1F10A

Crystal structure of orthorhombic lysozyme grown at ph 6.5 at 88% relative humidity
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Hydration, mobility and accessibility of lysozyme: structures of a pH 6.5 orthorhombic form and its low-humidity variant and a comparative study involving 20 crystallographically independent molecules.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1f10A00
4WMGA 1IP1A 1IO5A 5KXWA 3ZVQA 1IR9A 1CJ9A 2MEFA 2Z18A 1LJFA 3ZEKA 1VDSA 5FCPA 3G3AB 1GF4A 3EO5A 2MEAA 3GXRA 1GF9A 3OK0A 4W94A 2MEGA 4OWEA 1IP4A 4WM4A 1C08C 1JIYA 4ETAA 3A96A 3AYQA 4UWUA 4PGJB 1J1XY 3A91A 1XGTC 1LSGA 1H6MA 5EBHA 4G4BA 1D6PA 1WQNA 1ZV5L 1QIOA 4BAPA 1JTPL 5HLLA 1J1PY 3J4GA 1XSFA 4QY9A 1YKYX 4H9HA 4LYCA 2DBTA 1XGPC 1XGRC 2Z2FA 154LA 5F81A 4H9BA 4NSHA 4OWHA 133LA 1B5WA 1LZ5A 4ETDA 1C45A 4N5RA 3TXHA 3B6LA 2G4PA 1IX0A 4CJ2A 1LTMA 1OUHA 5FEKA 3A8ZA 1LSAA 3WW5A 1G7JC 2Y8PA 1NKHA 1LZDA 1FLQA 3W6DA 2H9KA 5K7OA 2YBNA 1G7MC 1NBYC 4LT1A 4NG1A 4WM1A 2HU3A 4ZIXA 1LSPA 1LJGA 4HTNA 2LYZA 4HPEA 4NWHA 4HP0A 1IWXA 1HEMA 4RW1A 4GCEA 5KY1A 3M18B 3EBAB 4NGKA 4NSGA 3W6EA 2DQEY 1PZYA 1C46A 1DPXA 5KXNA 1GF6A 1VDPA 1WTMA 2D6BA 3QY4A 1GF3A 1BVXA 1GB2A 3LN2A 5B1FA 2MECA 4NHTA 1ZMYL 3N9AA 5E9RA 8LYZA 1WVUA 4J1AA 1GXXA 1C7PA 4NHSA 3TXIA 1LZTA 3VWOA 4DWXA 3W6BA 4NHQA 2BQFA 1G7IC 1V7SA 4G9SA 5LXWA 5FDJA 1LYYA 1GF7A 2MEHA 1OUIA 2CWIA 1GB6A 3AZ5A 1GFKA 4YOPA 1G7LC 1LJIA 2BQLA 1AZFA 1LHJA 4GCCA 3WYHA 5DL9A 3TMUA 4RLNA 1DZBX 4XJIA 2BQMA 2G4QA 1WQQA 5LVGA 4N9RA 3WULA 2MEEA 2BQDA 1NF5A 2BQKA 2DQDY 1IWTA 4NSIA 4ET9A 5B05A 3B0OA 1LZNA 4LFXA 1JSEA 4KPMA 1LMOA 4II8A 1H87A 3A94A 4I0CA 4UWVA 1FBIX 1Z55A 3WPKA 2HEBA 5KXKA 1B0DA 4TTDA 1INUA 1JSFA 5ILFA 5FSTA 1DPWA 2A7DA 3QE8A 1LYOA 4H94A 4HJZA 2DKVA 4YEMA 1NDGC 1T3PA 1I20A 5LYZA 4DD2A 4Z46A 5F9UA 3T6UA 2FBDA 4DT3A 1DKKA 1REZA 1T6VL 3M3UA 5IDDA 1FLUA 1LMQA 6LYZA 2W1YA 2DQAA 4WOAA 2D4JA 4H8ZA 1LMTA 5J7CA 1LZYA 1JTTL 1LZ8A 4KT3A 1NWGA 2Z19A 5FELA 5L9JA 1LYSA 3K3TA 3LHMA 1I1ZA 4IATA 4ZFPA 1OUCA 1YILA 4OWAA 5HNCA 1QTKA 5HQ1A 1HFZA 1SQ2L 4BS7A 