1F10A

Crystal structure of orthorhombic lysozyme grown at ph 6.5 at 88% relative humidity
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Hydration, mobility and accessibility of lysozyme: structures of a pH 6.5 orthorhombic form and its low-humidity variant and a comparative study involving 20 crystallographically independent molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1f10A00
1OUFA 5DM9A 1MLCE 3WU7A 5E4PA 3A93A 4H8YA 4ZEEA 1GFKA 4J7VA 4NG1A 1DI3A 4BS7A 4ZFPA 1B5VA 1IP3A 1LJFA 1GE2A 4GN5C 1NBYC 3QE8A 4BAPA 3J6KA 1YL0X 1CKGA 2G4QA 4KXIA 5KXWA 2HU1A 1REXA 1GFGA 4QGZA 1KIQC 3CSQA 3EXDA 1GF4A 4NGJA 1B7QA 1GB2A 3QY4A 1GXXA 194LA 1GF3A 5I53A 3OJPA 1TDYA 3LZ2A 1JSEA 1ALCA 1HEOA 1GBZA 4ETAA 4LYOA 1QUSA 1JSFA 1D6QA 1YKYX 207LA 2LYOA 4NGIA 2W1MA 1LZAA 1B5WA 5DL9A 1E8LA 2EIZC 5KXRA 5ILCA 4IATA 3N9AA 1LZ6A 3WVYA 1JJ0A 5I54A 1BVXA 1LZNA 5L3IA 5KXTA 2EPEA 1AKIA 5FELA 4Z98A 1LJ3A 4RLMA 1RI8B 3TMVA 1B7SA 4AXTA 4UWUA 4YOPA 5KXPA 1LMCA 1GE3A 5C6LA 153LA 1LPIA 2D6BA 4LZTA 4ET9A 5F81A 3CSRA 1LJIA 1LSYA 1LZEA 3CB7A 3A91A 154LA 1W6ZA 1HENA 3TXGA 1LSNA 1NHEA 1KXYA 1IWXA 3N9EA 4NGVA 1EQ5A 2Z2EA 1D0MA 5LINA 1LZGA 2Z37A 4DYGA 1LKSA 1G7JC 5LYZA 2ZQ3A 1JKDA 4O34A 1B7RA 3WUAA 4YEMA 1IORA 1IWTA 1HELA 1LMTA 4YEOA 1J1OY 1GF6A 1IC7Y 2WARA 1LSCA 2BQAA 1JKAA 2Z19A 3AGIA 5FCPA 4N0JA 4TSCA 4H9FA 1CKHA 1LJEA 1UIEA 3CT0A 1VATA 1EL1A 5M1YA 3CSZA 3TXKA 1HFZA 2YBLA 1DPXA 3BKVA 5DN5A 1GAZA 5LYTA 133LA 1H87A 1CJ8A 1LJKA 1PZYA 1T3PA 1GB9A 2YBJA 5EBHA 1LAAA 1GAYA 5IHGA 5ILFA 1LHJA 1LHKA 4LFPA 1IP7A 1LZBA 4B4EA 4DD9A 1FKQA 1UIFA 1INUA 4IJ4A 4G4CA 1IP1A 2D4KA 5B06A 4DD7A 1P2CC 1JTPL 4LYCA 2IFFY 4ETCA 6LYZA 1O23A 1HEPA 1LSPA 4WLDA 5LVIA 7LYZA 1LZYA 3RNXA 5LXWA 4NSGA 1NDGC 1IO5A 1GBSA 1BQLY 4PHIA 4UWVA 1QQYA 1LJGA 2G4NA 1GF5A 1OQMA 1RJCB 1LSFA 1GEZA 3HBDA 2BLYA 2FBDA 2HEEA 1REZA 4B4IA 4ETBA 1WTMA 4H92A 2YDGA 2HEFA 4WM5A 1IY3A 1GBWA 1OUJA 5LVHA 4WLXA 1B5ZA 2EKSC 4H8ZA 4NSJA 3WUNA 1LZ8A 3LN2A 1VAUA 4TUNA 3TXDA 1NF5A 1VDSA 5HMJA 5T3FA 4CHXA 4M6DA 4CFPA 1I1ZA 1CKFA 5KY1A 1B7NA 1C45A 