1EKEA

Crystal structure of class ii ribonuclease h (rnase hii) with mes ligand
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
225
structure length
222
Chain Sequence
MIIIGIDEAGRGPVLGPMVVCAFAIEKEREEELKKLGVKELTKNKRAYLKKLLENLGYVEKRILEAEEINQLMNSINLNDIEINAFSKVAKNLIEKLNIRDDEIEIYIDACSTNTKKFEDSFKDKIEDIIKERNLNIKIIAEHKADAKYPVVSAASIIAKAERDEIIDYYKKIYGDIGSGYPSDPKTIKFLEDYFKKHKKLPDIARTHWKTCKRILDKSKQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Methanocaldococcus jannaschii
publication title Crystal structure of archaeal RNase HII: a homologue of human major RNase H
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
total genus 79
structure length 222
sequence length 225
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1ekeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ekeA01
4CERA 3V9ZA 4NCAA 3ISNC 3L2RA 1CLQA 4F8RA 4C8LA 3BGRA 4IBNA 5CY4A 3B6PA 4CESA 4B9UA 1FKPA 1HJRA 3QEVA 1W9HA 1NK5A 1X9WA 1EKEA 1XI1A 3S9HA 3ALYA 1ASVA 1C1AA 2D0CA 4DQIA 3HJFA 5KTQA 3OYNA 1ITGA 2XRIA 2A1SA 3ZSXA 2HHTA 2G8VA 2YV0X 3QEIA 4OKKA 5KGWA 4OKEA 1GOCA 3ZSOA 2E4LA 1BCOA 1C0MA 2GUIA 5HROA 4DS4A 2QKBA 4CGJA 4DTNA 4Z4EA 2HVHA 4TSXA 4N56A 2I5JA 1BHLA 5JS2A 3OY9A 1WSGA 3QIOA 1KSPA 3MEGA 4JLHA 1RTHA 1VRUA 5HRRA 2XY6A 3SNNA 4FJGA 2DFHA 1DTQA 4KB1A 3G10A 4CJTA 1SL1A 2E6LA 1MU2A 3NH1A 3PO4A 3DYAA 1FKOA 3OYAA 3OJUA 3RTVA 1LV5A 4B9MA 4J2EA 4MFBA 4E7JA 1D5AA 1D9DA 2ETJA 1IKXA 1NK8A 4KPYA 4GW6A 3SUPA 4HTUA 4ELVA 4KFBA 1YTAA 2FBTA 4CEZA 4FZYA 3QO9A 4FK0A 3M8SA 3PX6A 5T7BA 3NH0A 4YNQA 3NE6A 3QLHA 3HO1A 3O3HA 1NOZA 3HVTA 3LANA 1REVA 1WNSA 2OPQA 3F73A 1L3VA 3IAYA 4CJFA 4ELTA 1HQUA 4C8MA 4AHUA 4W5RA 3DLKA 1BQNA 2EX3A 4CGIA 4IDKA 2DFFA 4B08A 2FC0A 1Q8IA 3KLFA 3O3GA 3OYGA 2JGUA 1KLMA 4CGDA 4CJLA 2FBXA 2ZQBA 1HYZA 1QSLA 3K5MA 3AVJA 4M3RA 3K5LA 4KTWA 3SPYA 4BWJA 4IG0A 3ZSQA 5J2MA 4CF0A 2XO7A 4O4GA 4DMNA 3CM5A 3PY8A 3V1QA 4NYNA 1NK6A 1S1TA 3VQCA 1HNIA 1VSHA 1U47A 1S1WA 2PYJA 4B9TA 4XIUA 2YKMA 4FYDA 4RW4A 3KLEA 1T03A 