1EC0A

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor bea403
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Symmetric fluoro-substituted diol-based HIV protease inhibitors. Ortho-fluorinated and meta-fluorinated P1/P1'-benzyloxy side groups significantly improve the antiviral activity and preserve binding efficacy
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ec0A00
4QLHA 5P6QA 2G1YA 4ER1E 5HE5A 2QHZA 4EHCA 5COKA 3QAAA 3WB4A 2JXRA 4J55A 5P1CA 1W50A 2B60A 4Y4ZA 2BQVA 1W5YA 5P00A 2VKMA 4FRJA 5P5FA 3EL9A 4Y3QA 5AH7A 4IVTA 1B6PA 5E5KA 1K6VA 3NU3A 4FS4A 3UQUA 2Q64A 4NJSA 5P5SA 3TLHA 5P3QA 5P4AA 3CKRA 3PM4A 5ENMA 5P5DA 3GI5A 4X7IA 5ISKA 5P3CA 5P11A 3VV7A 1UH8A 4Q1WA 3CMSA 4MC6A 4Y4AA 2G1SA 5FIVA 4I0ZA 5OZNA 1HTFA 3OGQA 5P3UA 4XX4A 1PPME 1HRNA 2ER7E 5P28A 3ST5A 4GJ9A 4YHQA 2BPVA 4TRWA 3L3AA 4KUPA 2NTRA 5P5OA 3CYXA 1HVLA 2HB3A 5P18A 2QZKA 5P7BA 5P24A 3U6AA 5OZTA 1T6EX 5I3XA 5P70A 5OZIA 3OOTA 3HDKA 5P26A 2ZJHA 2ZDZA 3SABA 9HVPA 4ZPFA 3UFLA 2AOHA 4E43A 5DQ4A 3PBDA 4RCDA 1FGCC 5OZAA 5P15A 1A8KA 4YD6A 5P4CA 5P0GA 4K4QA 2F3FA 3NU5A 2QD8A 4ER4E 3FKTA 4Y44A 3OHHA 5P1VA 5PEPA 2F3EA 5P2EA 1MPPA 3EBZA 3PWMA 5P07A 5P60A 3OQAA 5P3TA 5P3SA 4Y5LA 2SAMA 1HBVA 2QMDA 5SZ9A 3BRAA 5P0UA 5P25A 3VFBA 3OWNA 2WF4A 5OZKA 1XE6A 4Z2ZA 2PSVA 1K2CA 3L5BA 2H6TA 4GMIA 2QD7A 4Y38A 3OQDA 5SXNA 5P84A 5P53A 5P5CA 4MC9A 1EPOE 1W6IA 1PSOE 4R93A 2Z4OA 3SA9A 3DOXA 5HD0A 5P6UA 1IDAA 1FQXA 1BXQA 3AUPA 5P6SA 4MC2A 5P32A 5P3LA 4YA8A 5COPA 3OUBA 5P1TA 4Y51A 2HS2A 2NXDA 3NWQA 3URLA 5P0CA 3INDA 5IVSA 2AOCA 2APRA 5P1IA 1W5XA 5P05A 1J71A 5KR0A 1LYAB 4GJDA 5P49A 3D3TA 5OZPA 4DPIA 2HC0A 3OTYA 1XL2A 5P1OA 2BB9A 2HB2A 2R9BA 3WSJA 3FNTA 2QI7A 5DR7A 5P5EA 5P2IA 3LIQA 1YTJA 4I0DA 2QHCA 1T7IA 1FG8C 2ZHTA 4Y54A 4F75A 1GKTA 4Y3HA 3EKWA 1AVFA 5P8GA 3LHGA 4Y3RA 2I0AA 3ZL7A 5P6IA 2FNTA 1EEDP 4AZYA 3OGPA 3VF7A 1E82E 4I0IA 2I4UA 4J0TA 3PMYA 3VF5A 5P1BA 2P3AA 5P1WA 5P7QA 4OBKA 2FDPA 3OUCA 3L5DA 5AH8A 3B80A 5P1YA 3S85A 