3GXKA 5FDJA 3IJVA 2D4IA 5KXXA 1CNSA 1TBYA 4RW1A 1UACY 4DDCA 1RCMA 1CKDA 3W6CA 1IOSA 4ETDA 3W6AA 4MSTA 2XBSA 1IIZA 1D0KA 1OUCA 1DI4A 1GHLA 2CJLA 4WM3A 5LAFA 4NGWA 2W1XA 1FKVA 1WVUA 4GLAA 4WM1A 2ZIKA 5E9RA 4H9CA 5APCA 5LVGA 1IC4Y 2PC2A 3A34A 1GE1A 1IWYA 1LHIA 1ZV5L 1I56A 1JTOL 3FI7A 1B7MA 1QTEA 2BQEA 1GFEA 1J1PY 2BQJA 5K7OA 1LHHA 2LHMA 4R0FA 2ZILA 3WPKA 1HERA 1IWWA 4D9ZA 4WG7A 4NHPA 1DQJC 3B0KA 3KAMA 2H9KA 4GN3A 4H9HA 1HMKA 4RW2A 1GFJA 4II8A 3WU9A 1F6RA 1GB7A 1GB3A 1LZTA 1UIBA 1TCYA 2NWDX 5II3A 193LA 4PPOA 2BQFA 1BB7A 1GXV2 2Z38A 1IR8A 4HJVA 4CFOA 1GDWA 4Z3MA 135LA 1QSAA 4ET8A 3AJNA 1AT6A 2C8PA 1V7SA 5LA8A 3W6DA 3W6BA 4GCDA 1IX0A 134LA 1REMA 4P2EA 1HSWA 1HSXA 1KXXA 2BQDA 4NHTA 2XBRA 3LYOA 1WQMA 5APEA 1IR7A 1NWGA 2W1LA 3FE0A 4RLNA 3P66A 1HEQA 4G4BA 1QSWA 3AZ4A 1EQ4A 4YENA 4QY9A 1JWRA 2DQJY 3VWOA 4DDAA 1HF4A 1D6PA 2DQFC 2BQGA 4J0LA 1C7PA 1DI5A 4WM6A 3T6UA 1OUBA 1GB6A 1MELL 2F2NA 1GF8A 2HEBA 3MGWA 4H9IA 1YQVY 1B0DA 1D0LA 1F0WA 4XENA 3A96A 5KXNA 2ZNXY 1YKZX 1LSBA 2FYCA 1V7TA 1FLQA 1BB6A 2A7DA 1B7OA 3K3TA 1LJHA 1UIDA 4LGKA 4FDYA 2BQIA 1LSGA 4NGKA 3A6CY 5HMVA 5KJ9A 3ATNA 4WO9A 2LZ2A 5B05A 4NGYA 1YL1X 1UA6Y 2RSCA 4ML7A 2W1YA 1GB5A 4ETEA 1KIRC 1DZBX 1F10A 1HMLA 4GCEA 3A3QA 4OWBA 1GB0A 1GBYA 2BQKA 1FDLY 3P68A 1GD6A 1LCNA 4PGJB 5KKIA 3TXFA 1C08C 5I4WA 4H9BA 1J1XY 2I25L 2LZTA 1BWIA 1LZRA 3WYHA 1LYOA 4DD3A 3LHMA 2DQEY 3CT1A 5APDA 4DT3A 9LYZA 5LAGA 4KPMA 4CGEA 4Z41A 4XJFA 2I6ZA 1PS5A 1HHLA 5JENB 2FYDA 1A2YC 2ZQ4A 1QDRA 3F6ZA 3LZTA 5F16A 4NFVA 1WTNA 4PRUA 1F6SA 2ZIJA 1GE0A 4HJYA 1RE2A 4L41A 4N5RA 3WULA 2F4AA 1GWDA 4NWHA 3ZVQA 4HTQA 5HNLA 1IP4A 1AZFA 3ZEKA 4GCFA 2MEGA 1HEWA 2IHLA 4LYTA 4TSBA 5KXZA 5I4YA 3W6FA 4HSFA 4LT3A 5FSTA 4H9EA 3TXJA 3LYZA 1GF9A 4QEQA 3WW5A 1OUAA 1LJ4A 5J7CA 1LYSA 1UBZA 3A6BY 5DN4A 1JJ3A 1DKJA 1IWZA 1GFVA 3AZ7A 1YAOA 2BQMA 3P65A 4NGZA 1DPWA 1GDXA 4NSHA 4GCBA 2D91A 3E3DA 3RT5X 1B7LA 1BB5A 1I20A 4WLTA 2ZNWY 1LJJA 5C6IA 4XJDA 4UWNA 1JUGA 2YBIA 3B6LA 4NHSA 4N1EI 1IOQA 6LYTA 4W94A 5C6JA 1OUGA 1IEEA 1UICA 4WL6A 1YILA 5LVJA 1WQRA 1B5XA 2FBBA 3AB6A 1XFPL 