1F0WA

Crystal structure of orthorhombic lysozyme grown at ph 6.5
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Hydration, mobility and accessibility of lysozyme: structures of a pH 6.5 orthorhombic form and its low-humidity variant and a comparative study involving 20 crystallographically independent molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1f0wA00
1H6MA 1LCNA 1BB4A 1YKYX 4YOPA 2F4AA 4H91A 3WH1A 1XGPC 4YF2A 2BQOA 193LA 5F9UA 2DKVA 3A94A 1LZYA 4QDNA 2X0AA 4W94A 3W6DA 1GF3A 1B5YA 1GWDA 4NSIA 4O34A 1HC0A 1UBZA 4GCCA 5DN5A 1HEPA 4CFOA 3N9CA 3P66A 1LJKA 1ZV5L 5LYZA 1I56A 4OWHA 1VDQA 1XFPL 1YKZX 1HEQA 3AZ4A 3G3BB 4H94A 2VB1A 3CT1A 4FJRA 4AGAA 3D3DA 3CSQA 2Q0MX 4H9EA 4DDAA 2BQJA 2Y8PA 4C5FA 3RNXA 4H9FA 4ZEEA 1B5VA 4GN5C 1EL1A 4CGEA 1IR7A 1LYSA 1LYYA 1IOCA 1GF9A 5DN4A 1FLYA 4N1EI 4NGJA 5T3FA 1GF8A 3EO5A 1XEJA 2Z37A 1P2CC 1QTEA 1B5ZA 1YQVY 4G9SA 1LZGA 2DQHY 1EQEA 4N0JA 1V7TA 2H9JA 3LHMA 2CDSA 5L3IA 1BQLY 4IJ4A 1G7IC 1GBSA 1LSNA 2W1MA 4EOFA 3CT5A 1OUDA 1LZTA 5FELA 1XSFA 5KXYA 3A91A 132LA 1IP7A 2BLYA 3D9AC 2ZIJA 3OJPA 1KIPC 1GBWA 1A4VA 2EPEA 2MEDA 4IASA 5AMYA 5APEA 2ZILA 4ETBA 2W1LA 1V7SA 1AT5A 5B1FA 1JJ0A 1KIRC 3A3RX 4B4IA 1GF6A 1IC4Y 1CKGA 5D5FA 5LINA 1LZRA 1O23A 1G7JC 4XJIA 1B7QA 1DKKA 4AXTA 4B1AA 3W6FA 1DPWA 1VDPA 3AYQA 3WPKA 4J1BA 3TXDA 1BB7A 3CB7A 1QIOA 1BB6A 1HFXA 2WARA 2I25L 3ZVQB 3TXEA 1C45A 1WQMA 4H8YA 4HJZA 1UA6Y 4II8A 1IWVA 2EIZC 1ZVHL 3HBDA 1LKRA 3LZ2A 3WULA 1TBYA 4WLYA 4YEOA 2ZIKA 3CQLA 4DD0A 2HEEA 4NSJA 1VEDA 5I4YA 1LHJA 4NGVA 1BB5A 1GB3A 4ET9A 1JSFA 5LA5A 1GFEA 1QSWA 4LFPA 2BQGA 3BKHA 1C10A 2H5ZA 4NGZA 1CKDA 1OUIA 2Z18A 3QE8A 3A67Y 4RW2A 1FKVA 1GFJA 3B6LA 1DXJA 4GCBA 4ML7A 5LXWA 1GFUA 4Z41A 1FBIX 4N9RA 5B1GA 1F6RA 2BQFA 3A3QA 4GCDA 1XGTC 4RLMA 1JHLA 4ETEA 1LZCA 4KPMA 4LT0A 3A34A 1LJEA 1J1OY 3WXTA 4G4CA 4OWBA 5KXWA 1HEOA 5E9RA 5F16A 1LJNA 4WM2A 5KKJA 1LZBA 2DQIY 1C08C 1IOTA 4OW1A 4BS7A 4J1AA 3WW5A 2G4PA 1IP1A 3HFMY 2BQNA 2FBBA 1XGQC 1IR9A 1CKFA 1JJ1A 4R6CA 2LYOA 4H93A 3AW7A 4EMNA 5KJ9A 4ZFPA 5I4WA 2GV0A 4XJHA 1LMPA 5E4PA 