1E6QM

Myrosinase from sinapis alba with the bound transition state analogue gluco-tetrazole
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQSFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High Resolution X-Ray Crystallography Shows that Ascorbate is a Cofactor for Myrosinase and Substitutes for the Function of the Catalytic Base
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
molecule tags Hydrolase
total genus 196
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 2000-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1e6qM00
3SCNA 2OYKA 4CVWA 1E6NA 3MKKA 2WHMA 4XB3A 4MB3A 3N04A 1JZ3A 3ARYA 3L4UA 2DQXA 2WBKA 4J28A 1J0ZA 3L2LA 3BSGA 1C7SA 4KRUA 3ZMRA 1KGWA 1WO2A 1GOQA 4FK9A 3AIWA 5HBFA 2BVYA 1LG1A 3CHEA 5EFFA 1E1EA 3CH9A 1JG9A 2DH3A 1QVBA 4W5ZA 1K9FA 4CD7A 1B30A 4AXNA 3N1AA 5EB8A 2J78A 1A47A 5A2CA 1EHAA 5DMYA 2F61A 1UR0A 1H5VA 3RPMA 2BY2A 2PWHA 2PWGA 3QR3A 4NZCA 4AZ7A 1UWTA 4JCLA 1WNOA 1W3KA 1LL4A 2W63A 3FHAA 1H3GA 3LPGA 3OGSA 3A4XA 4MPKA 3W24A 4ML4A 2ZUMA 2QHAA 5CSUA 2DSVA 1JNDA 2BY0A 4QLKA 3IAQA 5A8QA 1J10A 2VZUA 4D6GA 1FH7A 1E6SM 4CKQA 2WHJA 1PBGA 1ODUA 4OIFA 3N17A 5DT5A 1BSIA 1V6VA 1XC6A 2XIIA 4H41A 4UFIA 4Y7EA 1E5NA 2X0YA 1LLOA 1P6WA 4W7UA 3PZTA 4GKLA 3PHAA 4Z2GA 2YIHA 3ARUA 3KL5A 1E6PA 1QOXA 2D20A 4MTVA 5E09A 3S6TA 3WF3A 4IPNB 1JZ2A 4X0NA 4MB1A 1SYTA 3WUEA 3GBDA 2ESCA 1E4IA 3OGVA 1K9EA 3NUKA 2YL8A 4KGLA 3KL0A 4W84A 3OLDA 1G0CA 5A6LA 4U5IA 5CLTA 5CGMA 1FFQA 2D0GA 2IXUA 3UESA 4HPHA 5AC5A 4UQDA 1EDTA 4XV0A 1UD5A 1Z32X 1DWAM 5D9OA 1UKSA 4DUWA 4BCEA 3AMCA 1DEDA 3EDDA 4UTFA 3N15A 2O9OA 3N9KA 4UZSA 4J27A 1C8QA 4ACZA 3EMZA 4U31A 1IV8A 3K8KA 2WSPA 4AW7A 1H11A 1B90A 2WM0A 2VUYA 1J0HA 1PAMA 1MW1A 3UEQA 1RP9A 2D2OA 1G94A 3CZJA 1E4MM 5ABFA 2GSJA 1K6AA 5A95A 3ZR5A 1BF2A 2JALA 3PTQA 2C0HA 