1EC1A

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor bea409
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ec1A00
3OWNA 2IRZA 3GI0A 2RKFA 5P0IA 2IEOA 4K4QA 4APRE 2BB9A 5P1FA 5P4JA 1QS8A 5P37A 5P7YA 4MC1A 3L58A 5OZAA 5C9BA 5P4IA 3KT5A 3OXVA 5P72A 5P4LA 5P47A 3O9GA 4BELA 2FDDA 3L5CA 2PWRA 4J0PA 5I70A 3GI6A 4FLGA 4A6BA 5P4CA 5P0NA 1KJ7A 2P3AA 5OYTA 3QRVA 2VIYA 5P5IA 3IXOA 4I0GA 4Y38A 2QNQA 1MSNA 4M8XA 5JFUA 5P63A 2WKZA 5P2IA 4ZPGA 5P4DA 3EC0A 4RLDA 3OGQA 5P3RA 6UPJA 4H1EA 4DJOA 3SA5A 1XE5A 5DGWA 4Z22A 3ZMGA 3K4VA 2OHMA 2B42A 2OF0A 5P5CA 3UCBA 3OGPA 4DQFA 5P60A 5P3KA 5P44A 1K6CA 2HAHA 5P15A 4APEA 4Y45A 3L5DA 1FMBA 1HEGE 4B77A 5OZ7A 5P2JA 2R5PA 1K2CA 5P09A 1Z8CA 3FNUA 4L6BA 3I25A 4I0EA 4DQHA 3PM4A 4DH6A 4RVXA 5P03A 4Y5GA 3S7MA 3LZVA 5P6GA 3MXDA 5P8HA 3EKQA 1YTHA 1HVSA 2IS0A 1BBSA 2G24A 5P07A 5B18A 5P8KA 4IVSA 4GJ7A 3LIZA 5P1SA 2O4PA 3HBOA 4COEA 5OZDA 2Q64A 1QDMA 1A9MA 2Q15A 4S1GA 2Z4OA 3IN3A 1HVKA 5P0ZA 1E82E 3R0WA 4TVHA 5E5KA 5P40A 2QMPA 3ST5A 3SA4A 2CEJA 1DW6C 3VFAA 4JP9A 5P75A 1LYWA 4UPJA 4DI2A 5KQXA 5P0PA 3VFBA 4R95A 3EMYA 5P0JA 4Y35A 3WB5A 2OHSA 3FX5A 4DJYA 3TOGA 2QD8A 3MWSA 1ZJ7A 5P54A 3VYEA 3T7PA 1RPIA 1VIKA 3FNTA 5P4TA 4Y4UA 5P4ZA 4GJBA 1HBVA 3K5DA 3CYWA 4EP3A 3T7QA 1HVJA 2JXRA 1GNNA 3SKGA 4OD9B 3OTYA 3NDUA 5P5SA 2B7ZA 3IVIA 3LIVA 5P80A 5P79A 5OZQA 3U71A 3VYFA 2UY0A 5P6XA 1FQ7A 4Y4XA 3PSUA 4EQ0A 3UDYA 5P2DA 4K4RA 4GJAA 1LZQA 3UF3A 3VF7A 1FG6C 5P2XA 1B5FA 1BXOA 3HAUA 2R43A 4CPSA 1KJFA 4I0DA 1TSUA 5P7LA 4KE1A 5P5TA 1EAGA 1C6XA 1BILA 5P7UA 1HOSA 5P2EA 5P5QA 4LXAA 2G21A 1BDRA 1M43A 2H6SA 4K9HA 1IZDA 4Y3DA 4Y4WA 5OZBA 3Q5HA 5P0FA 5P2QA 1SBGA 5DR1A 5ENKA 2WEBA 5P6BA 4B72A 4BFDA 5P4UA 4QJ9A 4DUSA 4Z2ZA 5P0CA 4PYVA 