4DD2A 1GFTA 4NG1A 4WM1A 4M6DA 4YEMA 1SLYA 2Z39A 2ZWBA 1CNSA 3RT5X 2YVBA 1IP5A 5HMVA 2Z2EA 1GBXA 4XJBA 4OWAA 4XJFA 1GE2A 1J1PY 3WU8A 2YBLA 1HSXA 4G49A 3K3TA 2YBIA 1UCOA 4CFPA 3A8ZA 3GXRA 5LVIA 1FN5A 4ANRA 1QUSA 4LYMA 1D0KA 2G4NA 1JKDA 4HTQA 3WXUA 4C3WA 4E3UA 5KXXA 1IP6A 1B7SA 1EQ4A 3CSZA 3MGWA 3P4ZA 2BLXA 2DQEY 5FEKA 1BVKC 2H9KA 4NSHA 1NHEA 1NDGC 4LFXA 2D6BA 1LSBA 9LYZA 4OWEA 1IP3A 2YBJA 1WTNA 1HNLA 1JITA 1LZ4A 1NQIA 1GB6A 1ALCA 1W6ZA 5HQ1A 5LYMA 3RU5A 5A3ZA 1GDXA 3B72A 2I6ZA 1Z55A 5DLAA 5LVHA 1IOSA 1GB0A 5FHWA 4XENA 1OUHA 3WUAA 4N1CC 1LZSA 2BQDA 3WPJA 3WPLA 1NBZC 1IR8A 1DI5A 1OUGA 4LT1A 1LMAA 1YILA 2BQBA 4RDSA 1JIYA 5B05A 4CJ2A 1F6SA 1DZBX 2BPUA 1LKSA 2EKSC 3N9EA 3GXKA 1LTMA 4HTKA 6LYZA 3AJNA 3A93A 1BB3A 1LJIA 1LYZA 2W1XA 4KL7A 1B5WA 4LT2A 2XJWA 2BQLA 8LYZA 1B0DA 2BQAA 5KXKA 4RW1A 1BVXA 1JEFA 1GE0A 1TEWA 2W1YA 3M18B 1UIDA 2A7FA 4LYTA 1B7PA 4B4JA 4ZIXA 5KKIA 1UIGA 2LZ2A 1IWZA 1LZ9A 4I8SA 5LAFA 5KXNA 154LA 3IJVA 3WW6A 4NHIA 208LA 3B0KA 1FLUA 1XGUC 4H9HA 1IORA 3TXKA 3N9AA 1YAOA 4OOOA 4NGYA 1LSDA 1YKXX 4PRUA 3ATOA 4LYCA 5J7CA 153LA 1CJ9A 4WO6A 4DD7A 2MEAA 2DQAA 1VDTA 4UWVA 2C8OA 4HJVA 4XJDA 3IJUA 4WO9A 2Z19A 5FCPA 1LAAA 4MSTA 4XYYA 1GF4A 3WU7A 133LA 2BQCA 2YSSC 3J6KA 3W6AA 1TAYA 1OUBA 2C8PA 1KXWA 2DQFC 1NF5A 5M1YA 3AGHA 4FDYA 1YAPA 1RFPA 1LSZA 5KXTA 1GB2A 3AZ7A 3FI7A 4H9AA 1IIZA 1REXA 134LA 1QTKA 1IOQA 5K7OA 5DL9A 1RJCB 2BQEA 3WYHA 1HFZA 1HMLA 4GLAA 3A6BY 1GB9A 5LAGA 1LHMA 1UIFA 1LSGA 1YAMA 3TXHA 1W08A 1HHLA 5B59A 4QY9A 5KXLA 1WQRA 1IC5Y 5LA8A 1GF5A 1JTOL 1GXXA 2XTHA 3QNGA 1MELL 1LJ3A 1JISA 4GN4A 4RLNA 5B07A 3TMVA 4B49A 4D9ZA 1D9UA 1ZVYB 4N5RA 1BWHA 1LJFA 1REMA 4NGKA 4PHIA 2IFFY 4ETDA 4ET8A 4NHTA 4H92A 3FE0A 4XADA 5KXMA 1TDYA 1AT6A 5FDJA 3WU9A 4DT3A 1GD6A 1UACY 1AKIA 5EBHA 1LPIA 1N4FA 2LYZA 1FDLY 4DC4A 1LSPA 3P65A 4WM4A 2DQDY 1JKAA 1BWJA 4Z3MA 4TUNA 1LSCA 1LZDA 3SP3A 1RE2A 1OQMA 1C46A 1RCMA 4X3BA 1YROA 5HLLA 4J7VA 2YBHA 1E8LA 3RW8A 2I26L 4HPEA 1CJ7A 1LZ6A 2ZQ3A 5IELA 1JUGA 1CKCA 1PS5A 2HU1A 1QDRA 4YM8A 2HU3A 4NY5A 1IP2A 4H8XA 1OUJA 1KXXA 1YL0X 3AW6A 