3AHTA 4N42A 4PTMA 5CQ1A 1V08A 2VJXA 1G5AA 3KEHA 3CZEA 1UWIA 3QHNA 2JFEX 3WD4A 4E2OA 4TX6A 4MDOA 3AHZA 3BCFA 4F9JA 4UFJA 4PCSA 2YL5A 5I23A 1CECA 2Z1SA 3PZNA 2DT2A 3MUZ1 1HVQA 3BAJA 3B9EA 1UR9A 1K9TA 3FW6A 3VGHA 5BRPA 3L4XA 3WL0A 2J7GA 4AD5A 4HOWA 3AS1A 4W8BA 2WZIA 1MQRA 5A69A 1EXPA 2YA1A 5IXEA 4F8XA 1V3JA 3W29A 1GVIA 4OOUA 1CBGA 4QAWA 2XIBA 1R8LA 3W81A 3I3EA 2GVYA 3VD3A 4JZ5A 1BYAA 1UD3A 4UNIA 1O7AA 1JI1A 2EPMX 1S46A 3M6DA 3L4ZA 2CETA 1MXDA 3VDAA 2EXOA 1UKQA 1XGZA 1B3WA 1UWQA 1V0KA 4FLRA 2WMJA 2WC7A 4PMZA 3NDYA 3S2CA 4FF5A 3VDBA 5A6BA 1WZMA 2J7DA 4CD6A 1XYZA 1VJZA 3VIIA 3L4TA 1EHNA 1HNYA 4BQ5A 3K1DA 1E1FA 1H0IA 5DF0A 4ZXOA 3RDKA 1PPIA 4UCFA 2E0PA 3SUUA 4AD2A 3WDRA 3MMDA 3IJ9A 1BYDA 3JUGA 1ISVA 1D7FA 3GTNA 2BY1A 2CBIA 3IAPA 1RP8A 3RILA 1H09A 2VZVA 2Y8VA 1E0WA 3NJ3A 4TUFA 3VD5A 3N12A 3AZRA 2E9BA 3O2LA 3W82A 2JE8A 4J3XA 1NOFA 2XVNA 2DT1A 4EKJA 4HTYA 3WN6A 2OWWA 1C3FA 3VTRA 2BVDA 3AIQA 5BXRA 4J3VA 1OGSA 1C92A 4HU8A 3UG3A 3VIJA 2Y24A 2GJRA 4W86A 5A2AA 1CYGA 4GQQA 1C8XA 4MADA 3GM8A 5JBFA 1E6RA 2O9TA 4PN2A 2IUZA 4D1JA 3DECA 1UR8A 2OSYA 3W26A 2VQUA 1R86A 1YHTA 2W62A 4D6EA 3MV01 4CN4A 5BCAA 3U57A 4YPJA 3AMGA 1HKJA 4UZUA 1BHGA 3DYOA 2VO5A 1RH9A 3BH4A 3U7VA 4CD5A 4E8CA 1WB0A 4UQCA 4HOXA 3UR7A 4ZE5A 1JDCA 1EQCA 2W61A 1Q4NX 2WYSA 1OCQA 3CLWA 4CCEA 1VENA 2E4TA 1E3ZA 1GQJA 2YDRA 5HPOA 2WVTA 5E6ZA 1JL8A 3CHFA 2V3DA 2WHLA 2EBNA 1QI4A 3VKKA 3B9DA 1OIMA 2WMIA 4YHGA 3WH7A 2WNWA 3PBGA 3WQVA 3A4WA 3GNPA 1ISXA 2CIPA 4GI6A 3F5JA 3AQUA 4CGTA 2YL6A 4JL1A 1QBAA 2OWXA 2QPUA 3ARXA 4E4PA 4ZENA 1VB9A 3NDZA 5D4YA 2YJQA 3PTKA 1U33A 1H0GA 5D9MA 3VGBA 2V3EA 1O6IA 7A3HA 2VRKA 1BYBA 2BVTA 5ABEA 1W1VA 4FLSA 3AIVA 1MQQA 3WFLA 4ZFMA 2Q8XA 3BXWA 3QGVA 4BF7A 1M03A 1Q6EA 2V38A 2V5CA 1BQCA 3WMSA 1FH9A 3WL1A 1KQZA 3WNOA 1DTUA 4IISA 1KXQA 3AROA 4PMNA 3WNNA 