5CZ1A 3RMBA 4DLGA 3SPZA 4Y1CA 1JL1A 4N76A 1IKVA 1KFSA 4CF9A 3MEEA 4KV8A 4W5NA 1WSJA 3ZSVA 4FJXA 4KHWA 5FRMA 3M8RA 3V9UA 4KHYA 4BE0A 2OZSA 2JLEA 4I2QA 1LWFA 3OS2A 4ZTJA 4JS4A 3HK2A 1YTUA 1NJZA 4CJ3A 4FZXC 4O0JA 4PWDA 2HHXA 1VSKA 3OS1A 3HM9A 1TL1A 1RDCA 2WOMA 3M8PA 5KGXA 1KCFA 4CEQA 3ZT4A 1TAQA 3M8QA 4ICLA 3T1AA 2RF2A 2OYQA 2F8SA 1C1CA 3DOLA 3HPOA 3THVA 4CJEA 3F9KA 2HNYA 4HUFA 2YHAA 4Y1DA 4FJJA 4B9SA 4M3XA 4M3UA 3TAMA 4B8CA 4CK2A 3OJSA 1HQEA 1RT2A 4BE2A 3LAKA 2OPSA 4Z4HA 3AVLA 3PUFA 3EY1A 3LZJA 2E6MA 3SI6A 1RTIA 1C1BA 1KVCA 3K2PA 3RRHA 1DLOA 2KFNA 4CIGA 1L5UA 4KB0A 1BIZA 3VQ9A 3AVCA 3K5NA 5FRNA 4CK1A 3ITHA 1VSFA 1TL3A 3NGYA 4CHPA 1Q9XA 1QE1A 1RT6A 1S1XA 2OA8A 2W42A 3VQ4A 5CZ2A 1IO2A 1WAJA 4ID5A 3CQ8A 2FBVA 3K58A 1ZBLA 5JS1A 1O1WA 4CJPA 4M3TA 3KKSA 3TWHA 4DQSA 1BGXT 2VG6A 1Z26A 4AHCA 3QNOA 3V9XA 2PY5A 4FJ8A 1L3SA 3NF9A 4N41A 1TKDA 4DTJA 2PZSA 1EXQA 3L3VA 3QIPA 4KHQA 3U3GA 4FLWA 1A5XA 4CIFA 1RT1A 4DSJA 3NF7A 1BISA 1VSDA 3ZT0A 4FJIA 1C0UA 3IG1A 3P83D 4IG3A 1NJYA 4DS5A 3WNHA 1T7PA 3CFPA 4DTPA 1Y97A 5J2NA 5C25A 4OGEA 3ZT3A 3KK3A 1U4BA 3ZT2A 3LPUA 4FK2A 4KHNA 5I3UA 2B4JA 3G0ZA 3NH2A 1BCMA 1NK9A 3OYJA 1UA0A 2B6AA 1RT5A 1S9EA 3DRSA 2Q3SA 5DK5A 3OYDA 4E7HA 1L3TA 2DY4A 4ZTFA 4CJRA 1XC9A 3AA2A 5HRPA 4J2BA 4EZ9A 4KI6A 3NDKA 3OYCA 1K6YA 4ZHRA 3NCIA 3AVIA 3LWMA 3SQ2A 1RTDA 1TKTA 3I8DA 4FJ5A 1EP4A 3SZ2A 3QESA 1WSIA 4DF4A 2IAJA 1HNVA 1IKWA 3NFAA 1HMVA 1SKWA 4F2SA 3V6DA 4NCGA 2LSNA 1I39A 3OS0A 2RPIA 1KRPA 3AVAA 4E7LA 1W0HA 3DLGA 2BDPA 2OPPA 1QSYA 3U6FA 5J2PA 1U48A 2G8WA 1IH7A 3BDPA 4DG1A 1RILA 3AO2A 4M3YA 4I2PA 4CEDA 1D9FA 4M45A 1RBRA 3LPTA 4MQ3A 3VQPA 3OYEA 4KTZA 3V81A 1S5JA 1TK8A 3MXIA 3ZSZA 2BGGA 1EX4A 3MXJA 4CEEA 3L2UA 4RW8A 3TAFA 3I0SA 5HRSA 3QERA 1RT4A 3TAEA 4F2RA 1B92A 1QS4A 2KZZA 5KRTA 4J2DA 2YNHA 3H08A 3TR8A 4E1MA 4ELUA 1T8EA 2KTQA 1SKRA 3CYMA 3TANA 4GMJB 1VSMA 1GOAA 2YNFA 4DFPA 3JSMA 2XY5A 3VQ8A 3QINA 3VN5A 2NUBA 4DTUA 4CEBA 3HL8A 4CJUA 3AO3A 1UA1A 4CJ4A 4FW2A 1QTMA 2QK9A 4DSEA 5DMRA 3PX0A 