2F4GA 5B59A 1LSCA 2XJWA 1XGQC 2A7FA 1FKVA 4Z41A 1BQLY 1JJ3A 4RDSA 2BQNA 2GV0A 5L3HA 4WM6A 2ZIJA 1GFUA 3A6CY 3QNGA 2D4IA 3W6CA 3WVYA 5LINA 4N8ZA 1GBYA 5HMJA 3CQLA 4HJVA 4NGJA 4LYTA 1CKCA 1YAPA 4C5FA 5II3A 1QDRA 4MSTA 2ZNXY 4M6DA 4BADA 4N1EI 5LA5A 4DC4A 1JHLA 2ZNWY 5APDA 1YAMA 1HNLA 134LA 1ZVYB 1BWIA 1IR7A 3TMVA 3WU7A 4QDNA 1UA6Y 1W6ZA 1LZRA 1IC5Y 5B1GA 1ALCA 1LZ1A 3WW6A 1EQ4A 2DQFC 3WU9A 1GDXA 1GFHA 5I4YA 4GLVA 4WM2A 3W3EA 4LYBA 1TEWA 4GLAA 1O23A 4GN4A 4J1BA 5IELA 2CGIA 2IHLA 1AT6A 4LYZA 1QSAA 3BKHA 1UUZC 3AZ4A 1XEKA 1HEPA 4NSJA 2YVBA 1OUAA 2EQLA 3RNXA 2DQHY 1WTNA 1D0MA 2HEAA 4WG7A 1JTOL 2CDSA 1KXWA 153LA 1IORA 1LJ3A 1EL1A 4NGWA 3WUAA 1CKHA 1F6SA 194LA 2RSCA 3TXFA 5KXOA 1GE0A 1DI5A 1PS5A 1REMA 3E3DA 4H9FA 5APEA 1GF0A 3TXDA 5ILCA 2C8OA 2C8PA 5KXTA 5M1YA 1AKIA 4XYYA 4HJYA 1GFTA 1FKQA 2LYMA 3FE0A 5KXMA 4LZTA 1IR8A 3SP3A 2AUBA 4NFVA 1IP5A 4XJFA 1KIQC 3EMSA 5L3IA 1D0LA 4MR1A 4I8SA 5LAGA 1YANA 1HEQA 3GXKA 4WO9A 2VB1A 4A7DA 3AB6A 1JJ1A 4CHXA 1JISA 2EIZC 4FDYA 3TXKA 1JJ0A 4NHIA 4H90A 5LVKA 2FYDA 4DD9A 2D4KA 4J7VA 5KXZA 1GE4A 3AGIA 1IOTA 1HENA 1UICA 1YL1X 1GEVA 2H5ZA 3WPLA 1KXYA 2HUBA 1IC4Y 4DD3A 4N1CC 4DYGA 5C6LA 1NDMC 1IWUA 1F0WA 5KJ9A 3LYOA 1LSYA 3TXJA 3WH1A 1WQMA 4J0LA 1HC0A 1WQPA 1F6RA 1GB5A 4HV1A 5T3FA 2I6ZA 4WM3A 3WXTA 2ZWBA 1HELA 1YIKA 2X0AA 4P2EA 4O34A 2N5ZA 1B5YA 1GFJA 4M4OA 1JEFA 4KL7A 1LCNA 2BQIA 3A34A 1VAUA 4RW2A 1P2CC 4XJBA 4PJ2C 1BVKC 2YBJA 1GB7A 1OQMA 1B7QA 1LMCA 1OUEA 3KAMA 1XFPL 1LKRA 4ETBA 1OUJA 4L41A 1LSZA 208LA 1FLYA 2F30A 4GCDA 2W1LA 4LT0A 5KXSA 5I54A 4XJGA 4TUNA 132LA 1J1OY 1DXJA 1OUFA 1OUDA 3AGGG 1RJCB 3FI7A 1LYZA 2ZQ3A 1BB6A 2LZTA 3A90A 4FJRA 3HBHA 5AMYA 1LJNA 4EOFA 1B5XA 2FBBA 4BAFA 5DM9A 1LZCA 3AZ6A 4NGYA 4Z3MA 3WUMA 5JENB 3A95A 1LSEA 1RE2A 4QEQA 2BQEA 3CT1A 5HMVA 2CJLA 2Q0MX 3A92A 3W6AA 4ML7A 4NWEA 2HEEA 2F2NA 1QDTA 2B5ZA 1HSXA 4GCBA 4WM5A 1IWZA 5LVHA 1UIDA 5F9XA 4R0FA 5D5CA 1B7LA 1LKSA 3BKVA 1UIGA 3WPJA 2DQIY 1LSBA 2BPUA 2YBIA 1HSWA 1AT5A 1LHIA 1YROA 4WLTA 1UIFA 4AXTA 6LYTA 1KXXA 2W1MA 3EXDA 5I5QA 2Z38A 1TAYA 3CB7A 4WLXA 5F16A 2YSSC 