1E6IA

Bromodomain from gcn5 complexed with acetylated h4 peptide
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
RGPHDAAIQNILTELQNHAAAWPFLQPVNKEEVPDYYDFIKEPMDLSTMEIKLESNKYQKMEDFIYDARLVFNNCRMYNGENTSYYKYANRLEKFFNNKVKEIPEYSHLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title The Structural Basis for the Recognition of Acetylated Histone H4 by the Bromodomain of Histone Acetyltransferase Gcn5P
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR GCN5
total genus 39
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2000-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1e6iA00
5F25A 4NUCA 5BT5A 5I80A 4NRAA 2KTBB 4YY6A 4Z6HA 1WUGA 4QYDA 5ENJA 2RNXA 2E3KA 5FBXA 3Q2EA 4LZ2A 1N72A 4OUFA 4HXNA 3U5NA 4PS5A 5E73A 5I89A 4MENA 5E3GA 5HM0A 5HJCA 4ZW1A 2YW5A 4LDFA 3U5LA 3SVGA 4NR4A 3DWYA 3MULA 4QSVA 5EP7A 3TLPA 4UYGA 4NUDA 4LYIA 5DYAA 5DKHA 4TTEA 5HFQA 5FE0A 3I3JA 4IR6A 5F61A 5CP5A 3U5JA 5FH8A 5A5NA 4CFLA 4F3IA 4PTBA 5CQAA 4HBVA 4CUUA 5I88A 3MB3A 5ENFA 4UIXA 5D3TA 5IGNA 2F6NA 5EI4A 5G4RA 4QC1A 4O74A 4PCIA 5KO4A 5FE4A 3Q2FA 5FH7A 5E9KA 5FE7A 5HRXA 3O33A 3DAIA 5HQ7A 4HBYA 5CRMA 4Y03A 3UV5A 4QSXA 4MR6A 3HMFA 4XY8A 5D3JA 5F2PA 5JWMA 5II1A 4TQNA 5DYCA 3P1EA 5IGMA 4YBTA 5CQ8A 5E9LA 3O37A 2L85A 5HELA 4YATA 3UVDA 5FE1A 4BW2A 4YYIA 2RNWA 5EWDA 5CQ3A 5D3SA 5E9MA 2I7KA 3QZSA 5F5ZA 4LZRA 4MEQA 3NXBA 5HQ5A 4UITA 5CUCA 5I7YA 5EU1A 4N4GA 4A9MA 3LJWA 4TZ8A 4Z6IA 2OO1A 5D3LA 4MR3A 2L5EA 3HMEA 5DFDA 3U5KA 5CUAA 4CURA 4A9IA 2GRCA 4O76A 3MQMA 5A85A 5EVAA 4ZC9A 2WP2A 5TB6A 4QR3A 2DVVA 4LC2A 5L96A 4HXLA 5EICA 5IGKA 4HXRA 3LXJA 3JVLA 4NR7A 4YYGA 4BW1A 5ENGA 5I40A 4O7FA 4A9JA 4NRBA 4Z1QA 4O7AA 5A5PA 3UV4A 5FE9A 4LRGA 3UVWA 5DFCA 2F6JA 4FLPA 4HXOA 3AQAA 4QYLA 5CUBA 4UIZA 5KTXA 5ACYA 5LKUA 1ZS5A 3HMHA 4NRCA 4OGIA 3U5OA 5IG6A 3UVXA 5KTUA 