3WIJA 5BXSA 5JIWA 4B3LA 4GI8A 4XX6A 1VEOA 3ZR6A 4PMDA 1XH2A 3VIHA 3VMNA 3W38A 4C7FA 1MQPA 2EPNA 4W8AA 3WQ8A 1G01A 4GPNA 3NSMA 3CUIA 4P8WA 3VGDA 4MB4A 3PZ9A 5CPTA 1W2PA 4HA3A 2WZHA 3WF0A 1BYCA 1JDAA 2J75A 1SMDA 2JF6A 4HZ8A 5E0CA 1NM9A 2JIWA 4LXFA 4X0VA 3ZQ9A 1QI2A 1CGVA 1H4PA 2V3FA 3CZKA 3GXFA 1AMYA 2VI0A 2PBGA 2X0HA 1NQ6A 3IJ8A 1LWHA 4JHOA 4L4PA 3MSGA 5JIPA 1BVZA 3WEZA 1EH9A 1OB0A 2OYMA 3ZIZA 3OLGA 4KH2A 4CU7A 1OD8A 1SMAA 1HP5A 4JFSA 1MYRA 3OB8A 4D6CA 2ZUTA 3HN3A 2WMFA 2CEQA 3KWXA 3OG2A 3VNYA 3WEMA 2WWDA 4PMXA 4HMEA 1GUVA 4LX4A 4CCCA 5AC4A 3ZO9A 5D8ZA 2VC9A 1QHOA 4JFUA 2PBOA 3M46A 4S3KA 3EMQA 1PIGA 1ODZA 2AOSA 2G3MA 2WC3A 3VDCA 1H41A 1R85A 1E6ZA 4HZ7A 1B31A 4W93A 4X9YA 1LL6A 2CITA 4Z2JA 1B3ZA 4CD8A 1CENA 3POHA 1K9DA 2VCCA 2X09A 2WZEA 5A6KA 4F66A 4PMRA 2XYLA 4BS0A 1QI5A 4GQRA 5EBAA 3WDPP 4W7WA 2WMKA 3WNMA 4AMCA 1LF1A 2CXGA 2PWDA 1FHLA 1KXVA 4JL2A 3ARTA 3AMDA 3K4AA 1W2VA 5M5DA 2EEXA 2VVSA 3GYCA 1MW0A 4PMVA 4PMQA 1OBAA 4HZ6A 4HMDA 3MMWA 4U2YA 1E0XA 3M7SA 1V0NA 3CUFA 4JHZA 4P8UA 1QBBA 2CHOA 2YOCA 1TFVA 1X6LA 3W53A 1E4LA 1Y7VA 1ZJBA 1PIFA 3VO0A 2X2YA 1WAWA 5JBDA 3IK2A 2WVVB 2XTKA 2O9RA 3EMCA 1I1XA 1BFNA 4TVDA 5I0DA 1JZ7A 2ZXDA 2BXYA 3TONA 3AXXA 2A3BA 3KZSA 2OSWA 1JZ6A 3CIVA 4UQAA 4ACZB 1H1NA 3WH6A 1MVYA 4W8LA 1UH4A 2JEPA 4AEEA 4ZE4A 3EDEA 3WQWA 1CXHA 3VIGA 1B3YA 1KBKA 1E70M 3VVGA 2GK1B 1H49A 3BGAA 2WKLA 3F4VA 3NCOA 2PB1A 1V6YA 4KWUA 2VX6A 4U3CA 2E9LA 2X8RA 4EAMA 3AISA 4D6FA 3W27A 1OT2A 2XM1A 5DEZA 2VL4A 2Y8KA 4TVCA 1PZ2A 3LPOA 3FN9A 3EDJA 1ZBVA 3WNKA 2EQDA 1EOMA 4PYSA 1N82A 2FHBA 3WFZA 4D1IA 2NT0A 3VIPA 3OLEA 2DT0A 5IHRA 1ITCA 4YHEA 3POCA 1AQHA 2TAAA 4KGJA 5IDIA 3OZOA 3T2PA 5E6YA 1WDRA 1TUXA 5GQBA 3FY1A 4CUCA 1I75A 1U2YA 3ALGA 4TVUA 2J8GA 2O9PA 1CLVA 3MO4A 4Z2KA 1ITXA 2FH8A 2PWEA 2XM2A 3SIMA 1KWKA 4B16A 1GZJA 4HA4A 