2DQCY 1JPOA 1DKJA 2YBHA 1IWVA 1CKFA 4NGOA 5I4WA 1E8LA 1GBWA 2F4AA 1VFBC 3LZ2A 1JITA 1NMMA 4RLMA 1AM7A 1YAQA 1FDLY 4HSFA 1C43A 5LAFA 1TDYA 1LMAA 5LIOA 3RT5X 4B0DA 4LYMA 3A93A 3WU8A 9LYZA 4OW1A 4IASA 1YKXX 3G3BB 3LZTA 1LJHA 4PRQA 1LZBA 1WQOA 1LHHA 1GBZA 1GB9A 1UCOA 3IJVA 1B7MA 4WO6A 1D6QA 4OOOA 3TMWA 1HEOA 2LHMA 1GFAA 3A3RX 2DQGY 5B07A 5KXPA 2PC2A 4B4EA 1BWJA 3CSZA 2ZILA 1BWHA 1GXV2 3HBEX 1GB0A 2BQJA 1DQJC 4XADA 3P64A 3CT5A 4XJHA 2I26L 1JWRA 1CKGA 4TSCA 1FN5A 1I56A 1IP7A 4OWBA 1LJKA 1LSMA 1QQYA 4WG1A 4YF2A 1B7OA 2DQJY 5APFA 1BB3A 1OUGA 1CJ8A 1UBZA 3ULRA 2MEBA 2XBSA 1GAYA 1LZ6A 3A3QA 4ETCA 1CJ7A 3B0IA 4H9EA 4DDBA 1GBOA 1LPIA 3RU5A 1NQIA 2ZYPA 1HMLA 1KIRC 1LZ9A 4QGZA 4XJDA 3TMXA 7LYZA 1LSDA 1YL0X 3N9EA 1A2YC 3A6BY 4GN3A 4MCKA 5FHWA 5LYMA 1IOSA 1BB5A 1YKZX 1GB3A 1OP9B 3MGWA 1UACY 1MLCE 3J6KA 4OOTA 2EPEA 4WLDA 2H9JA 5DN5A 3CSRA 4H8YA 1GFRA 3LYZA 1XGUC 5A3ZA 3HBDA 4WLYA 4B4IA 3B0KA 4TWSA 1LAAA 3P4ZA 3AZ7A 1QUTA 3D3DA 4W96A 3TXGA 1GBXA 5KKIA 2YBMA 3B72A 5KXRA 2BQOA 1GB8A 4PHIA 2BQGA 1TBYA 4CFOA 1GD6A 1IVMA 5KXLA 2LYOA 1HHLA 4NGLA 4Z98A 1B5VA 4ETEA 4OWCA 3AJNA 1G7HC 1GFEA 4EMNA 193LA 4WL7A 1B7RA 1LZGA 4ANRA 1LSNA 1IY4A 3D9AC 4GN5C 3IWRA 3TXEA 2BLYA 4YM8A 4H91A 4DD7A 3N9CA 1VEDA 2W1XA 1LMNA 1GHLA 4G49A 1UIAA 2NWDX 5D5FA 4CFPA 1GFVA 4X3BA 5E4PA 1GPQC 1IOQA 135LA 1D0KA 1LHKA 3CT0A 1B7NA 1B9OA 1MELL 2I25L 4LGKA 1HFYA 4NIJA 1F10A 3AW7A 1RI8B 1LJEA 5KXYA 4ET8A 1IWYA 1UIBA 4D9ZA 4GCFA 1VATA 1IIZA 3HFMY 1GF8A 1WVVA 3P66A 1LMPA 4AGAA 1LZAA 4XN6A 2HECA 4LT3A 5C6IA 1GE2A 1IP2A 1IWWA 1N4FA 3ATNA 3AW6A 4G4CA 4HPIA 4H1PA 4HTKA 4NG8A 4NGIA 5C6JA 5DLAA 1GAZA 2XTHA 2WARA 4HV2A 1HFXA 1QSWA 2BQAA 1XEIA 1CKDA 4YEOA 3RW8A 3WL2A 1BHZA 3RZ4A 4N0JA 1ZVHL 2D91A 4XENA 3OJPA 4NGZA 4PRUA 2HTXA 4NHPA 4DDCA 1GDWA 2ZYCA 4LYOA 1B2KA 4R6CA 5LVIA 4CGEA 1GEZA 1LZ4A 3ATOA 4B49A 4TX7A 5DN4A 3CSQA 2HEFA 3WXUA 1B7SA 4H9AA 2Z39A 1GE3A 2BQBA 3TXBA 1LJ4A 1LJJA 1FLWA 3ZVQB 4U3XB 2YDGA 1IEEA 2MEIA 4HTQA 1CJ6A 5I4XA 1GFGA 2EKSC 5APCA 5A3EA 3WMKA 1A4VA 1B7PA 2ZIKA 3P68A 1GBSA 1HF4A 1UC0A 1IP6A 1NHEA 4NGVA 