4HLAA 2ZHVA 5P74A 3OXWA 3L5EA 1E5OE 3DCRA 3VG1A 3OUBA 1MIQA 3O9CA 1UH7A 2VJ6A 1MRWA 5OZJA 4Y5NA 3HLOA 5P7FA 3UQWA 5P3MA 3LPIA 5OYQA 4FIVA 2PH8A 2QI4A 3OXXA 5P6VA 2ZHUA 3G70A 3O9FA 5OZTA 5P3UA 5P8OA 3SA3A 1PFZA 3O9BA 3BUFA 3HW1A 3DUYA 1HSGA 4A4QA 1MTRA 5P0BA 5P7ZA 5JG1A 2OHQA 3UQUA 1HTRB 5P14A 3UDNA 3EM6A 4CPQA 4Y37A 1C6ZA 3NU6A 4CPXA 4WY1A 3TH9A 1YTGA 3WB4A 4I10A 2O4LA 1B6JA 3HAWA 5P22A 3B80A 5P7SA 3WZ6A 4RCEA 4J0VA 5P4FA 4D83A 3KA2A 3PCWA 5P4BA 2FIVA 4Q1NA 1ODYA 5OZIA 2ZJIA 4E43A 2QZXA 3KFPA 3EKTA 2WEDA 3VSXA 3HVGA 3KFSA 5OZSA 4JPCA 2R3WA 4L7JA 1IZIA 3NDTA 1KJGA 1HVRA 4B0QA 4Y50A 5P5MA 5P3GA 3OY4A 4Y3JA 3VLBA 3LZUA 2J9JA 3VV8A 3QBHA 4DQCA 3OQKA 4ACXA 1FG8C 3OUCA 1C6YA 4Y4EA 5P2GA 3ECGA 3KYRA 5AH6A 5P7DA 5SXNA 4J0TA 5P36A 4YOAA 3TPJA 3KDBA 3VUCA 4AUCA 2NR6A 4H3FA 3VLAA 2F81A 4Y3WA 4K4PA 2O4NA 5OZFA 2FGVA 3OQ7A 4H3IA 5P3QA 1LF4A 3INDA 5P33A 2ZJMA 1HTGA 4Y3GA 5P6PA 5OZVA 2I1AA 3MSKA 5P0LA 2QZLA 5J25A 1W5WA 4FSEA 2AOIA 4J54A 3NU4A 3EM3A 4PPHA 2QD6A 3I6OA 2P8HA 3VEUA 1G35A 3QVCA 5P06A 5P77A 5P8EA 5P0UA 1FFFC 4FRSA 2I4XA 5P7PA 2XFIA 2Z54A 2BKSA 1DAZC 4DFGA 5OZNA 3Q3TA 5AH9A 1M4HA 4ZEAA 5ER1E 1IIQA 1D4YA 4LBTA 1EPNE 3EKVA 5P4WA 5P7JA 1MT8A 1GVUA 3O9LA 5DPZA 5P16A 1FQ6A 5P84A 1MVPA 1WBMA 5P3IA 5P31A 5P13A 4I8ZA 5P01A 5P1RA 2ASIA 5P2UA 3L38A 4X7IA 5P5DA 1WBKA 5P59A 4Y3XA 4ER4E 4YCKA 3D1ZA 1T6EX 5P8DA 2PSUA 4DQEA 1T6GA 2P3CA 3UFNA 4OBJA 1EPRE 4Y57A 3UDKA 5DGUA 2AVOA 5P7BA 5P0VA 5P2FA 5KOQA 2ZE1A 2AOCA 3K1WA 2VJ9A 5P4YA 1F7AA 2JE4A 5P6FA 4RZ1A 5P35A 3DK1A 4J1IA 5P6EA 1MUIA 1QBSA 3CKPA 3SM1A 4DQGA 4DJQA 2QMGA 3LPKA 3GGAA 2HS1A 1FEJC 5P3ZA 2ANLA 5COOA 5EZXA 5P25A 4R5NA 1HXBA 4NJUA 3R4BA 5P2YA 2BPVA 5P6RA 5P5JA 1HIVA 3VV6A 1Z1RA 5P8LA 