4LYSA 4KCXA 4MR4A 1E6IA 5EWHA 4A9FA 5HFRA 4CUPA 4NXJA 4PKLA 5EPBA 4KV1A 5JI8A 5FB1A 5II2A 5E7DA 5A5QA 4C67A 3S91A 3O34A 4XUBA 3RCWA 5LKXA 5I1QA 5D26A 4YYDA 4MR5A 2RNYA 2D82A 4O71A 5D3HA 5HENA 2RS9B 5DY7A 4QSQA 5I86A 3U5PA 4BW3A 5CGPA 4QNSA 4IR5A 4NR6A 5CUEA 5ENEA 1WUMA 2MJVB 2OUOA 4GPJA 4YK0A 5DKDA 5EV9A 5FG4A 5FG5A 4QSUA 3AADA 3JVKA 5KHMA 2NXBA 4YY4A 5CQTA 5EPSA 5CTLA 5FFWA 5ENBA 4YYHA 5EK9A 4N4HA 5C4QA 5L98A 2YEKA 5D3NA 5E9IA 1JM4B 5H85A 4HXKA 5EM3A 5AMFA 5KU3A 5EGUA 4O77A 4QEUA 5DW1A 2YQDA 4Z93A 2I8NA 5FDZA 5DFBA 4KV4A 3FKMX 4QY4A 5EWWA 4ZQLA 3UW9A 5F63A 4A9EA 4E96A 2D9EA 4A9OA 3S92A 2DWWA 4TU4A 5L97A 4BHWA 4N3WA 4TT2A 4J1PA 4NQNA 2RO1A 5F60A 5CY9A 5A5RA 5LUUA 4O70A 4C66A 4WHWA 5TCMA 5F62A 5F3AA 4CUTA 5L8UA 4A9KA 1F68A 5ENCA 5EWCA 5D0CA 5A7CA 4YBMA 4NR9A 4HBWA 5FH6A 5D3RA 2H60A 2R0VA 5IBNA 2YELA 2FSAA 4CFKA 4CUSA 5C85A 3D7CA 5H1VA 5D3PA 4NYWA 4YAXA 5COIA 2G4AA 5A81A 2YEMA 4UYFB 4Z1SA 5IGLA 5C87A 4QEWA 5DLXA 5FE3A 4MEPA 2OSSA 5FE8A 4CLBA 4BJXA 5EISA 5H1TA 4NS5A 4IOOA 4O7CA 5FFVA 4XUAA 5FG6A 3O35A 4HXMA 5LVRA 5DYUA 5DBMA 4QUUA 4YYJA 5CQ5A 5A83A 5J0DA 5LKTA 4A9NA 5FB0A 5EQ1A 5L8TA 5HLSA 5KTWA 4HXPA 5FE2A 4ALGA 3SVHA 2LSPB 4YYKA 5E3DA 3IU6A 4O7EA 1JSPB 4QR5A 4UYDA 5BT4A 4Q0OA 3O36A 5DLZA 5D7XA 5G4SA 4A9LA 4QEVA 4XY9A 5CQ4A 4CL9A 5ENIA 2L84A 5L99A 4QR4A 2DKWA 4QBMA 5FE5A 3MB4A 4CUQA 4N4IA 4OGJA 4TT4A 4RVRA 2WP1A 4IR4A 5CU8A 2R0YA 5I29A 4DONA 4UYHA 4ALHA 4J0SA 2RFJA 4NYXA 3K2JA 5FE6A 4MEOA 5CQ6A 5CS8A 3U5MA 4YH4A 5HEMA 4AKNA 4BW4A 2N9GA 4N4FA 5F36A 3P5OA 5HRVA 5H1UA 4YABA 3LQIA 5DYXA 4PY6A 3UVYA 3UV2A 4TS8A 5HQ6A 5DX4A 2R10A 5ETDA 4LYWA 4QSRA 5CPEA 4TZ2A 5ENHA 3LQHA 5F1HA 5K29A 4YYMA 3JVJA 4LZSA 4QSSA 5CZGA 5AD3A 1X0JA 4UIUA 4YH3A 5LJ0A 5IIDA 4NQMA 4UIYA 5C8GA 4UIVA 4NR5A 4X2IA 5AMEA 5A82A 5E9VA 4WIVA 3ONIA 5I7XA 4QB3A 