1DI3A 4I0CA 4WMGA 3ULRA 4KT3A 194LA 1GEZA 1LZNA 3A6CY 1LHLA 3WMKA 1EQ5A 1LOZA 2MECA 4TTDA 1GBYA 2A7DA 4NHSA 3EMSA 4WLXA 1HEWA 4LYOA 2D4JA 2FYDA 1IVMA 5IDDA 1KIQC 2N5ZA 3AGIA 2F4GA 1G7HC 1UIEA 4DD3A 2YBNA 1ZMYL 3AZ6A 1VATA 1OUEA 1WQPA 4HSFA 5KXRA 1QUTA 5LVJA 1G7LC 1IP4A 2BQKA 1LYOA 1PZYA 4DD1A 4OOTA 4ETAA 1LSFA 1B5XA 2AUBA 5ILFA 1JKCA 2DQCY 5L3HA 4YENA 1LMTA 3LZTA 4B4EA 4CHXA 5LIOA 5IHGA 1OUFA 4R0FA 1GF0A 4BADA 4ETCA 4WG7A 2MEFA 4PGJB 1GBOA 4LYBA 4W96A 4HV2A 2MEHA 1GFHA 3ATNA 2HECA 3W6BA 4UWNA 5I4XA 1D0MA 1VDSA 2HEAA 3ZEKA 4NGWA 1C43A 1GXV2 2LZTA 3TXJA 1SQ2L 5DM9A 3WVXA 2D4KA 1JWRA 5C6IA 5APFA 1NDMC 1WTMA 4NG8A 2LYMA 1NWGA 3W6CA 1UC0A 1B7LA 4WL7A 2YBMA 1LSYA 4OWCA 4H9IA 3AGGG 3A92A 3LYZA 3B0OA 4DWXA 4TSCA 135LA 1J1XY 3TMUA 1F0WA 4A7DA 4H1PA 4NHPA 5KY1A 3A96A 4NGLA 4WLTA 3TXGA 2CWIA 4NIJA 1LJGA 4NHQA 1OP9B 2BQMA 1JTTL 2MEIA 3HBEX 1VFBC 1YIKA 1LHHA 5F14A 3A90A 2G4QA 4GLVA 3E3DA 1B5UA 4B0DA 3W6EA 2RSCA 5B06A 1YL1X 1HSWA 4GCEA 2FBDA 1BGIA 3LYTA 3M3UA 1LZ5A 4WG1A 5F81A 1GE1A 4LYZA 3T6UA 2ZQ4A 1WQNA 1MLCE 1IX0A 1H87A 4NSGA 1REZA 1IC7Y 1CJ8A 1GEVA 4KXIA 2CGIA 1LSMA 1UIAA 4U3XB 4Z46A 1IWXA 1IWUA 1HMKA 1LSAA 4PJ2C 1GF7A 2HEFA 5F9XA 1GAZA 1GAYA 4NWEA 4DD9A 1LHIA 1LZ1A 3TXIA 3TXBA 1HERA 5KXSA 1HEMA 4XN6A 1D6PA 1QSAA 1WQOA 2BQIA 2NWDX 4PRQA 2HEBA 1LMCA 2EQLA 1REYA 1LJHA 207LA 1VAUA 3KAMA 4HP0A 2DQJY 1T3PA 4NFVA 5I5QA 4G4HA 3WUMA 1IY3A 1F10A 1LZEA 1GFAA 2Z38A 4HV1A 3T36A 5A3EA 4XJGA 5KXOA 1AZFA 1LZ8A 1LJJA 3AZ5A 5APDA 5C6JA 1INUA 1GE3A 4NGOA 3TMWA 1FLWA 1GFKA 2DQGY 3LYMA 1OUAA 4HJYA 4N8ZA 1GB5A 4PPOA 5II3A 3TMXA 7LYZA 2HTXA 2PC2A 3RZ4A 1YAQA 1JKBA 3TXFA 5HNLA 3P64A 2HEDA 1DQJC 1LZAA 5L9JA 2B5ZA 1HF4A 1LMOA 1LMQA 2MEGA 3LN2A 2LHMA 1GFRA 1GFVA 3OK0A 1GBZA 2HUBA 4J0LA 1B2KA 1GB7A 1IEEA 2IHLA 4L41A 3B0IA 3EBAB 4WM5A 2F30A 4QGZA 4MCKA 4UWUA 1TCYA 3CT0A 1DI4A 1UUZC 4TSBA 3WVYA 2FYCA 4NWHA 4HTNA 1HFYA 5LVKA 1GB8A 1RI8B 5LYTA 3WL2A 1AM7A 1GFGA 1T6VL 3IWRA 1A2YC 3LYOA 4H8ZA 3W3EA 1JPOA 4GN3A 5I54A 3J4GA 1BWIA 1JTPL 1LJ4A 1G7MC 1IWTA 1KXYA 5APCA 2BQHA 4LT3A 4NGIA 4M4OA 