3L2QA 3ZSWA 3S3NA 3TARA 3MAQA 5HP1A 1SKSA 3HXMA 2PYLA 3DRRA 3AA5X 4M41A 1EETA 1YVUA 3LP3A 2R7YA 4M3WA 4YFUA 4BWMA 4OJRA 1UOCA 1RT7A 1CXUA 3E01A 4F3OA 5CYMA 3ZSYA 4CHOA 3KLHA 3SQ4A 4H4MA 3RMCA 5I42A 1KTQA 4PUOA 2RN2A 4DU1A 4DQQA 3LP1A 5HBMA 3TAPA 1BQMA 4IKFA 4HCCA 4H8KA 4FJKA 1X9MA 2X74A 2RKIA 2Z1HA 3WNGA 3SQ0A 1LW2A 1VSIA 4O55A 3AVHA 3AVNA 3LWLA 4AILC 3RMAA 1N5YA 1HPZA 2AJQA 1G15A 2YNIA 1S1VA 4OLAA 4FVMA 2IC3A 3ZCMA 1X9SA 4E0DA 1L3UA 2KW4A 1J9AA 4CFBA 3KLIA 1U45A 4C8OA 3VQAA 4DF8A 3DOKA 2X6NA 5KRSA 1TGOA 1VSEA 3FFIA 5EU7A 4O44A 4W5OA 3A2FA 3C6TA 3D45A 1QQCA 1IG9A 4DSIA 1S6QA 1HRHA 1JLBA 2BANA 2VG7A 1NOYA 2O4IA 4I7FA 4J2AA 2YHBA 3QETA 4CIEA 1CZBA 1U04A 4DU3A 2BE2A 4CJQA 3UIQA 4W5QA 4OGCA 4CGHA 3QEXA 2YNGA 3LDSA 2ZD1A 1Z25A 4N47A 4DTSA 2HB5A 3RR8A 4QCLA 4LY7A 3V1RA 1TK0A 4F3TA 3AVMA 4CHYA 3SUOA 1BIUA 4CJSA 4E19A 3HPHA 4FLZA 2G8UA 2HW3A 3NBPA 4EP5A 2A1RA 4HUGA 5FDLA 4E89A 3K5OA 4FLUA 4E7KA 4FJMA 4Z4IA 4HHTA 3KLGA 1UAXA 4DWIA 3IRXA 4BDPA 3O4NA 3HP9A 3S3OA 4L8RB 4LSLA 3CG7A 4IFYA 1RT3A 3KK2A 2Z1IA 4FJ7A 4RG8A 5C24A 3HT3A 3EZ5A 2KQ2A 1RTJA 4ID1A 2HHQA 1S9GA 1DTTA 3DM2A 3OYKA 1ASUA 1JLGA 1LAWA 1S1UA 2GBZA 3LP2A 1YT3A 1I3AA 1JKHA 4CGFA 1ZBHA 4CGGA 1WSHA 4AH9A 4NCBA 3HVRA 3QEWA 2OZMA 4M3ZA 3VA0A 4OLBA 4Z4GA 4OKJA 1WLJA 4E7IA 4KO0A 1C0TA 3LP0A 4KAZA 1TV6A 4EP4A 2VWKA 1JLEA 1KFDA 3NHGA 1VRTA 3KKRA 4LSNA 3P5JA 1SL0A 3KJVA 1JLAA 3ASMA 4PA1A 5E41A 1QSSA 3AVBA 1NJXA 1RDDA 3OYFA 3LAMA 1J54A 5FROA 1NKCA 3TI0A 1RDBA 3NAEA 4NYFA 5HRNA 1S6PA 4DTMA 1JL2A 2IDOA 3AVFA 3NGZA 1LAVA 1LWCA 2Z1GA 2WONA 4AHVA 3QNNA 3PV8A 1SL2A 1NK0A 4LH5A 4CJ5A 4KHUA 1WAFA 3KIOA 2Z1JA 4G1QA 4FCYA 4KREA 4JRPA 3V4IA 1Q9YA 3V9WA 3L2WA 3QEPA 1ZYQA 3T19A 3LZIA 1ZBUA 2IS3A 3CFRA 1LW0A 4B8AB 3O3FA 2IOCA 3DRPA 3T3FA 1RBUA 3EYZA 4H4OA 3P1GA 3RMDA 3SUNA 3MEDA 1LWEA 2XHBA 3ZT1A 3NF6A 4FM1A 4CJKA 4DLEA 4CEOA 4E3SA 4LD0A 3L2VA 3WNFA 4WE1A 4HVJA 4RW6A 3SV4A 4Z4FA 1JLQA 4AHRA 2Y1IA 4HCBA 4QAGA 4CJVA 5SWMA 3NF8A 3RR7A 1FXXA 1JXBA 4CHQA 4JS5A 3K59A 