4Y58A 4FSEA 5P55A 1IZEA 2G27A 4Y41A 4YD3A 3S45A 5P8SA 4L7GA 3DV5A 2B7FA 5KOSA 5HDVA 4U7VA 3WB5A 4EJ8A 2OHNA 1K1UA 1YM2A 4L7JA 3PLLA 2QNQA 3L5EA 3O99A 3QI1A 5OYQA 5P3YA 1BVGA 2JE4A 5P3OA 2QI3A 1RPIA 1SDTA 1SDUA 4TVGA 3SA8A 4RCFA 5P2FA 3G70A 3VV8A 4J1HA 5OYRA 2I4DA 5P1FA 1MUIA 3UQPA 3ECGA 4RZ1A 5P80A 2R5PA 5P8DA 5P3ZA 5P4QA 2AOJA 3CIBA 5DR1A 5P8PA 5P5BA 2AVMA 5P3DA 1PSAA 4H3GA 1AZ5A 4CKUA 2VA6A 1HVRA 3UQXA 5P2WA 1EAGA 5P8MA 5P4EA 3SA5A 1Q9PA 5OZHA 3EXOA 1SIPA 4ER2E 5P77A 4FM6A 3VSWA 3HZCA 4Y3MA 1QS8A 4Y4UA 5P0PA 5P7PA 1SGUA 5EZZA 1MESA 3RSXA 5P7RA 2WF1A 2J9KA 4EWOA 2I4QA 2BBBA 3Q70A 5IVQA 2QK5A 1T6GA 3HLOA 4DQGA 1ZSRA 4U8WA 5DR3A 3N3IA 5P7GA 5P50A 5P7AA 1IVPA 3RTHA 2Q5KA 4YBIA 2ZYEA 4X2LA 8HVPA 3GI0A 3TL9A 4PZWA 5OZSA 3HAUA 4DJWA 4I8ZA 1W5WA 2WEAA 5P6TA 3UDHA 3MWSA 3Q4BA 1QBUA 2AQUA 2FLEA 3I25A 4Z4XA 1K6CA 4COEA 5HTZA 5P0RA 3VCMA 5P4BA 4Y48A 2H6SA 4EQJA 4B0QA 5OZJA 3OAGB 4A4QA 1IDBA 5DR0A 1FMXA 5P16A 1BIMA 1SMEA 2ZJMA 4L7HA 3IXOA 1DMPA 1HTGA 3SFCA 5P6LA 1EC2A 1HSIA 4Y3FA 2V10C 4EPJA 1VIJA 1A8GA 2AZBA 3S7LA 5OZWA 2OF0A 4OBZB 5P7EA 3L38A 4JECA 4B00A 5P59A 5HE7A 3GGXA 2QI4A 5DR4A 1B11A 4B70A 3ZPSA 2RENA 4DJVA 5P03A 5KQZA 4FIVA 4PHVA 3RVIA 4WY1A 1ZAPA 2XYFA 5P4VA 5P4SA 1EC0A 4Y3SA 6UPJA 4Y56A 4QGIA 4Y3DA 1IIQA 3KMYA 4XKXA 1BILA 5P88A 3FNUA 5ENKA 2CENA 4HE9A 2QMGA 1HPSA 2ZHSA 2IEOA 4R8YA 3VLAA 5P20A 5P8KA 4H1EA 5F01A 4FAFA 4J0VA 2ZHVA 3ZKNA 1QBTA 1BWAA 3URIA 5P2UA 5P12A 3PCWA 2QZXA 3IXKA 3QS1A 1UPJA 5P7WA 1YTGA 5P2RA 2WF2A 5P51A 4I8WA 4DQCA 4I11A 4ZIPA 5P5VA 4HA5A 2AOGA 4Y5NA 4Q1XA 2J9JB 1META 1K6PA 1Z8CA 3VEUA 1APWE 5P3AA 1QRPE 1OEXA 4TRZA 4Y3TA 2BPWA 4FSLA 1MTBA 1TQFA 5P6DA 1SGZA 2QHYA 4YE3A 3TKWA 3OY4A 5P8QA 3NXNA 3MSKA 4DJOA 4HVPA 3PSYA 4Y3NA 5P42A 5P5NA 4R95A 2O4KA 3O9LB 4DPFA 2I4WA 2UY0A 5P4LA 3OADB 2PH8A 5P0FA 2IQGA 2OHTA 1UH9A 3K4VA 2Q55A 4JPEA 4DJUA 4ZE6A 2QI1A 5P0WA 2OHPA 1ZPAA 3INHA 5P5UA 3HD8A 1EC1A 5P5JA 4I1CA 2I4XA 3DK1A 5C9BA 3O9DA 3CKPA 5P43A 5OYSA 1TSQA 4DFGA 4DJRA 