5C7NA 5DKCA 4O75A 4YBSA 4IORA 4TT6A 2DATA 5F1LA 5CUDA 4TYLA 5CRZA 4YADA 2DVSA 3IU5A 2YYNA 2YDWA 5EA1A 2R0SA 4IOQA 4PCEA 5E0RA 5EWVA 5C89A 5LKZA 2RI7A 4UIWA 3QZVA 3MXFA 4J3IA 5LVQA 4NUEA 3G0JA 3ZYUA 4NR8A 2DVRA 4QZSA 5E74A 5A5SA 5ETBA 3MUKA 5D25A 4TU6A 4UYEA 4QC3A 1EQFA 4WHUA 3GG3A 3P1DA 5E9YA 4YYNA 5CQ7A 4O72A 4J0RA 2E7NA 5BT3A 3LQJA 4LR6A 4A9HA 5HRWA 4XYAA 4HBXA 3G0LA 4IR3A 3JVMA 2DVQA 2E7OA 5DW2A 4Q0NA 5LJ2A 4O78A 5HCLA 3SVFA 3P1FA 4QSTA 4HXSA 5AD2A 4QSPA 4UYFA 5FFYA 5EPRA 3QZTA 5LJ1A 4YC9A 5CFWA 5D24A 5CUGA 4QSWA 4NYVA 4QUTA 4O7BA 5I83A 3P1CA 5A5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F25A 4NUCA 5BT5A 5I80A 4NRAA 2KTBB 4YY6A 4Z6HA 1WUGA 4QYDA 5ENJA 2RNXA 2E3KA 5FBXA 3Q2EA 4LZ2A 1N72A 4OUFA 4AKGA 4HXNA 3U5NA 4PS5A 5E73A 5I89A 4MENA 5E3GA 5HM0A 5HJCA 4ZW1A 2YW5A 4LDFA 3U5LA 3SVGA 4NR4A 3DWYA 3MULA 4QSVA 5EP7A 3TLPA 4UYGA 4NUDA 4LYIA 5DYAA 5DKHA 4TTEA 5HFQA 5FE0A 3D1BA 3I3JA 4IR6A 5F61A 5CP5A 3U5JA 5FH8A 5A5NA 4CFLA 4F3IA 4PTBA 5CQAA 4HBVA 4CUUA 5I88A 3MB3A 5ENFA 4UIXA 5D3TA 5IGNA 2F6NA 5EI4A 5G4RA 4QC1A 4O74A 4PCIA 5KO4A 5FE4A 3Q2FA 5FH7A 5E9KA 5FE7A 5HRXA 3O33A 3DAIA 5HQ7A 4HBYA 5CRMA 4Y03A 3UV5A 4QSXA 4MR6A 3HMFA 4XY8A 5D3JA 5F2PA 5JWMA 5II1A 2EJNA 4TQNA 5DYCA 3P1EA 5IGMA 4YBTA 5CQ8A 5E9LA 3O37A 2L85A 5HELA 4YATA 3UVDA 5FE1A 4BW2A 4YYIA 2RNWA 5EWDA 3D1DA 5CQ3A 5D3SA 5E9MA 2I7KA 3QZSA 5F5ZA 4LZRA 4MEQA 3NXBA 5HQ5A 4UITA 5CUCA 5I7YA 5EU1A 4N4GA 4A9MA 3LJWA 4TZ8A 4Z6IA 2OO1A 5D3LA 4MR3A 2L5EA 3HMEA 5DFDA 3U5KA 5CUAA 4CURA 4A9IA 2GRCA 4O76A 3MQMA 5A85A 4AKIA 5EVAA 4ZC9A 2WP2A 1ZKRA 5TB6A 4QR3A 2DVVA 4LC2A 5L96A 4HXLA 5EICA 5IGKA 4HXRA 3LXJA 3JVLA 4NR7A 4YYGA 4BW1A 5ENGA 5I40A 4O7FA 4A9JA 4NRBA 4Z1QA 4O7AA 5A5PA 3UV4A 5FE9A 4LRGA 3UVWA 5DFCA 2F6JA 4FLPA 4HXOA 3AQAA 4QYLA 5CUBA 4UIZA 5KTXA 5ACYA 5LKUA 1ZS5A 