3F6ZA 1VDTA 1BB4A 2Z12A 4B1AA 2BQCA 1BB7A 1BGIA 1HEWA 4LT2A 1REXA 2LZ2A 1D9UA 1EQ5A 4KXIA 1W08A 1JKBA 1YAOA 1KIPC 4H93A 1JUGA 4LFPA 2HEDA 1OUBA 5F14A 5I53A 1C10A 2BAAA 2XBRA 1CNSA 4E3UA 4DDAA 4B4JA 5LVJA 1LHMA 5KKJA 3AGHA 4G4HA 1GWDA 1DI4A 2IFFY 207LA 2G4NA 2HU1A 1JKAA 1HERA 4H92A 3WVXA 4H9CA 3P65A 3W6FA 4TSBA 2YBLA 4H9IA 4IJ4A 4C3WA 1WQRA 1IOCA 1V7TA 5LA8A 3A67Y 4DD0A 1LHLA 5HNLA 1IC7Y 2Z2EA 4ZEEA 5IHGA 4WL6A 1REYA 1RCMA 2FYCA 1VDQA 1IP3A 2ZQ4A 1B5UA 1UIHA 1UIEA 1LSFA 1XEJA 1LZEA 1QUSA 1RFPA 1GE1A 1QTEA 5B06A 2MEDA 4UWNA 1SLYA 1LOZA 5LYTA 4NY5A 3WUNA 2BLXA 1DI3A 4H8XA 2Z37A 1EQEA 2BQHA 4DD1A 1NBZC 1LZSA 1TCYA 1YQVY 3LYMA 4YENA 4PPOA 1B5ZA 5KXXA 1HMKA 1GF5A 4NEBA 3T36A 1IY3A 3LYTA 1JKDA 1JKCA 3IJUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
151LA 1NHBA 1L27A 2Z18A 5FCPA 3EO5A 3OK0A 4W94A 2MEGA 3AYQA 4UWUA 1LSGA 1WQNA 162LA 1QIOA 1JTPL 1J1PY 1YKYX 254LA 1L30A 1LLHA 5F81A 1CUQA 4LZMA 2Z6BA 1B5WA 3SB7A 1IX0A 2B6XA 2Y8PA 1L54A 2H9KA 2YBNA 217LA 4HPEA 3W6EA 1C6NA 1LPYA 3QY4A 5B1FA 2ANVA 8LYZA 1L31A 1WVUA 1LI3A 4NHSA 3W6BA 1DYBA 3HTBA 247LA 2BQFA 5FDJA 2O7AA 1GB6A 1QUGA 1D2YA 2BQLA 1AZFA 3NY8A 1DZBX 5LVGA 3WULA 2HUMA 1WTHA 1LZNA 1C6HA 4LFXA 1L57A 238LA 4KPMA 3A94A 3EMLA 2HEBA 5KXKA 5ILFA 1JSFA 1QT5A 2RBSA 1DPWA 1C6QA 3HU8A 4YEMA 1NDGC 3T6UA 3SN6R 1L73A 1G0LA 1L71A 5IDDA 2W1YA 2Q9EA 1L72A 2D4JA 1L51A 241LA 2Z19A 5FELA 3LHMA 138LA 1L98A 1YILA 4OWAA 5HNCA 237LA 145LA 103LA 2F4GA 175LA 4RDSA 1QUOA 3A6CY 3QNGA 3W6CA 2D4IA 1LI2A 220LA 1YAPA 140LA 1QDRA 4MSTA 2ZNXY 4M6DA 5II3A 1L02A 4BADA 2L78A 4DC4A 2ZNWY 5APDA 1BWIA 3WU7A 1LZRA 1IC5Y 3WW6A 1C6FA 3WU9A 1GDXA 1GFHA 4GLAA 3G3VA 1O23A 1G0JA 4GN4A 2CGIA 1AT6A 1QSAA 1XEKA 3RNXA 2EQLA 1CU5A 1WTNA 2CDSA 153LA 1LJ3A 1F6SA 1LGUA 1C6BA 1GE0A 1L32A 1DI5A 1PS5A 3E3DA 4XYYA 2LYMA 4NFVA 1KIQC 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WMG A;  1IP1 A;  1IO5 A;  5KXW A;  3ZVQ A;  1IR9 A;  1CJ9 A;  2MEF A;  2Z18 A;  1LJF A;  3ZEK A;  1VDS A;  5FCP A;  3G3A B;  1GF4 A;  3EO5 A;  2MEA A;  3GXR A;  1GF9 A;  3OK0 A;  