1LSZA 4H1PA 1JEFA 1OUIA 2DQCY 1C43A 1XGQC 1AM7A 4U3XB 1JITA 4NEBA 1YROA 1B5UA 1LMQA 4YM8A 4HPEA 4WO6A 5F9UA 1A4VA 1WQPA 2D4JA 3TXIA 4MR1A 5LA5A 2BAAA 5IELA 1HNLA 4HTNA 2N5ZA 4QDNA 3M3UA 3AW6A 1B9OA 1Z55A 4DD1A 2MEAA 8LYZA 4NHIA 5L9JA 4G9SA 1UIGA 5IDDA 1HEMA 1LTMA 1LHMA 1TAYA 4ZIXA 4XYYA 1UIAA 4EOFA 2GV0A 4HV1A 3A94A 5D5FA 2BPUA 2VB1A 3G3AB 4OW1A 2HUBA 4NHQA 4NG8A 2B5ZA 4NSIA 3D3DA 4LT1A 5L3HA 1VFBC 4J1AA 3WXTA 1LSDA 1UUZC 3AZ5A 2F4GA 1JTTL 3BKHA 5D5CA 4B0DA 3WU8A 1YANA 5KXLA 3TXHA 5I5QA 1GFTA 3A3RX 4LT2A 3TXEA 1YAPA 4IASA 4A7DA 1TEWA 4TX7A 5HLLA 2ZYPA 4PRQA 1UIHA 3G3BB 1T6VL 1XEIA 1HFXA 1FBIX 1IP5A 5LYMA 1QUTA 1C10A 3HBEX 1GFAA 1XGTC 4LFXA 1QDTA 4OOTA 1YKXX 4OWEA 5A3ZA 1WQOA 3ZVQB 2ZYCA 4WMGA 1JKBA 1LSMA 1NMMA 1LZ1A 4GCCA 3AGGG 1SQ2L 1YAQA 4BAFA 1H6MA 2Y8PA 1C46A 1FN5A 3WUMA 2I26L 2MECA 3ULRA 4AGAA 3SP3A 1XEKA 1D9UA 4HP0A 4HJZA 3TXBA 3B0IA 2MEHA 1KXWA 1GBXA 3HFMY 4HPIA 3RZ4A 4LYZA 4TTDA 2DBTA 2DQHY 1LZDA 3IWRA 1OUEA 2BQNA 4DDBA 3RU5A 3QNGA 2F30A 1WQQA 1GB8A 4WM4A 2BQCA 4X3BA 4H94A 1CJ9A 1JJ1A 1CKCA 2HECA 1VDTA 3IJUA 1BB3A 1QTKA 1WVVA 208LA 3GXRA 4GLVA 3CT5A 1LZCA 3W6EA 5B1GA 1XEJA 1YAMA 5KXSA 4N1CC 2ZWBA 3TMXA 3M18B 1VDQA 2CWIA 4Z46A 3B72A 3AZ6A 2DQAA 2Z2FA 3ATOA 1HFYA 2LYMA 1OP9B 2Q0MX 1RFPA 2YBNA 1VDPA 2EQLA 2Z18A 4ANRA 1ZMYL 4HV2A 1CJ7A 2MEFA 4EMNA 5DLAA 1IVMA 1IP6A 1XGRC 2DQIY 4I8SA 4NWEA 4NGOA 4RDSA 2CDSA 5LIOA 5B59A 3LYMA 3WL2A 4N9RA 4XADA 4B49A 1GE4A 2X0AA 4PJ2C 5KXMA 3WXUA 1IWUA 1JPOA 2YBHA 4OWCA 4MCKA 1BWHA 132LA 3LYTA 4B4JA 5F14A 3WVXA 1W08A 2BQOA 1EQEA 1IR9A 1SLYA 2BLXA 5LVKA 3A95A 5KXYA 2H5ZA 4H91A 1JISA 1NKHA 1G7IC 4OWHA 1DKKA 5I4XA 3A92A 4LYMA 1BB4A 1BWJA 1LOZA 5FHWA 1IP2A 4H9AA 2YBMA 4G49A 1IC5Y 5AMYA 1GFUA 1LMPA 4W96A 1VEDA 4XJHA 5A3EA 1BHZA 1JKCA 1LZSA 2C8OA 3EMSA 5KKJA 3AYQA 1LYZA 2G4PA 4FJRA 4G4HA 3AW7A 3W3EA 2HTXA 5KXOA 4OOOA 4HTKA 1LZ4A 1JHLA 2HEDA 3T36A 4DWXA 1HC0A 1XGPC 2LYZA 4WLYA 3A67Y 4DD0A 4XJGA 4H8XA 2DQGY 3WPJA 2BQLA 4C3WA 5HNCA 2YVBA 1LYYA 2Z12A 2H9JA 2HU3A 3J4GA 3TMUA 5HQ1A 1LMNA 1JIYA 4M4OA 1CJ6A 1OUHA 4YF2A 4E3UA 4NY5A 