4BW1A 5KTUA 3HMHA 5EPSA 4QEUA 3U5JA 3LJWA 5F63A 4QSXA 2WP1A 3AADA 4CUUA 2YDWA 4TZ2A 3SVFA 5G4RA 5I29A 3VKHA 4UIUA 4TTEA 4AKHA 5AD2A 5LKTA 4NR7A 4HXPA 5HQ7A 5CGPA 5I88A 1N72A 3P1FA 5FE5A 5CQAA 4PTBA 4O76A 4QBMA 4YYNA 5EQ1A 5I89A 4NS5A 5IIDA 4KV4A 4YBSA 2F6NA 4QEVA 5LUUA 4UIXA 5DFDA 4MENA 4E96A 4WHUA 3ONIA 3U5KA 5A5SA 4LYIA 5CY9A 2RNWA 5HM0A 2L5EA 4QSRA 5EPBA 1ZKRA 4CURA 4LR6A 5CUEA 4NR6A 4NR5A 5BT3A 5KTWA 4KV1A 3UV4A 3VKGA 2EJNA 5CTLA 5TCMA 4HXMA 5A82A 3LQIA 3P1EA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HFQ A;  5II2 A;  4PCE A;  2YEL A;  4NR4 A;  4ALH A;  4O77 A;  2DVR A;  5FE9 A;  3DWY A;  5JI8 A;  5EPR A;  4Z6I A;  4UIV A;  5AMF A;  3U5P A;  4UYF A;  5EA1 A;  5C87 A;  5L8T A;  4A9L A;  5II1 A;  4Q0O A;  4LYS A;  4YBT A;  4TU6 A;  3GG3 A;  4A9E A;  5A7C A;  5I86 A;  5ETB A;  5DYA A;  3U5O A;  3P5O A;  5DLZ A;  4A9I A;  5BT4 A;  5LKU A;  4QR5 A;  5L97 A;  5FB1 A;  5FH6 A;  3U5M A;  5DLX A;  4A9M A;  4NUE A;  4CUT A;  3LXJ A;  5D3N A;  3UW9 A;  4Z1Q A;  5I83 A;  3G0L A;  5IG6 A;  5A85 A;  5EWW A;  4YYM A;  4NQN A;  2RNY A;  4NRA A;  3Q2F A;  4J1P A;  4NYW A;  4X2I A;  2F6J A;  3D7C A;  4C67 A;  5FE0 A;  5KU3 A;  5D0C A;  4J0S A;  3NXB A;  5I7Y A;  4LZ2 A;  4O74 A;  5E9Y A;  4UYF B;  5IGK A;  4QY4 A;  5CUC A;  3S92 A;  4YK0 A;  2I8N A;  1JM4 B;  5ENB A;  4HXO A;  5I40 A;  4QYL A;  4QC3 A;  4O7F A;  4QZS A;  2R0S A;  5HEM A;  2RO1 A;  2DKW A;  3JVL A;  3MB3 A;  4YY6 A;  5LJ0 A;  4A9F A;  5KO4 A;  4IOO A;  1ZS5 A;  5HFR A;  5HLS A;  5DKH A;  5EI4 A;  5HEL A;  5D3P A;  4TYL A;  5CQT A;  2RS9 B; 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