5P27A 2QI7A 3SAAA 3FV3A 5P2KA 4QGIA 5P3YA 5P5EA 1HSIA 5P6WA 1GVWA 3SFCA 4PHVA 5P5LA 5P57A 2ZHRA 3LPJA 1D4LA 5P5FA 4YOBA 1TZSA 1QBUA 1ODXA 3S43A 5P3TA 5DR7A 3Q4BA 5OZXA 5OZ0A 3WZ7A 3HZCA 4B1DA 2G27A 5P7WA 4ER2E 5P68A 5DR4A 2QU3A 2Q11A 4CMSA 1EC1A 5P0HA 1HPSA 3BGBA 4YA8A 4EQJA 2NNKA 1EBWA 5P08A 4RVJA 1SMRA 5P18A 3UDJA 2V11C 3S2OA 4U7VA 2HB3A 3TNEA 3OU3A 4IVTA 4HDPA 5P04A 3L5BA 3IGBA 5P65A 3OK9A 2ZGAA 4RRSA 2QI1A 3UFLA 4ZLSA 4XKXA 3BGCA 2RKGA 5KAOA 2QD7A 3SA7A 3PMUA 4Y4ZA 5P39A 4XX3A 1FKNA 5P0QA 3PEPA 4PZWA 4YD5A 4XX4A 5P6JA 5P51A 3NWQA 3T7XA 3EBZA 1RNEA 1G2KA 5P1LA 4Y44A 4HVPA 2FLEA 5P8GA 3DCKA 3K5FA 4ZSRA 5OZ2A 2QZWA 4ZSQA 4RGHA 4BEKA 1ZBGA 4GJCA 3D3TA 1EC2A 2ER0E 4NPTA 2VA5A 1HVCA 4Q5MA 4R93A 4RYCA 1M0BA 3OUAA 2HPFA 3BUGA 3S54A 1D4KA 5P3PA 1B6LA 2PK6A 3OQDA 3I7EA 3WZ8A 3BUHA 3CIBA 4Y54A 5P2CA 5P5UA 5P2LA 1W5XA 2V16C 4RRNA 4QJAA 3KMYA 5P5ZA 1D4SA 1ZAPA 4Y5KA 5HU0A 4J55A 5EZZA 5OZKA 4DJPA 5SY2A 1W5VA 4F76A 2PSGA 2PWCA 5JODA 5BS4A 5P8JA 1UPJA 2HM1A 4YCYA 3QIHA 5BWYA 1T7JA 1TCXA 2BPZA 4RROA 3EL1A 5OZ6A 3EL0A 1IBQA 4TVGA 1MERA 2HS2A 4R8YA 5HE4A 2WECA 4Y3HA 1K6PA 3IVHA 5P2NA 3JW2A 2AVMA 5C9DA 2AQUA 5P69A 1MT7A 5OZCA 1W51A 1BWBA 2AVQA 1G6LA 5OZGA 5P12A 1BXQA 2VA7A 3BRAA 1YM4A 5P6QA 5P1QA 3TL9A 5P1GA 4YD6A 1EPME 1EC3A 3OOZA 5I3XA 3FKTA 3OTSA 5P0OA 2ZHTA 5DQ1A 3NR6A 1RL8A 1XDHA 4ER1E 4J0ZA 1MRXA 4EJDA 4MC9A 2I4WA 1EBKC 4FM8A 4EPJA 1HRNA 5P4EA 3QAAA 3PVKA 3H5BA 1NH0A 2FDPA 1HSHA 3NXEA 1BWAA 4D89A 1XL5A 4Y9WA 4Y39A 3ZLQA 4Y41A 3HDKA 1SIVA 5AHAA 3TKWA 2XYEA 1N49A 4J1HA 5P00A 4OD9A 4RCFA 3F9QA 1IZHA 3ZKIA 5P7RA 5P20A 4AZYA 5I3VA 2VKMA 3DV1A 2G1SA 4FRKA 5P2AA 3RTNA 4YD7A 5P5XA 1SH9A 1MESA 5P8MA 1APVE 3L3AA 1LS5A 5HTZA 1EPLE 4Z50A 3VCMA 