1GBOA 2MEBA 1AT5A 1IOCA 1NBZC 2DKVA 3P64A 1FLUA 1N4FA 1G7LC 1GFHA 4I0CA 1UC0A 4KL7A 4N8ZA 2A7FA 4LYBA 3CQLA 1KIPC 4H93A 4WM2A 4WL7A 4XN6A 4C5FA 4KT3A 4CJ2A 5FEKA 5F9XA 1GF7A 3WPLA 1LZ5A 1GF0A 1ZVHL 5B1FA 4DD2A 1DXJA 2MEDA 3D9AC 1XSFA 1ZVYB 2XJWA 1LMAA 4LT0A 1LJNA 4WG1A 4DC4A 3WW6A 3HBHA 2BQBA 2CGIA 2XTHA 3WMKA 1LZ9A 3B0OA 4NIJA 1B5YA 2Z39A 1FLYA 1G7HC 1NQIA 3OK0A 5B07A 3WH1A 2YSSC 1IWVA 1BVKC 1GPQC 3TMWA 4NGLA 4R6CA 4TWSA 4XJIA 1LSEA 1REYA 4BADA 2MEIA 3RW8A 1BGIA 1IOTA 1IY4A 4OWAA 4J1BA 1OUDA 5APFA 2MEEA 3P4ZA 2AUBA 4WOAA 1NDMC 1B7PA 4GN4A 1LSAA 2DQDY 2BQHA 1LHLA 1UCOA 3A8ZA 1GFRA 1FLWA 4B1AA 3N9CA 5KXKA 1QIOA 1XGUC 4H90A 3A90A 3EBAB 1YIKA 1LKRA 3EO5A 1WQNA 1B2KA 1LMOA 2HEAA 4XJBA 3AGHA 1G7MC 1GEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WU7A 5E4PA 4H8YA 1L70A 4NG1A 4K5YA 1IP3A 1NBYC 3QE8A 4KXIA 1GFGA 1JQUA 1L42A 1L96A 1QS5A 1GF4A 1B7QA 174LA 3JR6A 1JSEA 1L81A 2O4WA 1L87A 1L73A 1D6QA 1L44A 1YKYX 4NGIA 1KY1A 2W1MA 1LZAA 5KXRA 3GUOA 213LA 1LZ6A 1BVXA 1AKIA 1LJIA 3G3VA 1NHEA 3N9EA 1EQ5A 4PJZA 1D0MA 1JKDA 2F32A 1IWTA 3GUJA 1VATA 3CSZA 1HFZA 3BKVA 1GAZA 1LYFA 1L53A 1LJKA 1PZYA 5EBHA 5IHGA 5ILFA 1LHJA 1LHKA 1IP7A 4B4EA 252LA 1L02A 1JTPL 4LYCA 1HEPA 7LYZA 4WLDA 4EXMA 1LJGA 1GF5A 1LSFA 2BLYA 2FBDA 4LDOA 1QUHA 131LA 1ZYTA 4NSJA 1L50A 3LN2A 1VAUA 150LA 1NF5A 1QT5A 1I1ZA 3CDOA 3GXKA 1L11A 1C6NA 2RBPA 1RCMA 1PQDA 1DYFA 3HTGA 5LAFA 4WM3A 180LA 1FKVA 4GLAA 1T97A 4WM1A 2ZIKA 2RBSA 1XJUA 3A34A 3FI7A 2RAYX 1B7MA 2BQEA 177LA 2OEAX 2ZILA 1C6EA 4PK0A 3WPKA 2Q9EA 3B0KA 1QSBA 3WU9A 1GB3A 3HH5A 2BQFA 2Z38A 1GXV2 1IR8A 151LA 1SWYA 135LA 1AT6A 4GCDA 1IX0A 1HSWA 257LA 5APEA 1NWGA 2W1LA 3FE0A 4RLNA 1QSWA 1LI2A 3SBAA 1JWRA 2DQJY 4DKLA 1HF4A 2BQGA 3C7YA 1C6AA 1C7PA 1GF8A 2FYCA 1V7TA 139LA 1B7OA 3K3TA 1UIDA 2OU8A 4FDYA 4NGKA 1OVJA 3A6CY 4W57A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OUF A;  5DM9 A;  1MLC E;  3WU7 A;  5E4P A;  3A93 A;  4H8Y A;  4ZEE A;  1GFK A;  4J7V A;  4NG1 A;  1DI3 A;  4BS7 A;  4ZFP A;  1B5V A;  1IP3 A;  1LJF A;  1GE2 A;  4GN5 C;  1NBY C;  3QE8 