1B9FA 5J2QA 2YKNA 1U49A 2DTUA 2D5RA 3NGIA 3DLBA 4CFDA 1XWLA 2HNZA 3OYLA 2OPRA 1HYSA 3DLEA 3TABA 1UWBA 4OVLA 1QHTA 4CFCA 1SV5A 4BACA 1NK4A 4FW1A 1FK9A 4BDZA 2P5OA 2D0AA 1RBSA 3SYZA 1X1PA 3HYFA 1BI4A 3VQ5A 4KKOA 4CEAA 4DTXA 3I0RA 1WN7A 1J5OA 1NJWA 2QXFA 4FM0A 2DFEA 4CHZA 3AO1A 2F96A 1GOBA 3VQ7A 5J1EA 3K57A 3LALA 3SJJA 2GV9A 1RCHA 2P5GA 4C8NA 4FXDA 2O4GA 2HVIA 1B9DA 4B9NA 1JXEA 3SV3A 2HNDA 4CJWA 1A5WA 4LH4A 1KVAA 4RW7A 3V9SA 3ZSRA 1F21A 2VWJA 3OYMA 4K8XA 2KZMA 4FLXA 1D8YA 1RBTA 4Q0BA 2Y1JA 4DSLA 1ZBIA 2HHVA 4M42A 4IFVA 1XHZA 4BE1A 1TK5A 3IS9A 4PY5A 2HHUA 1RNHA 2X78A 1NK7A 1J53A 5C42A 1KVBA 4FJ9A 3HSTB 3VQDA 1JLCA 3DLHA 3RRGA 2B5JA 3AA3A 4CFAA 3L8BA 3VA3A 1NKEA 2XY7A 4DSKA 1BL3A 1VK0A 2ATQA 3PX4A 4DTOA 1CZ9A 4CF1A 3AA4A 2ZE2A 2HMIA 3VQ6A 4F4KA 1JLFA 4AHTA 2HHWA 1TVRA 3AVKA 3CFOA 4N5SA 3KD5E 3HPGA 3VQEA 1VSLA 1BI4B 1VSJA 4O5BA 3VQBA 1NKBA 1KLNA 3VQQA 3HP6A 4DU4A 2G8KA 3RWUA 4JRQA 5D3GA 4HUEA 4CCHA 4KRFA 3DMJA 4BDYA 2KFZA 4CE9A 3CM6A 4DFJA 2P51A 3AO5A 4FK4A 5CYQA 1CXQA 1A5VA 3C6UA 4CECA 4FLTA 5HLFA 3PO5A 3OYBA 4R5PA 4I9QA 1N6QA 4EZ6A 4KTQA 4CF8A 4CF2A 4FZZA 4Q5VA 3U3YA 2G8HA 4B9VA 4DFKA 4Z0UA 5KI6A 1ASWA 3SCXA 4I9LA 3KTQA 4PQUA 5SZTA 4KHSA 4QOZB 3DI6A 4B3OA 2G8FA 2XY8A 3WNEA 3ULDA 1T05A 2HHSA 5K14A 1ZBFA 3O4QA 4AHSA 4O0IA 4UQGA 4DSFA 3JYTA 4OPKA 4Z4CA 3D0PA 3OYIA 4FLVA 3TAQA 2X6SA 1C6VA 3AO4A 2EHGA 3MECA 4DQRA 2FBYA 3AVGA 4GVMA 4OPJA 4DTRA 3MXMA 4FJHA 1SUQA 1XHXA 1TKXA 3V1OA 4B9LA 1IKYA 2VG5A 3OYHA 4K8ZA 4KI4A 3KK1A 1RBVA 4W5TA 3DLRA 4CHNA 2QKKA 4FJNA 2P1JA 1TKZA 2D0BA 2IGIA 3L3UA 3OVNA 4FM2A 4CK3A 2G8IA 3SUQA 1R0AA 4DQPA 1HYVA 1TAUA 4FLYA 3SQ1A 4E1NA 4C8KA 4FJLA 1WSEA 3C94A 3KD1E 4RW9A 3B6OA 4CEFA 3C95A 1WSFA 3AV9A 3S3MA 2ITGA 4DFMA 2F8TA 1RDAA 3TAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CERA 3V7RA 1XDSA 1EJ9A 2XAHA 4G6TB 1SAZA 4P96A 5KTQA 4JKEA 1ITGA 1VZ0A 2ZMEB 3LA7A 1QVUA 5LMUK 5HROA 4DS4A 3CC7N 4CGJA 1NNEA 3H46O 4N56A 2ZWHA 1BUPA 4B1UB 2XKOA 1BOTO 2E5LK 4KFBA 3NH0A 2VCPA 