4R91A 1B6PA 5OZUA 3GGVA 3O9HA 1AJXA 4GJ5A 4Y51A 4Y5MA 2HB2A 5P2HA 1ZP8A 3ER5E 2V0ZC 2HPEA 5P7AA 5P85A 1BDQA 1YTIA 5P5KA 2O4KA 2V13A 3LNKA 2JJJA 2G20A 3ER3E 2P3BA 4J0YA 5UPJA 1IZEA 2P83A 4J1EA 5P1EA 4Y3NA 5OZEA 4Y4TA 1LYWB 4Y5CA 1NPVA 4OC6B 2B8LA 2FDEA 5P5WA 5P4AA 5P3FA 3TOFA 1HVIA 2OHLA 1EPOE 2ZJKA 5P6IA 3U7SA 5OYYA 1EPPE 4H3JA 4YBIA 1ZPAA 4XXSA 5P4XA 4FE6A 4B70A 3HVPA 5OZ3A 4QLHA 3KT2A 5P0GA 1W6IA 4Y5EA 1TQFA 5DR8A 4Y3AA 5P8QA 3OXCA 2WF4A 2APRA 5P0AA 2QAKA 3INEA 2QP8A 1AZ5A 2IQGA 1FIVA 1XL2A 1K1UA 5P7TA 2FMBA 2QHZA 5P34A 3SKFA 4H3GA 3UHLA 5P0SA 2QNPA 4J5JA 3RTHA 3APPA 5HD0A 5P1BA 4AA9A 5P2MA 4B1EA 4L1AA 2OHRA 5CONA 2WJOA 5ER2E 2NMYA 4EJ8A 2P3DA 3UQXA 2QI0A 3PRSA 4LL3A 1FMUA 3URLA 5SY3A 4OBFA 5HCTA 3MXEA 2VIZA 5P61A 3L59A 4Q1WA 3OOTA 5P73A 5P4GA 2QK5A 2VS2A 5P24A 4I0IA 4DPFA 5OZHA 3S53A 3PMYA 1PPLE 3O9EA 5P6ZA 4CP7A 3CKRA 3PLDA 4L7HA 4TRWA 4Y5BA 3OADB 1HTEA 1OD1A 5P0RA 1KJHA 5P5HA 3R0YA 2AVSA 3NWXA 3QPJA 3R2FA 5OZLA 2QU2A 5P1CA 4QJ6A 1LF3A 1C70A 3PLLA 1MT9A 5P29A 1DP5A 1A8GA 3OQFA 3DV5A 1CZIE 5P4OA 5P0KA 5OZRA 5P49A 3VV7A 2WF1A 5P1NA 2HIZA 1LYBB 2I4DA 3SLZA 2G1OA 2WHHA 4FRIA 8HVPA 1FF0C 1HPXA 5P55A 4Y56A 3NU3A 4Y5LA 4Y3PA 5ISJA 3I8WA 3UDMA 2AOHA 3NLSA 5OYUA 4F75A 4FSLA 5P7QA 5I3WA 4EWOA 2PYMA 2PK5A 4FGXA 1AVFA 2OHKA 4U8WA 3OU1A 3ZKGA 4CPUA 4GYEA 4CKUA 4DJVA 5P0TA 3LIQA 1TCWA 3QRMA 3RU1A 2XYFA 3M9FA 2I4VA 3KFNA 1HHPA 2NNPA 3RSVA 2R38A 3INFA 5DQ2A 4I0HA 5P1TA 3SA8A 5P3SA 2OHPA 5P3AA 2R3TA 5OZ4A 1LYAA 3JVYA 2FNTA 4BFBA 2B60A 4PEPA 5P3VA 1OEXA 2B8VA 5SZ9A 4LXKA 5P1IA 4EJKA 5KR2A 4RYGA 1HPOA 3OHHA 3VYDA 5P7EA 3C9XA 2G94A 1BVEA 5P3WA 2IL2A 4PZXA 5P1XA 1XE6A 5P4MA 4EYRA 4KB9A 1META 2BJUA 3GI5A 4Y3LA 3FSMA 2FGUA 2F80A 3OUDA 4Y4JA 1NPAA 