3HMHA 4NRCA 4OGIA 3U5OA 5IG6A 3UVXA 5KTUA 4LYSA 4KCXA 4MR4A 1E6IA 5EWHA 4A9FA 5HFRA 4CUPA 4NXJA 4PKLA 5EPBA 4KV1A 5JI8A 5FB1A 5II2A 5E7DA 5A5QA 4C67A 3S91A 3O34A 4XUBA 3RCWA 5LKXA 5I1QA 5D26A 4YYDA 4MR5A 2RNYA 2D82A 4O71A 5D3HA 5HENA 4AKHA 2RS9B 5DY7A 4QSQA 5I86A 3U5PA 4BW3A 5CGPA 4QNSA 4IR5A 4NR6A 5CUEA 5ENEA 1WUMA 2MJVB 2OUOA 4GPJA 4YK0A 5DKDA 5EV9A 5FG4A 5FG5A 4QSUA 3AADA 3JVKA 5KHMA 2NXBA 4YY4A 5CQTA 5EPSA 5CTLA 5FFWA 5ENBA 4YYHA 5EK9A 4N4HA 5C4QA 5L98A 2YEKA 5D3NA 5E9IA 1JM4B 5H85A 4HXKA 5EM3A 5AMFA 5KU3A 5EGUA 4O77A 4QEUA 5DW1A 2YQDA 4Z93A 2I8NA 5FDZA 5DFBA 4KV4A 3FKMX 4QY4A 5EWWA 4ZQLA 3UW9A 5F63A 4A9EA 4E96A 2D9EA 4A9OA 3S92A 2DWWA 4TU4A 5L97A 4BHWA 4N3WA 4TT2A 4J1PA 4NQNA 2RO1A 5F60A 5CY9A 5A5RA 5LUUA 4O70A 4C66A 4WHWA 5TCMA 5F62A 5F3AA 4CUTA 5L8UA 4A9KA 1F68A 5ENCA 5EWCA 5D0CA 5A7CA 4YBMA 4NR9A 4HBWA 5FH6A 5D3RA 2H60A 2R0VA 5IBNA 2YELA 2FSAA 4CFKA 4CUSA 5C85A 3D7CA 5H1VA 5D3PA 4NYWA 4YAXA 5COIA 2G4AA 5A81A 2YEMA 4UYFB 4Z1SA 5IGLA 5C87A 4QEWA 5DLXA 5FE3A 4MEPA 2OSSA 5FE8A 4CLBA 4BJXA 5EISA 5H1TA 4NS5A 4IOOA 4O7CA 5FFVA 4XUAA 5FG6A 3O35A 4HXMA 5LVRA 5DYUA 5DBMA 4QUUA 4YYJA 5CQ5A 5A83A 5J0DA 5LKTA 4A9NA 5FB0A 5EQ1A 5L8TA 5HLSA 5KTWA 4HXPA 5FE2A 4ALGA 3SVHA 2LSPB 4YYKA 5E3DA 3IU6A 4O7EA 1JSPB 3VKHA 4QR5A 4UYDA 5BT4A 4Q0OA 3O36A 5DLZA 5D7XA 5G4SA 4A9LA 4QEVA 4XY9A 5CQ4A 4CL9A 5ENIA 2L84A 5L99A 4QR4A 2DKWA 4QBMA 5FE5A 3MB4A 4CUQA 4N4IA 4OGJA 4TT4A 4RVRA 2WP1A 4IR4A 5CU8A 2R0YA 5I29A 4DONA 4UYHA 4ALHA 4J0SA 2RFJA 4NYXA 3K2JA 5FE6A 3ERRA 4MEOA 5CQ6A 5CS8A 4YH4A 3U5MA 5HEMA 4AKNA 4BW4A 2N9GA 4N4FA 5F36A 3P5OA 5HRVA 5H1UA 4YABA 3LQIA 5DYXA 4PY6A 3UVYA 3UV2A 4TS8A 5HQ6A 5DX4A 2R10A 5ETDA 4LYWA 4QSRA 5CPEA 4TZ2A 5ENHA 3LQHA 5F1HA 5K29A 4YYMA 3JVJA 4LZSA 4QSSA 5CZGA 5AD3A 1X0JA 4UIUA 4YH3A 5LJ0A 5IIDA 4NQMA 4UIYA 5C8GA 