3D91A 1MTRA 3SA3A 3UF3A 3T7PA 5OZQA 4R5NA 4Y57A 3OUAA 3TPRA 1U8GA 2QAKA 2P3DA 5P2GA 5P38A 4Y37A 4IVSA 3U7SA 3OU4A 3GW5A 1M4HA 4GJ8A 5P8TA 5P4OA 5P7FA 3F9QA 5P7TA 1FFIC 3I2LA 5P5GA 3KFRA 3KT5A 1YTIA 1LS5A 4Y5MA 3KDBA 2F81A 4L1AB 3UDPA 1C6ZA 3NSHA 2PSGA 5P35A 5P4WA 1Z1HA 2WJOA 3IVIA 5P6BA 4Y3JA 5P4JA 4Y36A 5P7HA 3RU1A 3SKFA 4OC6B 2VJ7A 3O9EA 4GJCA 5OZEA 4Y39A 4GJ6A 5P4PA 3TPPA 5HVPA 3PI5A 1CZIE 3QVIA 3EL1A 3ZKSA 4EP3A 4K8SA 5P45A 1HOSA 5JFUA 5P2LA 5P4TA 3GGVA 5P8LA 4DJPA 1RNEA 1B5FA 2O4PA 1MVPA 5P46A 3S7MA 5IS4A 1D4LA 5P76A 1HSGA 1ZPKA 5TOLA 5DPZA 3UDYA 3UFNA 4HDBA 4LXAA 1IVQA 5P0KA 5P74A 1K1TA 5P3HA 4GYEA 5AH6A 1HVSA 5P58A 2V13A 3ZOVA 4CPSA 3SA6A 4WTUA 5P6FA 1FEJC 3L5CA 5P6CA 4OD9B 2HM1A 2R3TA 3VYEA 5P7JA 4DJQA 5P5WA 1FQ5A 5P0YA 1IZDA 3Q5HA 4F76A 5P63A 3IN3A 3PRSA 3EKXA 5P1LA 1TW7A 1YG9A 1F7AA 4LXKA 1TZSA 5KR1A 1BBSA 5P89A 3HVPA 5P0DA 2R3WA 1BV9A 5P0NA 3VYDA 4ZPEA 2ZGAA 1HPOA 3UCBA 4Y4BA 3S8IA 5OZOA 4Y3PA 5P2ZA 3PHVA 3L58A 5P57A 5BWYA 5P0XA 3PWWA 4AA8A 1B6JA 1D4KA 2Q63A 1ODXA 4J0PA 3TH9A 3PGIA 3NUJA 3QBHA 1RV7A 5P17A 2IENA 1ZLFA 1HEGE 2EWYA 3O9BA 5OZYA 1E81E 5P8RA 1AXAA 3T7XA 2HPFA 4CP7A 3NUOA 3T11A 4YBFA 1OD1A 4Y47A 3CIDA 1FKNA 2PK5A 5P6AA 3UQRA 2Q15A 1C6XA 5P52A 2RMPA 2RKFA 1IZIA 2OHMA 3ZPTA 1FMUA 4K9HA 2QI6A 2P3BB 4Y5BA 5P8AA 4FE6A 5OYVA 1B6MA 3D1ZA 4GJ7A 1WKRA 3PCZA 3OU1B 4OBGA 4RGHA 5P1ZA 2OAHA 1AJVA 5P5QA 5OZBA 1A30A 2F3KA 1WBMA 1EPQE 4PYVA 4K4RA 1CPIA 5P02A 5P4FA 2BJUA 5P0VA 2G20A 4Y35A 5P7KA 2BPZA 1NH0A 5P6PA 4DQFA 5P5KA 3N4LA 4RVXA 5P2XA 3GI4A 4J1CA 3H0BA 3S53A 3K5GA 3WZ6A 3PEPA 4PEPA 1EPLE 2VIEA 2B8LA 1GNMA 3O9HA 3QRVA 4B77A 3NU6A 5P66A 2WL0A 3NWXA 4FRKA 3O9IA 1T3RA 2O4LA 1LYWA 7UPJA 4TRYA 3INEA 3FX5A 5P2YA 2VIJA 5P5YA 2WKZA 2WF0A 1W5VA 1XL5A 3OXWA 2HS1A 5P23A 3PI0A 2F8GA 4YD5A 4RYGA 4PZXA 3KFSA 3K5DA 2ZHRA 4ZSRA 3ZKXA 1LYAA 2QP8A 5P64A 2AVQA 5OZ1A 4L6BA 5P0OA 5OYUA 3D20A 5J25A 5P56A 4OBJA 3BUHA 3G6ZA 4J54A 4AA9A 4UPJA 5P3MA 3LZVA 1ZBGA 2G1OA 3DUYA 3LPJA 5OYXA 3QROA 