2WEZA 1GVVA 3SO9A 2JYSA 3PGIA 5KR0A 2FS4A 2RMPA 4Y5PA 3T11A 5DQ5A 3Q70A 2QCIA 5OZ8A 5P3LA 3OU4B 2ZJLA 5OZ5A 3G6ZA 2BPXA 4QJ8A 3R1GB 1GNMA 2HC0A 2UPJA 5P02A 5P7NA 1FQ5A 3TPLA 5DR3A 5HDZA 4EHCA 1ZLFA 1ME6A 5P1JA 4I0FA 1T7KA 5DQCA 1DPJA 3NYGA 5OYVA 4CPTA 3TPPA 3CYXA 2OAHA 3S8IA 4ZE6A 5OYRA 5P0DA 5TOLA 5HU1A 1ZPKA 4GB2A 4N00A 5P67A 3D20A 2F3EA 1B6KA 3QRSA 2AZCA 5ISKA 1PSAA 2G1RA 1AAQA 1FGCC 2QHCA 2G69A 4J1KA 1PPKE 1YX9A 1HIIA 2NXMA 4LXMA 1JLDA 4Y3RA 3B7VA 4JECA 4HE9A 2QMDA 5P6CA 1PSOE 2WEAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OWN A;  2IRZ A;  3GI0 A;  2RKF A;  5P0I A;  2IEO A;  4K4Q A;  4APR E;  2BB9 A;  5P1F A;  5P4J A;  1QS8 A;  5P37 A;  5P7Y A;  4MC1 A;  3L58 A;  5OZA A;  5C9B A;  5P4I A;  3KT5 A;  3OXV A;  5P72 A;  5P4L A;  5P47 A;  3O9G A;  4BEL A;  2FDD A;  3L5C A;  2PWR A;  4J0P A;  5I70 A;  3GI6 A;  4FLG A;  4A6B A;  5P4C A;  5P0N A;  1KJ7 A;  2P3A A;  5OYT A;  3QRV A;  2VIY A;  5P5I A;  3IXO A;  4I0G A;  4Y38 A;  2QNQ A;  1MSN A;  4M8X A;  5JFU A;  5P63 A;  2WKZ A;  5P2I A;  4ZPG A;  5P4D A;  3EC0 A;  4RLD A;  3OGQ A;  5P3R A;  6UPJ A;  4H1E A;  4DJO A;  3SA5 A;  1XE5 A;  5DGW A;  4Z22 A;  3ZMG A;  3K4V A;  2OHM A;  2B42 A;  2OF0 A;  5P5C A;  3UCB A;  3OGP A;  4DQF A;  5P60 A;  5P3K A;  5P44 A;  1K6C A;  2HAH A;  5P15 A;  4APE A;  4Y45 A;  3L5D A;  1FMB A;  1HEG E;  4B77 A;  5OZ7 A;  5P2J A;  2R5P A;  1K2C A;  5P09 A;  1Z8C A;  3FNU A;  4L6B A;  3I25 A;  4I0E A;  4DQH A;  3PM4 A;  4DH6 A;  4RVX A;  5P03 A;  4Y5G A;  3S7M A;  3LZV A;  5P6G A;  3MXD A;  5P8H A;  3EKQ A;  1YTH A;  1HVS A;  2IS0 A;  1BBS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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