3VOCA 4Q7NA 1QNRA 1CGTA 2FH6A 3AZTA 3W25A 1W1TA 2CBUA 6A3HA 2WLZA 1E0VA 2Y4SA 2J77A 1EO5A 3TTQA 1E6XM 2GFTA 3GBEA 2E9MA 4HOZA 4U2ZA 2QMJA 2J62A 3SUTA 3VM5A 1GJUA 3WDQA 2BXZA 4UQEA 3GH4A 2B31A 2D3NA 1M01A 1EDGA 1R7AA 3AYSA 1DWGM 3BAKA 2G8ZA 3GXMA 3LMYA 1RD6A 4UFMA 5FL1A 3W28A 4AZGA 2ZICA 1E71M 1DHKA 2WAGA 5F7UA 1GVYA 1GQIA 1XSKA 4M8UA 1GHSA 4PTVA 1UD4A 4AIEA 4Z2IA 4DWSA 3PZOA 2ZUWA 1X6NA 5D9NA 2D0HA 4V28A 3QHMA 3CO4A 1D3CA 1BPLB 1ZBCA 3AI0A 4QCFA 3NIYA 2J7CA 3N11A 3TP4A 5M17A 2ZUNA 2W91A 1VFMA 5CGTA 1CGWA 3KL3A 1GW1A 3DYPA 1JF6A 5BROA 4MJ2A 3UERA 1G9HA 1V3KA 5LYRA 3T0AA 4MAVA 2WCSA 1C91A 1MWOA 4P8XA 3NSXA 2WCGA 5FL0A 2VZOA 2A3HA 1JF5A 5IFTA 3FHQA 1QHZA 1WP6A 4JKLA 1V03A 2XSBA 3ARVA 1VAHA 1GOIA 4UFLA 3BLPX 1HX0A 8CGTA 1KCKA 1HN1A 1EDQA 5I78A 1AQMA 1PX4A 3VIKA 2WPGA 2RGLA 4MAZA 1OT1A 3SCVA 3AOFA 2GJPA 5GNZA 1LQ0A 1WDPA 1CIUA 1CXFA 5HDRA 1UWRA 1QNSA 1PEZA 1W32A 4M24A 5A1AA 4HP5A 1OINA 3MANA 4CN1A 5I5RA 3WENA 4MNJA 1MW2A 4JFVA 1E5JA 4P8VA 1HL9A 2ZX5A 3CBWA 2V3GA 2ZX9A 4FLOA 1FFRA 3UCQA 1EGZA 3T08A 5A6AA 3K8MA 3PZGA 2WB5A 1OIFA 2HISA 5FCZA 1WPCA 4D72A 3ZSSA 5C70A 4P7QA 3SUVA 3FAXA 3OZPA 2G3JA 1JD7A 2DIJA 1W3JA 4GZIA 4ATDA 2X1IA 1E6QM 3D3AA 1UA3A 7TAAA 3AIRA 3WQ5A 4UOQA 1Q6GA 4B9ZA 1GQKA 3ARZA 2E8YA 5BXPA 1HJUA 1TR1A 2HVMA 2W5FA 4JFWA 3APGA 2VCBA 4AD3A 4XUYA 1LJYA 4LYQA 2E40A 3WF1A 2QF8A 3SCTA 1LL7A 2D22A 1B3XA 1B3VA 4J3WA 3G6LA 1HJQA 1BLIA 2CHNA 4OKDA 2UY4A 2J25A 3A3HA 1AQ0A 2V5DA 2DEPA 4ATLA 4TTGA 1JD9A 1QI0A 5CPSA 4DUXA 4W88A 1A3HA 1ESWA 3BMWA 2IXVA 3GXIA 2J47A 3AHXA 3BC9A 2XVLA 3HU7A 1EQPA 1V02E 1QW9A 1UOKA 1E73M 4GI9A 1ZJAA 4IPLA 3VX1A 1GOOA 4LGXA 4GO9A 4B9YA 2ZUUA 2G41A 2DSWA 3HMCA 1PX8A 1UWUA 4U33A 2BNJA 2QPSA 3SEPA 1B9ZA 5AY7A 4GIAA 3BAXA 3WDIA 3U5YA 1V6UA 2ZX8A 2J79A 2J8FA 1CGYA 4XZWA 4M80A 1ZB5A 2YL9A 