2MEEA 5I53A 1NKHA 1GHLA 1LMNA 1CKHA 1IY4A 3A95A 4BAFA 1IWWA 2XBRA 2Z12A 1HELA 1XEKA 2ZNXY 1CJ6A 1LHKA 4HPIA 4WLDA 4DDBA 5LVGA 5D5CA 2YDGA 2ZYCA 2XBSA 1I20A 1UIHA 5ILCA 1LSEA 1WQQA 2MEBA 5KXPA 1IO5A 3ZVQA 4NEBA 1WVUA 1IWYA 2D4IA 4LGKA 1NMMA 1FLQA 4BAPA 2ZYPA 1GE4A 3AB6A 5C6LA 1B7OA 1GDWA 4DDCA 3F6ZA 4H9BA 1QDTA 2D91A 2DBTA 1C7PA 3HBHA 4TX7A 1OUCA 3VWOA 1XEIA 1JJ3A 4H9CA 4TWSA 4G4BA 1D0LA 4GCFA 6LYTA 1QQYA 1B7NA 1XGRC 2F2NA 3EXDA 1GPQC 1YANA 4MR1A 5JENB 1DPXA 2CJLA 5HMJA 1DKJA 1JSEA 1WVVA 1FKQA 2ZNWY 4WL6A 2BAAA 5FSTA 1BHZA 3G3AB 1B9OA 4Z98A 3WUNA 1I1ZA 1UICA 4H90A 1D6QA 1NBYC 3QY4A 4LZTA 4WM6A 5KXZA 5HNCA 1B7RA 3BKVA 4WOAA 1UIBA 4IATA 4WM3A 2Z2FA 3CSRA 1B7MA 4DYGA 4QEQA 4P2EA 3P68A 1HENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYCA 1L29A 193LA 5F9UA 1L06A 126LA 3W6DA 2X0AA 3G3VA 4GCCA 1G0JA 3N9CA 1VDQA 1HEQA 2VB1A 4AGAA 3D3DA 2OTYX 4DDAA 4H9EA 201LA 1L83A 1B5VA 4GN5C 1LI6A 1IR7A 1L55A 1P2CC 187LA 2DQHY 1CUQA 2L78A 2H9JA 4N0JA 3GUJA 4IJ4A 2F32A 4EOFA 3CT5A 1LZTA 5KXYA 1XSFA 1L56A 4ETBA 1V7SA 1L0JA 1JJ0A 165LA 1DYGA 1OV7A 1LZRA 255LA 4XJIA 4PK0A 1DKKA 4B1AA 1QSBA 4J1BA 4I7NA 1HFXA 1WQMA 4H8YA 4II8A 1TBYA 1T8GA 4AQNA 1GB3A 1L66A 181LA 173LA 3SBAA 3BKHA 163LA 1L74A 3A67Y 4RW2A 3B6LA 1GFJA 3RUNA 197LA 4ML7A 1GFUA 4Z41A 5B1GA 3HT8A 1XGTC 1LZCA 3C80A 1LJEA 4G4CA 109LA 166LA 4WM2A 5KKJA 1LZBA 2DQIY 4ARMA 1QTHA 1WTHA 3HFMY 2HUKA 1CKFA 1JJ1A 4H93A 3AW7A 1KW5A 4XJHA 1LMPA 1GFTA 1L91A 1L89A 4WM1A 1SLYA 2ZWBA 5HMVA 3V2YA 2YBLA 138LA 1HSXA 2YBIA 1UCOA 1SSWA 5LVIA 1QUSA 244LA 2G4NA 1JKDA 5KXXA 4E3UA 1KS3A 3CSZA 3MGWA 2BLXA 1BVKC 1L64A 2B74A 1CU3A 1JITA 2F47A 1L04A 1NQIA 1GB6A 5LYMA 1W6ZA 5A3ZA 176LA 234LA 1LZSA 2BQDA 3WPJA 1NBZC 1C62A 1LKSA 3N9EA 1LYIA 1BB3A 1CUPA 226LA 4KL7A 1OVHA 3DKEX 5KXKA 1JEFA 1GE0A 4B4JA 4ZIXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1H6M A;  1LCN A;  1BB4 A;  1YKY X;  4YOP A;  2F4A A;  4H91 A;  3WH1 A;  1XGP C;  4YF2 A;  2BQO A;  193L A;  5F9U A;  2DKV A;  3A94 A;  1LZY A;  4QDN A;  2X0A A;  4W94 A;  3W6D A;  1GF3 A;  