4Y5EA 4RCEA 3EL4A 1KJ7A 2WHHA 4Q5MA 3EKYA 5P79A 3HW1A 2ZJLA 1SP5A 5DR8A 4U7QA 5I3VA 1FFFC 1XDHA 1FQ4A 4NPUA 5P7MA 5JODA 2CEMA 1AIDA 5AHAA 5P8IA 4CPUA 2PC0A 3S43A 5P31A 5P01A 1LZQA 3UDRA 2G94A 1DW6C 5P6YA 1IZHA 1MT9A 4Y4WA 5IVTA 5P1HA 2R38A 2ZE1A 2OHLA 1D4SA 5P4UA 3S56A 2FXDA 2FGUA 5P8FA 2B8VA 5P87A 5P2DA 2F80A 2BKTA 1SBGA 3BXRA 3PMUA 3SO9A 2ANLA 4I0EA 3OXVA 2IDWA 1ZTZA 3TOFA 4DQEA 1F34A 2HPEA 3NDWA 1A94A 3FSMA 5OZGA 1ZP8A 5KR2A 1PPKE 3BUGA 2NNKA 1FIVA 4NPTA 4NJUA 4LC7A 2P4JA 5P8NA 5OZ6A 3EM6A 5P27A 5OZFA 3BC4A 2VJ9A 2UPJA 4F74A 5P72A 4FM8A 4Y3EA 1LYBB 3TPLA 4ZSQA 4B78A 1KZKA 4Y3XA 2Q54A 4CPXA 1APTE 3NDUA 1SIVA 1HPXA 4OBHA 5P3KA 1HVHA 5ER2E 1BDRA 5P7DA 5P3EA 5P0IA 5DQ2A 3D1XA 1MRWA 4GJAA 3VG1A 5OZLA 4Y4DA 3HVGA 5P1MA 3UDQA 5P4YA 2WEBA 3LIVA 4S1GA 1C70A 4AUCA 5P36A 2FS4A 5P5TA 4ACXA 1EPME 1Z1RA 4EQ0A 1EPRE 4RROA 3PJ6A 4LXMA 4KE1A 3BVBA 4WY6A 5P5AA 3PSUA 2IGXA 3NYGA 5OZ5A 4M8YA 2VA7A 3SM1A 4Y53A 1EBKC 3MSLA 3BGCA 2Z54A 5OZ3A 3FV3A 5P6JA 5P7SA 3Q3TA 5P3GA 5P5LA 1BDLA 4Y4EA 3IGBA 5OZ9A 5P6RA 3BXSA 3VYFA 5P2VA 4DH6A 5P83A 4APEA 3OU3A 3R4BA 4B05A 5CONA 3R0YA 5ER1E 5P4XA 3DV1A 3OXXA 2VA5A 2OHUA 5P73A 1G35A 5P1PA 4HZTA 5P7LA 7HVPA 1JLDA 2VIZA 5P7IA 1MRXA 2O40A 4LL3A 2ZJJA 6APRE 5P22A 2XFKA 2PMAA 3JVYA 1EBZA 2WEDA 1EBWA 4I12A 5P2BA 3SM2A 3KYRA 1ER8E 2IKUA 4ZSPA 3D1YA 3SAAA 1CMSA 1AM5A 2NMZA 2WECA 4Y9WA 4Z22A 4CPQA 4BFDA 5AGZA 1MT8A 1AJXA 5T4SA 2PWRA 3OUDA 3OXCA 2B7ZA 4Y4TA 5E5JA 5EZXA 5C9FA 2QNNA 4Y4XA 5SY2A 4J1EA 2XYEA 1HEFE 4Y4JA 3TOGA 3CICA 3LIXA 5P4DA 5JFPA 4LBTA 5I70A 4XXSA 3UDNA 1TCWA 4EXHA 2FIVA 4N00A 5P4ZA 3UQWA 3C9XA 3EKVA 3KF0A 1W6HA 3PSGA 3DM6A 5P06A 3INFA 2G22A 3ZKMA 5KQYA 1HVCA 2FNSA 3QRMA 4B1EA 1XN3A 5P2AA 4ZEAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QLH A;  5P6Q A;  2G1Y A;  4ER1 E;  5HE5 A;  2QHZ A;  4EHC A;  5COK A;  3QAA A;  3WB4 A;  2JXR A;  4J55 A;  5P1C A;  1W50 A;  2B60 A;  4Y4Z A;  2BQV A;  1W5Y A;  5P00 A;  2VKM A;  4FRJ A;  5P5F A;  3EL9 A;  4Y3Q