5I6SA 3VMOA 2NT1A 3SCSA 3RCNA 1NH6A 2D24A 1VJSA 1UYQA 2A3EA 4EK7A 1HJVA 5A6MA 3VUPA 1C7TA 4OBSA 1RPKA 4NF7A 5HPCA 2WBGA 3BAYA 1UUQA 4H2CA 4QFUA 4FMVA 3GH7A 1KXHA 4QCEA 3WMBA 4DWSC 1TA3B 4JIEA 2GJXB 4MDPA 3FAWA 3ZSTA 4C7DA 3FXYA 5FD0A 2VZTA 3SCQA 1UQZA 4DUVA 1E55A 3O6AA 4UFKA 3VU2A 1CXEA 3BLKA 2DSUA 1QNOA 3F5LA 3U7BA 1B2YA 2UY2A 5CXPA 3EDKA 4AZCB 2XWDA 4ATWA 2DDXA 1GOKA 1MFUA 4WSKA 4AY1A 3SCRA 3RO8A 2ZE0A 1KQYA 1QPKA 1V0MA 2D23A 2DH2A 2JEQA 2DSZA 6TAAA 4RE2A 2UWFA 1NWUA 2J7HA 1HL8A 4HPGA 3OBAA 1VFUA 3UR8A 2GDUA 3ALFA 1E4NA 3TTOA 1GJWA 1FHDA 4URIA 2ZXAA 3GNOA 1QI3A 3WEOA 1GOMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SCN A;  2OYK A;  4CVW A;  1E6N A;  3MKK A;  2WHM A;  4XB3 A;  4MB3 A;  3N04 A;  1JZ3 A;  3ARY A;  3L4U A;  2DQX A;  2WBK A;  4J28 A;  1J0Z A;  3L2L A;  3BSG A;  1C7S A;  4KRU A;  3ZMR A;  1KGW A;  1WO2 A;  1GOQ A;  4FK9 A;  3AIW A;  5HBF A;  2BVY A;  1LG1 A;  3CHE A;  5EFF A;  1E1E A;  3CH9 A;  1JG9 A;  2DH3 A;  1QVB A;  4W5Z A;  1K9F A;  4CD7 A;  1B30 A;  4AXN A;  3N1A A;  5EB8 A;  2J78 A;  1A47 A;  5A2C A;  1EHA A;  5DMY A;  2F61 A;  1UR0 A;  1H5V A;  3RPM A;  2BY2 A;  2PWH A;  2PWG A;  3QR3 A;  4NZC A;  4AZ7 A;  1UWT A;  4JCL A;  1WNO A;  1W3K A;  1LL4 A;  2W63 A;  3FHA A;  1H3G A;  3LPG A;  3OGS A;  3A4X A;  4MPK A;  3W24 A;  4ML4 A;  2ZUM A;  2QHA A;  5CSU A;  2DSV A;  1JND A;  2BY0 A;  4QLK A;  3IAQ A;  5A8Q A;  1J10 A;  2VZU A;  4D6G A;  1FH7 A;  1E6S M;  4CKQ A;  2WHJ A;  1PBG A;  1ODU A;  4OIF A;  3N17 A;  5DT5 A;  1BSI A;  1V6V A;  1XC6 A;  2XII A;  4H41 A;  4UFI A;  4Y7E A;  1E5N A;  2X0Y A;  1LLO A;  1P6W A;  4W7U A;  3PZT A;  4GKL A;  3PHA A;  4Z2G A;  2YIH A;  3ARU A;  3KL5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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