4W94 A;  2MEG A;  4OWE A;  1IP4 A;  4WM4 A;  1C08 C;  1JIY A;  4ETA A;  3A96 A;  3AYQ A;  4UWU A;  4PGJ B;  1J1X Y;  3A91 A;  1XGT C;  1LSG A;  1H6M A;  5EBH A;  4G4B A;  1D6P A;  1WQN A;  1ZV5 L;  1QIO A;  4BAP A;  1JTP L;  5HLL A;  1J1P Y;  3J4G A;  1XSF A;  4QY9 A;  1YKY X;  4H9H A;  4LYC A;  2DBT A;  1XGP C;  1XGR C;  2Z2F A;  154L A;  5F81 A;  4H9B A;  4NSH A;  4OWH A;  133L A;  1B5W A;  1LZ5 A;  4ETD A;  1C45 A;  4N5R A;  3TXH A;  3B6L A;  2G4P A;  1IX0 A;  4CJ2 A;  1LTM A;  1OUH A;  5FEK A;  3A8Z A;  1LSA A;  3WW5 A;  1G7J C;  2Y8P A;  1NKH A;  1LZD A;  1FLQ A;  3W6D A;  2H9K A;  5K7O A;  2YBN A;  1G7M C;  1NBY C;  4LT1 A;  4NG1 A;  4WM1 A;  2HU3 A;  4ZIX A;  1LSP A;  1LJG A;  4HTN A;  2LYZ A;  4HPE A;  4NWH A;  4HP0 A;  1IWX A;  1HEM A;  4RW1 A;  4GCE A;  5KY1 A;  3M18 B;  3EBA B;  4NGK A;  4NSG A;  3W6E A; 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 2Z39 A;  1GE3 A;  2BQB A;  3TXB A;  1LJ4 A;  1LJJ A;  1FLW A;  3ZVQ B;  4U3X B;  2YDG A;  1IEE A;  2MEI A;  4HTQ A;  1CJ6 A;  5I4X A;  1GFG A;  2EKS C;  5APC A;  5A3E A;  3WMK A;  1A4V A;  1B7P A;  2ZIK A;  3P68 A;  1GBS A;  1HF4 A;  1UC0 A;  1IP6 A;  1NHE A;  4NGV A;  3F6Z A;  1VDT A;  1BB4 A;  2Z12 A;  4B1A A;  2BQC A;  1BB7 A;  1BGI A;  1HEW A;  4LT2 A;  1REX A;  2LZ2 A;  1D9U A;  1EQ5 A;  4KXI A;  1W08 A;  1JKB A;  1YAO A;  1KIP C;  4H93 A;  1JUG A;  4LFP A;  2HED A;  1OUB A;  5F14 A;  5I53 A;  1C10 A;  2BAA A;  2XBR A;  1CNS A;  4E3U A;  4DDA A;  4B4J A;  5LVJ A;  1LHM A;  5KKJ A;  3AGH A;  4G4H A;  1GWD A;  1DI4 A;  2IFF Y;  207L A;  2G4N A;  2HU1 A;  1JKA A;  1HER A;  4H92 A;  3WVX A;  4H9C A;  3P65 A;  3W6F A;  4TSB A;  2YBL A;  4H9I A;  4IJ4 A;  4C3W A;  1WQR A;  1IOC A;  1V7T A;  5LA8 A;  3A67 Y;  4DD0 A;  1LHL A;  5HNL A;  1IC7 Y;  2Z2E A;  4ZEE A;  5IHG A;  4WL6 A;  1REY A;  1RCM A;  2FYC A;  1VDQ A;  1IP3 A;  2ZQ4 A;  1B5U A;  1UIH A;  1UIE A;  1LSF A;  1XEJ A;  1LZE A;  1QUS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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