2IS2A 2OQRA 1NOZA 2L9VA 3JRDA 1WH5A 4Z6YA 2DFFA 3KLFA 4HNUA 1QBJA 3B8AX 1VQ5N 4LFUA 3JRAA 1GLEG 3H1CA 1USSA 2K4BA 2EIMH 4HDUA 3FHNA 4KV8A 1WSJA 2LK2A 5LEKA 4CVNE 4UB8C 3HK2A 1DGRM 4CJ3A 3UE5A 3EUHC 1XCVA 3P31A 3ERED 3E6BA 3BR3A 5GIPA 5BPMA 3CC2N 3A0BC 4XH4A 4I0AA 1L5UA 3VQ9A 4LOCA 1QE1A 3VQ4A 4XOTA 4A5NA 2ASPA 3VPRA 2DPNA 1OYYA 4II3A 2MA3A 3FZVA 4FJIA 2A42A 1T6DA 2WV1A 3BR5A 1X3MA 3ZT3A 1ZHFA 2R7VA 3LPUA 3WGGA 2B6AA 1FJLA 2D1KA 3LWMA 3I8DA 1BU6O 1IV0A 2KZVA 5CVRA 5D5WB 3AVAA 5AQFA 1G3WA 2G8WA 3DEUA 3HOYJ 4DG1A 2XSJC 1RBRA 1EQYA 4A0XA 5FLMJ 2KJBA 1VQ8I 3HTSB 2BGGA 2PMUA 1EX4A 2RNJA 3TAEA 3LQQA 5M5YJ 1R58A 2F48A 4IF4A 5F0XA 4DTUA 5F08A 3ZSWA 5M1PA 4ENNA 1EF4A 1WJEA 3VGKA 2A3ZA 2GQQA 2ID6A 3KLHA 4PUOA 1EV7A 4JKAA 4BQZA 5DD4A 1HKTA 3SQ0A 1ILYA 2CQXA 4OLAA 2VKEA 3HOSA 2X6NA 4W5OA 2FSWA 1QQCA 1IG9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CER A;  3V7R A;  1XDS A;  1EJ9 A;  2XAH A;  4G6T B;  1SAZ A;  4P96 A;  5KTQ A;  4JKE A;  1ITG A;  1VZ0 A;  2ZME B;  3LA7 A;  1QVU A;  5LMU K;  5HRO A;  4DS4 A;  3CC7 N;  4CGJ A;  1NNE A;  3H46 O;  4N56 A;  2ZWH A;  1BUP A;  4B1U B;  2XKO A;  1BOT O;  2E5L K;  4KFB A;  3NH0 A;  2VCP A;  2IS2 A;  2OQR A;  1NOZ A;  2L9V A;  3JRD A;  1WH5 A;  4Z6Y A;  2DFF A;  3KLF A;  4HNU A;  1QBJ A;  3B8A X;  1VQ5 N;  4LFU A;  3JRA A;  1GLE G;  3H1C A;  1USS A;  2K4B A;  2EIM H;  4HDU A;  3FHN A;  4KV8 A;  1WSJ A;  2LK2 A;  5LEK A;  4CVN E;  4UB8 C;  3HK2 A;  1DGR M;  4CJ3 A;  3UE5 A;  3EUH C;  1XCV A;  3P31 A;  3ERE D;  3E6B A;  3BR3 A;  5GIP A;  5BPM A;  3CC2 N;  3A0B C;  4XH4 A;  4I0A A;  1L5U A;  3VQ9 A;  4LOC A;  1QE1 A;  3VQ4 A;  4XOT A;  4A5N A;  2ASP A;  3VPR A;  2DPN A;  1OYY A;  4II3 A;  2MA3 A;  3FZV A;  4FJI A;  2A42 A;  1T6D A;  2WV1 A;  3BR5 A;  1X3M A;  3ZT3 A;  1ZHF A;  2R7V A;  3LPU A;  3WGG A;  2B6A A;  1FJL A;  2D1K A;  3LWM A;  3I8D A;  1BU6 O;  1IV0 A;  2KZV A;  5CVR A;  5D5W B;  3AVA A; 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