A;  4BAP A;  3J6K A;  1YL0 X;  1CKG A;  2G4Q A;  4KXI A;  5KXW A;  2HU1 A;  1REX A;  1GFG A;  4QGZ A;  1KIQ C;  3CSQ A;  3EXD A;  1GF4 A;  4NGJ A;  1B7Q A;  1GB2 A;  3QY4 A;  1GXX A;  194L A;  1GF3 A;  5I53 A;  3OJP A;  1TDY A;  3LZ2 A;  1JSE A;  1ALC A;  1HEO A;  1GBZ A;  4ETA A;  4LYO A;  1QUS A;  1JSF A;  1D6Q A;  1YKY X;  207L A;  2LYO A;  4NGI A;  2W1M A;  1LZA A;  1B5W A;  5DL9 A;  1E8L A;  2EIZ C;  5KXR A;  5ILC A;  4IAT A;  3N9A A;  1LZ6 A;  3WVY A;  1JJ0 A;  5I54 A;  1BVX A;  1LZN A;  5L3I A;  5KXT A;  2EPE A;  1AKI A;  5FEL A;  4Z98 A;  1LJ3 A;  4RLM A;  1RI8 B;  3TMV A;  1B7S A;  4AXT A;  4UWU A;  4YOP A;  5KXP A;  1LMC A;  1GE3 A;  5C6L A;  153L A;  1LPI A;  2D6B A;  4LZT A;  4ET9 A;  5F81 A;  3CSR A;  1LJI A;  1LSY A;  1LZE A;  3CB7 A;  3A91 A;  154L A;  1W6Z A;  1HEN A;  3TXG A;  1LSN A;  1NHE A; 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 4DWX A;  1HC0 A;  1XGP C;  2LYZ A;  4WLY A;  3A67 Y;  4DD0 A;  4XJG A;  4H8X A;  2DQG Y;  3WPJ A;  2BQL A;  4C3W A;  5HNC A;  2YVB A;  1LYY A;  2Z12 A;  2H9J A;  2HU3 A;  3J4G A;  3TMU A;  5HQ1 A;  1LMN A;  1JIY A;  4M4O A;  1CJ6 A;  1OUH A;  4YF2 A;  4E3U A;  4NY5 A;  1GBO A;  2MEB A;  1AT5 A;  1IOC A;  1NBZ C;  2DKV A;  3P64 A;  1FLU A;  1N4F A;  1G7L C;  1GFH A;  4I0C A;  1UC0 A;  4KL7 A;  4N8Z A;  2A7F A;  4LYB A;  3CQL A;  1KIP C;  4H93 A;  4WM2 A;  4WL7 A;  4XN6 A;  4C5F A;  4KT3 A;  4CJ2 A;  5FEK A;  5F9X A;  1GF7 A;  3WPL A;  1LZ5 A;  1GF0 A;  1ZVH L;  5B1F A;  4DD2 A;  1DXJ A;  2MED A;  3D9A C;  1XSF A;  1ZVY B;  2XJW A;  1LMA A;  4LT0 A;  1LJN A;  4WG1 A;  4DC4 A;  3WW6 A;  3HBH A;  2BQB A;  2CGI A;  2XTH A;  3WMK A;  1LZ9 A;  3B0O A;  4NIJ A;  1B5Y A;  2Z39 A;  1FLY A;  1G7H C;  1NQI A;  3OK0 A;  5B07 A;  3WH1 A;  2YSS C;  1IWV A;  1BVK C;  1GPQ C;  3TMW A;  4NGL A;  4R6C A;  4TWS A;  4XJI A;  1LSE A;  1REY A;  4BAD A;  2MEI A;  3RW8 A;  1BGI A;  1IOT A;  1IY4 A;  4OWA A;  4J1B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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