A;  5AH7 A;  4IVT A;  1B6P A;  5E5K A;  1K6V A;  3NU3 A;  4FS4 A;  3UQU A;  2Q64 A;  4NJS A;  5P5S A;  3TLH A;  5P3Q A;  5P4A A;  3CKR A;  3PM4 A;  5ENM A;  5P5D A;  3GI5 A;  4X7I A;  5ISK A;  5P3C A;  5P11 A;  3VV7 A;  1UH8 A;  4Q1W A;  3CMS A;  4MC6 A;  4Y4A A;  2G1S A;  5FIV A;  4I0Z A;  5OZN A;  1HTF A;  3OGQ A;  5P3U A;  4XX4 A;  1PPM E;  1HRN A;  2ER7 E;  5P28 A;  3ST5 A;  4GJ9 A;  4YHQ A;  2BPV A;  4TRW A;  3L3A A;  4KUP A;  2NTR A;  5P5O A;  3CYX A;  1HVL A;  2HB3 A;  5P18 A;  2QZK A;  5P7B A;  5P24 A;  3U6A A;  5OZT A;  1T6E X;  5I3X A;  5P70 A;  5OZI A;  3OOT A;  3HDK A;  5P26 A;  2ZJH A;  2ZDZ A;  3SAB A;  9HVP A;  4ZPF A;  3UFL A;  2AOH A;  4E43 A;  5DQ4 A;  3PBD A;  4RCD A;  1FGC C;  5OZA A;  5P15 A;  1A8K A;  4YD6 A;  5P4C A;  5P0G A;  4K4Q A;  2F3F A;  3NU5 A;  2QD8 A;  4ER4 E;  3FKT A;  4Y44 A;  3OHH A;  5P1V A;  5PEP A;  2F3E A;  5P2E A;  1MPP A;  3EBZ A;  3PWM A;  5P07 A;  5P60 A;  3OQA A;  5P3T A;  5P3S A;  4Y5L A;  2SAM A;  1HBV A;  2QMD A;  5SZ9 A;  3BRA A;  5P0U A;  5P25 A;  3VFB A;  3OWN A;  2WF4 A;  5OZK A;  1XE6 A;  4Z2Z A;  2PSV A;  1K2C A;  3L5B A;  2H6T A;  4GMI A;  2QD7 A;  4Y38 A;  3OQD A;  5SXN A;  5P84 A;  5P53 A;  5P5C A;  4MC9 A;  1EPO E;  1W6I A;  1PSO E;  4R93 A;  2Z4O A;  3SA9 A;  3DOX A;  5HD0 A;  5P6U A;  1IDA A;  1FQX A;  1BXQ A;  3AUP A;  5P6S A;  4MC2 A;  5P32 A;  5P3L A;  4YA8 A;  5COP A;  3OUB A;  5P1T A;  4Y51 A;  2HS2 A;  2NXD A;  3NWQ A;  3URL A;  5P0C A;  3IND A;  5IVS A;  2AOC A;  2APR A;  5P1I A;  1W5X A;  5P05 A;  1J71 A;  5KR0 A;  1LYA B;  4GJD A;  5P49 A;  3D3T A;  5OZP A;  4DPI A;  2HC0 A;  3OTY A;  1XL2 A;  5P1O A;  2BB9 A;  2HB2 A;  2R9B A;  3WSJ A;  3FNT A;  2QI7 A;  5DR7 A;  5P5E A;  5P2I A;  3LIQ A;  1YTJ A;  4I0D A;  2QHC A;  1T7I A;  1FG8 C;  2ZHT A;  4Y54 A;  4F75 A;  1GKT A;  4Y3H A;  3EKW A;  1AVF A;  5P8G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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