4UIVA 4NR5A 4X2IA 5AMEA 5A82A 5E9VA 4WIVA 3ONIA 5I7XA 4QB3A 5C7NA 5DKCA 4O75A 4YBSA 4IORA 4AI6A 4TT6A 2DATA 5F1LA 5CUDA 4TYLA 5CRZA 4YADA 2DVSA 3IU5A 2YYNA 2YDWA 5EA1A 2R0SA 4IOQA 4PCEA 5E0RA 5EWVA 5C89A 5LKZA 2RI7A 4UIWA 3QZVA 3MXFA 4J3IA 5LVQA 4NUEA 3G0JA 3ZYUA 4NR8A 2DVRA 4QZSA 5E74A 5A5SA 5ETBA 3MUKA 5D25A 4TU6A 4UYEA 4QC3A 1EQFA 4WHUA 3GG3A 3P1DA 5E9YA 4YYNA 5CQ7A 4O72A 1PUOA 4J0RA 2E7NA 5BT3A 3LQJA 4LR6A 4A9HA 5HRWA 3VKGA 4XYAA 4HBXA 3G0LA 4IR3A 3JVMA 2DVQA 2E7OA 5DW2A 4Q0NA 5LJ2A 4O78A 5HCLA 3SVFA 3P1FA 4QSTA 4HXSA 5AD2A 4QSPA 4UYFA 5FFYA 5EPRA 3QZTA 5LJ1A 4YC9A 5CFWA 5D24A 5CUGA 4QSWA 4NYVA 4QUTA 4O7BA 5I83A 3P1CA 5A5OA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F25 A;  4NUC A;  5BT5 A;  5I80 A;  4NRA A;  2KTB B;  4YY6 A;  4Z6H A;  1WUG A;  4QYD A;  5ENJ A;  2RNX A;  2E3K A;  5FBX A;  3Q2E A;  4LZ2 A;  1N72 A;  4OUF A;  4HXN A;  3U5N A;  4PS5 A;  5E73 A;  5I89 A;  4MEN A;  5E3G A;  5HM0 A;  5HJC A;  4ZW1 A;  2YW5 A;  4LDF A;  3U5L A;  3SVG A;  4NR4 A;  3DWY A;  3MUL A;  4QSV A;  5EP7 A;  3TLP A;  4UYG A;  4NUD A;  4LYI A;  5DYA A;  5DKH A;  4TTE A;  5HFQ A;  5FE0 A;  3I3J A;  4IR6 A;  5F61 A;  5CP5 A;  3U5J A;  5FH8 A;  5A5N A;  4CFL A;  4F3I A;  4PTB A;  5CQA A;  4HBV A;  4CUU A;  5I88 A;  3MB3 A;  5ENF A;  4UIX A;  5D3T A;  5IGN A;  2F6N A;  5EI4 A;  5G4R A;  4QC1 A;  4O74 A;  4PCI A;  5KO4 A;  5FE4 A;  3Q2F A;  5FH7 A;  5E9K A;  5FE7 A;  5HRX A;  3O33 A;  3DAI A;  5HQ7 A;  4HBY A;  5CRM A;  4Y03 A;  3UV5 A;  4QSX A;  4MR6 A;  3HMF A;  4XY8 A;  5D3J A;  5F2P A;  5JWM A;  5II1 A;  4TQN A;  5DYC A;  3P1E A;  5IGM A;  4YBT A;  5CQ8 A;  5E9L A;  3O37 A;  2L85 A;  5HEL A;  4YAT A;  3UVD A;  5FE1 A;  4BW2 A;  4YYI A;  2RNW A;  5EWD A;  5CQ3 A;  5D3S A; 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