1B5Y A;  1GWD A;  4NSI A;  4O34 A;  1HC0 A;  1UBZ A;  4GCC A;  5DN5 A;  1HEP A;  4CFO A;  3N9C A;  3P66 A;  1LJK A;  1ZV5 L;  5LYZ A;  1I56 A;  4OWH A;  1VDQ A;  1XFP L;  1YKZ X;  1HEQ A;  3AZ4 A;  3G3B B;  4H94 A;  2VB1 A;  3CT1 A;  4FJR A;  4AGA A;  3D3D A;  3CSQ A;  2Q0M X;  4H9E A;  4DDA A;  2BQJ A;  2Y8P A;  4C5F A;  3RNX A;  4H9F A;  4ZEE A;  1B5V A;  4GN5 C;  1EL1 A;  4CGE A;  1IR7 A;  1LYS A;  1LYY A;  1IOC A;  1GF9 A;  5DN4 A;  1FLY A;  4N1E I;  4NGJ A;  5T3F A;  1GF8 A;  3EO5 A;  1XEJ A;  2Z37 A;  1P2C C;  1QTE A;  1B5Z A;  1YQV Y;  4G9S A;  1LZG A;  2DQH Y;  1EQE A;  4N0J A;  1V7T A;  2H9J A;  3LHM A;  2CDS A;  5L3I A;  1BQL Y;  4IJ4 A;  1G7I C;  1GBS A;  1LSN A;  2W1M A;  4EOF A;  3CT5 A;  1OUD A;  1LZT A;  5FEL A;  1XSF A;  5KXY A;  3A91 A;  132L A;  1IP7 A;  2BLY A;  3D9A C;  2ZIJ A;  3OJP A; 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 2FYC A;  4NWH A;  4HTN A;  1HFY A;  5LVK A;  1GB8 A;  1RI8 B;  5LYT A;  3WL2 A;  1AM7 A;  1GFG A;  1T6V L;  3IWR A;  1A2Y C;  3LYO A;  4H8Z A;  3W3E A;  1JPO A;  4GN3 A;  5I54 A;  3J4G A;  1BWI A;  1JTP L;  1LJ4 A;  1G7M C;  1IWT A;  1KXY A;  5APC A;  2BQH A;  4LT3 A;  4NGI A;  4M4O A;  2MEE A;  5I53 A;  1NKH A;  1GHL A;  1LMN A;  1CKH A;  1IY4 A;  3A95 A;  4BAF A;  1IWW A;  2XBR A;  2Z12 A;  1HEL A;  1XEK A;  2ZNX Y;  1CJ6 A;  1LHK A;  4HPI A;  4WLD A;  4DDB A;  5LVG A;  5D5C A;  2YDG A;  2ZYC A;  2XBS A;  1I20 A;  1UIH A;  5ILC A;  1LSE A;  1WQQ A;  2MEB A;  5KXP A;  1IO5 A;  3ZVQ A;  4NEB A;  1WVU A;  1IWY A;  2D4I A;  4LGK A;  1NMM A;  1FLQ A;  4BAP A;  2ZYP A;  1GE4 A;  3AB6 A;  5C6L A;  1B7O A;  1GDW A;  4DDC A;  3F6Z A;  4H9B A;  1QDT A;  2D91 A;  2DBT A;  1C7P A;  3HBH A;  4TX7 A;  1OUC A;  3VWO A;  1XEI A;  1JJ3 A;  4H9C A;  4TWS A;  4G4B A;  1D0L A;  4GCF A;  6LYT A;  1QQY A;  1B7N A;  1XGR C;  2F2N A;  3EXD A;  1GPQ C;  1YAN A;  4MR1 A;  5JEN B;  1DPX A;  2CJL A;  5HMJ A;  1DKJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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